1NM1A

Crystal structure of d. dicsoideum actin complexed with gelsolin segment 1 and mg atp at 1.8 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
372
structure length
364
Chain Sequence
DVQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEQEMATAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin
publication title The Structure of Non-Vertebrate Actin: Implications For The ATP Hydrolytic Mechanism
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 364
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nm1A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nm1A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nm1A03
2E1YA 1NBWA 4H5RA 1HPMA 4CZGA 2QW9A 2QXLA 2P9IA 4Z94A 3I33A 2P9UB 3AARA 3U9DA 3J8AA 2P9SA 4QS7A 1ATSA 4BRGA 1BOTO 1EQYA 3GE1A 4IWVA 2PAVA 1KAZA 4BQZA 4GY2B 4BR5A 3VEZA 3W0LA 1GLFO 1XC3A 1RDWX 4JHDA 1SQKA 1KAYA 3DXMB 3O6WA 3TPQA 4CZLA 2J4RA 1Y64A 4EFHA 4DB3A 2QWNA 4K42A 3CQXA 5AQJA 3O4WA 3ID8A 3LDNA 4FWRA 3VF2A 2D0PA 3UKUB 4CI6A 3FZKA 5AQIA 4AM6A 4E1JA 4H0VB 3MDQA 1NMDA 3ZETA 2V7ZA 1CZAN 4MO4A 2YHXA 1E4GT 4J8FA 4BGBA 4IO8A 3LL3A 5ADXH 2VCPA 2QWQA 4FWLA 3QFUA 1JCEA 1ATRA 2D1KA 3L0QA 3ZEUA 3WT0A 3HSCA 3VEOA 2HOEA 1ZC6A 3R8EA 1KAXA 3L4IA 3D2EB 1BO5O 3DXMA 3SLCA 3O1BA 5EOYA 3ULEA 4CJ7A 2Q31A 3FLCO 2A40A 2GWJA 5BPLA 5BRDA 2Q97A 3UKUA 3H46O 5BPMA 3DXKB 1GLAG 4WYBA 1DKGD 2FXUA 5AQHA 4I6MA 4PKHA 4YDUC 2WUSA 3W3DA 1NLVA 3O8MA 4JAXA 2V51B 4BREA 3H1QA 4O8KA 2GUPA 1OKJA 2CGLA 3BF3A 2Q36A 5KPRA 1QZ5A 1HJOA 2GTDA 3C7NA 4BC4A 2E2QA 1QQNA 1T6CA 4K43A 2W41A 2FSKA 5AQXA 5AFUA 4QS8A 3CIPA 4BRAA 3MN6A 4MLEA 1WOQA 3HZ6A 2P9SB 1JCFA 4A2AA 4BC3A 3FZFA 1BDGA 3CQYA 1MWMA 3I8BA 2H3GX 3VGMA 4DQ8A 5AQQA 3M3ZA 5AZJA 4XH1A 4BRMA 1RFQA 3VERA 5AFUH 4CD1A 4B1UB 3ZX2A 4BRLA 4JN4A 4BR0A 4JHDB 2E2OA 4A62A 1XUPO 3RSEA 1NGFA 3WXJA 3QDKA 2HF3A 3IFRA 4EHUA 3H1VX 4EAHD 2CGKA 3WQUA 4WQ4C 4BRPA 4DCHA 3FGUA 1NGDA 5AR0A 4BGAA 4CZFA 3FZHA 3MCPA 2GEMA 1S3XA 4JNEA 2IVNA 4YDUA 3BUZB 4FO0A 2F9TA 3H3NO 1V4TA 3ZETB 3CJ7A 3CHWA 3G25A 4AM7A 1HX1A 4XEIA 4B1WB 1NGGA 2NRHA 2QWMA 1NWKA 3F9MA 3MK6A 4XH5A 1Z6RA 2A3ZA 2HMPA 1ZXOA 4FWMA 3OHRA 3VGKA 3A5OC 4FPBA 4H5NA 3A8YA 3UKRA 3ZEUB 5LY3A 2YCHA 3DAWA 1NGIA 2FSNA 3ULEB 5FPNA 3KVGA 2QWOA 3O08A 1D4XA 5E84A 1HKCA 3WXKA 4BC5A 5EVZA 3VF6A 4BR7A 2ASOA 5ADXA 5AQPA 1GLLO 4C23A 1LOTB 4I6MB 3CJ9A 2ITMA 2I7PA 1K8KA 3EN9A 3CJ1A 2I7NA 3JS6A 5EX5A 3HTVA 4BRIA 4WQ4A 1TUYA 5ELZA 3FZMA 3QBWA 4BRHA 3ATVA 1NM1A 1J6ZA 1YXQA 2QWPA 3DWLA 4JD2A 1GLEG 2E1ZA 5KQ8A 3C7NB 3CI5A 1RGIA 2E2NA 4DHYA 1BWFO 2P9PA 3MN9A 3WEEA 2YHYA 3LDOA 3B8AX 5BREA 3WXLA 5AQNA 4NO7A 5AZJB 4BRCA 3HM8A 2P9KA 1SAZA 4BC2A 2CH6A 1NGAA 2GWKA 1TYQB 4H0PA 4MLHA 5F2RA 1H1VA 2A42A 4FL9A 3SMPA 5AQLA 4CD3A 1QHAA 1GLJO 2F9WA 1GLBG 5FPMA 3RSEB 2ASMA 3ZX3A 4FWPA 5LJVA 2E8AA 3GL1A 4L3QA 3VEXA 3R6MA 4B1ZA 4ISFA 1QQMA 1U2VA 3U4LA 4RWTA 3LM2A 4BRQA 1DEJA 4QS9A 4CZKA 4BG9A 5EY4A 5BN9A 3EKUA 4B1VA 5CE3A 3VEYA 3VEWA 4CZHA 4EIAA 4IXCA 5JLHA 2Q2RA 5AQRA 4FPAA 2EWSA 2YHWA 4BG8A 1SZ2A 3EZWA 2IVPA 5TKYA 1BG3A 3VPZA 3HI0A 3SK3A 3UKRB 3IUCA 1BA1A 4FOEA 2P9LA 1IG8A 2IVOA 1TYQA 1GLCG 3LDQA 2IIRA 2A6AA 5BRFA 2AP1A 4BVPA 2VYPA 2P9NB 4FWNA 4HTLA 2YJFA 3FZLA 3LDPA 4EHTA 2PBDA 3VF4A 4B1XB 1U6ZA 1MDUB 2CH5A 2QM1A 4K25A 1YAGA 1NGJA 1DGKN 5KQDA 3SJHA 4FSVA 4IZ9A 4H0TB 4PL8A 4BR4A 3R9PA 2YI1A 5FPEA 1T44A 5AQVA 3CJAA 1MA9B 1K8KB 2FF3B 3KHYA 3AY9A 2UYTA 1X3NA 1XQSC 3EKSA 3QB0A 3IDHA 2Q1NA 4H0XB 5AQGA 1E4FT 4WQ5C 5FPDA 2AA4A 5KPTA 1T6DA 1X9JA 2VWBA 5BRHA 4JD2B 3A5MC 4XH4A 3VGLA 4BQLA 2QWRA 3FFKB 3AAQA 3VETA 2P9PB 3WEEB 1YVNA 2P9NA 2NLXA 3WUHA 5AQSA 5JMVA 1BU6O 4NB4A 5JLFA 2OANA 3CERA 3BF1A 4H0YB 3MN7A 1QZ6A 2P9KB 1G99A 1BA0A 4RTFD 2FLOA 3U8XA 2Q0RA 5I9EB 5AQUA 1HKGA 2FSJA 3C0BA 2E88A 3JXUA 5BR9A 4H5TA 3FR0A 4FOIA 1JCGA 3IMXA 5AQMA 4BRDA 1ATNA 2QWLA 1BUPA 2A5XA 1U2VB 4ISEA 3H3OB 3A5NC 5F1XA 1NGBA 4Y0WA 5AZIA 4B9QA 3H6EA 3QMLA 3VEVA 4PKGA 3SMSA 5JICA 3H45C 1X3MA 3DJCA 4A2BA 4WQ5A 3A5LC 1V4SA 2E2PA 1P8ZA 4M63C 4H5VA 2P9UA 1C0GA 3CJBA 1WUAA 2A41A 4ISGA 5AQTA 4CZIA 4IJNA 3UB5A 4CZMA 3MMVA 3ATUA 1S22A 1NGHA 4HWIA 4CZEA 2P9LB 1ESVA 4BRKA 3O1WA 3O5BA 3QFPA 4H03B 4GNIA 3O80A 3TU5A 4F9OA 1QQOA 2V7YA 4BR2A 2ZF5O 3ENOA 1LCUA 4BRFA 3WXIA 4CZJA 4M7YA 4RCHA 5BN8A 2ASPA 3LM9A 5AQWA 3ENHA 4MO5A 3EL2A 3LDLA 1MWKA 5AQKA 3MN5A 4CBWA 2D4WA 4B1YB 5LJWA 1IJJA 1NGCA 4FWKA 4FWSA 1HUXA 1Q18A 1R59O 3P4IA 4FWOA 2NZTA 3GOIA 3VENA 3BEXA 1HKBA 1TUUA 4BVOA 3FE1A 4PL7A 5B8HA 2FF6A 3VESA 3UE5A 3VOVA 3QBXA 4K41A 2ZWHA 3D2FB 2CGJA 1YUWA 3EO3A 3AAPA 3WQTA 4BR9A 2GELA 2HF4A 3QICA 4BRNA 3HBTA 3KZBA 4O5FA 1Z05A 2BUPA 3GDQA 1GLDG 2BTFA 2YJEA 2P9IB 3M1FA 3M6GA 5BPNA 2Q0UA 3D2EA 3L6QA 3ZX0A 4IJAA 1HLUA 4CBUA 5AQZA 3GBTA 4H5WA 3BP8A 1NGEA 4PKIA 1ZBSA 1C0FA 5AQFA 3S41A 2E20A 4BROA 5E26A 4LC9B 3DXKA 3A0IX 5F0XA 2KHOA 5EXWA 2ZGYA 2W40A 3U9ZA 2DPNA 4H0OA 4KBOA 4M7XA 4CBXA 3CETA 4FWQA 5AZIB 4A61A 3D2FA 5AQYA 3CJCA 5AQOA 2V52B 3GG4A 2ZGZA 5KPZA 2D0OA 3D7EO 1KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SYZA 2OPRA 1HPMA 4CZGA 3QEIA 1I39A 1TVRA 2P9IA 4N47A 2G8WA 3C6UA 3CCLN 4ELVA 4FVUA 2P9UB 1L3TA 3CCSN 3L2UA 2P9SA 3CPEA 3L8BA 4DU3A 1LWFA 3ZT1A 3PLAA 3AVHA 4I9LA 3S9HA 3AVFA 1EQYA 4IWVA 2PAVA 4UQGA 1OH7A 1SL2A 4OGEA 1KAZA 4B9SA 3SPZA 2VG6A 3W0LA 1XC3A 4Y1CA 1RDWX 4CJQA 2WTUA 2F8TA 4EFHA 1CXUA 3DOLA 3CQXA 4LSNA 3VF2A 3TWHA 4ID5A 5K14A 1TK8A 1W7AA 3MEDA 4CGJA 4AM6A 4H0VB 3MDQA 1YTAA 1NMDA 3P31A 4C1NI 4CHZA 4DWIA 4KHWA 1CZAN 1E4GT 1C1BA 4DUYK 4KI4A 3HXMA 1TKXA 4M3TA 2BE2A 2HW3A 2NUBA 5DK5A 2D1KA 4LFBK 4W5TA 3HSCA 4RW9A 1ZC6A 3R8EA 3HP9A 4CJ5A 3D2EB 3DXMA 3SLCA 1VSKA 3ULEA 4CJ7A 2Q31A 1U48A 4B3RK 1GOBA 4CIGA 2EX3A 3K5NA 3UKUA 3O9TA 3OJSA 4O5BA 2FBVA 1GLAG 2LSNA 1DKGD 5AQHA 5LMNK 3KTQA 3E9LA 3NBPA 1D5AA 2WUSA 3AA2A 2IC3A 1XHXA 3VA3A 4JI5K 4EP4A 2E4LA 3O8MA 4JAXA 3AGRA 2AJQA 4AHRA 2GUPA 3IG1A 1HJOA 4BE1A 1O13A 3CCMN 4OVLA 2W41A 2FSKA 5AQXA 2ZE2A 4BRAA 3MN6A 4MLEA 4KTWA 5J2MA 2Z1GA 3FZFA 3VA0A 3I8BA 5AQQA 5AZJA 4BRMA 2W42A 3FFIA 4B1UB 4LF6K 3PSFA 2W00A 2HB5A 3O9RA 3N4PA 3WXJA 3KD1E 4OX9K 2KZMA 2ZQBA 1RBRA 3FZHA 1TGOA 1WSIA 2GEMA 4YDUA 3H3NO 1EKEA 4NXMK 4YOTA 4AM7A 4F8RA 3VQCA 4B1WB 1Q81O 2QWMA 2A3ZA 4CJRA 1LWCA 2HSTA 1ITGA 4RW4A 3NE6A 1XWLA 4DR1K 1G15A 3A5OC 3A8YA 3ITHA 3U6FA 3DLBA 2BDPA 5M1FA 1N36K 1JLAA 4ZTJA 3ASMA 2G8KA 4CF8A 5HRRA 4M3RA 4LF4K 4NCAA 3M8PA 3F9KA 3NF8A 4DR4K 4IG0A 1CXQA 5AQPA 4CJFA 1GLLO 3DOKA 4KHNA 4I6MB 4BDYA 4B9TA 1K8KA 4CJUA 3CJ1A 3Q7CA 3L3UA 2YNIA 4DUZK 2W6LA 2G8HA 4CECA 3K2PA 3B6OA 3FZMA 4FCYA 3DYAA 3P39A 2GUIA 1ZYQA 3LAKA 1J6ZA 5H1SQ 4LY7A 4M3XA 3J80O 5KQ8A 5M1QA 4IG3A 3CI5A 3ULDA 1RGIA 4DHYA 2PYJA 1QVFM 3TI0A 2PFUA 4DQPA 4DFMA 1ZBIA 1LWEA 3WXLA 5SWMA 2O8DB 1EO1A 3PIPL 4OPHA 1FKPA 2ZD1A 1SAZA 4BC2A 3DRSA 3OW2M 1NGAA 2CH6A 4H0PA 3T69A 4CD3A 2A42A 4FL9A 3HVRA 1QS4A 2OCEA 1GLJO 4DF4A 5JVHL 1GLBG 1UWBA 3ZX3A 1N8RO 4L3QA 3S3NA 3K58A 3JAMO 3U4LA 1QTMA 3LM2A 4BRQA 1DEJA 4BG9A 5EY4A 4L8RB 1RCHA 3E01A 4KFBA 4E1NA 4JI2K 4B1VA 2PY5A 2P5GA 3ZSYA 3O9QA 2Q2RA 2YHWA 3AO3A 4JEPA 4BG8A 3RMAA 4LFAK 1RBTA 3TANA 3CXCM 3MCAB 3O9UA 1XMOK 1S72N 3AVCA 3VQPA 3SK3A 3N4QA 2RF2A 2A6AA 4BVPA 5CYMA 3WXMB 3THXA 2P9NB 3HT3A 3NF7A 1N34K 4U7BA 3RMDA 3VMFB 4EHTA 4O0IA 3VF4A 3TAMA 3ZSWA 1C0UA 2CH5A 5C24A 5KI6A 4K25A 5HP1A 3L4QA 5KQDA 4FSVA 2R7YA 1JLCA 3R9PA 1T44A 4H4MA 4FJKA 2O8FB 1JXBA 3KHYA 1YJ9N 5TKWA 3QB0A 1XQSC 3EKSA 4F2RA 2F8SA 4H0XB 5CY4A 3NFAA 4WFBL 4CW7B 1JJ2M 5FPDA 2AA4A 1KQSM 4JD2B 3A5MC 4BQLA 4DSLA 2F96A 2P9PB 3NGYA 2NLXA 2FC0A 4G1QA 4AHTA 4NB4A 1ZBUA 5JLFA 2XY6A 4JRQA 4DSJA 3BF1A 4H0YB 2VQFK 1QZ6A 3HRGA 3PUFA 1WSFA 1G99A 3AVJA 5AJ3K 1FJGK 2Q0RA 2Y1IA 1Z26A 1S5JA 2XY7A 4ZTFA 1NKCA 4AF1A 5GADP 1OH6A 5BR9A 4N5SA 4FYDA 1JCGA 3SPYA 4EZ9A 2HHUA 2A5XA 2ATQA 1U2VB 5HBMA 2OZSA 1NGBA 4ILJA 1CZ9A 3TSUA 1HJRA 3KWGA 1D9FA 3QMLA 1IBMK 3VEVA 4PKGA 3KWIA 1YJNN 5JICA 1RDCA 1NG9A 3OJUA 3V4IA 4KI6A 5HL7L 3KLFA 1O1WA 1V4SA 2E2PA 1P8ZA 4M63C 1WUAA 3UB5A 4CHPA 2OTLN 3PO4A 3ATUA 4O4GA 1NGHA 3NGIA 1NJIO 1Z25A 4CZEA 2P1JA 4M3WA 4BRKA 3O1WA 5IWAK 4KHQA 3SAGA 4O55A 3T1YK 2V7YA 3THWA 3QEPA 3O3GA 4M7YA 1RTDA 1NOYA 1NJZA 3OTOK 1MWKA 5C15A 3RMBA 4FWSA 1Q18A 1R59O 4FWOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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