3P83D

Structure of the pcna:rnase hii complex from archaeoglobus fulgidus.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
SPEFPGRLMKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQKTLDDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna binding protein
molecule keywords DNA polymerase sliding clamp
publication title PCNA directs type 2 RNase H activity on DNA replication and repair substrates.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 78
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence E, F
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p83D00
3KKSA 1NK4A 4CFDA 4Z4IA 1IKYA 2X6NA 1X9SA 1BIUA 3RRHA 4XIUA 2XY6A 4O44A 4CGJA 3ZSQA 2HVHA 3VA3A 3O3GA 1A5VA 3NAEA 2F8SA 1NK6A 4AHUA 2HHUA 2JLEA 1RTJA 5JS2A 5KGXA 3K57A 2ATQA 5J2QA 1J53A 1Q8IA 4CFBA 2I5JA 1CXUA 2YKNA 3S9HA 4DTSA 3SPYA 1J9AA 2B6AA 3KKRA 4Z0UA 3V1QA 3L2RA 1S1TA 3PX4A 2A1RA 3AVJA 2Y1IA 4CHOA 3AV9A 5C25A 1RILA 2Z1HA 4FLYA 4DFKA 4F4KA 4DTUA 2OPRA 1HQEA 4J2DA 4E1NA 1A5XA 4CFAA 3OJSA 4Z4CA 4BE1A 1U4BA 4M45A 1RBRA 3O4QA 2Z1IA 1ASVA 3EY1A 2XY5A 1Q9XA 4J2BA 4KRFA 2GV9A 1YT3A 3FFIA 1LV5A 3QEWA 4Z4EA 4CK1A 4RW6A 1KVBA 4CJTA 3AA4A 1EX4A 1RTIA 3U3GA 5J2MA 3U6FA 2XY7A 3ALYA 5I3UA 1WAJA 3HSTB 3M8SA 1U48A 2Y1JA 3V1RA 3SQ0A 2WOMA 4EZ6A 4FJ8A 1YVUA 3AVNA 3QESA 3SUOA 3V6DA 1HJRA 4NYFA 2O4GA 4RW7A 3CM6A 1WSHA 1JXEA 4FCYA 2D0CA 3AVCA 2P5OA 1ZBIA 4CHNA 2GUIA 3CQ8A 4CCHA 3AVLA 3VN5A 1SKRA 1TL3A 3CFOA 3OYNA 1XI1A 4FLTA 4CGIA 2Q3SA 3HPOA 3L8BA 4GW6A 1KLMA 3OS1A 1EXQA 4I9LA 3V9WA 3HP6A 1DLOA 3OYEA 3K2PA 3B6OA 4CIEA 1LAWA 1VSFA 3MEDA 3T19A 3I8DA 4ELTA 3MXMA 4OKEA 4BACA 1TKXA 1SV5A 3DLEA 3T3FA 3QERA 4B9VA 4IFVA 4NCAA 2F8TA 4CJPA 4CESA 4CEFA 1NK9A 1K6YA 3L3UA 3VQCA 2FC0A 4M3RA 4Z4HA 3KK3A 4NYNA 1BL3A 4Y1DA 4F3OA 4FJMA 4IBNA 2YHAA 3QNNA 3UIQA 4M3YA 2DFFA 1WSJA 4QOZB 2P1JA 3K5OA 2RN2A 4FJ7A 4CEOA 2BDPA 2IC3A 1JLAA 4FJJA 4GVMA 4AHTA 1U45A 3NGZA 4PWDA 5T7BA 4AH9A 4E7HA 4DTPA 4KAZA 4M3WA 3LWMA 2QK9A 2YNGA 2IGIA 4CJSA 1SKWA 1W0HA 1JLFA 3WNFA 4CE9A 1X9WA 1LW0A 1RT3A 5KRTA 1TK0A 1WN7A 1B9DA 1LAVA 4CFCA 4RW9A 4DMNA 1QTMA 4Z4GA 5KRSA 4PUOA 3LP0A 3DOLA 4OGEA 3OYFA 1HNVA 1ASUA 3WNHA 3VA0A 4UQGA 4QCLA 1RDAA 3AVHA 3PO4A 4JS5A 3ULDA 3NFAA 3TAGA 4CJEA 4FLZA 3K58A 2ZD1A 1ZYQA 3ZT4A 3S3NA 1F21A 1JKHA 4HVJA 1HPZA 1C1CA 4DSIA 4CK3A 4G1QA 4DTMA 4B9MA 3CG7A 3TANA 2VG7A 4BDZA 3P83D 4KV8A 3SYZA 2YV0X 3P5JA 3ZSVA 4IDKA 1IH7A 2XHBA 1ZBLA 1KSPA 4ICLA 4LH4A 3OYHA 4FJ9A 3KLFA 3LZJA 1RT6A 2IS3A 4DU1A 4E0DA 2E6MA 4YFUA 3SQ4A 3RMDA 1VRUA 3AVBA 3OYLA 2OYQA 3TAPA 5E41A 1C0TA 3QNOA 4LH5A 1NKCA 2O4IA 3RR7A 1I3AA 4O55A 3KD1E 3G10A 4ID1A 5D3GA 2X78A 2E4LA 1JLQA 1T8EA 1RTDA 3LP2A 3RMAA 3NH2A 1UOCA 4PA1A 3NH1A 2IOCA 1YTUA 3ISNC 3LP1A 2FBXA 1IG9A 3CFRA 3VQEA 4DTJA 4FJKA 3DRPA 3OJUA 2OPQA 2ZQBA 3L2UA 2P5GA 2PZSA 3OS0A 1RCHA 1RT1A 4EP5A 4CK2A 4W5RA 4ZTJA 1QSSA 4DQIA 4M3UA 3CM5A 4DFJA 3KK1A 3V81A 3C95A 1XHXA 1DTQA 3VQ9A 1IKVA 2PY5A 1C0MA 4OLBA 4J2AA 4CIGA 4CJRA 1U04A 3SJJA 3DLKA 2QKBA 4E89A 4FVMA 2R7YA 2KTQA 4W5QA 3KTQA 1RDCA 3VQAA 1C0UA 4JS4A 1Q9YA 4FJ5A 5DMRA 1G15A 4CHQA 4FM0A 1L5UA 4DS4A 2HHXA 4M3TA 3K5NA 5SWMA 1TKTA 3SUPA 4N41A 3HXMA 3TAQA 5C42A 3OYAA 4K8XA 1LW2A 4CJQA 4JRQA 4C8OA 1KFSA 2IDOA 4BDPA 3RR8A 2XRIA 3DOKA 3OVNA 2RF2A 1TAQA 3P1GA 1FXXA 2AJQA 3TR8A 4DF4A 4DF8A 4HUFA 4E1MA 2BGGA 4Z4FA 4CGDA 1REVA 1QSYA 2RPIA 2YNFA 1RDBA 2FBTA 4EZ9A 3HP9A 2G8VA 3OY9A 1IKWA 1NK5A 4CGFA 1MU2A 2GBZA 5HRPA 4FZZA 3L3VA 4W5OA 3QEIA 2OPSA 2B4JA 1VK0A 3M8RA 4IG3A 4HUEA 1GOBA 2X6SA 3NCIA 1N5YA 3PX0A 3KIOA 4CECA 1TK8A 1L3VA 3QEPA 5HRRA 4HUGA 1O1WA 3L2WA 4DWIA 4CF8A 4JLHA 1UA0A 1TGOA 1L3SA 1NOZA 4CERA 3HYFA 5SZTA 4FZYA 1HYZA 1TL1A 2XY8A 3NF8A 3VQ6A 3SV3A 4BDYA 1ITGA 1T03A 3NE6A 3AVIA 1NK8A 1A5WA 1C1BA 1WSGA 3VQ5A 4AILC 3C6TA 3SUNA 4FJNA 1VSEA 1JLBA 1WNSA 4OPKA 1RNHA 5CZ1A 1QQCA 3LP3A 1VSIA 2W42A 3LWLA 2OPPA 2WONA 3SV4A 5JS1A 4DFMA 4O0JA 4B3OA 1QS4A 1RBSA 5KTQA 4ZHRA 3ZSRA 3K59A 4M42A 2KFZA 4BE0A 1BCMA 1TVRA 1NKBA 3AO5A 1T05A 1S9EA 4N56A 1GOCA 1D5AA 1RDDA 3BGRA 4I2PA 2KQ2A 4E19A 1NK0A 2G8UA 3PO5A 1RT7A 3QLHA 3MAQA 4ZTFA 1VSLA 2D5RA 1EP4A 3MEGA 3VQ8A 4CF9A 3AA5X 1RT2A 2OZMA 1HYSA 2HVIA 2VWKA 4KHNA 1WLJA 2JGUA 1VRTA 4Y1CA 1KVCA 4DG1A 5HP1A 4CJ5A 3D0PA 1RBTA 1IKXA 3ZCMA 2XO7A 3PV8A 4C8KA 1EKEA 1TK5A 5J2NA 3VQDA 4GMJB 1BISA 1FK9A 4OPJA 4DQQA 4KPYA 4KHQA 3NF6A 4CJUA 5CYMA 2NUBA 4E7JA 5CYQA 1U49A 1LWEA 3PX6A 2OZSA 1J54A 3SNNA 1RBVA 3TAEA 1HYVA 4WE1A 3VQPA 4IFYA 4W5NA 4DU3A 1KVAA 3VQ4A 4KFBA 2KZZA 4FW2A 1T7PA 5HBMA 3NGIA 3RRGA 1SUQA 3AVFA 3ZSXA 4DSFA 2HNDA 1R0AA 1J5OA 3V9UA 4CGGA 1NJZA 4KHUA 4KHYA 3DLGA 3SPZA 3NF9A 1WSIA 5HLFA 1NK7A 5KGWA 4CJWA 4CF2A 2HNZA 4QAGA 5KI6A 4FW1A 3JYTA 3KLGA 3HVRA 1WAFA 3ZSZA 4DTOA 3QEXA 3AO2A 3THVA 4DSLA 3NBPA 4FJIA 4BE2A 4KI6A 1BQNA 4KO0A 4M3XA 4FLUA 1CLQA 3T1AA 3M8QA 3HVTA 3AA2A 4CJFA 3H08A 3M8PA 1UWBA 3DYAA 1HNIA 3LAMA 4B8AB 3SUQA 1SL1A 1SKSA 4CF0A 3KD5E 3HJFA 3AO1A 1VSJA 2YHBA 4M41A 4Q0BA 2KFNA 4PY5A 3DLRA 4KI4A 3AVMA 2EX3A 1S1XA 1S9GA 1LWFA 1VSKA 3IS9A 3LALA 4AHSA 4BWJA 4CEDA 4DSJA 1S5JA 1BI4B 4E3SA 4ELUA 2X74A 4L8RB 3MXIA 4IG0A 4AHVA 1L3UA 3K5MA 5CZ2A 4LSNA 4MFBA 4E7LA 4CJVA 2ZE2A 3SQ2A 4OJRA 4DSKA 1WSEA 4KREA 3ZSWA 2YKMA 3IRXA 3OYKA 1BI4A 3CFPA 1UA1A 1N6QA 1YTAA 3RWUA 1NJWA 2HHQA 5DK5A 3AO3A 1S6QA 4KHWA 4ID5A 5HROA 2QKKA 4B08A 1RT4A 4F8RA 4HHTA 4NCBA 2F96A 3I0SA 4R5PA 3HK2A 1Z26A 4FJGA 1BCOA 3AVKA 2Z1GA 3BDPA 3OYGA 3HL8A 2G8WA 4FK4A 3QEVA 5HRNA 1ZBFA 4FK2A 2HMIA 3DRRA 3QETA 4B9LA 3V1OA 3E01A 3ITHA 3MEEA 2G8FA 3CYMA 3TWHA 4O5BA 4BWMA 4DTNA 3VQQA 3NHGA 1ASWA 2D0AA 4CJLA 4DFPA 3NF7A 5I42A 2YNHA 1RT5A 4CJ3A 2DFEA 3OYJA 3SQ1A 1BQMA 2VG6A 1KLNA 4FLVA 2A1SA 1RBUA 4FLWA 1S1UA 1QHTA 4E7KA 3A2FA 4I7FA 1JLEA 3NGYA 3ZT0A 4KTWA 2E6LA 1NOYA 4FXDA 1RTHA 4J2EA 1Y97A 3LAKA 4CIFA 3HPHA 4DLGA 2RKIA 3S3MA 3RTVA 1VSMA 3LANA 4RG8A 2PYLA 4FJHA 4DQPA 1C6VA 3ZT1A 2YNIA 5C24A 3VQBA 2OA8A 1HQUA 1CZBA 4YNQA 5CY4A 3OYDA 3K5LA 1NJYA 3AVAA 2G8HA 1TV6A 4F2RA 4CHZA 4M3ZA 3SZ2A 1HRHA 1I39A 1KTQA 2DTUA 4CEZA 3HO1A 3C6UA 4F2SA 3V9SA 4KTQA 1B92A 3QIOA 4KKOA 3TABA 1KFDA 5HRSA 1KRPA 3D45A 3AA3A 3ZT3A 1XC9A 4JRPA 3AO4A 3QO9A 4CHYA 1QSLA 4FZXC 5FROA 4B8CA 2G8IA 3KLHA 3TI0A 3MXJA 4DSEA 4C8MA 3EZ5A 1X1PA 2ETJA 1DTTA 4FLXA 3S3OA 4FK0A 4OLAA 4CHPA 4N76A 4FJLA 2LSNA 3L2VA 1FKOA 2Z1JA 4OGCA 1B9FA 4CEAA 4C8NA 3NDKA 2P51A 3OS2A 2KZMA 1TAUA 4B9UA 3KJVA 1WSFA 4O0IA 1JL2A 1QE1A 3OYMA 3V9ZA 2PYJA 3B6PA 4HCBA 4LD0A 3U3YA 3TAFA 1S6PA 4RW8A 2HNYA 4IKFA 2G8KA 5J1EA 4KB1A 4CF1A 3OYIA 3V4IA 4MQ3A 3RMBA 4PQUA 4I2QA 4K8ZA 1ZBHA 3KLIA 1X9MA 4B9SA 3LZIA 4KTZA 4FJXA 2HHTA 4H4OA 4AHRA 1S1WA 3HPGA 3QINA 4NCGA 3MECA 4KHSA 1S1VA 1NKEA 3F73A 3ZSYA 1VSHA 1C1AA 3WNGA 4CEEA 3EYZA 3DLHA 1GOAA 3JSMA 2HB5A 1D9FA 3SCXA 5EU7A 3TAMA 4CEBA 3OYCA 4AHCA 3G0ZA 4KB0A 4CJKA 2KW4A 4N47A 4Q5VA 4C8LA 1VSDA 4CGHA 2EHGA 1NJXA 1JLCA 3LPUA 4OVLA 3QIPA 2BE2A 1IO2A 2B5JA 3LPTA 2QXFA 2DY4A 1Z25A 3V9XA 1W9HA 1D8YA 1BIZA 4DTRA 4EP4A 3DI6A 3ASMA 4B9TA 4FM1A 3O4NA 3KK2A 4DTXA 4I9QA 1TKZA 3HM9A 3O3HA 1FKPA 4DU4A 4DS5A 3DMJA 1SL2A 4FM2A 3ZSOA 2HW3A 1JXBA 3I0RA 4FYDA 4H8KA 3PY8A 3O3FA 3IAYA 3L2QA 3IG1A 3NH0A 3KLEA 4TSXA 4LY7A 5FDLA 4DLEA 2FBYA 3DM2A 4N5SA 1TKDA 1JLGA 5FRMA 2VWJA 1EETA 1BHLA 1HMVA 3WNEA 4CEQA 5J2PA 2HHVA 4OKJA 3VQ7A 1CZ9A 5K14A 4O4GA 1SL0A 3DRSA 3TARA 3SI6A 3DLBA 4LSLA 4ELVA 2HHWA 4DQRA 4B9NA 3F9KA 1BGXT 4E7IA 3RMCA 4HTUA 4H4MA 1JL1A 2DFHA 4HCCA 2FBVA 1XWLA 1ZBUA 4W5TA 2BANA 3LDSA 2IAJA 1L3TA 5FRNA 3C94A 1CXQA 4OKKA 4DQSA 3HT3A 1UAXA 1D9DA 3OYBA 4RW4A 1U47A 2ITGA 1LWCA 4CJ4A 2VG5A 1KCFA 3ZT2A 1XHZA 3AVGA 2HHSA 2D0BA 4F3TA 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4IA 4FPBA 2CH5A 2X6NA 1X9SA 1BG3A 3BUZB 4O44A 3UKRA 3ZSQA 2YHWA 3VA3A 2ZM6K 3NAEA 1ZC6A 4K42A 5KGXA 4YDUA 2RE2A 4CFBA 2I5JA 1QVGM 3CCMN 4DTSA 1S1TA 1DT9A 4H5RA 1K8AO 1WOQA 5C25A 2Z1HA 4C1NK 4DV5K 1HQEA 3FR0A 4J2DA 4CFAA 4Z4CA 3E66A 2XY5A 4Z4EA 4CK1A 4RW6A 1KVBA 3TSQA 1OH8A 1EX4A 1RTIA 3KWIA 4FL9A 5JVHL 1U48A 3WT0A 4YDUC 1YVUA 3AVNA 5GAHP 4JKBA 3SUOA 4NYFA 5H1SQ 2P5OA 4CHNA 3AVLA 3ZYYX 1NBWA 2E2QA 4CGIA 3HPOA 3VGKA 1SAZA 3OS1A 1EXQA 1I94K 3V9WA 3B6OA 1GLBG 2VYPA 5AQUA 5GIPA 3MEDA 5AZIA 4OKEA 3VGLA 2CH6A 4B9VA 2F8TA 4JI3K 1VQ4N 1K8KB 3VESA 3BP8A 4JYAK 4CEFA 3ULEA 1K6YA 1XMOK 3KK3A 2FC0A 4M3RA 3J7ZO 4NYNA 1RDUA 3UIQA 2DFFA 3JXUA 1JCEA 4WQ4A 2RN2A 1HX1A 4LF7K 4A59A 4CEOA 4K41A 4BRIA 4GVMA 3NGZA 3WQUA 3LWMA 2QK9A 2IGIA 1VHXA 2HF3A 1NMDA 4JI7K 2Q0RA 5JICA 1B9DA 2A40A 4RW9A 4DMNA 4JI6K 1QTMA 4BRQA 4Z4GA 3DXMA 4LF4K 1NGFA 1MWKA 2O8FB 3WXJA 1HNVA 4H5WA 1ASUA 3U9DA 3WNHA 4ILGB 4UQGA 2Q36A 4IO8A 4JS5A 2E8AA 3ULDA 4FWRA 4FLZA 3K58A 4RTFD 4WQ4C 2ZD1A 1ZYQA 3ZT4A 1F21A 1S22A 2BUPA 3KK7A 1EWQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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