1W0HA

Crystallographic structure of the nuclease domain of 3'hexo, a deddh family member, bound to ramp
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
ADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' EXONUCLEASE ERI1
publication title Crystallographic Structure of the Nuclease Domain of 3'Hexo, a Deddh Family Member, Bound to Ramp
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 57
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2004-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1w0hA00
2FC0A 1NK8A 4M3YA 3VQAA 2HVHA 4Y1DA 1C0MA 3QESA 2P5GA 4B9VA 1Q9XA 3TWHA 1NOYA 4M3UA 5K14A 4DF8A 4N47A 1IH7A 4CK1A 4DTRA 3CM6A 3MECA 2F8SA 5D3GA 2X74A 1S5JA 3AA4A 4UQGA 2ZD1A 3AVBA 4KB1A 2KQ2A 3S3NA 2JGUA 4Q5VA 3MAQA 1MU2A 4FM1A 3VQQA 1TKXA 3ZT1A 4RW9A 1B9FA 4QOZB 1NJYA 2Z1HA 3NF6A 4PQUA 4NYFA 3OS0A 1WSHA 1A5WA 4CHNA 1FK9A 2ITGA 1S9GA 4KHYA 3IRXA 3AVHA 3ZT4A 3VA3A 4KKOA 4FLTA 1BI4B 3M8RA 3SQ4A 4NCAA 4MQ3A 4XIUA 1CLQA 3AA5X 2D0AA 3ITHA 4K8XA 1IO2A 3V1OA 3DRPA 3ZT2A 1HPZA 1T03A 1RDCA 4FZZA 1TK5A 4FK2A 3K5MA 1WSFA 3DM2A 1L3UA 4FJIA 4ZHRA 4LH4A 4M3WA 3OYCA 5CYQA 4CJSA 4W5OA 4LD0A 4FJLA 4BWMA 3SUNA 3HT3A 2KW4A 4M3XA 1CXQA 3IG1A 3P83D 3VQ4A 3VQCA 3F73A 4PY5A 2HNYA 1UA1A 4DTMA 1RBRA 2X6SA 1WAFA 4N76A 1BI4A 2P1JA 4M42A 1TL1A 2IC3A 1JLCA 4OKEA 3DRSA 3KKRA 3LP2A 3NCIA 2G8KA 2ETJA 4LY7A 3HPGA 5E41A 3OVNA 1SL1A 5I42A 3OS1A 1N5YA 4ID5A 2FBYA 4Z0UA 2PY5A 3HXMA 4J2DA 3V1RA 1J9AA 3DLRA 1UA0A 3OYBA 5I3UA 2JLEA 1WSEA 4I2PA 3SI6A 4CK3A 4TSXA 4CF0A 2Q3SA 1WSIA 3S9HA 1NK0A 2IS3A 3AA2A 3KK3A 2KZZA 2RF2A 4E7HA 4M3ZA 1BQNA 4IBNA 1NJXA 4KHQA 4M45A 1JLQA 1NOZA 2HNDA 2VWJA 4BDPA 5EU7A 3WNEA 1C1BA 1ZBHA 3G0ZA 2QK9A 3HK2A 3MEDA 1RT7A 2X78A 4CERA 4Y1CA 1RTIA 1L3TA 3OJUA 3RWUA 3MXJA 1RTDA 3NGZA 2D0CA 1RCHA 1RDAA 3K2PA 2OPRA 4EP4A 3AVLA 1TKZA 3PO5A 3L3VA 1IKWA 3L2WA 1CXUA 4IKFA 2RKIA 2HMIA 2DFFA 1JXBA 3TAEA 1HQUA 2G8IA 2VG5A 5SWMA 3ALYA 1BIZA 1YVUA 4DTXA 1TK8A 3O4NA 4MFBA 4CEQA 3LAKA 3VQPA 4CJFA 3V6DA 2GBZA 3CM5A 4CECA 5C42A 4F2RA 3V81A 2FBTA 3JYTA 4DFPA 1LAWA 3IS9A 5KGWA 4FZYA 4N56A 3U6FA 1U45A 3NGYA 4AH9A 4CEEA 1UWBA 1DTTA 1BCMA 1BISA 5FRMA 1RILA 1WN7A 3T1AA 3CFOA 4O44A 1B92A 1JLEA 4FJJA 3M8QA 3WNGA 3CYMA 3C94A 4Q0BA 3F9KA 3TAQA 1GOBA 3AVGA 4CGFA 3TANA 1D8YA 4B08A 3PX6A 2G8FA 5JS1A 1X9SA 3NF7A 4E19A 1T7PA 2DTUA 3PUFA 1VK0A 4E0DA 1VRTA 1KFDA 3SPZA 1KRPA 1C6VA 4E7LA 4H4OA 3VN5A 3KLHA 3KKSA 3QEVA 3PO4A 4CEDA 3QERA 1D9DA 2G8UA 1VSLA 3SYZA 4DTNA 1LAVA 1QQCA 1ZYQA 1D9FA 1KSPA 3HPHA 1XI1A 2F96A 1LWFA 4E1MA 1RTHA 3HSTB 3LP0A 2QKBA 2HHQA 4JS4A 4JRQA 3PV8A 4E89A 4CGGA 4QAGA 4FLYA 1A5XA 1ASUA 1GOAA 4FK4A 1U48A 3KLGA 3S3OA 3KK2A 2P51A 1NJZA 3ZT0A 5C25A 4LH5A 1KLNA 4I9QA 3OYJA 2P5OA 2KZMA 2A1RA 2ZE2A 4FLVA 1JXEA 2D5RA 3TR8A 1VSEA 5HRSA 4B3OA 3I0SA 4IFYA 4YFUA 4ELTA 3TAGA 3TABA 4FJ5A 4IDKA 3V9ZA 1U47A 1XHXA 1Z25A 2XRIA 3K59A 5SZTA 1TGOA 5KRTA 3B6OA 4CEOA 1ZBFA 1WAJA 2B4JA 5HP1A 3U3YA 3OYDA 4FK0A 4RW8A 3L2VA 5CY4A 3SUOA 2BDPA 3O3GA 4F8RA 4PUOA 4AHCA 3I0RA 4KPYA 3HP9A 1G15A 4C8KA 4FJMA 3AO1A 3QEIA 4E7KA 4F3OA 4J2EA 1BGXT 3DYAA 3VQ7A 1N6QA 2DY4A 2ZQBA 3P5JA 2YNGA 3LP1A 5CZ1A 2Z1GA 4RW4A 3ZCMA 1BQMA 4AHVA 4CHOA 2PYJA 3DRRA 3A2FA 4OGEA 3KK1A 3BDPA 1A5VA 1U04A 3HVRA 4Z4IA 1BHLA 1VSDA 2HHVA 4CGDA 4CF1A 4CJKA 1HYSA 1TAQA 3OYLA 3RRGA 1L3SA 4FLUA 1SV5A 1IKVA 4OKKA 1QSLA 2YV0X 3QO9A 3KLFA 4CCHA 3DLGA 3SV4A 2HVIA 3KD1E 4B8AB 1BIUA 4H4MA 3TAPA 3EYZA 1C0TA 3AA3A 3WNFA 1W9HA 4JLHA 3SV3A 3OYHA 3QEXA 1NK5A 3ZT3A 1VSIA 5KTQA 2HHSA 3OYAA 1SKRA 1HYZA 1TVRA 1Z26A 2XY5A 4JS5A 4AHUA 3AO4A 3AO3A 4DS5A 3DMJA 3QNOA 2B6AA 1B9DA 2XY7A 3T3FA 3THVA 3DOKA 1RT4A 1NKEA 1J54A 5T7BA 3TI0A 1EXQA 1HNIA 4G1QA 4EZ9A 1JL1A 1XHZA 4FW2A 1NJWA 1JLBA 3NGIA 3RTVA 3L2RA 3SNNA 1NK9A 4F2SA 4KAZA 4CGJA 2YNIA 4DSFA 2OYQA 1IKYA 3ZSQA 3HL8A 4CIGA 2G8WA 2HB5A 4CFDA 3RMBA 4DMNA 5C24A 1NKBA 3DLBA 3VQ6A 2Z1JA 1C0UA 1FXXA 1VRUA 4Z4CA 3CFPA 4M3RA 3S3MA 4B8CA 4M3TA 4B9TA 4Z4HA 4DQPA 3LPTA 2QXFA 4OPJA 4CESA 4CFBA 2VG6A 2XO7A 4OPKA 4OVLA 3LPUA 4CHZA 5HRPA 4DU3A 1LWCA 3M8PA 3ULDA 4ELVA 3C6TA 3VQDA 4W5RA 3VA0A 1KTQA 4HHTA 1RT3A 3HYFA 4DSEA 4ELUA 1TKTA 4CJWA 3OY9A 1NK6A 4L8RB 1BCOA 3CFRA 1TAUA 3OYFA 3AVFA 5J2PA 4AHTA 3VQBA 3RMAA 4AHRA 5DMRA 1X1PA 4DSKA 1QTMA 4FLXA 3AVNA 4I2QA 1HRHA 3M8SA 3LWLA 3RRHA 3EY1A 2A1SA 4ICLA 3HM9A 1FKPA 2OPSA 2GV9A 3K5OA 1JLAA 5CZ2A 3RR8A 3CQ8A 2LSNA 3UIQA 4CEAA 4DF4A 2GUIA 3E01A 4HVJA 3AVAA 3OYMA 4DLGA 3O3HA 5KRSA 4W5QA 3K57A 1SKWA 3C6UA 5DK5A 4BDZA 2YHAA 4FJ7A 1JKHA 1JLGA 1QS4A 4B9SA 3OYEA 1DTQA 1KVAA 3DI6A 3ZSYA 4CJVA 4RW6A 2BANA 4CGHA 1ASWA 3AO5A 4AILC 4F3TA 4CJ5A 3NHGA 4E1NA 1RBUA 3JSMA 1KVBA 4CJUA 1REVA 3NE6A 1TL3A 1ITGA 2OZSA 4O0JA 1IG9A 4CJ3A 4DU1A 4BE0A 1KFSA 2BE2A 2RPIA 4FJKA 3H08A 3QINA 1RT2A 5J2MA 1YTUA 4J2BA 1S1VA 4DTSA 4FJNA 3QLHA 3K5LA 4FM2A 3DLHA 2Z1IA 4B9MA 4EZ6A 1RBTA 4DG1A 1XWLA 3P1GA 4J2AA 2HW3A 3CG7A 4BE1A 1R0AA 3VQ5A 1U49A 4ZTFA 4HCCA 3NAEA 1HJRA 4CHYA 4N5SA 3I8DA 1RT5A 1X9MA 1S1XA 4RG8A 3NDKA 4FVMA 2E4LA 2HHXA 4CFCA 2YKNA 3AVJA 1TK0A 2E6LA 4DTPA 1RBSA 4DFKA 2Y1JA 1SKSA 3LWMA 3SUPA 1WSJA 5J2NA 4M41A 4FLZA 1SL2A 2YKMA 3ZSXA 3LAMA 3KLEA 4DLEA 3C95A 4CF2A 4CIFA 2HHWA 2B5JA 3MXIA 4KRFA 1ZBUA 4NCGA 2OPQA 4KHSA 1IKXA 3HPOA 1W0HA 3VQ9A 4NCBA 3OYNA 4FYDA 3B6PA 2G8VA 2XHBA 2Y1IA 1NK4A 4RW7A 4I7FA 4FW1A 3DOLA 4O5BA 4O0IA 4KO0A 3G10A 4E7IA 2OA8A 4FJGA 4KREA 3AVKA 4HUFA 3OJSA 4CHQA 1S1TA 4KFBA 3QIOA 3AVCA 3SPYA 4DSJA 4O4GA 4YNQA 2YHBA 2YNFA 3VQ8A 3SCXA 1RDDA 3HP6A 1QSSA 2QKKA 2VWKA 1RT1A 4CF8A 5HBMA 4BDYA 4W5TA 1LWEA 2X6NA 3L3UA 3T19A 4KHUA 1J53A 2HHTA 1L3VA 2G8HA 3SQ0A 4ZTJA 3ZSVA 3K5NA 3OYKA 1KVCA 1S1UA 2VG7A 3ZSZA 3KJVA 1QE1A 4B9LA 4LSNA 4CJRA 4CE9A 4FXDA 1F21A 4KTWA 3TAFA 1RNHA 4DWIA 3AVMA 2DFHA 3L2UA 1X9WA 3OS2A 4C8LA 3QETA 5JS2A 3V9XA 1Q8IA 5HLFA 3DLEA 1I3AA 4CEZA 4LSLA 5HROA 3PX0A 3HJFA 4CK2A 3SUQA 3PY8A 1UAXA 1WNSA 2KTQA 4PA1A 2PZSA 3FFIA 3KIOA 1DLOA 3KLIA 4CJEA 3NH1A 2RN2A 2I5JA 3QNNA 1HYVA 4FLWA 1NKCA 3L8BA 1VSHA 4F4KA 3BGRA 3MEGA 2NUBA 1ASVA 5J1EA 2EHGA 3LANA 1YTAA 4N41A 3V9WA 1HMVA 3RMCA 1ZBLA 4CEBA 1RBVA 4K8ZA 5CYMA 4CJ4A 3TAMA 4DQQA 1HNVA 2O4IA 3ZSOA 1S1WA 3NF9A 4QCLA 1VSKA 3KTQA 3LZIA 1U4BA 2OPPA 3OYGA 2AJQA 4KHWA 1LW2A 1JLFA 2O4GA 3LP3A 2HHUA 4DTOA 1Q9YA 3SZ2A 4KHNA 4C8MA 3D0PA 4DU4A 1LV5A 1EETA 4IG0A 4BWJA 4PWDA 1EP4A 5FDLA 4DFMA 4FJ8A 3QIPA 4CIEA 3K58A 1O1WA 3MEEA 4JRPA 4IG3A 5J2QA 2BGGA 3WNHA 1EX4A 1SUQA 3ZSWA 3LZJA 4AHSA 1JL2A 2WOMA 2KFZA 1Y97A 1D5AA 1RT6A 3PX4A 1L5UA 1RDBA 4NYNA 1T8EA 1SL0A 4CJQA 4DTJA 3SJJA 3U3GA 4DQIA 4B9NA 1VSMA 3LALA 2YNHA 3L2QA 3TARA 1T05A 3VQEA 1CZ9A 5HRRA 4ID1A 2OZMA 4W5NA 3SQ1A 4BE2A 1LW0A 1WSGA 4KTQA 1K6YA 3RMDA 3ZSRA 3MXMA 4E3SA 4DQRA 1EKEA 1UOCA 4KI6A 2WONA 4O55A 4WE1A 4OGCA 4FZXC 2W42A 4CJPA 2F8TA 2ATQA 3ASMA 3D45A 1C1AA 4CHPA 2EX3A 1QSYA 4OJRA 3RR7A 4C8NA 4CJLA 4HUEA 4B9UA 2PYLA 3V1QA 5KGXA 3HVTA 4GVMA 5KI6A 3ISNC 4GW6A 2E6MA 3EZ5A 4HTUA 3LDSA 4DFJA 4DSLA 4FJXA 4DSIA 4OLAA 3V9UA 3AO2A 4HCBA 4FJ9A 2FBXA 2IOCA 4R5PA 3NH2A 4IFVA 2IDOA 4I9LA 3NH0A 1RTJA 3KD5E 3HO1A 4C8OA 1WLJA 1KCFA 4BACA 4KI4A 3QEWA 1QHTA 1HQEA 4FJHA 3DLKA 2FBVA 3IAYA 4DTUA 4Z4GA 3AVIA 1TV6A 4Z4FA 3NBPA 4CFAA 4FM0A 2DFEA 4GMJB 4KTZA 3OYIA 3NF8A 1KLMA 3QEPA 4KB0A 4CGIA 4CJTA 1GOCA 4FCYA 2IAJA 1BL3A 1J5OA 2XY6A 4DQSA 4H8KA 2HNZA 3SQ2A 4HUGA 4CEFA 1NK7A 1S9EA 3V4IA 2D0BA 1CZBA 3NFAA 5HRNA 1YT3A 2R7YA 5FRNA 1C1CA 4EP5A 1S6QA 4KV8A 4Z4EA 3AV9A 2IGIA 1I39A 1S6PA 1ZBIA 3O4QA 4OKJA 4E7JA 4DS4A 2XY8A 1FKOA 1TKDA 2KFNA 1VSFA 1VSJA 4CF9A 3V9SA 5FROA 4OLBA 3O3FA 1XC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK8A 4Y1DA 3TSPA 3TWHA 1K8KA 4N47A 1IH7A 3LL3A 3CM6A 3MECA 3H1QA 3AA4A 3AVBA 3MAQA 1MU2A 4FM1A 1TKXA 3ZT1A 2UXDK 5BRDA 3QMLA 5AFUH 3LDQA 3NF6A 2W6KA 1W97L 4CZGA 3T69A 1A5WA 4BY9C 2ITGA 3U4LA 3AARA 4MDBA 4WQ4A 5M1KA 1BI4B 4NCAA 3AAPA 1RFQA 4MQ3A 3EE9A 4OPAA 3ZT2A 1HPZA 5AQPA 1ZXOA 2QTDA 2HF3A 1L3UA 3MWTA 1Q81O 3QFPA 4M3WA 5CYQA 4CJSA 4LD0A 4DV7K 3SUNA 3CI5A 3F5TA 4M3XA 3IG1A 3DWLA 1UA1A 5AJ3K 3UKRB 1RBRA 1MA9B 1TYQB 4M42A 1TL1A 2IC3A 4OKEA 3KKRA 3LP2A 4LY7A 3RVCA 4BRAA 2FBYA 2PY5A 3VEOA 3HXMA 4J2DA 3V1RA 1OVYA 4CW7B 3ENBA 4I2PA 4CK3A 3SI6A 2Q3SA 4WCEL 2DPNA 2YJEA 3WEEA 2KZZA 1QQNA 5GINA 1YJ9N 2P9PA 4A2AA 1RT7A 4CERA 1RTIA 1L3TA 3JXUA 2YJFA 3VF6A 2VYPA 1HNZK 1J6ZA 2E2QA 3AVLA 2P9UA 2P9SB 3L2WA 1CXUA 1MWKA 2Q36A 1JXBA 3TAEA 5SWMA 4L3QA 4IWVA 2F7TA 1YVUA 1TK8A 1IBLK 4G9ZA 3LAKA 2GBZA 3D6RA 4DFPA 3ZETB 1NGIA 5LMUK 1BDGA 3NGYA 4PHTX 4BREA 3L4QA 1DTTA 5FRMA 3BP8A 4CJ7A 1VQ4N 1JLEA 3CJCA 3CPEA 3M8QA 3C94A 4B08A 2G8FA 5AQQA 2WFBA 3PUFA 2QW9A 1VRTA 3D2EB 3A0IX 1YVNA 1KRPA 2ASOA 2P9LA 3PO4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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