2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
1RBVA 4B08A 3PO5A 4KTZA 3ZSQA 4OKKA 5C42A 4F3OA 4FJGA 4CJ5A 5KGXA 1EXQA 1TV6A 3EZ5A 1TK0A 4CIFA 4FZYA 3A2FA 3O4QA 3NGZA 5J2PA 3ZT4A 1X9SA 3NF9A 4CEEA 1XHXA 4EP5A 4E7JA 3T19A 3TAQA 1NJXA 2QKBA 1I3AA 1B92A 4KHQA 2B5JA 3HSTB 4LD0A 4RW6A 4Z4EA 5CZ1A 1YTUA 4OLAA 3OYHA 1WNSA 1T03A 4AILC 1IKWA 2G8UA 2PZSA 1ITGA 3LP2A 1BL3A 1WLJA 4IFYA 4FJ5A 3M8QA 3VQ6A 4O55A 5FRMA 1RDCA 4FLVA 3V81A 4DS5A 4LSNA 3VQ5A 3DLKA 1TK5A 1NJWA 3AVFA 4CFBA 1IKYA 4CJFA 3UIQA 1JLEA 4PA1A 4DG1A 4YFUA 1WAFA 4W5OA 4R5PA 1JLBA 1NK8A 1KTQA 2OPPA 3AA4A 3LPUA 3VQEA 3OS2A 5I42A 5KTQA 1BQMA 3MXIA 1UA0A 1RT2A 4CFDA 1TK8A 4O44A 3K5LA 3IS9A 1DLOA 1VSLA 1HNVA 3I0SA 3CFPA 1U48A 3PY8A 4KAZA 3KKSA 3ZSOA 4DTRA 2GBZA 4N56A 3KD1E 1Q9XA 3LPTA 1LWEA 4LH4A 3LP3A 1BIUA 4RW8A 2IOCA 4H4MA 1T8EA 4CEDA 4CJUA 3O3FA 1JLCA 3SPZA 1Z26A 2Z1GA 3OYJA 1NJYA 1L3SA 4CECA 1KFSA 4DTPA 1SKRA 4CHQA 1LW2A 2ZQBA 4F8RA 1O1WA 2OPRA 2W42A 1BIZA 3NHGA 1JLFA 3QETA 4HHTA 2HHWA 4CESA 5HBMA 2OPSA 3V1QA 1QSYA 1CZ9A 4W5QA 5HRSA 1TKXA 3RTVA 3NBPA 2XRIA 4FM1A 4FJ8A 1KVAA 4DFMA 4GMJB 2QXFA 4F3TA 1RBTA 4FJHA 2D5RA 3M8SA 3L2WA 3NH1A 1RT7A 2G8KA 1RDBA 3CFRA 4AHCA 1Q8IA 4KFBA 1TKDA 4CHZA 4KRFA 2ITGA 3ZSYA 1RNHA 1LW0A 2E4LA 2G8WA 2FBXA 1RBUA 4J2DA 1HYVA 2RF2A 2KFNA 1BI4A 3LAMA 3SJJA 3CG7A 4FLWA 3SV3A 2PYJA 1TKZA 1WAJA 3C6UA 1ZBFA 4J2AA 1NOYA 3G10A 1T7PA 2ZE2A 3OS1A 4FLTA 3ZT1A 2ATQA 4FW1A 1WSHA 4IG3A 2X78A 4FK0A 2D0CA 3K5NA 4C8MA 3V1OA 3AVMA 4ID1A 2BE2A 3ITHA 4DTNA 1WN7A 3L2UA 2G8IA 3HYFA 1D9FA 2HHUA 3OYAA 4OGCA 3SQ1A 1U49A 4DSIA 3QEVA 4FK4A 3TARA 3NFAA 3OJSA 4FJXA 3AVGA 3S3OA 4B9NA 4FXDA 4CHNA 1RT4A 1A5VA 3VA3A 3SUNA 4CJ3A 3M8RA 3ZT0A 5HRNA 4KV8A 2IDOA 3VQPA 1S1TA 2JLEA 2Z1JA 4EP4A 1Q9YA 4Q5VA 1KLNA 3DLHA 3U6FA 3VQBA 3RR8A 1BI4B 1NKEA 3OVNA 5FROA 3VQ7A 4DMNA 2X6SA 3TR8A 1VRUA 2YHAA 3DI6A 5CYMA 1IKXA 3TAGA 4HCBA 1WSGA 3KD5E 2WOMA 4H8KA 3V1RA 4KI4A 4UQGA 4JRPA 4JLHA 3QEPA 4ELTA 3F9KA 2P5OA 3DOLA 1RTHA 1JXBA 4BWJA 4CJRA 4CGJA 2HVHA 3VQ8A 3SUPA 4CEQA 4O0JA 1VRTA 4QOZB 3NF8A 4CF2A 1KSPA 1C0TA 2IGIA 3F73A 3QLHA 1X9WA 5KRSA 1IKVA 5D3GA 5E41A 4CJKA 3HVRA 1RTIA 4DWIA 4EZ6A 1HYZA 2G8FA 3PUFA 4M3UA 4PY5A 4B8AB 4HVJA 3KLGA 1T05A 3QERA 1UWBA 2PYLA 1QQCA 3TAMA 2FC0A 3WNGA 4DF8A 4FK2A 4O0IA 1QTMA 3TABA 3QESA 1KCFA 4CHOA 4N41A 3NGYA 4I2QA 1A5WA 4CIEA 3AA3A 1HJRA 3LWMA 5J2MA 4LY7A 3L2RA 4GW6A 4W5RA 1NK6A 4IDKA 2O4IA 1IG9A 3DYAA 3DLEA 1J53A 4CEZA 3LDSA 1HMVA 4E1NA 3HT3A 3ZSZA 1TKTA 3C6TA 4DSKA 3TAEA 5KGWA 4ZTJA 3AVNA 4FJJA 1MU2A 3AO5A 4BDYA 4DQRA 3QEIA 4KHWA 4Z4CA 1WSIA 4E0DA 4BDZA 4CJTA 2YNGA 1RCHA 3QIOA 1RT1A 2BGGA 4IBNA 4XIUA 3LZIA 3S3MA 3L2QA 1NJZA 4E1MA 4O5BA 1VSEA 1JL1A 4E7IA 1KVBA 1L3TA 4DU1A 4CFAA 1DTTA 2B4JA 4NCBA 4DU4A 4FJMA 1XI1A 1S1XA 2A1RA 3VQCA 4NCAA 1VSHA 3HM9A 4ZHRA 4FLXA 3RMDA 1CLQA 4MFBA 5I3UA 3HP9A 4CGDA 2KFZA 4Z4GA 3PX6A 2Y1JA 5J1EA 3AA2A 4CGHA 3OYKA 1U47A 4FJ9A 1B9FA 3I8DA 5J2NA 5HLFA 4CHYA 2E6LA 3VQ9A 3NH0A 1EX4A 4OJRA 3P5JA 4E7LA 2YNIA 4OLBA 4CJLA 2X6NA 2YHBA 3CM6A 3LP1A 4CF8A 3NDKA 2F96A 4M3XA 1UA1A 3ASMA 4CHPA 3OJUA 2OA8A 4CJSA 1EETA 4FLZA 4HUGA 3SI6A 3G0ZA 4FVMA 1ASVA 4BWMA 3VQ4A 4KB0A 1WSFA 3NH2A 2E6MA 5EU7A 3ZT3A 2VG7A 2Z1HA 3NGIA 3MEDA 1RBRA 1RILA 3WNEA 3OYGA 3P83D 1SV5A 4M3WA 1ASUA 3JSMA 3O4NA 3RR7A 3OYDA 5HP1A 5KRTA 2YNFA 4RG8A 5C25A 3SV4A 4DQSA 1TVRA 3DOKA 2BDPA 1RDDA 3B6OA 1NK7A 2ZD1A 1L3UA 2HNDA 2KQ2A 2YKNA 4HCCA 2QK9A 3LWLA 3K57A 4I9LA 1C1CA 3ZSWA 3SQ2A 2O4GA 1RDAA 1U04A 4DTSA 4JS5A 1SL0A 1D8YA 1LWFA 4PWDA 4CEOA 2JGUA 1QE1A 4DQPA 3QINA 3WNFA 4B3OA 3AVJA 4QAGA 2Y1IA 2HVIA 1JLQA 2FBVA 4CCHA 2RN2A 5T7BA 4KKOA 3NCIA 4JRQA 4HTUA 3SZ2A 3VA0A 4OVLA 4DSEA 4F4KA 3B6PA 4W5NA 3OYCA 1LWCA 3KLHA 2DFFA 5HROA 2F8SA 3RWUA 1REVA 1HPZA 1VK0A 5HRPA 1BHLA 1KVCA 1VSIA 2IAJA 4O4GA 3TI0A 4FJIA 1I39A 3QNOA 3C94A 4M45A 3E01A 3VQDA 2VWKA 2D0AA 3T3FA 3KJVA 1UOCA 2OPQA 4HUEA 2YKMA 4OPKA 1NK0A 3ZCMA 1W0HA 2XY7A 3TWHA 4FLUA 4CF0A 2G8HA 4DTMA 3RMAA 3DLRA 3KK3A 1U45A 3U3YA 2GV9A 4AHTA 1U4BA 2DFEA 4CJWA 4J2EA 3ISNC 1BCOA 2KZMA 3AO3A 3OY9A 4Z4HA 4B9SA 4KB1A 3DLGA 4OPJA 4E89A 1FKPA 4KO0A 3TANA 1Y97A 1RT6A 1ZBUA 2B6AA 3AO2A 3DMJA 5DK5A 3S9HA 3CFOA 2VG6A 1ASWA 2D0BA 4E19A 4DLEA 4C8KA 2FBTA 3O3HA 4BACA 4E7KA 2HHVA 1S6QA 3HPOA 3V9UA 1UAXA 4KHNA 1ZBIA 3MAQA 1CXQA 3KK1A 1JLGA 4CJQA 2HHSA 3SPYA 1HQUA 4N47A 4WE1A 3KIOA 1JXEA 4LH5A 3U3GA 1FK9A 4CJ4A 4B8CA 4KHYA 4AHSA 4KTQA 1S5JA 3TAPA 3PO4A 1WSJA 1QHTA 4CEAA 4DSFA 5C24A 1HNIA 1L3VA 1RTJA 4FJNA 4N76A 3OYIA 1RT5A 4DTOA 2EX3A 4DFPA 1ZBHA 4RW7A 3SQ4A 1S6PA 3AVHA 3JYTA 1HYSA 1TAQA 2IC3A 1SUQA 2I5JA 1VSFA 1F21A 2OZMA 2HB5A 4CF9A 1LAVA 1XWLA 4CEFA 4M3RA 1Z25A 4CF1A 3EYZA 1K6YA 3KK2A 3QNNA 1D9DA 4KI6A 2KTQA 1VSKA 3KTQA 4GVMA 2GUIA 1JKHA 1TGOA 3QIPA 4CGFA 4DS4A 2WONA 3HXMA 4HUFA 1IO2A 1HQEA 2IS3A 4FW2A 1N5YA 3NF6A 1BQNA 2OYQA 3ZSRA 4J2BA 4F2RA 3OYNA 3OYLA 4K8XA 4IFVA 1RT3A 3IG1A 1J5OA 1ZYQA 1SKWA 1TL1A 4DFJA 3AO4A 3MXMA 4KHSA 3MEEA 3IRXA 4N5SA 2HNZA 4CJPA 1KLMA 1LV5A 1C1BA 3V9XA 1CZBA 3I0RA 1G15A 5J2QA 3SUOA 3IAYA 2HNYA 1S1VA 3AVIA 4NCGA 4FM0A 2DFHA 3KLFA 4IG0A 4DQQA 4B9UA 3KLIA 3T1AA 4ID5A 1QSSA 3OYFA 1N6QA 4DTJA 1RTDA 4CEBA 2QKKA 3L8BA 3L3VA 1L5UA 4Z0UA 4OGEA 3AVKA 4TSXA 1S1UA 4EZ9A 4M3ZA 3HK2A 4KTWA 5CYQA 2XHBA 4DQIA 4BE1A 4BE0A 4CGGA 5DMRA 4B9MA 2XO7A 1QSLA 1JLAA 3NF7A 2PY5A 1EKEA 4Y1DA 4FJ7A 4RW4A 4NYFA 4G1QA 4W5TA 1NK9A 5CZ2A 1NKCA 4CFCA 4CK1A 3ZSVA 3NE6A 4FM2A 4M3YA 4JS4A 2F8TA 2HW3A 5FRNA 3LP0A 2ETJA 3LALA 3ULDA 1R0AA 4FCYA 4C8LA 3RMBA 1RBSA 1FXXA 1S9GA 2YV0X 4DSLA 3AVAA 1BGXT 3V4IA 3D45A 1C0UA 4ZTFA 5SWMA 1GOBA 4FZXC 1BISA 3KLEA 3LZJA 1KRPA 1TL3A 2VG5A 1X1PA 3HL8A 3V6DA 2R7YA 3SNNA 4ELVA 3BDPA 1WSEA 4CK2A 4ELUA 2DY4A 1B9DA 3HJFA 3VN5A 1A5XA 3MEGA 1CXUA 1X9MA 3OYBA 3L3UA 4IKFA 1C6VA 3OS0A 4Q0BA 3AVLA 4FZZA 4PUOA 4MQ3A 4BE2A 3K5MA 2BANA 2P1JA 3LANA 3QEXA 3SCXA 1GOCA 3LAKA 1EP4A 3HP6A 4K8ZA 4AHRA 3OYEA 1S1WA 2DTUA 3O3GA 3NAEA 1QS4A 2Z1IA 2AJQA 1J9AA 4CJEA 3K58A 4FYDA 4ICLA 1NOZA 4Z4IA 3MXJA 1VSJA 3HPGA 3SQ0A 3THVA 3C95A 4AH9A 2YNHA 4I2PA 3QEWA 2P5GA 2VWJA 5KI6A 1HRHA 4C8OA 5HRRA 3AO1A 1TAUA 3MECA 4KHUA 1IH7A 1FKOA 1XHZA 1YVUA 2HHTA 1W9HA 3ALYA 3K5OA 3SUQA 1ZBLA 4F2SA 4LSLA 3HO1A 1JL2A 5JS2A 1D5AA 2OZSA 1VSDA 2XY5A 3ZSXA 3L2VA 4Z4FA 4FJLA 4M41A 3HVTA 3K2PA 3V9ZA 2RKIA 5CY4A 1YT3A 2FBYA 4CK3A 4YNQA 3V9WA 3M8PA 3AVCA 4B9VA 3RRHA 4DU3A 4L8RB 4RW9A 4DLGA 4QCLA 3FFIA 4CIGA 4CJVA 1DTQA 5FDLA 3AA5X 1KFDA 3TAFA 4I7FA 5SZTA 4B9LA 4FJKA 2NUBA 4M42A 4DSJA 2KZZA 4KREA 1SL1A 1XC9A 3PV8A 4H4OA 5K14A 4AHVA 3KKRA 1C0MA 3VQAA 1BCMA 1LAWA 1SL2A 4E3SA 4AHUA 3DLBA 2XY8A 3P1GA 2G8VA 5JS1A 3V9SA 2HHXA 3CQ8A 4NYNA 4DTXA 2P51A 3DRSA 3RMCA 3DRRA 4M3TA 2Q3SA 3BGRA 4B9TA 4E7HA 3D0PA 2KW4A 4Y1CA 1NK5A 4BDPA 2LSNA 3QO9A 3AV9A 3CYMA 4C8NA 4KPYA 3WNHA 3PX4A 1NK4A 2A1SA 4CE9A 4DFKA 2HHQA 1YTAA 1VSMA 2XY6A 3PX0A 4I9QA 3DRPA 4CGIA 1C1AA 4DF4A 3VQQA 3DM2A 3OYMA 2EHGA 3S3NA 3H08A 3AVBA 3CM5A 2X74A 4PQUA 3ZT2A 1NKBA 1J54A 4OKJA 1SKSA 4FLYA 3K59A 3SYZA 3HPHA 4DTUA 2RPIA 4CERA 3RRGA 4OKEA 2HMIA 1S9EA 1GOAA 3EY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQYA 1RBVA 4B08A 3VEVA 4KTZA 4OKKA 5C42A 4F3OA 5KGXA 1TV6A 4B3TK 4FZYA 3O4QA 3NGZA 1NBWA 5J2PA 3ZT4A 3THWA 5AQYA 4A61A 3QDKA 4EP5A 3DXKB 2QKBA 4KHQA 1B92A 3TSUA 3A0IX 4OLAA 2PZSA 4A5AA 4IFYA 4FJ5A 4Z94A 5FRMA 4FLVA 3M1FA 4CFBA 4JI2K 1JLEA 4DG1A 4YFUA 3E9PA 3AA4A 3VQEA 4BRLA 3ZEUB 3MXIA 1BQMA 4JN4A 1RT2A 1TK8A 4O44A 1BDGA 3I0SA 4KAZA 2D0OA 1U48A 3KKSA 3LPTA 1T8EA 2Q2RA 4CJUA 1KFSA 1Z26A 5AZJA 1NJYA 1L3SA 3THWB 3WXKA 1O1WA 3QETA 5BRFA 2HHWA 1QSYA 3CCMN 3H3NO 4W5QA 3NBPA 4FM1A 4BREA 4DFMA 4F3TA 2QXFA 3VTHA 4ISFA 3NH1A 3CFRA 4BRDA 1Q8IA 4FO0A 1MWKA 4CHZA 1LW0A 4J2DA 3CI5A 2RF2A 4DV3K 1C0GA 3N4QA 2IVNA 3OS1A 4FLTA 4FOEA 1SAZA 2QWNA 4HTLA 2PAVA 2ZGZA 3AVMA 2BE2A 4DTNA 3O9UA 1VQ8N 3WXLA 1U49A 3QEVA 4CI6A 4FJXA 4B9NA 4CHNA 4EAHD 2VGNA 3VEOA 2IDOA 2JLEA 3TSQA 3U4LA 4A5BA 3VQBA 3U6FA 3RR8A 2GWKA 1GLBG 3HOTA 2YHAA 1IKXA 4WQ4C 3TAGA 4HCBA 3WQUA 2HHHK 1VQ7N 3DOLA 5JVGL 3PLAA 2Q36A 5AQNA 4CEQA 3CJ7A 3O9QA 4DKWA 3F73A 3QLHA 4JNEA 3QFUA 3HVRA 3TPQA 1SZ2A 5C2FA 3DLLL 1VQON 3O1WA 5HL7L 4MLHA 3NVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CQY A;  1RBV A;  4B08 A;  3VEV A;  4KTZ A;  4OKK A;  5C42 A;  4F3O A;  5KGX A;  1TV6 A;  4B3T K;  4FZY A;  3O4Q A;  3NGZ A;  1NBW A;  5J2P A;  3ZT4 A;  3THW A;  5AQY A;  4A61 A;  3QDK A;  4EP5 A;  3DXK B;  2QKB A;  4KHQ A;  1B92 A;  3TSU A;  3A0I X;  4OLA A;  2PZS A;  4A5A A;  4IFY A;  4FJ5 A;  4Z94 A;  5FRM A;  4FLV A;  3M1F A;  4CFB A;  4JI2 K;  1JLE A;  4DG1 A;  4YFU A;  3E9P A;  3AA4 A;  3VQE A;  4BRL A;  3ZEU B;  3MXI A;  1BQM A;  4JN4 A;  1RT2 A;  1TK8 A;  4O44 A;  1BDG A;  3I0S A;  4KAZ A;  2D0O A;  1U48 A;  3KKS A;  3LPT A;  1T8E A;  2Q2R A;  4CJU A;  1KFS A;  1Z26 A;  5AZJ A;  1NJY A;  1L3S A;  3THW B;  3WXK A;  1O1W A;  3QET A;  5BRF A;  2HHW A;  1QSY A;  3CCM N;  3H3N O;  4W5Q A;  3NBP A;  4FM1 A;  4BRE A;  4DFM A;  4F3T A;  2QXF A;  3VTH A;  4ISF A;  3NH1 A;  3CFR A;  4BRD A;  1Q8I A;  4FO0 A;  1MWK A;  4CHZ A;  1LW0 A;  4J2D A;  3CI5 A;  2RF2 A;  4DV3 K;  1C0G A;  3N4Q A;  2IVN A;  3OS1 A;  4FLT A;  4FOE A;  1SAZ A;  2QWN A;  4HTL A;  2PAV A;  2ZGZ A;  3AVM A;  2BE2 A;  4DTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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