3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
3SLCA 1S3XA 3DXMB 4A61A 3FZHA 3DXKB 1X9JA 2A42A 4B9QA 4XEIA 5JMVA 2D0OA 3LDPA 3LM2A 4JN4A 3D2FA 3VF4A 5EX5A 2BUPA 4IJAA 2Q0UA 3M3ZA 4MO4A 4BVOA 1GLEG 2A6AA 3VEOA 2V7ZA 3LM9A 5E26A 3VOVA 4BRMA 2QWOA 5AQGA 3G25A 3U9ZA 3QB0A 1SZ2A 2E1ZA 4IJNA 1HPMA 1BG3A 5LY3A 3CJCA 2YCHA 4QS9A 1U2VB 1GLBG 4LC9B 3ULEA 4CZGA 4BR0A 2P9UA 1WUAA 4PL8A 2E8AA 3HBTA 1ATNA 4Y0WA 4CZFA 3QDKA 3VPZA 3VEXA 3VEZA 4BRHA 3DWLA 1MWMA 2EWSA 2ASOA 2GWJA 4JD2A 2YI1A 5KPRA 1HKGA 3KZBA 4EFHA 2GELA 1C0GA 3WT0A 1LOTB 2CGJA 4B1UB 4CJ7A 1QQOA 3WQUA 1NGIA 4RCHA 2F9TA 1NLVA 3D7EO 4O5FA 2ZGZA 3IUCA 4EHUA 1U6ZA 5AQPA 1Z05A 4NB4A 3DXKA 1HKCA 2P9NA 1QHAA 2D0PA 2I7NA 3GOIA 4CZKA 4F9OA 3ZEUA 3BP8A 2YHXA 3HM8A 3MDQA 2WUSA 2Q97A 1NGHA 1NGGA 3FZMA 5AQUA 1XQSC 3B8AX 1GLJO 3R6MA 3ENHA 3P4IA 2BTFA 3ZX0A 2GTDA 3H6EA 4ISEA 3MK6A 5AQZA 5AFUH 5FPMA 5AQWA 4DQ8A 3MN7A 3WEEB 3EKSA 1NWKA 1NGFA 1U2VA 4BG8A 3CQYA 5AZIB 2FSKA 3H1VX 3FFKB 3H45C 4RTFD 4DHYA 2P9KA 1MA9B 5B8HA 4ISFA 4J8FA 5ADXH 1ZC6A 3MN5A 1HLUA 1E4GT 2GWKA 1BWFO 5FPDA 3EKUA 4RWTA 5BPNA 4H5NA 4WQ4C 1BUPA 1TUUA 1RFQA 2E2NA 3O1BA 3ZETB 3UKRA 4XH1A 5BRHA 1NMDA 4BGBA 3EN9A 4BR2A 1V4SA 4BRCA 4A2BA 2E2PA 3VEVA 5AQNA 4B1VA 4BR7A 5AFUA 1Q18A 2QXLA 4I6MB 4BC5A 4CBXA 5BREA 1K8KB 4K42A 5AQTA 4CI6A 3JS6A 4FWOA 4FOIA 3FGUA 4IZ9A 3QICA 2E20A 1GLAG 4BRIA 4MO5A 4WYBA 3U8XA 5AQHA 5JLFA 2NLXA 4JNEA 4K25A 4MLHA 5EVZA 2QWRA 4JAXA 5KQDA 1KXPA 1ZBSA 4GY2B 4WQ4A 3FZFA 5AQKA 3AY9A 4M7YA 5AQVA 1DKGD 1NGBA 4BRFA 3AAPA 3L6QA 4B1XB 4B1WB 2V52B 4H0PA 2CGKA 2HOEA 2J4RA 4BRLA 4FWRA 3WXIA 2P9SB 5TKYA 3EZWA 2P9IB 5E84A 3WEEA 3FR0A 2GUPA 4CD1A 4BC2A 5AZIA 5EOYA 4QS7A 3R9PA 2QWNA 1MWKA 4K41A 4B1ZA 4EAHD 4BRKA 3U9DA 4Z94A 3ZX2A 5AQXA 3KVGA 3DAWA 4FWMA 3WUHA 5LJWA 4ISGA 5JICA 4H5RA 1S22A 3O1WA 5KPTA 5AR0A 4FOEA 2FLOA 3O4WA 4I6MA 1ATSA 3MN6A 2AP1A 5EXWA 5ELZA 3MCPA 5AQMA 1ZXOA 3LDNA 4AM7A 3H46O 4H03B 1G99A 4IXCA 3ATVA 2W40A 2W41A 4FPBA 2E2OA 3W0LA 4CZMA 2A41A 3D2EB 4FPAA 3CI5A 2P9LB 3QFUA 3F9MA 1GLLO 2QM1A 3DXMA 3VEYA 2OANA 3O5BA 3HZ6A 2CH5A 2UYTA 2IVOA 3CJ9A 2CGLA 4BREA 1QQNA 5AQSA 3IMXA 2ASPA 3MMVA 1IJJA 3FZKA 4H5TA 3ENOA 5AQQA 3WXKA 3IFRA 1YAGA 3KHYA 2QW9A 3CIPA 4EHTA 5EY4A 1GLFO 4IO8A 4CD3A 4FWLA 1QZ5A 1MDUB 2P9IA 1NGEA 5AQYA 2A3ZA 1Y64A 1JCFA 1R59O 3H3OB 3S41A 3D2FB 2V51B 3C0BA 3VERA 1NGAA 1HKBA 3VF6A 1BDGA 3L4IA 3A8YA 1YVNA 3UB5A 3VETA 3SMSA 3ATUA 3CETA 3DJCA 1DEJA 3VENA 2ZGYA 4CZJA 4C23A 4GNIA 3CHWA 1T44A 5AQFA 3VGLA 1XC3A 3H3NO 1Z6RA 2ZF5O 4BVPA 1HUXA 4JHDB 3ULEB 3GL1A 4O8KA 1OKJA 3VESA 4CBUA 4XH4A 4EIAA 3FZLA 1JCEA 1KAYA 2FXUA 4AM6A 3J8AA 1TYQB 1KAXA 1RDWX 3VGKA 4H0VB 1QZ6A 3D2EA 1NM1A 3QBWA 2P9LA 1EQYA 3UKUB 3RSEB 3I8BA 3SJHA 1BU6O 2ITMA 4BQLA 4KBOA 5JLHA 3LDQA 4MLEA 4WQ5C 1ESVA 1BA0A 1J6ZA 1X3MA 2QWMA 4H0YB 5I9EB 2FSJA 3LDOA 4DCHA 2NZTA 2QWQA 1BO5O 5AQLA 2YJEA 1GLCG 2GEMA 1NBWA 4FWKA 2D4WA 4NO7A 2P9PB 2E88A 2IVNA 3BF3A 5BN9A 3O08A 1SAZA 4BROA 5AQIA 2QWLA 1SQKA 4HWIA 3M1FA 4A2AA 3QBXA 4BGAA 2ASMA 1GLDG 2P9NB 2F9WA 2Q2RA 4M63C 3MN9A 4FSVA 3AARA 3C7NB 3ZEUB 2I7PA 2KHOA 4BRQA 3O8MA 3SK3A 1WOQA 4DB3A 3CJAA 3A5MC 1HX1A 3EL2A 4PL7A 4K43A 4WQ5A 4YDUC 4IWVA 4QS8A 5AQOA 3VF2A 3ZETA 1XUPO 4XH5A 2YHWA 3LL3A 5KQ8A 4B1YB 3H1QA 3SMPA 4CZIA 4JHDA 3HTVA 3FLCO 5F2RA 1KAZA 1IG8A 4PKGA 2D1KA 3IDHA 3W3DA 3QMLA 1K8KA 5BN8A 2P9KB 4CZEA 2E1YA 4BRDA 1TYQA 4CZLA 2DPNA 1RGIA 5BR9A 2PBDA 1T6CA 3UE5A 4BR5A 3UKUA 3RSEA 3AAQA 5AZJB 2AA4A 2YHYA 3UKRB 3TPQA 4FWPA 3CQXA 2V7YA 1JCGA 2FF6A 2Q31A 3BUZB 3A5OC 3R8EA 4YDUA 5FPEA 2VWBA 5CE3A 5BRDA 1NGCA 1NGDA 1ATRA 3LDLA 4BC4A 1BOTO 2VYPA 4FO0A 2P9PA 2HF3A 4FWSA 3OHRA 4CBWA 3WXLA 2P9SA 4L3QA 3A5NC 4E1JA 1YUWA 2H3GX 3JXUA 3HSCA 4PKIA 3A0IX 4BRPA 3I33A 1QQMA 2Q36A 2FSNA 2VCPA 4H0XB 2A40A 3A5LC 3ZX3A 3WQTA 3FE1A 1HJOA 1D4XA 2ZWHA 3C7NA 4H0TB 3HI0A 1TUYA 4BR9A 1DGKN 4BC3A 4M7XA 5AQJA 2A5XA 3CJBA 3VEWA 5LJVA 3GDQA 4BRAA 3L0QA 5F1XA 2IVPA 2Q0RA 3GE1A 4FL9A 4H5VA 4BQZA 1LCUA 3U4LA 1X3NA 1T6DA 2NRHA 2QWPA 3CERA 3WXJA 4A62A 4BR4A 3GBTA 2Q1NA 4PKHA 2IIRA 3VGMA 5F0XA 1BA1A 2P9UB 5FPNA 5BPMA 4BG9A 2HF4A 1YXQA 3CJ1A 3ID8A 4FWNA 1C0FA 1NGJA 4BRGA 4HTLA 5AZJA 4FWQA 3EO3A 4CZHA 1CZAN 3TU5A 5AQRA 5KPZA 2FF3B 3O80A 2YJFA 2PAVA 3QFPA 3BEXA 4JD2B 4H5WA 5BPLA 1P8ZA 3O6WA 3M6GA 2HMPA 1H1VA 2E2QA 3CJ7A 1V4TA 4H0OA 5BRFA 3GG4A 1E4FT 3BF1A 5ADXA 2CH6A 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 1Z25A 4A61A 3DXKB 3OYLA 4QAGA 1XNQK 3IS9A 3J7ZO 3DLLL 3LM2A 4FM0A 4HCCA 3VF4A 2HBKA 5EX5A 3M3ZA 4E7JA 2V7ZA 3JSMA 4DU3A 4FVUA 3U9ZA 1C1AA 2E1ZA 4ZTFA 4QS9A 3ULEA 2VWKA 2OA8A 4M3WA 4BR0A 4OJRA 3NMUA 2NRXA 2Y1JA 4OVLA 3HBTA 3SQ1A 3NF8A 4Y0WA 4NXNK 3TAFA 1DTTA 4RW7A 4DR5K 4NCGA 3VEXA 3VEZA 3O9QA 4ZHRA 1MWMA 1NU0A 3VQ7A 2G8VA 2GWJA 3LALA 4JD2A 5HRRA 2YI1A 4PWDA 3DLEA 5KPRA 4EFHA 3TAQA 3ULDA 4L8RB 2ZE2A 5J1EA 4Q0BA 2CGJA 3OYHA 4CJ3A 3KK1A 1QQOA 3BZKA 3AV9A 4RCHA 4CESA 1NLVA 3IUCA 4JK8A 3NGIA 4EHUA 3SAHA 1TKXA 1U6ZA 1BIUA 3A2FA 4KPYA 2YNGA 3DXKA 4DTOA 1VSFA 2OZMA 4CIFA 4KHYA 1RILA 3ZT0A 4Z4HA 3SQ4A 2D0PA 2YNFA 2HB5A 2ZD1A 4F9OA 3HM8A 4CHNA 3SAFA 2XY8A 3G71N 4FW2A 5KRTA 5KTQA 1NJYA 1NGHA 3CCEN 5HRSA 1IBLK 3FZMA 1CLQA 1XQSC 3QEWA 1GLJO 3ZSOA 1LAVA 3ZX0A 1WSIA 4CEZA 5AFUH 4DQ8A 4FLUA 3CMEN 1ITGA 1NGFA 4EZ6A 3RMDA 3VMFB 3CQYA 5CY4A 5AZIB 1HNVA 3H1VX 3Q7CA 3EZ5A 3DRSA 4AHTA 4KB0A 4DSJA 1ZC6A 3MN5A 1HQEA 2GWKA 5FPDA 1NG9A 4DR2K 3PSFA 4H5NA 1Q9YA 4DR7K 4IKFA 2W6LA 1NJWA 2QKKA 3I0RA 3DM2A 1NMDA 2EHGA 3EN9A 4BRCA 4KHSA 2NNWA 5AQNA 3TSUA 1NK4A 2QXLA 1OH6A 5BREA 1X9WA 1S6QA 3OYCA 4JS5A 5AQTA 4B9NA 4FOIA 3QICA 2VG6A 4A59A 4UY8O 1N36K 4DSFA 3U8XA 2NLXA 3EE9A 1VQLN 3I56N 4YY3K 1IKWA 1ZBSA 3OYGA 3WNHA 1NGBA 4BRFA 1IBKK 3AAPA 5HRNA 4M3YA 1HMVA 3CPEA 3L6QA 3MWPA 2J4RA 5GAHP 3VQBA 3OYIA 1RT2A 4JYAK 4DS5A 2DTUA 3EZWA 3FR0A 2HW3A 4CD1A 5AZIA 2P1JA 4EP4A 4OO1J 5E41A 3KTQA 1U47A 2VGNA 4RW4A 4IO9L 2DFFA 4C8KA 3P5JA 1YTAA 3P31A 4E1NA 5JICA 4H5RA 3B6PA 4CEBA 1S22A 5M1KA 3O9SA 5AR0A 4FOEA 4E89A 1O13A 3O4WA 3MN6A 4GVEA 5ELZA 3MCPA 5AQMA 3L2WA 4KAZA 3LDNA 4AM7A 4FM2A 3H46O 2XY5A 1WSGA 3VQAA 4RW8A 5FRMA 1OVQA 4FPAA 4E3SA 4I2PA 4FCYA 3VQCA 4FJ8A 2CH5A 3CCLN 2X6NA 4GVMA 4JI1K 2ZJPL 4LF9K 1QSLA 2OPPA 3RWUA 1QQNA 2F7TA 5AQSA 1D5AA 4ID5A 1Q82O 1IJJA 3FZKA 2D0CA 4DFPA 1HNIA 4B9TA 3CFRA 1GLFO 4BE0A 1SKRA 3AVKA 3P83D 2A3ZA 1Y64A 3DLKA 4A5BA 4IOCL 3SUQA 2V51B 3C0BA 3PY8A 3CC4N 3CM6A 2QEXN 1Q8IA 1HKBA 3VF6A 1YVNA 4C1NI 1FK9A 3IG1A 1RT5A 4G1QA 5J2NA 1JXBA 4C23A 5M1NA 3KLHA 1KVBA 1N34K 3VGLA 3M5RA 4OLAA 1BCOA 1RBRA 1HUXA 3P38A 1VQ5N 3PX6A 4QOZB 3OA9A 3TANA 4EIAA 3THXA 2FXUA 3NF6A 4AM6A 5A2QO 2E5LK 5HP1A 1RDWX 3VGKA 4MDBA 3AO3A 3UKUB 1HNXK 2ITMA 4BQLA 5JLHA 3V9WA 3RMAA 4H0YB 5I9EB 1B92A 4RG8A 4FJNA 3OVNA 2NZTA 2VG5A 3M8PA 1C1BA 2HNZA 4FWKA 3T7ZA 2UUAK 3BF3A 3O08A 1P90A 4A2AA 4BGAA 1XHXA 1EKEA 1RT1A 4CJ4A 3SV4A 2P9NB 4CGHA 1W9HA 2F9WA 5GINA 3MX5A 2VGMA 1TK5A 2NRRA 3V1OA 3ZEUB 1EETA 3O8MA 2Q3SA 1YJNN 1MU2A 3EL2A 3AA5X 4DQPA 4R5PA 4IWVA 3VF2A 4DLEA 3SYZA 3VQPA 1VQKN 4B1YB 1YT3A 3CFOA 3NCIA 3HTVA 1J53A 3LP3A 1BQMA 1K8KA 1CXUA 4CEDA 5C0YA 4YNQA 4CEEA 3OBWA 2KZZA 1RGIA 4BR5A 4DTRA 3UKUA 1YVUA 3UKRB 3TPQA 2O4GA 3DOKA 2YV0X 3KD5E 2NRVA 3BUZB 4ILJA 3R8EA 3AO1A 2VWBA 3AVJA 3LDLA 4NYNA 4DTXA 5CZ2A 3OHRA 3U6FA 1UA1A 3WXLA 4YORA 2P9SA 4L3QA 4E1JA 5C15A 1CXQA 4PKIA 4OKKA 4BRPA 1QQMA 2Q36A 1L3SA 4H0XB 3A5LC 1VSEA 4F4KA 3FE1A 4J2BA 3JYTA 4ID1A 4FZYA 4CJQA 1TUYA 3K9JA 3N4QA 1DGKN 4V19S 4CFBA 2XY6A 3VEWA 4DS4A 3KJVA 5LJVA 4BRAA 4JI5K 1UWBA 5M1PA 2EX3A 5F1XA 5DM7L 2Q0RA 1IKVA 1WSHA 1T6DA 3HPGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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