The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
84
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sequence length |
253
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structure length |
253
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Chain Sequence |
AMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| publication title |
Mechanism for Aar2p function as a U5 snRNP assembly factor.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
84
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| structure length |
253
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| sequence length |
253
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-06-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Acyl-CoA Binding Protein | Acyl-CoA Binding Protein | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JKH A; 4JKG A; 3SBG A; 4JKE A; 4JKB A; 3E66 A; 3E9O A; 4JKA A; 4JK9 A; 3ENB A; 3E9P A; 4JK8 A; 3SBT A; 4JKD A; 4JKF A; 4JKG B; 4ILH A; 4ILJ A; 4JK7 A; 4ILG B; 4JKC A; 3E9L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IOX A; 4JHD A; 2OYQ A; 3NGI A; 4FM2 A; 1JL2 A; 3CYM A; 5LL6 Z; 1WBD A; 4IFE A; 3O4Q A; 3OTO K; 4CEA A; 4FLZ A; 4GV9 A; 3V1R A; 2YKN A; 2FSN A; 2G8V A; 3CHW A; 4BAC A; 4ISF A; 2EX3 A; 1E4F T; 1GLA G; 4L8R B; 2IVP A; 1BA0 A; 3FFK B; 3VQB A; 2QWR A; 2PBD A; 3BIN A; 2NNW A; 3G25 A; 4E19 A; 4EAH D; 4DSI A; 3A5L C; 2YJE A; 3CJB A; 4H5V A; 4CHP A; 2ASP A; 4IEI A; 5JIC A; 1EWQ A; 2YVC A; 1NKE A; 4DV0 K; 1BQN A; 2FLO A; 3RRH A; 3QEV A; 4NXM K; 3LP3 A; 1REV A; 4JLH A; 5M1F A; 2E8A A; 2HNY A; 4FOI A; 3VEW A; 4W5R A; 4BDZ A; 1S3X A; 4FZZ A; 3FLV A; 3SBG A; 1BUP A; 4BE0 A; 2ZJR L; 1J54 A; 4LFA K; 5LMN K; 1LW2 A; 4JEP A; 1ITG A; 4CHN A; 3OYE A; 4CFD A; 4O5B A; 3VEV A; 3CG7 A; 1NK6 A; 4DB3 A; 4FJM A; 2G8F A; 1KVC A; 1HPM A; 3SI6 A; 3TTD A; 4CF0 A; 4FJG A; 3P38 A; 1YJW N; 5AZI B; 4CEZ A; 3D0P A; 3OJU A; 3B6O A; 2BDP A; 2WBN A; 2D0O A; 3QEW A; 3TAG A; 2GWJ A; 4Z4F A; 2Q0R A; 3CCM N; 3CCL N; 4CK3 A; 3QIN A; 5CR4 A; 3WUH A; 4BRH A; 1JLQ A; 1ASU A; 4H0O A; 1J9A A; 3MEG A; 2P9K B; 2FBY A; 1HUX A; 4DU4 A; 2Q1N A; 4KB1 A; 1NM1 A; 2NRW A; 1C0G A; 3OYG A; 4CJ4 A; 3X23 A; 1Q8I A; 5TKY A; 1NGE A; 2YNI A; 3UIQ A; 3AAR A; 2D10 A; 3NF7 A; 2Z1G A; 4CZK A; 3QIP A; 1QQO A; 5MLC Q; 2ZGZ A; 2W41 A; 4OVL A; 4DCH A; 1HYV A; 4JKB A; 4GVM A; 2VGM A; 3A0I X; 1TL3 A; 2O8E B; 5JS1 A; 3TPQ A; 3TTC A; 3RSE A; 2YCH A; 5M1P A; 3GE1 A; 3VGM A; 1L5U A; 1W0H A; 1JCE A; 5KRS A; 4FWS A; 4KO0 A; 4ILG B; 4LD0 A; 1LAW A; 1DTT A; 3DJC A; 4BRA A; 2CB8 A; 4M7X A; 4NCB A; 2E88 A; 4JN4 A; 5AZI A; 4FJI A; 4E7H A; 5F0X A; 4CJU A; 3N4Q A; 1ISN A; 4HUG A; 1J19 A; 3C6H A; 4LF6 K; 4JI7 K; 1R59 O; 2J0K A; 5HP1 A; 5FRN A; 2FJ9 A; 3OYM A; 1ATN A; 2J4R A; 2P9K A; 3QDK A; 2D11 A; 5HL7 L; 1SQK A; 1OH8 A; 4AHR A; 2HHS A; 1QSS A; 1R0A A; 1E5W A; 1NGC A; 1GLF O; 3CCQ N; 2OZM A; 2O4G A; 1RT5 A; 1BGX T; 1WB9 A; 3TWH A; 2I5J A; 3AVA A; 2DFF A; 3KLG A; 3T69 A; 3O3H A; 3AVI A; 4QS9 A; 2O8E A; 3C7N A; 1HJO A; 2ZQB A; 1K8A O; 1VRU A; 4CHQ A; 1FJG K; 2A40 A; 3KKR A; 4N76 A; 3HK2 A; 1GGO A; 3H1Q A; 3L2R A; 4NB4 A; 3AO3 A; 4CJR A; 3LL3 A; 3BZC A; 2QXF A; 5CY4 A; 4CEQ A; 2UU9 K; 4JI0 K; 3CM5 A; 1NG9 A; 3ASM A; 3VER A; 2DY4 A; 3V1Q A; 4CHO A; 2WUS A; 1WNS A; 5BR8 K; 4F3O A; 3LDL A; 3P1G A; 4BG8 A; 3MXI A; 2GEM A; 4XH1 A; 4LC9 B; 1RDD A; 3VES A; 3NE6 A; 4Z0U A; 3VQP A; 3KWI A; 4C8L A; 4GW6 A; 3C65 A; 5C42 A; 1KLN A; 1VSF A; 1EF1 A; 1NGA A; 2BGG A; 3CXC M; 2VYP A; 2HMI A; 4DG1 A; 3LAN A; 4JS4 A; 5DM7 L; 4CEF A; 2YHB A; 2RF2 A; 4EHU A; 5FRO A; 2E2N A; 4FLX A; 3VET A; 1GLD G; 2WOM A; 4ICL A; 4CJP A; 5D3G A; 4DV5 K; 3CQ8 A; 4CGJ A; 1T6C A; 4FLV A; 3HOT A; 1VQ5 N; 3S9H A; 1KC8 O; 1XC9 A; 4BG9 A; 3J7Y P; 4H0P A; 2HBJ A; 4FK2 A; 1T05 A; 1MWM A; 1NMD A; 2GEL A; 1EKE A; 2D4W A; 4DQR A; 1KSP A; 4O44 A; 2X6N A; 4M3X A; 5KPZ A; 3E01 A; 4KI6 A; 4DTS A; 1MK7 B; 4Z4G A; 3L6Q A; 4Z4C A; 4M45 A; 4IWV A; 3AO2 A; 2VWB A; 4OKK A; 1XQS C; 3WXK A; 2G8I A; 3VA3 A; 1QE1 A; 3F9M A; 4HDQ A; 3EL2 A; 1ESV A; 3WNG A; 4DTR A; 3V9X A; 3ZLJ A; 3NFA A; 4M3U A; 1HRH A; 3SUO A; 3O1B A; 5EXW A; 4C1N K; 2XHB A; 4OPJ A; 3ZSZ A; 3O8M A; 3JYT A; 3VGL A; 4DTU A; 4EHT A; 3NHG A; 1EX4 A; 1M90 O; 3ZT2 A; 2P9N B; 1LCU A; 3VTI A; 1OH6 A; 3ATU A; 2KZM A; 2GV9 A; 3CJ9 A; 4KHY A; 4JKG A; 3LP2 A; 4H5N A; 5H1S Q; 3BDP A; 3ZDT A; 2P9U B; 3CFP A; 3LM9 A; 4FJK A; 1GLB G; 4AIL C; 2O8C A; 4H0Y B; 2QXL A; 4X65 K; 2NRR A; 3D2F A; 4CHZ A; 4RG8 A; 4HHT A; 4IFY A; 4Y0W A; 3UE5 A; 2A42 A; 1JLE A; 2H3G X; 3VF2 A; 4J2A A; 5I9E B; 3LP1 A; 3WXJ A; 3AA4 A; 4A61 A; 3DLR A; 3SYZ A; 1UAX A; 1FW6 A; 3NVM A; 3B8A X; 4OPH A; 4YDU C; 4EP4 A; 3CCE N; 3MN6 A; 4E0D A; 1JLF A; 3T1H K; 3MWP A; 2RE2 A; 4BE2 A; 1SUQ A; 3S3M A; 1DTQ A; 1KQS M; 2Q0U A; 4H5W A; 3DYA A; 3PZD A; 4DWI A; 4XIU A; 4BQZ A; 3FGU A; 4WYB A; 4BR9 A; 4EKU A; 3MXM A; 1WOQ A; 4AM6 A; 2XY6 A; 2DPN A; 4CZE A; 4JK9 A; 1HBK A; 2OPS A; 4CF8 A; 5E84 A; 1GC7 A; 2FBV A; 3AV9 A; 1H1V A; 4ZTF A; 4CED A; 3G9W A; 4JRP A; 3MEE A; 3DMJ A; 4PY5 A; 1X9M A; 3OHR A; 4DKW A; 3T1A A; 3Q7C A; 4CZL A; 4LH4 A; 3THW B; 5T7B A; 4DQI A; 4ILH A; 2P9U A; 1OH7 A; 2BH1 A; 3T3F A; 4IG0 A; 3D45 A; 3E9L A; 2R82 A; 3L2W A; 3CPW M; 4DSF A; 1BCM A; 2Q2R A; 4RW9 A; 4CJL A; 3DAW A; 5AQG A; 4J2D A; 1NI2 A; 1KC7 A; 1HNI A; 3G10 A; 4K8X A; 3VEZ A; 1ATS A; 3QEP A; 3HVR A; 1MU2 A; 4BRG A; 2B4J A; 2IOC A; 2WON A; 4DQP A; 1WSH A; 1RTH A; 4WCE L; 2B6A A; 1JLC A; 3QBW A; 2NRH A; 3E1Y A; 3F2K A; 1NLV A; 3OS2 A; 3O4N A; 4CZH A; 4OPK A; 1RT6 A; 1VQ8 N; 2P1J A; 4PL8 A; 3T7Z A; 2B5J A; 2GX9 A; 1T8E A; 4JK8 A; 3TAR A; 2WTU A; 4B3S K; 3P39 A; 2D0P A; 3J7A P; 3WA0 A; 2YHY A; 3CC2 N; 1YVU A; 3U6F A; 2A1S A; 4R79 A; 1WAF A; 3K5O A; 1S1T A; 1RBT A; 3S41 A; 4EZ9 A; 1B9D A; 1QSL A; 1T44 A; 5AQF A; 2P5O A; 2DIK A; 1SKW A; 4BR0 A; 3K59 A; 2G8U A; 4CJS A; 4BR2 A; 3VMF B; 4KHU A; 3AO4 A; 3BY5 A; 5EU7 A; 5AQH A; 3H45 C; 3K2P A; 1P8Z A; 3AO1 A; 5AQR A; 1N32 K; 1NGI A; 4J2B A; 3CI5 A; 3GOI A; 3MN9 A; 2V7Y A; 1RDC A; 5DM6 L; 4BWM A; 3K0S A; 1KFS A; 4CZM A; 3FP5 A; 3V9Z A; 5GIO A; 4I6M B; 3QFU A; 1TAU A; 5AQZ A; 3FLC O; 3ZSW A; 2PAV A; 4LF7 K; 4LF9 K; 1HB8 A; 3TU5 A; 1NJX A; 1GOC A; 1QHT A; 3O6W A; 3C6T A; 3O5B A; 5SWM A; 5BRF A; 3U3Y A; 4F2R A; 4CGD A; 4BRP A; 5C25 A; 3M8Q A; 4OPA A; 4BR7 A; 4CD1 A; 4DU1 A; 3CER A; 4ZHR A; 4CIF A; 2A1R A; 1NNE A; 2O8D A; 3QET A; 3VQC A; 4IEE A; 1NK9 A; 1XMO K; 5B8H A; 1LOT B; 1P90 A; 3QLH A; 1SV5 A; 4Z94 A; 3MED A; 1HNZ K; 1F21 A; 4BDY A; 3OYD A; 3TAP A; 3GDQ A; 4KAZ A; 4FJL A; 2CH6 A; 2R7Y A; 3TAQ A; 3U8X A; 3WXI A; 4LSN A; 1U47 A; 1ZXO A; 2HBL A; 4TKN A; 1NU0 A; 4CF2 A; 3L8B A; 1VBG A; 3WXL A; 1KVA A; 2HRJ A; 1EET A; 4JHD B; 3CFR A; 3O3G A; 4DFP A; 1K6Y A; 3FZM A; 1MK9 B; 4DV1 K; 3WQT A; 3ZSY A; 1VQN N; 4LSL A; 3K57 A; 3LAK A; 3J81 O; 4DSK A; 4FWL A; 4M42 A; 3B6P A; 1FXX A; 1VK0 A; 4U67 L; 4CJQ A; 4KFB A; 1EP4 A; 5K14 A; 1NVL A; 1ST7 A; 3ZET B; 4Q5V A; 1TKD A; 3V81 A; 1V4T A; 1A5X A; 4I6M A; 4FJX A; 3RMD A; 4MQ3 A; 4GVE A; 1VQO N; 3TSQ A; 3WNF A; 5LJW A; 3HM9 A; 3CPE A; 1XI1 A; 4V19 S; 3LZJ A; 4CEB A; 3CD6 N; 1KRP A; 3WQU A; 1X9S A; 3HST B; 1U45 A; 4HCB A; 1BU6 O; 1BDG A; 2Z1I A; 2F7T A; 3SV3 A; 4PQU A; 2KTQ A; 1QVF M; 4WE1 A; 5GAE P; 3BZK A; 2W40 A; 1QQC A; 4DFK A; 1JCG A; 2HHQ A; 4M3T A; 3O9S A; 1Q18 A; 1HKG A; 1T3V A; 1VSM A; 4Y1D A; 4FPB A; 4DF4 A; 4FO0 A; 4A59 A; 2P9P B; 4AF1 A; 4HWI A; 2ABD A; 4O8U A; 3NF9 A; 4KV8 A; 4FLW A; 2FBX A; 4N56 A; 4LFB K; 4M7Y A; 2QWM A; 3M3Z A; 3VQA A; 3SNN A; 5E26 A; 4NO7 A; 3CCU N; 4YOU A; 5KRT A; 2CGL A; 3AVF A; 3NF6 A; 4KHN A; 3JSM A; 5AQJ A; 5AJ3 K; 1EO1 A; 1DGK N; 1X9W A; 2QM1 A; 3RMA A; 3JAM O; 4HUF A; 3ZET A; 3DRP A; 3NDK A; 4JKH A; 4F2S A; 4CYE A; 1S5J A; 4QS7 A; 4PUO A; 2A5X A; 3A5M C; 3E9P A; 5FDL A; 3VF6 A; 1J5O A; 1TUU A; 5AQM A; 1CLQ A; 4RW6 A; 3PIO L; 1SKR A; 2I7P A; 1KXP A; 3VA0 A; 1T6D A; 4C23 A; 4E1J A; 4YNQ A; 2IDO A; 3Q7B A; 1VQ7 N; 3AU5 A; 3EN9 A; 3RSE B; 1NK8 A; 3MX5 A; 3VEX A; 1C0T A; 3LDQ A; 4QCL A; 2D2Q A; 3PVL A; 2OAN A; 2P9P A; 3AVG A; 4CFB A; 4N5S A; 3VGK A; 3DLK A; 4MLH A; 3DXK B; 3CJ7 A; 2HHT A; 3ULE B; 3AVB A; 2UXB K; 1XHX A; 2IC3 A; 3IRX A; 3AVH A; 5HBM A; 4DR5 K; 3RTV A; 2UXC K; 5KQ8 A; 1WLJ A; 2D1K A; 5AFU H; 1D9D A; 2YV0 X; 2V52 B; 3EKU A; 5SZT A; 1LWF A; 4O4G A; 3FZH A; 3FE1 A; 3IKM A; 3OY9 A; 2F9W A; 4DR4 K; 2E1Y A; 5ADX H; 4J8F A; 4RW7 A; 5EVZ A; 1J5E K; 4FL9 A; 5BN9 A; 2Q97 A; 1C0M A; 4KTQ A; 3S3O A; 4HTL A; 1TGO A; 2E2O A; 4EIA A; 4CIE A; 4DTM A; 3HJF A; 4BVP A; 3KTQ A; 3U4L A; 3PSF A; 4CJ7 A; 4H4M A; 2XY5 A; 3C7N B; 2D0C A; 1YJN N; 1U48 A; 4BDP A; 4KPY A; 5CYM A; 1W97 L; 3NGY A; 4AH9 A; 2OA8 A; 4JI1 K; 3ZSQ A; 1ATR A; 1RBV A; 1KAX A; 1LV5 A; 2PY5 A; 3ZX3 A; 1O13 A; 2Q36 A; 2P9S A; 4DR1 K; 4B1V A; 2PZS A; 3DXK A; 1IBL K; 3THV A; 3NH2 A; 3ULE A; 3IMX A; 3OVN A; 3SLC A; 4EFH A; 3LDN A; 1HB6 A; 2QWO A; 3EPY A; 1RDU A; 4H5T A; 3THY B; 3MN5 A; 4FWK A; 3PV8 A; 3SCX A; 2NLX A; 4FCY A; 4DLG A; 5HOO A; 3KJV A; 1WSF A; 3KK7 A; 5F2R A; 4DV7 K; 2XRI A; 1HQE A; 4F3T A; 3OS1 A; 1HLU A; 3QER A; 4CJE A; 3G4S N; 3SBT A; 3AA3 A; 1QQM A; 5FPE A; 3V1O A; 1ZBI A; 5AQL A; 1MA9 B; 3AVC A; 2FF3 B; 3VPZ A; 3K5L A; 3RMB A; 2HBM A; 2OPQ A; 4CVN E; 3I0S A; 3DLH A; 2RQ1 A; 1A5W A; 3R8E A; 3UKU B; 5BPL A; 4R5P A; 1VSK A; 3K5M A; 4E3S A; 1NOY A; 2P9I A; 3H46 O; 1YIJ N; 4JRQ A; 1HX1 A; 1K8K B; 3LPT A; 2ZD1 A; 3EYZ A; 1HPZ A; 2CQU A; 3OA9 A; 4BGB A; 4CJ3 A; 1W9H A; 1ZC6 A; 1YVN A; 2I7N A; 3IDH A; 2UUB K; 1CXQ A; 3H3N O; 4WF9 L; 1VQ6 N; 4ELT A; 3VQ6 A; 1VQK N; 3QO9 A; 1RDW X; 4IZ9 A; 4XH4 A; 5C24 A; 2A6A A; 4DQQ A; 1VRT A; 1WAJ A; 3MCP A; 4CER A; 2VQF K; 2FXU A; 1ZBU A; 4JKC A; 1SL0 A; 3N4P A; 3THY A; 5J1E A; 1KLM A; 4ZTJ A; 4FVM A; 4CW7 B; 2FSK A; 5AZJ A; 1X3N A; 3AVM A; 1BIU A; 3C94 A; 4JKG B; 3V6D A; 4YOV A; 3GBT A; 2AJQ A; 2HHV A; 1MIX A; 3VEN A; 4M3R A; 3VN5 A; 5JVL A; 3LP0 A; 2O8C B; 3AGR A; 1KVB A; 2F96 A; 3D2F B; 4DR2 K; 1VQL N; 4RWT A; 3L3V A; 3V9U A; 4FJN A; 3L0Q A; 3ENB A; 3CCJ N; 1IKX A; 3UKU A; 4KB0 A; 1JKH A; 3H6E A; 3BF1 A; 1K8K A; 4AHS A; 3HI0 A; 5CZ1 A; 2HST A; 4IXC A; 1XWL A; 4M63 C; 3SQ2 A; 1S1U A; 4JI5 K; 5JMV A; 1S1V A; 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