The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J81 O; 4DV0 K; 4DR3 K; 4X64 K; 2UXD K; 2UUB K; 2VQE K; 4JI3 K; 4AQY K; 1XNQ K; 5IT9 O; 2VQF K; 2UXC K; 1IBL K; 4DV6 K; 4DV3 K; 2UUC K; 1N33 K; 1FJG K; 1N32 K; 4LFB K; 4DR1 K; 4LFA K; 4JYA K; 4JV5 K; 4K0K K; 4JI4 K; 2UU9 K; 4JI5 K; 4JI8 K; 4X66 K; 4X62 K; 4JI7 K; 4DV1 K; 4B3S K; 1HNW K; 5AJ3 K; 4NXM K; 4DR6 K; 3T1H K; 4CVN E; 2HHH K; 4GKJ K; 4LF7 K; 2F4V K; 4LF9 K; 4X65 K; 2UXB K; 1XMQ K; 4DV4 K; 4KHP K; 1IBM K; 4GKK K; 2UUA K; 5LL6 Z; 4JI2 K; 1HR0 K; 5LMN K; 3OTO K; 1N36 K; 1IBK K; 3J7A P; 4DR4 K; 5A2Q O; 5FLX O; 4CW7 B; 4LF4 K; 5BR8 K; 4JI6 K; 1XNR K; 4LF8 K; 4DV5 K; 4DUZ K; 3J7Y P; 4JI1 K; 1N34 K; 3J80 O; 4B3R K; 2ZM6 K; 4YY3 K; 4V19 S; 4DUY K; 1XMO K; 5IWA K; 3JAM O; 1HNZ K; 4OX9 K; 4YHH K; 4DV7 K; 1J5E K; 4DR7 K; 4LFC K; 4NXN K; 2E5L K; 3T1Y K; 4B3M K; 4B3T K; 5LMU K; 4DR5 K; 4DV2 K; 1I94 K; 4LF6 K; 1HNX K; 4DR2 K; 4JI0 K; 4LF5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CG7 A; 3ZET B; 4DV0 K; 3I0S A; 2V7Z A; 4U7B A; 4FL9 A; 3SQ0 A; 1YJW N; 4DQ8 A; 4CF2 A; 3HRG A; 1QSS A; 1VSI A; 2Q0R A; 4IOX A; 3NGI A; 1EKE A; 3ZX3 A; 1BQN A; 1RIL A; 4BR0 A; 3KHY A; 3CET A; 4GY2 B; 4RG8 A; 4QS9 A; 3QBW A; 3QEV A; 4I6M B; 3ENB A; 5AFU A; 3ULE A; 1U6Z A; 3CMA N; 4FO0 A; 3CPE A; 4F8R A; 4A61 A; 3R1X A; 3UB5 A; 1KFS A; 1T3V A; 4Y1C A; 3HTV A; 3AA2 A; 5AZI A; 3WQT A; 2P9L B; 3MWT A; 4YDU C; 3G6E N; 3RR8 A; 4JI5 K; 3RMC A; 3V9X A; 5CE3 A; 3VGM A; 1MU2 A; 4CJ7 A; 4LY7 A; 5AQT A; 1VSL A; 5AQK A; 3OYM A; 4XEI A; 3U6F A; 4M7X A; 3O4W A; 4F2S A; 3AO4 A; 3VEV A; 3AVB A; 3VF2 A; 5JLF A; 4DV4 K; 1RGI A; 3G10 A; 4KHN A; 2P9U B; 2NRX A; 3ZSW A; 1IBM K; 3HPH A; 4HUG A; 2QWQ A; 1K8K B; 3ULD A; 2ZE2 A; 3AVF A; 4DSE A; 2KFZ A; 3TAM A; 3UE5 A; 3VQP A; 1GLJ O; 3ZEU B; 3OTO K; 3DYA A; 2XHB A; 1QTM A; 3IG1 A; 1E3M A; 3EKS A; 2E88 A; 2EX3 A; 3L4Q A; 2ZF5 O; 2RKI A; 5KI6 A; 1NOZ A; 3O3H A; 4YOR A; 4CZH A; 3QEP A; 2X6S A; 2NRR A; 2P9I B; 1QS4 A; 1VSD A; 3TTF A; 1U04 A; 2B4J A; 5F0X A; 1FKO A; 3KK1 A; 4JN4 A; 3ZSQ A; 3HVT A; 3OYE A; 1YT3 A; 4CIE A; 1C0T A; 4BRQ A; 1NJX A; 3JYT A; 2ZGY A; 3TAN A; 1U47 A; 3O6W A; 3O9R A; 1G15 A; 2JWK A; 1K73 O; 4DQR A; 3VES A; 3KK3 A; 1S1X A; 2GWK A; 5HOO A; 3NH0 A; 3KVG A; 3SUO A; 4FJJ A; 4M3W A; 1GLB G; 2VCP A; 3HO1 A; 4QOZ B; 2X78 A; 3MEG A; 1KFD A; 4MQ3 A; 1BGX T; 3IS9 A; 1U2V A; 3AVJ A; 1REV A; 5IT9 O; 3PX0 A; 4AHS A; 3OBY A; 4PA1 A; 3KLH A; 1WB9 A; 4FLU A; 2NNW A; 3HOT A; 4KRF A; 1UOC A; 3S9H A; 3K9J A; 1NGE A; 3HSC A; 3S41 A; 3V6D A; 1X9S A; 1NK9 A; 3JXU A; 3OYJ A; 1N8R O; 2XY8 A; 2HBJ A; 1YTU A; 3VER A; 1JLA A; 3FZM A; 4EHU A; 1K6Y A; 4ISF A; 1ATS A; 3PIO L; 3KLF A; 4DTO A; 2GTD A; 3KLI A; 3DXK B; 3AVH A; 5J2Q A; 4JI7 K; 3TSQ A; 5BRE A; 1QSY A; 2NRZ A; 2O8F B; 4FJ5 A; 4LH5 A; 2E1Z A; 2FSK A; 4LC9 B; 3AGK A; 4LF9 K; 4E19 A; 2QKK A; 1MWK A; 4M7Y A; 1T05 A; 4YOV A; 2YNG A; 4CZM A; 4FLT A; 3SNN A; 1BIZ A; 1R0A A; 5AQL A; 4FM1 A; 4KI6 A; 2BAN A; 3T7Z A; 2QWO A; 3CQY A; 2QA4 N; 1JXE A; 2ETJ A; 1QQM A; 1BIU A; 2HB5 A; 2YJF A; 1TKZ A; 4N47 A; 3ZT3 A; 3KD5 E; 3O9T A; 3C7N A; 3PX4 A; 4WYB A; 3H3N O; 3DI6 A; 3O1W A; 4JLH A; 4CEC A; 3A5N C; 3KIO A; 4CE9 A; 1JLG A; 1SUQ A; 3C6A A; 3P31 A; 1HNZ K; 1HJO A; 4CJR A; 3VA0 A; 2KHO A; 4CGJ A; 3LM2 A; 4NYF A; 4CES A; 3ISN C; 4ISE A; 3BGR A; 4DU3 A; 3VEX A; 4B3T K; 2OCE A; 4CJT A; 3QB0 A; 5AQX A; 3V1R A; 3VN5 A; 1NJI O; 4Y0W A; 4CJ5 A; 4LF6 K; 1HMV A; 3RSE B; 1XC9 A; 4FWK A; 3CFR A; 1T6C A; 3SYZ A; 1L3U A; 5M1O A; 4IFV A; 3VQ5 A; 1JCG A; 4U67 L; 4KRE A; 4M42 A; 2P5G A; 3B8A X; 4MLH A; 4FJ7 A; 2VQF K; 2UXC K; 2HST A; 3EE8 A; 2KKZ A; 3OYA A; 4FWR A; 4BRK A; 2G8V A; 1MWM A; 4CHZ A; 3CCV N; 4XH5 A; 4MO5 A; 1SS6 A; 2NZT A; 3THV A; 1HNV A; 3TAG A; 3VPZ A; 3SPY A; 3KKS A; 2YHX A; 1J5O A; 4FLV A; 4YOX A; 4M3Z A; 3SUN A; 4NCG A; 1G99 A; 1NGB A; 4NXM K; 3MED A; 2WBN A; 5F1X A; 4KH5 A; 4RW4 A; 3CC7 N; 4ICL A; 1T8E A; 1SKR A; 3I8D A; 2YNF A; 1ZBL A; 2F8T A; 4Q5V A; 5C2F A; 4DS4 A; 2NRW A; 4UY8 O; 1OH6 A; 1BIS A; 4CGI A; 2GV9 A; 5FRO A; 1QE1 A; 4KTZ A; 3HJF A; 1A5X A; 4DFK A; 1ZC6 A; 4IFE A; 4J2E A; 3LZJ A; 3KZB A; 3BEX A; 5SWM A; 2QKB A; 3L0Q A; 4JI6 K; 2ITG A; 5JVH L; 3DLH A; 4B8A B; 4W5Q A; 1D5A A; 4EP4 A; 3O1B A; 1VQ6 N; 3P5J A; 2PAV A; 4KKO A; 1XMO K; 3AVA A; 3NGZ A; 4M3R A; 1BI4 A; 1NLV A; 2AA4 A; 1EQY A; 4LSN A; 3F5T A; 4CJF A; 3BY5 A; 3CI5 A; 3KTQ A; 4BR2 A; 4JKH A; 3MMV A; 2GUP A; 4H5V A; 2VWB A; 2PYL A; 1GLF O; 4FCY A; 1SZ2 A; 4JKC A; 3K5N A; 3T3F A; 4DTJ A; 4RW7 A; 4BC4 A; 2D0B A; 2E4L A; 3O9S A; 4CJV A; 2G8H A; 1HYS A; 4K42 A; 1BCM A; 2GUI A; 3QEW A; 2P9K B; 3U3G A; 2WOM A; 2G8W A; 2P9S A; 1OH7 A; 3LDP A; 4O4G A; 4JRQ A; 4DQP A; 1BQM A; 1NK7 A; 3L3V A; 1ATR A; 4BRO A; 2P5O A; 2ZQB A; 4YOW A; 1T44 A; 1VQ5 N; 4LFB K; 1N5Y A; 4GV6 A; 4CGF A; 3U9D A; 1IKW A; 4IEI A; 1XUP O; 4FWL A; 3QEI A; 4CER A; 3NF6 A; 1NOY A; 4IWV A; 2V7Y A; 2F7T A; 1SL0 A; 3CM5 A; 1VK0 A; 5AQP A; 3V9W A; 3I56 N; 4ZHR A; 3FFI A; 2KTQ A; 2GEL A; 1FW6 A; 4OVL A; 3SBG A; 2XY6 A; 1KRP A; 3ZYY X; 4JNE A; 2YHA A; 4B3S K; 2W40 A; 4H4O A; 4IOC L; 2BGG A; 4FPB A; 2E2Q A; 4MDA A; 3HPO A; 3O4N A; 4DLG A; 2D1K A; 2FF6 A; 4IDK A; 2A41 A; 1N6Q A; 2B5J A; 4E7J A; 4BRF A; 3AAQ A; 4GKK K; 5FPN A; 1ATN A; 4CBW A; 3TTD A; 4OGE A; 5AQG A; 4B1W B; 5HBM A; 3MX5 A; 3OJU A; 3O9Q A; 4FW1 A; 3HBT A; 1ZBS A; 2IVP A; 3ZCM A; 4BRI A; 1UAX A; 3OYN A; 4A5B A; 3O3G A; 1SL1 A; 3G4S N; 3QES A; 3LDS A; 5CYM A; 1DGK N; 1LV5 A; 3ZSZ A; 4BY9 C; 3E9P A; 3VTI A; 3OYI A; 4BRL A; 3SK3 A; 2V52 B; 1Y64 A; 2KQ2 A; 2Q97 A; 3EZ5 A; 3QFP A; 4BE1 A; 4OX9 K; 4YHH K; 3EKU A; 4ELV A; 3GL1 A; 1QZ6 A; 2Z1J A; 3PUF A; 5SZT A; 2E5L K; 4IXC A; 3HZ6 A; 1YJN N; 2YI1 A; 4Z4G A; 3MXM A; 5AQI A; 4QAG A; 1Q7Y O; 3ZT4 A; 3UIQ A; 3MN9 A; 2G8K A; 2OAN A; 2A1S A; 2HF4 A; 2QW9 A; 5F2R A; 3SMP A; 3DM2 A; 5BR9 A; 3CCE N; 3O4Q A; 3V4I A; 2O4G A; 3L4I A; 2QWL A; 3V1Q A; 3F9K A; 2UUC K; 3QNN A; 4B9T A; 2O4I A; 1N32 K; 3OHR A; 4AH9 A; 4MO4 A; 1BA0 A; 2Z1I A; 4HHT A; 1Z25 A; 1NNE A; 1Z05 A; 3VF4 A; 4CD1 A; 3QFU A; 3P1G A; 1NK8 A; 3THW A; 4BR9 A; 4YOU A; 4CFC A; 4PWD A; 1RBR A; 5EVZ A; 3U4L A; 4BRP A; 3KLG A; 3H1Q A; 2VWJ A; 1Z6R A; 4BE0 A; 1VAZ A; 5FPD A; 4H5R A; 1J9A A; 1NGI A; 1NG9 A; 2P51 A; 1YVU A; 1M90 O; 4JKA A; 1OH8 A; 4B1Z A; 4JK8 A; 4CBU A; 3L2U A; 1OKJ A; 4HCC A; 5DM6 L; 3K5O A; 5HRS A; 1WSE A; 4JI2 K; 1CLQ A; 4KAZ A; 1RBS A; 4WF9 L; 1S9G A; 4CW7 B; 4NCA A; 1S5J A; 3H6E A; 3RVC A; 3LAN A; 3VEN A; 2QWP A; 1VQM N; 3NCI A; 2ITM A; 4JHD A; 4RW8 A; 3OJS A; 3VGK A; 1N34 K; 3DXM A; 3DLG A; 4DUY K; 2A5X A; 1KSP A; 4E1N A; 2PFU A; 4RCH A; 4IFY A; 1A5V A; 5C10 A; 4IBN A; 5CYQ A; 2XRI A; 3RMA A; 1BDG A; 3FZK A; 4FJ9 A; 4R5P A; 4I7F A; 3F73 A; 3O9U A; 4EZ9 A; 4DR5 K; 2P1J A; 5M1F A; 4DV2 K; 4PUO A; 1XQS C; 4DR2 K; 5J2P A; 4I9L A; 5M1N A; 4OLB A; 1SQK A; 2YHY A; 3L8B A; 1VQ4 N; 2CH5 A; 2P9N A; 5HRO A; 1VSM A; 1BUP A; 4GMJ B; 4FK2 A; 3CF5 L; 1XNQ K; 1JXB A; 4FWS A; 4Y1D A; 5EOY A; 2G8U A; 3FZH A; 3TAB A; 3OYC A; 4DG1 A; 3RWU A; 2HVI A; 2G8F A; 4FJM A; 5H1S Q; 1WSJ A; 3F9M A; 4JYA K; 2F96 A; 2QWM A; 3CJB A; 3ZX0 A; 5JVG L; 1ESV A; 3NF8 A; 3NH2 A; 4K0K K; 5C12 A; 1HQE A; 1HPZ A; 4WE1 A; 1Q82 O; 2UU9 K; 3VA3 A; 3CCJ N; 3M8P A; 3W3D A; 1BWF O; 3VEY A; 4OPJ A; 3T1H K; 2WUS A; 2B6A A; 2A3Z A; 4CEB A; 4A2A A; 3SJJ A; 3C95 A; 3LWL A; 1BHL A; 3DLR A; 4TSX A; 2ZWH A; 2WTU A; 1JLB A; 3Q7B A; 1XHZ A; 3M8R A; 1W97 L; 4AM6 A; 3OYB A; 4DF4 A; 4KH6 A; 4DTX A; 4CEF A; 1S9E A; 1SKW A; 2V51 B; 4JK7 A; 5AR0 A; 5AQS A; 3RRH A; 1NU0 A; 2W42 A; 4ILH A; 4FZX C; 2FBV A; 4EFH A; 3D2E B; 3SAG A; 1QQN A; 4DSK A; 4DQQ A; 4JI1 K; 3CCS N; 1J53 A; 3MEE A; 4YY3 K; 1HUX A; 3TR8 A; 4A62 A; 5HRP A; 3LP0 A; 3ZSR A; 1KLM A; 3VQ7 A; 4AIL C; 1XHX A; 5BN9 A; 5I3U A; 5DM7 L; 5M1Q A; 3VQA A; 1RCH A; 1KTQ A; 3A5M C; 4JEP A; 4RTF D; 5AQN A; 3KK2 A; 3AGR A; 5BRH A; 1IG8 A; 4NXN K; 3VMF B; 2QXL A; 4I2P A; 4BRA A; 4AHV A; 1WNS A; 4M3X A; 2PBD A; 3C6H A; 2Q2R A; 3DLE A; 1GLA G; 2E2P A; 3LPU A; 3FFK B; 1HNX K; 1DLO A; 1QHA A; 1GOA A; 4M3Y A; 3CCR N; 2HHS A; 3CQ8 A; 4CZI A; 2I7N A; 1HJR A; 4CK3 A; 3KD1 E; 3M8S A; 1WOQ A; 1TAU A; 4MLE A; 4JRP A; 4M41 A; 4AHT A; 3OYK A; 3I55 N; 2O8C B; 2ATQ A; 3CCQ N; 2IC3 A; 4DQS A; 4ID1 A; 4FK0 A; 3WQU A; 2Q36 A; 2YKN A; 3HP9 A; 4F4K A; 1OH5 A; 1RT2 A; 4JV5 K; 4AF1 A; 3GOI A; 3M1F A; 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3WXJ A; 4BRH A; 4DV1 K; 1QQC A; 3HT3 A; 4CHQ A; 4DU1 A; 3TAP A; 4B9M A; 3AA4 A; 1WSF A; 3PSI A; 4RW6 A; 5FRM A; 3CJA A; 3J7Z O; 2FBY A; 3V81 A; 3K0S A; 2F4V K; 4OPH A; 1O13 A; 1E4F T; 3CJ9 A; 3EO3 A; 5ADX H; 4O0I A; 3SCX A; 4E1M A; 4CJS A; 2VGM A; 2UUA K; 5C24 A; 4CZK A; 3P38 A; 2E1Y A; 5AQQ A; 3Q7C A; 1R59 O; 4FWN A; 3SBT A; 2RF2 A; 3UKR A; 3K57 A; 5J2M A; 2WFB A; 4Q0B A; 3ZT1 A; 3ULE B; 2YKM A; 3CYM A; 5BPM A; 5CZ1 A; 5C0Y A; 3ENH A; 3IKM A; 4BRC A; 2E20 A; 3A8Y A; 3EY1 A; 3FLC O; 1L5U A; 4IG0 A; 4Z0U A; 1RNH A; 4CGH A; 1RT5 A; 5AZI B; 1ASV A; 4A57 A; 2DY4 A; 5CHI A; 2IIR A; 3O08 A; 2JGU A; 4LFC K; 3IRX A; 1Q18 A; 3O8M A; 1EWQ A; 2A42 A; 4BR4 A; 3EN9 A; 2FC0 A; 1YAG A; 1NGG A; 5LMU K; 4QS8 A; 2OPS A; 4KHU A; 4J8F A; 2GBZ A; 1D9D A; 2BH1 A; 4CGD A; 3OYD A; 1D4X A; 1RT4 A; 4KTW A; 2UUB K; 4JI3 K; 1RBV A; 3G25 A; 3M6G A; 3MAQ A; 4JD2 A; 3I0R A; 2RN2 A; 1CZB A; 3DWL A; 4ZTF A; 3AVC A; 2XY5 A; 4NCB A; 1WSG A; 1HYZ A; 2QK9 A; 1FJG K; 1YI2 N; 3R9P A; 4PKH A; 4NLC A; 2VG7 A; 4FJ8 A; 2Q3S A; 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