4CJQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjqA00
4IG0A 4HCCA 2IC3A 3U6FA 1HNIA 4DSFA 4DQRA 1Z25A 4WE1A 4HUEA 2ETJA 3M8SA 3RMCA 4O5BA 4ZHRA 1RT3A 1BCOA 1EX4A 1LAWA 3P1GA 3V9SA 4CGDA 1QQCA 4CHOA 3OYHA 2YKNA 1IKXA 3VQPA 3ZCMA 4KI4A 4B9UA 3K5OA 4FJGA 1VSMA 4B8CA 5KRTA 4PY5A 4CGGA 1RCHA 1XWLA 1Q9YA 2YHAA 1XC9A 4PUOA 3B6OA 4ICLA 4LH4A 4B9VA 4ZTJA 3LZJA 4FJNA 1TK0A 3AVLA 4DTOA 3PV8A 4FJMA 4FLTA 3DRPA 4Z4EA 2KQ2A 3LANA 3NF9A 4CJ5A 1SUQA 1JL2A 3LPUA 1L3VA 2QKBA 3LP2A 5SZTA 2HHXA 4AHRA 3AO2A 1CXUA 4CF8A 4RW7A 4DLGA 3TAEA 1Q8IA 1S1TA 1MU2A 2YNHA 4IFYA 1A5XA 3ISNC 1FK9A 4Y1DA 3LWMA 4M3TA 1NKCA 4DQSA 4KKOA 4DQIA 2Q3SA 3C6UA 5FROA 3KTQA 1N5YA 3OJSA 5EU7A 5HBMA 3L8BA 4AHVA 4CK2A 3QLHA 1ASWA 1NOYA 1S6QA 3AVKA 1KRPA 4DLEA 2PYJA 2OYQA 4M3ZA 3SV4A 3AO1A 1BI4A 3G10A 1KSPA 4KPYA 5JS1A 1QHTA 4B9NA 1U47A 2GV9A 2P5OA 4CGHA 3OYBA 3LPTA 2OPRA 1T7PA 4GMJB 3IRXA 4CJVA 4JS5A 3PX0A 4IKFA 4FCYA 2HVHA 5DK5A 1SL0A 4EZ6A 4FJ8A 3OYCA 1C0MA 4KHQA 1UA0A 3DRRA 1ASVA 4DF8A 2I5JA 1NK7A 1HNVA 3LZIA 1U48A 4FLZA 2AJQA 5JS2A 1Z26A 3ZSWA 2OPQA 2KTQA 3AA4A 3O4QA 1RT2A 2YHBA 4ELVA 1JLFA 4N5SA 4FLVA 4CERA 1RT4A 3MEEA 2YKMA 4CGFA 3ZSZA 3KKSA 3HSTB 1X9MA 3NH2A 1JLGA 1C0UA 3DOKA 3AVNA 4Y1CA 3AO4A 5I42A 3RRGA 3EZ5A 4J2DA 3LALA 3TAMA 4HUGA 4DFJA 2EHGA 3AVBA 3O4NA 1ZYQA 1BI4B 3QERA 3QNNA 4B9LA 4NYNA 4FJ7A 2VWKA 4JS4A 4CFCA 3PX4A 3LAKA 1N6QA 4QAGA 1Y97A 4FJ9A 3FFIA 4MQ3A 4M3WA 3QEWA 4DSKA 1RT6A 3VQBA 4KREA 4CF9A 3NDKA 4BACA 1IKYA 3K5LA 2PYLA 3KD5E 2O4GA 3OS2A 5CYMA 4DSEA 1WNSA 1RTIA 4Q0BA 3CFOA 4EZ9A 4Z4GA 4Z0UA 2HB5A 1LAVA 4CHQA 3VQCA 4C8MA 4LH5A 3NAEA 2XRIA 1NK6A 1WLJA 1D9DA 4BE2A 4E7IA 4GVMA 4E7HA 4CIFA 2NUBA 2D0BA 3KJVA 5HLFA 3OS1A 4FK0A 4CJLA 1NKEA 3ZSOA 2R7YA 4W5TA 4M3RA 4Z4HA 4CIGA 4DSLA 4EP5A 4F2RA 3ZSRA 3V1RA 2F8SA 3AVCA 1UWBA 2IOCA 2X78A 4KTZA 4KO0A 1LWEA 1HRHA 2P51A 4CGIA 2Z1JA 2KW4A 1EKEA 1S9GA 2RF2A 4PA1A 4YFUA 2ZD1A 3L2UA 4FM1A 4KI6A 2X74A 4RW6A 2IS3A 1KTQA 3MEGA 2YV0X 3S9HA 2QXFA 4B9SA 5KTQA 2HNDA 3PX6A 1SKWA 4W5NA 2E6MA 3DLRA 4FZXC 4CJPA 2XHBA 1RDDA 4L8RB 1WN7A 3AVFA 4DWIA 3DM2A 3H08A 1KFDA 4DTXA 5HRRA 4H8KA 3TAQA 2HVIA 4JRQA 1FXXA 4M42A 3BGRA 4BWJA 3ALYA 3WNHA 3OYMA 1NK4A 5KGXA 1WSEA 2QK9A 3E01A 5C25A 2LSNA 4IFVA 1TL1A 1B9DA 3VQ5A 2IDOA 2VWJA 3NH1A 4KB0A 1HMVA 3S3MA 2HHSA 1DTTA 3PUFA 2KZZA 1QS4A 4KFBA 5CY4A 4DU4A 3V6DA 1BL3A 5D3GA 1VRUA 4H4MA 3MXIA 4CEQA 4DQQA 3QESA 2FBVA 3ZT0A 1JLAA 4CEOA 1WSGA 3QIPA 1ITGA 1S1WA 5CZ2A 3NGZA 4B8AB 1IO2A 4OPJA 2Z1GA 3G0ZA 3WNEA 3HL8A 4HTUA 3DLHA 4ID5A 3HJFA 1QSSA 3WNGA 4CF1A 5C24A 3V9XA 2GBZA 3KKRA 3C94A 4F8RA 1VSJA 4CF0A 4LY7A 3ZSQA 2Z1HA 3SYZA 5I3UA 3O3FA 3QEVA 4M45A 1W0HA 3O3HA 1T05A 5HP1A 4CJWA 1WSHA 3LP0A 1NK5A 4KB1A 2HHVA 1A5VA 1BCMA 3ZSYA 1NK0A 1L3SA 2G8KA 4CEEA 4CHYA 3NF7A 4AHUA 4G1QA 4BE0A 2E4LA 4CCHA 3VA0A 4I9LA 4HVJA 5CYQA 3V1QA 1SV5A 3OYLA 1YT3A 1GOBA 1ZBFA 4JRPA 4AHCA 1NJZA 1TGOA 4E7JA 1ZBHA 1UA1A 4KAZA 1RBTA 3DOLA 2IGIA 1J5OA 3QEPA 3DLBA 2G8WA 4DU3A 1RBVA 3OYKA 1JKHA 3L2QA 4UQGA 2G8VA 4I9QA 1D9FA 1L3UA 2XY5A 1L5UA 4OLBA 1RT5A 3T3FA 1C1BA 4B3OA 3NCIA 4FW2A 4CFAA 4O0IA 5J2PA 1T03A 3S3OA 1JLQA 3SPYA 1JXEA 1RT1A 1JLEA 1TK5A 3NH0A 2ATQA 4O4GA 4ID1A 3AO3A 3T19A 1QTMA 4OKKA 1X9WA 1T8EA 2BANA 1NK9A 2OZSA 3RMAA 4FM0A 1RTJA 1LWCA 2RPIA 4M3YA 1SKRA 3ZSVA 4N56A 4DSJA 2JLEA 3M8QA 2BDPA 3DYAA 3OYDA 3QEIA 3DMJA 4NYFA 5K14A 4BWMA 5C42A 3PY8A 2BGGA 2G8HA 4MFBA 4OLAA 1ZBIA 3VQ4A 4CEAA 4J2AA 4EP4A 1GOCA 3JSMA 3VQ8A 3MAQA 5J2QA 1TKDA 3K2PA 3CFPA 4QOZB 1KLMA 3RWUA 1O1WA 1JXBA 3KLFA 3M8PA 4FW1A 1J53A 4E7KA 2G8FA 4C8LA 1RBUA 3AA3A 3HP9A 1J54A 4FJXA 3RR8A 3HPGA 4CFBA 3PO5A 1BQMA 3OYNA 2G8UA 4E19A 3A2FA 1W9HA 1TVRA 2BE2A 4N41A 1NJWA 4CJRA 3IS9A 3SUPA 1IKVA 1RDAA 3NGIA 5J2NA 4FJHA 3AVIA 3OJUA 4HHTA 3V1OA 3SQ4A 1VSLA 1RILA 4DFMA 2HNYA 3SQ2A 4NCBA 4IDKA 3QEXA 1HJRA 1TV6A 1JL1A 5HRNA 3HVRA 4FJJA 1KCFA 4BDYA 3AA5X 4NCAA 2DFHA 3CQ8A 3I8DA 3F73A 3RTVA 2QKKA 1TKTA 1YVUA 1VSKA 1R0AA 1CXQA 3D45A 1RTDA 1A5WA 1KVBA 4W5QA 3AVJA 3L2WA 2B5JA 1GOAA 4TSXA 1TL3A 4CJFA 4CHNA 4Z4IA 1BIUA 2VG7A 5KI6A 2VG5A 3VQEA 4FVMA 4C8KA 1D5AA 2B4JA 2D0CA 4DQPA 4FK2A 1KFSA 3OYIA 1TAUA 4M41A 3SQ1A 1SL1A 4OKEA 4CHPA 3ZT4A 2X6NA 3AVMA 4W5OA 3SPZA 1VSIA 4CEZA 1BIZA 4FJKA 3LWLA 4HUFA 4CJTA 2XO7A 2F8TA 2RN2A 1LW2A 3KLEA 1NJYA 2FC0A 1VSDA 2YNGA 4IBNA 1LV5A 3F9KA 1IKWA 3NE6A 4K8ZA 1NKBA 5DMRA 4M3UA 3OYFA 2P5GA 1S9EA 3P5JA 1RBSA 2ITGA 5FRNA 1HYVA 2D5RA 4CEFA 4ZTFA 4K8XA 4Z4CA 2OA8A 3V4IA 4DU1A 3MEDA 2JGUA 3CG7A 3OVNA 3OYJA 4KHSA 3JYTA 1JLBA 1S1XA 1RDCA 1KVAA 2GUIA 3CM5A 5FDLA 1X1PA 1JLCA 5FRMA 4JLHA 3V9UA 1L3TA 1LWFA 4CESA 1C0TA 4CFDA 4NCGA 4OGEA 4KHUA 3TAGA 1B9FA 3V81A 1DTQA 4W5RA 2PZSA 2HHQA 4OKJA 1HQUA 2FBYA 4FM2A 4CJEA 4KTQA 4AILC 4DFPA 2WOMA 4FZZA 3WNFA 3NHGA 1B92A 3EY1A 3CFRA 4DTNA 3AA2A 4FJLA 3NGYA 3K58A 4HCBA 1C1CA 4DG1A 4CK3A 3TI0A 3OYGA 3C6TA 4IG3A 4N47A 3NF8A 1QSLA 4DF4A 3DLGA 3RRHA 5HRSA 1HYSA 4C8NA 3HP6A 3QINA 2IAJA 1BQNA 3LP3A 3KK3A 2A1RA 3DI6A 4C8OA 3SI6A 1S5JA 3AO5A 4LSNA 4CJ4A 4CJSA 1G15A 4CK1A 1ZBLA 1IH7A 2B6AA 1VK0A 2ZE2A 4QCLA 3HYFA 2O4IA 1QE1A 4CEDA 3KD1E 1EP4A 2VG6A 4ELUA 3D0PA 3AVHA 1XHZA 2KFZA 4F2SA 1KLNA 2PY5A 1U45A 1TK8A 2HHWA 2W42A 3TARA 1CZBA 4I7FA 4AH9A 2EX3A 1XI1A 3IG1A 2WONA 1D8YA 1WAFA 2FBXA 4E1MA 4BDZA 4DTMA 4B9MA 4FLYA 4OVLA 4FLUA 1FKPA 1VRTA 2OPPA 3TWHA 1S1VA 3LP1A 5HRPA 3HM9A 4E7LA 3RMBA 1SL2A 3ZT3A 3QO9A 4RG8A 4YNQA 1IG9A 1I3AA 2F96A 4CJUA 4E89A 3MXMA 2G8IA 3NFAA 4LD0A 1HQEA 4CJKA 3SNNA 4FK4A 4FYDA 4N76A 2KZMA 1J9AA 2XY8A 3K59A 4OJRA 4DSIA 4DTUA 2DFFA 3VQ9A 2OZMA 3P83D 4CGJA 4LSLA 4DTSA 1NK8A 3I0SA 2HMIA 3SZ2A 1EETA 3HPOA 2RKIA 1YTAA 1ZBUA 4KV8A 1UOCA 3NBPA 3ZSXA 4CHZA 3OS0A 1NJXA 3KK2A 2XY6A 4PQUA 2XY7A 4E0DA 4KHYA 1VSHA 2HW3A 2DFEA 4AHSA 2E6LA 3VQ7A 4I2QA 5SWMA 1WAJA 2ZQBA 3VQQA 3L3VA 1RDBA 4R5PA 3PO4A 3U3YA 3SCXA 1Q9XA 4E3SA 3ZT1A 2A1SA 4CECA 1VSEA 4FLXA 3QNOA 3ULDA 3OYAA 5HROA 4O55A 4FJIA 3TR8A 4ELTA 3SUOA 4DTJA 4PWDA 3TAFA 3M8RA 3CM6A 2Y1JA 1U4BA 3O3GA 4FJ5A 1KVCA 4BE1A 3C95A 4F3TA 1BGXT 1WSIA 1S1UA 1WSFA 4GW6A 4H4OA 4F4KA 3DRSA 4CIEA 2Y1IA 1I39A 4CEBA 4Z4FA 1C1AA 2P1JA 3AV9A 1C6VA 3AVGA 1TAQA 3VQDA 4DS5A 4DTPA 3VA3A 1QSYA 1EXQA 4DTRA 4I2PA 1XHXA 3RR7A 4DFKA 3HO1A 3L2VA 5T7BA 2Z1IA 3VN5A 3RMDA 1CLQA 3L3UA 4RW8A 4J2BA 3UIQA 3NF6A 3TANA 1UAXA 3VQAA 4FXDA 3L2RA 4FLWA 3SV3A 2HHUA 3KLHA 3ITHA 3QIOA 4O0JA 4M3XA 1NOZA 1REVA 3KLIA 4RW9A 3SUQA 4OGCA 3K5MA 3S3NA 3I0RA 3IAYA 3MXJA 4F3OA 3K57A 1RTHA 3KK1A 3DLKA 1FKOA 3LAMA 3BDPA 2X6SA 3QETA 4Q5VA 1ASUA 1RT7A 5KGWA 1TKXA 3TAPA 3K5NA 3DLEA 3KIOA 1CZ9A 1WSJA 2DY4A 3V9ZA 3ZT2A 3B6PA 1SKSA 1U04A 1BHLA 2DTUA 1RNHA 3V9WA 4DS4A 2YNIA 4XIUA 4J2EA 5J2MA 4CE9A 4B9TA 3KLGA 2HNZA 3HXMA 3AVAA 2OPSA 4CF2A 1HYZA 3T1AA 4B08A 1S6PA 4DMNA 4CJQA 4RW4A 3ASMA 4CJ3A 3SUNA 4KHNA 4KTWA 5J1EA 1F21A 4KHWA 4E1NA 3HT3A 4FZYA 4KRFA 1RBRA 3HPHA 3OY9A 4O44A 1TKZA 5E41A 3VQ6A 1K6YA 4OPKA 3OYEA 2HHTA 1VSFA 2FBTA 1LW0A 3MECA 3LDSA 3CYMA 3EYZA 1YTUA 4AHTA 1X9SA 1HPZA 3HK2A 3HVTA 3TABA 3SJJA 2D0AA 3THVA 4BDPA 2KFNA 1DLOA 1BISA 1U49A 3U3GA 5KRSA 3SQ0A 2YNFA 5CZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GOIA 2IC3A 1GLCG 1Z25A 4GV6A 1I94K 4WE1A 1IBLK 4ZHRA 3THYB 3V9SA 3SAGA 4JKDA 2QWOA 1IKXA 3K5OA 4O8UA 5KRTA 3H3NO 1Q9YA 2YHAA 3CCVN 4ICLA 4LH4A 4ZTJA 1ATSA 5BN9A 1NWKA 4BRCA 3AVLA 2QWPA 1MWKA 3P39A 3PV8A 3DRPA 2KQ2A 3D2FB 4CJ5A 2YNHA 1A5XA 4M3TA 1NKCA 4B1ZA 4DQIA 5JVGL 4ILGB 3L8BA 3PLAA 4AHVA 4CK2A 5AQPA 2WC9A 4JK9A 2OYQA 4M3ZA 1M1KO 1NLVA 3AO1A 5JS1A 5TKYA 2GV9A 3BP8A 2P5OA 3LPTA 4WFAL 3CQYA 4GMJB 4JS5A 2HVHA 4EZ6A 4KHQA 1ASVA 4DF8A 3LDNA 3CHWA 3ZSWA 3AA4A 4ELVA 2HBMA 1X9MA 1JLGA 1C0UA 3AO4A 5AR0A 5AQNA 4FJXA 3O4NA 1BI4B 3QERA 4B9LA 3SAFA 2F9WA 2HSTA 2VWKA 3PX4A 3BF1A 3LAKA 1YITN 4FJ9A 1Y97A 2ZF5O 3DXMB 4BRMA 1RT6A 3OS2A 3SMSA 2V51B 3CERA 4EZ9A 2CGLA 1OH8A 1LAVA 4C8MA 2UXDK 1D9DA 5IWAK 2D0BA 4FK0A 5C2DA 4W5TA 2R7YA 3EKUA 5AQVA 4BGBA 2YI1A 3V1RA 2X78A 2NRTA 4KTZA 3GDQA 2ZD1A 2X74A 2IS3A 4CD3A 1KD1O 1HJOA 2E6MA 1RDDA 3AVFA 4CZEA 3TAQA 3MN6A 1P90A 2FF3B 5KGXA 2F9TA 4BRIA 4JNEA 5JVHL 2LSNA 3DXKA 4IFVA 1B9DA 3NH1A 4KB0A 2VYPA 2HHSA 4CJ7A 5CY4A 4JKCA 2GWJA 4BRLA 1Q18A 4ILHA 3QESA 2P9SB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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