2Z1JA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1jA00
4CGHA 4O0IA 4E1NA 1LAVA 1MU2A 4BE0A 4DFPA 4DQPA 1SUQA 1WLJA 2G8VA 2F8SA 2G8WA 4FW2A 1EX4A 4KKOA 1WSFA 4FXDA 1TAUA 4DG1A 4CJVA 2Z1HA 1QSSA 4FJ5A 1XHXA 3AO5A 3L2VA 3AO4A 1S6QA 3LAKA 3AVNA 5SWMA 3TABA 3DOKA 2XY6A 4IG0A 1JLGA 2B4JA 4LY7A 1J54A 4AHRA 3LWLA 5J1EA 3QEVA 4CJ5A 3C6TA 4CFBA 1GOAA 3SYZA 3K2PA 4ZTJA 1TAQA 4J2BA 3AVHA 1W9HA 3MXMA 2QKKA 1ZBUA 1L3UA 4DTNA 5HP1A 2OZMA 3MEDA 4FZZA 5JS1A 4CEQA 4B9TA 3AVGA 1DTTA 1G15A 1JLQA 4NCGA 3OY9A 1RNHA 1SV5A 4AHTA 3TWHA 4FLTA 4RW6A 3VQDA 4QCLA 2AJQA 3A2FA 5KRSA 4RW8A 3KLGA 4ZHRA 5DMRA 4FLYA 1NJZA 2HW3A 1WSGA 3OS0A 3PX4A 1KRPA 4OPKA 3QEWA 1GOBA 3SQ2A 4O44A 2VWKA 1JL1A 3VQ9A 2YNFA 4OGCA 1IH7A 1KSPA 3CFOA 1UA0A 4FJMA 4B9LA 2QXFA 1K6YA 1N6QA 2HHWA 3SNNA 1DLOA 4CEBA 4Z4EA 1C6VA 1HJRA 4CK2A 4J2EA 4B08A 2WOMA 3V81A 4DTJA 3HVTA 3QNOA 1ZYQA 1U49A 1HPZA 4E7IA 1QE1A 3G10A 4CJTA 5C42A 2VG5A 2D0BA 4AILC 4E3SA 4CCHA 3V9XA 3TANA 4DQSA 3SPYA 3OYNA 3TARA 3RRGA 4E1MA 2O4IA 3OYIA 3M8SA 1JKHA 4W5OA 3L2WA 4HTUA 3QO9A 3PY8A 3IG1A 3SCXA 3DRRA 2GUIA 4W5QA 1BCOA 2DFFA 4K8XA 3TI0A 3V1QA 3CFRA 4DSKA 3HM9A 4NYNA 4CHNA 3I0SA 3NHGA 4G1QA 5I42A 4GVMA 1NKBA 4KTQA 3CM5A 1QHTA 4AHSA 1T7PA 3AO3A 4KB0A 4M41A 5J2NA 3VQ6A 3VQ7A 4CK1A 3TAPA 1BQNA 1NKEA 3AA5X 3DLBA 4DMNA 1D5AA 4C8KA 3K5LA 4CJFA 2YNHA 5J2PA 4FJLA 3AA2A 4DTPA 4FLUA 3T3FA 4CHYA 3SUOA 4KHQA 1JL2A 4B9SA 1UA1A 3F73A 3SJJA 1ZBLA 3DI6A 3DLKA 4DWIA 4C8NA 4FJKA 3V9ZA 1NJYA 1WSJA 3ALYA 4Z4HA 3SQ0A 1NKCA 1L5UA 3AO1A 2G8FA 4FK0A 3QIOA 1NK8A 3RMCA 1O1WA 3CYMA 4IBNA 4DLEA 1FXXA 3HPHA 3V1OA 4B9UA 2XY5A 1NK0A 2HHVA 3KD1E 3P5JA 3D0PA 3K5OA 5HROA 4L8RB 4LSLA 1I39A 3HSTB 3PO4A 4KV8A 1QS4A 2YHAA 4JRQA 3WNEA 3O3HA 1NK5A 1RDDA 4FZYA 1T03A 3U3GA 1B9DA 4IFVA 1NOYA 1C1BA 1VRUA 1Q9XA 4BDPA 4GW6A 3OJSA 5HRPA 2HHSA 2IC3A 4NYFA 1JLEA 4EZ9A 2GV9A 3DMJA 4OPJA 3QEPA 3SV4A 1C1CA 3ZSOA 3OYHA 4DSFA 4XIUA 1UWBA 4W5NA 1VSKA 1C0UA 3KLIA 3SUQA 4KHSA 1NK9A 4YFUA 2Z1GA 3VQCA 4DTMA 1RBVA 1VSIA 1HQEA 4CJ3A 4FLVA 1SKWA 3DOLA 3V9UA 1LV5A 4DU3A 4DFMA 2G8UA 4M3TA 3LWMA 4CJQA 4KAZA 3TAGA 4FYDA 1CXQA 1VSFA 1BCMA 4LD0A 3DLGA 4N41A 3HP9A 2HHUA 2JGUA 3DRSA 1VSJA 3NGYA 3M8RA 2HHXA 3FFIA 2LSNA 1S1UA 3E01A 1RT7A 1WN7A 4IFYA 4BWJA 3QERA 4CECA 2HB5A 4DF8A 3CQ8A 4CEOA 1TK0A 1SKRA 4M3ZA 2P1JA 2ZQBA 2P51A 4FZXC 4DSEA 1TKZA 4KHYA 2Y1IA 1KTQA 1HYZA 2D0CA 5DK5A 3OYMA 2KQ2A 2XY7A 3NCIA 4DU1A 1L3VA 3KTQA 2OZSA 3TAQA 1IKXA 1RCHA 1RT2A 3TAMA 4CGDA 3KKRA 2IDOA 4W5RA 3S9HA 1U45A 3P1GA 1NJXA 3HK2A 3AVKA 2HNZA 3U3YA 4F4KA 3K58A 3T1AA 3AVLA 3SPZA 2IAJA 4B8CA 4OKJA 4E89A 1Y97A 4ELTA 1X9MA 4AHCA 1VSEA 5CZ2A 4CEZA 3DRPA 1VSMA 4FM2A 5CZ1A 3QEIA 4F3OA 1WAJA 1Z26A 1WSEA 3C94A 3MEGA 3NF7A 3NH1A 4K8ZA 4NCAA 4OLAA 3HXMA 4CJLA 4PUOA 3VQ8A 3O3GA 2P5GA 1S1XA 3RWUA 4ICLA 1UOCA 4EP5A 3NH0A 4JS5A 4KPYA 3WNFA 3G0ZA 4LSNA 3BDPA 2F96A 1XWLA 1B9FA 3LP0A 2YHBA 4BWMA 4FVMA 1BISA 3OYGA 3IS9A 3ZSZA 1SKSA 2EHGA 2HMIA 3VA3A 1S9EA 1BL3A 1TKDA 3HL8A 4CJSA 4I2QA 4HCCA 4DQRA 4JLHA 2QKBA 1X9WA 4CFAA 4LH5A 3VQ4A 1VSLA 2G8IA 3NF8A 3QIPA 4FLXA 4AHVA 3MXJA 1LAWA 3QINA 4I2PA 4N5SA 3NH2A 4FJIA 3QLHA 3QNNA 1RT4A 2HHQA 3DM2A 1RBTA 4FJNA 4FJHA 3OYJA 1JLAA 4DF4A 3DLRA 1RT3A 2Y1JA 3PV8A 1VSDA 3M8QA 3HPGA 1RILA 5CYMA 3AVBA 5JS2A 4Z4FA 1KVBA 4ELUA 3LP3A 3H08A 2FC0A 2R7YA 3RMBA 3KLHA 4M3RA 2HHTA 3O3FA 4CGFA 4CHQA 1WSIA 1REVA 2PY5A 1N5YA 1C0MA 1S1VA 4HHTA 4E0DA 2IOCA 3ZSRA 3JYTA 2RPIA 1C1AA 5KGXA 1ITGA 1RT5A 2YNIA 4M3YA 4FLWA 4DTUA 3AVMA 2ZE2A 1Z25A 4FM0A 4N76A 2X74A 3NGZA 3EY1A 4DFKA 4B8AB 4FJ9A 1ASVA 4CK3A 3L3UA 2OYQA 2EX3A 1XI1A 3S3OA 3THVA 2KZMA 4RW7A 3LP1A 1EXQA 5FROA 4CJUA 3OVNA 4C8OA 3KK2A 1TV6A 4ELVA 4CFDA 5CYQA 4E19A 3B6OA 3ISNC 4FJGA 1S6PA 3IRXA 4DFJA 1L3TA 4E7JA 3MAQA 3OS2A 3OYCA 1S5JA 1TL1A 2Z1IA 1WNSA 5KI6A 3KD5E 3AVCA 1JLBA 1NK4A 2E6MA 1KLMA 1HNVA 2PYLA 1W0HA 3T19A 1D8YA 2KFNA 4UQGA 4FJ7A 2YNGA 3OYEA 1RTIA 3SUNA 3L2RA 1KFSA 4LH4A 1VSHA 3ZSQA 3CM6A 4Z4IA 4OVLA 2VWJA 1TGOA 2OPRA 3VQEA 2DY4A 4W5TA 5HRNA 2G8KA 2FBXA 3SV3A 4DTSA 4J2AA 4PWDA 3CFPA 1YVUA 1KLNA 5K14A 2OPPA 1RBUA 2FBVA 4N47A 4BE1A 4DU4A 3HT3A 2HVHA 2DFHA 4OGEA 4WE1A 5E41A 3AA4A 1RT1A 3O4NA 4CE9A 2VG7A 3VQBA 4F2SA 4O0JA 2OPSA 4CEAA 1J53A 2KZZA 5CY4A 3HYFA 3K59A 4ID1A 5EU7A 1FK9A 2D0AA 3KKSA 4CIGA 4FJJA 3ZT1A 1HNIA 3RTVA 3V4IA 2X6SA 4Z4GA 1TVRA 4KO0A 3WNHA 4F3TA 2PZSA 4JRPA 5D3GA 4I9LA 2XHBA 4CESA 5KRTA 1ASWA 1XHZA 4MFBA 4I7FA 2RKIA 1JLFA 3LP2A 1S1WA 1LW2A 3O4QA 3HPOA 5J2QA 3QETA 4M3UA 2BE2A 4TSXA 3SUPA 2IS3A 4PQUA 2E4LA 4CHPA 3V1RA 2NUBA 3KIOA 4HUFA 1TKTA 4Y1DA 2HNYA 4CGGA 2F8TA 4Q0BA 2FBTA 1KFDA 3KLEA 1CZ9A 3SQ1A 2P5OA 5KTQA 4HVJA 4DTOA 1ZBHA 1S9GA 1JXEA 4DLGA 1JLCA 3NFAA 4Z0UA 4CIEA 2RF2A 1RDBA 3LANA 1BI4B 1ZBFA 2BANA 2WONA 4Z4CA 4KFBA 1Q8IA 3SI6A 1A5VA 3AVIA 1X9SA 4M42A 1WSHA 1YTAA 5T7BA 4F2RA 1TKXA 4DS5A 4N56A 1L3SA 4FJ8A 2G8HA 2ZD1A 3KK1A 3HO1A 3DYAA 3KJVA 3MXIA 1CZBA 4M3XA 1WAFA 4AH9A 1SL0A 2VG6A 4ID5A 2ITGA 4AHUA 4E7LA 4RW4A 3OYBA 1YT3A 1U04A 4RW9A 3V9SA 4B9NA 1IKVA 1KVAA 3NDKA 2A1SA 1T8EA 3ZT3A 3HP6A 3VA0A 5SZTA 1J9AA 1JXBA 3PUFA 4PA1A 3NGIA 4B9MA 4C8LA 4FJXA 3NBPA 3L2UA 5HLFA 1U48A 1TK5A 4FCYA 4KHWA 4Q5VA 5C24A 2OA8A 2IGIA 3S3MA 3OYFA 4F8RA 1X1PA 4R5PA 2JLEA 3B6PA 4CEEA 2B6AA 3CG7A 2XO7A 3KK3A 1LWFA 4CF0A 1ASUA 5KGWA 4BACA 3I8DA 4DQIA 4EZ6A 4KTWA 1BIUA 1VRTA 4FK2A 4H4OA 4B9VA 1BQMA 3MECA 4IDKA 3LDSA 5FRNA 2KTQA 3K5NA 5FRMA 3ZT4A 3LALA 4CJ4A 3TAEA 1S1TA 1I3AA 4M3WA 5HRRA 4HCBA 1HYSA 1DTQA 4HUGA 4CHZA 2A1RA 1RT6A 2OPQA 3K5MA 5J2MA 1U47A 3HJFA 1EP4A 2FBYA 1SL1A 3ZSVA 2QK9A 3RMAA 3VQQA 1YTUA 2ETJA 1LW0A 4OKEA 1IKYA 2YKMA 1LWCA 4IG3A 4YNQA 4H4MA 1LWEA 4HUEA 4DS4A 2KW4A 1FKOA 3QEXA 1J5OA 3D45A 2Z1JA 3OYAA 4E7KA 3KLFA 3C6UA 3OS1A 1ZBIA 3AO2A 4CJEA 3PX0A 4KI6A 1BI4A 1XC9A 5I3UA 4CJPA 4KI4A 4CGIA 1IG9A 4IKFA 4DTXA 2XRIA 4RG8A 4CF2A 4DSJA 4O55A 3EYZA 1A5WA 3AVJA 1RDCA 3RMDA 2W42A 1NK6A 3DLEA 2O4GA 2BDPA 4KB1A 3QESA 3ULDA 1VK0A 3LPUA 1R0AA 1QTMA 1NJWA 1B92A 2DTUA 1RTJA 1RDAA 1KCFA 3AA3A 3MEEA 4CHOA 3U6FA 3RR7A 3IAYA 4FK4A 3SQ4A 3EZ5A 3NF9A 3M8PA 1KVCA 4I9QA 3ZCMA 1EKEA 2ATQA 3P83D 4KTZA 2E6LA 4CIFA 3DLHA 1IO2A 3LZJA 2Q3SA 1C0TA 3TAFA 3VQAA 1GOCA 2GBZA 1CXUA 1F21A 3NAEA 4JS4A 4KHUA 1EETA 4KRFA 1BGXT 4CF9A 1HQUA 1U4BA 4BDZA 2X6NA 3OYKA 1IKWA 4CEDA 1HRHA 4BE2A 2B5JA 1NOZA 1HYVA 3ZSXA 3NE6A 3OYDA 3L8BA 3RR8A 4QOZB 3LPTA 3RRHA 3I0RA 4GMJB 4QAGA 1RBSA 3JSMA 3K57A 2RN2A 4FLZA 4KHNA 3VN5A 3ZT0A 3AVAA 2X78A 3F9KA 1NK7A 2BGGA 2HVIA 2YKNA 1T05A 4CEFA 4CERA 3SZ2A 3UIQA 4FW1A 1FKPA 4O4GA 4DQQA 4CFCA 3TR8A 1QSLA 4H8KA 3ASMA 4Y1CA 1A5XA 4CGJA 4E7HA 1D9FA 1QQCA 3WNGA 3V6DA 1BIZA 3L2QA 4KREA 3C95A 3NF6A 4ZTFA 4DSIA 1UAXA 4MQ3A 3V9WA 1RTHA 4EP4A 4O5BA 4OKKA 4FM1A 3ITHA 1D9DA 3VQPA 2XY8A 3ZT2A 4C8MA 1TK8A 1QSYA 4DTRA 4M45A 3ZSYA 3AV9A 5HRSA 1TL3A 1HMVA 5FDLA 4CF8A 5C25A 4NCBA 5HBMA 4CF1A 4PY5A 4CJKA 4OLBA 1RBRA 3ZSWA 4J2DA 3S3NA 4BDYA 3LAMA 3PO5A 3AVFA 3OJUA 1SL2A 3L3VA 4OJRA 2PYJA 1Q9YA 4DSLA 2DFEA 1BHLA 4B3OA 3OYLA 4CJWA 3LZIA 1RTDA 2HNDA 3BGRA 2D5RA 3PX6A 3VQ5A 2I5JA 3HVRA 2KFZA 1CLQA 4CJRA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR3K 1X3NA 3MK6A 1VQMN 1QZ5A 4DFPA 4KKOA 3QICA 3SBTA 2P9PB 3O6WA 3AO4A 2PBDA 2VCPA 4IG0A 1JLGA 2B4JA 3QEVA 1J54A 4NLCA 5J1EA 3C6TA 3AVHA 3THXB 3TTCA 3MXMA 4FSVA 2HHHK 5HP1A 4JKHA 4CEQA 3OY9A 1RNHA 1SV5A 3VQDA 3CC4N 4BRFA 1NJZA 1NMDA 4MDAA 2HW3A 4K0KK 5DM6L 4CBWA 4IZ9A 1D4XA 2VQEK 4OGCA 1IH7A 3UKUA 3CFOA 3U9DA 1UA0A 4FJMA 1LCUA 1K6YA 1N6QA 2HHWA 4C23A 4CEBA 1C6VA 4A61A 5BREA 1T6CA 2WOMA 2UYTA 4CJTA 5C42A 2VG5A 3FZMA 4AILC 2F4VK 1P8ZA 4E3SA 1XMOK 2E2PA 3OYNA 3OYIA 3L2WA 3CJCA 3DXMA 4W5OA 2AJQA 2GUIA 1BCOA 4K8XA 5AQSA 3V1QA 3CFRA 4CZKA 4NYNA 3VEYA 2HBJA 4CHNA 2F9WA 4G1QA 5I42A 1T7PA 3VF4A 4M41A 1QZ6A 5J2NA 3O4WA 3DLBA 2O8EB 4WCEL 3K5LA 5J2PA 2YNHA 4WFBL 2HF3A 4I6MA 3AA2A 4DTPA 3F5TA 1JL2A 1UA1A 2A42A 2P9UB 3KWGA 3V9ZA 1NJYA 3ALYA 4B1YB 3CPWM 1EO1A 4FK0A 2YJFA 3BF1A 1NK8A 1V4SA 3OW2M 2UUAK 3VGLA 4IBNA 2HBLA 3EKSA 2HBKA 3D0PA 3K5OA 2NRRA 5HROA 4L8RB 1HKGA 1I39A 3BZCA 2V7ZA 1QS4A 2YHAA 3O3HA 1NK5A 2ZJQL 4BREA 1J5EK 1QHAA 1C1BA 5HRPA 3VETA 1E3MA 2D0OA 2GV9A 2KLAA 3DMJA 4OPJA 4DSFA 4W5NA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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