1K8KA

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
416
structure length
401
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
total genus 130
structure length 401
sequence length 416
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1k8kA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kA04
4K42A 2CH5A 5EY4A 1QZ5A 3C7NB 3SMSA 3HI0A 2YJEA 4FWMA 3BF3A 4BR0A 2P9UB 3D2FA 4DHYA 3VEVA 5FPDA 1WUAA 4A61A 4FL9A 4JAXA 3UKRA 4CZIA 3VEOA 4H0VB 1YUWA 4FWSA 4BRFA 2GELA 4Z94A 2YJFA 5BN9A 3O1WA 4CI6A 5ADXA 5E26A 1QHAA 1C0FA 4JD2B 4FO0A 3ZEUB 1BWFO 1SQKA 4NO7A 2A42A 5AFUH 3L4IA 3VEXA 4FPBA 4MO5A 3WXKA 3GDQA 3L6QA 4BC3A 2QWLA 4K43A 3HM8A 3VF4A 1GLDG 4XH4A 2NZTA 4IWVA 3UKUA 4BRKA 4CZJA 3J8AA 3R6MA 2DPNA 3VETA 2UYTA 4BRIA 5EVZA 4BRAA 2ZGYA 4FSVA 1X9JA 3CJ7A 3FR0A 4FWLA 5AFUA 1MWKA 4H03B 3FZKA 1T6DA 4C23A 1NGAA 2E8AA 2A41A 2HOEA 5AZJA 5AQWA 3I8BA 3ATUA 2ASPA 3KZBA 3H1VX 1RGIA 3ZX2A 1RDWX 4JHDB 2A6AA 4WQ4C 3FZLA 1BA1A 3IUCA 3OHRA 2QXLA 4CBUA 3D2FB 5AQPA 4LC9B 4RWTA 1IJJA 3UKRB 3DXKA 2CGLA 1P8ZA 2Q2RA 2W40A 5BPMA 2IVOA 1CZAN 4B9QA 2Q97A 3ID8A 3BUZB 4YDUC 1YXQA 2HMPA 4A2BA 2A40A 3H1QA 3CI5A 3BEXA 3EKSA 1MDUB 1HPMA 4H0YB 2V52B 3CIPA 2GEMA 5AQQA 1OKJA 3UKUB 4ISEA 2E1ZA 5TKYA 4FPAA 5BN8A 3MDQA 4H0XB 4I6MA 4J8FA 3FLCO 3H6EA 2FSJA 4EFHA 3SMPA 5AQJA 2P9SB 2Q0UA 2ZGZA 3CHWA 3MN5A 3UE5A 3EKUA 1BDGA 4FWQA 4FOEA 2HF3A 3FZHA 1KAZA 3QBWA 3WQUA 5AQHA 3MK6A 4A62A 2E2OA 3UB5A 2P9KA 2Q36A 1K8KA 1XC3A 1BUPA 1Z05A 2FSNA 2J4RA 3ZX0A 3MCPA 4FWOA 3LM9A 2NLXA 3VOVA 3LDNA 1G99A 2GTDA 3ENHA 3QB0A 3SLCA 5BRFA 4BR4A 3G25A 3DXKB 4BQZA 2D1KA 2Q0RA 3I33A 2FF6A 1E4FT 2A5XA 5JICA 1BA0A 5AQLA 3CJ9A 4B1ZA 2FSKA 3DJCA 3AY9A 3H3NO 1Z6RA 5AQOA 2ZF5O 3FZMA 4WQ4A 3U9DA 3VF6A 2W41A 2NRHA 4EHTA 2AA4A 3ZETA 1NLVA 5BPNA 1KXPA 1ESVA 3O1BA 4CZFA 3S41A 1Y64A 3A5MC 4BGAA 3QMLA 3VPZA 2E2PA 3LDPA 4JNEA 1NBWA 4I6MB 3GG4A 1D4XA 3FFKB 5LJWA 5ADXH 4EHUA 2CH6A 3U4LA 2E1YA 3W3DA 3EO3A 5EOYA 4WYBA 2A3ZA 4BVPA 5AQTA 1NWKA 4QS7A 2P9PA 5AQVA 3A5NC 3M3ZA 1SAZA 4IJNA 1NGIA 1S3XA 3D2EA 3R9PA 3GOIA 5AQUA 4CBXA 4CJ7A 3O6WA 5AQGA 2IVNA 1TYQA 1JCGA 3VGKA 1T44A 3JS6A 5KPRA 4IJAA 3CQYA 2ZWHA 1V4TA 2GUPA 1DEJA 1S22A 1GLCG 2P9KB 1K8KB 1C0GA 2YHXA 2IIRA 3O8MA 2QWRA 3DXMA 3IMXA 1J6ZA 1GLLO 1V4SA 2QWPA 3RSEB 3EN9A 2FF3B 3F9MA 4BRNA 2AP1A 3DWLA 3QDKA 3IFRA 1HKCA 3FZFA 1BU6O 2WUSA 1BG3A 3JXUA 1ATRA 3WEEA 3LL3A 5KQDA 1X3NA 4F9OA 5KPTA 4WQ5C 4A2AA 4IXCA 3WXJA 1HKGA 3ZETB 1LOTB 4KBOA 1JCFA 3ULEA 3SK3A 2Q31A 3IDHA 2VWBA 4BRLA 3ENOA 1QZ6A 3VF2A 3VGMA 3DAWA 4GY2B 2QWNA 5BR9A 4JN4A 1YAGA 1YVNA 2FLOA 4HWIA 2KHOA 1BOTO 4NB4A 1XUPO 1GLFO 4H5NA 5BREA 2P9PB 4DQ8A 3MN7A 1TUUA 1QQNA 4PKIA 3LDLA 4L3QA 4XH5A 1TYQB 3CJAA 1T6CA 4K41A 1U6ZA 2YHWA 4BRDA 4HTLA 1WOQA 2P9LA 5F0XA 4RTFD 3L0QA 5FPMA 3O80A 1LCUA 5AQIA 4CBWA 3U9ZA 1ATSA 3CETA 3HTVA 2YHYA 3BP8A 4H0PA 4PKHA 5AZJB 3WXLA 3CJBA 5AQZA 1GLEG 1KAXA 3TPQA 1NGDA 5AQSA 3O4WA 4CZLA 1KAYA 2CGJA 4MLHA 3TU5A 3WEEB 4GNIA 1NGCA 5AQXA 1MA9B 2QWMA 4XH1A 3VEWA 3O5BA 1BO5O 1GLBG 1NMDA 1E4GT 1HJOA 1NGFA 3CJCA 3O08A 3QICA 4AM7A 4RCHA 4H5TA 3ULEB 1NGHA 2V7YA 5LY3A 4XEIA 3SJHA 4PKGA 4CD1A 3EL2A 3QFPA 3QFUA 1JCEA 2ITMA 4IZ9A 2QW9A 3WT0A 3HBTA 2P9NA 2QWOA 1GLJO 2D4WA 4CZGA 5I9EB 1SZ2A 3C0BA 2ASOA 3H46O 2FXUA 4BR2A 5EX5A 3B8AX 4DCHA 4BQLA 2IVPA 2P9IA 3P4IA 5AQMA 3WXIA 5E84A 3EZWA 5F1XA 4BG9A 5F2RA 4QS9A 3VENA 4FWKA 4DB3A 2Q1NA 4IO8A 3FGUA 5FPEA 4YDUA 3AARA 3A0IX 1GLAG 2E2NA 3AAPA 3H3OB 4CZEA 2GWKA 3LM2A 4H5RA 3MMVA 4E1JA 5BPLA 4CD3A 3W0LA 4CZMA 4H5VA 4EAHD 3A8YA 4M7YA 1X3MA 4MO4A 5JMVA 2V7ZA 1Q18A 2BTFA 4BR7A 2ASMA 2VYPA 1NM1A 2HF4A 5AQKA 4B1UB 3VERA 2D0PA 3MN9A 5AQRA 3KHYA 4BREA 1IG8A 2P9NB 2P9SA 4ISFA 4EIAA 5AQNA 1EQYA 3ATVA 4MLEA 5AZIA 4PL7A 4H0OA 3HSCA 4FOIA 2E88A 4ISGA 3FE1A 5CE3A 4BROA 2P9IB 1QQMA 3R8EA 2OANA 3A5LC 3A5OC 4B1YB 5JLHA 4BG8A 1U2VA 4AM6A 3M1FA 1MWMA 4CZHA 1RFQA 1NGJA 4B1VA 1HUXA 1ZBSA 3D2EB 4PL8A 4BRPA 2YI1A 5LJVA 5AQFA 5KQ8A 1HKBA 2VCPA 2E2QA 2I7PA 4Y0WA 5JLFA 4BGBA 3ZEUA 3LDOA 5B8HA 4K25A 4CZKA 4B1WB 4B1XB 4BRMA 4M63C 3C7NA 2PAVA 2QWQA 4BRQA 4O5FA 2P9UA 5FPNA 3VEZA 2F9WA 3DXMB 1ZC6A 4BR5A 2BUPA 3M6GA 3VESA 5KPZA 3CQXA 4BC5A 1HLUA 2GWJA 2F9TA 3ZX3A 3MN6A 1NGEA 3VGLA 1DKGD 4BRGA 2YCHA 3HZ6A 2QM1A 4H0TB 3CJ1A 4H5WA 4JD2A 2EWSA 2PBDA 3AAQA 5AR0A 1DGKN 5AZIB 3WQTA 3GBTA 2E20A 1NGGA 3VEYA 3WUHA 1QQOA 1H1VA 4BRHA 1ATNA 4FWNA 1R59O 3CERA 3GL1A 3BF1A 4BC4A 1NGBA 3QBXA 4BVOA 5AQYA 4BRCA 4FWRA 1XQSC 5ELZA 4M7XA 1ZXOA 1U2VB 5BRDA 2CGKA 3D7EO 4O8KA 3LDQA 4QS8A 5EXWA 1TUYA 4BR9A 3U8XA 3KVGA 4BC2A 2I7NA 2V51B 3GE1A 3RSEA 4WQ5A 2D0OA 5BRHA 3H45C 4FWPA 1HX1A 2H3GX 4JHDA 2P9LB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QEXN 5C24A 3L2UA 2VG6A 1HMVA 3SMSA 4FWMA 4N41A 2P9UB 4DS4A 3D2FA 2HBKA 3DLEA 3I0RA 5FPDA 1LWEA 4Q5VA 1NJXA 4FL9A 2FBXA 4W5TA 4IEEA 4JI2K 1WB9A 3SUOA 2RN2A 4BRFA 4BACA 4DS5A 5BN9A 5ADXA 3NF6A 3C65A 1SQKA 2F8TA 3DLRA 4K43A 4OVLA 1ASUA 4YY3K 3AA4A 3V4IA 3VF4A 1TK8A 2FC0A 1NU0A 3AVFA 4CZJA 4JI1K 4BRIA 4DV3K 4CF8A 1C0UA 1X9JA 4CJ3A 4HHTA 3AVCA 2VWJA 1WSJA 2HNZA 3FR0A 4FWLA 4NCBA 1KC8O 3FZKA 1T6DA 1HPZA 3P1GA 5AZJA 1T03A 1SL1A 3LP1A 4DLEA 1EWRA 5CR4A 3ZX2A 5FRMA 4IKFA 4WQ4C 3FZLA 4OLBA 1XWLA 3IUCA 4CHYA 4W5OA 1X9MA 4ID1A 4AHUA 4DFJA 3TSPA 3NH2A 3V6DA 3DRRA 4RWTA 4FCYA 3ZSRA 5CY4A 2Q2RA 3OVNA 1KQSM 1CZAN 2AJQA 4MDBA 3AVNA 4YDUC 4JLHA 1C1AA 1VSDA 4A2BA 4E1NA 4LF6K 1SKSA 5C2DA 3CI5A 3BEXA 3EKSA 2R7YA 1MDUB 1KTQA 2WBNA 1TGOA 2GEMA 4E7IA 3TR8A 3UKUB 2E1ZA 4CIGA 4OKEA 4UY8O 4J8FA 3FLCO 1UA0A 1M1KO 1BQNA 5AQJA 5C42A 2P9SB 2Q0UA 4BWJA 3MN5A 1NK9A 4FWQA 2YNIA 1OH7A 1QSYA 3KLHA 3FZHA 3WNGA 4DTPA 1JJ2M 4J2AA 3QBWA 3S3NA 5AQHA 5TKWA 4DR1K 3UB5A 2O8CB 2Q36A 1XC3A 1Z05A 1Q82O 3PO5A 2ETJA 4JI3K 3LM9A 3SAFA 2C1IA 3VOVA 3LDNA 2GTDA 4N47A 3ENHA 5CYMA 1B92A 4DMNA 2PYLA 4KTQA 4FJKA 3OBYA 2D1KA 1VQLN 2RPIA 4YHHK 4JKCA 2FF6A 1ZBLA 4M3ZA 4HUEA 2HW3A 1Z6RA 5SWMA 3DMJA 4AHCA 3TWHA 2YKNA 3L4QA 4NCAA 5BPNA 1KXPA 3O1BA 4B3SK 1BGXT 3S41A 5HOOA 2HHTA 4FJJA 5J2QA 1XHXA 4JNEA 1VQPN 4I6MB 3HPGA 3SBGA 2ZQBA 2FBYA 1O1WA 4OJRA 2CH6A 3OY9A 3QEIA 4K0KK 3HP6A 4Z4EA 4DUYK 4F2SA 1WSGA 5AQTA 3G6EN 1NWKA 2BH1A 5AQVA 3M3ZA 1SAZA 4CJ4A 5AQUA 4CJ7A 2OPQA 3O6WA 1G15A 2IOCA 3OYBA 3VA0A 5D3GA 4IEIA 4N76A 2GUPA 4C8KA 1DEJA 4BDPA 1C0GA 4UQGA 3SQ1A 4PUOA 3L2RA 2QWRA 3ULDA 1N8RO 4KRFA 1V4SA 4IFVA 2FF3B 1ASWA 1IG9A 3ASMA 2AP1A 3SCXA 1RBRA 3IFRA 3U3GA 1TL1A 2WUSA 4IOXA 1HYSA 1WLJA 1RT2A 4JI8K 3DLBA 4FLXA 2HHWA 4KI4A 4A2AA 1HNIA 3WXJA 3ZETB 4O0IA 1JCFA 3K5OA 3VQQA 4CVNE 3DLLL 4DG1A 1QZ6A 1S1VA 5KRSA 3L8BA 3K5NA 1VRUA 2YHBA 4Q0BA 2QWNA 2ZE2A 1F21A 4B9NA 2HNDA 3BDPA 2ZJRL 1BOTO 4CGDA 5BREA 3NF7A 2QK9A 4DQ8A 3MN7A 4CJSA 1VRTA 4L3QA 1TYQB 1NKCA 4K41A 3THYA 1U6ZA 2YHWA 4MDAA 4E0DA 3J81O 1EWQA 4RTFD 3L0QA 4CFDA 4F3OA 3CFOA 3T3FA 3U9ZA 1LAVA 1ATSA 3S5TA 4DLGA 4CEEA 3MEGA 1U47A 4R79A 5AZJB 3WXLA 5AQZA 4DR2K 3OW2M 5AQSA 2IDOA 1BI4B 4B3TK 2YV0X 3CXCM 1MA9B 3CPEA 3ZSWA 1NMDA 1NGFA 4AM7A 4FJ9A 3KWGA 4C8MA 3ULEB 3LP3A 4HCCA 4XEIA 5K14A 2NNWA 4CHQA 3MEEA 1SL2A 1Q9YA 4Z4FA 4JS4A 1WAFA 3HT3A 3V9SA 2P9NA 3TAPA 3C0BA 2ASOA 4QAGA 2FXUA 2HHQA 2HHUA 4BR2A 5EX5A 3WNEA 3B8AX 2IVPA 4M3RA 4YOUA 4E3SA 5AQMA 5E84A 4BG9A 2OA8A 5HRRA 3T1YK 1BIZA 1XNRK 4BECA 1RT5A 3FGUA 3AO5A 4FVUA 3A0IX 4JKHA 3VQCA 3THWB 3M8PA 1K9MO 4DR4K 1S1TA 3AA5X 2XY6A 5BPLA 5IWAK 4CD3A 3W0LA 3OYDA 3MX5A 1S1XA 1D9FA 4M7YA 4DFMA 3C6UA 4IDKA 4F8RA 1VSHA 4NLBA 1DT9A 4BR7A 3HVTA 4EP4A 4IBNA 1NM1A 3VTHA 4HVJA 4B1UB 2D0PA 5AQRA 3KHYA 1YJWN 5FDLA 3SQ2A 3HL8A 4YFUA 5AQNA 1T8EA 4IFEA 3VQ8A 4MLEA 5AZIA 3HSCA 4FOIA 5LL6Z 5DM6L 2IAJA 3OYHA 4IOAL 3C6TA 1RTHA 3FE1A 2NRRA 3S3OA 1TVRA 4BG8A 1K6YA 4Z0UA 1U2VA 3RVCA 3CCEN 5JS2A 2QTDA 3KKSA 3NDKA 4KAZA 4OX9K 5HL7L 1GOAA 2P1JA 2RF2A 3PIOL 4B1WB 4M63C 3RWUA 4IG3A 3K9KA 2P9UA 3VMFB 2WTUA 2F9WA 4JRQA 3SPYA 1ZC6A 4FW1A 2NRZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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