3ZSZA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zszA00
4DWIA 1YVUA 3DOKA 2A1SA 4O5BA 3VQCA 4FJ5A 4J2BA 1RILA 4CGGA 4HVJA 4FLVA 4CF8A 3S3OA 4N41A 1RT7A 3NGZA 3CFRA 4H4MA 2HVHA 1GOAA 3AVHA 3DRRA 1WN7A 2YV0X 4HCBA 4E19A 1ASUA 3HPOA 3MAQA 3VQAA 3OYGA 1JKHA 5C24A 3LZIA 3I0RA 4E1NA 4HUEA 5J2NA 3QEVA 3KK3A 3MXJA 4M45A 4E7IA 5I3UA 3VQ4A 4PUOA 1WAFA 2WONA 3TAFA 4DTUA 3KIOA 4RW9A 3DYAA 2G8WA 4E0DA 2DY4A 1QTMA 3RR7A 3OY9A 1S9EA 4KB1A 2BE2A 2HNDA 4W5OA 1VRUA 3IRXA 2B4JA 3VQ5A 4CFAA 5E41A 4DU3A 1ZBLA 2HHSA 3VQEA 3T19A 1IKVA 4E7HA 1VSDA 3OYIA 3SPYA 4CEOA 4KI6A 2X6NA 3L2VA 4J2EA 4ZHRA 3TARA 2FBVA 4AHTA 4CFDA 1U45A 1Q9YA 2FBYA 4LH4A 4CJ5A 1FKOA 4B9TA 3U3YA 1SL0A 1QSSA 4B3OA 1U04A 2OPQA 2X78A 3QINA 4OKJA 3KLHA 5J2MA 1REVA 1S6QA 3IG1A 2EX3A 1HMVA 4GW6A 3OYCA 4EP5A 3KLGA 3TAPA 4B9UA 4FZZA 3K5OA 4IKFA 4KHYA 1WSGA 2HHWA 1SL2A 2P5GA 4IDKA 1A5VA 3HK2A 1S1UA 4RW6A 4M3RA 3CFPA 4HUFA 3HP9A 1TKXA 2R7YA 1VK0A 4DQQA 1RTJA 1I3AA 2XY8A 2GBZA 4GVMA 2BANA 3SQ2A 1VSFA 1BHLA 4IBNA 3ZT2A 1KVAA 2G8FA 1NKBA 4FK2A 1XHXA 2D0CA 1RCHA 1TKDA 2DFFA 3RTVA 3CM5A 3QEPA 2QKBA 3TAGA 1C6VA 4LD0A 2YNFA 3LPTA 1Q9XA 3MXIA 1XI1A 1U4BA 3K2PA 4KHSA 4E3SA 1W9HA 1T03A 4FJNA 1HRHA 4CJQA 4W5RA 3HM9A 2I5JA 3LZJA 4O44A 3TAEA 3AVFA 4CF9A 3SPZA 3WNGA 4OKKA 2X74A 4IG0A 1WLJA 3ULDA 2RPIA 3SI6A 1J5OA 4KI4A 1Z26A 2ATQA 3AA4A 4Y1DA 2VWJA 2RF2A 3OJSA 3L2UA 2HHTA 4E89A 3V1RA 1TK0A 1U47A 4B9SA 3PX4A 4CGJA 3VQ6A 4CJEA 4CK1A 2KTQA 1S1XA 1JLGA 1HQEA 1LWFA 4H4OA 3ZSQA 2HNZA 3OYDA 1W0HA 3LP2A 3O3HA 1LV5A 3BDPA 1D5AA 3ZT0A 3G0ZA 1XC9A 2Z1HA 1RTHA 4CGHA 3L2RA 2P51A 1HPZA 2IAJA 5KRTA 4CCHA 3OYNA 3PO5A 3OJUA 2E4LA 2YHAA 1TKZA 4CJLA 4DU4A 1YTUA 4M3TA 2Z1GA 4M42A 3DLKA 1HJRA 1BISA 4DTXA 1HYSA 4DF4A 3DLHA 4F4KA 3CG7A 2HHQA 4Y1CA 3C95A 4BACA 1ZBIA 4QOZB 4ELVA 3VN5A 4FJLA 1NKCA 1S9GA 2XY7A 3NF9A 1J9AA 3RMCA 3OS0A 4OLBA 4NCAA 3OS2A 4CF2A 1JLCA 5K14A 3F9KA 3SV3A 4WE1A 1RBUA 3DLRA 1D9FA 2HVIA 1QQCA 4RW8A 4BE2A 4BWJA 3S9HA 3E01A 3V9ZA 3AO5A 1RDAA 3LAKA 3TR8A 4CK2A 4Z4CA 3KLEA 4FLTA 1FK9A 1WAJA 1Z25A 1L5UA 1LW0A 4FM2A 4FJIA 4KKOA 1U48A 1KSPA 3KD5E 3DLGA 2KQ2A 2XO7A 1R0AA 4DSIA 3QIOA 1TL3A 2RN2A 3ITHA 2F8SA 1BQNA 4DFJA 1NK5A 4CECA 4O4GA 1HYZA 4CEFA 3K5LA 2VWKA 2OZSA 2G8KA 4ID1A 4LSNA 3O4QA 1S1VA 2IGIA 3SUQA 2OZMA 2ETJA 4JS5A 3NGYA 4F3OA 4PA1A 4DF8A 5C42A 2AJQA 3DRPA 1VSHA 3AVJA 2VG6A 3D45A 4G1QA 4FW2A 1RT3A 3NHGA 3RMBA 1XHZA 4EZ9A 3DLEA 3JYTA 3CQ8A 4Z4HA 4K8XA 2GV9A 1ZBFA 1L3TA 3HYFA 1L3SA 2F8TA 1JLEA 4BDPA 4KTQA 1KTQA 3D0PA 1KRPA 3PY8A 2XY6A 2ZE2A 1N6QA 4O55A 1BIUA 3HP6A 1RDCA 4IFYA 1WSJA 1KCFA 1EX4A 3CYMA 3NDKA 4F2RA 4L8RB 4DTOA 2KFZA 3QESA 3AVBA 4IFVA 4NYNA 2DTUA 1S1TA 4FLUA 3THVA 4Z4IA 1BCOA 5DMRA 1UAXA 3IS9A 5HRRA 4DFMA 3PUFA 3HVTA 3RMAA 3S3NA 3LPUA 4AH9A 1QSYA 1ASVA 3HSTB 4I2QA 4AHVA 3PO4A 4JS4A 1LW2A 3HJFA 4CE9A 1UOCA 3AO1A 4CHZA 4BDZA 4BWMA 4PQUA 1VRTA 3ZCMA 3RRGA 1IKWA 3QEXA 3L3UA 3LP0A 3OYBA 4OKEA 3PX0A 4KREA 4DS4A 1RDBA 4DTJA 3O4NA 2D5RA 5CYMA 3DOLA 3HL8A 3OYEA 2FBXA 3H08A 4CGIA 3HT3A 1LWCA 5CZ1A 2OYQA 3KTQA 3VA3A 3WNFA 4DLEA 4M3UA 1QHTA 3WNHA 1RBSA 3B6OA 3KKRA 1C0UA 3MEEA 1EETA 1QE1A 1SV5A 3OYFA 2IDOA 3V9SA 3QEIA 4N47A 4CHQA 2YKMA 4E1MA 1RTDA 4M3ZA 4FYDA 4B08A 3K59A 5CYQA 2IOCA 4FVMA 4XIUA 4CEZA 1BGXT 2HHXA 3OYHA 2IC3A 3NE6A 4C8KA 1DLOA 3KLFA 4BE0A 4E7LA 2G8VA 4CF1A 4CJRA 1JXBA 4C8LA 3VA0A 4EP4A 3TABA 1X9MA 4O0IA 5HROA 2D0AA 5FRNA 1TVRA 1VSEA 4FJGA 4C8OA 1RT2A 4KPYA 5HRPA 3I8DA 4PY5A 1QS4A 4AHRA 3ZSOA 4DQRA 4O0JA 1A5WA 1K6YA 4CFBA 3OYKA 1NK7A 4CEBA 4AHCA 5KRSA 3NH1A 4DFKA 3L3VA 4JRQA 2E6LA 5KGWA 4FM1A 3RR8A 1RTIA 3CM6A 3NGIA 4HCCA 1ITGA 1EKEA 2VG5A 1QSLA 1VSJA 2YNHA 4Z4FA 1ZBHA 3K5NA 3RRHA 3TAMA 4CIFA 1XWLA 5C25A 4CK3A 4FLZA 3TWHA 1SKSA 1NJXA 5KTQA 1LAWA 3KLIA 1UA0A 1KFSA 2QKKA 4FJ8A 4CHOA 4FZYA 2E6MA 4B8AB 4OLAA 1J54A 3QETA 1Y97A 4FJ9A 2A1RA 3V4IA 2HMIA 1IH7A 4B9NA 4AILC 5HRSA 1RT4A 3V9WA 4EZ6A 1L3VA 3MXMA 5CY4A 2ZQBA 5FDLA 4DTPA 4BDYA 4N56A 2ITGA 2DFHA 2P1JA 1S6PA 3VQDA 3ZSYA 1GOCA 3QNOA 3AV9A 2BGGA 3M8QA 4M3XA 3AO2A 1Q8IA 4KTZA 3KJVA 2HNYA 4CJUA 4QAGA 1RT6A 2WOMA 1ZBUA 2JLEA 4CJKA 3LWMA 2O4IA 3AO4A 1L3UA 5JS2A 3VQ8A 4Z0UA 4DU1A 1SL1A 4B8CA 1T7PA 3QLHA 4CEQA 1D8YA 1A5XA 2W42A 3M8RA 1S5JA 4KO0A 1C1CA 3EYZA 1BQMA 2B6AA 3QIPA 4BE1A 4CJ3A 4CIGA 3EZ5A 3NAEA 3O3FA 2O4GA 4DS5A 4KHUA 4JRPA 3SYZA 4LY7A 3RMDA 3OYMA 4LH5A 4CEEA 4CESA 3ISNC 1BCMA 4LSLA 3L2WA 1NK4A 3KD1E 2KZMA 3V1QA 1RBTA 4N76A 4KRFA 2Z1JA 4NYFA 3VQ9A 3VQPA 1NOZA 4FJXA 2QK9A 2HW3A 1UWBA 1T8EA 3P1GA 2G8UA 3C6UA 4MQ3A 4CJWA 4OGEA 2KW4A 2YHBA 3P5JA 1TL1A 2XRIA 4C8NA 2PY5A 5J2QA 2OPSA 4I7FA 3QEWA 2YNIA 3LAMA 4CERA 3NH2A 3M8SA 1VSLA 4FJHA 4FCYA 4FJ7A 1KLNA 3C6TA 4KHWA 5J2PA 1DTTA 1NOYA 4FK0A 1SKWA 2OPRA 1HYVA 4CEAA 5HBMA 4Z4EA 4DFPA 4ZTJA 4CJPA 2LSNA 3MEDA 1NJZA 2B5JA 4DMNA 1YTAA 4PWDA 4DTRA 4RW4A 1CZ9A 1WSIA 4H8KA 4FXDA 1JL2A 2EHGA 3AVGA 2FC0A 3TAQA 3TI0A 3A2FA 1IKXA 3ZSVA 1TK8A 5I42A 1C1AA 3DMJA 4B9MA 2X6SA 4KFBA 1D9DA 3KK2A 1B9FA 5T7BA 4W5TA 4CHPA 4J2DA 3LP1A 2Z1IA 4FJJA 4Q0BA 3NF6A 4CJVA 3VQ7A 5SWMA 2PYLA 2BDPA 1YT3A 3OYJA 2YNGA 4OPKA 4HTUA 3O3GA 1JL1A 3P83D 1VSMA 2XHBA 3SUOA 3HPHA 4DSJA 4CHYA 1KFDA 3MEGA 3LDSA 3ZSZA 5EU7A 3G10A 3K5MA 3HO1A 4DSLA 5CZ2A 3I0SA 2OA8A 4HHTA 3KK1A 1SUQA 1WSFA 1X9SA 4M3YA 3AA2A 1NK9A 4AHSA 4DQPA 2VG7A 3B6PA 3AA3A 3F73A 1CZBA 4DSKA 1JLQA 3K58A 4QCLA 4CHNA 3WNEA 1JLBA 2G8HA 4B9VA 1FKPA 4FZXC 1J53A 5FRMA 1CLQA 1WSEA 3HVRA 2Y1IA 1TKTA 1IKYA 4FW1A 4DG1A 3SNNA 4DQIA 3SQ1A 3AO3A 4F2SA 5HRNA 3ZSRA 4CJFA 4Q5VA 3PX6A 2IS3A 3M8PA 1UA1A 3NH0A 3SQ4A 4FLWA 1RDDA 3NCIA 3AVIA 3SUNA 1TK5A 4DTSA 1MU2A 1SKRA 1VSIA 1GOBA 4W5QA 1IO2A 1TAQA 3V6DA 4K8ZA 1N5YA 1JLAA 3LP3A 3T3FA 1RNHA 4M3WA 3DLBA 3HXMA 5JS1A 5HP1A 3FFIA 1CXUA 3AVLA 2HHVA 2P5OA 1NK0A 1C0TA 2OPPA 4I9QA 4CJ4A 1C0MA 3CFOA 4RG8A 3AVNA 3NF8A 4E7KA 4OPJA 3ZSWA 1G15A 3UIQA 3NFAA 3L2QA 1RBVA 3AA5X 5FROA 3AVMA 1DTQA 4R5PA 4CGDA 4F3TA 5DK5A 1X9WA 1EXQA 1C1BA 4CIEA 5SZTA 4FJMA 1HNIA 1VSKA 4JLHA 1EP4A 2D0BA 5HLFA 1KVBA 4I9LA 1NKEA 3ZT3A 4CJTA 4Z4GA 3QERA 3V9UA 4KHQA 3SZ2A 1RT5A 1S1WA 3SUPA 1T05A 2HHUA 3DM2A 3NF7A 1HNVA 3T1AA 3ZSXA 3V9XA 1NK6A 4DTNA 4ELTA 3BGRA 4OVLA 3OS1A 3K57A 5KI6A 1U49A 3ASMA 3S3MA 4ELUA 1BIZA 2KZZA 1TGOA 4KHNA 2KFNA 2G8IA 1WSHA 3AVCA 2Y1JA 4MFBA 1TAUA 1JLFA 4DSEA 4FK4A 2ZD1A 4IG3A 4B9LA 2XY5A 4NCBA 3V81A 3OYLA 3HPGA 1ZYQA 4C8MA 3C94A 2NUBA 2QXFA 1I39A 4ICLA 4DSFA 4ZTFA 4FLYA 1BL3A 1ASWA 4FM0A 1O1WA 4OGCA 1X1PA 4KV8A 2PYJA 2FBTA 2HB5A 2RKIA 4I2PA 3L8BA 2PZSA 4GMJB 3KKSA 4E7JA 4NCGA 5KGXA 4CF0A 4TSXA 1JXEA 2Q3SA 1BI4A 3ALYA 4DLGA 2JGUA 3AVAA 3SV4A 2F96A 1TV6A 3LWLA 3QO9A 4YFUA 3DRSA 4DTMA 4ID5A 4M41A 3SQ0A 3IAYA 4AHUA 3AVKA 3JSMA 1RT1A 3VQQA 3SJJA 3ZT1A 1BI4B 1KVCA 4RW7A 3TANA 4KB0A 1B9DA 3U3GA 3OYAA 1FXXA 1IG9A 3VQBA 3ZT4A 3PV8A 4W5NA 4N5SA 5D3GA 3SCXA 4F8RA 4FJKA 3RWUA 1LWEA 2YKNA 4CJSA 3NBPA 4CGFA 4CEDA 4YNQA 3V1OA 3EY1A 4J2AA 3LANA 4OJRA 4UQGA 3OVNA 1NJYA 1LAVA 4KAZA 4FLXA 1B92A 1HQUA 3MECA 3DI6A 1NK8A 2DFEA 1F21A 3U6FA 4KTWA 1NJWA 1WNSA 2GUIA 3QNNA 1KLMA 1RBRA 1CXQA 4HUGA 4DQSA 5J1EA 4CFCA 3LALA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJ5A 1YVUA 3VQCA 2E2NA 4HVJA 1RT7A 2F9WA 2QWPA 4H4MA 2HVHA 3DRRA 1KAXA 3OBWA 4B1WB 3HPOA 1S72N 4E7IA 4DTUA 2E20A 3DYAA 4E0DA 3SLCA 1QTMA 2NRTA 1N36K 3RR7A 4KB1A 4LF5K 1HNXK 2UXDK 1VRUA 1NU0A 4CFAA 5BREA 3VQEA 5F0XA 4E7HA 3SPYA 2X6NA 3IFRA 3QFPA 4B1XB 4AHTA 3TARA 4CFDA 1Q9YA 4BRHA 3KHYA 3CPEA 4B9TA 1NGAA 3P31A 4IFEA 3CCMN 2D0OA 4X62K 5AJ3K 3C6AA 4QS9A 1LOTB 1W97L 4DV2K 4IKFA 2W6LA 3FE1A 4M3RA 3CFPA 3VEZA 2QA4N 1TKXA 1NMDA 3WXMB 4H5TA 4DKWA 4IBNA 4KHPK 5AZJA 1OH6A 1TKDA 5LJWA 4DR3K 4H0TB 3QEPA 5AZJB 1S22A 3ZX3A 3VGLA 5EOYA 1Q9XA 3MXIA 1Q82O 2Q97A 1T03A 3THXA 4O44A 1SAZA 4A61A 4C1NK 1NG9A 1EO1A 4IG0A 3VEYA 3THXB 1J5OA 4JKFA 2O8CA 2VWJA 1JCGA 3U4LA 1P8ZA 4AM6A 3PX4A 4BC2A 2O8CB 1LWFA 5HOOA 1QQMA 3OYDA 1LV5A 3FGUA 3ZT0A 3T1HK 1N32K 3O1WA 2IAJA 2OANA 3OYNA 2E4LA 4YDUA 4DU4A 3CJAA 3FZMA 2D4WA 4M42A 1ZBIA 2BTFA 4QOZB 2UYTA 1S9GA 4JI3K 1J9AA 1U6ZA 3RMCA 3OS0A 3CMEN 3OS2A 4FL9A 2YJEA 1RBUA 3DLRA 1D9FA 3GBTA 3FZFA 1BG3A 1KAYA 1SQKA 4BWJA 3S9HA 3V9ZA 1FK9A 1Z25A 4Y0WA 1LW0A 4FM2A 1L5UA 3C7NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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