3A5LC

Crystal structure of a dictyostelium p109a mg2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
363
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAALNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Gelsolin
publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 363
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5lC03
5KPZA 2A40A 4FPAA 5F1XA 4RCHA 4GNIA 4WYBA 2YHXA 3UKUB 2Q0RA 2E2PA 1QQMA 2YHYA 3FGUA 4MLEA 3VGMA 2E2QA 4BROA 3WQUA 1C0GA 1C0FA 2ZGYA 1DKGD 4H5WA 5AZIA 4EHTA 1GLAG 5AFUA 1X3NA 4J8FA 5BR9A 4XH5A 3ATVA 4B1UB 3R9PA 4CBWA 4QS7A 1ATRA 4B1XB 4BRFA 5BPMA 3H1QA 4H03B 4BRKA 2PBDA 5AQXA 3C7NB 3ZX3A 2D4WA 2HOEA 4CJ7A 4CBXA 1ZC6A 3MK6A 4FWKA 1SQKA 3A5NC 2OANA 4F9OA 3EKUA 4H5NA 4BG8A 1T6DA 1MA9B 1ATNA 1U2VA 3L0QA 1X3MA 2PAVA 4BR0A 5JICA 3HZ6A 2E88A 3U8XA 4FOEA 1QQNA 1QQOA 3A0IX 3DWLA 2FSJA 4M7XA 5AQMA 3H46O 1SAZA 2YI1A 1KXPA 1NGGA 3P4IA 2I7NA 2GELA 1XQSC 2QW9A 3VENA 3J8AA 3VEWA 3BF3A 3ZETB 4BQZA 5BPLA 4CZGA 4H5TA 1GLJO 4A2AA 1HJOA 2FLOA 4PL7A 2CH6A 3KZBA 5AQVA 3BF1A 3R8EA 2HF3A 1S22A 1GLCG 5EXWA 5BREA 5AQUA 3CHWA 4WQ4C 4BVOA 5JLFA 1E4FT 3AAQA 5AQWA 3EO3A 4BG9A 1E4GT 2HMPA 3GBTA 5JMVA 4DHYA 3QICA 4BRNA 4BR5A 3DXMA 4BR9A 2W40A 1NGFA 2A3ZA 2A6AA 1DGKN 4H0PA 5AQKA 4BRLA 3HSCA 5EVZA 4DB3A 3DXKA 1U6ZA 1BO5O 2QWOA 3FZLA 4FSVA 2J4RA 4ISEA 2P9SB 3U9ZA 3M6GA 4B1VA 4BRHA 4CZIA 3KHYA 1GLBG 1NGCA 1YXQA 4FWLA 1KAYA 2P9PA 2H3GX 4QS9A 2NZTA 3GL1A 2BUPA 3D2EA 2GEMA 1EQYA 3CQYA 4CZJA 2DPNA 2E1YA 4O8KA 3H6EA 4XEIA 3WXJA 4CZFA 5BN8A 5ELZA 1HX1A 3CJBA 4DCHA 4JD2A 1XC3A 2Q36A 5AQRA 3AY9A 2YJEA 3ZX2A 1R59O 2Q31A 1LOTB 1YUWA 3QB0A 2D0OA 3ULEB 1TYQB 3LDLA 2AA4A 1K8KA 1GLEG 2UYTA 3O8MA 4CZMA 3FLCO 3VESA 4PKGA 3B8AX 1S3XA 3M3ZA 1BUPA 2WUSA 3CJCA 3VGLA 3CERA 1NGBA 2P9NA 3D2FB 1MWKA 2ASPA 2QWPA 4H0VB 3CQXA 2P9LA 1SZ2A 3W0LA 1QZ5A 4A62A 3VEXA 1NBWA 4BGBA 3FZKA 3KVGA 1RDWX 1P8ZA 4BR4A 1NGJA 3JS6A 3VPZA 2ITMA 4DQ8A 3CJ9A 3GDQA 4B9QA 2QWLA 5KPTA 5AQIA 4EFHA 3QBXA 4CZHA 2IVPA 3HM8A 4FWQA 4K41A 1H1VA 2ASOA 2ZF5O 5AZIB 3CJAA 3EZWA 4KBOA 1G99A 1WUAA 2F9TA 2FSNA 4IXCA 3MN5A 3F9MA 5BRHA 3A5LC 2NRHA 2GUPA 1T44A 4K43A 5FPNA 1DEJA 1HKBA 1Q18A 3JXUA 1BA0A 3WXKA 3UKRA 3EKSA 5EX5A 1ESVA 1CZAN 4HWIA 2QXLA 4H0XB 1HLUA 2P9IA 3G25A 2IIRA 3AAPA 1U2VB 4M7YA 4FWPA 3FZHA 4FWRA 5E26A 5AQLA 1BWFO 1RFQA 4BRIA 4YDUA 3ENOA 1JCGA 3AARA 5E84A 5AQSA 4H5RA 3LL3A 3ID8A 2P9KA 3CIPA 3VERA 2Q97A 4M63C 2QWQA 3I8BA 3UE5A 4PL8A 5KQDA 3ZEUA 2GWJA 2VWBA 3O1BA 1NM1A 2AP1A 5JLHA 2FF3B 2IVNA 1NWKA 3BUZB 1TUYA 3RSEA 3CETA 4RTFD 1BDGA 5EY4A 4MO5A 2P9UA 4C23A 5F0XA 4JN4A 1ATSA 3DAWA 4IJNA 4CI6A 4A2BA 3GE1A 3MCPA 3L6QA 4PKIA 5I9EB 1BU6O 2GTDA 3C0BA 3DXMB 1KAXA 4GY2B 3VEZA 3CJ1A 1WOQA 1Z05A 3DXKB 3O4WA 3UB5A 1NGAA 5BPNA 3HBTA 3VGKA 3WEEA 4IJAA 4WQ4A 1HKCA 2HF4A 2KHOA 1NMDA 1KAZA 1GLFO 4BR7A 5AQOA 2P9PB 2V7YA 4K25A 1BA1A 3U4LA 4H5VA 4IZ9A 1NGEA 3D2EB 3MMVA 3WUHA 3L4IA 3ENHA 3FZMA 2EWSA 4PKHA 3VEYA 2ZWHA 4MLHA 4JD2B 1NLVA 2QWRA 4BC2A 1MDUB 2FXUA 1IJJA 4FO0A 2CGJA 4BQLA 3H3OB 4O5FA 3IUCA 2D0PA 5AQFA 1YAGA 3QBWA 2QM1A 4H0OA 1BG3A 1K8KB 4BRMA 4WQ5A 1XUPO 1J6ZA 4EHUA 2BTFA 4BVPA 4AM7A 4JHDA 2ASMA 5AZJA 2I7PA 3O08A 2P9NB 1JCFA 2YHWA 3H45C 3O6WA 4NO7A 5AQJA 1HUXA 1JCEA 3WXLA 4I6MA 2FF6A 2P9LB 3GG4A 4MO4A 2VCPA 2NLXA 2Q2RA 3VF4A 3H3NO 1Z6RA 4E1JA 1Y64A 3D7EO 3S41A 3LDQA 4CD1A 3VETA 3LM9A 2V7ZA 3VEOA 4FPBA 1V4TA 4FWNA 5AQYA 4BREA 4A61A 2QWNA 3W3DA 3SMSA 4BC5A 5AQTA 2QWMA 3MN9A 4ISGA 3UKUA 3VF6A 5AQQA 1BOTO 3QMLA 4RWTA 2V51B 2YJFA 3H1VX 3HI0A 1X9JA 2VYPA 2A41A 4LC9B 5AR0A 3SMPA 2IVOA 3CI5A 4JAXA 4JNEA 5FPEA 3IMXA 4BRCA 3MDQA 2E8AA 5AQZA 3TU5A 3O5BA 1HKGA 5KQ8A 2Q1NA 3C7NA 4BR2A 2E2NA 3UKRB 2E2OA 2CGLA 2P9IB 1T6CA 5LJWA 3WXIA 4YDUC 3FE1A 4CZLA 4B1ZA 3EL2A 3IDHA 1D4XA 1HPMA 2FSKA 3SK3A 4BRDA 4ISFA 4K42A 5AQPA 3ZX0A 2P9KB 3U9DA 3VEVA 5B8HA 3GOIA 3ZETA 4BGAA 4Y0WA 4BRAA 3ZEUB 3A8YA 3VOVA 2CH5A 2A42A 3RSEB 5AQNA 1MWMA 5FPDA 4B1YB 2GWKA 1OKJA 3WQTA 1NGIA 2P9UB 1RGIA 3HTVA 3LDNA 5KPRA 2YCHA 4BC3A 3FR0A 4L3QA 4NB4A 5LJVA 3FZFA 2V52B 3WT0A 2CGKA 5AQHA 5BN9A 3LM2A 5TKYA 4FL9A 4H0TB 2D1KA 4BRPA 1LCUA 4CZEA 3LDOA 3OHRA 4XH1A 3WEEB 3O1WA 4HTLA 1GLLO 5AQGA 3O80A 1ZBSA 4IWVA 4EAHD 2P9SA 5ADXH 3SLCA 4BRGA 5LY3A 4QS8A 2Q0UA 5F2RA 3QFPA 3QDKA 2W41A 3M1FA 4EIAA 3TPQA 5BRFA 3A5MC 3BEXA 1YVNA 3DJCA 3I33A 4XH4A 4CD3A 2ZGZA 4WQ5C 1NGHA 1NGDA 1IG8A 4H0YB 4IO8A 2E20A 3LDPA 2A5XA 3MN6A 4CBUA 3VF2A 4BC4A 3ULEA 4FWMA 3CJ7A 1TYQA 2E1ZA 1QHAA 4FOIA 3ATUA 4BRQA 4B1WB 5FPMA 5CE3A 5AFUH 1TUUA 3R6MA 3SJHA 3EN9A 4JHDB 5AZJB 4CZKA 4Z94A 5ADXA 4FWSA 3A5OC 4AM6A 3D2FA 1GLDG 1ZXOA 4I6MB 4FWOA 2F9WA 3BP8A 3FFKB 3IFRA 3MN7A 3QFUA 1V4SA 1QZ6A 5BRDA 5EOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A40A 5C0YA 3NH0A 3L2RA 3VQ6A 1W7AA 4JI0K 1KTQA 3AO5A 1LV5A 4Z4GA 2YHYA 1VSLA 3VGMA 2P1JA 4BROA 1VRUA 3O4QA 2ZGYA 1DKGD 2O8BB 1EWQA 5BR9A 2D0BA 3BDPA 1JLGA 4O4GA 1JL1A 3R9PA 3ULDA 4UY8O 4BRFA 2X78A 5BPMA 3B6OA 2PBDA 5C10A 5AQXA 1RDBA 2HOEA 2KFZA 1C6VA 1ZC6A 4CJLA 4DQQA 2OTJN 3A5NC 4F9OA 1ZBLA 1T6DA 3VMFB 4RW4A 1X9WA 1C0MA 3L0QA 2B5JA 2NRRA 4OPKA 4FOEA 4M41A 1QQOA 3A0IX 3DWLA 4JS4A 3UIQA 1SAZA 1KXPA 1NOYA 1XQSC 4DTOA 4FJKA 2OPPA 5IWAK 3KJVA 3SAHA 2O8CA 4CZGA 1OH5A 4H5TA 1GLJO 4AILC 1U47A 1REVA 4GMJB 1DT9A 3V9UA 1I3AA 2HF3A 4C8NA 5BREA 4WQ4C 4AH9A 1E4GT 2HMPA 3GBTA 3KIOA 2RKIA 3NBPA 4Z4HA 4JLHA 4E1NA 5LL6Z 1DGKN 2Z1JA 5EVZA 4DB3A 3QNNA 3VN5A 3MEDA 1RBSA 2J4RA 4ISEA 4CZIA 1KLNA 1GLBG 2WTUA 4DR7K 1YXQA 5HOOA 2P9PA 4QS9A 2JGUA 1FKPA 3KLHA 4LH5A 3D2EA 4OJRA 4IEIA 3C65A 4CJPA 1NK5A 2DPNA 3RRGA 3PY8A 2Z1GA 1BQMA 3H6EA 4GW6A 1L5UA 3WXJA 2ZJRL 5BN8A 1FK9A 4JD2A 2JWKA 1XC3A 4FLUA 4F3TA 1S1XA 1YJNN 2QKKA 4YOYA 2YJEA 3M8RA 1R59O 2HNDA 1Q7YO 1YUWA 1C1AA 1YF5L 2AA4A 1GLEG 4LF8K 4MFBA 1O13A 1RTHA 3B8AX 3SPZA 1BUPA 2WUSA 2NRXA 4JI5K 3THWB 5MLCQ 2YNFA 4G9ZA 1X9SA 2QWPA 1D9DA 3TTDA 1CZ9A 4XIUA 4F2SA 3O9SA 5CZ1A 3TTFA 3VEXA 4BGBA 4BR4A 1LWFA 3O9QA 3VPZA 3HYFA 4JI1K 3GDQA 1N8RO 1X9MA 4CK2A 3KKRA 3OA9A 2ZE2A 1IG9A 4HUGA 1RT7A 1TGOA 4FJHA 4FWQA 2ASOA 4MQ3A 5AZIB 3RR8A 4KBOA 3G0ZA 4EP4A 2FSNA 3MN5A 3KKSA 3F9MA 1SV5A 1T44A 4CJUA 3MCAB 3HRGA 4LFBK 3JXUA 1BA0A 3WXKA 5EX5A 2O8FB 4FYDA 3MEGA 3V4IA 2FBTA 4FW2A 5J2MA 1VSKA 1KRPA 4AHSA 2Q3SA 1U2VB 5CYMA 2KZMA 1UA1A 4FWRA 1HJRA 4CJ5A 3OYLA 1C0TA 2O8DA 3AVKA 1EP4A 2QTDA 4ILHA 1LAWA 2JWLA 5C42A 2B4JA 3JSMA 4DUZK 2KW4A 3DRRA 3VQDA 2Q97A 1BI4A 1Q82O 3CQ8A 3CM6A 4MDAA 2C1IA 2Y1JA 1YJWN 4ZTFA 3RSEA 5EY4A 1BDGA 4CJQA 1RTDA 2P9UA 3KWGA 4DR2K 2HHXA 3AGKA 5F0XA 3HOTA 3HSTB 4CF0A 3CF5L 3GE1A 2RN2A 4B9UA 4FM0A 3TARA 2HBLA 3DLEA 1FKOA 4NCGA 3CJ1A 4LFCK 4CFDA 3PLAA 3O4WA 1NGAA 4IJAA 4CJFA 1HKCA 3OYFA 1JL2A 4DV6K 3QIOA 3T1HK 4B3MK 5AQOA 3C6UA 2V7YA 3VEYA 1QSSA 1XNQK 3QO9A 3AVFA 1RT5A 2Y1IA 4KH5A 4CJEA 1MDUB 4YOXA 4FO0A 3OYIA 1NKBA 4DR1K 4O5FA 2D0PA 2QM1A 4H0OA 1BG3A 4BEBA 2O4GA 3SZ2A 4FJ7A 4DU3A 1N36K 3TABA 1IBLK 2HVIA 1MU2A 4DQSA 4CEZA 4DS4A 4G1QA 2FBYA 3MWTA 4AM7A 3CYGA 2YHBA 1RILA 2I7PA 3O08A 3TR8A 4NO7A 3WXLA 5AQJA 1HUXA 1JCEA 3OYMA 3TAQA 1B9FA 3P83D 4MO4A 2DY4A 2VCPA 4B8AB 2NLXA 4FXDA 1Z6RA 4E1JA 4IOXA 3WXMB 1Y64A 3D7EO 4KI4A 3S41A 4CD1A 3E01A 3VETA 3LPTA 5M1PA 2OCEA 1HNXK 5AQTA 2QWMA 4ICLA 4FJGA 4JKHA 3MN9A 4ISGA 3VQ7A 1KC8O 4BE2A 2V51B 2KKZA 3VA3A 3SPYA 1F21A 3CI5A 3DOLA 4JAXA 1JLQA 3RTVA 1U04A 3O3GA 3OJUA 1HKGA 3AO3A 3C7NA 4BR2A 3ENBA 3F73A 3TSPA 4XJXA 2YKMA 4LF6K 3LALA 2W6KA 4AHCA 3AO1A 1SL1A 4OPHA 5JENA 4L8RB 3O9UA 3IRXA 4BRDA 4ISFA 4K42A 4LH4A 3ZX0A 1SKRA 3KK3A 1LW2A 3ZETA 3MXIA 3OS2A 4DSEA 1UA0A 4MDBA 3OYEA 3OYNA 3CXCM 3RR7A 3SUNA 2CH5A 1ZBHA 5GADP 2F4VK 2A42A 4DV3K 5HRSA 4N41A 2X74A 1NJWA 3CFPA 3WQTA 5CY4A 3NGZA 3LDNA 2YCHA 5LJVA 1VSHA 2UUAK 2GBZA 3LM2A 1WB9A 1ITGA 1ZYQA 4PWDA 1N32K 2D1KA 3VTHA 4FLVA 3WNGA 4XH1A 4X62K 1GLLO 2PY5A 4IWVA 4F3OA 4Q0BA 4CEQA 3SI6A 3HT3A 3HK2A 3S9HA 4ID5A 3QFPA 3TPQA 1T3VA 1VSIA 3AVIA 2ZD1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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