1O1WA

Solution structure of the rnase h domain of the hiv-1 reverse transcriptase in the presence of magnesium
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
MNELYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Solution Structure of the Rnase H Domain of the HIV-1 Reverse Transcriptase in the Presence of Magnesium
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 26
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1o1wA00
2OPRA 1S1TA 4CJKA 3HT3A 3AVLA 4FW1A 3V9XA 1IKXA 1UWBA 1VRUA 3DRRA 4W5OA 4KHWA 4NCAA 4ELTA 4AHRA 3MEDA 4KB0A 1QHTA 4CJVA 4DQRA 4CJ5A 3PX6A 1WN7A 3DLHA 3VQCA 2A1SA 2FBVA 3AVAA 4CK1A 4CF2A 1NJXA 4FZZA 3SQ0A 3LDSA 4BWMA 4JS4A 3LAMA 2Y1JA 4CJRA 2PYJA 4E7HA 3SPZA 3OYFA 3VQ4A 1S1WA 3NHGA 4QAGA 3HP6A 1J5OA 4FM2A 3CG7A 3QEVA 2HHQA 2HNZA 4CEAA 4RW6A 1J53A 2HHSA 1JLFA 1RTIA 3VQAA 4KHNA 4ICLA 3SUOA 1HRHA 4DSKA 4O4GA 4FZXC 1VSKA 1U4BA 1ASUA 4Y1DA 3HK2A 1K6YA 4W5QA 2XHBA 3RMBA 1A5XA 4H4MA 4DTNA 3NAEA 3NH1A 1C0TA 1RT6A 2D0CA 4CEZA 4CIEA 1S6PA 4OLAA 4RW9A 3O3GA 2X6SA 1O1WA 4RW8A 1VSDA 4DTUA 4DF8A 1RT7A 3OYAA 1HYVA 4E89A 1QTMA 1B9FA 4FJNA 2HNYA 1RDDA 4ZTJA 4FK2A 4Z4FA 2BDPA 4G1QA 3NF7A 1BQNA 4E7JA 4HTUA 1D9FA 2YNFA 1TKXA 2PZSA 4LY7A 2HHXA 3D0PA 1RCHA 4NCGA 2ETJA 1T03A 3SNNA 3QLHA 3AVMA 4KTWA 4O0JA 4AHCA 4FZYA 4M3RA 5J2MA 3ZSWA 3HPOA 3SZ2A 2D0BA 4EZ9A 4FLTA 2XRIA 4CE9A 3U3GA 4EZ6A 4KI4A 1S9GA 2KFZA 1UOCA 1BQMA 2X6NA 4F3TA 3V4IA 3A2FA 5FROA 3PV8A 1RBRA 1LW0A 1G15A 3AVNA 3QIOA 3V81A 4KHYA 1D8YA 1T8EA 1ZBUA 4OGCA 3S3MA 1SKSA 4F4KA 2QK9A 2I5JA 4KKOA 3QEXA 2OPQA 2HHUA 3SUPA 1VSJA 1LAWA 3V9ZA 2G8FA 1TL1A 1IKWA 2GBZA 3RMAA 4B9MA 4FVMA 4DSJA 2B4JA 3CFRA 1KVBA 1YVUA 4OKJA 1GOCA 2IOCA 3ALYA 3KIOA 2XO7A 3DI6A 3KK1A 1NK6A 2RPIA 1S1VA 4HCBA 2KTQA 3KTQA 3O3HA 3TABA 3CFPA 2F96A 2E6LA 3AVGA 3VQQA 4KI6A 2F8TA 4OVLA 4F2RA 4C8NA 4IG0A 1NK7A 1W9HA 2XY8A 1RBSA 1C1AA 3SQ1A 4Q5VA 3SV4A 3DLKA 4KHSA 4FJGA 1JLCA 5DMRA 1QSSA 5FRMA 1CXUA 2G8HA 1TL3A 4C8LA 3DOLA 1L3VA 2YNGA 1UA1A 3V1RA 3NGYA 3AVIA 3DLEA 5C25A 3BDPA 4GW6A 4R5PA 2DTUA 1S1UA 4DSFA 3KD1E 3S3OA 4CFAA 1DTTA 4CGIA 1CLQA 1BCMA 2YNHA 1I39A 1TK5A 4FJ5A 2DFFA 2EHGA 4LH5A 1C1BA 3O4NA 3K5NA 4EP4A 1QSLA 2F8SA 4FJ7A 3L3UA 3OVNA 5KI6A 2A1RA 3L2WA 3OYGA 4KO0A 1NOYA 1VSMA 5KGXA 2YHAA 1NK5A 4H8KA 3K5OA 4J2DA 4TSXA 2DFEA 1MU2A 4IFYA 1BCOA 4CJ3A 4HVJA 3WNHA 3HXMA 3ZSRA 3V9UA 4CHYA 3HSTB 3T19A 4C8KA 4CJWA 4CJTA 3NE6A 1BISA 4B9UA 1NOZA 3OY9A 2Y1IA 3TWHA 3HPHA 1BL3A 3OYJA 4JLHA 1R0AA 4KB1A 4LSNA 4Z4IA 1KRPA 2WOMA 4N56A 3OJUA 4FJJA 2KW4A 1VSEA 2KFNA 2YNIA 2HNDA 3O3FA 2RN2A 1WSEA 4KRFA 1U49A 4F2SA 3C95A 3PX4A 4J2BA 3ZSXA 4IBNA 4FM1A 4DFPA 4DWIA 4CFDA 4BDPA 3DOKA 1FK9A 4M3UA 1HPZA 4DQQA 2XY7A 3RRGA 4O44A 1RBTA 3T1AA 4BDYA 3TAGA 4J2AA 3T3FA 4CFCA 3V9SA 2VG6A 4KHQA 3LP1A 1VRTA 3B6OA 1YTAA 1EETA 5HBMA 4E7LA 3IRXA 2FC0A 2RF2A 3LP2A 1TKZA 3I0RA 4DTPA 2OYQA 2Z1IA 3KLGA 3AA4A 1JXBA 4OKEA 4CEQA 5KRSA 3I8DA 3TI0A 1NK4A 3AA5X 1JLAA 1B9DA 4DTSA 1UA0A 4CECA 2OZSA 4ID5A 1IH7A 5EU7A 3ZSOA 1X9SA 1RTDA 4M3TA 3VQ7A 1GOBA 4KV8A 4CIFA 3VQPA 3QEIA 1VSIA 3VQEA 1U48A 2HVIA 4O55A 1C0UA 1LWCA 3OS1A 2JLEA 3NCIA 3SUNA 1GOAA 3KK3A 1U45A 4M3WA 2IC3A 4DSEA 1NKCA 2E6MA 3AVKA 1QQCA 3QNOA 3QEPA 1RT1A 3ASMA 3MXIA 2IAJA 1RTHA 1WSIA 3ZSYA 1L3SA 3K58A 4B9SA 3BGRA 2X74A 4W5NA 4K8XA 4E3SA 3ZT1A 3OYNA 5DK5A 1BGXT 2QXFA 4O0IA 3WNEA 2O4GA 3CYMA 4B8AB 4FLXA 1LAVA 3RRHA 4L8RB 2YHBA 1VSLA 1TK0A 2OA8A 1JL2A 4AHSA 4IG3A 4FCYA 3QERA 4FK0A 1ZBHA 1LWEA 4Z0UA 3C94A 1QS4A 2ITGA 2XY5A 4DS4A 1RT3A 3DM2A 1XC9A 3OYKA 3SUQA 4JRPA 5HLFA 2Z1HA 3ISNC 4OJRA 1SL2A 4PQUA 1EXQA 3LALA 1ZYQA 3VA0A 1SKRA 3TAQA 3SYZA 3MAQA 4YNQA 4M3YA 4B3OA 2HW3A 3L2RA 4FK4A 1HNVA 1FKPA 4GMJB 4GVMA 2PYLA 2P5OA 2X78A 3RWUA 2FBXA 1RILA 3SPYA 4NYFA 1IG9A 4WE1A 3VQ9A 1KCFA 3DMJA 4NYNA 4YFUA 1W0HA 3IG1A 4PWDA 4ZTFA 3AVJA 4IDKA 1WNSA 4BWJA 2YV0X 2YKNA 3AO3A 4DU4A 4B9TA 4OLBA 3RR8A 4Y1CA 1S6QA 2KQ2A 3NF6A 2DY4A 3DLGA 4MQ3A 4Z4GA 3M8QA 4E1MA 3L2UA 4M42A 3TARA 3MEGA 3S9HA 4HHTA 4CK2A 4HCCA 2D5RA 2B5JA 4DFJA 4N41A 4DLEA 5I3UA 1YT3A 2R7YA 3M8RA 3G10A 1REVA 2DFHA 4KFBA 4KTZA 4M41A 4CJEA 5J2QA 4CGDA 1RDAA 3HM9A 4Z4HA 1CXQA 2ATQA 3QNNA 2HHTA 1CZ9A 4E1NA 1TV6A 3QETA 4N76A 1JLGA 3SCXA 2ZE2A 3F73A 2XY6A 4CJFA 2G8IA 4W5TA 4NCBA 5SWMA 1I3AA 4DU3A 1LW2A 1C6VA 3KKRA 3H08A 3VQ6A 1WSFA 3LZJA 3NH0A 1TKDA 1L3UA 2G8WA 3K2PA 4QOZB 3TAMA 4XIUA 3ZSQA 3QIPA 4DTXA 3LPUA 4JS5A 1QE1A 3SI6A 3V6DA 3ZSVA 4N47A 1KVAA 4FYDA 1S1XA 3PUFA 3HYFA 1SL1A 4Z4EA 3P1GA 4DTMA 4KTQA 4W5RA 1RBUA 3F9KA 1KVCA 4CJ4A 4CHQA 3KK2A 3NF9A 1B92A 1BHLA 2NUBA 4AHTA 3JSMA 3NGIA 4CGFA 5K14A 3TAEA 4K8ZA 4DQPA 5FRNA 3SJJA 1C1CA 4FJXA 3P83D 2WONA 1T05A 3CM6A 5T7BA 1ZBIA 3KLIA 1D5AA 1KSPA 4DFKA 3EY1A 3RMCA 1Y97A 1UAXA 1F21A 4PA1A 2YKMA 1IKYA 1BI4A 4E19A 1Z26A 4CGHA 3HVRA 1X9WA 4ELVA 1NKEA 1WLJA 1KFDA 4DF4A 1VSFA 5SZTA 5HROA 1BIZA 3LPTA 2IGIA 3L8BA 2VWJA 1EP4A 3OYEA 4RW7A 1BIUA 1A5WA 5CYMA 5C24A 3K5MA 4DTJA 4FLUA 1U04A 2BE2A 1ZBLA 1DTQA 1WSHA 3TAFA 5C42A 1JLEA 1NK8A 1Q9YA 1Q9XA 2GV9A 3VQBA 4ID1A 1HYSA 1IO2A 3ITHA 4JRQA 4IFVA 1S9EA 3QEWA 3HP9A 2OPPA 3SV3A 4DQSA 1XHXA 3HVTA 3DYAA 1HJRA 3LZIA 4E7IA 4H4OA 3LP3A 4OKKA 5KRTA 4CF9A 4BE2A 3U3YA 1L5UA 3HPGA 4M45A 3LWLA 1N6QA 3K59A 4E0DA 3OYHA 5FDLA 5D3GA 3QESA 2FBTA 4AH9A 1X1PA 2D0AA 4CJPA 3CQ8A 1YTUA 2P1JA 4C8MA 3C6TA 1J9AA 2G8VA 3VQ5A 3KLHA 2LSNA 3SQ2A 1JL1A 1QSYA 1S5JA 3LAKA 1JXEA 2IDOA 4B8CA 3QO9A 3OYBA 3AO5A 4B9LA 2KZZA 1BI4B 1HNIA 3OS0A 1DLOA 1RNHA 3KKSA 1EX4A 3THVA 4CF1A 4CJSA 3ULDA 4CCHA 1TKTA 4KHUA 2HHWA 1WAJA 4CF8A 1NK0A 3ZCMA 2QKKA 3M8SA 5CYQA 4F8RA 3LANA 3OYIA 3MECA 4IKFA 3AVCA 1X9MA 3DRSA 3KLFA 3WNFA 5KTQA 2BANA 3L2QA 3VQDA 1FKOA 3C6UA 4PUOA 3EZ5A 3CM5A 5HP1A 4I9LA 3HJFA 3FFIA 3MEEA 1JLQA 1KLMA 3B6PA 3VN5A 1D9DA 4CK3A 3S3NA 4FJMA 1T7PA 3HL8A 1SL0A 4AHUA 4CEEA 4FLWA 4DTOA 1ZBFA 2OZMA 1TGOA 5J2NA 3V9WA 1NJWA 4OPJA 4DFMA 4DMNA 4B08A 5HRSA 1RTJA 4ELUA 2IS3A 2Z1JA 5CY4A 5HRRA 4CHOA 3NDKA 2EX3A 3AA3A 4N5SA 4DSIA 3PO5A 3KJVA 1SKWA 4CESA 3V1OA 4FJ9A 5HRNA 1HYZA 3OYDA 2VG5A 3AA2A 4RW4A 3ZSZA 4CERA 2QKBA 3D45A 4M3XA 3QINA 3RTVA 4J2EA 1L3TA 1WSJA 2G8UA 2W42A 4KPYA 2O4IA 4E7KA 5HRPA 4CEOA 4F3OA 3RR7A 3AVHA 3NBPA 1HQEA 1XI1A 4DU1A 1ASWA 1HQUA 1CZBA 3AO4A 2HB5A 3SQ4A 4FJHA 1IKVA 4FM0A 3MXJA 2P5GA 1WSGA 3PO4A 4FJIA 1RBVA 2OPSA 1RDBA 3LWMA 4FLYA 3PX0A 1KFSA 1SUQA 4EP5A 2Q3SA 1Z25A 1RT4A 1FXXA 4DG1A 3OS2A 4FXDA 1JKHA 5JS1A 3KD5E 3TAPA 3VQ8A 1TVRA 3ZT4A 5CZ1A 4CFBA 4BDZA 1U47A 2HHVA 2RKIA 2PY5A 1ASVA 4KREA 3OYCA 4MFBA 4FJKA 3U6FA 2JGUA 1TAQA 3L2VA 5I42A 3RMDA 2Z1GA 1TAUA 4M3ZA 4HUGA 1WAFA 2VWKA 3NFAA 4DSLA 4CEFA 4I2QA 4AILC 3M8PA 1JLBA 3I0SA 3TR8A 4BE1A 5CZ2A 2FBYA 4BE0A 2ZD1A 4I9QA 4RG8A 3L3VA 4CHNA 5KGWA 4O5BA 1RDCA 1N5YA 2E4LA 3WNGA 5J2PA 3DRPA 4LD0A 3V1QA 2AJQA 4CF0A 4DS5A 5E41A 3AO2A 1ITGA 3K57A 3LP0A 4AHVA 1VSHA 3JYTA 3TANA 4DTRA 1NJYA 1NJZA 4CEDA 4BACA 5J1EA 3OYLA 3MXMA 4QCLA 2HMIA 4FJ8A 2VG7A 1XHZA 1KLNA 3P5JA 1HMVA 1KTQA 3NGZA 1J54A 1RT2A 4B9VA 4C8OA 3OYMA 2B6AA 3ZT0A 3O4QA 4CIGA 3OJSA 3EYZA 4DLGA 3UIQA 4KAZA 4CGGA 4Q0BA 2P51A 2GUIA 3NF8A 3DLRA 1VK0A 1NK9A 1TK8A 1LV5A 2G8KA 4FJLA 3CFOA 4I7FA 3PY8A 4OPKA 4FLZA 2HVHA 3NH2A 1Q8IA 4CJQA 3E01A 1RT5A 1NKBA 3KLEA 1EKEA 1LWFA 4OGEA 4CEBA 2ZQBA 4I2PA 3ZT2A 4CGJA 4ZHRA 2BGGA 4HUEA 1A5VA 3DLBA 1XWLA 3ZT3A 3G0ZA 1C0MA 4LH4A 5JS2A 4Z4CA 4LSLA 4CHPA 3K5LA 4CJUA 3AVFA 3IS9A 3HO1A 4UQGA 4DQIA 1SV5A 4FLVA 3AO1A 3AVBA 4B9NA 4HUFA 3VA3A 4FW2A 3IAYA 2KZMA 4PY5A 4CHZA 3AV9A 4CJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9XA 3AVLA 4FW1A 1IKXA 3RSEA 4A2AA 4ELTA 2KKZA 4DQRA 3M5RA 3VQCA 2A1SA 2FBVA 4CF2A 1V4SA 5LY3A 3SQ0A 2D0OA 3A5OC 4QAGA 4FM2A 3CG7A 2QWQA 1ATSA 5AQLA 3CJ7A 1JLFA 3VQAA 4ICLA 3SUOA 3CCEN 1HRHA 3O1BA 4FZXC 3CJ9A 5FPMA 4Y1DA 3HK2A 1T3VA 5BR9A 1A5XA 4H4MA 4DTNA 3CCJN 3NH1A 3CHWA 1D4XA 2D0CA 3PSIA 1S6PA 3KZBA 1RT7A 4E89A 4FJNA 2HNYA 5BN9A 2NRWA 4FK2A 1D9FA 4LY7A 1RCHA 4JD2B 2ETJA 1VQ7N 2ITMA 3FZKA 4O0JA 3WXMB 4M3RA 3ZSWA 1NGEA 3HPOA 5BRFA 2D0BA 4EZ9A 2XRIA 5LMUK 3U3GA 3V4IA 3A2FA 3AVNA 1N34K 2V51B 3FE1A 4KKOA 2HHUA 1HKGA 3SUPA 1LAWA 2G8FA 3CFRA 3S41A 1YVUA 4FSVA 5JICA 3DI6A 4HCBA 3KTQA 2QWNA 1QHAA 4CZLA 3AVGA 3ZEUB 1RBSA 4X66K 3FLCO 3ID6A 5DMRA 1CXUA 3WXLA 3DOLA 1G99A 2YNGA 1L3VA 1N36K 3V1RA 2E20A 3C6AA 3SMPA 3H6EA 4PL7A 3EL2A 4FO0A 1CLQA 3QFUA 1BCMA 4YOVA 2EHGA 4LH5A 4EP4A 1QSLA 3L3UA 3OVNA 3D2EA 2V7YA 2YHAA 3K5OA 4TSXA 2GX9A 3G71N 3D2FB 3WNHA 2HOEA 3HXMA 2QTDA 4B9UA 3HPHA 4PKIA 4JLHA 4YOTA 3OJUA 4FJJA 2KW4A 3HSCA 2RN2A 4KRFA 4LF5K 1GLBG 3H45C 3PX4A 4EHTA 4DFPA 4CFDA 3DOKA 3UKRA 5M1KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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