The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1Y K; 2ZM6 K; 4JI7 K; 4NXN K; 1HNZ K; 4LF7 K; 4DV5 K; 1IBK K; 5BR8 K; 4JI3 K; 5LMU K; 4K0K K; 4NXM K; 4JI6 K; 5LL6 Z; 5FLX O; 1N32 K; 4JI1 K; 1J5E K; 5IWA K; 4DR6 K; 4CVN E; 1N36 K; 2UUC K; 4LF9 K; 4DV3 K; 4V19 S; 1HNW K; 4JI4 K; 1HR0 K; 1I94 K; 4DV6 K; 4DV4 K; 4DUY K; 2UXB K; 4YHH K; 2UU9 K; 4LFA K; 4AQY K; 1XNQ K; 4X66 K; 4DR5 K; 4DR7 K; 4JI2 K; 5A2Q O; 4KHP K; 1IBM K; 2HHH K; 1XNR K; 2F4V K; 4DR3 K; 3J81 O; 4DV1 K; 1FJG K; 4B3T K; 4OX9 K; 1N33 K; 2VQF K; 4DR2 K; 2UXC K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 5IT9 O; 1N34 K; 4JI0 K; 4LFB K; 4GKJ K; 3JAM O; 3J7Y P; 4X65 K; 4JYA K; 4DV0 K; 4JV5 K; 4B3S K; 4JI8 K; 4LF4 K; 4LF6 K; 4YY3 K; 2UUB K; 1IBL K; 2UXD K; 3J80 O; 4DR4 K; 4DR1 K; 1HNX K; 4LF5 K; 1XMO K; 4GKK K; 2UUA K; 4B3R K; 4DV7 K; 4CW7 B; 4B3M K; 4X64 K; 3T1H K; 3OTO K; 4DV2 K; 4X62 K; 2VQE K; 4JI5 K; 4LFC K; 5LMN K; 1XMQ K; 2E5L K; 4DUZ K; 3J7A P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZLJ A; 3IS9 A; 1S6P A; 4RCH A; 5E41 A; 4FWP A; 3TAM A; 2FBY A; 3O3F A; 3VQP A; 3H1V X; 4M3U A; 3MWP A; 3VA0 A; 4BVO A; 3P31 A; 3AVH A; 2HHQ A; 4YDU C; 5GAG P; 3CCV N; 4DS5 A; 4JK9 A; 2Y1I A; 3VQ6 A; 4KHW A; 4NCA A; 1QZ5 A; 3HZ6 A; 4MO5 A; 3AVG A; 3CPW M; 1SUQ A; 4YOU A; 4JHD A; 3SUO A; 2D4W A; 4C8M A; 4LF9 K; 4BY9 C; 1TK0 A; 3F2K A; 3E01 A; 5FPM A; 1Z25 A; 1JLA A; 4CZK A; 1WLJ A; 2Z1J A; 4B8A B; 2KZM A; 1HQE A; 3ZSX A; 4RWT A; 3CQY A; 3L4I A; 5TKW A; 1IV0 A; 3TAE A; 4FJJ A; 3VET A; 3BDP A; 3SAF A; 5KGX A; 1TL1 A; 2YCH A; 4JS5 A; 1Q9X A; 3C7N B; 2GTD A; 1O13 A; 3CCS N; 4E7H A; 1VSJ A; 2XY7 A; 4CJP A; 3RMD A; 2E2O A; 2P9U B; 4JRP A; 4PHT X; 2O8D B; 4BRL A; 3DRR A; 4CEZ A; 3ZSW A; 2BTF A; 4IBN A; 3CCR N; 1OH5 A; 3QIN A; 1BQM A; 1HNI A; 5KQD A; 2QI2 A; 2GUI A; 4CF8 A; 1T7P A; 3VES A; 1W2B M; 1RCH A; 3NF7 A; 4CD3 A; 2YNF A; 4BC2 A; 3S9H A; 4YOV A; 3S3O A; 3DLK A; 2NUB A; 2DFH A; 2DPN A; 3ULE A; 1LW2 A; 3S41 A; 3QEX A; 4FK4 A; 1VQ5 N; 5AQK A; 3OA9 A; 4BDY A; 3QBX A; 4I6M B; 5KRS A; 4O5B A; 4CJE A; 2UYT A; 3DOL A; 1SL1 A; 3HPO A; 1NG9 A; 3PUF A; 1YT3 A; 4DSE A; 3O9R A; 3WEE A; 1GLE G; 3ENO A; 1ASV A; 2BUP A; 2VWB A; 3NGI A; 1XHZ A; 3HYF A; 4AHR A; 4JLH A; 4J2E A; 3LZJ A; 5AZI A; 1HR0 K; 3ZET A; 3K9J A; 3LL3 A; 4CJL A; 2ZF5 O; 4M41 A; 3VGL A; 5KGW A; 4YHH K; 4CEE A; 4ISE A; 1C6V A; 1RT5 A; 5F0X A; 2WTU A; 2D0A A; 5KPT A; 4OKK A; 4N47 A; 4FLT A; 3MXJ A; 2P1J A; 4A5A A; 4BRA A; 1L3T A; 2ZQB A; 3AA5 X; 5CE3 A; 1ZBH A; 1GLL O; 4KO0 A; 1TGO A; 4YOX A; 3CET A; 2JLE A; 3VMF B; 4JAX A; 4DLE A; 1DKG D; 1BHL A; 4K43 A; 1CZB A; 2YV0 X; 1BIS A; 4BE1 A; 3CC2 N; 1XC3 A; 3DXK B; 1BA0 A; 3RRH A; 3PO4 A; 4LF8 K; 2YNI A; 3U4L A; 4FM0 A; 2HBM A; 4GY2 B; 1KXP A; 5KQ8 A; 4F9O A; 3EKU A; 5GAH P; 5C42 A; 1VSI A; 4H5V A; 5HBM A; 1ASU A; 1JLF A; 3J8A A; 4IG0 A; 3RR8 A; 5KTQ A; 1KFS A; 4MFB A; 3WXL A; 3NGY A; 1RTI A; 1K8K B; 2NRZ A; 4YY3 K; 4DSL A; 4IKF A; 1RBT A; 1QHT A; 4H0X B; 1NGE A; 3AV9 A; 3WNH A; 1NGJ A; 1S1U A; 4CJ4 A; 4B1U B; 5AQG A; 2VG7 A; 3DM2 A; 1XUP O; 2P9I A; 4H5R A; 2HMI A; 3AVF A; 2E5L K; 2NNW A; 3SMP A; 3QES A; 4CCH A; 4AM6 A; 4UQG A; 3QLH A; 3OYM A; 3V81 A; 3C94 A; 1KTQ A; 4BR2 A; 4RW7 A; 2G8V A; 3WNE A; 4Z4I A; 2ZD1 A; 4DQP A; 3LWL A; 4IOC L; 1RNH A; 3AVC A; 3OYI A; 2I5J A; 3RSE A; 1S1V A; 5FDL A; 3F5T A; 3T19 A; 2A42 A; 3THW B; 3OYK A; 1VQP N; 4JK7 A; 1A5V A; 4E7L A; 3LDO A; 4DU1 A; 1J5E K; 3HJF A; 4IO9 L; 2NRV A; 4O8K A; 1S1X A; 3CJB A; 4C23 A; 2HF3 A; 4U67 L; 1HNW K; 1M90 O; 2Q0U A; 3AVI A; 2HVI A; 3ATV A; 4EHU A; 3OS1 A; 4BRK A; 2QA4 N; 1TAU A; 1VRT A; 2QWO A; 1GOA A; 4KH4 A; 1NK5 A; 1V4T A; 3P83 D; 5A2Q O; 4DTR A; 2QXF A; 3NF8 A; 3U8X A; 2O8F B; 1S1T A; 1B9D A; 2IGI A; 3VF2 A; 3B6O A; 1DTT A; 5AZJ A; 3AVA A; 3SJJ A; 4H0V B; 4OX9 K; 5AQV A; 3H08 A; 3RVC A; 1Z6R A; 2VQF K; 4CEF A; 2FBT A; 3O8M A; 4E1M A; 3IG1 A; 4O4G A; 3HOT A; 4K8Z A; 2J4R A; 1N34 K; 3SK3 A; 4DTP A; 3SAG A; 1QTM A; 2YHB A; 3WXJ A; 4OJR A; 4X65 K; 1NMN A; 3SAH A; 3VEZ A; 1IG9 A; 4FK2 A; 4DV0 K; 3O4W A; 2P9L A; 4ZTJ A; 3C7N A; 5JLF A; 4CJT A; 3O9Q A; 3CJ7 A; 4QOZ B; 2YJF A; 1NGF A; 2P9U A; 4H03 B; 1F21 A; 4LF5 K; 1RBS A; 4J2B A; 3DLB A; 2WC9 A; 3OYA A; 4HCB A; 3EE8 A; 1HRH A; 1BIU A; 1K6Y A; 4C8N A; 5LJV A; 3HST B; 2FXU A; 4JKH A; 4M7Y A; 4CF0 A; 3G6E N; 5FRO A; 3ASM A; 4KHY A; 3CJ1 A; 3VQ4 A; 2D0B A; 4CK3 A; 1IKV A; 1X9J A; 1HJR A; 3L6Q A; 2X6S A; 5DK5 A; 1KD1 O; 2GV9 A; 3T1Y K; 1WNS A; 1LWF A; 1NGC A; 1U49 A; 1HNZ K; 3CCM N; 1BO5 O; 3CC7 N; 5HRS A; 4GV9 A; 1NBW A; 3WXK A; 3RMC A; 3AVM A; 3KK7 A; 4BDP A; 1BIZ A; 4QS9 A; 3P38 A; 4IEI A; 4QS8 A; 1E4G T; 4Y0W A; 1EWQ A; 4A2A A; 3H3N O; 4AH9 A; 2E1Z A; 4IJA A; 1RTJ A; 3D7E O; 4GW6 A; 4I6M A; 4OGC A; 4DUY K; 3HL8 A; 1S5J A; 1Q9Y A; 4FJI A; 4FJ8 A; 2OZS A; 4DR5 K; 1T03 A; 3RWU A; 4PY5 A; 2RE2 A; 3LAL A; 3O80 A; 5AQT A; 2HHH K; 4DTJ A; 2F4V K; 3O9T A; 3OYE A; 3ZSO A; 4KH6 A; 3OJU A; 4WCE L; 3V9W A; 5F2R A; 5EVZ A; 1VQM N; 4CF9 A; 4HTL A; 4PQU A; 4DR2 K; 4GNI A; 5CYM A; 1KRP A; 2YI1 A; 1RT3 A; 5IT9 O; 4DQQ A; 3SNN A; 2JWL A; 4PKH A; 2NRH A; 3V1O A; 2HNY A; 3TPQ A; 1EQY A; 4JI8 K; 5BN9 A; 1D9F A; 4CHY A; 4RW8 A; 1TV6 A; 2O8E A; 4JNE A; 3CCJ N; 3VQ5 A; 4DLG A; 1ZXO A; 3DXK A; 2A41 A; 4OKJ A; 3IMX A; 1HYZ A; 2HHU A; 1RIL A; 2P9P B; 2OYQ A; 4JI5 K; 2BAN A; 3DRS A; 3THV A; 4KBO A; 3BP8 A; 1VQN N; 3PSI A; 3CIP A; 1JLC A; 4B9N A; 3PY8 A; 1YHQ N; 3THX B; 2XY8 A; 2PZS A; 3KLG A; 1Y97 A; 1N5Y A; 3LAN A; 4Z4H A; 1C1B A; 1ZC6 A; 4B9V A; 2BGG A; 2QWR A; 2VCP A; 5LL6 Z; 3O9S A; 4JI1 K; 1G99 A; 3HO1 A; 5BRD A; 1TL3 A; 2HHX A; 2H3G X; 1E4F T; 1KQS M; 3VQQ A; 1M1K O; 3GG4 A; 1GLD G; 5AQN A; 3SBT A; 4EHT A; 1TAQ A; 3ZX0 A; 5HRO A; 4U7B A; 4EZ6 A; 2CGJ A; 1YJN N; 3TSQ A; 3LAK A; 2UU9 K; 4AQY K; 3VEV A; 1LWE A; 1L3S A; 2PY5 A; 3DAW A; 2VGN A; 1SAZ A; 3CM5 A; 1T3V A; 5FRM A; 4ISF A; 1VHX A; 4FXD A; 2D5R A; 3LPU A; 2B5J A; 2Y1J A; 2CH6 A; 1S1W A; 2P5O A; 1NK6 A; 1X9S A; 4BQZ A; 1TUY A; 4JKG B; 4A57 A; 2XHB A; 3SUN A; 2O4G A; 2VWK A; 4W5T A; 3HP6 A; 4FJN A; 4E89 A; 3QFP A; 2HBJ A; 3VGK A; 1SS6 A; 1U2V A; 3GBT A; 4IFV A; 4AHS A; 4CER A; 3GE1 A; 2GUP A; 2WBN A; 3VGM A; 4M45 A; 2JWK A; 3JAM O; 4CGJ A; 5BPN A; 1TKZ A; 5C2D A; 3M6G A; 2O8F A; 2QWQ A; 1X9M A; 1VSK A; 4AHC A; 1I39 A; 3TAG A; 3JXU A; 3T69 A; 4E1N A; 3I0S A; 3PX4 A; 2A6A A; 1VSE A; 3LDS A; 4N41 A; 1T8E A; 1J9A A; 4DR4 K; 4IOX A; 4JKD A; 1ESV A; 4CJ3 A; 3H3O B; 3WNF A; 4WFA L; 1FK9 A; 3ZSZ A; 4JKF A; 2HHS A; 2W6L A; 1NKE A; 2QKK A; 1KC8 O; 4LFC K; 4ID5 A; 4FPB A; 3SZ2 A; 1XMQ K; 1FKO A; 1TUU A; 3F9K A; 1XWL A; 5J2P A; 3TAF A; 2O8B B; 3ZT1 A; 3WUH A; 1C0T A; 3AY9 A; 3O08 A; 1EP4 A; 3KKR A; 3K59 A; 1EXQ A; 2VWJ A; 4LH5 A; 2HB5 A; 2ITM A; 5BRE A; 2P51 A; 4EP5 A; 1BI4 A; 4XEI A; 1RFQ A; 3AA2 A; 1LAV A; 4CJW A; 4WE1 A; 3C6T A; 4FJK A; 5FLX O; 1N32 K; 4ISG A; 3ALY A; 3ZSQ A; 1FKP A; 3CCQ N; 4YOY A; 1RDA A; 5EU7 A; 4XH5 A; 2YHY A; 2E20 A; 4IFE A; 4WQ5 A; 3S3N A; 3VN5 A; 3M1F A; 1JJ2 M; 5J2Q A; 3TTF A; 4CEQ A; 4OPK A; 1ZBI A; 4DTM A; 3CG7 A; 3AVB A; 4B1X B; 1S9G A; 4BRM A; 3UKR A; 2EWS A; 4HWI A; 3WQT A; 1VQK N; 3NFA A; 4DR7 K; 3NCI A; 3H1Q A; 3K2P A; 1SQK A; 3TU5 A; 3A5O C; 4IEE A; 2V7Z A; 5I3U A; 3NF6 A; 3I8B A; 3D2F B; 2ZJP L; 4FJ5 A; 4XIU A; 4FO0 A; 3L2V A; 1N33 K; 3G0Z A; 1BUP A; 3CPE A; 3D0P A; 3M5R A; 4CZI A; 4LSN A; 4BDZ A; 3AAQ A; 3FZH A; 2OTJ N; 2P9K A; 3MED A; 2GWJ A; 1T05 A; 1BU6 O; 4FJH A; 1RBV A; 5M1P A; 5HLF A; 2R7Y A; 5AQL A; 1R0A A; 4FWM A; 3OYC A; 3VQB A; 2BDP A; 3Q7B A; 4JYA K; 3K57 A; 4CBU A; 1QQN A; 3VEN A; 2QK9 A; 1GLC G; 1BCM A; 1UAX A; 1RT4 A; 4I2P A; 4BC5 A; 3LDP A; 4FZX C; 5J2M A; 4OKE A; 4CHN A; 4AHV A; 3O3H A; 4CHO A; 3JYT A; 1MU2 A; 1KVA A; 5AQI A; 3KD1 E; 4ILJ A; 4BR5 A; 4KI4 A; 4J8F A; 3R9P A; 2X78 A; 3VF4 A; 4JN4 A; 4FLW A; 2QXL A; 4PKG A; 4JK8 A; 4PL7 A; 3OY9 A; 1ITG A; 5AQU A; 3S3M A; 3E9O A; 3QML A; 2DTU A; 4JI7 K; 1EWR A; 2HBK A; 1SKW A; 3A0I X; 4J2A A; 2PFU A; 4Q0B A; 4CJU A; 4FYD A; 5FPD A; 1NJX A; 2P9P A; 4NXM K; 4YNQ A; 3HVT A; 1TYQ B; 3EE9 A; 5F1X A; 1EO1 A; 3MX5 A; 4IDK A; 4IOA L; 4HUG A; 3CME N; 1S22 A; 3BF1 A; 1YVN A; 4DU3 A; 4AF1 A; 2HMP A; 4WFN L; 1SKS A; 3ISN C; 4JKB A; 3G71 N; 3KLI A; 1QVG M; 3HM8 A; 2IVO A; 2P9N B; 4C1N K; 3TAR A; 1NGI A; 2ASM A; 4BG8 A; 1IJJ A; 3CCU N; 3R6M A; 3AGK A; 3KVG A; 5AQP A; 4CD1 A; 1REV A; 5EY4 A; 5C24 A; 5B8H A; 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1MA9 B; 3SPZ A; 3T3F A; 1JCF A; 1RTH A; 1CLQ A; 3CHW A; 1S6Q A; 1IKX A; 3QEP A; 3KK3 A; 1Q86 O; 1C1C A; 3G10 A; 3HVR A; 1RDD A; 1OKJ A; 2WOM A; 3AO4 A; 5JVH L; 2Q36 A; 1N8R O; 3E1Y A; 4B3T K; 3D2E B; 2QEX N; 4FWO A; 2OTL N; 4PA1 A; 3MN9 A; 3VEX A; 1BOT O; 5ADX H; 1WB9 A; 1LV5 A; 1WBD A; 3NMU A; 2UXC K; 4EIA A; 1U6Z A; 4CIF A; 3PX0 A; 5AQJ A; 3DLG A; 3SI6 A; 2HW3 A; 1C1A A; 1IG8 A; 2HHW A; 3A5N C; 1HKC A; 3CQ8 A; 2HBL A; 1SV5 A; 1XI1 A; 3HRG A; 3LM2 A; 2E2Q A; 4OVL A; 3LZI A; 3IRX A; 2NRW A; 1V4S A; 4FLV A; 3D2F A; 3I0R A; 4DQR A; 3OYG A; 1QQO A; 2OPS A; 4F4K A; 3TSU A; 3BY5 A; 2F96 A; 1IBL K; 3DYA A; 3OBY A; 4CZJ A; 3A8Y A; 3J80 O; 3OYL A; 1QSY A; 4O0I A; 4DWI A; 3UKU B; 1TK5 A; 4X64 K; 3ITH A; 1K9M O; 2FF3 B; 2X6N A; 3RMB A; 3P39 A; 1OH6 A; 3CCL N; 2HVH A; 3HXM A; 3K5O A; 4FJG A; 4M3R A; 2NRX A; 1FW6 A; 3F73 A; 1ZBS A; 4FLX A; 1BQN A; 4CED A; 4B3O A; 2RPI A; 3FZL A; 4DSJ A; 4DSI A; 2O8D A; 1U47 A; 3AAR A; 3ZX2 A; 3FE1 A; 3OHR A; 2ZJR L; 3FZK A; 4FM1 A; 3V9U A; 5HP1 A; 4DFJ A; 4BRN A; 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