4DTRA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtrA03
4DF4A 1L3TA 4FLXA 1NJWA 3TAFA 3L2WA 3QEVA 4CHQA 4CJVA 1VSLA 1BIZA 2Z1IA 3SUPA 3LP2A 3DLRA 4IFVA 1SL2A 3OYAA 4RW9A 4M3WA 3S3MA 2KQ2A 2G8IA 3ZSRA 1J54A 2A1SA 1DTQA 3VQ4A 4R5PA 4CJ3A 1S6PA 3U6FA 2HHUA 3TI0A 3LZJA 4DU3A 1GOAA 1SV5A 2R7YA 3MECA 4CF0A 1TKDA 4LSLA 1NOZA 3TAEA 4HVJA 1KLMA 1ASVA 5SWMA 4DU1A 4LD0A 4FJ8A 4KB1A 3OS2A 1CLQA 4CFCA 1UA0A 4K8XA 4BWMA 4CECA 1TK5A 1NK9A 2NUBA 3LZIA 3BDPA 4DSKA 3RRGA 2P5OA 5HRRA 4CEBA 2XO7A 4ELTA 4AHTA 5CYQA 4CJEA 1KVCA 3D45A 4B08A 3HK2A 3F9KA 3B6PA 3NBPA 4KO0A 1J5OA 4FLZA 4FM0A 4CIFA 4M3ZA 1C1BA 4CHPA 4B9TA 1IKWA 3OYMA 1D9FA 4BE2A 5J2PA 1VSMA 3OVNA 2RF2A 4ID5A 3VQCA 4JLHA 3L2VA 1BGXT 1RDCA 1B9DA 3OYBA 1NKCA 5C25A 1TK0A 4C8OA 4ICLA 4Z4GA 1JXEA 3TARA 3S3NA 1HYVA 4AH9A 1C0UA 2VWJA 2FBTA 3AO1A 3DOKA 4CHNA 3V1QA 1I39A 1QE1A 3JSMA 3K5LA 4DSEA 1SL1A 1RT4A 5JS2A 4DWIA 3QIPA 3HP9A 1LV5A 3KLHA 1R0AA 1L3VA 3IAYA 4CEZA 1ZBLA 3QEXA 1VRUA 4DSIA 4FJXA 4B3OA 1YVUA 2A1RA 1SUQA 3LWLA 3ZSXA 1BQNA 4GMJB 4FW2A 2HHWA 1QTMA 4PUOA 4DTRA 1C6VA 1RDDA 3SV3A 3G0ZA 4KI4A 1U45A 4FW1A 4F2RA 1QSYA 2QXFA 1CZBA 4DFKA 1RNHA 3AVBA 1TL3A 3QIOA 4KB0A 4H4MA 3KIOA 4DTNA 1BIUA 4CJ4A 3F73A 3RWUA 2GBZA 3HJFA 1WAFA 2XY7A 3SPZA 2IDOA 2G8FA 4OKKA 5CZ2A 3O3GA 3ZT1A 3AVGA 3PX4A 1WSJA 3U3YA 1U47A 1J53A 4E1MA 1BL3A 1JLCA 2OYQA 2FBVA 4LY7A 4OJRA 3HPOA 5FRMA 1L5UA 2FC0A 2DY4A 4J2EA 4DTXA 1S9EA 2QKKA 1RBRA 3VQ9A 4EP4A 1T7PA 2P1JA 3MEDA 4J2DA 5KGWA 1N6QA 3AO3A 3OYFA 4HTUA 3RR8A 1SKWA 3OY9A 3SQ2A 4HCCA 3S9HA 1VRTA 4FK4A 4LSNA 1U04A 3KLEA 3VQ8A 5CY4A 1BCMA 4BE1A 1YTUA 4FVMA 1ITGA 5T7BA 3T19A 3TWHA 1JLBA 3OYNA 4FCYA 4CJWA 4OKEA 3TAGA 3K5MA 4L8RB 1DLOA 4QCLA 3HVTA 2JLEA 1NKEA 3RRHA 4FYDA 3ULDA 3LDSA 1HRHA 4CGDA 4CJPA 1X9WA 4DFMA 4UQGA 1UA1A 2OA8A 3PO4A 2YNFA 3AVLA 3L2RA 4IG0A 1RT2A 3PUFA 4CGHA 3I0SA 4Z4IA 1RBUA 1ZBUA 3M8RA 1JLAA 1IKXA 1HPZA 4EZ6A 5J1EA 4G1QA 3MAQA 3CM6A 3CFPA 3SQ4A 4DSFA 4KTQA 4F3OA 3RR7A 1QHTA 4KV8A 1ZYQA 1WLJA 2D0CA 3OYDA 3ZSQA 1X1PA 3S3OA 1JLQA 2E6MA 4IDKA 2G8KA 1XHXA 3DLHA 2XRIA 4DSLA 1WAJA 4FM2A 1VSIA 3AVCA 3VQ5A 4DS4A 4LH4A 4XIUA 4C8LA 3LWMA 4Q0BA 1WSFA 2WOMA 3OYEA 1RT5A 1VSEA 4O4GA 4BACA 3VA3A 1IH7A 1JLFA 3AVIA 4FJ5A 3L2QA 4F2SA 2X6SA 1LW2A 3OJUA 1HQEA 2HNDA 4AHVA 4CCHA 3V9UA 4W5NA 3SZ2A 1RT1A 3K2PA 4CK2A 3M8QA 4CIEA 4E7JA 2RN2A 3OYHA 2OPSA 2RPIA 3QLHA 5CZ1A 3KKRA 1U4BA 3OYCA 4FJLA 1EXQA 3P5JA 4HUEA 2X78A 1U48A 4CHYA 3AVNA 1ZBFA 3VQ7A 4DTMA 3V9SA 3AO5A 4KREA 4NYNA 1JKHA 4DQPA 5J2QA 5FDLA 4CJFA 2XY6A 1VSFA 5HRNA 3DLEA 4EZ9A 1SKRA 1S1XA 1S9GA 3EY1A 1HNVA 2DFFA 1T03A 1LW0A 3NE6A 1KVAA 4E1NA 4M45A 2IC3A 3U3GA 4E0DA 5HP1A 5C42A 2BANA 3VN5A 4FXDA 3VQBA 5KRTA 2IGIA 4CFAA 1IG9A 3SCXA 4CFBA 4CFDA 4CGGA 2DFHA 1A5WA 3AVHA 4DQQA 1SL0A 3THVA 4Z0UA 4KPYA 3KLIA 2GUIA 4I2PA 1KRPA 3HVRA 3ZSYA 3I0RA 2B6AA 1NK7A 3CM5A 4J2BA 1CXQA 4M3XA 4CIGA 2B4JA 3KLFA 3V1RA 5SZTA 3PV8A 4FJNA 1CXUA 4FJHA 1UAXA 1GOBA 2G8UA 1XC9A 1Y97A 2YHBA 1HNIA 3QEWA 4H4OA 4B9MA 3PO5A 1NK0A 3HPHA 1Z26A 4KHQA 4M3UA 2ZD1A 4IFYA 4RG8A 3NH2A 3TAQA 1JL2A 4FJJA 1WN7A 1MU2A 4CERA 2HNYA 2XY5A 2JGUA 3LP3A 2RKIA 4E7HA 3OYLA 3KK2A 1LAVA 1RBSA 1SKSA 4OKJA 1Q9XA 3QEPA 1C1AA 3V9XA 2G8VA 4QOZB 2FBYA 4FJMA 3D0PA 1KFSA 3LP1A 4BWJA 2QKBA 3IRXA 1RT7A 1REVA 3DMJA 4HHTA 3ZT4A 1HYZA 4O0JA 1KTQA 4KHSA 2D0BA 3V81A 3FFIA 3ZSWA 1QSSA 2ZE2A 4DTOA 3QINA 3LPUA 4E89A 4E7IA 3VQDA 3WNFA 1RCHA 3AVFA 4B8AB 1S6QA 1LWCA 4CJTA 4DSJA 2KTQA 5FRNA 4O44A 1NK5A 2E6LA 1RDBA 3QNNA 3HSTB 2Y1JA 3NCIA 2LSNA 2O4GA 2YNGA 3C6UA 4WE1A 4N47A 4N5SA 1D9DA 4ID1A 3NGIA 1BHLA 3ITHA 4O55A 4CJSA 4E7KA 4KRFA 1VSDA 4CGJA 3HXMA 2HVIA 4FZZA 4ZTJA 3L3VA 3KD1E 3HP6A 2B5JA 1TGOA 3I8DA 3AA4A 3RMAA 1JL1A 3NFAA 2G8HA 1CZ9A 2BE2A 2I5JA 2OPPA 1WSGA 1C0TA 1ZBHA 1TL1A 3NH0A 4B9SA 3IG1A 4CEOA 3DRPA 4B8CA 4B9LA 2HMIA 1G15A 2IOCA 3TANA 1J9AA 1RILA 2HNZA 2P51A 4W5OA 1RDAA 4DF8A 4FJKA 3WNEA 3A2FA 5I42A 4ELUA 5HRSA 4KHYA 4N41A 1QS4A 3VA0A 1B9FA 4CJ5A 1X9MA 3LANA 5DK5A 3AA2A 4NCGA 4FM1A 4OGCA 2IS3A 2Z1HA 4QAGA 4E19A 4F3TA 1C0MA 4C8MA 4CF9A 3LALA 2YHAA 1BI4A 3LP0A 2HHSA 3P1GA 2KFZA 4M3YA 2Z1JA 4CHOA 1TAUA 4FJ9A 5HBMA 4CF8A 1D5AA 2OZSA 4CESA 1NK8A 4GVMA 3QEIA 3MEGA 2F96A 4Z4HA 3EYZA 4BDYA 1VK0A 4BE0A 3ALYA 3L8BA 4CEQA 1KLNA 3DM2A 1N5YA 4MQ3A 2OPRA 1JXBA 3OYJA 5DMRA 1NK4A 2OPQA 3AVMA 3HL8A 1UWBA 2BGGA 2HHXA 4OGEA 3AO4A 1L3UA 3TABA 4FK0A 1TKXA 2Q3SA 1S1VA 4GW6A 4C8NA 3T1AA 1A5XA 3QESA 4FJGA 2VG5A 4FK2A 1YTAA 1WSEA 4DTUA 3HPGA 3HYFA 4YFUA 3HT3A 2KZZA 1RT6A 1L3SA 1EP4A 1HJRA 2Y1IA 3QO9A 4M42A 3C6TA 4CJQA 3NGYA 4AHSA 4Z4CA 2YNHA 3G10A 1IKVA 5KGXA 3NH1A 5JS1A 1HMVA 4FLWA 4F8RA 4KHWA 3SYZA 4O5BA 4PQUA 3RMBA 4DLGA 1Q8IA 3DLGA 4KFBA 2XHBA 1F21A 3ZT0A 3K57A 4RW7A 5CYMA 1TKTA 2VG7A 3KLGA 3L3UA 4W5RA 1FXXA 1S1WA 1BQMA 2BDPA 2PZSA 4O0IA 3B6OA 1UOCA 1FKPA 2G8WA 1ASUA 3AVKA 4W5TA 2P5GA 1WSIA 1I3AA 2D5RA 4CK1A 3PY8A 5C24A 2FBXA 3TAPA 3TAMA 1KFDA 5HLFA 2DFEA 3O4QA 4AHCA 4PWDA 1Z25A 3DLBA 3TR8A 4Y1CA 4AILC 4M41A 4IKFA 4CEAA 3LPTA 4DU4A 3KKSA 1K6YA 3ZSOA 4EP5A 3ZCMA 1XI1A 1RTJA 4RW6A 3SUOA 2OZMA 3AV9A 3V1OA 4CHZA 2VWKA 1W0HA 1TK8A 1B92A 3AVJA 3SJJA 3C95A 4CE9A 4FLVA 5KRSA 1TAQA 3VQAA 2ATQA 3SQ0A 5KI6A 4B9VA 1NOYA 1XHZA 1BI4B 1NK6A 3QETA 4RW8A 4Q5VA 4E7LA 3K5OA 3EZ5A 1T8EA 4I2QA 3KK1A 1S5JA 4DFJA 4M3TA 4NYFA 2YKMA 3ASMA 3IS9A 3HO1A 4HCBA 3M8SA 1A5VA 3DLKA 2GV9A 3P83D 1NJXA 3DYAA 5FROA 2ETJA 1WNSA 4K8ZA 3VQ6A 3VQPA 4CEEA 4CGIA 1QSLA 4DQSA 4DG1A 2ZQBA 4JS5A 1BISA 4YNQA 1NKBA 5I3UA 4C8KA 4N76A 3M8PA 3AA5X 5K14A 1D8YA 5HROA 3NHGA 1RTIA 4OPKA 3O4NA 1RBVA 5J2NA 4HUFA 1VSKA 4H8KA 5KTQA 2ITGA 1KVBA 1O1WA 1QQCA 2HW3A 1EX4A 3SNNA 1LWFA 3OS0A 4W5QA 2X74A 4FLTA 1EKEA 3DRRA 3NF7A 3ZT3A 4J2AA 4BDZA 3CQ8A 3E01A 1S1UA 1EETA 2AJQA 2KFNA 3L2UA 4DLEA 2EX3A 2XY8A 1NJZA 1KSPA 1S1TA 3NAEA 3K59A 2HVHA 2D0AA 2QK9A 2YKNA 2PY5A 3BGRA 4CJLA 4F4KA 3KTQA 1RT3A 1RTDA 4FLUA 3NF9A 1VSJA 4Y1DA 3NF6A 2W42A 3RTVA 4M3RA 4CK3A 3JYTA 1ZBIA 3WNHA 1LWEA 3QERA 1C1CA 4KKOA 1JLGA 3K5NA 3SI6A 1Q9YA 2DTUA 4CJUA 2PYJA 4CF2A 4BDPA 3AVAA 5J2MA 4I9LA 3PX0A 3DI6A 3LAMA 2YNIA 3NDKA 4DMNA 4DFPA 1IKYA 5HRPA 4CGFA 4IG3A 1FKOA 2HHQA 3ZSZA 4OPJA 4CJKA 2YV0X 4TSXA 3V9ZA 1GOCA 4PY5A 1TKZA 3OYGA 1XWLA 3V6DA 1DTTA 1HQUA 1VSHA 4KTZA 4B9NA 1HYSA 1KCFA 4HUGA 3RMCA 3KD5E 3V4IA 4ZTFA 2IAJA 3NF8A 1TV6A 1T05A 5EU7A 5E41A 4FZXC 2HB5A 4CJRA 2KZMA 4NCBA 4RW4A 1NJYA 4Z4FA 4FZYA 4DTSA 3DOLA 3OYIA 3O3FA 4KTWA 4DQIA 3C94A 1ASWA 3MXMA 3SUNA 1JLEA 3MEEA 1WSHA 1FK9A 4AHRA 3WNGA 4B9UA 3H08A 2KW4A 2VG6A 3MXIA 3PX6A 4ELVA 3DRSA 4DS5A 3ISNC 1IO2A 3VQQA 3UIQA 4ZHRA 4OLAA 4E3SA 4KHUA 4Z4EA 4DTPA 1YT3A 2O4IA 3T3FA 4NCAA 1U49A 3SQ1A 4CEFA 1X9SA 4KI6A 2EHGA 4I9QA 3O3HA 3CFOA 4MFBA 2X6NA 3CG7A 3SUQA 2F8SA 5D3GA 3OS1A 3KJVA 4JS4A 3SV4A 4KAZA 4IBNA 4DQRA 4OLBA 3OYKA 4FJIA 4OVLA 2Z1GA 4CEDA 4KHNA 4PA1A 1TVRA 2WONA 2HHTA 3SPYA 3HM9A 3ZT2A 3ZSVA 4AHUA 3LAKA 2F8TA 3AO2A 3CYMA 3MXJA 4N56A 4JRQA 4DTJA 2E4LA 3NGZA 4I7FA 3VQEA 1RTHA 2HHVA 1LAWA 3CFRA 4JRPA 4LH5A 1BCOA 3K58A 4FLYA 3V9WA 2PYLA 1RBTA 3AA3A 3OJSA 4CF1A 3RMDA 3KK3A 1W9HA 4FJ7A 3QNOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLXA 2Q1NA 3TAFA 3Q7CA 4MDAA 3L2WA 1J6ZA 2CH5A 1SL2A 3OYAA 4FWLA 3S3MA 2KQ2A 2G8IA 1V4TA 2AA4A 3ENHA 4R5PA 1MDUB 4CJ3A 4DU3A 3MECA 3TAEA 3BP8A 4DU1A 1CLQA 3CETA 4KH6A 4K8XA 5AFUH 4DSKA 3RRGA 2UU9K 2JQTA 4JI1K 4B08A 1J5OA 3B6PA 4KO0A 4CIFA 4GV9A 4H0VB 3OGLB 1XC3A 4DHYA 1HPMA 4BE2A 5J2PA 1VSMA 3OVNA 4DR1K 2FF6A 3I55N 5CE3A 3L2VA 1RDCA 3OYBA 1NKCA 5C25A 1TK0A 4ICLA 1HYVA 3WXKA 3HM8A 2VWJA 4CHNA 1I39A 3K5LA 2MZWB 3WSOA 1SL1A 3ENOA 5JS2A 2O8EB 1EWQA 3KLHA 4CEZA 1ZBLA 1SUQA 3ZSXA 2ASPA 4H0PA 1C6VA 3SV3A 2P9KB 3G0ZA 4KI4A 1NGDA 4F2RA 3MX5A 4DFKA 4FO0A 4YOWA 3QIOA 2VQEK 4H4MA 1KAXA 1QHAA 3KIOA 1BIUA 3F73A 3RWUA 2QI2A 3OGKB 2AP1A 2QA4N 5CZ2A 3PLAA 3KHYA 1FZ2E 1J53A 4LY7A 1L5UA 4IT5A 2QKKA 1RBRA 2P1JA 3MEDA 1YVNA 4LF4K 3OYFA 1QVFM 4HTUA 3G6EN 3OY9A 1VRTA 2WBNA 4LSNA 4C1NK 2UUAK 3D6RA 2O8BB 4X65K 1GLBG 4FWRA 1ITGA 3TWHA 4CJWA 3TAGA 3OBWA 3CCEN 1C0FA 2JLEA 1FZ5E 1NKEA 3RRHA 5M1PA 4CGDA 4ISGA 4UQGA 1UA1A 1IG8A 3AVLA 1E3MA 4BC5A 1RT2A 3PUFA 3FZFA 3I0SA 2EWSA 4DSFA 3R3LA 3MAQA 3SQ4A 1YAGA 5HOOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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