3G25A

1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with glycerol.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
total genus 184
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A01
1X3MA 4BRFA 5BPMA 2ZGYA 1ZXOA 5BRDA 3BF1A 3ID8A 2QWQA 2AA4A 2CH5A 3UKRA 4FO0A 4K41A 4BGBA 4IJNA 4O5FA 4BG9A 3CI5A 4H0VB 2ASOA 2Q2RA 3FR0A 4H03B 3I8BA 4JNEA 4M7YA 4H5VA 2BTFA 4A62A 5BRFA 3VF6A 5EXWA 2P9SA 2W41A 4HWIA 3GE1A 2ZF5O 4PL8A 4BR2A 1MDUB 1IG8A 1JCGA 5AZIA 4BQLA 3W0LA 2EWSA 4FWMA 1HJOA 3S41A 4GY2B 3H1VX 4LC9B 1OKJA 5FPNA 2GELA 5BPNA 4BR9A 3H3OB 4BRDA 3O5BA 4C23A 1RDWX 3WXJA 5EX5A 3VEVA 2OANA 4FWLA 4BVPA 2P9IB 1YAGA 4FWQA 1XC3A 3IFRA 5AQUA 2GWJA 2IVPA 4F9OA 4WYBA 1TUYA 3VF2A 2E1YA 2P9UB 2A6AA 2ITMA 3UKUB 1KAZA 5F1XA 5AZJA 4FWNA 3FGUA 2QWMA 3JS6A 4CZIA 3VEWA 1HX1A 2E2PA 3CERA 2PAVA 4DQ8A 4FPBA 1Q18A 3LL3A 3R6MA 3VEOA 3DXKA 1GLDG 4WQ4A 4BRIA 4BROA 3SJHA 2E88A 4A2BA 2UYTA 3UE5A 2F9WA 3CJBA 2D1KA 2P9SB 3A5MC 2GTDA 3HI0A 1SAZA 5AQVA 4BC4A 4CBXA 3HZ6A 3VETA 2IIRA 3I33A 3MK6A 4H0OA 2ZGZA 5F2RA 4EAHD 3CQYA 4PL7A 5AFUA 3KVGA 4BC5A 3ENHA 3RSEA 4H5TA 1J6ZA 4NO7A 3A5LC 4XH5A 2ZWHA 2QWNA 4DCHA 5ADXH 2Q1NA 2QWOA 4FOEA 1MWKA 3WXKA 3OHRA 3GG4A 3CJ1A 3LDPA 4BVOA 1RFQA 1T6DA 4FSVA 3VEYA 3H3NO 3QBWA 5AQRA 3VOVA 1KAXA 4IXCA 1P8ZA 1QQNA 1GLFO 4FWPA 2NRHA 3ATUA 4EIAA 3WEEB 2V52B 4B1ZA 1GLJO 1QZ5A 1GLCG 1RGIA 4ISGA 3L0QA 4MO5A 3WUHA 2QXLA 2QWRA 3QMLA 3DXKB 1Z05A 4BRPA 3FZFA 2I7PA 2NLXA 2AP1A 3DAWA 4BC2A 1HKCA 4QS8A 5KPTA 2FSKA 1QQMA 5TKYA 3D2EA 1BO5O 1GLLO 5BN8A 5JMVA 5KPZA 1NBWA 1BA0A 2IVOA 4IJAA 2P9KA 2A5XA 5AQZA 4EHUA 2A40A 1S22A 4M7XA 3GDQA 2GUPA 3WQUA 4CZMA 2I7NA 3GOIA 3O4WA 1YXQA 3L6QA 3GBTA 4AM6A 3M6GA 1Z6RA 5F0XA 3KHYA 4ISEA 1YUWA 3G25A 3ULEA 3DJCA 4B9QA 2YJFA 2HMPA 3VESA 1IJJA 3H6EA 4YDUC 3F9MA 4JD2A 2VCPA 1E4GT 2CGJA 3WXIA 2QM1A 3SLCA 1SZ2A 4PKHA 3HM8A 5AQXA 4BRHA 1BOTO 1NMDA 3M1FA 4BR5A 4A61A 4CZJA 5KQDA 1HPMA 5B8HA 2FF6A 5AQQA 4CZKA 4BRMA 3LM9A 1LOTB 1KXPA 3KZBA 4NB4A 4IO8A 3D2EB 4B1WB 3ZEUB 2J4RA 5AQLA 3GL1A 3EZWA 5AQJA 1X3NA 2QWLA 5JLFA 1T6CA 1V4TA 2P9KB 3D2FA 4BQZA 4H0XB 1X9JA 3VEZA 4XEIA 3D7EO 5LY3A 3A5NC 5AQOA 5AFUH 3UKRB 2FSJA 1HKBA 3AAPA 1ZBSA 2VYPA 4H5RA 4IZ9A 2HF3A 1JCFA 1NGDA 4O8KA 2F9TA 4I6MA 3ZETA 5BR9A 3C7NA 1BDGA 2IVNA 1V4SA 5LJVA 3O8MA 4WQ5A 2Q36A 3H46O 5AZIB 3VEXA 3JXUA 1LCUA 5BREA 3AY9A 4BRNA 1HKGA 4JD2B 3SMPA 5BRHA 2VWBA 2QWPA 1K8KA 2Q0UA 3CJ7A 3CJCA 4CZFA 3BUZB 3MMVA 5BN9A 4CD1A 3EO3A 2FLOA 2NZTA 1U6ZA 1GLEG 4BRCA 3O08A 1NGHA 2FF3B 2V7YA 3HBTA 5E26A 3P4IA 5AZJB 3H45C 4PKIA 3QICA 1NGIA 3A8YA 5E84A 3DXMA 1WUAA 4H0PA 1ATNA 4WQ4C 1BA1A 3B8AX 2A3ZA 1NGGA 4JHDA 4Y0WA 4I6MB 4H0YB 1G99A 4A2AA 5AQHA 2A42A 2V7ZA 2FXUA 3LDNA 2PBDA 3MN6A 4H5WA 3VGKA 1NWKA 2E2NA 4AM7A 5FPEA 3CETA 5ADXA 4BRQA 1NGAA 1ATSA 3ZX2A 4L3QA 3MDQA 4CZLA 3ZX3A 2A41A 1NGFA 2P9LA 3UB5A 2GWKA 5KQ8A 2Q0RA 4RWTA 2CH6A 3RSEB 1C0FA 1GLAG 3IDHA 1HUXA 1QZ6A 2BUPA 1K8KB 3EN9A 3VPZA 1ESVA 3WQTA 4BR4A 5AQNA 5AQFA 3EKSA 2E2OA 3VERA 2Q97A 2P9PA 1MA9B 5FPDA 4MLEA 1JCEA 3FZKA 3IUCA 4CZHA 4DHYA 3VENA 2D0PA 2Q31A 4CD3A 2ASPA 2P9NA 5ELZA 1SQKA 1NLVA 3WXLA 3FFKB 2KHOA 3BF3A 3TU5A 4B1YB 4FOIA 5AQMA 3CIPA 3DXMB 4GNIA 2FSNA 3W3DA 1QQOA 3CJ9A 4EFHA 4DB3A 3U4LA 1C0GA 5JICA 2D0OA 5I9EB 4FWSA 2E20A 3R8EA 4JHDB 3LM2A 2YJEA 3J8AA 5EVZA 5AQSA 1DGKN 1BWFO 4H5NA 2W40A 3FZLA 3MN7A 4B1XB 1T44A 1U2VA 4PKGA 1BUPA 3QFPA 4JN4A 2ASMA 2GEMA 3M3ZA 1EQYA 1H1VA 3WT0A 2P9LB 5AQIA 1DEJA 1ZC6A 5AQWA 3H1QA 3ENOA 4CZGA 1QHAA 2QW9A 1XQSC 2YHYA 1XUPO 4CBWA 3QDKA 1D4XA 4MO4A 4BR7A 2P9PB 4K42A 3ULEB 4ISFA 4BRKA 4QS9A 1S3XA 3VF4A 2H3GX 5AQYA 3O1WA 1TUUA 3WEEA 4BRLA 2CGLA 2P9NB 3IMXA 3ATVA 3CHWA 4BC3A 5AR0A 3FZMA 5BPLA 2E1ZA 1NGCA 4FWKA 3LDLA 5AQGA 2YCHA 4J8FA 3BP8A 3FE1A 3MCPA 3O1BA 4JAXA 1TYQA 2YI1A 3AARA 1HLUA 3R9PA 4CBUA 3MN5A 4IWVA 4XH1A 5AQPA 2E2QA 4B1VA 4HTLA 2E8AA 2HF4A 4H0TB 2YHWA 3DWLA 3SMSA 1U2VB 1E4FT 4BGAA 1NGBA 4CI6A 5CE3A 1MWMA 3U8XA 4RTFD 3A0IX 5JLHA 4K25A 3D2FB 4QS7A 3ZX0A 4XH4A 3CQXA 1WOQA 4FWRA 4BRAA 3QBXA 2HOEA 3U9ZA 4B1UB 3C0BA 4FL9A 3LDOA 1NM1A 4KBOA 3EL2A 3LDQA 3O80A 2YHXA 5FPMA 3FZHA 3AAQA 5AQTA 4WQ5C 3ZETB 3U9DA 4BREA 3C7NB 4BRGA 1DKGD 3MN9A 3VGMA 5LJWA 4Z94A 4EHTA 2V51B 4YDUA 3VGLA 4CZEA 4RCHA 3QFUA 5KPRA 1KAYA 3HTVA 3CJAA 1CZAN 4FPAA 1NGEA 1ATRA 1NGJA 3A5OC 3O6WA 5AQKA 5EY4A 2DPNA 4CJ7A 4K43A 1BG3A 2P9IA 4BG8A 4E1JA 1TYQB 1YVNA 2D4WA 3L4IA 3QB0A 4MLHA 3SK3A 2WUSA 3EKUA 3ZEUA 1BU6O 3HSCA 3FLCO 2P9UA 4BR0A 3TPQA 2CGKA 3BEXA 3UKUA 4M63C 5EOYA 1R59O 1Y64A 1GLBG 4FWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGYA 3I0SA 1ILYA 3QNOA 2QWQA 3PO5A 3AO2A 4FO0A 3VMFB 3J7AP 4KH5A 3CI5A 2Q2RA 3AVKA 3FR0A 4DQQA 4M7YA 4H5VA 5BRFA 3AA5X 1WAJA 3VF6A 4Z4CA 2P9SA 4R79A 2W41A 4CJWA 3GE1A 4JI6K 1JCGA 3QEWA 2KFZA 3KK1A 3AVJA 2PYJA 4AHRA 2GELA 4IOXA 1RBSA 1N5YA 4KHQA 1QVFM 4HUFA 3WXJA 2RE2A 3KD1E 4FLVA 4BVPA 2P9IB 1ASWA 2VGNA 3DLLL 2KW4A 3T1HK 3T1AA 2ITMA 4DV6K 3ZT1A 5F1XA 1C1AA 4CZIA 1QS4A 4KHUA 3AO4A 1OH8A 4LF7K 1NK8A 3M8QA 5EU7A 3SJHA 2E88A 4LSNA 3UE5A 3OW2M 5IWAK 4BC4A 4CBXA 1TL1A 3VETA 2IIRA 3IAYA 2PYLA 3I33A 5F2RA 3CQYA 3HOSA 4DTSA 1ZYQA 3RSEA 1HPZA 1J6ZA 2QWNA 4CJKA 4DCHA 2JWKA 2RKIA 2KFNA 4CE9A 3OHRA 4IFVA 3CJ1A 1WN7A 3A2FA 3LDPA 3CMEN 1B9FA 4NLCA 1T6DA 3M8RA 4PUOA 1VQ5N 1IBMK 1J54A 5A2QO 4LFBK 1RT3A 1P8ZA 3IRXA 4CECA 2P5GA 4EIAA 4NCAA 4PHTX 4ILHA 2EHGA 2UXBK 1BGXT 1QZ5A 4ISGA 3IS9A 3L0QA 3SQ0A 2NNWA 4B3TK 3QMLA 4BRPA 2AP1A 3DAWA 4CFCA 5FLXO 1C0MA 1T3VA 3HL8A 2BGGA 5TKYA 2BANA 1BO5O 5JMVA 3OYFA 1BA0A 2NRRA 4DSJA 4IJAA 1KC8O 2P1JA 4EHUA 3SBTA 2A40A 3O3GA 3K9JA 2O8CB 3OYLA 2HBLA 2NRZA 3I0RA 1U4BA 3OBYA 2O8FB 1K8AO 2O8BB 1VSDA 1OVQA 4YDUC 3OYBA 3AO5A 3F9MA 4AF1A 1DTQA 3LALA 2ZQBA 3NF8A 1HNIA 3DI6A 1E4GT 2CGJA 3Q7CA 2XHBA 1JLQA 4FVUA 1SZ2A 4DR2K 4ZTFA 3S3NA 5AQXA 4DV2K 2HB5A 2YNHA 4BR5A 4A61A 4CGFA 1NKBA 5KQDA 1YI2N 4GVEA 1KXPA 3KZBA 3TAQA 4NB4A 1TL3A 3QETA 3CG7A 3D2EB 3CF5L 3SPZA 3PV8A 3EE9A 1X3NA 3VQEA 4CEEA 1T6CA 2P9KB 3D2FA 4Z0UA 4GMJB 3DRSA 3K0SA 4RG8A 1X9JA 3N4PA 1WSEA 3LP3A 3SV3A 5AFUH 3L2QA 1HKBA 1KFDA 3AAPA 3ZSXA 2HF3A 4I6MA 1L3UA 3WNGA 1S6QA 2VG7A 3ZETA 3C7NA 5FRNA 1I3AA 4BE2A 2HNYA 3O8MA 1LCUA 4KO0A 4O44A 4JD2B 3Q7BA 4CEDA 2PY5A 1UOCA 1J53A 4M41A 2ZD1A 4OGEA 4O8UA 2OTJN 2QWPA 4W5OA 4B8CA 5JVGL 4JKAA 4C8KA 4B9LA 5C42A 3BUZB 3MMVA 5J2MA 4I2QA 2D0CA 3AVNA 3K2PA 5BN9A 4PWDA 3CC7N 1DT9A 1CXUA 4EZ9A 4FLXA 1XNRK 3O9RA 4RW8A 3O08A 1NGHA 4M3UA 2JWLA 4I7FA 1C0TA 4CEAA 4ZTJA 3WNHA 4OGCA 3A8YA 4JKDA 4H0PA 4AILC 3E66A 4E1NA 1K73O 2IOCA 5JS1A 4OKKA 2A3ZA 4C8NA 4LF8K 3VGKA 2V7ZA 4H5WA 1KD1O 4DR3K 1NWKA 5FROA 3VQPA 3L2WA 4DFMA 2ZM6K 1ATSA 3ZX2A 4L3QA 3MDQA 3UB5A 3L2UA 1RT6A 3IDHA 1FW6A 2E6MA 4CGHA 3ZSOA 1IO2A 2QTDA 5AQFA 4YOVA 2AJQA 4NYFA 3VERA 4KB1A 1MA9B 3TTCA 4MLEA 3U6FA 3HM9A 3IUCA 4FZYA 3PUFA 3V1QA 1N36K 2ASPA 4FM1A 1O1WA 2KHOA 3BF3A 3TU5A 1CLQA 4B1YB 4FOIA 4CEZA 3W3DA 3THYB 3ZSVA 3U4LA 3WXMB 4FCYA 5JICA 1VSIA 4IFEA 2D0OA 3HPGA 2XY7A 1NJIO 3R8EA 1X1PA 1Z25A 3V9ZA 2DY4A 4CF8A 1L3TA 1GOAA 4PKGA 1RBRA 1RBVA 3M3ZA 4QAGA 3BDPA 1NK6A 3PX4A 1CXQA 1ZC6A 4JKGA 3NF6A 3THXA 1RT2A 2FBXA 1VQ9N 4CEQA 3TAPA 3HOTA 3DLRA 4BR7A 4ISFA 3TSQA 4BRKA 2O4IA 3S3OA 5AQYA 1KVCA 2CGLA 1RDUA 4B3MK 3IMXA 5M1PA 4KRFA 4B8AB 4DKWA 3VN5A 4CK2A 3FZMA 5BPLA 5DM7L 2E1ZA 3AO1A 1IKWA 4CHQA 3BP8A 3CQ8A 4H4MA 3H08A 4AHCA 3OS2A 1YIJN 1TYQA 4JRQA 3R9PA 1QVGM 1HLUA 3SZ2A 4JI2K 3QEIA 2IDOA 4CCHA 3RTVA 4IOAL 3NGZA 2HF4A 4H0TB 1TGOA 4EP5A 1U2VB 4BGAA 3E9OA 1S9GA 5CE3A 3G4SN 3JAMO 1T05A 3C6AA 2BDPA 1EXQA 3RMDA 3BZCA 4XH4A 1RCHA 3LP2A 1QSSA 5LMNK 3VTHA 3C0BA 1KTQA 4A5AA 4KBOA 1BQNA 4DQSA 3C6TA 5FPMA 3AAQA 2UU9K 3MN9A 5HROA 4DV4K 3ZCMA 4EHTA 3TABA 4YDUA 4B3OA 3PX6A 4WF9L 1KAYA 3TARA 1W2BM 1BL3A 4K8XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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