2EHGA

Crystal structure of hyperthermophilic archaeal rnase hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLRDIGCIILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease HI
publication title Crystal Structure of Type 1 RNase H from a Hyperthermophilic Archaeon with Double-stranded RNA-dependent RNase Activity
rcsb
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 49
structure length 149
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ehgA00
2IS3A 4M3XA 4FLZA 1VRUA 4DU4A 2IDOA 1IH7A 2O4GA 4CJVA 4JS4A 3RRGA 4Q0BA 1RTIA 2FBVA 2G8UA 4F4KA 4AHVA 1SL0A 1JXEA 4FJGA 4CF1A 1REVA 3ZSYA 5J2MA 2D0CA 3DYAA 4C8MA 5KTQA 1NK5A 4KAZA 1UOCA 3LAKA 3IS9A 1QSYA 4OLAA 4KHWA 1L3SA 4KO0A 5CZ1A 4CEAA 1J53A 3BDPA 2F8SA 1IKWA 1RNHA 1VSFA 3RMAA 3KD1E 3LPUA 4KHNA 4HUGA 4FJKA 4DMNA 3QERA 3NF8A 1KLMA 1TL3A 3BGRA 4N5SA 1VSHA 4NCBA 3VQBA 2LSNA 4RW9A 5SZTA 3SV4A 4E7KA 4B9VA 2G8HA 1WN7A 2IOCA 2ZE2A 4LSNA 1D5AA 1DTQA 4CFCA 3OYNA 4DG1A 4KI4A 4MFBA 3KLGA 3RTVA 4W5NA 4KKOA 1RBRA 3QESA 4FJNA 3AVGA 2P5GA 3SUNA 3KK1A 4RW6A 2OPRA 2HVHA 4DTUA 4MQ3A 3CFPA 1RTDA 3M8SA 3VQCA 3EY1A 1R0AA 4ID1A 1RDBA 4CF2A 1NOYA 4IG0A 5D3GA 4I9LA 1UA0A 4F3TA 3EZ5A 2QKKA 3QIPA 5CY4A 1BISA 4JLHA 3AA5X 2B6AA 2YKMA 4ICLA 1TK8A 3L8BA 4EP4A 1VSMA 2X6NA 4CHYA 2OZSA 2GV9A 1RDCA 3AO3A 3RWUA 4DQSA 4FM1A 3KIOA 4KHSA 2XY7A 3DLBA 1VSLA 1IKXA 2DFFA 3SQ2A 3O4QA 4ZHRA 1WLJA 1JL1A 1HYZA 4OKJA 4C8LA 2QK9A 2HNYA 4FK4A 1LAWA 4DLGA 4CK1A 1C1AA 4W5TA 4HTUA 4W5RA 2HVIA 4HCCA 3L2RA 4DTRA 3G0ZA 1QSSA 1JLEA 4FXDA 1SKRA 3KJVA 1BGXT 3TR8A 1WAFA 4OKKA 3TANA 1KCFA 1RT1A 4M41A 4UQGA 1EP4A 4CF9A 2G8IA 3QLHA 3G10A 1NK4A 3V9ZA 4HUEA 1Q9XA 4IFVA 1X1PA 3AVHA 3U3YA 1HNVA 3PO4A 4DSEA 2HHSA 2B4JA 1Y97A 1NJXA 2KTQA 3LANA 3LPTA 4AHUA 2F96A 2KW4A 4FM2A 1T03A 1D9FA 3NGYA 5CYQA 3L2QA 4FJLA 4K8ZA 1EKEA 1T8EA 3QIOA 3JYTA 4CIFA 3OYFA 3JSMA 2VWKA 4W5OA 4PY5A 4O55A 4IDKA 4CK2A 1N6QA 1KLNA 3L3VA 1W9HA 3V9WA 1HYSA 4AHCA 4FZYA 3TAFA 3ZT2A 1XC9A 4CCHA 1VK0A 1RILA 4CJLA 2G8WA 5J2NA 4FLTA 3I0RA 1A5XA 1ASVA 1NKBA 1TL1A 1LW2A 4CJFA 4FK2A 4C8OA 3MEEA 1WSIA 1K6YA 4ELUA 2PYJA 4E0DA 1YT3A 4B8CA 3RRHA 1Q8IA 1ASUA 4CHOA 1XHXA 3ZSVA 4FLYA 1UA1A 3AVFA 2B5JA 1B92A 2D5RA 3P1GA 1VSIA 4M45A 4DTSA 3RR7A 1RDAA 1NKEA 5EU7A 1NKCA 4CK3A 4Z4IA 2HHTA 1ASWA 3OJSA 4B9MA 3ZSXA 3V4IA 1NK6A 3WNEA 3WNGA 1N5YA 5DK5A 3P5JA 2G8KA 3NFAA 1TGOA 3TARA 2XO7A 3SI6A 4PUOA 1QS4A 2Z1JA 4CECA 3ZCMA 4CHZA 4PA1A 3QEIA 1WSFA 1RCHA 1VSDA 4FLWA 4N76A 3KTQA 4FLVA 5HRPA 1I39A 3H08A 2G8FA 3HP6A 2PY5A 1HJRA 4PWDA 1SKWA 4CJ3A 4XIUA 3LZJA 1L3TA 3VQPA 4E3SA 1TKZA 2DFHA 1L3UA 2BDPA 1HQUA 3OYCA 2JGUA 3ZT3A 4AILC 1TK5A 1TKDA 4DSJA 3HVTA 4CJEA 4DFKA 2OYQA 2HHUA 1YVUA 4DF4A 2HMIA 1CZBA 1KVAA 4FW2A 4CF0A 4CJTA 3O3HA 1RDDA 4CHQA 4DSIA 4HCBA 3NBPA 1YTUA 4RW7A 1NK0A 1RTJA 4H4MA 3HYFA 5KGXA 3HPHA 3HSTB 3M8RA 2RKIA 1QTMA 4C8NA 3NGZA 1XWLA 4OGCA 4CJWA 5DMRA 4WE1A 4J2EA 1S6QA 1SKSA 1U04A 3DM2A 1S1TA 4JRQA 2KQ2A 2WONA 1JLCA 1TV6A 2QXFA 1J54A 4FJXA 4KTWA 4CIEA 3OS0A 1CXQA 3LZIA 3SQ4A 1RBUA 4KHQA 5C25A 1T7PA 4FLUA 1S5JA 2HHXA 3S3OA 1ZBFA 3DOKA 3KLHA 3DLHA 4CEFA 3OYAA 1VRTA 2ETJA 3MXIA 1WSJA 2DFEA 2X6SA 3T19A 4DF8A 2Y1JA 4Y1CA 3CQ8A 2RF2A 3OYJA 3NDKA 3M8QA 3NGIA 3KK2A 1A5WA 4ELTA 1RT7A 4Z4GA 1NJZA 3ZT1A 4JRPA 4I9QA 4KFBA 1O1WA 5K14A 5E41A 2A1SA 3AVCA 2YNFA 4RG8A 3VQ9A 1IKYA 4B9LA 4DQRA 4BDZA 4LH5A 3LP0A 4DTXA 3VQQA 1U49A 4FZXC 4G1QA 3DRSA 1X9SA 3ZSWA 2P51A 1T05A 4EZ6A 4N47A 3C95A 1VSEA 5FRMA 1KVCA 1J9AA 2BE2A 2VG6A 3TWHA 3VQ6A 4E7HA 3SUOA 3E01A 1BCOA 4M3TA 2RN2A 1RT4A 2OPSA 3KKSA 2HNZA 1KFSA 4LH4A 4E89A 3OYDA 2FC0A 3VN5A 3PV8A 1EXQA 1EETA 5HP1A 3V1RA 4KB1A 2ZD1A 4QCLA 4DU3A 3QNOA 4CJ5A 1DTTA 4F3OA 1RBTA 3HT3A 1S1WA 2XY8A 4BE2A 3OYBA 4DTPA 5CZ2A 3VQ4A 4R5PA 1Z25A 1UWBA 3QINA 3NH0A 2HNDA 4JS5A 3S9HA 2G8VA 3B6OA 3AA3A 1LWCA 2D0AA 4GVMA 3K5OA 3IG1A 5C24A 4DS5A 1RT5A 4CF8A 3L2UA 1X9WA 2HHVA 3SYZA 1I3AA 4L8RB 1SL2A 1VSKA 4B08A 4ID5A 5J1EA 1XI1A 1XHZA 4DQPA 4FJ8A 3VQ5A 2OA8A 1ZBUA 1LAVA 2P1JA 5HROA 4BE0A 4KTZA 4O5BA 5KRTA 4FJIA 3WNFA 4KRFA 5KI6A 3K59A 4QOZB 3AVBA 1TVRA 2VG5A 3RMBA 2EHGA 3LDSA 2GUIA 3HL8A 5T7BA 3SJJA 2X78A 1KRPA 3MEDA 3ZSZA 4DTOA 5HLFA 1L5UA 4OJRA 3AVKA 3HXMA 1RT6A 4CFBA 4DLEA 3AVNA 3SPYA 4IG3A 2OPQA 3SZ2A 3CG7A 2Z1IA 1VSJA 3NH2A 1UAXA 4F2RA 1TKTA 5JS1A 1HRHA 1S6PA 3HM9A 4AH9A 3NCIA 4E7LA 4AHRA 3L3UA 1QQCA 2E6LA 2PYLA 1NJWA 1LWFA 4CEDA 1BIZA 3NF6A 4AHTA 1JKHA 4O44A 3O3GA 1U45A 3ULDA 4IFYA 2IAJA 4CGDA 4CJQA 1C6VA 2WOMA 2P5OA 2BANA 3V9XA 4CERA 4NYFA 4CEZA 4OPKA 4OGEA 3ZSQA 4E7JA 3CFRA 4FJHA 3V1QA 3UIQA 3VQ7A 4DFJA 4YNQA 4FJMA 3SQ0A 1J5OA 3DLEA 1MU2A 1HQEA 2VG7A 4M3RA 3OS2A 2VWJA 1D8YA 3MECA 3PY8A 2FBYA 4CFDA 3SPZA 2F8TA 3TAMA 4LD0A 3T1AA 1BL3A 2YNGA 2HB5A 1U4BA 3AVJA 3KK3A 2Y1IA 3MXMA 3HO1A 3LWLA 3ASMA 1WSHA 1TKXA 4HVJA 4EZ9A 4ZTFA 4Z0UA 3HVRA 4NCAA 4KREA 4I2QA 3AO4A 2O4IA 4OVLA 3SUPA 4M3UA 2QKBA 3OVNA 3WNHA 3AO5A 5KRSA 2FBTA 3KLEA 3NH1A 3V81A 1JXBA 4F8RA 3DRPA 3MAQA 4M3WA 2W42A 4DSFA 2IGIA 3RMCA 1LW0A 4F2SA 2YKNA 1ZYQA 5CYMA 3OJUA 1KSPA 4KHYA 3O4NA 5SWMA 4M42A 3ITHA 1X9MA 2YNIA 3KLIA 3VQ8A 3PX4A 2HW3A 4J2DA 3NF9A 1BQNA 3IRXA 4LY7A 1C0MA 3QO9A 4HUFA 4CFAA 3OYEA 3L2WA 3KKRA 2PZSA 4J2BA 4OKEA 4CGIA 5C42A 3NHGA 1JLFA 2OZMA 2DTUA 4K8XA 1HNIA 1U48A 3DOLA 4Z4HA 3PUFA 4ZTJA 3MXJA 4KTQA 1LV5A 3CFOA 4LSLA 3HPGA 4B9SA 2Q3SA 4B3OA 3I8DA 3DI6A 4Z4CA 1BI4B 3AO1A 3U6FA 5JS2A 1BI4A 2KFZA 4CJ4A 3HK2A 4FJJA 2KFNA 4GMJB 4GW6A 3OYMA 3DLRA 4CGHA 3M8PA 4TSXA 4Y1DA 3ZSRA 3CM6A 4CIGA 3MEGA 3OYLA 5HBMA 2XHBA 2A1RA 2YNHA 3FFIA 3ZT0A 4E7IA 1NJYA 4BE1A 4W5QA 4N56A 3SUQA 1BQMA 4CGFA 4O0JA 4H8KA 3DLKA 3LAMA 4CJKA 1NK9A 1IG9A 3TAQA 3AVLA 4B9UA 4O0IA 4CEQA 4CESA 4FM0A 1ZBIA 1IO2A 3DMJA 4RW8A 5FRNA 4OPJA 1RBVA 3CM5A 4DFMA 2YV0X 1S9GA 5HRNA 4CJPA 5J2PA 2EX3A 3QEPA 3RMDA 1RT3A 4KB0A 2R7YA 2AJQA 2GBZA 3I0SA 3HJFA 1C1CA 2ITGA 2E4LA 4CE9A 3OYKA 1B9FA 3K5NA 3SQ1A 1S1VA 1WAJA 3T3FA 3C94A 3HPOA 3TABA 2XY5A 3K2PA 3LP2A 3TI0A 2E6MA 1WSGA 1Q9YA 3VQDA 4FJ9A 4CJUA 4I7FA 4CEEA 4CHPA 2RPIA 4FLXA 3QEVA 1C0UA 1FKPA 5HRRA 4DU1A 1F21A 1KFDA 1L3VA 2HHWA 2KZZA 5FDLA 3AVAA 3IAYA 1D9DA 3LP1A 3PO5A 2XRIA 1QSLA 1FKOA 2BGGA 4N41A 1JLBA 3ALYA 3K5MA 5KGWA 3AA4A 4CJSA 3S3NA 2YHAA 3ZT4A 1JLGA 1Z26A 4M3YA 4NYNA 1NK8A 4BWJA 3LWMA 4CGGA 4OLBA 1SV5A 4KI6A 2XY6A 3P83D 4PQUA 4I2PA 1WNSA 4YFUA 3TAPA 3K58A 2JLEA 3OS1A 3D45A 1EX4A 1HPZA 1WSEA 4H4OA 4KV8A 1CLQA 4M3ZA 4FVMA 4BWMA 4B8AB 4E1MA 4FZZA 3VA0A 3L2VA 3AVMA 1HYVA 3HP9A 4CJRA 4BDPA 3NE6A 3SCXA 3KD5E 1TAUA 3DLGA 1U47A 1RT2A 3V6DA 4ELVA 4CGJA 1S1XA 4BACA 1QE1A 4RW4A 1DLOA 1QHTA 3VQAA 4Q5VA 4FCYA 4BDYA 3S3MA 3AVIA 1CXUA 1SUQA 1W0HA 5J2QA 1NK7A 4DWIA 4IKFA 2Z1GA 3VQEA 1GOCA 1BCMA 1KVBA 1RTHA 1YTAA 2NUBA 3LP3A 4NCGA 3D0PA 4DFPA 3TAGA 4DSLA 2KZMA 1B9DA 4FJ5A 1G15A 4FK0A 4DQIA 4DS4A 1C1BA 3AO2A 3C6TA 4DQQA 4FJ7A 2HHQA 4O4GA 3O3FA 4FW1A 3QNNA 4CEOA 3PX0A 2D0BA 3QEWA 3C6UA 4DTMA 4IBNA 3ZSOA 3ISNC 1CZ9A 4DTJA 4Z4FA 4Z4EA 1A5VA 3NF7A 4C8KA 4E1NA 4DSKA 3DRRA 3QEXA 3B6PA 1ZBHA 4CHNA 1NOZA 3SNNA 1ITGA 4QAGA 3OYGA 3PX6A 3EYZA 3F73A 3RR8A 1KTQA 3OYHA 3THVA 4AHSA 3U3GA 4KHUA 2ATQA 3F9KA 3CYMA 3OY9A 3NAEA 1SL1A 5I3UA 4EP5A 1FK9A 2OPPA 1HMVA 1C0TA 1S1UA 1TAQA 3V9SA 4J2AA 2X74A 3K5LA 3TAEA 1JL2A 3OYIA 4E19A 4B9TA 1BIUA 3K57A 3AA2A 2IC3A 1GOBA 4FYDA 1JLAA 3LALA 1S9EA 4HHTA 2I5JA 3QETA 1GOAA 3A2FA 2DY4A 2ZQBA 1JLQA 3V1OA 1TK0A 2FBXA 5FROA 1IKVA 5I42A 3V9UA 1ZBLA 1BHLA 2Z1HA 4CEBA 3AV9A 3SV3A 4B9NA 4KPYA 1RBSA 4DTNA 1FXXA 1LWEA 3VA3A 3KLFA 5HRSA 2YHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IS3A 3E66A 3ZETA 1N8RO 2IDOA 2O4GA 2A5XA 2FBVA 4AHVA 2E2NA 3D2FB 4FJGA 3T1YK 4ILGB 2NRWA 1NK5A 3LAKA 4CBWA 2EWSA 1MWKA 3BDPA 1VSFA 4WQ4A 3RMAA 4KHNA 4FJKA 3T1HK 3QERA 3NF8A 1VSHA 4NCBA 3O8MA 1T6DA 2ZE2A 4LSNA 1D5AA 1DTQA 2I7NA 4FWOA 3RTVA 4BRPA 4KKOA 4B9QA 3AVGA 1Z05A 4RW6A 2PAVA 4K41A 4MQ3A 2HSTA 3VQCA 3L4QA 1R0AA 4ID1A 5FPDA 1RDBA 2A42A 4CF2A 1UA0A 2WUSA 5CY4A 2YKMA 4BRNA 1MWMA 4EP4A 3L8BA 2GV9A 3GDQA 2DFFA 3O4QA 1YF5L 4BVOA 4C8LA 2QK9A 4FK4A 4CK1A 3HZ6A 4W5RA 1QZ6A 1CZAN 5FPNA 4CZHA 1X9JA 3ENHA 1BGXT 4WQ4C 3TR8A 3EE9A 1NLVA 4DUYK 1VQMN 3QLHA 5ADXA 1HNVA 2ITMA 4DSEA 3PO4A 4MO4A 2HHSA 1NJXA 3LANA 3J7ZO 3UE5A 1DGKN 4FPAA 1BO5O 3A5LC 4W5OA 1OH8A 1QQOA 2VGNA 3HOSA 2HBLA 4FVUA 1HYSA 1NGIA 4I6MB 1K8AO 1XC9A 4CCHA 1VK0A 3MN7A 4FLTA 3I0RA 2Q0RA 1NKBA 3C7NB 1TL1A 1BOTO 4CJFA 5AZJA 3MEEA 5EVZA 1YT3A 1Q8IA 3I55N 3G25A 5AFUH 3K0SA 1M1KO 3VESA 1N5YA 2G8KA 1WBDA 3MWTA 2XO7A 1MA9B 1M90O 1QS4A 4PUOA 4CHZA 1YXQA 3ZCMA 2HF3A 1RCHA 4N76A 4FLVA 1NGHA 2NRRA 1S3XA 1WOQA 2G8FA 1SAZA 2ASMA 5BRFA 1L3UA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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