4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
3M6GA 4CZJA 4BROA 3U9ZA 5JLHA 4WQ4A 3VEYA 3VGLA 3HI0A 3C7NB 5AQNA 4DB3A 3VESA 2UYTA 3CERA 5KPTA 3QFUA 3O6WA 1NGAA 1TUYA 1BA0A 5FPEA 3L0QA 4BRHA 1G99A 5F0XA 5AQRA 2VWBA 3HBTA 2QWMA 1U2VB 3BUZB 1GLLO 1DGKN 3FZHA 4FWNA 3L6QA 5E26A 3GG4A 4BC5A 2Q0UA 3KVGA 4B1UB 4BRPA 3MN9A 3QICA 2QM1A 1NWKA 3VENA 3FGUA 3ULEB 5BPMA 4JNEA 2GWKA 1IG8A 5AQMA 5F1XA 4IZ9A 2YHXA 3H3OB 5AQWA 3LDQA 2NZTA 5AQPA 1SQKA 4XH4A 2GWJA 1QQNA 3M3ZA 4EIAA 4ISEA 4PKGA 3ZX2A 3BP8A 1ATRA 2I7PA 1X3MA 4YDUA 3WQTA 2GEMA 2CGLA 2F9WA 4DQ8A 2QWRA 3KHYA 4QS9A 5EOYA 4ISGA 2AA4A 5LY3A 1Q18A 4E1JA 4FOIA 4WQ4C 3VEZA 3A8YA 2GELA 3CETA 4GNIA 4GY2B 4BRQA 2A5XA 3I8BA 2BUPA 4A61A 3MN7A 5I9EB 5KQ8A 1QZ5A 2D0PA 4FWLA 3GDQA 2A3ZA 2E88A 3O4WA 1E4FT 3CJ1A 3ATVA 4IJNA 3KZBA 1NGDA 4H5NA 2HF3A 2QW9A 1BWFO 3O08A 4PL7A 4WYBA 3QBWA 3AY9A 1HKGA 2FF3B 4H0YB 3HSCA 2E2QA 4RCHA 1H1VA 2A6AA 1P8ZA 3JS6A 4LC9B 3B8AX 2ITMA 1WOQA 1GLEG 1R59O 3VGKA 5AQVA 2ZWHA 3VF4A 4PKHA 1NLVA 4RTFD 4BRFA 4I6MA 3WEEA 1JCEA 1YUWA 1HKCA 4M63C 1LOTB 3WXJA 3R9PA 3A5LC 1BOTO 4BQLA 1DKGD 1OKJA 4H5TA 2QWQA 3L4IA 5AQFA 4FWOA 3BF3A 4BRNA 1NGGA 3GL1A 4YDUC 4I6MB 3WEEB 2Q2RA 4H5RA 2CH5A 3WXKA 1U6ZA 4B1YB 1LCUA 1MA9B 1T44A 1KAYA 1BDGA 4B9QA 2D0OA 2OANA 3MK6A 3O1WA 3VEVA 3G25A 5BPLA 3CJCA 3CJ7A 4M7YA 1GLCG 1HKBA 5FPMA 2V52B 3U9DA 3CJBA 3VOVA 5BN8A 3EKUA 1X9JA 4PL8A 4BRAA 2PBDA 2IVPA 3MN6A 1TYQA 1X3NA 1BU6O 4BRMA 1ATSA 3D2FA 3LM2A 4FWMA 1U2VA 4CZMA 5BPNA 3ZETA 4IO8A 4MO4A 5BRHA 3W3DA 4H0TB 1Z05A 1TUUA 3WXLA 4MO5A 1TYQB 3IFRA 4FWSA 3QB0A 1GLDG 1NGIA 2YJFA 3D2FB 3H1VX 4CZEA 3WQUA 4B1WB 2QWPA 5F2RA 3ZETB 3ULEA 5JLFA 2E2PA 2NLXA 3DJCA 5AQGA 4BG9A 4BQZA 4KBOA 4RWTA 2FLOA 2H3GX 2E2OA 3IMXA 3EL2A 2AP1A 4BR0A 1S3XA 1BUPA 3ZX0A 1T6CA 5AQIA 5AQSA 2BTFA 4BRLA 1YAGA 2CGKA 2IVOA 3ZX3A 4JAXA 1NBWA 4FPAA 4QS8A 4EHUA 3VEXA 3GE1A 3FE1A 2Q97A 1RGIA 3AAQA 1NGCA 5AFUH 1CZAN 4BG8A 1MDUB 2D1KA 3VETA 3D7EO 1NGHA 1BG3A 4O8KA 3M1FA 1HPMA 4CBXA 4Z94A 3TU5A 1NMDA 2P9PA 5KQDA 4XH5A 1V4TA 3EZWA 4EFHA 3LDNA 5ADXA 3F9MA 4WQ5C 4BVPA 2YHYA 3HTVA 3SLCA 2YCHA 5B8HA 4ISFA 3QDKA 2E1ZA 3H6EA 4Y0WA 3C0BA 2YJEA 1JCFA 1EQYA 2FSKA 5BRFA 3ID8A 3CI5A 3H45C 4H5VA 4JHDA 2P9PB 2VCPA 5BREA 1GLJO 3VGMA 2WUSA 3BEXA 3VF6A 1ZXOA 3VEOA 1D4XA 3D2EB 1E4GT 3R6MA 2D4WA 5JICA 2HF4A 4F9OA 3WT0A 1J6ZA 3GOIA 3J8AA 5E84A 3P4IA 4FOEA 4JHDB 2W40A 2ZF5O 1KAXA 2GUPA 4HWIA 4BR5A 3DXKA 4CZIA 2QWLA 5KPZA 3AAPA 1RFQA 1GLFO 1MWKA 1NGBA 2Q1NA 2I7NA 2P9NA 2EWSA 2V7ZA 4K25A 4MLHA 1MWMA 2V7YA 2Q31A 1GLBG 4IJAA 3CJ9A 3DAWA 1NGJA 4K41A 4AM6A 3LL3A 4H03B 2E8AA 4A2AA 4B1ZA 3DXKB 3I33A 2IIRA 5AQOA 4FO0A 2P9NB 4NB4A 1NGEA 5LJVA 4BRDA 3HZ6A 1SAZA 5CE3A 4BRGA 4FPBA 4FWKA 4BRCA 3ENHA 2IVNA 4FWRA 1S22A 4BGAA 4FL9A 3MMVA 4IWVA 1GLAG 1ZBSA 3CQXA 1NGFA 4BRIA 4IXCA 3O8MA 3WXIA 2QWOA 1HLUA 5AR0A 2NRHA 1BA1A 3CJAA 1XUPO 4NO7A 5AQUA 4CD1A 4EHTA 3CIPA 3FFKB 4FWQA 5AQLA 4CBWA 5BRDA 5AQXA 1HUXA 2A41A 3UKRA 3SMSA 5LJWA 5BR9A 4CZHA 4WQ5A 4CZLA 1Y64A 2DPNA 4XH1A 4B1XB 1HJOA 5AQZA 3UKRB 4CZGA 4A62A 2P9UA 5AZIA 1Z6RA 3ZEUA 3U8XA 2KHOA 5FPDA 5FPNA 4H0VB 4BR9A 3S41A 3QBXA 4C23A 4FWPA 3IUCA 4H0OA 5AZJA 3LM9A 3ATUA 3JXUA 4K43A 2P9UB 1QQOA 4L3QA 4XEIA 5AZIB 1ZC6A 4CZKA 3ZEUB 2E1YA 3QMLA 3IDHA 1KXPA 5AQKA 4EAHD 5KPRA 4CZFA 1IJJA 2ZGZA 3HM8A 2P9LA 3H1QA 5AQTA 3LDOA 5AZJB 3UKUA 4FSVA 1XC3A 3AARA 1V4SA 4DCHA 4BC3A 2P9SA 3A0IX 3A5MC 1HX1A 2FXUA 3SMPA 3O5BA 3LDLA 1K8KA 3FZKA 3UKUB 2P9LB 2A40A 3QFPA 4H0PA 4BR4A 4JN4A 4K42A 3DXMA 1C0GA 2P9SB 1KAZA 2GTDA 3D2EA 4HTLA 1K8KB 5EY4A 2ASPA 2Q36A 3DWLA 5TKYA 4BR7A 2CGJA 5JMVA 2F9TA 3DXMB 2FSJA 2J4RA 4CD3A 3H3NO 5AQYA 2ASMA 4CI6A 2QXLA 3A5OC 3MN5A 4JD2A 4BRKA 1YVNA 1XQSC 4M7XA 4O5FA 3VEWA 2HMPA 5EXWA 3O80A 3RSEA 4CJ7A 2E20A 4H5WA 3LDPA 3O1BA 1ESVA 4JD2B 5EX5A 4BGBA 4BVOA 3U4LA 3FLCO 3MCPA 4MLEA 1BO5O 3OHRA 3R8EA 2Q0RA 2A42A 4CBUA 1YXQA 3RSEB 2YI1A 1SZ2A 4QS7A 4B1VA 3EN9A 3FZFA 3VERA 2YHWA 1NM1A 3FR0A 4BC4A 2W41A 2FSNA 3WUHA 1QZ6A 2P9KA 3ENOA 1QQMA 2P9IA 4BR2A 2HOEA 3UE5A 5AFUA 2V51B 2FF6A 4BC2A 4DHYA 4BREA 2ZGYA 3FZMA 1DEJA 5AQHA 1T6DA 1JCGA 2P9KB 3TPQA 3GBTA 2P9IB 5AQJA 2PAVA 5ELZA 2CH6A 3H46O 3A5NC 2QWNA 1ATNA 1RDWX 2E2NA 4J8FA 5BN9A 3VF2A 5EVZA 3VPZA 3CHWA 3SK3A 2ASOA 1C0FA 4AM7A 3W0LA 1WUAA 3SJHA 3EO3A 4PKIA 3EKSA 3C7NA 3UB5A 1QHAA 3CQYA 5ADXH 3BF1A 4A2BA 3MDQA 4H0XB 5AQQA 2VYPA 3FZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM7L 1U48A 4CZJA 2BE2A 3OW2M 4PQUA 3L2RA 3K0SA 3J81O 3KLGA 4W5OA 4X64K 4IG0A 3QFUA 3O6WA 1NOYA 4CJWA 3JAMO 2IS3A 1NJYA 3DLLL 1NK4A 2ZQBA 4E7LA 3BUZB 1DGKN 4FWNA 3TAGA 1NNEA 5GAEP 5M1OA 5FRNA 2Q0UA 3KVGA 4B1UB 4BRPA 1SL1A 3NF9A 1EX4A 2D0CA 3QICA 4K8ZA 4CGFA 4DF4A 3VENA 2O4IA 2GBZA 3ULEB 3TWHA 3RR7A 5FDLA 2YHXA 3V1OA 4JI7K 3OYHA 1Q82O 3LDQA 2NZTA 1U45A 1NJIO 1KLNA 3T19A 4EIAA 2OZMA 3OYEA 4JS4A 3ZSZA 2GEMA 1RT5A 4ICLA 2OZSA 4BDYA 2QWRA 3ALYA 1SL0A 2XY8A 1N33K 3SUPA 1VK0A 1OH7A 2P5OA 4AF1A 3A8YA 2GELA 1UOCA 3MN7A 5KQ8A 3AVGA 4JKCA 4DR1K 4FJ7A 2D0PA 4B3MK 2Y1IA 1G15A 3O4WA 1E4FT 3CJ1A 3CXCM 1BWFO 2DFFA 3QBWA 4NCBA 3DLHA 3NGZA 3O3FA 4LFCK 3AO2A 2FF3B 2ZM6K 1Q81O 4CFCA 2O8BB 4LC9B 2ITMA 1WOQA 1YJWN 3PIOL 1HNVA 1TKXA 4PKHA 4RTFD 4BRFA 4I6MA 3NGIA 3IG1A 1LOTB 1K9MO 3A5LC 1BOTO 4BQLA 5C15A 1HQEA 4BRNA 4I2QA 3L4IA 4FWOA 3WEEB 3WXKA 2CH5A 1X9MA 4B1YB 3MEEA 4PHTX 3L2UA 1MA9B 1KAYA 4B9SA 2NRRA 2O4GA 4FVMA 4JRPA 2NRWA 4CIFA 3AVAA 5JS1A 5BPLA 3CJCA 3SPYA 3SQ4A 1GLCG 3ZYYX 1C1BA 3AA5X 1L3SA 5BR8K 3CC2N 5HP1A 3AVLA 3EKUA 1BQNA 1UAXA 3O3HA 3MN6A 3VA0A 1TYQA 3NH1A 4AILC 1Q86O 3D2FA 5GAGP 1TKTA 1IH7A 3EZ5A 1QHTA 4J2BA 4CEZA 4MO4A 3HOTA 2WTUA 1GOCA 1Z05A 3OYLA 4W5TA 1W2BM 4MO5A 1K6YA 3IAYA 1RCHA 1TK0A 3IFRA 3O4QA 4FWSA 3QB0A 1NGIA 2YJFA 1XI1A 4CGHA 4CZEA 3T1YK 3OYJA 3DOLA 4GVEA 5JLFA 3DLRA 2NLXA 4GV9A 4BG9A 2NUBA 4RWTA 3EL2A 3F73A 2IGIA 4DV3K 2AP1A 1C1AA 5HLFA 1YTAA 4ZTJA 3ZX0A 4E1MA 4FYDA 5C2FA 2CGKA 3PX4A 2KW4A 2G8IA 2FBXA 4JAXA 3FE1A 3HRGA 5J1EA 1NGCA 1FW6A 2D1KA 3CCVN 5CZ2A 3DYAA 3M1FA 4HCCA 1VSDA 1JLAA 4KHWA 3HJFA 4CJQA 4CEOA 3THYB 4B9MA 3D6RA 3LDNA 3TSUA 4PUOA 1BGXT 3M8PA 4BVPA 2W42A 2VGNA 5B8HA 2QEXN 4CJEA 4OJRA 1YIJN 3C0BA 2YJEA 3CI5A 1N8RO 5C12A 3VGMA 3BEXA 1RDCA 1T3VA 3CG7A 3R6MA 4CHZA 2ZE2A 5HL7L 5HOOA 4CESA 3BDPA 3P4IA 3RMDA 1VSEA 4JHDB 1DTTA 3QO9A 2QWLA 3TAFA 1RFQA 1NGBA 3J7ZO 2V7ZA 2V7YA 3VQ5A 3RR8A 1D9DA 2F8SA 3CJ9A 1J53A 1NGJA 1NJWA 4AM6A 2HBKA 1VQ7N 4B9LA 4B1ZA 3I33A 1C0MA 5J2MA 2P9NB 3ZCMA 4BE0A 1NGEA 5CE3A 2ZJPL 4FPBA 4FWKA 5M1FA 5FROA 2OPPA 2IVNA 2HNYA 3MMVA 1NGFA 1ZBHA 4RW4A 5KTQA 3R1XA 4YORA 2UXDK 1U47A 3CJAA 2HMIA 4FLTA 1QE1A 3CIPA 4B3SK 1S9EA 2WC9A 4CBWA 5AQXA 1IBKK 3V9WA 5HBMA 4IDHA 3AVBA 4CZHA 4CJLA 4CJFA 4CZLA 3ZLJA 4CHPA 2A1RA 3OYCA 3PUFA 4XH1A 3CC4N 1JXEA 1EP4A 3V6DA 1JLEA 4CHOA 4DTJA 4FZYA 3C95A 5FPDA 5C24A 4CK3A 3PY8A 3MX2A 4JI0K 2O8FA 4KTWA 1IBLK 3I0SA 3TAQA 3TARA 4HHTA 2HHHK 5KI6A 4K43A 5AZIB 4CEDA 1S5JA 1R0AA 1UA1A 1VSJA 3JYTA 4CJ5A 1RT1A 3T7ZA 4RW7A 4M41A 3QNOA 1VSIA 4EAHD 4CZFA 4LFBK 2HBMA 5AQTA 3LP2A 2ZGZA 2P9LA 3LDOA 4FSVA 1S9GA 1Z26A 1ZBFA 4CEFA 1Z25A 3SUNA 1C0GA 3V81A 2P9SB 2HW3A 1TV6A 2PYLA 2ZD1A 4HTLA 1EKEA 4B9TA 2FC0A 3DWLA 1J54A 3AVFA 4BR7A 4YOTA 3ENBA 2CGJA 4BDPA 1QSSA 3HYFA 1XC9A 3O9QA 5AQYA 4OKEA 2O8EA 1BHLA 4DKWA 2DTUA 4DV2K 4ID1A 4NLBA 5EXWA 3O80A 3RSEA 4KTQA 2PY5A 1ZBIA 1CXUA 1J9AA 4H5WA 3O1BA 4BVOA 3J7YP 3FLCO 1BO5O 1YTUA 4DSEA 2Q0RA 2X78A 3SUQA 4OLAA 3FZFA 3V9SA 2IAJA 3THWA 1NM1A 3FR0A 2OPRA 3T1HK 2W41A 3ZSRA 2P9IA 2WBNA 1WNSA 1WSJA 1QSYA 4Z4EA 2FF6A 4MQ3A 4KV8A 4BREA 1DEJA 4CECA 2RPIA 4C8LA 2HHSA 2JWLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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