2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
1GLDG 4LC9B 2A42A 4BG9A 4JAXA 4B1XB 2ZGZA 3U8XA 1NGDA 4MLEA 3B8AX 3DXKB 3WEEB 5I9EB 3A5MC 4FWLA 5AR0A 1QQMA 5AQLA 2QWOA 4PKHA 4IWVA 2Q31A 4FPBA 4I6MB 3CETA 3F9MA 4BREA 1S3XA 4BVPA 5JLHA 2VWBA 3UB5A 3BEXA 4BRFA 2IIRA 3AARA 3FE1A 1J6ZA 3EO3A 4KBOA 2PAVA 1BA1A 4H5TA 4BRPA 1OKJA 1G99A 5AZJB 4B1YB 5EVZA 4BRAA 3JXUA 1KXPA 5E26A 3HTVA 1NGAA 4CZKA 3QDKA 3ULEA 2V52B 5BREA 3AAPA 3LL3A 3LDLA 5FPMA 3VETA 3EKUA 3ATVA 4M63C 4CBUA 1HJOA 1MA9B 4NO7A 1GLEG 1DGKN 1X3NA 3BF3A 4PL7A 1QQOA 2CGJA 4M7XA 3MCPA 3VGKA 3H46O 3O80A 3DWLA 4JN4A 4GNIA 3CJAA 4FL9A 3EL2A 4BQLA 2DPNA 1GLFO 2ZF5O 1S22A 4CD3A 4H5VA 4CZGA 3EN9A 3O08A 2WUSA 2IVNA 1TUYA 1BWFO 2P9KA 2CH5A 3RSEA 3VEWA 3WT0A 1YVNA 1U2VA 4B1VA 2YJEA 3WQUA 1NWKA 1QQNA 4H0YB 4H0VB 4EHTA 1MDUB 4CZHA 4FWKA 2FF3B 2FSNA 2D0OA 3SK3A 5FPDA 3LDPA 3HSCA 1D4XA 3SMPA 4CBXA 4DQ8A 1JCEA 4F9OA 5BRDA 2VCPA 4BROA 2CGLA 3FZHA 5BPMA 5KPTA 3KVGA 3ZEUB 1BO5O 2Q0UA 3R6MA 2W41A 4WQ5C 4B1WB 3ZX2A 1CZAN 1YAGA 3HBTA 4EHUA 4H5WA 2NRHA 4PKGA 2E1ZA 1Z05A 2ASOA 2V51B 3CJCA 1KAYA 2CGKA 5E84A 2V7YA 4DHYA 3O1BA 3H1VX 4MO5A 3ZX3A 4RWTA 4NB4A 4BRLA 2ZWHA 2A5XA 2E88A 3CQYA 5EX5A 1ZC6A 1RFQA 3FGUA 5KPZA 4H0TB 2CH6A 4WQ5A 1TYQB 2P9LA 3MN5A 3SJHA 2QM1A 3WXLA 3GOIA 3M6GA 2P9SB 1MWKA 3O5BA 4BRNA 2D1KA 4FWOA 4CZLA 1BA0A 1R59O 3D2FA 1X3MA 1TUUA 4IJNA 5EXWA 4CI6A 1GLCG 3O4WA 3QB0A 3VPZA 4HWIA 5KPRA 2GTDA 1GLLO 4XH5A 3H3NO 3D2EA 4H0XB 4QS9A 4YDUC 5AQUA 1HPMA 1ATSA 1EQYA 1NM1A 1NBWA 3C7NB 3W3DA 4K25A 4BC5A 3D7EO 1GLBG 3CQXA 4FO0A 3LM9A 5BN9A 4CZFA 4B1UB 1IJJA 4B9QA 2A41A 2E2NA 2E8AA 2QWQA 4FWRA 1K8KA 1HKBA 1BU6O 4YDUA 3ZETA 3ID8A 4H5RA 2Q36A 4AM7A 5CE3A 4BR9A 3O1WA 2ASMA 1XUPO 1NGCA 3HZ6A 1JCFA 3VGMA 2P9NA 2GWJA 2QWMA 3EZWA 4WYBA 4FWNA 2PBDA 4JD2A 2P9UB 3GDQA 3GBTA 4K43A 2BUPA 2E2PA 3CJ9A 4EIAA 4ISEA 3UKUA 3BF1A 2EWSA 5F1XA 3C0BA 3H6EA 5AQGA 3W0LA 1GLAG 4BRKA 1C0GA 1P8ZA 1WOQA 2E1YA 2E20A 4IO8A 2P9IB 1QZ5A 4CZMA 4M7YA 3A5LC 3DXMB 4RCHA 3DXKA 3WEEA 5ADXA 3VF2A 4H03B 5AQOA 3FZFA 1XC3A 3IFRA 3VERA 4I6MA 1HKGA 2FSJA 2VYPA 4GY2B 3VESA 4EAHD 5KQDA 2ASPA 3ENHA 5F0XA 5LJVA 4BR0A 4MLHA 4BC2A 2FXUA 3QBXA 5AZJA 2E2OA 1NGBA 5AZIB 3LDOA 4E1JA 3R9PA 2YJFA 1Z6RA 3WXJA 2V7ZA 3CERA 3HI0A 1LCUA 3P4IA 2HF3A 2YI1A 2HF4A 3L0QA 2I7NA 4FWSA 3DAWA 1RGIA 2A40A 4QS8A 5LY3A 3GG4A 5ADXH 5BPLA 2Q2RA 4HTLA 4RTFD 4CJ7A 1BOTO 4BG8A 3WUHA 2P9PB 2QWRA 3QFPA 1ATNA 1Q18A 1NMDA 3A5OC 1KAZA 2IVOA 4B1ZA 2ITMA 2D4WA 3GL1A 4FOEA 2AP1A 3QFUA 3U9ZA 2Q1NA 3UKRB 1KAXA 2A6AA 4MO4A 2F9WA 5AQTA 4JHDB 1MWMA 4WQ4C 3LDNA 4IZ9A 2H3GX 5LJWA 4PKIA 2FLOA 4FWQA 3MN9A 3QICA 2QWLA 5AQWA 5EY4A 2KHOA 3VOVA 2OANA 4XH4A 1BDGA 2Q0RA 5AQJA 4Y0WA 5AQNA 5AFUA 3L6QA 4WQ4A 5BRHA 3QMLA 3CJ1A 2I7PA 3ZEUA 1T6CA 4IJAA 4BR7A 4BC3A 4BQZA 4FOIA 2A3ZA 1HX1A 1E4GT 3CI5A 3JS6A 5AQRA 2D0PA 4QS7A 5JICA 4A61A 1BUPA 3H45C 2HMPA 3GE1A 5BN8A 3FZKA 4BGBA 4H0PA 3I8BA 3ULEB 2QW9A 3KHYA 5AQFA 2NLXA 1BG3A 3FFKB 1WUAA 4EFHA 1TYQA 3A5NC 3J8AA 5AQYA 2J4RA 1H1VA 3A0IX 3CHWA 4BRCA 2P9SA 5AFUH 3VEVA 4A62A 2W40A 4CD1A 3CJBA 5AQQA 1C0FA 3O8MA 3M1FA 4FWPA 4BR5A 4DCHA 3OHRA 4K41A 3U9DA 5BPNA 2UYTA 1X9JA 3MN6A 1LOTB 4L3QA 1HLUA 3VF4A 4Z94A 1NGJA 2BTFA 4BGAA 3LM2A 2P9KB 4BRQA 3RSEB 1V4SA 4ISGA 4CZJA 4BRIA 1U2VB 3MN7A 4BVOA 1NGFA 3SMSA 3AAQA 4FSVA 4CBWA 3FZMA 1NLVA 1SZ2A 3WXIA 3ZX0A 4K42A 4FPAA 4J8FA 3TU5A 4A2AA 3VENA 4AM6A 3WQTA 3C7NA 1NGGA 3FLCO 3UE5A 2HOEA 1RDWX 2ZGYA 2E2QA 4C23A 5AQSA 2YCHA 1NGIA 1YUWA 5AQPA 4BC4A 2GWKA 2Q97A 3ENOA 1HUXA 4O8KA 5BR9A 4BRHA 3SLCA 3VEOA 3S41A 1ATRA 4BRGA 1SQKA 3WXKA 3H1QA 4ISFA 3U4LA 1IG8A 3ATUA 4A2BA 2YHWA 1SAZA 2YHXA 1ZBSA 1U6ZA 5F2RA 3TPQA 5TKYA 5FPEA 1XQSC 5AQIA 2F9TA 4BRDA 1NGHA 5JLFA 3O6WA 3BUZB 4PL8A 2P9LB 2QWPA 5ELZA 2P9UA 3M3ZA 3VEYA 1NGEA 3MMVA 5EOYA 4BR2A 3MK6A 2NZTA 3CIPA 3D2FB 5AQVA 4JNEA 3AY9A 1T6DA 2GELA 2FF6A 2P9IA 3IDHA 5B8HA 2GEMA 3DXMA 4XH1A 2GUPA 3VEXA 1QZ6A 1ZXOA 5AQHA 3HM8A 4O5FA 2AA4A 3D2EB 2QXLA 4FWMA 3KZBA 2QWNA 4CZEA 2YHYA 3EKSA 5FPNA 1YXQA 4BR4A 3DJCA 5AQXA 5AZIA 3IUCA 1T44A 5AQKA 3FZLA 3H3OB 3MDQA 1ESVA 3VF6A 4IXCA 2IVPA 3QBWA 3A8YA 1V4TA 3R8EA 3I33A 1K8KB 1HKCA 5AQMA 5JMVA 4BRMA 3ZETB 5AQZA 3LDQA 4XEIA 3CJ7A 3VEZA 5BRFA 2FSKA 4H0OA 1E4FT 2P9PA 5KQ8A 1GLJO 3FR0A 4CZIA 2P9NB 1Y64A 4H5NA 3L4IA 1DKGD 3UKRA 3G25A 4JD2B 3VGLA 1JCGA 3IMXA 1QHAA 3BP8A 4JHDA 3UKUB 1DEJA 4DB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RHKA 4CFCA 2VGNA 1IBLK 1RCHA 1NGDA 3RMCA 4MLEA 2DTUA 3DXKB 5AR0A 2YHBA 3OYFA 3CFOA 3JYTA 4I6MB 3AVCA 4BVPA 1BHLA 1EP4A 1NU0A 4JI1K 1HR0K 4L8RB 1G99A 1TKXA 1U48A 3ENBA 4B1YB 2HSTA 3OW2M 3JXUA 1KXPA 3CFRA 1SL1A 3KLEA 4Z0UA 3CCRN 4CJQA 4LF7K 3NVKA 5BREA 4JI7K 2KTQA 3VETA 2D5RA 4DTSA 4YOTA 1NOYA 3AO4A 1HJOA 1MA9B 4NO7A 2OPSA 2VG5A 1RBUA 3CMAN 4CJPA 4M7XA 2O8CB 3MWTA 1YITN 1OVQA 1YI2N 3DYAA 4GNIA 3DOLA 4ELTA 4H5VA 3O08A 2FBTA 1RT4A 3TI0A 1JLQA 1J5OA 2CH5A 3BZCA 1U2VA 4DSLA 1NWKA 4EHTA 5C42A 4R79A 4HVJA 2ZD1A 1JXEA 2ZJQL 3SMPA 1JL2A 3NH1A 3HSTB 2XY8A 4FW2A 1JKHA 3LWMA 1VQ7N 4DSJA 1NJYA 5KPTA 1BO5O 3ZT3A 4EHUA 2HMIA 4PKGA 2E1ZA 1Z05A 2V51B 3DLHA 3CJCA 5E84A 1SKWA 3H1VX 4NB4A 2R7YA 1VQNN 2ZWHA 5DMRA 4DSKA 3HVRA 3CQYA 4RW6A 1RFQA 3FGUA 2O8DB 3M5RA 4IBNA 1J5EK 2P9LA 3SJHA 5EU7A 3GOIA 4K0KK 2W42A 5KGXA 1UWBA 4CHYA 3SPZA 4BDYA 4FWOA 1RTIA 1KRPA 4B3OA 4MQ3A 4IG0A 1X3MA 1TUUA 4QCLA 5EXWA 4CI6A 3O3HA 4DU3A 1VQ5N 5J2QA 1TKZA 5FRNA 5KPRA 1GLLO 3V9ZA 1HNXK 1G15A 4H0XB 4GMJB 4QS9A 1J53A 3PIPL 4AH9A 1ATSA 4K25A 4BC5A 4E7JA 3BZKA 4CZFA 1OH8A 4B1UB 1HYVA 2O8EA 1K8KA 4KV8A 4YOXA 2X6SA 1VSJA 1QSYA 1N32K 4CHZA 2Q36A 1XWLA 3OS0A 3O1WA 4NCGA 1NOZA 1HNZK 4Q0BA 3U6FA 1HYSA 3LP1A 4B9VA 2GWJA 3TTFA 1ZBHA 1RBSA 3CJ9A 1B9FA 1HYZA 3BF1A 2EWSA 3MEDA 4IEEA 4HCBA 3C0BA 3W0LA 1M1KO 2E1YA 4GVEA 2UUAK 4CZMA 2VWKA 3LP0A 3A5LC 3DXMB 3DOKA 4H03B 3H08A 1HNWK 1CLQA 4YOVA 3DI6A 1HNVA 2RKIA 3RMDA 5J2NA 4DV3K 4O0IA 5F0XA 4M45A 4RW4A 2O4IA 4JI2K 4CW7B 2OZSA 3QBXA 4OO1J 2YV0X 5AZJA 3LDOA 3R9PA 3CYMA 3ZCMA 3QEXA 1KLNA 2UXCK 3NDKA 1VSFA 2HF3A 2O8FB 2KLAA 3RVCA 4JKHA 1GOBA 5LY3A 3ZT4A 5HLFA 4ID1A 3TARA 4CJ7A 1BOTO 1VQON 4KH4A 4A5BA 4CVNE 1A5VA 1KAZA 2IVOA 3LDSA 2D4WA 5SZTA 2AP1A 2OA8A 2Q1NA 4CJSA 5GAGP 4GKJK 1S1VA 1NMNA 2IGIA 3LDNA 3O9QA 1I94K 1Q9YA 2H3GX 2G8UA 4DF8A 1FXXA 4EP4A 1EWQA 2HVIA 3MN9A 3PX4A 1K6YA 4DV6K 1U47A 1Z25A 3SUOA 4UY8O 1RBTA 2D0BA 5AQWA 4E7IA 3SQ1A 3ZSOA 1I3AA 3O9UA 5J2PA 3KJVA 4WQ4A 4OLAA 1XNRK 3VMFB 3CJ1A 1T6CA 2B5JA 1IH7A 3IS9A 3QINA 4BR7A 4BC3A 1DTQA 5CZ2A 3KLHA 1C1AA 1TK0A 5M1FA 1HX1A 3JS6A 2D0PA 4B9MA 3SAGA 3SQ4A 3ULEB 2NLXA 3THWA 2GV9A 4PA1A 3HOTA 4DR1K 1BCMA 2KZMA 1HQEA 4JS4A 3A0IX 4BRCA 4C1NI 4AHCA 2P9SA 4F2SA 2UXBK 3J7YP 4KB0A 3OYJA 5AQQA 3V9UA 1U45A 1C0FA 3K2PA 2RE2A 4DCHA 3KWIA 4FJ7A 5FLXO 1KCFA 3MN6A 1C1BA 1LOTB 3AVGA 4L3QA 4JEPA 3RMBA 1CZBA 2BTFA 1V4SA 4CF1A 5JVHL 4E3SA 1CXQA 3FZMA 1NLVA 3WXIA 2EX3A 4JI3K 3TU5A 4DSEA 4A2AA 2BGGA 3WQTA 3DLBA 3AA3A 5E41A 2Z1GA 1N33K 2GWKA 2Q97A 5J2MA 3AO5A 4O8KA 3NH0A 3PO4A 4BRHA 3SLCA 3S41A 1ATRA 1UA0A 1KTQA 4LD0A 3TPQA 4N41A 1Q81O 3S3MA 2HHWA 3HVTA 1ZBLA 4ILGB 3SQ0A 1NGHA 1HPZA 3O6WA 4LF4K 4W5QA 1Q9XA 5ELZA 1SS6A 3M3ZA 1NGEA 3O9TA 1D8YA 4BR2A 3MK6A 2NZTA 4J2AA 3NE6A 2D0AA 2UU9K 4YY3K 1VQ6N 2W6LA 2OPRA 3G4SN 4E19A 2A1RA 2HNDA 3OYNA 5LMUK 3VQEA 2NRXA 2GUPA 1QZ6A 4NCAA 2NRTA 3D2EB 4FJLA 4FCYA 2DFHA 1YXQA 2GBZA 3DJCA 4DF4A 4EZ9A 2NRRA 5AQXA 4FJGA 1LW0A 2X78A 1JLEA 1IG9A 2IVPA 3QBWA 3A8YA 4DS5A 1HKCA 2HNYA 2Z1IA 1SV5A 3LDQA 4KHYA 4IFYA 3BGRA 4XEIA 3L2QA 4FZYA 4OPHA 1BI4A 5BRFA 4H0OA 1SKRA 3TR8A 1YIJN 3SYZA 1X9WA 1ITGA 1UA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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