4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
5I42A 1KSPA 3V4IA 1UAXA 5SWMA 2HNYA 3H08A 1S1UA 3QERA 4DTPA 2OZMA 2Y1JA 1UOCA 2Z1GA 3SUQA 2KFNA 1RTJA 4CGJA 5D3GA 4F2RA 3OYCA 3S3MA 1LW0A 1QSYA 4FJ7A 4ELTA 3O4QA 4FLVA 3RR7A 4E0DA 3NHGA 4CGFA 4OKJA 4B9TA 3OYJA 1DTTA 2G8UA 4M3RA 1YT3A 3HPHA 1NK9A 3AVBA 2XY6A 4KB0A 1ZBFA 3HXMA 3DLGA 2X6SA 3CM5A 1HNVA 3L2RA 3QEVA 2Z1IA 1TK0A 1S1VA 3AVIA 3MEEA 3QIOA 2F8SA 3MEDA 4G1QA 2GBZA 1HNIA 1ITGA 1HYZA 1IKWA 3M8QA 4M45A 1WSFA 4JLHA 3V9XA 3HM9A 4QAGA 1NJYA 3VQCA 3SQ1A 4CGGA 4PWDA 1TGOA 4KI4A 2HVIA 4CHOA 3L2UA 1FKOA 3CQ8A 1J53A 4CIEA 2XY8A 5KGWA 3BGRA 4CIFA 1RDDA 3L2QA 4HUEA 3TWHA 3V6DA 4DSKA 3LP1A 2DFFA 1B92A 5CZ2A 3F73A 3OYBA 2WONA 1HRHA 4FK2A 1BIUA 3VQ8A 4HUGA 3LAKA 2VG5A 3D45A 3I0RA 5KGXA 3VQPA 4M3XA 3DRPA 4KV8A 4MQ3A 1JKHA 3KLHA 4FK0A 4CGHA 1RBVA 4CK3A 2VG7A 3NDKA 5HP1A 1U49A 1C0MA 3ZSQA 1NOZA 3ZT4A 4Z4EA 1CZ9A 1WN7A 3AVLA 4E1NA 1A5WA 4CEQA 1VSMA 4HUFA 4ID5A 3MXIA 4Y1DA 4F3TA 2KFZA 1NKBA 4F4KA 2HHWA 1B9FA 4DQSA 5FROA 1VSKA 3C6TA 3DLRA 4KHYA 3ZT3A 4MFBA 4C8NA 3L2WA 4HVJA 2G8KA 3KLIA 3NFAA 4J2DA 5CY4A 1IG9A 2QKKA 3AO1A 3P5JA 1WSIA 3F9KA 1J5OA 3RTVA 2W42A 4DSEA 4ZTFA 4H4MA 4FYDA 2YNFA 1FXXA 5HROA 3B6OA 1BQMA 4CJ4A 3KKSA 3NAEA 4DFKA 3RMCA 1NK0A 1ASVA 2GUIA 4IBNA 2OPQA 4RW9A 2DY4A 5KTQA 2KZZA 3OYHA 1DTQA 4IFVA 3CFRA 2BDPA 3SUOA 3VQQA 2A1SA 2Z1HA 4ID1A 3LWLA 3P83D 4CHZA 2Y1IA 4QOZB 1GOBA 1WAJA 4E7JA 3O4NA 3DLBA 4KHUA 3KJVA 4DQIA 2NUBA 4KHQA 4BDPA 2XRIA 4OPKA 3C94A 1FK9A 4E1MA 4KPYA 4LH5A 3OYAA 4J2EA 4YNQA 1D9FA 3SQ0A 4LY7A 4DFPA 1HMVA 4NYNA 4B9SA 3VQAA 4CEBA 3LP2A 3OY9A 3LZJA 3D0PA 1B9DA 3MXJA 4IG0A 3VQ9A 3KTQA 3O3FA 3AO2A 3TAPA 3AV9A 3OYNA 4FZYA 3PX6A 4FJKA 1XWLA 2ZD1A 1CZBA 3LAMA 2A1RA 2HVHA 5JS2A 3ALYA 1Q9YA 3AVHA 2ZQBA 4CJPA 2OA8A 4R5PA 1BQNA 3WNGA 4CFAA 4Q5VA 4FM2A 4W5TA 2G8VA 1L3TA 1S1WA 1L3SA 3QNNA 4KREA 1C6VA 5C24A 4Z4GA 3DRRA 1WAFA 1RTHA 3ZSXA 3SQ2A 1WSJA 4TSXA 3U6FA 3IS9A 2VG6A 1SL1A 4FZXC 3VQ6A 1NKEA 2E6MA 3OYLA 1LV5A 4I2QA 1S1XA 3NF6A 2BE2A 4AHVA 3ITHA 3EZ5A 4HTUA 4DU1A 5J2PA 5HLFA 4K8XA 3ZSYA 3HT3A 4FJMA 4B9NA 2FBYA 3LWMA 3SV4A 1TAUA 3VQBA 3ZSZA 1SUQA 4ICLA 1RT5A 4JRPA 2BANA 1EETA 3OVNA 3U3GA 4JS5A 4DF4A 2KW4A 2E4LA 2KTQA 1IKVA 3AVCA 5HRPA 4N56A 2YV0X 2HMIA 2HHXA 1Z26A 5J2QA 4E89A 1D5AA 2DFEA 3VQ7A 4CJRA 4C8LA 1D8YA 4KTQA 3C95A 2FC0A 3MECA 5J2MA 4DSJA 4B8CA 1ZBIA 1RILA 2XO7A 4FLXA 1BL3A 1BIZA 1VK0A 1BCMA 4CGIA 4DU3A 4Z4HA 4RW4A 1R0AA 3LDSA 1KVAA 3L3UA 1TVRA 1RBRA 4FJLA 4FK4A 2OPPA 4CF9A 1L5UA 1WSGA 3AO3A 3KKRA 1T7PA 4CERA 1JXBA 4OGEA 4DSIA 1TL3A 4BE0A 3QLHA 3SYZA 3RWUA 2I5JA 3E01A 4LSLA 1LWEA 2VWKA 4NCGA 2KZMA 5HRRA 1YTAA 3ZT1A 3ZT0A 4KFBA 4FLYA 4C8MA 1U04A 4CEZA 3DLHA 4CJSA 4PA1A 2FBVA 1EP4A 4CEOA 5HRSA 5FRMA 4F3OA 1RT7A 3QEIA 1QTMA 2DTUA 1U47A 3OS1A 3G10A 3ZSWA 3OYEA 4FJXA 1JL2A 5C42A 5J1EA 3MAQA 1X9MA 3KLGA 5KI6A 2PYLA 4HCCA 1Y97A 1YVUA 2P1JA 1VSFA 1RBSA 3DYAA 2IOCA 3I8DA 4DLGA 3KD1E 4HCBA 5HBMA 1L3VA 2OPRA 4ELUA 3VN5A 4EP4A 3QETA 1LWCA 3SJJA 2O4GA 3QEWA 4FM1A 4CHPA 3M8SA 2AJQA 2XY7A 1HYSA 2HHUA 2FBXA 4BWMA 4F2SA 1QQCA 1Q9XA 2WOMA 4DMNA 1SKWA 4DU4A 1BISA 5EU7A 3TAQA 1ZBHA 3NF8A 3WNFA 3OYMA 1UA1A 2B6AA 1JLAA 1W9HA 3FFIA 3HPGA 1NJXA 4Z4CA 3K5LA 1QS4A 4RW7A 5T7BA 3U3YA 2QKBA 1GOAA 4DFMA 1C1AA 1UA0A 3PV8A 4GVMA 2D5RA 1LW2A 4CHNA 3VA3A 3PX4A 3DMJA 4KHWA 4O0JA 4F8RA 4E3SA 1QSSA 4DQRA 3AVAA 1RBTA 3JYTA 2G8IA 3WNEA 4DQQA 4NCBA 1F21A 3TR8A 4OGCA 1T03A 4KRFA 1RT6A 2G8HA 2HW3A 4M42A 3V9WA 4E7LA 4AHCA 3DRSA 1VSHA 3ZT2A 4CJFA 3K57A 4UQGA 1JLGA 4FJIA 1S9EA 1S5JA 4FLTA 3OYGA 4B08A 5C25A 3LPUA 3LZIA 4FLZA 2IDOA 4DLEA 1RDBA 3DI6A 1IKYA 3K5OA 3RRGA 2IAJA 1KFDA 1UWBA 1NOYA 2ZE2A 5HRNA 3SPYA 3DLEA 4QCLA 4B8AB 3TAEA 3TABA 4CFDA 3PO5A 4KHSA 1RBUA 4LSNA 3T3FA 4I9QA 1JLQA 3OS0A 4DF8A 4DG1A 3T19A 4CFBA 3CFPA 4M41A 1IH7A 4IDKA 4O5BA 1IO2A 3I0SA 3HVTA 4LH4A 4OPJA 1NK8A 3AA3A 4I2PA 3KLEA 4CEAA 1WNSA 4DTRA 2HB5A 1ASWA 3L2VA 4CJVA 2EHGA 3HK2A 2O4IA 3ULDA 4CJTA 1KVBA 4FM0A 4CHYA 2FBTA 4CHQA 1TKDA 4CEDA 1SV5A 1RT1A 1NJWA 4Q0BA 3V81A 4CEFA 3DM2A 1BI4B 2YHBA 3OJSA 4I9LA 4CFCA 4J2AA 4DSFA 4Y1CA 1D9DA 3NCIA 4YFUA 3AVGA 3CYMA 3SUPA 4M3WA 2PZSA 4Z4FA 4GW6A 4DTMA 1U48A 4FZZA 4FJ8A 4Z4IA 1JLEA 4KTZA 3HVRA 3B6PA 2RKIA 1SKRA 1KRPA 2F8TA 3UIQA 4M3UA 1FKPA 3RMDA 3AVJA 1MU2A 3PUFA 4CK1A 3NF9A 1A5XA 2IS3A 4K8ZA 2OZSA 3K2PA 3RRHA 2HHVA 1JLCA 3DOLA 4O44A 1JLFA 3ZSVA 3TAMA 4B9UA 2D0AA 1JXEA 1W0HA 3VQEA 4IKFA 4CF1A 1VRUA 4CESA 3T1AA 3LALA 3EYZA 1YTUA 4XIUA 3K59A 4M3TA 4CE9A 3ASMA 4BWJA 4AHUA 4CJQA 4E19A 4JS4A 1ZYQA 3OYIA 4M3ZA 1XHZA 1N5YA 4CECA 1A5VA 3QIPA 4W5OA 4B9MA 4O4GA 3V9SA 3AA5X 1KLNA 1HJRA 1T05A 1RT2A 1RCHA 3A2FA 4DQPA 2XY5A 1S1TA 3HYFA 2ETJA 3IRXA 3RR8A 1IKXA 3TAFA 4J2BA 1TV6A 3KIOA 3TAGA 2ITGA 4RG8A 1CXQA 3V9ZA 3HSTB 1S9GA 2E6LA 1C0UA 3LANA 4O0IA 4C8OA 4DTUA 3MEGA 1EXQA 2F96A 4KKOA 3HP9A 3NBPA 1NK6A 3HJFA 4KO0A 4CCHA 4AH9A 4HHTA 2RN2A 4KHNA 3AVNA 4KAZA 3SI6A 4N5SA 1KCFA 4CJWA 3QEXA 4KB1A 1QHTA 4FJNA 4FJ9A 2KQ2A 4PY5A 3WNHA 4FW1A 1TKTA 4CJ5A 1BCOA 3OYKA 4DTNA 3PY8A 2JLEA 1TAQA 1VSJA 4WE1A 4DSLA 3KK1A 4BE1A 3SZ2A 3HP6A 4EZ6A 4DTJA 2HNZA 2X74A 3NH1A 3EY1A 4IG3A 3C6UA 2QK9A 3V1OA 3QINA 3KK2A 4B9VA 1SL2A 4FLUA 1VSLA 4O55A 1NK7A 3VQDA 3ZCMA 1EX4A 3SCXA 1CLQA 1NJZA 3AVFA 1RDAA 1Z25A 2GV9A 5J2NA 1BI4A 1KLMA 1RT3A 1VSDA 2YNHA 3S9HA 4FJHA 4DTOA 5SZTA 5CZ1A 4CF0A 1RDCA 3NH0A 2G8FA 1J54A 2VWJA 3SNNA 4FXDA 2HHTA 4NCAA 4W5NA 3AA2A 2G8WA 4B3OA 1DLOA 1HQUA 1LAWA 3ISNC 4OKKA 4BDZA 4CJLA 3RMBA 4DWIA 1BHLA 4NYFA 3OJUA 3NGIA 1TKZA 1HYVA 2X6NA 3NH2A 4N76A 4CJEA 5CYQA 3VQ5A 5FRNA 3PO4A 1S6QA 3V9UA 4W5RA 1KTQA 1VSEA 4ZHRA 3TARA 4B9LA 1XI1A 3DLKA 4E7KA 4RW8A 2RPIA 3LPTA 1QE1A 3CFOA 4OVLA 3K5MA 2LSNA 3QEPA 3ZSOA 1TK8A 3K58A 4KTWA 3PX0A 3KD5E 4FW2A 1WSHA 5DK5A 3SUNA 4CJ3A 2ATQA 1SL0A 3L3VA 5I3UA 2YKNA 4BACA 1NK5A 5E41A 3KLFA 3MXMA 4Z0UA 3QESA 3SQ4A 3CG7A 2YNGA 2P5OA 1TK5A 1XC9A 1VRTA 3NGYA 2RF2A 4CF8A 4JRQA 3SV3A 4AILC 3M8RA 3ZSRA 3TANA 1X1PA 2R7YA 2XHBA 2YHAA 1VSIA 3NF7A 3HL8A 3RMAA 4L8RB 1QSLA 1JL1A 1N6QA 5JS1A 1U4BA 1Q8IA 4LD0A 4KI6A 1KVCA 2B5JA 1WLJA 2P5GA 1WSEA 1ZBUA 4CJKA 2HHQA 3AVMA 3O3GA 1TKXA 2P51A 2X78A 3KK3A 1G15A 4BDYA 3V1RA 3HPOA 4FCYA 3BDPA 4AHSA 2IC3A 4EZ9A 1J9AA 4E7HA 3S3NA 1L3UA 3IAYA 3OYFA 4PUOA 3VA0A 4IFYA 3OS2A 3S3OA 3LP0A 3HO1A 4DS4A 4H4OA 1HQEA 1I3AA 4CEEA 1EKEA 3AO5A 1ASUA 1KFSA 1K6YA 1LWFA 1RTIA 2JGUA 2YKMA 2OYQA 3M8PA 4ZTJA 1X9SA 3AA4A 1GOCA 3AVKA 4H8KA 4FJ5A 1T8EA 3VQ4A 3O3HA 1RTDA 1JLBA 5KRSA 4FJJA 4CK2A 2IGIA 1REVA 4E7IA 1SKSA 2DFHA 3P1GA 1S6PA 1NK4A 3G0ZA 1BGXT 2OPSA 4OLBA 1HPZA 4DTXA 3V1QA 3SPZA 1C1BA 1I39A 3DOKA 3CM6A 2QXFA 3JSMA 5CYMA 4N41A 3NGZA 3AO4A 4CF2A 1X9WA 3OYDA 1RT4A 4GMJB 3K5NA 1RNHA 1C1CA 2D0CA 4N47A 4W5QA 3QNOA 1NKCA 4ELVA 4CIGA 4FLWA 3THVA 5K14A 1C0TA 3LP3A 4FJGA 4DTSA 4FVMA 2HNDA 4I7FA 4C8KA 4EP5A 4M3YA 2PY5A 4OLAA 2D0BA 3IG1A 2Z1JA 5DMRA 1CXUA 1ZBLA 2PYJA 4RW6A 2EX3A 4CGDA 1O1WA 4OKEA 5KRTA 1XHXA 1U45A 2BGGA 3NE6A 4BE2A 2HHSA 4AHTA 4AHRA 2Q3SA 2B4JA 4DFJA 3QO9A 4DS5A 4CJUA 1LAVA 2YNIA 5FDLA 1TL1A 4PQUA 4OJRA 3TI0A 3L8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5RA 5I42A 3DXKA 3V4IA 1UAXA 2QI2A 3H08A 1S1UA 3MDQA 4JK7A 3L4IA 1UOCA 4DV0K 3UB5A 4JKEA 4CBXA 2QWQA 1QSYA 3R1XA 3O4QA 4FLVA 4CGFA 2QWLA 1DTTA 3J7YP 3HPHA 2E8AA 1NK9A 3AVBA 1ZBFA 3THXB 3LDNA 2F4VK 3MEEA 2Q0UA 1HNIA 1IBKK 3M8QA 3HM9A 1NJYA 1TGOA 3THWA 4CHOA 4WQ4A 1FKOA 3O6WA 4CIEA 2XY8A 3FFKB 3TWHA 3FR0A 4GV3A 5F0XA 1VQNN 3LP1A 4FK2A 1HRHA 4KBOA 1BIUA 1BUPA 3VQPA 1GLJO 2F9TA 3EE9A 4A5BA 4CK3A 4IZ9A 1C0MA 3ZSQA 1NOZA 3AVLA 3UKUB 5AZIB 4E1NA 1VSMA 4F3TA 4ID5A 3DWLA 1NKBA 1SS6A 4U67L 3ZT3A 4MFBA 4C8NA 3KLIA 2NRRA 3P5JA 3F9KA 3RTVA 4DSEA 3UKRB 4H4MA 2YNFA 3B6OA 1BQMA 4BRCA 1NU0A 2W6LA 4BRGA 4DR4K 3SLCA 4RW9A 3CFRA 1CZAN 3VQQA 3WUHA 3JS6A 4DCHA 3DLBA 1WAJA 2NZTA 4E7JA 3KJVA 2UXCK 4YNQA 4V19S 1U2VB 4NYNA 3VQAA 1B9DA 2VGMA 3VQ9A 3KTQA 3O3FA 4FZYA 3OYNA 5E26A 1CZBA 4PKGA 4A57A 3HI0A 1XC3A 4LFCK 3VGMA 4CFAA 1T6CA 2E1YA 4FM2A 4W5TA 2NRZA 4JI4K 1YJNN 2QWMA 3DRRA 1NGIA 3ZSXA 2AP1A 1HNWK 3U6FA 2P9UA 3IS9A 3VQ6A 1D4XA 3OYLA 3AY9A 1LV5A 4FL9A 4OPHA 1S1XA 4K8XA 4DU1A 3I55N 3SV4A 3D2EA 4ICLA 4JRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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