1KCFA

Crystal structure of the yeast mitochondrial holliday junction resolvase, ydc2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
254
structure length
240
Chain Sequence
TVKLSFLQHICKLTGLSRSGRKDELLRRIVDSPIYPTSRVLGIDLGIKNFSYCFASQNEDSKVIIHNWSVENLTEKNGLDIQWTEDFQPSSMADLSIQLFNTLHEKFNPHVILMERQRYRSGIATIPEWTLRVNMLESMLYALHYAEKRNYPFLLSLSPKSTYSYWASVLNKKSRVQMVKELIDGQKILFENEEALYKWNNGSRVEFKKDDMADSALIASGWMRWQAQLKHYRNFCKQFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
publication title Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 86
structure length 240
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09159 Ydc2-catalyt Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kcfA00
4CECA 4CFDA 4F8RA 1UWBA 2XY7A 2EX3A 4I9QA 3JSMA 1JLCA 3HYFA 4E89A 1S1VA 3OYFA 1LAVA 3NGYA 4CFCA 3OYJA 4DS5A 4QCLA 4CGIA 3L3VA 4OPKA 1KVCA 1S1UA 4CF8A 3OY9A 4DQSA 2HHVA 3ZSXA 1XC9A 1RT5A 4RW9A 4Z4IA 5DMRA 4J2BA 3V1RA 3AVBA 4KO0A 4PA1A 3LZJA 4CJSA 2BGGA 3D0PA 1Z25A 5KGXA 3O3FA 3BDPA 2D0BA 1YTUA 2HHTA 2HHUA 4CEQA 3V6DA 1UOCA 3KLFA 2YV0X 3U3YA 4Z4CA 3O3GA 1VRTA 3V9SA 3L2QA 4O4GA 4C8NA 1JL2A 3KTQA 1WSIA 3QIOA 3HVRA 2OPPA 4PQUA 4KTWA 3VQ5A 1C1BA 4OKEA 4CFBA 5KTQA 3AVGA 1NKBA 1FKPA 4DLGA 4W5QA 3H08A 2PZSA 3MECA 5I3UA 4LH4A 4IKFA 2DY4A 4CIEA 3WNFA 4CEAA 2Q3SA 3OYGA 4IBNA 3QLHA 3AA2A 4CEBA 1U47A 1B9DA 4IG0A 3DI6A 3AVHA 4KKOA 1BI4B 2GV9A 1RNHA 4O0JA 3KJVA 1TK5A 4DSIA 3KK2A 4C8KA 4GW6A 1TAUA 4B8AB 1T8EA 4CJ3A 4FVMA 3PO5A 1XWLA 3KLIA 4KHQA 4CF9A 1HQUA 1TV6A 3CYMA 1S6PA 3ZSQA 5C25A 4CF2A 1HYZA 4DQQA 3QNNA 4DSLA 4CJPA 3QINA 4YFUA 4FJGA 2HW3A 3DYAA 4O44A 3EYZA 4DSJA 4FJIA 3ZSZA 1J54A 3AVKA 4FXDA 1BGXT 3E01A 1NOYA 3O4QA 3TAMA 1KLNA 3LPTA 4KB0A 2W42A 3HP6A 4OKJA 1JLBA 2X78A 1C0MA 4KREA 5KRTA 1TKZA 4LD0A 1FK9A 3AVCA 4AHRA 4KHSA 4CK2A 3T19A 1NOZA 1VSLA 1WSEA 3QIPA 2P5OA 1C1CA 3NAEA 4FM1A 4BDPA 3L8BA 1RT2A 1ASUA 4W5OA 2F96A 4QAGA 3EY1A 4DTSA 3VQEA 3RR7A 3KKRA 3M8QA 4CEOA 1KFSA 3K2PA 1HMVA 5C24A 3ZCMA 3ZT3A 3FFIA 1WLJA 2IS3A 1J9AA 3TI0A 4FLUA 4ELVA 4HUEA 3QNOA 3VQPA 3TR8A 1S1XA 2G8UA 4EZ9A 3L2VA 3ALYA 1I39A 3ZT0A 1RBTA 2G8WA 4FJKA 4C8OA 1L3SA 4FJHA 1R0AA 4F3OA 2IAJA 1WN7A 3QO9A 3VQDA 3SQ1A 2A1RA 5KGWA 3PO4A 4TSXA 5C42A 4E7IA 1U48A 2HNYA 3DLBA 1HYSA 4B08A 1BISA 4JRPA 1YT3A 3KLEA 4BACA 2VG6A 1O1WA 2XO7A 4CF1A 1J5OA 5HRSA 4JRQA 1SKRA 1G15A 1L3TA 4OGEA 3M8SA 1NKCA 4CJFA 1JLEA 4DQRA 1UAXA 1QS4A 3LAMA 3LPUA 4Y1DA 1YVUA 1GOAA 1JXEA 2E6MA 4FZZA 3LALA 1LW2A 5SZTA 2G8KA 4B9LA 1RT1A 3VQAA 2KFZA 2OPSA 1VK0A 4BDYA 4M3YA 3HVTA 2HVHA 3AA5X 4R5PA 3VA0A 5J2PA 1IG9A 4B9VA 4FJ5A 3HPGA 4CGGA 5CYQA 4CK3A 1RCHA 4N47A 1EXQA 4PY5A 2Z1JA 2AJQA 2OZSA 4FW1A 4DTOA 4HVJA 3SPZA 1TAQA 5EU7A 3MXIA 1XHZA 4CJQA 4FW2A 4FCYA 4FLYA 1X9MA 2PY5A 1DTTA 4ID5A 3HPHA 3NHGA 1VRUA 3L2UA 2ZQBA 3ISNC 4CFAA 3OYHA 3KK1A 3TAGA 3SCXA 1HQEA 4E3SA 1BIZA 2HHWA 2Z1IA 1T03A 2VWKA 4I2PA 4CHPA 4DU1A 3DM2A 5KI6A 3OS2A 4DU3A 1NK6A 3LP0A 4B8CA 3S9HA 4AHUA 3AVJA 4CJUA 1WAJA 4N41A 1HNVA 2FBVA 3LAKA 2QK9A 1ZBFA 3F73A 2KZMA 1J53A 3M8PA 4CERA 1VSJA 3VQ4A 4CESA 4KHYA 3ITHA 1L3UA 1SV5A 3A2FA 3CFPA 4DTJA 1NK8A 4H4MA 3RRGA 3AVAA 2XY5A 3HPOA 3C95A 3L2RA 3DLKA 1KSPA 4CEDA 4OLAA 3QERA 3SQ4A 1IKXA 3VQQA 4CJ4A 1WNSA 4CJRA 2X6NA 1ASVA 4DTMA 4M3ZA 2KFNA 4KHUA 1LWFA 3I0SA 2XY6A 3THVA 1SKWA 3JYTA 4LH5A 5J1EA 4FK2A 3ZSRA 1TVRA 3V1QA 4M3WA 4AILC 4M45A 4BWJA 5J2MA 3NH1A 3PY8A 4PWDA 3OJUA 3K5NA 4FYDA 2YHAA 3KIOA 3LWMA 1RT4A 5HP1A 1C0TA 3DMJA 4CJLA 1NJZA 2DFHA 1U4BA 5HRNA 1S6QA 2Z1GA 3HO1A 1VSKA 4E1MA 4J2AA 4FLTA 2HHSA 1BQNA 4Z0UA 4O0IA 1KLMA 1NJXA 3HL8A 1BHLA 3NF7A 2HVIA 3HM9A 1QQCA 1A5VA 1BCMA 1JXBA 1RT3A 1RT6A 2BANA 3IRXA 4LSNA 5CZ2A 3NGIA 3RMDA 4N5SA 3VA3A 3LDSA 1YTAA 4JS5A 4M3TA 2XHBA 3TAQA 2OA8A 4KTZA 4CEFA 1ITGA 1IO2A 3K57A 4E7HA 3PX6A 1FKOA 2B4JA 1Q9YA 2JLEA 4CJ5A 1TGOA 3SV4A 3HK2A 2A1SA 2XRIA 4CHZA 4FJMA 4M42A 5CYMA 2O4GA 1QSLA 4KB1A 4NCAA 1U04A 1MU2A 1RDBA 4DTRA 4B9MA 3C94A 3KD1E 1B92A 4Z4FA 2DFEA 3WNGA 1KTQA 5HBMA 2YNHA 1EETA 1RTJA 1EKEA 2WONA 2ATQA 4O55A 2G8FA 4J2DA 3OYAA 3AVNA 4H4OA 1L3VA 4FM0A 1S1WA 4DF8A 2HMIA 3DOLA 4KV8A 3MEGA 2X6SA 4CJEA 4B9SA 1S9GA 2HHXA 2BE2A 1TK0A 4N56A 1TKDA 1QTMA 4NYNA 2RF2A 1ASWA 3QEVA 1Z26A 4ELTA 3KD5E 5FRMA 2KTQA 3LWLA 1T05A 1CZ9A 4IFYA 5DK5A 2IDOA 3AVMA 1EX4A 2FBXA 2YKNA 3V9UA 5FRNA 3TABA 4OVLA 1RDDA 4F2SA 4DS4A 4WE1A 3QEXA 3SUQA 1RBUA 1SL2A 1CXUA 1W0HA 1Q8IA 3NH0A 4DF4A 1U45A 4FJ7A 3CFRA 4HCCA 1KFDA 5K14A 2EHGA 1RILA 1RBRA 4GMJB 4DMNA 1NK5A 1BCOA 3L3UA 4DSEA 3SJJA 1JKHA 4DG1A 1X9WA 2QKKA 4HUGA 4QOZB 3RRHA 4AHCA 4NCGA 3S3MA 1TKXA 3RR8A 4E7LA 4HUFA 1U49A 1SUQA 4AH9A 3TAPA 3K58A 4FJ9A 4Y1CA 3SYZA 4ZTFA 4BE2A 2ZE2A 4FJXA 3U6FA 4F3TA 2DFFA 3AO3A 4BE1A 2KW4A 2YHBA 2FBYA 3AVFA 3NGZA 3EZ5A 1JLFA 1XI1A 3MAQA 3AO2A 1NK9A 4YNQA 2B5JA 3DRSA 2YKMA 1WSHA 3I0RA 3T1AA 2RKIA 4CJWA 3OYMA 4FLVA 2ETJA 1SKSA 4CHNA 3KK3A 3NE6A 3IAYA 4UQGA 3K5LA 3NFAA 3OS0A 4FZXC 3NH2A 1HJRA 3CM5A 3G10A 3PX4A 3SI6A 3I8DA 3TANA 1XHXA 3OYCA 1TL1A 4CGJA 3KLHA 2IC3A 3OYIA 4G1QA 3ZT1A 1VSFA 4GVMA 4ZHRA 1HNIA 4CF0A 4HTUA 4FK4A 4OJRA 3S3OA 3HXMA 1REVA 4CE9A 3TAEA 3AA4A 3NF9A 3F9KA 4KPYA 3LP2A 3OS1A 1RT7A 4NYFA 3U3GA 4K8XA 4M3UA 1WSGA 1KRPA 3MEDA 1I3AA 2XY8A 1TKTA 2VWJA 5J2QA 3HSTB 4KFBA 1RBVA 4O5BA 3TWHA 4CGDA 2Y1IA 4KHWA 5SWMA 3ULDA 3DLHA 2HNZA 3QEIA 4B9NA 2F8TA 2Z1HA 3O4NA 1Q9XA 4OPJA 4CGHA 3M8RA 5JS2A 3V4IA 1D9FA 3SV3A 4LSLA 3VQ9A 2G8HA 1C1AA 3QEPA 4KAZA 3P1GA 4H8KA 3SPYA 4FLWA 2G8IA 5J2NA 3WNEA 5E41A 1BI4A 4E7KA 3CQ8A 1D5AA 1JLGA 1RTIA 4OKKA 4RW4A 3K5OA 4DQPA 3L2WA 2DTUA 1N6QA 3NBPA 1KCFA 4Z4HA 2LSNA 3QESA 3S3NA 3T3FA 2NUBA 2OZMA 2F8SA 4FJJA 2OPRA 3B6PA 3LP1A 4DWIA 4EZ6A 2PYLA 1CZBA 1LW0A 3SQ2A 4KRFA 3CG7A 4XIUA 1NJYA 2D0CA 1HYVA 4PUOA 4KI6A 2E6LA 3ASMA 3V9ZA 2GBZA 3D45A 4DTUA 1D9DA 1ZBIA 1RDAA 4CEEA 4E1NA 1N5YA 4KHNA 1LAWA 4DFKA 2GUIA 3V81A 2YNGA 3MXMA 5JS1A 1TK8A 1CXQA 4EP5A 3DOKA 3VQBA 5HROA 4N76A 3NF6A 1HPZA 4E0DA 4FM2A 2FBTA 4IDKA 1ZYQA 4KI4A 4DFMA 3ZT2A 4I7FA 1KVBA 3ZSOA 1GOBA 1A5XA 1HRHA 1A5WA 1WAFA 3AO1A 3OYLA 4JS4A 2IOCA 4DSFA 4DFPA 3P5JA 2P51A 3AA3A 4CHYA 4OLBA 3PUFA 2O4IA 1GOCA 1JLQA 2HHQA 1X1PA 2P1JA 3HJFA 5I42A 3HP9A 2QXFA 4MFBA 4C8LA 4W5NA 4ZTJA 3IG1A 4M41A 1QSSA 5CZ1A 4B9TA 1C0UA 3PX0A 4JLHA 2YNIA 4IFVA 4BDZA 3AVIA 3P83D 1NK0A 3OYEA 3ZSWA 5KRSA 4Q5VA 1QHTA 3OYDA 1B9FA 1JLAA 3NF8A 1RTDA 4CHQA 1SL0A 2R7YA 3V9XA 4I2QA 4CCHA 3VQ7A 1NK4A 4J2EA 2HNDA 4IG3A 1Y97A 5HRPA 1BL3A 4FJLA 1BIUA 4HHTA 3ZSYA 1FXXA 3CFOA 1LWEA 4MQ3A 4CEZA 3V9WA 3QETA 1IKWA 3C6TA 1VSEA 2OPQA 2YNFA 4W5RA 1LWCA 3NDKA 3TAFA 3PV8A 4B3OA 1ZBUA 2HB5A 3RMCA 4DTNA 4CIFA 3DRPA 3V1OA 3RMBA 4CK1A 1X9SA 2G8VA 1TL3A 3RMAA 2P5GA 3RWUA 3SQ0A 3WNHA 1VSIA 1SL1A 3OVNA 3AVLA 4CIGA 1S5JA 1VSMA 1JL1A 2QKBA 1WSFA 3IS9A 3VQ8A 1UA1A 3VN5A 3SUPA 1W9HA 2ITGA 1IKYA 3RTVA 1NJWA 4FK0A 1VSHA 4HCBA 2WOMA 3B6OA 4F2RA 4Z4GA 2KZZA 4RW8A 3G0ZA 4CJVA 4BWMA 2RPIA 1NK7A 4Z4EA 4DTXA 4F4KA 2X74A 2Y1JA 4M3XA 1ZBLA 4DU4A 5FROA 2ZD1A 4RG8A 4FLXA 4K8ZA 4NCBA 5HRRA 2VG7A 4FJ8A 3BGRA 3SZ2A 3SNNA 3KKSA 1EP4A 2FC0A 4Q0BA 1KVAA 5T7BA 1WSJA 1D8YA 3KLGA 2PYJA 5FDLA 1UA0A 2E4LA 1RBSA 4AHTA 4DLEA 4AHSA 3OYKA 5HLFA 2D5RA 4DFJA 2BDPA 1LV5A 3UIQA 3VQ6A 2IGIA 4CGFA 1BQMA 4FJNA 4E19A 1F21A 1K6YA 4KTQA 4M3RA 3ZSVA 3O3HA 1S9EA 1DTQA 3ZT4A 3QEWA 1QSYA 4B9UA 4RW7A 2RN2A 4LY7A 3MEEA 3DLEA 3OJSA 3LZIA 3MXJA 2I5JA 1DLOA 4BE0A 4W5TA 3DRRA 1NKEA 3K59A 3SUNA 3DLGA 1T7PA 4RW6A 2VG5A 3DLRA 5CY4A 3NCIA 2OYQA 5D3GA 2B6AA 4DTPA 4CHOA 4DQIA 1ZBHA 4I9LA 3OYNA 3HT3A 4CJKA 1RTHA 4DSKA 2KQ2A 3K5MA 1CLQA 1QE1A 4FZYA 1IH7A 4ICLA 3VQCA 3AO4A 3OYBA 1C6VA 3LP3A 4AHVA 4E7JA 4ELUA 4L8RB 4EP4A 2D0AA 4ID1A 1IKVA 3CM6A 3SUOA 1L5UA 2JGUA 4OGCA 4CJTA 1RDCA 3AV9A 4C8MA 3AO5A 3LANA 4FLZA 1S1TA 1VSDA 3TARA 3C6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ6A 1OH6A 1UWBA 2EX3A 4FWPA 4FPBA 1JLCA 3FZLA 4E89A 4BRGA 4CFCA 5AQYA 1BA1A 3SAFA 3BZCA 4DQSA 2HHVA 1XC9A 4Z4IA 3V1RA 1VQ7N 3LZJA 4JK8A 2BGGA 3VTHA 5KGXA 3QBXA 3V6DA 4JN4A 3KLFA 4HTLA 4WCEL 5LJWA 4A5BA 4ILHA 2O8BB 3V9SA 3J7YP 4O4GA 5AQFA 4JD2A 1KXPA 5AQLA 3GOIA 4KTWA 1HKGA 4CFBA 5LY3A 3AVGA 4QS8A 4W5QA 3MECA 3ATVA 3WNFA 4BRFA 2Q3SA 3OYGA 3ZETA 3AA2A 4RWTA 3CIPA 4U7BA 1U47A 4O8KA 4YOVA 4IG0A 3DI6A 2GV9A 1RNHA 4DSIA 1N34K 4PL7A 3KK2A 2Q0UA 4FVMA 2E8AA 3P39A 3KLIA 1N32K 4CF9A 2QWNA 3CYMA 1VQKN 1S6PA 4BRHA 5C25A 4DQQA 2HSTA 4DSLA 3QMLA 2HW3A 3DYAA 4FXDA 4DSJA 3AVKA 1YUWA 3AAQA 5C0YA 1ILYA 4JKAA 3LPTA 2FXUA 5AZIA 4JV5K 4X64K 5H1SQ 1GLEG 4KH4A 3GG4A 3QIPA 2P5OA 4IJNA 4BG9A 1JCGA 3GE1A 1ASUA 2IVNA 3CC7N 3EY1A 2UXDK 3RR7A 3KKRA 3M8QA 4CEOA 4JNEA 3R8EA 2WC9A 1KFSA 2W6KA 2FSNA 3ENOA 3ZT3A 4CI6A 3TI0A 4FLUA 3HTVA 3TR8A 1S1XA 4EZ9A 3C65A 3ENHA 1I39A 1W2BM 1RBTA 4BROA 3CD6N 2IAJA 3SQ1A 2A1RA 1YJ9N 5KGWA 3CJ1A 4E7IA 1U48A 1BISA 4BACA 1YT3A 3KLEA 2VG6A 1O1WA 5BREA 4JKHA 2P9UA 4JRQA 1G15A 1NKCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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