2IOCA

The crystal structure of trex1 explains the 3' nucleotide specificity and reveals a polyproline ii helix for protein partenring
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
230
structure length
218
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 68
structure length 218
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-10-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2iocA01
2YHBA 3T3FA 2GBZA 4E1NA 1JKHA 2YV0X 4M45A 1L5UA 3OS1A 3M8RA 3SV3A 4KPYA 2VG7A 4M3TA 2FBYA 2A1RA 1S1VA 2JLEA 3ZSWA 1S5JA 1RNHA 4H4OA 5HP1A 1KLMA 4JRPA 4O55A 1YT3A 2X74A 4CEBA 3QNOA 1X9SA 4B9NA 1XC9A 3SPYA 1UWBA 4DSIA 4E89A 3DI6A 3OYJA 1TKTA 1GOAA 1QS4A 1JL1A 1Q9XA 3LWLA 1IH7A 2P1JA 4F4KA 3KLGA 3NFAA 1RDCA 3VQDA 2QKKA 1TK5A 1Y97A 3HVTA 2KZMA 4CJ3A 1X1PA 3AVKA 4HVJA 3NH0A 1WSHA 4NCAA 1S9EA 2KFZA 2R7YA 3ZSQA 1ASVA 3CQ8A 2D0AA 1S6PA 1UOCA 1QHTA 3DRSA 1D5AA 1J54A 3SQ0A 2ITGA 4HCCA 1LWCA 1JLQA 1RTJA 3AA2A 4FW1A 3TR8A 1G15A 3LAMA 3VQ5A 4ZHRA 3JYTA 3HPOA 3ITHA 3SQ2A 2DFHA 3NGIA 4DWIA 1BQMA 4KI4A 4BACA 4HUGA 4CGIA 4IBNA 1J53A 1JL2A 2EHGA 3O3HA 2Y1IA 4DFMA 3VQQA 3BGRA 1C0MA 4B9LA 2VWJA 4CJ5A 4CFBA 1EP4A 1VSJA 4FYDA 4DSKA 3KKRA 3F9KA 4KTQA 4CIEA 3EYZA 1NJYA 3KD1E 3SV4A 5D3GA 3HJFA 4OKEA 4Z4HA 4AH9A 3QEWA 4E7KA 3SQ4A 2P5GA 1TV6A 4OGEA 2DFEA 4NYFA 4OLAA 2LSNA 1HJRA 3H08A 3OYNA 4CGHA 4BE1A 1KSPA 1K6YA 5KTQA 1ITGA 2G8WA 1Q8IA 2JGUA 4DF4A 3OYHA 4ELTA 2AJQA 3D45A 4FZXC 1KLNA 1RDAA 3IG1A 3NE6A 3MEEA 2HHSA 1CLQA 3ZSZA 4FCYA 1RTDA 3DLEA 5DK5A 4AHSA 1NK8A 3RWUA 4CF9A 5KGWA 3OY9A 3CYMA 5CYQA 4CJEA 4JS5A 4DLEA 4DFJA 3PX6A 1JLEA 2X78A 3LP0A 5C25A 1U48A 3IS9A 3OVNA 1WAJA 4YFUA 2OZSA 3D0PA 2HHWA 2B5JA 3HYFA 3S3OA 3RR7A 3PV8A 4CF0A 1L3TA 1BL3A 1I3AA 4XIUA 3QETA 3TAGA 2OPQA 3RRGA 5EU7A 2VWKA 1BIUA 3AVBA 3O3GA 4K8XA 3V1OA 4M3UA 4LH4A 1B92A 1ZBIA 3C94A 4ICLA 3VQAA 1NKBA 1RBSA 4M3RA 1R0AA 1NOYA 1KCFA 1F21A 1EETA 4DS5A 1U47A 2OZMA 4DTSA 4CJVA 1RT5A 4B8AB 3OYDA 3K57A 4HHTA 3LWMA 2PZSA 3WNGA 3KLFA 5FRNA 4F3TA 4FJLA 2KTQA 3AVMA 1T7PA 3LPTA 3K5NA 3OJUA 3EZ5A 4QCLA 1J9AA 2YKMA 1VSMA 1IO2A 3HL8A 4E7HA 4KV8A 4L8RB 1W9HA 4DG1A 4RW6A 4FJMA 4FM1A 3L2WA 3ZSRA 4CJKA 1UA0A 2KW4A 5CY4A 3TABA 3SZ2A 3SJJA 4FK2A 4CJWA 5KRTA 1A5WA 1JLGA 3OYFA 1SKRA 4FJJA 1LAWA 2VG6A 3LDSA 4FJGA 3WNHA 1TVRA 3ALYA 4DS4A 1RT3A 4NYNA 1RT4A 3SYZA 2FBXA 1NK6A 3LPUA 5JS2A 3HP6A 3U6FA 2G8KA 1RT1A 2KQ2A 1VSHA 4F8RA 5DMRA 4B9MA 1WN7A 3DMJA 4B8CA 4CFAA 4FLTA 4DQIA 4RG8A 5JS1A 3DRPA 3OS0A 3QEPA 3O4QA 4GMJB 2W42A 3VQ6A 3L2UA 1NOZA 3T1AA 3ZT1A 1YVUA 3OYAA 2EX3A 4OPKA 3TI0A 3DLKA 3TAPA 1QSSA 1FKOA 4C8LA 1TKXA 3LALA 2XY8A 4OLBA 2F8SA 1CZ9A 3LP1A 1U45A 4LSNA 4CEZA 4JS4A 5I42A 4ZTFA 1IKWA 3QNNA 3PX4A 1NJXA 3DLRA 1IG9A 2XO7A 1HMVA 2YNHA 3ASMA 4Z0UA 4CF2A 3IAYA 3HVRA 4W5NA 1DTTA 1VSIA 2P51A 3RMBA 4DU1A 3HM9A 1BQNA 1SKWA 3DLHA 3K5MA 4PQUA 3AVHA 4OGCA 3QO9A 1JLAA 4FM2A 2BANA 3L3VA 2ZD1A 1SL1A 4LSLA 4CHPA 1HQUA 4DFKA 3S9HA 2OA8A 1RBVA 1QSYA 4M3ZA 3AO3A 5E41A 4YNQA 1D9FA 2BE2A 1JLFA 5FRMA 2G8UA 4RW9A 3SCXA 1FXXA 1RBUA 3V9WA 4HCBA 1YTAA 2HVIA 2G8FA 4B9TA 2YNFA 1HNVA 1RT7A 5C24A 2PYJA 4M3YA 4LY7A 3S3NA 1VRUA 2BDPA 4FXDA 4FVMA 4CJRA 4OJRA 4CJUA 4DTUA 4DQSA 3MAQA 1BHLA 3VQ4A 4PA1A 4N56A 4W5OA 3BDPA 1HYSA 4KFBA 4I2QA 3CM5A 3I8DA 3TAQA 1HPZA 2IS3A 4KHQA 1I39A 3SPZA 2HHUA 1XHXA 3T19A 3HSTB 5FROA 5SZTA 3TAFA 1QSLA 2HMIA 3V9UA 2NUBA 3LZJA 2P5OA 4F2RA 2KFNA 4IFYA 3PO5A 2Z1GA 2HVHA 3CFRA 4RW7A 2G8IA 3F73A 4ZTJA 4CERA 3MEGA 3PY8A 3C6TA 4FLYA 3DLBA 4J2AA 3TARA 1NKCA 4BDPA 3ISNC 4O4GA 2OPSA 4DTPA 1JLCA 5HROA 5SWMA 4BDZA 4CHYA 4CECA 4UQGA 4Z4EA 4CHQA 4CFDA 4W5QA 3O4NA 2FBVA 3AVCA 3NGYA 4TSXA 4CEEA 4Q0BA 3NBPA 1VSLA 1MU2A 1RCHA 1RTHA 4ELUA 2RPIA 3SUOA 5HLFA 4F3OA 3K58A 3QEIA 1YTUA 2IOCA 1RBRA 3TAMA 4E7LA 4M3XA 1SUQA 2GUIA 4O5BA 3MECA 1VRTA 3P83D 1O1WA 2FBTA 4KO0A 4FLZA 4E0DA 3C95A 1HRHA 1BGXT 4FLWA 3WNFA 1T05A 3VA0A 3DM2A 3ZT3A 4CF1A 1TGOA 2G8HA 3CFOA 3HT3A 3PO4A 1VK0A 1VSFA 1VSEA 2HB5A 4IG0A 1KVAA 1KVCA 3IRXA 2DTUA 3QLHA 3AV9A 4KI6A 1NK0A 3EY1A 3KK2A 4KHWA 1CZBA 1U04A 4CJPA 1ZBUA 4CESA 4BDYA 3S3MA 2OYQA 1RDDA 3ZT4A 4B9SA 1RT2A 1WSEA 1BCOA 3AA3A 5KI6A 4FJ8A 1U49A 3DRRA 2RKIA 1BI4B 2GV9A 3VQ8A 2XY5A 4O44A 3WNEA 4CGJA 3QEVA 4FJ7A 1IKVA 1N5YA 4B08A 3M8QA 1HNIA 3PUFA 1IKYA 4FZYA 5J2PA 3QERA 1L3SA 4RW4A 3HXMA 2HHVA 3SI6A 3VQ9A 4IG3A 3V81A 3OYGA 3CG7A 4ELVA 1U4BA 5J2QA 4N47A 3AO1A 3QINA 4I9LA 1Q9YA 4EP4A 5CZ2A 3OYIA 3TANA 4FLXA 4FK4A 3OYMA 2G8VA 1RILA 2WOMA 3O3FA 3K5OA 1KTQA 4CE9A 3ULDA 4I9QA 4N76A 4BE0A 3AA4A 2X6SA 3OYEA 4FM0A 4DU4A 4B9UA 3I0RA 4CHZA 3JSMA 1NJZA 4MQ3A 4C8NA 1N6QA 4DTMA 3TWHA 2I5JA 1X9WA 4H8KA 4DQPA 4JRQA 1LAVA 4M41A 4FJKA 1C1BA 4CCHA 1S1XA 4HUFA 2E6LA 4E7IA 3NGZA 4DTXA 1GOCA 3HPGA 4BWJA 1D8YA 4CK2A 1ASUA 2ZE2A 4QOZB 2E6MA 4J2BA 3VQEA 3LP3A 2B6AA 3AVAA 4FJ5A 2F8TA 1LWFA 4FZZA 4O0IA 3OYBA 5J2MA 4FJXA 3AVIA 4Z4GA 1JXBA 1XHZA 2QK9A 4CEDA 1RT6A 2HHXA 4CJQA 1SKSA 1J5OA 1SL2A 1T03A 4DSEA 3NHGA 3KTQA 4FJNA 3NH1A 1WNSA 4MFBA 3G0ZA 4IDKA 2X6NA 2XRIA 1CXQA 4OKKA 5J2NA 4CEQA 4IKFA 2HW3A 5HRSA 2DFFA 3L3UA 3VQCA 1TKZA 5K14A 1WSJA 4KRFA 1L3VA 3NCIA 4DLGA 1KRPA 2XY7A 3M8PA 3QESA 1C0TA 1LV5A 1TL1A 4KB1A 3HO1A 2ETJA 1TL3A 4AHRA 3AO2A 4N41A 4E7JA 4O0JA 4CEOA 1HYVA 3K59A 4Q5VA 1BI4A 1NK9A 3I0SA 4CHOA 1JXEA 2Z1IA 3LP2A 3QEXA 4OKJA 3NH2A 1LW2A 4DTNA 4R5PA 1S6QA 4BE2A 1ZBLA 3PX0A 4AILC 1ZBFA 4AHCA 3CM6A 4FK0A 1RDBA 4CEAA 3RMDA 1D9DA 3V1RA 3NF6A 3HP9A 5CZ1A 4CGGA 2D0CA 1QE1A 1NK7A 5HRNA 1XI1A 4ID5A 2XHBA 3ZT0A 3KD5E 3V9ZA 5J1EA 3V6DA 3KLIA 1WSGA 4KAZA 4CGDA 3L2RA 3V9SA 5I3UA 4JLHA 3VN5A 4C8MA 1S1WA 1EXQA 3DLGA 1Z26A 1FK9A 3E01A 2YHAA 2D0BA 1KVBA 1HYZA 1VSKA 4GVMA 4KREA 1Z25A 4KHSA 3CFPA 4FLUA 2PYLA 2O4GA 1KFDA 3V9XA 3NF7A 4CIFA 1C0UA 3ZSVA 4H4MA 4E19A 1ZBHA 3NAEA 1WAFA 3DOKA 4CJLA 5FDLA 1QTMA 1S9GA 1A5XA 4C8KA 4I7FA 3AO4A 3RR8A 4BWMA 3KK3A 4NCGA 3MXJA 3SUNA 1W0HA 3VQ7A 1T8EA 3ZSYA 4DTJA 2Y1JA 4CGFA 1WSFA 4CHNA 1C6VA 3ZSOA 4AHUA 1KFSA 1BISA 1DTQA 3P1GA 4Z4CA 4W5TA 3NDKA 3TAEA 1NKEA 2YNIA 3ZSXA 2XY6A 1S1TA 1VSDA 2HNYA 3UIQA 3LAKA 3OYLA 3G10A 1EX4A 4KKOA 3VQBA 3LZIA 3B6OA 4W5RA 4B9VA 1A5VA 2ATQA 4CEFA 3C6UA 4KB0A 4KHYA 2O4IA 4E1MA 3NF9A 1CXUA 4CJSA 3SNNA 4E3SA 3V1QA 4WE1A 3MEDA 2Q3SA 4CIGA 1NK4A 4DSJA 2IDOA 4PUOA 4Z4IA 3AVLA 2Z1HA 4AHTA 1TK8A 3QIPA 4LD0A 1FKPA 3K5LA 3RRHA 4KTZA 3FFIA 4KHUA 1LW0A 4CK1A 1IKXA 3THVA 1ASWA 2QKBA 3SUPA 1HQEA 4Y1DA 2RN2A 5KGXA 3ZCMA 1ZYQA 3MXMA 3ZT2A 2IGIA 4PY5A 4N5SA 3OYCA 2ZQBA 3K2PA 3U3YA 1NK5A 4DSLA 4HTUA 2QXFA 3VQPA 4OPJA 4Z4FA 1TK0A 4DQQA 1WLJA 2YNGA 3B6PA 4CFCA 4KHNA 5KRSA 4Y1CA 1WSIA 4CK3A 3L2VA 4DTOA 1UA1A 2HNDA 2RF2A 4FLVA 3AVFA 2OPRA 4AHVA 3DOLA 2FC0A 5C42A 2DY4A 3RTVA 1UAXA 3L8BA 2BGGA 4EZ6A 2KZZA 4HUEA 3M8SA 1DLOA 4DMNA 4ID1A 2B4JA 5CYMA 1GOBA 3KK1A 2VG5A 4CF8A 1QQCA 4G1QA 4GW6A 3U3GA 2D5RA 4F2SA 3KLHA 1LWEA 3AO5A 2WONA 4CJTA 1S1UA 4IFVA 5T7BA 3V4IA 2F96A 3NF8A 3VA3A 3DYAA 1B9DA 3SUQA 1EKEA 5HRRA 3MXIA 2YKNA 2IAJA 3A2FA 3KKSA 3HPHA 4I2PA 4QAGA 4EP5A 5HRPA 4FW2A 5HBMA 3KLEA 4K8ZA 4J2DA 1C1AA 3SQ1A 1L3UA 4M3WA 4KTWA 4FJIA 1TAQA 1BIZA 4NCBA 2Z1JA 2OPPA 3AVNA 2HNZA 3OS2A 4PWDA 1NJWA 1JLBA 1C1CA 1RBTA 3KJVA 4DFPA 4DTRA 3QIOA 1SV5A 3OJSA 1SL0A 3OYKA 4B3OA 3RMAA 1XWLA 4DSFA 3AVGA 2E4LA 1B9FA 4CJ4A 4M42A 3AVJA 4FJHA 2IC3A 3LANA 4DQRA 1X9MA 4J2EA 1RTIA 4LH5A 3RMCA 1TKDA 1REVA 2A1SA 4DU3A 4DF8A 1TAUA 4RW8A 4C8OA 2HHQA 3P5JA 2PY5A 3KIOA 4OVLA 2HHTA 3L2QA 1BCMA 4EZ9A 3HK2A 3AA5X 4FJ9A 4CJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GBZA 2BUPA 4K25A 1L5UA 2FBYA 1QHAA 1S1VA 3ZSWA 4H4OA 3AGKA 1Q7YO 1YT3A 3QNOA 1XC9A 4E89A 1XMQK 3OYJA 1KAYA 1TKTA 4BVOA 3WXJA 1JL1A 2HBJA 3KLGA 2QWOA 1RDCA 1TK5A 3HVTA 2E1YA 4CJ3A 1WSHA 3ENOA 3H6EA 1ZC6A 1QVGM 3CCVN 3E9PA 3ZSQA 3SQ0A 3KK7A 4HCCA 3W3DA 4FW1A 3TR8A 3SQ2A 2DFHA 4PKHA 4HUGA 4CGIA 1SZ2A 3SAHA 2EHGA 3O3HA 1C0MA 2VWJA 4DB3A 5GINA 1EP4A 4BGAA 1N36K 3EYZA 3HJFA 4OKEA 4AH9A 3K9JA 4OO1J 4NLCA 2W6LA 1HJRA 4BC5A 5B8HA 3HRGA 1KAXA 4DF4A 3D45A 1RDAA 3MEEA 1HLUA 2E20A 1NK8A 3RWUA 4CF9A 4FWLA 2UXCK 1VQ8N 3LP0A 2OZSA 3D0PA 2HHWA 3HYFA 3P31A 3OA9A 4CF0A 3ZX2A 1BL3A 3QETA 3J80O 3VESA 1P8ZA 3TU5A 5EU7A 1ZXOA 3L4IA 3RRGA 2V7YA 3AVBA 5JMVA 1OVYA 4LH4A 3MN9A 4ICLA 1NKBA 1RBSA 1SAZA 1YXQA 4M7YA 3I8BA 1R0AA 3EE9A 4A62A 3EKSA 4DS5A 1U47A 2OZMA 2WTUA 4CJVA 3OYDA 3LWMA 4C1NK 3VPZA 2KTQA 1T7PA 4MLHA 2IVOA 4QCLA 1IO2A 4E7HA 4L8RB 4KV8A 2O8FB 3DWLA 3O9TA 4FM1A 2J4RA 3CJAA 3SZ2A 3SJJA 4CJWA 3E66A 4FWSA 1VQMN 4DS4A 4KH6A 4CZIA 2FBXA 2P9PB 4BROA 1NK6A 5JS2A 1RT1A 5BR9A 1VSHA 2QWQA 4F8RA 2NLXA 5JS1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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