4L8RB

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
286
structure length
276
Chain Sequence
DPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMDSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna/rna binding protein/hydrolase
molecule keywords HISTONE MRNA STEM-LOOP
publication title Structure of Histone Mrna Stem-Loop, Human Stem-Loop Binding Protein, and 3'Hexo Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 276
sequence length 286
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2013-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4l8rB02
4DF4A 3MEGA 1HQUA 4RW8A 4KHQA 2DFFA 2HHVA 3KJVA 4ZTJA 4OGCA 4L8RB 3ZSWA 2Y1IA 4B9UA 2IOCA 1L5UA 3NBPA 5CZ1A 2G8HA 2FBYA 1IKWA 2VG7A 4G1QA 4E7KA 2XY5A 3OYCA 1S1VA 4DWIA 4K8ZA 2HHTA 4OKEA 1JLEA 1XWLA 1KCFA 5CYMA 2F8TA 1R0AA 1NKBA 2ITGA 1EETA 1RDCA 4DQQA 4HCBA 4M3WA 4LH4A 1VSHA 2HNZA 2OPSA 3I0RA 3KLIA 3AVBA 3LAMA 4FLWA 3C6TA 1QTMA 4CIFA 4DTSA 2FBTA 2ZE2A 1C6VA 1VSLA 3TAFA 4CCHA 4ELTA 1VK0A 3OYMA 3VQ5A 3O3FA 3L3UA 4RW7A 3C95A 4Q0BA 1HYZA 4FZXC 1KRPA 4FJ7A 4BDYA 3SI6A 3QIOA 3OYKA 1VSDA 2RN2A 3AA5X 3CYMA 4E1MA 3SPYA 3TABA 1JL1A 4Z0UA 5JS1A 1WSIA 1CXUA 1LAWA 1CZBA 1J9AA 3AO5A 4DSKA 1U4BA 1HNVA 3S3MA 4FZYA 2OZSA 4QOZB 1JLBA 4CJ4A 1IKVA 3NGIA 1NK8A 1BCMA 1UAXA 4LSNA 3DI6A 4W5TA 3NCIA 4OVLA 1L3VA 3L2QA 3HVTA 4HVJA 4HUGA 3RRHA 5CYQA 3KD1E 4KRFA 4BDZA 1HYSA 3K2PA 5I42A 2IGIA 2I5JA 4HTUA 4DFKA 4FM1A 3OJUA 3AO4A 3IRXA 2XO7A 2ATQA 4B8AB 3NAEA 2XRIA 3WNHA 3SCXA 3DOKA 3VQ7A 3PV8A 4CJQA 3OS0A 3V9SA 4E1NA 3O3GA 3OS1A 4FJIA 3I0SA 4LH5A 3OYBA 3LP2A 3AV9A 3VQDA 4AHUA 1S9EA 5HRPA 5KGXA 4IKFA 3SQ2A 3AVCA 3OYNA 4DTRA 2QXFA 1EKEA 3DRPA 4O5BA 4F4KA 2OZMA 3ZT1A 2G8UA 2BE2A 4OGEA 1LWCA 4Q5VA 4DQRA 3P1GA 3NF8A 1A5WA 4CHPA 1RILA 2YHBA 3K58A 4DLGA 4CJWA 2OA8A 4DF8A 4B9TA 3DMJA 4FK4A 2FBXA 1JLCA 3RTVA 4B9VA 1VSEA 3HL8A 1RDDA 5KRTA 1SL0A 2P1JA 2PYLA 1TAUA 4GVMA 4CHOA 2FC0A 3CFOA 4C8NA 1NK0A 2O4IA 1IKXA 2ETJA 4FCYA 1FKPA 1KTQA 1TL1A 2Z1HA 1I39A 4AHTA 3QERA 1TV6A 4BE1A 1JLAA 3KIOA 3IAYA 4FK2A 3O3HA 5SZTA 4FM0A 3AO3A 4DTXA 2IC3A 1XHXA 4AHSA 1SL1A 1RT7A 1X1PA 1CLQA 1RBRA 1RT5A 4KI4A 4E19A 2X74A 4DLEA 3RMCA 1RDAA 2LSNA 2BGGA 4WE1A 4CF0A 4LSLA 3SQ4A 2G8FA 3V4IA 2KZZA 3VQEA 4CEEA 3I8DA 2RPIA 4FJXA 4NYNA 4FLUA 4EZ6A 5HLFA 4B9MA 1VSMA 4J2BA 4DFMA 4CJTA 1ZYQA 3LPUA 3AO1A 4KHYA 2WONA 1LW2A 4EP4A 1N6QA 3KLGA 4FJ8A 1TVRA 1TKZA 3V1RA 1IG9A 1ZBFA 2HHWA 3DOLA 2DFEA 4I7FA 1YTUA 1C0TA 2O4GA 4KTZA 3LP3A 5KRSA 3V6DA 4DTMA 3AVLA 4KO0A 3NDKA 3TAEA 1VRUA 3K5OA 4O0IA 1HYVA 4RW6A 5SWMA 3K5LA 4CJ3A 3QNNA 4O0JA 4DU3A 1ZBUA 3OYEA 4FLTA 2IS3A 1TK0A 3QO9A 3V9UA 3VQPA 5HRSA 1TAQA 3LZIA 3PX4A 1EP4A 4FJ5A 4IBNA 4M3ZA 2E6MA 1JKHA 1U49A 4W5NA 5HP1A 3SNNA 2VG5A 1A5XA 4YNQA 3HVRA 1UWBA 3IG1A 1JXBA 4O4GA 2YHAA 3M8SA 4JRPA 3OVNA 3RMDA 3ZSYA 2YNHA 4FK0A 3HT3A 5J2PA 2IDOA 4PY5A 3VQ9A 3ALYA 1HRHA 4CK3A 5J2NA 4LD0A 1SKSA 3ZCMA 4Z4EA 1BHLA 1WSEA 4CK1A 3EYZA 4BACA 3S3OA 2Z1GA 1LW0A 3WNEA 2OYQA 3DYAA 4JLHA 4F2RA 3SUQA 4IG3A 3VQ6A 1RBSA 1RTJA 4FLVA 3P83D 1Q9XA 3WNGA 3SUOA 1S1TA 3CG7A 4DTJA 3VQAA 1RTIA 3VA0A 3TARA 3NH1A 5FRMA 2QKBA 1ITGA 2G8IA 3OJSA 3OYDA 3B6OA 1SV5A 4DU1A 1ASVA 1FK9A 1LWFA 4JS5A 4FJMA 4F3TA 3MAQA 1FKOA 5J2MA 3VQBA 1NK9A 5FRNA 3C94A 4H8KA 4CK2A 4J2EA 4F3OA 1VSIA 3AO2A 3ZT4A 4CFCA 1T7PA 2OPQA 3RR8A 3A2FA 2R7YA 3NF9A 3LWLA 4CEDA 4JRQA 3F9KA 3E01A 3QINA 1U47A 3O4NA 4AHRA 1LV5A 4M3YA 1HNIA 3OYFA 1Z26A 4IFYA 3OYIA 4KFBA 1VRTA 2X78A 4DU4A 1TKTA 1KSPA 2ZD1A 3L3VA 4CJEA 4E0DA 1GOAA 4Z4GA 1HPZA 4B3OA 2VWJA 3K5MA 1JL2A 4AHVA 4DG1A 1J54A 4RG8A 3OY9A 3HXMA 3THVA 1NK5A 1XC9A 3AVJA 2HVHA 1S1XA 3K57A 4E7HA 2A1RA 4CJLA 4E3SA 3PX0A 4FJ9A 4EP5A 1YTAA 4N47A 3CFRA 4FJGA 3CQ8A 1KVAA 1B92A 1HMVA 4CFAA 1RT1A 4FLZA 1NJXA 4KHNA 1WSFA 4PQUA 3G0ZA 2NUBA 1BL3A 1HJRA 3HP9A 1J5OA 2DFHA 5D3GA 1WAJA 3V9XA 1W0HA 3ULDA 4NYFA 3M8RA 2BDPA 4KPYA 1ZBHA 2P51A 4KAZA 4DFPA 2W42A 3KK3A 4I9LA 4ZHRA 4N5SA 3SV3A 4DS5A 2ZQBA 2KQ2A 3VQ8A 4DTPA 2KW4A 1F21A 4QAGA 3ZT0A 1D9DA 3UIQA 3TAMA 3LALA 4DQIA 4CHZA 3V9WA 3L2UA 2D5RA 2GUIA 4CEFA 4FW2A 3BGRA 4CJSA 4ZTFA 3SJJA 4CERA 3RWUA 1B9FA 1C1AA 2HHXA 1QSSA 3HSTB 4HHTA 2HB5A 4DS4A 2Q3SA 1J53A 4F8RA 1GOBA 1GOCA 3NGYA 3TANA 1BISA 1U45A 3HPHA 1B9DA 3H08A 3OYJA 4DQPA 3AVAA 3V9ZA 2KFNA 4OKJA 4M3UA 4FJKA 2BANA 4OJRA 1JLGA 1QSYA 1NJYA 1BQMA 4FW1A 4YFUA 3DRRA 4ID1A 3TI0A 4MQ3A 4BE2A 3S3NA 2HNDA 1WSGA 2XY7A 5C25A 1W9HA 1WSHA 4E7IA 3ISNC 2QKKA 1RDBA 1UOCA 5KTQA 1KFDA 4K8XA 2HVIA 4CGGA 3TAGA 3KTQA 4CF9A 5C42A 4CJKA 1NOYA 3NGZA 4FZZA 5EU7A 1XHZA 4BWMA 4FYDA 3MXIA 1NOZA 1SL2A 3QIPA 2OPPA 1TK8A 1RT6A 3D45A 4R5PA 2B5JA 3KLHA 2GBZA 4Z4CA 4Z4IA 1ZBIA 3SQ0A 1Q9YA 2PY5A 4I2PA 4GW6A 4OPJA 3K5NA 3T1AA 1WAFA 3PO4A 3S9HA 5HRNA 3JYTA 1TKXA 2XY6A 4IFVA 4CF8A 3QNOA 1CZ9A 1LWEA 1L3TA 4DMNA 3K59A 4NCAA 5CY4A 4RW9A 4CEZA 2VWKA 1S5JA 4CHYA 3QEVA 3HYFA 3TWHA 3MXJA 5DK5A 3KKRA 2HMIA 3D0PA 1DTQA 3ZSQA 4FJJA 5T7BA 1ASWA 4KTWA 3ZSVA 3QEPA 1ZBLA 2YNFA 3DLBA 1U48A 3SV4A 1SUQA 1KLNA 3CM5A 1BI4B 2RKIA 3LP1A 2X6NA 3EZ5A 4C8OA 3SUPA 1NJWA 2KZMA 3MECA 4H4MA 4B9NA 4FXDA 1DTTA 1IH7A 1RT2A 2XY8A 3M8QA 4DSJA 2G8VA 3RMAA 3AVHA 1FXXA 1VSKA 2X6SA 3AA4A 4F2SA 1HQEA 3SQ1A 4LY7A 1DLOA 4RW4A 4CHQA 2AJQA 3VQCA 1TL3A 3AA2A 4CEAA 4E89A 1NKEA 3KD5E 4CGHA 3V1OA 4M3TA 3TAPA 1VSJA 3FFIA 1RNHA 1NKCA 1S1WA 1QSLA 3V81A 3NHGA 4CF1A 4N41A 4Y1DA 3G10A 4AHCA 3NH0A 1CXQA 1TKDA 4AILC 2HHSA 4M45A 1RT3A 3OS2A 4N76A 4E7LA 2F8SA 1C1BA 2D0CA 3AVNA 4CF2A 3U3YA 1N5YA 3HO1A 2JGUA 3DRSA 4FVMA 4BE0A 2JLEA 1EX4A 2VG6A 4CEOA 4CGFA 4CEBA 2QK9A 2A1SA 5DMRA 4AH9A 3SZ2A 1UA1A 3B6PA 1Y97A 2YKNA 4DFJA 4DQSA 2Z1IA 1D5AA 3L2WA 3HPGA 4Y1CA 4CHNA 3LWMA 4FLYA 1SKWA 1X9MA 1G15A 4OLBA 4BWJA 1L3SA 5FDLA 4HUEA 1RTHA 2IAJA 5JS2A 2Y1JA 4B9SA 4CIGA 4W5RA 4ELVA 1A5VA 2GV9A 4BDPA 1QS4A 4DSEA 4PA1A 3QETA 2D0BA 3AVFA 5KGWA 1ASUA 4OLAA 1T8EA 3MEEA 4XIUA 2WOMA 3P5JA 4I9QA 2EHGA 4CE9A 3EY1A 3SPZA 2HNYA 1X9SA 2OPRA 3ZT2A 4E7JA 1BIUA 1BIZA 4NCGA 1YVUA 4CGDA 1SKRA 2E6LA 4W5OA 2KTQA 4IG0A 5E41A 3QLHA 3T19A 3VN5A 1QE1A 4M41A 3LP0A 1D9FA 4ID5A 2EX3A 3KK1A 1Z25A 3BDPA 1JXEA 2YNGA 3ZSRA 1JLQA 4M3XA 3L2VA 4CJ5A 5HBMA 4CIEA 2FBVA 3VQ4A 1IO2A 3LAKA 1WSJA 4B08A 3L8BA 4W5QA 3QEXA 5I3UA 3O4QA 5J2QA 4M42A 3CM6A 3ZSOA 1TGOA 1L3UA 4C8KA 3U3GA 4J2AA 4ELUA 3PY8A 1Q8IA 4ICLA 4FJNA 3F73A 3KLEA 1WNSA 1JLFA 3DLEA 1YT3A 4HUFA 4PUOA 1XI1A 1BI4A 4CJUA 4H4OA 1EXQA 1RBVA 3ITHA 3LPTA 4CESA 4B8CA 2G8KA 5CZ2A 2P5OA 4KREA 4GMJB 4DSLA 3C6UA 5HROA 1KVBA 1T05A 3AVKA 3OYHA 4DTOA 4Z4HA 3AVMA 1UA0A 3IS9A 4QCLA 4M3RA 5FROA 4KHUA 3ZT3A 5J1EA 3ZSZA 3CFPA 1C0MA 4CGJA 3L2RA 5KI6A 1KLMA 2Z1JA 4CGIA 3DLRA 1KVCA 1VSFA 4IDKA 5K14A 2XHBA 3T3FA 3NF6A 3QEIA 1D8YA 4DTNA 3RR7A 4TSXA 4FJHA 3NFAA 3LDSA 2PZSA 4J2DA 3WNFA 1TK5A 3NF7A 3AVGA 1WLJA 3DLKA 4KI6A 4NCBA 2DY4A 2YV0X 4CEQA 3VQQA 3HM9A 1S9GA 4KTQA 2YNIA 2HW3A 1X9WA 1I3AA 3QESA 3NH2A 2KFZA 2B6AA 3MXMA 1C1CA 4OPKA 4KHSA 1C0UA 4B9LA 4O44A 3TAQA 3LANA 3ASMA 2B4JA 4KV8A 3OYGA 2HHUA 1RBTA 5C24A 4CJRA 3KKSA 4C8LA 3SUNA 4EZ9A 1KFSA 1BCOA 3AA3A 3PUFA 3V1QA 3M8PA 1RBUA 2F96A 4FLXA 4KB0A 4FJLA 4PWDA 3TR8A 4I2QA 4Z4FA 3RRGA 4KB1A 1QQCA 4CJVA 1NJZA 3OYAA 3OYLA 3KK2A 3U6FA 4KKOA 2P5GA 3HJFA 1REVA 4CFDA 1O1WA 2YKMA 3NE6A 2E4LA 1LAVA 1RCHA 4MFBA 1BGXT 2D0AA 4DSFA 4UQGA 1S6QA 4FM2A 4KHWA 3HK2A 3ZSXA 4OKKA 3RMBA 4CJPA 2G8WA 2RF2A 1NK7A 3SYZA 3PX6A 1RTDA 3HPOA 3HP6A 4CECA 4O55A 5HRRA 2PYJA 3DLHA 4DSIA 4CFBA 4CJFA 4N56A 4JS4A 1S6PA 3VA3A 1NK6A 2HHQA 3DLGA 2DTUA 3KLFA 3JSMA 1WN7A 3PO5A 4HCCA 1K6YA 1S1UA 1MU2A 3DM2A 3QEWA 1NK4A 3MEDA 1T03A 1U04A 3AVIA 1RT4A 3LZJA 1QHTA 4C8MA 1IKYA 4DTUA 1BQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GX9A 1NGEA 2VQFK 3CCQN 4B9UA 5AQYA 2G8HA 5C2DA 1IKWA 2VG7A 4G1QA 1W7AA 2HHTA 3OYCA 4DWIA 3G71N 5CYMA 1NKBA 2ITGA 4DQQA 1RDCA 4CBUA 2HNZA 3I0RA 3TTCA 4EFHA 3AVBA 4FLWA 2O8FA 3C6TA 3THWB 2E5LK 1VSLA 1VK0A 3OYMA 3L3UA 4MLEA 4RW7A 3C95A 4BROA 1HYZA 4FZXC 1KRPA 4M7XA 3OYKA 3SPYA 3VTIA 5EXWA 3OBYA 1NGFA 1CXUA 4DSKA 1U4BA 2PBDA 4FZYA 3N4PA 1E3MA 3KD1E 3RRHA 5CYQA 3QFUA 4PL8A 4FM1A 1ATSA 4JKBA 2CH5A 3AO4A 3IRXA 4NO7A 1NGBA 3F5TA 4B8AB 3NAEA 4FL9A 3P39A 3DOKA 4CJQA 5CE3A 3OS1A 1VQ4N 4FWSA 3AV9A 4AHUA 1S9EA 4DV5K 3OYNA 4IEEA 1HNZK 1EKEA 4F4KA 4BG9A 3P1GA 3NF8A 2OA8A 3K58A 1DKGD 4FK4A 2NRWA 1JLCA 3RTVA 4JK8A 1SL0A 3S41A 3DWLA 3MN5A 4CHOA 4K41A 4FCYA 3P31A 1TL1A 3TTDA 4YOTA 3QERA 1JLAA 4O5FA 3QDKA 3AO3A 2E2PA 4EIAA 1EWQA 3O80A 3CETA 1RT7A 1X1PA 4KI4A 2BGGA 4LSLA 1BA0A 3HSCA 2RPIA 1N33K 3WEEA 4NXMK 2E1ZA 1TKZA 1IG9A 2HHWA 1ZBFA 1S22A 2DFEA 1C0TA 3V6DA 5C2FA 4DTMA 3AVLA 4CZGA 1VRUA 3K5OA 4O0IA 4RW6A 2AP1A 1ZBUA 3OYEA 4FLTA 3QO9A 5E84A 3VQPA 3V9UA 3SK3A 4W5NA 5HP1A 3SNNA 1A5XA 3MWTA 3MK6A 4B1UB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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