4EP5A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
166
structure length
157
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLANALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 50
structure length 157
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep5A00
1ITGA 4DU1A 1NK8A 1LAWA 3LWMA 1L3SA 4CEEA 1BISA 2RKIA 2ETJA 3V9ZA 2G8WA 2VG7A 1ZBLA 3K5LA 3VQ5A 3ZT0A 4ICLA 3KK2A 4B9NA 4M41A 2ATQA 2AJQA 3LAMA 3SUQA 2XO7A 4CCHA 4F2SA 1IKWA 4PA1A 2RN2A 4CE9A 3OYMA 3ZT2A 1HYVA 4DTJA 3DLBA 1EXQA 1N6QA 4DQRA 4B9UA 3AA4A 2GBZA 2EHGA 2X74A 4I7FA 4YNQA 5HP1A 4OKEA 1SV5A 3EY1A 1S1UA 3KKRA 4CJQA 4JRPA 4IG0A 4H4MA 4M3WA 5FRMA 1S1TA 2Z1IA 4FJXA 2JLEA 1RTHA 1FKPA 3DLKA 3SPYA 1L3VA 1G15A 3HVTA 3U3YA 3VQCA 2YKMA 2X78A 4RG8A 3AA5X 1C1BA 4M45A 1KLNA 1I39A 4HVJA 4C8LA 4Z4GA 2F8TA 1WSHA 4CEBA 4CK2A 3KLFA 3OYLA 1O1WA 4CIGA 4HHTA 3SZ2A 4DF8A 3QIOA 3PX0A 1BHLA 2G8HA 1JXEA 2HB5A 2HHQA 1NK5A 3DRSA 1U4BA 3HPGA 3S9HA 3E01A 4O5BA 2QKBA 4CGDA 1EP4A 4CHQA 2DFEA 1A5XA 3LAKA 4CJEA 5FDLA 4DTMA 1SUQA 4FJ5A 1B92A 2A1RA 4FZZA 4CECA 1C1CA 1JXBA 3SQ4A 1SL1A 2XY6A 1RT4A 4CF9A 5C25A 1T8EA 4CJRA 4AILC 4RW7A 3L2QA 3K57A 4QOZB 4Q0BA 1JL1A 4CHOA 2XY5A 4DFPA 4EZ9A 1RDCA 3DYAA 1TGOA 4FZXC 4IKFA 1BIUA 4PWDA 1IG9A 1RCHA 4E0DA 3NGIA 3AVFA 4MQ3A 3VA0A 3TWHA 4CGGA 2G8UA 3LP2A 4CHNA 3NBPA 1FKOA 3OYIA 2GV9A 2O4GA 3BGRA 1NK9A 1TK5A 3K59A 3RRHA 3SUPA 4FJ7A 3HSTB 2HMIA 4OKKA 3V1QA 4IFVA 4CIEA 1U47A 3CQ8A 4CEFA 2HHXA 1QHTA 1NJYA 1RBUA 3AVJA 4N5SA 1KRPA 4CFBA 3CG7A 2PZSA 5KGWA 3LZJA 4ID5A 4FLWA 3O4QA 3PY8A 1RT5A 3NH1A 3AVAA 3RMAA 1Y97A 2FBYA 1JLGA 3VQ7A 4FLUA 3VQ8A 3HPOA 4XIUA 4O4GA 5CYQA 1WN7A 3AV9A 3NGZA 5I3UA 4BDPA 1LWFA 2HHVA 3ZSXA 4C8KA 4RW8A 2E6LA 4DTRA 4DQPA 4DSIA 4JS5A 4KHUA 4I2PA 1RBVA 2BANA 1VSEA 1J9AA 3OYFA 4BDZA 4ZTJA 2VWKA 1C0UA 5E41A 2Z1JA 1FK9A 3AVLA 1BI4B 2LSNA 1F21A 3QEVA 3HXMA 3PV8A 1WSGA 3UIQA 4NCBA 3AA2A 4OPKA 4CHPA 2D0BA 4DLGA 1X1PA 3KLEA 3LZIA 3SUNA 4KHQA 1VK0A 4AHCA 2KZMA 3L3UA 4DSFA 1WSEA 2HVIA 1BQNA 5FROA 4F4KA 5JS2A 3VA3A 3B6PA 4C8MA 1HJRA 3SV4A 3KIOA 3MECA 3KKSA 3S3NA 1LWCA 3NF7A 3AVBA 3NF8A 4EP4A 3QEXA 1NKBA 4HCCA 3KK1A 3HYFA 2HHUA 4F3TA 2B4JA 4B9VA 2XY8A 4CJTA 1EETA 2G8VA 1NJZA 1WAFA 4H8KA 4Q5VA 4FM1A 4I9LA 1C0MA 4CK1A 3F73A 4DQSA 3WNEA 3QEIA 3I0SA 2OA8A 3OYKA 4KB0A 3L2UA 1KSPA 2WONA 4K8ZA 4FK2A 3OJUA 4W5OA 4BDYA 4CGHA 4CJVA 1DTQA 3QEWA 1HNVA 3QNOA 4FJHA 1SKWA 2KTQA 4FJ9A 3OYHA 4ELVA 2FBXA 1BGXT 2WOMA 2G8FA 4KTQA 1GOBA 2XRIA 1NOZA 4KAZA 5T7BA 3SJJA 4Z4CA 4LY7A 2Y1IA 2FBVA 4Y1CA 4J2BA 4PQUA 1HMVA 4E19A 4HUEA 1NOYA 3MXIA 2RF2A 3TAQA 3RRGA 3QETA 1TAUA 4C8OA 1RT1A 1HYZA 1WNSA 3QINA 4E7LA 4WE1A 3L2VA 1BL3A 1TKDA 3BDPA 4FVMA 4CJ5A 5I42A 4DS4A 3SUOA 3L2WA 4DSLA 2HNDA 4CEDA 2D0AA 4GMJB 1Q8IA 1RBSA 4IFYA 1T03A 4NCAA 4KRFA 4CF8A 4UQGA 4FLTA 1RBTA 1UWBA 2RPIA 4M3XA 4DLEA 3LDSA 3QESA 1BI4A 4QAGA 3ULDA 3HK2A 3M8RA 2HW3A 1U49A 3VQ4A 4MFBA 1BQMA 1ASUA 1JLCA 3T1AA 3HP6A 4F8RA 4DSKA 1RT7A 2YV0X 4L8RB 5HRRA 3T19A 4CHYA 2IGIA 2Z1HA 3KLGA 1T7PA 4FLYA 4EZ6A 2DY4A 4Z4EA 2E4LA 2G8IA 4FK4A 1UA0A 4M3UA 3O3HA 2VG6A 3PO4A 4J2DA 3CFPA 3TAFA 3TI0A 1JL2A 4CESA 2IC3A 1TV6A 4E89A 3RR8A 1LW0A 3V6DA 2IS3A 5HROA 1S1VA 1KFSA 4CJWA 3FFIA 5CZ1A 4CF1A 3L3VA 4HUFA 4BACA 4KI6A 5JS1A 3PX6A 1LW2A 2D0CA 2F8SA 3ISNC 1RILA 3PX4A 1ASVA 4G1QA 5J2MA 4FK0A 4B9SA 1J54A 3VQ6A 4F3OA 4PY5A 1L3UA 3KLIA 2JGUA 3OS0A 4CJFA 3ASMA 3OYDA 3EZ5A 4CJKA 4FJJA 3AVIA 3PO5A 3DLRA 4CEZA 4Z4FA 3TAEA 1RTDA 4CJ4A 2I5JA 3IRXA 3OYAA 3RR7A 4AHUA 2QKKA 4I9QA 3D45A 2HHSA 3ZT4A 4DS5A 3OVNA 4FJKA 1QE1A 4FW2A 3WNFA 3HL8A 2PYJA 4BE2A 4B08A 1U45A 3V81A 4O0IA 4DTOA 3AVCA 1BCOA 3LP0A 4FW1A 4RW9A 3VQ9A 4DTUA 1TKXA 1LV5A 1C6VA 1TKZA 3KLHA 3NHGA 1B9DA 3AO2A 5C42A 3T3FA 2HVHA 3NGYA 2P5GA 1C0TA 1TKTA 3C6UA 4AHRA 5KGXA 1TVRA 3ZT1A 1NK0A 4J2EA 1TL3A 4LH4A 3RTVA 2FC0A 1VRTA 4KO0A 1N5YA 3RWUA 1YT3A 4OGCA 4OLAA 4FJLA 1XC9A 2GUIA 1NK7A 2QXFA 1VSIA 1YTUA 1VSMA 3V9UA 3KD5E 4LH5A 3OYEA 3SV3A 4EP5A 1NKCA 4ID1A 3LPUA 3AVGA 3DLEA 3QIPA 4CJLA 1KCFA 3MEGA 4FJIA 2ZE2A 1ZBHA 4ELTA 3DI6A 3V4IA 3OYGA 1WAJA 3P83D 3ITHA 4HUGA 2OZSA 1A5WA 2KW4A 4OJRA 2IAJA 4LSLA 2R7YA 1XI1A 1J53A 1WSIA 3HM9A 1D8YA 1D9FA 3VQDA 3WNHA 3M8SA 1IO2A 1CXUA 4CEAA 2XHBA 1U48A 1S6QA 1L5UA 3U3GA 1TK8A 5D3GA 4DSEA 4DFJA 3RMBA 5EU7A 5KTQA 1ASWA 1RTIA 3VQEA 2KFNA 3AVKA 1CLQA 3V9SA 1VSLA 3I8DA 3VQAA 3L2RA 4J2AA 2YNHA 1TL1A 1GOAA 4AHTA 1UA1A 4I2QA 3S3OA 3HT3A 1QSYA 3NF6A 2P51A 3AVMA 1JLQA 3K5OA 2X6NA 1UOCA 4DQQA 1YTAA 3DRPA 4CJPA 4H4OA 1RNHA 3HJFA 3NH0A 1S1WA 5KRTA 4M3TA 4ZHRA 3DLGA 2BDPA 2VG5A 4CEQA 1X9SA 4LD0A 3NE6A 1YVUA 2DTUA 4AHVA 4YFUA 2QK9A 3SPZA 4CIFA 4OLBA 2BE2A 4B8AB 3TR8A 2ITGA 1S1XA 2OZMA 4HTUA 3NF9A 2YHBA 1CZBA 3JYTA 3L8BA 1KFDA 4Z4IA 1GOCA 3M8QA 4CFAA 3O3FA 3U6FA 2OPSA 3V9XA 3QEPA 4ELUA 4B3OA 5CYMA 3HVRA 3TAPA 1A5VA 3NFAA 3IAYA 4N41A 3G10A 4HCBA 4KHWA 1HPZA 4W5QA 4QCLA 3RMCA 1QS4A 4IBNA 4N56A 1KTQA 3ZSQA 3WNGA 3ZSRA 2P5OA 3LPTA 3JSMA 2HNZA 3D0PA 3VQPA 1QSLA 3V1OA 4B8CA 1Z25A 4DF4A 3IS9A 3OS2A 3ZT3A 1HYSA 1FXXA 5SWMA 4O55A 2G8KA 1J5OA 2KFZA 2P1JA 4KTZA 1WSJA 1DTTA 4FJGA 4DFMA 4DTXA 1BCMA 1IKXA 3I0RA 3SNNA 1U04A 4RW4A 1QTMA 5FRNA 3LWLA 5J2PA 2KQ2A 4DWIA 3ZSZA 3NAEA 3O3GA 1VSHA 5HRPA 4W5TA 3RMDA 1NJWA 2X6SA 1KVCA 3C6TA 1JLBA 3DLHA 4KREA 3P1GA 4FCYA 2HNYA 4KFBA 1ZBUA 2NUBA 4ZTFA 3ALYA 1KVAA 1KLMA 3CFRA 4DSJA 4OGEA 3TANA 4M42A 3ZSVA 2BGGA 2A1SA 1IKVA 4CK3A 4AH9A 4FLZA 3OYCA 2ZQBA 2PYLA 4KHSA 4JLHA 1Q9XA 1LAVA 3MAQA 4JRQA 3CFOA 3DRRA 1MU2A 2XY7A 3H08A 3KTQA 4DU4A 1DLOA 1S9EA 3AO1A 4GW6A 2HHTA 2YNIA 4CJSA 1CXQA 1KVBA 3A2FA 3VQQA 3MEDA 5J1EA 4DU3A 2B5JA 4CJUA 3OY9A 2DFFA 3TAGA 4BE0A 1Z26A 1B9FA 3F9KA 2YHAA 4O44A 1WSFA 2IDOA 4OPJA 4E7IA 1JLFA 3ZSOA 3M8PA 1LWEA 3G0ZA 4M3ZA 3ZSWA 4M3RA 4FJ8A 3MXJA 4IDKA 3OS1A 4BE1A 4W5RA 4TSXA 5HBMA 3LALA 1SKSA 3OYJA 3V9WA 4AHSA 4LSNA 1HNIA 5K14A 3DOLA 3IG1A 1JLAA 3KK3A 1TK0A 1SL0A 3DMJA 1X9WA 1HRHA 1S9GA 4E7KA 1VSDA 3AO3A 3C94A 3K5MA 3QERA 4CFCA 4CJ3A 2W42A 4FLVA 2Q3SA 3TARA 4E3SA 4NCGA 4GVMA 1I3AA 1IKYA 1HQEA 4E1MA 3DM2A 4E1NA 4FLXA 4K8XA 4DTSA 2EX3A 3OJSA 2ZD1A 3CYMA 4CGJA 1W9HA 3DOKA 3VQBA 4Z4HA 4CF2A 1RT3A 3TABA 3P5JA 3SCXA 1SL2A 2OYQA 1BIZA 1D5AA 1XHZA 1RT2A 2E6MA 4DFKA 3PUFA 5J2NA 3TAMA 3AVNA 4NYNA 4C8NA 5KRSA 4FM0A 4FZYA 2FBTA 3C95A 3HPHA 1NJXA 4JS4A 5CY4A 4BWJA 1VSJA 1W0HA 4CERA 4R5PA 1S6PA 2HHWA 4B9TA 3SQ1A 1VSKA 1ZYQA 4F2RA 4CEOA 4Y1DA 4N47A 4BWMA 2IOCA 2VWJA 1HQUA 4NYFA 4DTNA 3AO5A 4DG1A 2PY5A 4FJNA 4FM2A 3HO1A 4RW6A 3VN5A 3CM6A 1XWLA 3ZSYA 3EYZA 1REVA 5HRNA 3AO4A 3K5NA 3QNNA 1RDAA 1S5JA 3NH2A 4DMNA 1X9MA 1L3TA 1VRUA 3O4NA 3CM5A 4OVLA 3LANA 2Y1JA 1JLEA 1CZ9A 4KTWA 3KJVA 1QQCA 4KHNA 2O4IA 5HRSA 5DMRA 3ZCMA 1IH7A 4FYDA 1Q9YA 4KKOA 3THVA 1TAQA 4DQIA 2YNFA 4KI4A 1C1AA 4B9LA 1K6YA 1RTJA 1ZBFA 1T05A 1UAXA 2OPPA 4KHYA 2D5RA 1NK6A 1RDBA 5J2QA 3K2PA 1EX4A 3MXMA 4CGIA 1EKEA 3LP3A 1NK4A 5KI6A 2DFHA 4CHZA 3KD1E 3QLHA 1ZBIA 2OPRA 4CF0A 4KB1A 4KV8A 5SZTA 1RBRA 1XHXA 4B9MA 3K58A 5C24A 3NDKA 3QO9A 4E7JA 3LP1A 3AA3A 4O0JA 3SI6A 2F96A 4IG3A 4DTPA 3NCIA 4CGFA 2YNGA 5DK5A 3OYNA 4KPYA 4N76A 1QSSA 1JKHA 3AVHA 5CZ2A 4W5NA 3V1RA 4Z0UA 3SQ2A 3MEEA 4CFDA 1RT6A 5HLFA 2YKNA 3S3MA 1VSFA 1NKEA 1SKRA 3OYBA 1WLJA 4M3YA 3HP9A 3SYZA 3SQ0A 4OKJA 2OPQA 2B6AA 1R0AA 2Z1GA 3B6OA 4FJMA 1RDDA 1D9DA 4PUOA 4FXDA 4E7HA 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ITGA 5LMUK 5JLHA 5AJ3K 2VG7A 5DM6L 1ZBLA 1E3MA 1T44A 4H5VA 5AQVA 4JKGA 3EKUA 3VQ5A 3ZT0A 4B9NA 4M41A 2AJQA 2JWLA 1R59O 4F2SA 3U4LA 1IKWA 2RN2A 4CE9A 2OTJN 1Y64A 3ZT2A 4DTJA 2F9TA 3DLBA 3SLCA 4B9UA 2EHGA 2X74A 4I7FA 5HP1A 2UUBK 5FRMA 1HKBA 4FJXA 1XNRK 1RTHA 3SPYA 3U3YA 4DV1K 2HSTA 2D0PA 1KLNA 1VQLN 2FF3B 3TU5A 1NGJA 2F8TA 4HHTA 3MWPA 3TTFA 1BHLA 1JXEA 2HB5A 4IJAA 5F2RA 1EP4A 2DFEA 1A5XA 3JS6A 4FWPA 4K0KK 4JI1K 4FJ5A 2ZGZA 4XEIA 1C1CA 5H1SQ 3C7NB 2UU9K 4QOZB 4CHOA 3VEOA 1DEJA 1BIUA 2O8BA 1IG9A 4E0DA 2ASMA 1G99A 3AVFA 4MQ3A 3VA0A 4CGGA 4BR9A 4GY2B 1DKGD 3DJCA 1FKOA 2O4GA 3DWLA 2O8FB 3HSTB 2HMIA 4CIEA 4CEFA 3H3NO 4IEIA 2YJFA 1KRPA 3P39A 2HBMA 3LZJA 1VQON 5LJWA 3O4QA 1S22A 3WXKA 3NH1A 3RMAA 3CCMN 1ATSA 2FBYA 3CCRN 3VQ7A 5C10A 5AFUA 4CD3A 5CYQA 3NGZA 1WN7A 3NVKA 4YORA 4HWIA 3WQUA 4KHUA 4DTRA 4JS5A 4I2PA 3KK7A 1VSEA 1J9AA 3OYFA 4BDZA 1C0UA 1FK9A 4QS9A 1F21A 3VEYA 3UIQA 4NCBA 1J5EK 4DLGA 3EKSA 3O1WA 3C6HA 3LZIA 4KHQA 4AHCA 2KZMA 3L3UA 5FROA 3H6EA 1Z05A 3B6PA 3KIOA 3AVBA 3NF8A 2ZJRL 3PSFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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