4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
1ZXOA 2I7PA 1X3NA 4BRQA 1BOTO 1HX1A 4CD1A 2VCPA 4RCHA 3ZEUA 3VOVA 4BREA 1LOTB 3LL3A 3ATUA 2E1YA 3FZKA 2E1ZA 4IXCA 2BUPA 2E2NA 5AQNA 5ELZA 4FWSA 3VEVA 1GLLO 3SMPA 4CZGA 4GY2B 3A0IX 3U4LA 1BDGA 4BR5A 1T6CA 3ATVA 4I6MA 3LDLA 3FLCO 4FO0A 2E88A 4FOIA 3BEXA 5BN9A 1J6ZA 3EO3A 3L0QA 4QS7A 4BRMA 4PL7A 4H0XB 4H0OA 4H5VA 3M1FA 4FWNA 3EZWA 4A2AA 5I9EB 3VENA 3I33A 2YCHA 4F9OA 5JLHA 1NGAA 3CJ9A 3D2EB 3WXKA 5AQGA 1NGIA 3CJ7A 2BTFA 2V51B 2NZTA 2E2QA 2YJEA 1BO5O 3VEWA 4BRAA 4EIAA 2E20A 2V7YA 3A5NC 3BP8A 1KXPA 1JCEA 2ASOA 2QWNA 4BR7A 3GG4A 3VF4A 1HPMA 3ZX3A 4BGBA 3QFUA 4BRLA 4XEIA 4H0YB 2GUPA 3D2EA 3MCPA 2GEMA 4FWLA 2WUSA 5EY4A 5BPLA 4K25A 1YVNA 3MN9A 1E4GT 1NLVA 3RSEB 1S22A 2J4RA 4EHTA 4CJ7A 3AY9A 2F9WA 2ZWHA 1GLJO 2AA4A 3GBTA 1HKCA 3AAPA 4FSVA 4H0TB 1S3XA 1MDUB 2FF6A 2GELA 3IFRA 4XH5A 3CJCA 2EWSA 1SZ2A 3RSEA 4CZEA 2A5XA 5KQDA 1T6DA 1NM1A 4BVPA 3FZLA 3UKRB 4BRKA 2YHXA 1WUAA 2P9PB 4WQ4C 4BC4A 3GDQA 2FSNA 3CQXA 3O1WA 1QZ6A 3DWLA 3H6EA 4FWMA 3FZHA 3ZX0A 3UKRA 4C23A 1YAGA 3QB0A 3WUHA 1MA9B 3D7EO 4BRHA 2CH5A 1YUWA 1U2VB 2HOEA 1ZC6A 2FF3B 3FZMA 3CIPA 3DXMB 4H5NA 3VGMA 3MDQA 3VGLA 5AQUA 2YI1A 4FWRA 1Z05A 3MN6A 3R9PA 4BRGA 5BRHA 2YJFA 3WQTA 4IJAA 2P9SA 4XH4A 4BRCA 3DXMA 3A5OC 4L3QA 4BR4A 3EN9A 5CE3A 5F1XA 2D1KA 1ATRA 5AQKA 5AQHA 1NGBA 3FGUA 3G25A 5AQZA 1XQSC 4BRIA 1NGFA 1V4TA 1E4FT 1ZBSA 1NGDA 4AM6A 5AQPA 3VEYA 4RTFD 4JD2B 4GNIA 3VF6A 1RFQA 2CGLA 1NGEA 3R6MA 1XC3A 4BQZA 4M63C 3LDOA 3U9DA 3VETA 4B1UB 3QDKA 3AARA 3AAQA 1HUXA 4BG9A 2Q0RA 5FPMA 1ESVA 3QMLA 2I7NA 5AZJB 2A40A 3FE1A 4JD2A 5KPRA 2IVPA 1JCFA 1CZAN 4FWPA 4YDUC 4BRNA 4B1XB 3SK3A 3LM9A 3WXIA 1QZ5A 3MK6A 1C0GA 1QHAA 4CD3A 3HI0A 4BVOA 3A5MC 5AZIB 1DGKN 2AP1A 1GLFO 5AZJA 3U8XA 5BRFA 3M3ZA 2P9UB 3VGKA 1ATSA 2CH6A 1Q18A 4BR2A 5AQYA 3SJHA 2Q0UA 4IZ9A 3WXJA 4FPAA 1DEJA 1NGCA 4WQ5C 5E26A 3U9ZA 5AZIA 5LJWA 5BPNA 5F2RA 3LM2A 3H1QA 5ADXA 2QM1A 3CI5A 4ISEA 4BR9A 4CI6A 1BA0A 3C7NB 4O8KA 2YHYA 4BC5A 4PL8A 1RGIA 2A3ZA 4QS9A 3KZBA 5E84A 3LDPA 4HTLA 3J8AA 1HJOA 1TYQB 2IVOA 4E1JA 2QWOA 3GE1A 4FOEA 3IUCA 1RDWX 3C7NA 4FPBA 4PKGA 3B8AX 1G99A 3FR0A 3EKSA 1C0FA 1TYQA 5FPDA 2QWRA 3QFPA 1NGHA 1NWKA 3CJBA 4K42A 4B1WB 3O80A 2CGJA 4H5TA 1QQOA 4M7XA 2Q31A 1D4XA 3CHWA 1QQNA 5AQFA 2Q97A 3VEXA 4ISFA 2E2OA 4MLEA 3ZX2A 5EX5A 3FFKB 4Z94A 2QWPA 3BUZB 4H0VB 3QBXA 3FZFA 3GL1A 3JXUA 5AQRA 5EXWA 4BRPA 3M6GA 4DB3A 5ADXH 1NMDA 3L6QA 2A42A 4JHDB 4AM7A 3WT0A 4BGAA 2P9PA 1H1VA 5LJVA 3OHRA 1BG3A 3HBTA 4DCHA 3EKUA 1GLBG 3O5BA 2ASMA 3WQUA 1EQYA 4A62A 1BWFO 3O6WA 5FPNA 1GLCG 2A6AA 4JHDA 2D0PA 1KAXA 1HLUA 1OKJA 2PBDA 3W3DA 4BQLA 3DAWA 1U2VA 4IJNA 1BU6O 4K43A 2FSKA 3HM8A 2H3GX 2W41A 5AQQA 1QQMA 1MWKA 5JLFA 4BRFA 5AFUA 5AQMA 2IIRA 4YDUA 2ZGZA 4JNEA 4NB4A 3O1BA 3F9MA 3VERA 3KHYA 1JCGA 3H1VX 1V4SA 4MO4A 4FWQA 4EHUA 5AQVA 4BC2A 1XUPO 1SAZA 1GLAG 1SQKA 4DHYA 2FLOA 2QWLA 5AQOA 5AR0A 3CERA 3UB5A 5EOYA 3VESA 2NLXA 3CJAA 3VEOA 3HSCA 2UYTA 4WQ5A 3SMSA 5EVZA 1NGJA 1P8ZA 3QICA 1U6ZA 3CETA 2V52B 5BN8A 4H5WA 4WYBA 4FL9A 3IDHA 2Q36A 3O8MA 2QXLA 2HMPA 4I6MB 2A41A 3WEEB 1R59O 5TKYA 1X3MA 1TUUA 2KHOA 3KVGA 3VF2A 3EL2A 5LY3A 3DJCA 5BR9A 4HWIA 3ENHA 4B9QA 5AQLA 4NO7A 4B1YB 2P9UA 4BR0A 4CBUA 4A61A 1BA1A 1X9JA 1BUPA 5AFUH 3WEEA 3CQYA 3H3OB 3P4IA 3HZ6A 3W0LA 1NGGA 4O5FA 4Y0WA 5AQJA 3H45C 3QBWA 5BPMA 1DKGD 2E2PA 2GTDA 5AQWA 4CZMA 4JAXA 2Q2RA 5AQIA 2D4WA 2E8AA 3TPQA 3H3NO 3SLCA 4K41A 4WQ4A 1Y64A 2NRHA 2F9TA 3O4WA 4M7YA 2P9NB 4A2BA 3D2FB 4B1VA 2HF3A 2OANA 4ISGA 4PKIA 5JMVA 5BRDA 5FPEA 3C0BA 3DXKB 1GLDG 2W40A 3MN5A 3LDNA 1WOQA 2ZGYA 2VYPA 2ZF5O 5B8HA 2HF4A 3IMXA 2FSJA 1IG8A 3HTVA 1IJJA 4BC3A 2P9NA 4CZLA 3D2FA 5AQXA 3ZETB 4PKHA 4CBXA 3DXKA 5JICA 2FXUA 1TUYA 4LC9B 5KPZA 2PAVA 4IO8A 4JN4A 1HKBA 2P9KB 3S41A 4J8FA 4H0PA 4EAHD 5AQSA 3ZETA 4RWTA 2V7ZA 4EFHA 1K8KB 3UKUB 3WXLA 2D0OA 4BG8A 3BF1A 3VEZA 3MN7A 4CZFA 2ASPA 2QWMA 2P9KA 4IWVA 4FWOA 4BRDA 4MLHA 4CZKA 5KPTA 2VWBA 3TU5A 1GLEG 4KBOA 5AQTA 1K8KA 3ID8A 4FWKA 3UKUA 5KQ8A 4CZJA 2YHWA 2P9IB 2ITMA 2GWKA 2P9LB 3A8YA 1T44A 2P9SB 3MMVA 4QS8A 3BF3A 3LDQA 4H5RA 3ULEB 2DPNA 3VPZA 1MWMA 1Z6RA 1LCUA 4DQ8A 3JS6A 1KAZA 4CZHA 3CJ1A 1NBWA 3UE5A 3I8BA 2P9IA 1ATNA 2CGKA 1HKGA 3ENOA 1YXQA 2P9LA 3GOIA 4H03B 2Q1NA 3R8EA 4B1ZA 3L4IA 3ULEA 4CZIA 3H46O 2GWJA 4CBWA 4MO5A 4XH1A 3ZEUB 2QW9A 5F0XA 5BREA 1KAYA 2IVNA 4BROA 2QWQA 3O08A 3A5LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B9FA 3SI6A 4B9NA 3P5JA 1SKWA 3NDKA 3G4SN 3HOSA 2KQ2A 2VCPA 1ZBHA 3ZEUA 4BREA 4JI7K 4F2RA 1IH7A 3DMJA 1UA1A 3V81A 2E1ZA 2P1JA 1LWFA 4J2AA 3CCSN 2O8DA 4FWSA 4I2PA 4RW8A 4NLCA 1GLLO 3SMPA 1XNQK 4CZGA 4LFCK 4FJ7A 2FBTA 2RHKA 4KKOA 5HBMA 3K5OA 1T6CA 4CK3A 4U7BA 2HBLA 5FROA 4OKJA 3RRGA 3AA3A 3LP0A 3TAQA 4C8OA 4FJLA 1J6ZA 1VQ8N 2YKNA 4QS7A 3O3FA 4BRMA 4PL7A 2B5JA 3M5RA 4FWNA 4A2AA 4OPJA 3I33A 4KHQA 2QK9A 4KH4A 4KREA 3V4IA 3BGRA 3Q7BA 1KFDA 4CJQA 3LP3A 1JLAA 4O4GA 1NGIA 5AQGA 1CZ9A 3P1GA 1BO5O 3WNFA 1VQLN 1RCHA 1FXXA 1I3AA 1JCEA 4CGFA 4BR7A 3ZX3A 4A5AA 3VQ9A 3CD6N 3MN9A 4DU3A 2HBJA 1DT9A 1S22A 1BL3A 4FLTA 1YF5L 4EHTA 3MXIA 4YOXA 2ZWHA 3T1YK 2AA4A 3OYMA 4BDYA 1MDUB 2FF6A 3IFRA 3CJCA 4CFDA 4DG1A 3PY8A 4OKKA 3CCJN 1T6DA 4OPKA 3UKRB 3ZSZA 1VQ9N 1NNEA 4E7KA 3QEIA 3T19A 4BC4A 4FLVA 2IDOA 3IS9A 1KD1O 3DWLA 3FZHA 1VHXA 5KGXA 4ZTJA 3VTIA 2G8IA 3ZX0A 4OGCA 3QB0A 3WUHA 3D7EO 5CHIA 2CH5A 4JLHA 2B4JA 1YITN 2HOEA 3KKRA 3FZMA 4N5SA 3CIPA 4DV0K 3DXMB 4W5NA 3MDQA 2HHIA 3VGLA 2HVIA 4F4KA 2YHBA 4CCHA 5BRHA 3WNHA 2YJFA 1WSIA 2KFNA 3HPHA 4FVUA 3A5OC 1K6YA 2XRIA 5CE3A 1ZBIA 4DR7K 1B9DA 4KTZA 2D1KA 5AQKA 3J7YP 2GBZA 4IEIA 1NGFA 4LF5K 1V4TA 1NGDA 5AQPA 2AJQA 4RTFD 4JD2B 3VF6A 1VQ5N 1X1PA 2CGLA 5LMUK 4KTQA 1EWQA 4JKCA 1QVGM 2OPQA 3AARA 3QDKA 1N32K 4WF9L 1ESVA 4CHYA 1RT2A 5KPRA 4IOAL 4YDUC 3SK3A 3LM9A 4NXMK 2W6LA 4KV8A 3RVCA 3WXIA 3O9RA 2R7YA 3HI0A 3HPOA 4QCLA 1NK7A 1Z25A 2AP1A 1GLFO 2KKZA 5AZJA 4Z4CA 5BRFA 1C1BA 3VGKA 3SPZA 2CH6A 2GUIA 4W5OA 4X62K 3CFPA 1BI4A 4DR5K 3KLHA 5AZIA 5LJWA 4DTRA 1RTHA 5F2RA 3H1QA 3CC2N 4ISEA 3K0SA 4BR9A 1HQEA 4DQIA 3RMAA 2YHYA 3ZSXA 4PL8A 3KIOA 4CECA 4QS9A 3NGZA 4HTLA 5FLXO 1LW0A 4E1JA 1LAWA 3GE1A 4FOEA 1RDWX 2XY8A 1S9GA 1D9FA 4KHYA 4JRPA 4BWJA 3O3HA 4J2BA 3N4QA 1TYQA 2Z1HA 4PHTX 3CXCM 4CFBA 2OYQA 1VSDA 2QWRA 1D8YA 1NGHA 1NG9A 1NK8A 3CJBA 4IBNA 3O80A 2CGJA 4H5TA 3CHWA 1QQNA 1NK5A 3NH0A 3VQ6A 2IC3A 4ISFA 4DV2K 1N5YA 1BQMA 5EX5A 3FFKB 3KWGA 3MAQA 5GIPA 1JL2A 4BE1A 5CZ1A 5KI6A 4KI6A 4OVLA 3GL1A 3JXUA 1E3MA 4DMNA 1REVA 4EP4A 1ASVA 4CK1A 1VSFA 4C1NI 4JI4K 3WT0A 2Z1GA 4FW1A 5LJVA 3HBTA 3O5BA 2FBXA 3LP1A 4RG8A 4A62A 3KLEA 1BWFO 4JHDA 2D0PA 3M8PA 4CF9A 5M1QA 1XMQK 4KHNA 4YOTA 3E01A 4K43A 1TGOA 1TK8A 2W41A 1JKHA 4B9VA 1VQPN 1QQMA 3OTOK 3HL8A 3TAPA 3E9LA 2IOCA 2WOMA 4MFBA 2IIRA 3NH2A 1NJZA 3L2RA 3MCAB 3HRGA 4JNEA 4NB4A 1VSEA 4DTJA 3F9MA 2XY5A 3V9WA 3H1VX 4MO4A 4FWQA 4FLXA 3SBGA 4CF8A 1C6VA 5HRNA 3KD1E 4BC2A 3K59A 1SAZA 1GLAG 1SQKA 4IFYA 2D0CA 2O8BB 3AVHA 3OVNA 2QWLA 4YHHK 1W0HA 3HT3A 3K58A 3D0PA 1I94K 1JLQA 1P8ZA 1VK0A 2V52B 4LF6K 4ZTFA 4F3TA 4CJLA 4WFAL 3IDHA 1TAUA 3OS1A 1TL1A 3ZSQA 4HVJA 3WEEB 1TUUA 5C24A 3KVGA 5LY3A 3KD5E 3V9XA 4DR3K 5J2QA 4A61A 3VQAA 2W6KA 4FXDA 2W42A 3P4IA 2DFEA 3W0LA 1NGGA 3TI0A 3NF9A 3NFAA 4Y0WA 4FLYA 5BPMA 2UUCK 4CZMA 3L2UA 4PWDA 4RW9A 3TPQA 2HHTA 3H3NO 2D0AA 1Y64A 2F9TA 3THYA 4E3SA 4A2BA 3D2FB 2HF3A 2OANA 4ISGA 3CPWM 2O8CA 4B8CA 5DK5A 2XO7A 4CHOA 3VQDA 2NRRA 4LH4A 4DV3K 1WOQA 2GV9A 4HUEA 2VYPA 1RT6A 4CJVA 2HF4A 1QVFM 2ZE2A 2YKMA 3LAKA 5KRTA 4CJ4A 3NE6A 3PSIA 3OYHA 4CBXA 4JI8K 3DLRA 4FM0A 5KPZA 4JKGB 4IO8A 1ZYQA 3OA9A 2P9KB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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