4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
1HQEA 1ASUA 3AVGA 4KAZA 2VG7A 4RW9A 3ZCMA 5C24A 3I0RA 3MECA 5HRNA 1GOBA 3S9HA 3LP2A 3DYAA 3QNNA 4F2SA 4OKJA 3ZSYA 3S3NA 3V6DA 1JLCA 3TABA 2JGUA 4LH4A 4DF4A 1XC9A 3VQQA 1YTUA 2P1JA 3LWMA 4CJVA 4DQSA 1CZBA 3LZIA 1QHTA 1JXBA 2YNHA 3TAPA 1WAFA 1VSFA 3NGIA 4DFJA 4L8RB 1C1AA 1RT3A 3HPOA 1SL1A 1A5VA 4HUGA 4EP4A 5DMRA 4XIUA 4FLWA 2HMIA 1Y97A 2EX3A 4UQGA 2E6MA 1LW0A 1B92A 3P1GA 1QTMA 3LP1A 3VQAA 1CXQA 1S1XA 1C1CA 3VN5A 3NF8A 3QLHA 3KD1E 1BQMA 3QIOA 4ICLA 3S3MA 2KW4A 1YVUA 4GVMA 3VQ5A 3JYTA 3MXIA 1ZBHA 1HYSA 3OS2A 4M3RA 1C0UA 3WNFA 3VQ6A 3CFPA 2D0BA 3AO4A 3ZSQA 4CHQA 4W5TA 4CJTA 2VWJA 3OYEA 4AHVA 1T8EA 1TK0A 4E7IA 1WNSA 4F8RA 5DK5A 4FLVA 3K5NA 1IKYA 3C95A 3SI6A 1WSGA 4H8KA 3NH1A 4K8ZA 2ATQA 3M8PA 3SV3A 4KI6A 1XWLA 4NYNA 1VSMA 1TK8A 4KREA 3T1AA 3KKRA 1REVA 5KTQA 4BE0A 4DTNA 3SUOA 3PX0A 1EP4A 1LWEA 4O5BA 4DFMA 3NF9A 4ELTA 1TAUA 5CZ2A 3PY8A 4B9SA 4DSIA 4BWJA 4JS4A 3H08A 2RKIA 3RMDA 3NF7A 4CHPA 1NJWA 4FJHA 4Q0BA 3P5JA 1C0TA 4DTXA 3THVA 1IH7A 3OYGA 2GBZA 3HT3A 1HNIA 4FXDA 1CXUA 4HVJA 3SPYA 4CEOA 4WE1A 1F21A 1VK0A 3K5MA 3AVBA 3AVJA 1S1UA 3AV9A 1VSEA 4DLEA 4J2EA 4M3WA 5FROA 4FJMA 4CJ4A 4R5PA 4CE9A 1KTQA 1QQCA 3BGRA 3SUQA 3ZSVA 4FLTA 1RNHA 4LH5A 4CFAA 1NK9A 2QK9A 1WSFA 1WSHA 3O3FA 4ELVA 3NBPA 1UWBA 2WOMA 4N41A 3S3OA 2ZE2A 3NF6A 4AHUA 4BDPA 2IDOA 2PZSA 1UAXA 1SUQA 1ASVA 3AA5X 4KI4A 1LWCA 1S1WA 1IKVA 2GUIA 3U6FA 4E0DA 1HNVA 1TL3A 1NOZA 3AVCA 5KI6A 3LWLA 1U48A 4I2QA 1L3VA 2G8FA 4DSJA 4W5OA 3DLKA 3K58A 4JRQA 3TARA 1J5OA 3JSMA 1J9AA 1NK6A 5HROA 4N5SA 4CJRA 2HHQA 1JLEA 3WNHA 3OYLA 4CF9A 4IG3A 2B4JA 1XI1A 4J2BA 4GMJB 1D5AA 4HCCA 3D0PA 3DLHA 2Q3SA 3HPHA 4C8LA 1RCHA 3O4NA 2YKNA 3DM2A 4E1NA 2XRIA 3AVAA 2GV9A 4FYDA 4FW1A 4CF1A 1VSLA 3ULDA 5C42A 2VWKA 4GW6A 3TWHA 3DRSA 3SQ2A 3I8DA 2QXFA 1RTHA 4K8XA 4FJ8A 1BHLA 3ZT4A 3ZT1A 3ZT2A 4CJPA 3DMJA 1QSYA 1TKDA 2BDPA 3EY1A 4KTZA 5HBMA 3F73A 5J1EA 3NE6A 4Q5VA 3PO5A 3LP0A 3CQ8A 3C94A 3KLEA 5KGXA 3KK3A 2LSNA 1KSPA 1EKEA 2NUBA 3C6TA 4YFUA 1X9MA 1SKSA 3V9WA 4I2PA 2HHWA 2OZMA 4RW4A 5T7BA 1S9EA 4IFYA 2R7YA 4Z4GA 2P5GA 4LSLA 3VQ8A 2HHVA 1WSIA 2X6SA 2HHTA 3RMAA 1X1PA 1W9HA 4BE2A 1R0AA 3KK1A 1NKEA 4CIEA 1DTQA 1JL1A 5HLFA 1TKTA 4B8AB 5FRNA 3OYKA 1EETA 4CJKA 1A5WA 4LY7A 4C8NA 1RT6A 2E4LA 4CCHA 4AHCA 3VQCA 3KK2A 3HVTA 2OPPA 1U47A 4KHWA 3V9SA 4IKFA 5SZTA 4CK1A 4QCLA 3F9KA 4Z4CA 4BWMA 4B9VA 3VQBA 4FZXC 1ZBIA 3NH2A 4O55A 3ZSZA 4CJQA 2YHBA 1S9GA 1VSDA 2IGIA 3K57A 2KFZA 3V4IA 3PUFA 4HUEA 3PX4A 1JL2A 4CEAA 4FJGA 3HSTB 3L3VA 1NOYA 1VSIA 4DSEA 2FBVA 5J2NA 4CEEA 1L3SA 3OVNA 3SQ4A 3QEXA 1LV5A 1HMVA 2OA8A 1Q8IA 3TAQA 1KFDA 3ASMA 4CJ5A 4HUFA 3EZ5A 1DTTA 2IAJA 3SV4A 3AVMA 4G1QA 3L3UA 1U49A 2PY5A 4CEFA 5HRSA 2YNGA 1ASWA 1KRPA 1BL3A 5J2PA 1BCMA 4PWDA 1NK0A 5CY4A 2ITGA 2XY8A 3MEEA 1L5UA 4AHSA 3A2FA 1HJRA 4DTUA 4Z4FA 3QINA 1FKOA 4DWIA 1QE1A 4CK3A 4H4MA 1S6QA 2XY6A 1WSJA 1RDCA 3VQ9A 4Z4HA 4FCYA 3PX6A 3K2PA 3V9UA 3V1QA 3E01A 3QIPA 1VRUA 1Q9XA 4IBNA 4ID1A 3ZSWA 1D9DA 3HP9A 1VSKA 5CYQA 3LZJA 4E7HA 1W0HA 1J53A 2QKKA 2HNYA 1BGXT 4DTOA 4CF8A 4DSFA 1JLGA 4ID5A 2BGGA 1TV6A 1NJYA 1NK4A 1SKWA 4KHNA 3NCIA 4KV8A 2BE2A 2X6NA 3ZT3A 4KRFA 1B9FA 3HPGA 3L2UA 4DTPA 4C8OA 1T03A 4DQPA 3M8SA 4E1MA 3L8BA 3UIQA 1CZ9A 4OGEA 4B8CA 3VA0A 4FLXA 1VSJA 3P83D 3VQEA 5HRPA 3MAQA 1IG9A 4DQRA 1FKPA 3QERA 4B9UA 4OKKA 2IOCA 2JLEA 5CYMA 4N47A 2D0AA 3ITHA 1I39A 1WSEA 2OPRA 3LDSA 2YKMA 4CFBA 4KO0A 2I5JA 1HRHA 4IG0A 4KHQA 3RMBA 4BACA 1KVCA 3K5OA 4HCBA 4DSKA 2F8SA 4FVMA 2HNDA 2P5OA 2ZQBA 2X74A 4CGHA 4ZTJA 2RN2A 4CECA 1J54A 3OYMA 4E7JA 3NFAA 3V1RA 3FFIA 1TL1A 3OS0A 3DOLA 3TAEA 2XHBA 4CHOA 3M8RA 2HW3A 4O4GA 1BIUA 1G15A 4KHUA 4JS5A 4FK4A 5HP1A 1VSHA 1C1BA 4PQUA 3I0SA 3IS9A 2IC3A 3CM6A 4CERA 1UA1A 4B9MA 3NAEA 2HHXA 2G8WA 3KLHA 3KJVA 1RDAA 4QAGA 3OS1A 2EHGA 4OPJA 5KRTA 1QS4A 4CGDA 1HYVA 4MFBA 3IAYA 1LWFA 4FM0A 4O0IA 1ZYQA 4FZYA 4FJ7A 4CGGA 1TVRA 4KFBA 3KLIA 4EZ9A 4FW2A 4OJRA 4CHZA 3AO2A 3RTVA 1GOAA 3DI6A 4DU3A 3AO1A 3V9ZA 3LAKA 1ZBLA 2QKBA 4M3ZA 3DLBA 2W42A 1NKBA 2FBTA 2FBXA 4DU1A 1BISA 5E41A 1D9FA 3L2WA 4NCBA 1TKXA 3AA3A 3LPTA 4CHNA 3AVKA 3KLGA 3RRGA 3HJFA 4CJFA 3MXMA 1JLBA 4FJ9A 1BI4A 3KKSA 3G0ZA 4FJXA 2Z1GA 3SCXA 3G10A 4CEQA 3O3HA 2XO7A 4DFKA 4PUOA 3SZ2A 3T19A 4CJLA 1RILA 4CJSA 2HNZA 2PYJA 2E6LA 1RDDA 3DLGA 5K14A 3RMCA 4M3TA 3ISNC 4B9LA 3HM9A 4I7FA 5FDLA 3HL8A 1JKHA 3TAGA 4CGIA 4CK2A 1LW2A 3D45A 1ZBUA 1SV5A 1VRTA 4CEBA 3DRRA 3VQ4A 2G8UA 2D5RA 1FXXA 1RTIA 1BCOA 2X78A 2G8VA 1JLAA 3LPUA 4FM2A 2OYQA 1KCFA 1RT7A 5J2MA 4RW6A 4BDYA 1S1VA 3QEWA 3DRPA 4Z0UA 4KTQA 2DTUA 3OYAA 4C8KA 1L3UA 2O4GA 1UOCA 4Z4EA 4BE1A 4MQ3A 1XHZA 3QETA 2DFFA 1U04A 4E19A 3OJSA 1RBTA 5D3GA 3B6OA 1NKCA 1WN7A 3LALA 2HB5A 2XY5A 2RF2A 4DG1A 4NCAA 3OYJA 3PV8A 4CFDA 1EXQA 1HYZA 3VQPA 5SWMA 3SYZA 3L2VA 1NK5A 1S5JA 4O44A 2A1RA 1EX4A 3AVNA 2O4IA 4CF0A 1DLOA 3AO3A 4NCGA 4Y1CA 4DTRA 3VQDA 4CFCA 3HXMA 1N6QA 3AVIA 1ITGA 2G8KA 4M45A 5FRMA 4M42A 3VA3A 2VG6A 3BDPA 1HQUA 4OGCA 3MXJA 4CESA 1HPZA 3OYIA 2OPSA 3HK2A 1IO2A 4DMNA 3IG1A 4M3YA 3HYFA 1N5YA 4DQQA 4FK0A 5I42A 3SQ0A 4F4KA 4FZZA 4W5NA 4N76A 4KKOA 3ZSRA 2P51A 4TSXA 4DS5A 5J2QA 3RR7A 3ZSOA 2G8HA 1RBSA 1A5XA 5KRSA 3QO9A 1MU2A 1C6VA 3DLEA 4CJ3A 2AJQA 2WONA 1YT3A 2YV0X 3VQ7A 3O3GA 2Y1IA 4RG8A 1Q9YA 4CIGA 1D8YA 3M8QA 4DLGA 4CJUA 4ELUA 4W5RA 4O0JA 1TKZA 1RT4A 1QSSA 1RBUA 3NDKA 2G8IA 4KTWA 2D0CA 1CLQA 4PY5A 3LP3A 3V9XA 4DFPA 1U45A 2VG5A 2KZZA 4I9QA 1L3TA 1RBRA 3AO5A 2F8TA 3U3YA 3RRHA 4FLYA 1KVAA 1JLQA 4ZTFA 2XY7A 3OYFA 4C8MA 1TK5A 5EU7A 3TAFA 4IDKA 3CM5A 4OKEA 3CFOA 4CEDA 3KIOA 4FK2A 3NHGA 5CZ1A 4KB1A 3V81A 4DQIA 4EZ6A 1BI4B 3SQ1A 4KHSA 2HHUA 1WAJA 3OYBA 1RT5A 2ETJA 4CJWA 1GOCA 3DOKA 4DTMA 1IKXA 4CHYA 4OLBA 2RPIA 2YNIA 1NK7A 3QNOA 1X9SA 1QSLA 2Z1IA 4QOZB 3SJJA 4CF2A 4YNQA 1IKWA 4BDZA 5I3UA 1B9DA 1RTDA 3OJUA 4FLZA 3OYDA 3EYZA 1JLFA 4F3TA 1SKRA 4FM1A 1TAQA 2FBYA 1KLMA 3C6UA 4B9NA 1SL0A 4CGFA 3RR8A 4KHYA 1K6YA 3AA2A 3L2QA 1JXEA 4Z4IA 2FC0A 2BANA 5KGWA 1RBVA 1Z26A 4E3SA 4M41A 3HO1A 4OLAA 3SPZA 3PO4A 4B08A 4Y1DA 5JS1A 4CIFA 1S6PA 4B3OA 4PA1A 4DU4A 3TAMA 1WLJA 4DSLA 3KLFA 1ZBFA 3QESA 3SUNA 2YNFA 4OVLA 4ZHRA 4FJ5A 2ZD1A 1T05A 3KTQA 2KTQA 3ALYA 3OYHA 1U4BA 4W5QA 1Z25A 1RT2A 4CGJA 4JRPA 3O4QA 1NJZA 1LAWA 2OZSA 3TI0A 3LAMA 4E7LA 1KFSA 1LAVA 2PYLA 4AILC 1YTAA 3CYMA 1NK8A 3NGZA 2HHSA 3HP6A 3IRXA 1XHXA 3T3FA 2A1SA 4FLUA 1C0MA 4I9LA 4CEZA 4NYFA 4LD0A 3MEDA 2B5JA 1BQNA 3NGYA 2B6AA 4KPYA 4OPKA 2Z1HA 3LANA 5C25A 3L2RA 4J2AA 1RDBA 2OPQA 3AVHA 3ZT0A 3WNEA 4F3OA 4H4OA 4FJNA 3QEVA 1BIZA 1RTJA 4RW7A 4DF8A 1FK9A 2IS3A 1O1WA 3MEGA 3AVLA 1TGOA 3CG7A 5JS2A 1X9WA 3OY9A 3OYCA 4DS4A 2HVHA 1KVBA 4KB0A 4F2RA 4E7KA 1T7PA 4JLHA 4CJEA 3KD5E 1NJXA 3CFRA 1I3AA 3TR8A 3WNGA 2YHAA 4EP5A 1KLNA 3AA4A 3SNNA 2DFEA 4FJIA 2F96A 4RW8A 3SUPA 4AHRA 3OYNA 2KFNA 3K59A 3QEPA 4FJJA 3RWUA 1RT1A 4DTSA 3NH0A 4AHTA 4N56A 2Y1JA 3QEIA 3HVRA 2KZMA 4FJLA 1S1TA 4DTJA 4J2DA 2HVIA 1SL2A 5HRRA 4HTUA 4B9TA 3AVFA 4FJKA 4IFVA 4AH9A 4HHTA 4M3UA 3DLRA 4LSNA 3U3GA 4M3XA 2KQ2A 3ZSXA 3K5LA 2DFHA 3B6PA 4E89A 3TANA 1UA0A 3V1OA 2DY4A 2Z1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HQE A;  1ASU A;  3FZH A;  4RW9 A;  5C24 A;  5HRN A;  4DUY K;  3S9H A;  5AQJ A;  3QNN A;  4IDH A;  2JH8 A;  2JGU A;  5AQP A;  2QTD A;  2P1J A;  4BR9 A;  4CJV A;  2O8B B;  1BUP A;  2QA4 N;  2HMI A;  3O9U A;  5BN8 A;  1B92 A;  3FZK A;  3P1G A;  4DKW A;  3PSF A;  2JQT A;  4DR2 K;  3NF8 A;  3KD1 E;  1BQM A;  2H4T A;  1OVY A;  2ASP A;  3S3M A;  2KW4 A;  4GVM A;  3VQ5 A;  1ZBH A;  4M3R A;  3VQ6 A;  3OYE A;  1BU6 O;  4AHV A;  4F8R A;  5DK5 A;  3HI0 A;  3SI6 A;  1BO5 O;  4FPB A;  2P1M B;  2D0O A;  4K8Z A;  1Y64 A;  4WQ5 A;  1TK8 A;  3D2F B;  4KRE A;  3T1A A;  5AQF A;  1W7A A;  5KTQ A;  4DTN A;  2P9I A;  3PX0 A;  3MN6 A;  3CJC A;  3NF9 A;  1TAU A;  4B9S A;  2RKI A;  5EOY A;  3N1B A;  4DV2 K;  3NF7 A;  4CHP A;  1NJW A;  3SVI A;  4GV6 A;  4Q0B A;  3CER A;  1MMO G;  3THV A;  3HT3 A;  3AGR A;  1HNI A;  1MA9 B;  3VET A;  5AQT A;  3VTI A;  3CME N;  3F5T A;  1S1U A;  3CCR N;  1M1K O;  3ID8 A;  4CFA A;  1NK9 A;  3NBP A;  2WOM A;  4N41 A;  3S3O A;  2HOE A;  2IDO A;  1UAX A;  1ASV A;  1YHQ N;  3VGL A;  3LM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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