2RPIA

The nmr structure of the submillisecond folding intermediate of the thermus thermophilus ribonuclease h
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
MNPSPRKRVALFTDGAALGNPGPGTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease H
publication title The high-resolution NMR structure of the early folding intermediate of the Thermus thermophilus ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus hb8
total genus 19
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rpiA00
2OA8A 1HYVA 2EX3A 4CF2A 5HP1A 3QNOA 4AHRA 4CHOA 4F3OA 5J2QA 1GOAA 2QXFA 3DI6A 1WSEA 4DFKA 2I5JA 3DLHA 3TR8A 3QEPA 3ZSYA 3TABA 2GBZA 3AVGA 3HT3A 4FLUA 4DU4A 1RCHA 3MEEA 4K8ZA 1VRUA 1BIZA 4ICLA 4Y1DA 4CHPA 5HRPA 3QESA 1A5WA 2E6MA 3S9HA 1JLBA 1X9MA 2KZMA 4CEZA 3OS0A 4CK1A 4Q5VA 1BHLA 4RW8A 3RR8A 4FJXA 4OKJA 3SPYA 2FBTA 4CGHA 3DOKA 4FM0A 1KSPA 2HHTA 1EP4A 1TAQA 4E7HA 2AJQA 5KRSA 3OYFA 2G8HA 1ITGA 2X78A 2G8UA 1EKEA 4DU1A 3RRGA 3O4NA 1NK0A 4IKFA 4KB0A 1RDBA 3AVIA 1S6PA 4HTUA 3KLFA 3SV4A 1X9SA 4K8XA 4PQUA 4OGEA 4E1NA 1XHXA 1VSIA 4FLZA 4CGFA 2DY4A 2ITGA 3QLHA 5CY4A 1W0HA 2A1RA 1JXBA 1C1BA 3ULDA 1J53A 4CJEA 4E89A 3M8PA 3HK2A 4CJFA 1UWBA 3K2PA 1BI4B 3T1AA 5C24A 3RMBA 1EXQA 3F73A 1GOCA 4C8OA 3HPHA 4DG1A 4AHTA 2ZE2A 4CHQA 5CZ2A 4JS4A 3SCXA 4KPYA 1ZBFA 4Z4GA 3NF9A 1A5VA 4PWDA 3ZSQA 1BL3A 1LWFA 4CK2A 4DMNA 4B3OA 4FJMA 4OPJA 4DLEA 3UIQA 1IG9A 3WNFA 5CYQA 2Y1JA 3TI0A 4DS4A 3RTVA 4HCBA 1RBVA 3KLIA 3TANA 3FFIA 4W5OA 1RT4A 1I39A 1Y97A 2YKNA 1S1WA 3KJVA 3AA3A 1HYZA 4FJNA 2G8IA 3ZSWA 3L3UA 1NJZA 4CCHA 1TKXA 1RT5A 5DMRA 1RNHA 3L8BA 3SUOA 3AO2A 4CFBA 4IBNA 2HHXA 4FLWA 1LAWA 1DTTA 4RW9A 5E41A 3ZCMA 3QERA 3V1RA 2XO7A 3P1GA 3DRRA 2HVHA 2BE2A 2OZMA 3T3FA 2VWJA 4DFJA 5FRMA 4CIEA 3TARA 3DRPA 1C1AA 4N76A 1HYSA 4NCAA 3QNNA 1D8YA 2YHAA 4CEBA 4N56A 3JSMA 3SZ2A 1D9DA 4RW6A 3LP0A 1RILA 4TSXA 5J1EA 3NDKA 4KREA 3OYAA 1D5AA 2IAJA 4CJLA 2JGUA 3C6UA 3HM9A 1L3VA 3WNHA 4OLAA 4OKKA 4E7IA 3IG1A 5D3GA 4H4OA 3LPUA 4NCGA 2RF2A 1JXEA 3AVFA 1DTQA 1RBUA 4Z0UA 1VRTA 3K5OA 1U49A 4E0DA 4CJWA 1CXQA 3DLBA 4CFCA 1T8EA 3TAFA 3O3FA 4L8RB 1WSFA 1RTDA 3KK1A 3LZIA 4CEFA 1JLGA 1CXUA 3O3GA 4DSEA 4FLVA 4FW1A 1Q9XA 3S3OA 5I42A 1NK5A 1LWEA 3MECA 4W5RA 2OPRA 2FBVA 4NYNA 3ZT1A 3HPOA 1ZBLA 4OJRA 1JLFA 3U3YA 4KTZA 3V4IA 1KVBA 4DTUA 1NJYA 4CFDA 4NCBA 3F9KA 3AA2A 2O4GA 3L2UA 4FZXC 1HQUA 2QK9A 4DF4A 1RT2A 4DTMA 4F2RA 4KHQA 2XY7A 4FCYA 1IKVA 1FXXA 1QQCA 3AO3A 1SUQA 4Y1CA 3MAQA 2F8SA 2G8WA 4LD0A 4HUEA 3K5NA 2YNGA 3PUFA 3VQBA 1KLMA 2PYLA 3PX4A 3AVHA 4CFAA 4CJSA 2X74A 4XIUA 4EP4A 2HNYA 2RPIA 3P83D 4O0JA 3SNNA 4H8KA 2KFZA 1XWLA 4Z4EA 5I3UA 2HHSA 1IKYA 4Q0BA 3SUPA 3ISNC 4CF0A 4CEDA 3PX0A 3SUQA 2DFHA 1LV5A 1RTHA 3LANA 3VQ5A 4CJKA 2KTQA 2HHWA 3VA3A 4C8NA 3V1QA 4HVJA 4DTJA 3QO9A 1C0UA 1VSDA 3NAEA 1TGOA 3M8SA 1TV6A 3U6FA 3LP3A 3KLHA 1MU2A 5SZTA 4AHSA 3CQ8A 3SJJA 4AH9A 4CJ5A 3QIOA 3OVNA 2XRIA 1WSHA 4IG3A 1FK9A 1BCMA 1UAXA 2ZQBA 3NGZA 4CE9A 2QKBA 4HHTA 4FJJA 4M3RA 4CJ3A 1Q9YA 1N6QA 4O0IA 2P5GA 4JRPA 1C1CA 3IS9A 1NKBA 1S9EA 2FBXA 3THVA 4B9UA 4DSKA 4M3WA 3TWHA 1C0MA 1JLCA 3HP6A 2IGIA 1U04A 1NK7A 4CESA 1HPZA 1LWCA 3I0SA 4LH4A 3AVBA 4KTQA 5FRNA 1TL1A 3V9SA 2VG7A 4F8RA 1TK0A 1EX4A 1TKDA 2A1SA 1JL1A 1IKXA 1SV5A 3L2VA 4F4KA 4O55A 4CIGA 1NK9A 3M8RA 4FJGA 4I9LA 4C8LA 2DTUA 3AA4A 3ZSZA 1W9HA 4CIFA 2XY5A 1QSYA 1F21A 4LSNA 3OS2A 4M3UA 2P51A 3H08A 4KHNA 2FBYA 3KK2A 4FK2A 4BE2A 1X9WA 4ZHRA 5J2MA 4KFBA 3WNGA 2DFFA 2KW4A 3OYLA 3V1OA 4FLYA 3CFOA 4DTXA 4ZTFA 1NK6A 4M42A 1QSLA 3LWLA 3HXMA 4JLHA 3ZT2A 3G10A 3HP9A 1S1XA 5HRNA 3AVAA 4DTNA 1LW0A 3VN5A 2EHGA 2YNIA 3G0ZA 1L3TA 4NYFA 2QKKA 4DSJA 3OYMA 4F3TA 2NUBA 3SQ4A 5HRSA 3ZT4A 4KHYA 3L3VA 4I2QA 5J2NA 3QETA 3HO1A 3ZSXA 2VG5A 3OYCA 2G8KA 1XHZA 3DM2A 4CECA 5C25A 2R7YA 1TK8A 4DU3A 3ITHA 4CGJA 3AO5A 4I7FA 3AVKA 3CFRA 4KKOA 4IFVA 5J2PA 2G8VA 1U4BA 2BDPA 4DSFA 3NBPA 3NF7A 1Q8IA 4CF9A 4HCCA 4DSLA 4DFMA 4G1QA 4B08A 2XY8A 2IOCA 1YVUA 3HVRA 3AO1A 3TAQA 3LAKA 3ZSOA 1JL2A 2B5JA 2IC3A 1VSKA 1TAUA 4BDYA 4M41A 3VQCA 2D0CA 4PUOA 3TAEA 4CK3A 4I2PA 3LZJA 4O4GA 3C94A 1S1UA 3QEWA 4FJ8A 1IO2A 3ALYA 1RDCA 3HL8A 3DLKA 4DTPA 3RR7A 1RBTA 5K14A 1BGXT 1ASUA 3KKRA 4CJVA 1LW2A 2HNDA 4DQQA 3ZT3A 2KZZA 1QSSA 2VG6A 4OVLA 1D9FA 1TKTA 3AVCA 3V6DA 3OJSA 1TL3A 3L2QA 4DQRA 3CG7A 1L5UA 3KD5E 3OJUA 3RWUA 3OYGA 1TVRA 2D5RA 4RW7A 4KHUA 3C6TA 3TAMA 4QCLA 2DFEA 4CGIA 1GOBA 3PO4A 3CM5A 3QEVA 2RKIA 3M8QA 3IAYA 4CEEA 1HNIA 3B6PA 4J2BA 2BGGA 4W5NA 3C95A 1ZYQA 5CZ1A 1CZBA 1VSEA 1CZ9A 1HRHA 1S5JA 1WSGA 1RDDA 2JLEA 1B92A 2E6LA 3ASMA 5FDLA 2D0AA 3OYIA 1SKRA 4FJLA 4KI6A 3LALA 2P1JA 3DYAA 1S1VA 2OPSA 3D45A 2Z1GA 3O4QA 3T19A 3L2WA 1WAFA 5HROA 1NK4A 2GUIA 3NGIA 4AILC 2PY5A 4KHSA 3BDPA 4DF8A 4KTWA 4M3TA 4CJPA 3VA0A 4B9VA 1KRPA 1KLNA 4FK0A 3K5MA 4LSLA 4W5TA 3MEDA 3LDSA 4E7LA 1U45A 3SQ1A 4MQ3A 3QEXA 4OGCA 4AHVA 5KTQA 4FXDA 3V9WA 3KD1E 4DTRA 4C8MA 2P5OA 3LP2A 4CEAA 2HMIA 1HMVA 3NF8A 4GMJB 3VQ4A 1WLJA 3SI6A 3A2FA 4YFUA 3BGRA 3HJFA 3PX6A 1WSJA 1N5YA 4PY5A 1A5XA 1TKZA 2GV9A 1C6VA 3QEIA 1KCFA 4FLTA 1RBSA 2F96A 4DQIA 4Z4FA 4DQSA 1ASWA 1NOYA 4B8AB 4EZ6A 1RBRA 1ASVA 3DOLA 3K58A 3U3GA 3NF6A 4UQGA 3RRHA 4KO0A 4N47A 4FK4A 2HVIA 1FKPA 4WE1A 4OPKA 1U47A 4H4MA 2E4LA 2Z1IA 3TAPA 3O3HA 2YV0X 3V9UA 4B9LA 4FW2A 4BACA 1BI4A 4IG0A 3V9XA 4B8CA 1VSHA 2X6NA 4O5BA 5KGXA 4BE0A 1NJXA 4J2EA 4R5PA 4IFYA 1HNVA 2IS3A 2XY6A 3D0PA 3ZT0A 4C8KA 3VQ7A 1U48A 4DFPA 4E19A 1B9FA 3CFPA 4N41A 3ZSRA 3LP1A 3QIPA 5KGWA 4OLBA 3KTQA 4FLXA 4E3SA 2YNHA 3OS1A 2ATQA 4HUFA 2IDOA 3AV9A 5T7BA 4DWIA 4DLGA 4DQPA 3CM6A 1J5OA 1WN7A 4FM1A 1XI1A 3OYDA 1UA0A 2YKMA 3EYZA 1S6QA 1B9DA 1HJRA 4FJ9A 3KKSA 3MEGA 4CERA 1VK0A 3KK3A 4IDKA 3MXMA 3PO5A 1BIUA 3TAGA 5JS1A 4HUGA 4W5QA 1O1WA 5C42A 3JYTA 4Z4HA 3LPTA 1SKWA 4FJIA 4MFBA 3OYKA 4Z4IA 1HQEA 4GW6A 4FZYA 1SKSA 2ETJA 2Z1JA 3K5LA 1YT3A 1KFSA 2OYQA 4GVMA 4ID1A 2O4IA 2D0BA 4FJHA 3HVTA 4QAGA 1ZBIA 5DK5A 1C0TA 4PA1A 4B9MA 4J2AA 3K57A 2B6AA 4AHUA 4E7JA 4JRQA 4CHYA 3OYEA 1WAJA 3WNEA 1EETA 3KIOA 4CGGA 1CLQA 3RMDA 3VQAA 4KAZA 3VQ9A 1VSFA 1BISA 3AO4A 1BQNA 2LSNA 3L2RA 4FJKA 2WOMA 2KQ2A 5FROA 4DTOA 1NOZA 4KRFA 3VQ6A 3EZ5A 3S3MA 2YNFA 4CHNA 1JKHA 1TK5A 2HHVA 3PY8A 2Q3SA 1J9AA 1KFDA 2HB5A 3OY9A 3V9ZA 4M3XA 1VSJA 3DMJA 1JLAA 4EZ9A 2HW3A 1L3SA 1SL0A 3NCIA 3AVNA 3LWMA 2F8TA 3VQDA 4BDZA 1UOCA 3MXIA 2PYJA 2HHUA 3KLEA 4RW4A 4BWJA 3KLGA 4FM2A 4FVMA 3DLGA 1Z26A 2B4JA 3ZSVA 3NHGA 4CF1A 1SL2A 4KI4A 3QINA 1X1PA 5SWMA 3SQ0A 2PZSA 4N5SA 4CHZA 5KRTA 2Z1HA 3OYHA 4B9TA 1G15A 2KFNA 3NFAA 3VQQA 3OYBA 4BDPA 1Z25A 1JLQA 1RDAA 1RT1A 3MXJA 1YTAA 4CF8A 2RN2A 2OPPA 2XHBA 2YHBA 1FKOA 3DLRA 4CJRA 1NJWA 3P5JA 4M3YA 3IRXA 1R0AA 3PV8A 4LH5A 3SQ2A 1VSLA 4B9SA 4CGDA 4ELUA 3EY1A 1WNSA 1WSIA 3NE6A 4OKEA 4I9QA 2OZSA 1IKWA 4RG8A 1S1TA 3VQPA 4FJ5A 3B6OA 4KV8A 5HRRA 4YNQA 1NKCA 2Y1IA 2W42A 4J2DA 4AHCA 4O44A 3VQEA 3AVLA 3K59A 4KHWA 3AVJA 5HBMA 1UA1A 1ZBUA 4ELTA 2HHQA 5EU7A 1IH7A 2ZD1A 3NH0A 2VWKA 3I8DA 3V81A 1T05A 3VQ8A 4QOZB 1RTIA 1RTJA 4ZTJA 4CJUA 5HLFA 2HNZA 3SUNA 3OYJA 3NGYA 4M3ZA 1LAVA 1K6YA 1RT7A 3E01A 4BWMA 4DTSA 1NK8A 4DSIA 4E7KA 4CEOA 4CJTA 4F2SA 1KTQA 4Z4CA 4B9NA 4CJ4A 4E1MA 4FZZA 2G8FA 1REVA 3I0RA 1RT6A 3HYFA 4LY7A 1SL1A 3NH1A 4ID5A 4CJQA 3S3NA 3OYNA 1BQMA 5KI6A 4DS5A 4CEQA 2FC0A 3DRSA 1QTMA 4BE1A 1KVCA 1ZBHA 1RT3A 2OPQA 4JS5A 3CYMA 3HSTB 1YTUA 3DLEA 3LAMA 1J54A 3HPGA 3RMAA 1XC9A 1NKEA 1JLEA 4KB1A 3RMCA 1VSMA 1T7PA 4EP5A 5CYMA 3SV3A 2X6SA 1QS4A 1T03A 4FJ7A 3NH2A 1QE1A 3SPZA 1I3AA 3AVMA 1DLOA 1KVAA 5JS2A 3SYZA 4M45A 4FYDA 1QHTA 1L3UA 1BCOA 1S9GA 2WONA 2BANA 3AA5X 4ELVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWPA 1HYVA 3PSIA 2EX3A 3VETA 4AHRA 3C7NA 3CF5L 4WYBA 3QEPA 4ICLA 5HRPA 1A5WA 2E6MA 4DR3K 2ZGYA 4CEZA 4CK1A 4Q5VA 1VQLN 4NLBA 4FVUA 4OKJA 2FBTA 3A5OC 2ASPA 1OKJA 3DOKA 2AJQA 3EE8A 1EQYA 1MWKA 4HTUA 1X9SA 4BGAA 4E1NA 1VSIA 1JXBA 3ULDA 4IJAA 1UWBA 1LCUA 1P90A 5C24A 1EXQA 4C8OA 4DG1A 4JKCA 3H1VX 1X9JA 4CHQA 3ZSQA 1HKGA 4X65K 4B3OA 2H3GX 5AQKA 3DXKB 3KLIA 1YHQN 1QQNA 3AA3A 3FLCO 1HYZA 4FJNA 3L3UA 4CCHA 1C0FA 1TKXA 5DMRA 1RNHA 4FJ7A 5ADXH 2HHHK 4FLWA 5E41A 3O4WA 2P9NA 2V7YA 3DRRA 4WQ5A 2BE2A 1LOTB 4Z94A 4CIEA 4NCAA 1D8YA 2Q31A 4RW6A 3NMUA 4TSXA 3NDKA 1XC3A 3OYAA 2CGKA 5BPNA 3C6UA 4BREA 4BC3A 3WNHA 1L3VA 3O6WA 1HLUA 5D3GA 3LPUA 2BUPA 2RF2A 3AVFA 3O08A 3K5OA 1CXQA 3O3FA 1WSFA 4JKBA 1JLGA 3LM9A 3WXJA 2PFUA 1LWEA 1Z6RA 3HPOA 1ZBLA 4OJRA 1JLFA 3V4IA 2G8KA 2WFBA 4F9OA 3KK7A 3L2UA 3PSFA 4FZXC 2QK9A 4GKKK 3FZMA 4DTMA 3D2EB 5EX5A 4IFEA 1QQCA 4YOTA 3AO3A 2VCPA 4YORA 3MAQA 2E8AA 2YNGA 3PX4A 4DR7K 2HNYA 2HF4A 3P83D 4BRCA 5AQQA 1HNZK 3BY5A 4H8KA 3SNNA 2HHSA 4CBWA 4PKIA 1LV5A 4C8NA 4DTJA 2E2QA 3QO9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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