1RDDA

Crystal structure of escherichia coli rnase hi in complex with mg2+ at 2.8 angstroms resolution: proof for a single mg2+ site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structure of Escherichia coli RNase HI in complex with Mg2+ at 2.8 A resolution: proof for a single Mg(2+)-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 37
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rddA00
3OYNA 1VK0A 1Y97A 2JLEA 2PYJA 1NK9A 2YV0X 4Y1DA 3KLHA 3HK2A 4QAGA 4RW9A 4B08A 3OYIA 1IO2A 1EX4A 5DK5A 1JLCA 3WNFA 1N6QA 3CYMA 3QETA 4CJUA 3LAMA 1KLMA 1QSSA 1T7PA 3TWHA 4CFBA 4O0JA 1C0UA 1A5XA 1S6PA 3DRSA 3TAMA 2BGGA 4FJJA 1WLJA 1QTMA 2P5GA 4E1MA 3QINA 3SUNA 2HNYA 4Z4FA 3HXMA 3PX0A 3OYLA 3S3OA 4OPJA 1ZBHA 1TKXA 1LAWA 3QESA 1XWLA 3IRXA 4BE1A 4HHTA 2QK9A 1IH7A 1HYZA 3NCIA 1NJZA 2YNGA 3G0ZA 4RW6A 4FLWA 4BDPA 2P1JA 2YNHA 4E19A 4FJ7A 2FBVA 4FJLA 1IKXA 3AVLA 4JRQA 1S1VA 4CGIA 1JXBA 4FJNA 4Y1CA 3BGRA 2DFHA 3KKSA 4JRPA 3V1RA 5KTQA 1RTJA 2FBXA 1C1BA 3NGIA 1QS4A 1I39A 4LSLA 2XY7A 4M41A 2VWKA 1UA1A 3DI6A 3AO4A 4FJGA 4FK0A 4KHSA 3DLGA 3NF9A 1UA0A 4LH5A 3CM6A 3VQ5A 1TK8A 4BWMA 2KFZA 4B3OA 2D0AA 3O3GA 1JLEA 3C95A 3KK1A 1NKCA 3LZJA 4CFAA 4KO0A 1RTIA 2IAJA 3ZSVA 3QERA 3OYEA 4CGHA 5JS2A 3PX4A 1HYSA 3S9HA 5KRTA 3NHGA 4HTUA 4B9MA 1BCOA 3A2FA 4DFJA 4LY7A 4OGEA 1J53A 1VSDA 4CFCA 4FJMA 2D5RA 1NOZA 1VSHA 2KQ2A 1RDDA 4CF9A 1SL1A 3AVKA 3CM5A 2HNDA 3CFPA 2YHBA 4FLXA 4DQSA 3RMDA 3OJUA 3TAFA 1XC9A 3JSMA 1D8YA 3DLHA 3U3GA 4B9SA 2YHAA 5FRNA 2Y1JA 3SUOA 4AHTA 3QEVA 3I0SA 5HRSA 5DMRA 4DTXA 1T03A 1WAJA 1G15A 1CLQA 3ZT4A 3RR7A 1RTDA 1WSHA 4E1NA 4DTNA 5J2QA 1NJWA 2B6AA 1WSFA 2HW3A 1L3VA 1N5YA 1JLFA 1RBSA 4CJKA 3AO3A 2G8UA 4ID5A 2FBYA 3AVBA 3SQ2A 3U3YA 2B4JA 3OVNA 4FYDA 1F21A 3LAKA 1UOCA 3VQ6A 4CIEA 4EZ6A 4KHWA 1NK7A 3P83D 1VSIA 1VRTA 1BQMA 3PX6A 2Z1GA 4OKEA 4E3SA 3VA3A 4F8RA 1S1TA 2KW4A 1KSPA 3AVHA 3V9WA 4H8KA 3LP1A 1RDAA 3LDSA 2WOMA 2OPPA 3NF7A 1EKEA 1KFDA 1HRHA 1Q8IA 2BDPA 1VRUA 3G10A 4AHSA 5FRMA 1TL3A 1DLOA 2RPIA 1W9HA 4IG0A 1BHLA 4C8MA 1VSKA 4OVLA 1RILA 1W0HA 1JKHA 4CEFA 4ZTFA 2HHUA 1T8EA 1WAFA 5C25A 3OJSA 2X6SA 3VQEA 2G8HA 4DSJA 2HHSA 4CGFA 4B8CA 4OKKA 4PA1A 4E7LA 2OYQA 1QQCA 1SV5A 2DFFA 3FFIA 4RG8A 4BE0A 4DF8A 2XY5A 3DOKA 1ZBFA 2YNFA 2OZSA 3QEWA 1ASVA 3AVGA 4F3OA 4L8RB 4KI6A 1MU2A 2ZQBA 4DQPA 3DRRA 3ZSRA 3SQ4A 4I9LA 1HQEA 1YT3A 1TV6A 4CEZA 4W5TA 3DLKA 1S1UA 3P1GA 4EP5A 4KB0A 2XRIA 5J2PA 4NCGA 4DFPA 3AVCA 3DLRA 3IS9A 1U49A 2G8VA 2KFNA 3HSTB 3SV3A 4CJPA 3C6UA 3SV4A 3BDPA 3PO4A 5D3GA 1DTTA 1KVAA 1RBVA 1S6QA 4IFVA 3NGZA 5J2MA 4Z4EA 1LW2A 2E6LA 2EHGA 3TR8A 3KLGA 1S5JA 3MEEA 4I2QA 4CEBA 2GUIA 4IDKA 4KHQA 4AHRA 3PV8A 1C6VA 3OYHA 3TAPA 2ATQA 1U47A 4W5NA 1RT2A 3OY9A 1NJYA 3C94A 2O4IA 4G1QA 4FLYA 4CGJA 5CYMA 4RW7A 4CHYA 4FLVA 5J2NA 3JYTA 3UIQA 3SPYA 4M3TA 4IBNA 4HVJA 1K6YA 2A1SA 5C24A 1CZ9A 2OPQA 4FJ5A 4KRFA 4C8LA 3SUPA 4DTSA 1I3AA 3HPHA 1SKWA 3O4QA 2X74A 2ZD1A 4BDYA 1C0MA 4HUFA 3TANA 4CHPA 1A5VA 3AA4A 2IOCA 4MQ3A 4CJFA 4K8XA 4J2DA 1QSYA 3AV9A 3ISNC 4FJKA 2Y1IA 4ELVA 4KFBA 3QNNA 2IC3A 1HQUA 1SUQA 3K58A 5KGWA 3V9XA 3AVAA 3L2QA 4KHUA 1LW0A 4CJSA 3SUQA 3HL8A 5EU7A 3ZT2A 1CXUA 2RF2A 2FC0A 1WSIA 1QE1A 2GV9A 4KTZA 5CZ1A 3T1AA 4E89A 1SL0A 4CGGA 4HUGA 3AVFA 4E0DA 5HBMA 4J2EA 3DM2A 1NKEA 4LD0A 4CJLA 1A5WA 4O4GA 2F8TA 3DYAA 4CK2A 1CZBA 4DTMA 5HLFA 1NKBA 4KREA 3KIOA 3P5JA 1WSJA 3V81A 4AHCA 3I8DA 4CF8A 4E7IA 1L3SA 3OYDA 2B5JA 2IDOA 3CFRA 3IG1A 3TAQA 3D45A 3KD5E 1WSEA 4Z0UA 1BIZA 1YTUA 3V9SA 3OS0A 3AVNA 3B6PA 4CK3A 3OYAA 4AILC 3K5NA 3CFOA 4B9VA 2WONA 1U48A 4FK4A 4H4OA 3ZSXA 3KJVA 4GW6A 3RMBA 4BWJA 3ZSZA 4CJWA 3WNHA 2G8KA 1JXEA 3LWLA 3D0PA 4ZTJA 3HP6A 3QLHA 2PYLA 2AJQA 1VSJA 2G8IA 4DF4A 3DRPA 4DSLA 3LP2A 4DLEA 1BISA 1RBRA 2HVHA 1X9MA 3LANA 3HM9A 3NGYA 2HMIA 4C8OA 1HPZA 3ZCMA 1RCHA 4R5PA 4DQIA 4B9LA 4AHUA 3OYFA 4N5SA 4W5QA 3THVA 4H4MA 5FDLA 2ITGA 3LPTA 1KRPA 4N41A 4Z4IA 3M8RA 4F2RA 3S3MA 3L3UA 4CESA 4B9TA 4CJRA 3O3FA 4DWIA 4KAZA 2FBTA 1BI4B 2KZMA 3VQPA 4Z4CA 1KVBA 3VQ8A 3MXIA 2F8SA 1U4BA 4IFYA 3SCXA 3M8SA 3L3VA 1IKYA 1FKOA 1NK4A 1KFSA 4E7KA 3SJJA 2D0BA 1R0AA 1U45A 2PZSA 1EETA 1HMVA 1C1CA 1Z26A 4DS4A 4M3YA 1WNSA 4KTQA 3RRGA 1FK9A 2Z1JA 2GBZA 2LSNA 3CG7A 1LWCA 4DTJA 3MXMA 1KLNA 4DTPA 3QNOA 3SZ2A 5HRNA 3LPUA 4O55A 4FLTA 4PUOA 3L2UA 2HVIA 3ASMA 5HRRA 4C8NA 4FZZA 4RW4A 3OS2A 3VQ9A 1JL1A 2BANA 3MAQA 2XO7A 2PY5A 1NK8A 1ZYQA 4ELUA 2O4GA 2RN2A 4DU3A 4M3RA 1D9FA 1TGOA 4O5BA 1SKSA 4JS4A 2YKNA 1TKZA 2HB5A 3F9KA 2KZZA 2YNIA 2IGIA 1J54A 1U04A 3HP9A 3I0RA 4YFUA 3KLEA 4KPYA 4OLAA 4FJ8A 1B9FA 3M8QA 1S1WA 2G8WA 4I2PA 1FKPA 3SI6A 4F4KA 1KCFA 1XHXA 1HJRA 4Z4GA 3L2VA 1NOYA 1L3UA 4GMJB 3OYCA 4FLZA 2VG5A 4CEEA 3K59A 4FXDA 4CIGA 1ITGA 4FM0A 3T19A 2DY4A 4EP4A 3QEXA 4HCBA 1RDBA 1RT6A 4CF0A 4ZHRA 5SWMA 3VA0A 4I9QA 4F3TA 1S9GA 1XI1A 4N47A 2E6MA 4DMNA 2YKMA 4ID1A 3LWMA 3RR8A 5KRSA 3HT3A 4KHYA 1LAVA 3AA5X 4DQQA 1LV5A 4M3UA 3NF6A 2RKIA 1DTQA 3IAYA 4FK2A 4GVMA 3OYKA 3TABA 2HHTA 4KV8A 3NAEA 1NK0A 5KGXA 4IKFA 4DFMA 3DOLA 3LZIA 3HPGA 2P5OA 4PY5A 1YVUA 4DLGA 3RRHA 4KB1A 4KHNA 3KK2A 1HNIA 1EP4A 1B9DA 1T05A 2HNZA 1RT1A 2X6NA 1TVRA 1J9AA 4M3ZA 2DTUA 1GOBA 3NDKA 4W5OA 3SPZA 3AVJA 4KTWA 4FJ9A 4C8KA 2IS3A 1CXQA 5HROA 1RT4A 3VQ4A 4DU1A 1TAQA 4DTOA 2OPSA 4AHVA 5HRPA 3T3FA 3TAEA 2P51A 3NF8A 1VSMA 4AH9A 1C0TA 3LALA 2Q3SA 3QO9A 3ALYA 4CGDA 4CFDA 4QOZB 3ZSQA 2W42A 3K5MA 2HHVA 3ULDA 3PUFA 3KLIA 2XY6A 1L3TA 1D5AA 1S9EA 4JS5A 1QSLA 3HVRA 1C1AA 3ZSWA 4DFKA 1UAXA 3AVMA 3QIPA 3VQQA 4CK1A 1X9SA 2Z1IA 3HYFA 4CF1A 1REVA 4DTRA 4B9UA 4WE1A 4ICLA 2QKBA 5SZTA 3U6FA 3MXJA 1LWFA 5FROA 4Q5VA 3VQAA 2JGUA 3AA2A 2EX3A 3SNNA 3L2RA 1ZBUA 2VG6A 4Q0BA 2KTQA 3EYZA 2A1RA 3RTVA 3TI0A 3C6TA 4HCCA 3DLEA 2OZMA 4FZXC 4QCLA 1TK5A 2XHBA 4EZ9A 4CHOA 3AO1A 4PQUA 4MFBA 4TSXA 1RT5A 3NBPA 1BGXT 1VSFA 3NH0A 4E7HA 4OLBA 3MEGA 4RW8A 2QXFA 1FXXA 3HO1A 4OJRA 1ASWA 3HVTA 3L8BA 4M3WA 2I5JA 3VQCA 3KD1E 3NH2A 1YTAA 1BI4A 3HPOA 4PWDA 3AVIA 2XY8A 1WSGA 4NYFA 3O4NA 4BACA 4W5RA 2HHWA 4M3XA 1IKVA 3RWUA 3V9UA 1RBTA 4OGCA 4N76A 2VWJA 1WN7A 1GOCA 4XIUA 4JLHA 2E4LA 3V6DA 4FW2A 1Q9YA 5I42A 1BL3A 3S3NA 3AO5A 4CEDA 1EXQA 2OA8A 2BE2A 4FW1A 2G8FA 3OYMA 1O1WA 3EY1A 3ZT0A 1RT7A 4LSNA 4CHQA 1ZBIA 3OYBA 4NCAA 3V1OA 2DFEA 4E7JA 1SKRA 2OPRA 3AO2A 4OPKA 1IKWA 3KLFA 1S1XA 4OKJA 4CE9A 3V4IA 3CQ8A 4NYNA 3SQ1A 4KI4A 2HHQA 3NE6A 1NK6A 5KI6A 5JS1A 1X1PA 4FJHA 1Z25A 3AA3A 5E41A 3QEIA 4CEOA 1QHTA 2D0CA 1HNVA 3K5OA 3LP3A 1HYVA 4FJIA 1J5OA 1RBUA 3VQBA 4CIFA 3O3HA 3K5LA 4BE2A 3DLBA 2F96A 3OS1A 4FVMA 1BQNA 2NUBA 3K57A 5HP1A 1KVCA 4O0IA 4UQGA 5CY4A 3SQ0A 3RMAA 3H08A 3RMCA 1GOAA 3LP0A 1TAUA 1ZBLA 4K8ZA 4CEQA 1BCMA 4M45A 4CJVA 3PO5A 4IG3A 5CYQA 4O44A 1TK0A 3KKRA 3PY8A 3E01A 4I7FA 3EZ5A 3QEPA 3KTQA 3KK3A 4DS5A 1B92A 1JLGA 4FZYA 3ZSYA 3K2PA 4Z4HA 1VSLA 1ASUA 1JLAA 3B6OA 3SYZA 4DSKA 4ELTA 1IG9A 4CF2A 4CHZA 3L2WA 1L5UA 4CERA 5T7BA 3V9ZA 1NJXA 2QKKA 2VG7A 3OYJA 4DQRA 4CJ5A 3ZT3A 4CECA 1Q9XA 4M42A 3VQDA 4CEAA 1D9DA 2ETJA 3TARA 4LH4A 3V1QA 4J2AA 1VSEA 1RTHA 4J2BA 1KTQA 2R7YA 1JL2A 3WNEA 4CJQA 1XHZA 2HHXA 1UWBA 1TKTA 4DSFA 4CJ3A 4CJTA 3ITHA 3OYGA 2Z1HA 3NFAA 3ZT1A 4DTUA 4NCBA 4CJ4A 3TAGA 3MECA 5CZ2A 1RNHA 2ZE2A 3VQ7A 4HUEA 4FLUA 3WNGA 1RT3A 4CHNA 5I3UA 1SL2A 3MEDA 4YNQA 3F73A 4KKOA 4DSEA 4DU4A 4DSIA 4FJXA 5C42A 4BDZA 4FM1A 3HJFA 1TKDA 3VN5A 1NK5A 4B9NA 4DG1A 2X78A 3M8PA 4N56A 3NH1A 1JLQA 1X9WA 1BIUA 4FCYA 3ZSOA 1LWEA 1RDCA 4B8AB 4CJEA 3QIOA 5K14A 4F2SA 4FM2A 5J1EA 1TL1A 1JLBA 4CCHA 3DMJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUAK 3E66A 4B08A 1VQ4N 3R1XA 1X3MA 5DK5A 1JLCA 1N6QA 4JEPA 3LAMA 3HOSA 3DRSA 1RFQA 4H5VA 3G6EN 3VF6A 2HNYA 4Z4FA 2UXDK 3ENBA 2PBDA 1ZBHA 3QESA 1N32K 3IRXA 4HHTA 3NCIA 4FLWA 2YNHA 4E19A 2FBVA 2PFUA 1IKXA 5AQNA 4FWPA 4FJNA 3BGRA 1Q86O 4JRPA 4U7BA 2ZGYA 2O8CB 4FJGA 3DLGA 4LH5A 3VQ5A 4A5AA 3ATVA 4BWMA 4CVNE 5BR9A 3O3GA 4H5NA 4CFAA 2H3GX 4KO0A 3S9HA 3CHWA 4JD2A 1VQNN 3A2FA 1EWRA 2Q2RA 2YJFA 1VSDA 4GNIA 4FJMA 1RDDA 3AVKA 4EHTA 2HNDA 3CFPA 4FLXA 3DLHA 1XC9A 1D8YA 3U3GA 3AY9A 4IZ9A 5E26A 3F9MA 2KKZA 1CLQA 3ZT4A 3RR7A 3WXLA 3FZFA 3CCEN 5GIOA 1WSFA 1L3VA 1N5YA 4LF7K 3AO3A 1P90A 2W6KA 3ZLJA 2F9TA 3U3YA 1F21A 4JK7A 4EZ6A 3P83D 4NB4A 4CZLA 4FVUA 2Z1GA 1S1TA 3VETA 4H8KA 2I7PA 4WQ4A 3TSQA 4BROA 2RHKA 2BDPA 3JAMO 3G10A 4AHSA 4Z94A 4IG0A 4C8MA 1W0HA 4ZTFA 1MWMA 4FOIA 2X6SA 4B8CA 4OKKA 3DJCA 4BE0A 3FFIA 4DF8A 4CBUA 5BRFA 3AVGA 4L8RB 4CI6A 4I9LA 1HQEA 4A59A 2GELA 1VQPN 1S1UA 3P1GA 4I6MA 4KH5A 3HSTB 3NVMA 4DUZK 4O5FA 1QVFM 1RGIA 3FGUA 2ZJRL 1K8AO 1RBVA 1S6QA 3FFKB 3U9DA 4Z4EA 3D6RA 2EHGA 3KLGA 1S5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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