The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 K; 4JI6 K; 3T1H K; 4GKJ K; 4B3R K; 4KHP K; 4LF6 K; 2UU9 K; 4LF4 K; 1XMQ K; 4NXN K; 1XNR K; 3OTO K; 3J7Y P; 4JI3 K; 4DV2 K; 4B3M K; 1HNX K; 2UUC K; 4DV7 K; 2UXB K; 4LFC K; 2UUA K; 1FJG K; 4V19 S; 4DV1 K; 4JI5 K; 1XNQ K; 2UUB K; 1N32 K; 4B3T K; 4DR7 K; 4DR3 K; 1XMO K; 4JI1 K; 1N34 K; 4JI8 K; 4K0K K; 1IBM K; 4DUY K; 1HNZ K; 1N36 K; 4X65 K; 2UXD K; 5LMN K; 4YY3 K; 4GKK K; 4X66 K; 1J5E K; 3T1Y K; 4DR6 K; 2HHH K; 1IBL K; 4DUZ K; 4DV6 K; 4JYA K; 2UXC K; 4JI0 K; 4X64 K; 4CVN E; 3JAM O; 4JI4 K; 4JV5 K; 4NXM K; 4LF7 K; 1HNW K; 4LFA K; 4B3S K; 4DV0 K; 1IBK K; 5FLX O; 4LFB K; 4X62 K; 5BR8 K; 4DR5 K; 4LF8 K; 4DR4 K; 2F4V K; 5IWA K; 4DV4 K; 4DV5 K; 1HR0 K; 1N33 K; 4DR2 K; 4DR1 K; 3J7A P; 5LL6 Z; 5AJ3 K; 2VQE K; 4CW7 B; 3J81 O; 4OX9 K; 2E5L K; 3J80 O; 4JI7 K; 4DV3 K; 4AQY K; 4JI2 K; 4YHH K; 5IT9 O; 2VQF K; 5A2Q O; 1I94 K; 4LF9 K; 4LF5 K; 5LMU K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KHW A; 5JS2 A; 1VSD A; 1LAW A; 2VGM A; 2YJF A; 3FR0 A; 4CHZ A; 3CCM N; 5KRT A; 3VQA A; 5AQK A; 3HOS A; 4DLE A; 4ISF A; 3SV3 A; 1SKS A; 2QKK A; 2J4R A; 1HNX K; 4OGE A; 3V1O A; 4CE9 A; 4ZTJ A; 1Z25 A; 3O6W A; 2UUB K; 4BG8 A; 3K9J A; 3FE1 A; 5I9E B; 3DM2 A; 3M8P A; 5J2N A; 2YNH A; 4C8L A; 1UAX A; 1SS6 A; 3DOL A; 3DMJ A; 3TAN A; 3QFU A; 4QS9 A; 1GLA G; 1YXQ A; 1RT3 A; 3O1B A; 1TK5 A; 4K43 A; 2B4J A; 3CMA N; 3QML A; 3CJB A; 3ULD A; 4DTX A; 2YHX A; 3VEW A; 3CME N; 2NLX A; 4IXC A; 5AQS A; 4H0T B; 3ZT3 A; 3KWI A; 2A1R A; 1VRT A; 2P9S A; 3EYZ A; 3WNH A; 2P9S B; 2X6N A; 4FLT A; 1XC9 A; 3TSQ A; 3J8A A; 4WQ5 C; 4JS4 A; 3DLK A; 4RTF D; 4AHU A; 2ZJR L; 3CCQ N; 5AQM A; 1JCG A; 5LL6 Z; 2QXF A; 3VQ5 A; 2OZS A; 3QO9 A; 4ZTF A; 4CGI A; 5J2Q A; 4EZ6 A; 2A3Z A; 4JN4 A; 5EXW A; 5FPN A; 4FJ7 A; 2CH6 A; 4Q0B A; 1M90 O; 3V6D A; 5IT9 O; 3FZL A; 4FO0 A; 2VG5 A; 4DFK A; 3F9K A; 1I94 K; 3JSM A; 4H0X B; 4GY2 B; 4EHU A; 3T1H K; 3TI0 A; 3KVG A; 1TV6 A; 5CYQ A; 5EX5 A; 1RT4 A; 4B9T A; 5AQI A; 2G8H A; 3HM8 A; 2HHT A; 5KTQ A; 4BE1 A; 1BIZ A; 2HHQ A; 1J53 A; 5HRS A; 3J7Y P; 1HMV A; 1X9J A; 2HW3 A; 1B92 A; 4M41 A; 1WSI A; 4JD2 B; 2XO7 A; 4M3T A; 1Q9X A; 5AQY A; 1BI4 A; 3H45 C; 2P9K A; 4NYN A; 3WQT A; 3OYA A; 1BI4 B; 2P9K B; 1GLC G; 5GIN A; 3HI0 A; 2HST A; 4CJK A; 5FPM A; 3LL3 A; 1JCE A; 2GV9 A; 3I8B A; 4IJA A; 4Z4E A; 4Z94 A; 4GNI A; 3WXL A; 2W41 A; 2NZT A; 2VYP A; 4CJT A; 3OVN A; 2YV0 X; 4CF0 A; 3CCV N; 3CM6 A; 5GAD P; 2KZM A; 1QQM A; 1K8A O; 3AA3 A; 4QCL A; 5K14 A; 3ITH A; 3TAP A; 1J5E K; 1VQL N; 3NDK A; 4BY9 C; 2WON A; 1SL2 A; 3VGL A; 3DRR A; 5JS1 A; 4X64 K; 1HQE A; 4JHD A; 4BR0 A; 1NGF A; 1CLQ A; 4BRK A; 4XH4 A; 4DS5 A; 3RMB A; 3RMA A; 3OYM A; 4DTJ A; 4FK2 A; 1NK5 A; 2OPQ A; 2O8C B; 1YVN A; 1ZBL A; 4CK3 A; 4CFD A; 2QXL A; 3CFP A; 3SUN A; 2IVP A; 2ZF5 O; 4DV5 K; 4JNE A; 1BQN A; 4C8O A; 3L6Q A; 3N4P A; 3KLE A; 4FSV A; 3LAM A; 4Z4F A; 2QTD A; 1QS4 A; 4WQ4 A; 5BRD A; 4BDZ A; 3HT3 A; 2H3G X; 4CEO A; 4CFC A; 1NK0 A; 2I7N A; 3AY9 A; 4WYB A; 4PHT X; 1WSG A; 3UKR A; 4LF9 K; 3J7Z O; 3MAQ A; 3K0S A; 1BHL A; 4JI6 K; 2ASP A; 4BVP A; 4E1J A; 4BAC A; 3SQ0 A; 2A41 A; 3LDP A; 3TAG A; 1VSF A; 4W5O A; 4DLG A; 2O8F A; 4BRM A; 2O8F B; 4ILH A; 3G10 A; 5CY4 A; 2YHW A; 1NGI A; 3L2W A; 3C7N B; 4LC9 B; 2KHO A; 3HZ6 A; 4L3Q A; 4DFP A; 2E2O A; 4E7J A; 3OYF A; 3KIO A; 3CCJ N; 1EO1 A; 3EZ5 A; 2LSN A; 4B1Z A; 4BG9 A; 3DWL A; 4J2B A; 1Q8I A; 4KKO A; 4ISE A; 3T7Z A; 1CXU A; 3VQB A; 3VEO A; 1S6Q A; 3E9L A; 3P5J A; 3S9H A; 4EAH D; 2OTJ N; 5CZ1 A; 3KD1 E; 4FWM A; 2B5J A; 3TU5 A; 4IO8 A; 2A42 A; 1S9G A; 3C6U A; 4AHV A; 4WFA L; 1U47 A; 4F3O A; 4ISG A; 3BUZ B; 1XI1 A; 3CJA A; 1NGD A; 1JLC A; 3FZM A; 3E9O A; 4IG0 A; 4NCB A; 2YNF A; 2ASO A; 1KAX A; 4B9U A; 2DFH A; 1J54 A; 4BR4 A; 1D9F A; 4PWD A; 4LFB K; 3EE9 A; 4J2A A; 2D0O A; 3R1X A; 2GUI A; 2DFF A; 3CJ7 A; 3WNG A; 5AQV A; 1HNV A; 2D0C A; 1C1A A; 4I6M A; 3K5L A; 3V9W A; 4KFB A; 2ITM A; 3AVH A; 3WUH A; 3VTH A; 4YOX A; 3S41 A; 1BIU A; 1Q18 A; 3AVI A; 2Z1G A; 1VQ5 N; 4BRI A; 2X74 A; 3AVJ A; 3TWH A; 1VQ6 N; 3QBW A; 4CEA A; 1JJ2 M; 3OS0 A; 3CC7 N; 4CZH A; 4M3R A; 4HCB A; 3ZSO A; 4FLX A; 2P5O A; 1RT6 A; 4CFB A; 4WF9 L; 4BR5 A; 2X78 A; 3NF8 A; 4PL8 A; 3KD5 E; 3OYE A; 2O8D A; 4ILJ A; 3NHG A; 3RR7 A; 4K25 A; 1EXQ A; 4BE0 A; 2O8D B; 1NK7 A; 3EEQ A; 5EU7 A; 3V9X A; 1BGX T; 3ATU A; 3AAR A; 3A5N C; 5HOO A; 4JI3 K; 2ITG A; 3HXM A; 2IDO A; 4CK2 A; 3H3N O; 4E19 A; 4DV7 K; 2EHG A; 3KK3 A; 4KHS A; 1WB9 A; 4BRN A; 1NJI O; 2YCH A; 3KLF A; 4KI4 A; 3QNO A; 1ZXO A; 1BA0 A; 5DM7 L; 1E4F T; 1VHX A; 2YKM A; 1ZBH A; 2YKN A; 4K8X A; 1HNZ K; 3SYZ A; 2YJE A; 3LWL A; 4JEP A; 1NMD A; 5HRP A; 2W6K A; 3QEP A; 3VMF B; 1KCF A; 3TAQ A; 4AHR A; 4JS5 A; 1U49 A; 4HUF A; 3G25 A; 4JI0 K; 4NXM K; 4ZHR A; 2AP1 A; 3QLH A; 3HOT A; 4JLH A; 3SAH A; 5C24 A; 3AVK A; 4MO4 A; 3C6T A; 4O5F A; 1B9F A; 4CF1 A; 3CPE A; 4BC3 A; 3LDS A; 1BDG A; 4H0P A; 3VES A; 3QBX A; 3SK3 A; 1TAU A; 4CZM A; 4ILG B; 1S6P A; 1VAZ A; 2V52 B; 3LP0 A; 4NYF A; 2BTF A; 1HJO A; 3OYJ A; 2NRV A; 1NJX A; 1MWK A; 3H3O B; 5I3U A; 1U48 A; 5HRN A; 1SQK A; 1XUP O; 4CJ5 A; 3SUO A; 4DHY A; 3LP2 A; 4DQ8 A; 2OYQ A; 2HMI A; 4BRA A; 4DV3 K; 3UKU A; 3ZX2 A; 1H1V A; 5JVG L; 3AVC A; 3ZCM A; 3MN9 A; 3UKU B; 1GLB G; 1OH5 A; 4DQQ A; 1IV0 A; 3O8M A; 1BQM A; 4AIL C; 4KHY A; 3U9D A; 5LJV A; 3AVF A; 1YUW A; 4LY7 A; 1HPZ A; 4LF6 K; 4DMN A; 3K58 A; 1XMQ K; 4NXN K; 3VF4 A; 3DRS A; 4DFJ A; 1C0U A; 1IKY A; 2FBV A; 4H5V A; 1HYZ A; 3ZSX A; 3DLH A; 5DK5 A; 2RF2 A; 2XHB A; 3NF9 A; 3L8B A; 4BRD A; 3SPZ A; 2CGJ A; 1QQN A; 4FWN A; 4KH6 A; 3BZC A; 4E7L A; 1RDU A; 1TYQ A; 2BDP A; 3LM9 A; 4OPK A; 3C6H A; 2PAV A; 4CHY A; 2XY5 A; 3DXK B; 5SZT A; 3AGR A; 1NWK A; 3U4L A; 4GV6 A; 4FWP A; 1N36 K; 1LW2 A; 1DLO A; 2PY5 A; 4B1U B; 1Q7Y O; 4W5R A; 4AH9 A; 2PYJ A; 4KBO A; 3JYT A; 4X66 K; 5CHI A; 1JKH A; 1IBL K; 5I42 A; 3M8Q A; 3WEE A; 4BGA A; 3UE5 A; 1WBD A; 3DAW A; 2E88 A; 3MN5 A; 2PYL A; 4JKC A; 4CI6 A; 4Z4I A; 1VRU A; 5M1Q A; 2KKZ A; 2KZZ A; 1K73 O; 4DFM A; 2Q36 A; 5JLF A; 5F0X A; 3K59 A; 1MWM A; 5KQ8 A; 2NRW A; 1NK9 A; 2Q3S A; 3JXU A; 4JKG B; 5M1F A; 4MQ3 A; 2OZM A; 1QQC A; 3QEI A; 4CJ3 A; 3GBT A; 3KHY A; 4A2A A; 3VEY A; 5GIP A; 1T03 A; 3IG1 A; 1V4S A; 4HTL A; 2P9L A; 4C1N K; 1N5Y A; 3AVN A; 4FZZ A; 2BH1 A; 2P9L B; 5KGX A; 3PUF A; 4WQ4 C; 2KLA A; 4EIA A; 1TKZ A; 1JL2 A; 5GAE P; 2HHW A; 4KTW A; 3OYH A; 4GKJ K; 1UWB A; 4OPA A; 3OYC A; 1NJY A; 1QHA A; 3LDQ A; 4FM0 A; 3AVB A; 1RTH A; 2FSN A; 1KLN A; 4CZL A; 3ZEU A; 1HYS A; 4G1Q A; 3CCR N; 4J2D A; 3NFA A; 1BCM A; 4LD0 A; 4BRH A; 2Z1I A; 5HL7 L; 3OS1 A; 3VF6 A; 1QE1 A; 4NLB A; 3MEE A; 4B3M K; 4NCG A; 2UUA K; 4AHC A; 2FSK A; 3PV8 A; 2O8E A; 3SNN A; 5M1O A; 3QNN A; 3PX6 A; 3T1A A; 4ID5 A; 4JI1 K; 4YOW A; 1ATR A; 2P9N A; 4ELT A; 1OH6 A; 3O4N A; 1ATN A; 2P9N B; 1QSL A; 5AZI A; 5MLC Q; 1C0G A; 3V4I A; 4B08 A; 3D2F A; 4IZ9 A; 5AZI B; 1YT3 A; 2A5X A; 1BA1 A; 2Q0R A; 3GL1 A; 3D2F B; 3CG7 A; 3M6G A; 5M1N A; 5T7B A; 3VQC A; 3CCS N; 3AVL A; 2XRI A; 4CF9 A; 5AQZ A; 4CVN E; 3NE6 A; 4FZY A; 3RMC A; 5TKY A; 3T3F A; 2IIR A; 4DSI A; 1TK0 A; 2NRR A; 3QDK A; 4EHT A; 1S1X A; 5AQQ A; 1J9A A; 3A5M C; 1QSY A; 3O4Q A; 1A5W A; 3L2R A; 4DV4 K; 1OVQ A; 1JLE A; 4AM7 A; 3M5R A; 2HHV A; 1NBW A; 3I33 A; 2QM1 A; 4Y0W A; 2PFU A; 5KPZ A; 3U9Z A; 4JKD A; 4A5B A; 1WSF A; 3C65 A; 1YIJ N; 5FRM A; 4QS7 A; 5C0Y A; 4BRF A; 3OYN A; 1IKX A; 3E9P A; 4CJ7 A; 3CXC M; 2RN2 A; 4WFB L; 3OYI A; 4QOZ B; 4GMJ B; 2A40 A; 3R3L A; 2HVI A; 3ENB A; 2QW9 A; 3AVG A; 3SUP A; 3ZYY X; 5A2Q O; 3AGK A; 2GWK A; 3G0Z A; 4M3U A; 3WNF A; 1T44 A; 1OH8 A; 2VWK A; 3G6E N; 3P39 A; 5TKW A; 3QIP A; 5LJW A; 4DTU A; 1QQO A; 5GIO A; 3OYL A; 3GDQ A; 3TPQ A; 3FLC O; 3CFO A; 4N41 A; 4CGD A; 3DXM A; 4E1M A; 2YX6 A; 1V4T A; 4CIE A; 3DXM B; 4F8R A; 3KKS A; 1BIS A; 3GG4 A; 1N32 K; 1WUA A; 4E3S A; 3CPW M; 4DR7 K; 3O1W A; 1RBT A; 2OTL N; 3BY5 A; 4YNQ A; 3KKR A; 2PBD A; 4C1N I; 1NK4 A; 2QWO A; 1L3T A; 3PIO L; 1NOY A; 4BDY A; 2QI2 A; 5LMN K; 4KPY A; 4BRG A; 3CQX A; 1MU2 A; 4E1N A; 3QES A; 1BUP A; 4M7Y A; 4PA1 A; 4N47 A; 2P9P A; 3VQ8 A; 1LOT B; 4M45 A; 2P9P B; 3U3G A; 1NNE A; 5AFU A; 1S1W A; 3LAN A; 2FBY A; 3I56 N; 1U4B A; 4MO5 A; 2G8V A; 4W5T A; 4CZJ A; 2KW4 A; 1KFS A; 3P83 D; 4IO9 L; 4WE1 A; 3DYA A; 1YJN N; 2O8B A; 3VEN A; 1SZ2 A; 3HTV A; 1L5U A; 3OY9 A; 4FJM A; 2O8B B; 5FLX O; 3NH1 A; 4OGC A; 1BG3 A; 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2V51 B; 3R8E A; 1S1U A; 4CJQ A; 4M3Z A; 3ZSW A; 4JKB A; 3D6R A; 3HPH A; 1VQ7 N; 4CJW A; 5C42 A; 1WSH A; 3IKM A; 3T69 A; 1WLJ A; 3VGM A; 1JLG A; 4M3W A; 4DV0 K; 1RBV A; 4E7I A; 2KQ2 A; 2YHA A; 1VQ9 N; 3CCE N; 1T05 A; 3CET A; 1BL3 A; 4H0V B; 4B9S A; 1HYV A; 3VET A; 4DTM A; 1ZBI A; 4CIF A; 4FWR A; 2BUP A; 1GLJ O; 3EZW A; 4QAG A; 5EY4 A; 1DTQ A; 3UB5 A; 4IEE A; 3K5N A; 4HCC A; 3J7A P; 4PQU A; 4CEZ A; 1HKB A; 1VSE A; 2E5L K; 4LSN A; 3NMU A; 3N4Q A; 1D9D A; 4M42 A; 2FF6 A; 4YOR A; 5AQU A; 4LSL A; 2P1J A; 4K8Z A; 4E7H A; 3CC2 N; 4I6M B; 4IDH A; 1K8K A; 4B9N A; 1P90 A; 2HHS A; 4BRE A; 3OS2 A; 3VQ9 A; 4A5A A; 4ELU A; 3SV4 A; 3I0S A; 5C15 A; 4C23 A; 1TVR A; 2CH5 A; 4FOE A; 2G8W A; 4H03 B; 1UA1 A; 3AA2 A; 3LAK A; 3OYD A; 4FL9 A; 4DKW A; 4N56 A; 4B8A B; 3NGY A; 3TR8 A; 4CZF A; 2HBJ A; 1X1P A; 3B6P A; 1NGJ A; 1HPM A; 3DLL L; 4FVU A; 3HL8 A; 1OKJ A; 3AV9 A; 1C1B A; 5AQG A; 4B3T K; 3D45 A; 1NKE A; 1TKX A; 3L3V A; 1X3M A; 3TTD A; 2JWL A; 1LW0 A; 4H0O A; 1RTI A; 4DUY K; 5BPM A; 2UXD K; 1VSL A; 4H0Y B; 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