2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
1NJYA 4FLXA 5SZTA 3DLGA 1VSJA 3S9HA 4B9TA 3VQ4A 3CM6A 1BI4B 4DSLA 2EHGA 1L3VA 2PYLA 4IG0A 5KGWA 3DLRA 3CFRA 3WNFA 2FBYA 4DTSA 4O5BA 2QXFA 3RMBA 1IKWA 1MU2A 2OPQA 3PV8A 1I39A 3HP9A 4DTRA 1ASWA 1VSKA 4GVMA 3DI6A 4FJLA 4HCBA 3K58A 3ZSWA 3TAGA 3V9UA 3QEVA 1TK5A 1KLMA 3CYMA 5K14A 3ZT2A 3TARA 2I5JA 4CCHA 4J2EA 1S5JA 3O3HA 5CZ2A 3QERA 3OYLA 1BQNA 4FLUA 4CK2A 3DM2A 1VSLA 3LANA 3M8PA 3OS2A 3ULDA 3VQAA 4CJQA 3DRRA 2P51A 3RMAA 4KAZA 4CEZA 4Z4GA 1W9HA 3TWHA 4RW7A 2YV0X 3CFOA 1HRHA 4B08A 4CIEA 3QIOA 2HVHA 3KKSA 4CGJA 3SQ2A 3EYZA 4CGIA 4PQUA 1LW0A 4CK3A 3BGRA 4W5TA 2X6NA 1RTDA 4CEAA 1TL3A 2X74A 1NK6A 2VWKA 3S3MA 2KQ2A 4CJSA 2HMIA 4H4OA 4DTNA 1RBUA 1RTHA 4K8ZA 4FLWA 1Y97A 3L8BA 4FJ7A 1FXXA 2KFNA 4FVMA 1X9MA 3WNEA 4HHTA 4E7LA 4AH9A 4B9UA 1GOBA 1WSIA 2G8VA 3MXMA 3LP0A 3LAKA 3IS9A 1BISA 4DU4A 3ZSXA 2NUBA 3TABA 4I9QA 2GV9A 4MFBA 1IH7A 4AHRA 4FK2A 5JS1A 4NCAA 3HPGA 3VA3A 1BQMA 4CK1A 1DTTA 4FJNA 1FKOA 4FZXC 4QOZB 4MQ3A 1I3AA 3VQ6A 4E3SA 3SJJA 3CQ8A 4W5RA 4E89A 4C8NA 3HXMA 4JRPA 2XHBA 3WNGA 3U3YA 1IKXA 3MEDA 2A1RA 4J2BA 4Z4HA 1EXQA 1NKCA 3KD5E 4RW4A 1U48A 4LH4A 2OYQA 1GOAA 3L2VA 5DMRA 3A2FA 3DLBA 1D5AA 2E6LA 1S6QA 3OYFA 3KD1E 1Q9YA 3AVGA 1TKXA 1S1VA 2EX3A 1HYVA 2YHBA 4OJRA 1BIUA 3M8QA 4QAGA 2RPIA 2HNZA 4NCBA 4GMJB 3E01A 2KZMA 1TKZA 3L2WA 3KTQA 1SV5A 1C0TA 1B92A 3TAMA 4CF2A 2O4IA 5DK5A 3ZT1A 1KFDA 3V6DA 3LALA 3SV3A 3EY1A 2VWJA 1WAFA 2YKMA 4O44A 4DTPA 3AV9A 2XY7A 4I2QA 4FJHA 4E0DA 3ZSYA 5J2PA 4FW2A 4RW6A 1JLQA 1WLJA 4DU1A 2BDPA 1CXUA 1VRTA 2HNYA 2X6SA 3OYNA 3OYEA 3MAQA 4N76A 3G10A 4CFAA 4Q5VA 1RBSA 3ALYA 4J2DA 2F8SA 3AVCA 4DTMA 2KZZA 3SYZA 3NFAA 4CECA 1IKYA 1RT2A 3RTVA 1LWFA 1XHZA 1VSFA 2FBTA 3OY9A 1JLFA 4CF1A 4ICLA 3QNOA 4KHUA 3AO5A 4OKKA 3LPTA 4M45A 1WSFA 3ZSZA 2QKKA 4IFVA 1WSHA 2GBZA 3VQBA 4CHQA 1RTJA 2DFEA 4FK4A 3K5OA 1SL1A 1TVRA 2OZSA 3L3VA 5I42A 2Z1JA 1BCOA 1F21A 2B6AA 5KI6A 3KKRA 5C25A 3LWLA 4FJ8A 1YTAA 1TL1A 3HSTB 3VQ7A 3CFPA 3KLGA 1D9FA 3RR8A 2A1SA 3SUNA 4KTWA 4CHNA 1HYZA 2FBXA 1JXBA 2IAJA 1RILA 1B9FA 5T7BA 1T7PA 1RDAA 4DS5A 1CXQA 3PX6A 4FJKA 1TKTA 4EP4A 3NE6A 2G8KA 1XC9A 4CFBA 2E6MA 3AVMA 1EX4A 1L3UA 1RBVA 3T1AA 1JKHA 1NOZA 4CEQA 1C6VA 1RDCA 4B8AB 2XY6A 1XHXA 4CHZA 3VA0A 1KSPA 4CHYA 4OLBA 4J2AA 1EKEA 4W5OA 3P5JA 5CYQA 3QIPA 3V1QA 4E19A 3NHGA 3DLEA 5J2MA 5SWMA 2IGIA 3ZSVA 1ZYQA 1G15A 3OJSA 4KHSA 1QS4A 1C0MA 2IDOA 3PO4A 3LP1A 4CJLA 5KGXA 4CJWA 3V9ZA 4F2SA 1NK8A 3O4QA 4BDYA 4ELTA 3L2UA 2F8TA 1UA0A 3PUFA 4ZTFA 3DLHA 4O4GA 2ZE2A 1SKSA 4Z4CA 2KFZA 1VRUA 1YVUA 3AA3A 3DYAA 4ID1A 3VQEA 4DS4A 3QEIA 3QNNA 1BHLA 4RW9A 4CIGA 1QTMA 3S3NA 2VG6A 3B6OA 4CESA 2X78A 4N47A 3NGZA 4C8OA 4C8LA 1CZ9A 1TAQA 2D0CA 4LSLA 3OYJA 3QESA 1WNSA 4HUEA 4B8CA 3NH1A 4EZ6A 4KHWA 1ITGA 3CG7A 4YNQA 3NF8A 3OJUA 4CF9A 4C8MA 4JS5A 4FLVA 3D45A 4B9SA 1SUQA 1RDDA 2ATQA 4E7HA 2Y1JA 3HPHA 4DQRA 1C0UA 4XIUA 1RT7A 3AVKA 3OYDA 2KW4A 3PX0A 3F9KA 4KKOA 1ZBFA 3O3FA 3LDSA 4QCLA 4CJEA 4FM1A 1HNIA 1UA1A 1QSYA 4B9NA 3QINA 1S9GA 4M41A 3RMDA 1TAUA 3I0SA 1QHTA 3LZJA 4F4KA 1D8YA 4N41A 3QLHA 2W42A 3DLKA 1TGOA 1NJZA 4IG3A 3H08A 1HQUA 1Q9XA 1C1AA 4DTJA 1GOCA 3O4NA 3AVNA 4JLHA 2G8UA 2B5JA 1JLEA 2XY8A 2P1JA 2Z1HA 3NF9A 3KLEA 5D3GA 3QEPA 3ITHA 4FJ9A 2OPRA 4B3OA 4IBNA 1LAVA 3TAFA 2RKIA 2DFFA 3AVIA 2HHXA 1K6YA 3VQ9A 3K59A 1TKDA 1LW2A 3NGYA 3P1GA 4H4MA 2O4GA 3K5MA 2OA8A 2PY5A 4DSJA 2Q3SA 3OYAA 1VSMA 3AVFA 5HRRA 1NKBA 3ZSRA 5HROA 3ZT3A 3MXIA 2AJQA 1RTIA 4KI6A 1B9DA 1JL2A 1BGXT 1LAWA 3MXJA 5JS2A 3VQPA 4M3UA 4PWDA 5FRMA 4OVLA 4CJ3A 3TAPA 1TK8A 3U3GA 4AHVA 1HQEA 1WAJA 3KLFA 1J54A 1X1PA 3AO2A 4FZZA 2YNFA 3DMJA 2DY4A 4ELUA 1BIZA 1NJWA 4FM0A 4BWMA 3I0RA 4CJKA 3RR7A 4HCCA 2JGUA 4CJ5A 1HNVA 3OYHA 3QETA 4FJIA 3OVNA 4HVJA 4CJ4A 1T8EA 4KV8A 4BDPA 4KB0A 4FZYA 3OYKA 2HHWA 3I8DA 4FLTA 3KK3A 4CEEA 5KRSA 4HUFA 1C1BA 3HVRA 4CGFA 3ZSOA 4OPKA 4Y1CA 3AA5X 3NCIA 3DOKA 4DQQA 4M3WA 2FC0A 4NCGA 3OYCA 3SQ4A 1SKRA 4CF0A 3T19A 2VG5A 3ZSQA 4FCYA 4KHYA 1DLOA 1WSJA 1S1WA 4JS4A 1A5XA 5C42A 4DMNA 1CZBA 3SUQA 3OYIA 3HT3A 4DLEA 4E7IA 1QE1A 4CEFA 4H8KA 3KIOA 3SQ1A 4Z4EA 1FKPA 2FBVA 3SQ0A 3LWMA 1CLQA 1BCMA 4Y1DA 4FW1A 1JL1A 3MEGA 4DFKA 1X9SA 3AA2A 4KHQA 2G8IA 1U4BA 4DSEA 3HL8A 1KFSA 4CJUA 5FDLA 2HHSA 1WSEA 3HYFA 2HHUA 3ASMA 4DF8A 4BDZA 4DF4A 2D0AA 2G8WA 1QQCA 4IDKA 1QSSA 5FROA 4KTZA 4LD0A 3K57A 3FFIA 4DSFA 3KLIA 3V1OA 4HTUA 2GUIA 4UQGA 4AHCA 4GW6A 4R5PA 4KO0A 4DQIA 3VQ8A 2WOMA 2HVIA 3RWUA 2PZSA 4LH5A 4CHOA 4DFJA 4DQSA 3SUOA 1S1XA 2VG7A 1O1WA 3TANA 3IG1A 3TR8A 1YTUA 3VN5A 2HW3A 3HK2A 3DRPA 3LP2A 1BL3A 2G8HA 1RT3A 1WN7A 4CFDA 1HPZA 2D5RA 3RRHA 1LV5A 1NK7A 4FLYA 2XRIA 3HM9A 3KLHA 2HHQA 4IKFA 1S1TA 1KVAA 3KK2A 2YNIA 4CEDA 3NF6A 3M8RA 4C8KA 3OYMA 5CZ1A 2JLEA 3K5LA 2PYJA 1HYSA 4I2PA 3SPZA 3PX4A 4M3RA 3QEXA 3AVJA 4F3TA 4M42A 2ZQBA 5HRNA 1Z25A 3TAEA 1D9DA 3SCXA 3HO1A 4RG8A 1U47A 1KCFA 4KREA 5KTQA 2E4LA 2OZMA 4CGHA 1JLAA 3JSMA 4TSXA 4RW8A 4CJVA 3SV4A 4L8RB 2DFHA 4Z0UA 4M3ZA 1KVBA 2BE2A 3NDKA 4DTOA 2HHVA 4E7JA 3DOLA 4CE9A 3EZ5A 3OYGA 4N56A 2HHTA 4FXDA 4CJFA 1KTQA 4CIFA 3AA4A 4DSKA 3C6UA 2RN2A 1JXEA 3K5NA 4KRFA 3NH0A 1RBTA 3L3UA 1DTQA 4DFMA 4FJMA 1A5VA 4E1MA 2KTQA 4IFYA 1KLNA 1LWEA 3AVBA 3IRXA 2R7YA 4DLGA 3AVAA 4G1QA 1L5UA 4ELVA 2BGGA 4HUGA 1JLGA 4NYNA 3ZT4A 4OPJA 4AILC 4PA1A 1XWLA 3AVHA 3VQCA 4FM2A 1HJRA 4E1NA 3D0PA 4CGGA 4DSIA 1UWBA 1RNHA 3SZ2A 2QKBA 4W5NA 1RBRA 3L2QA 4F2RA 3K2PA 4F3OA 1REVA 3HP6A 4O55A 2XO7A 3NAEA 4I9LA 5J2QA 1IG9A 3QEWA 1LWCA 4OGCA 3TAQA 3C95A 3KJVA 3UIQA 2IC3A 4DTUA 3JYTA 1EETA 5FRNA 1J5OA 3RMCA 4I7FA 4FJ5A 3O3GA 1VSHA 3LP3A 3PY8A 4E7KA 3NBPA 4CEOA 3IAYA 2YNHA 2Z1IA 3B6PA 4PUOA 4DWIA 3AO4A 3MECA 3P83D 4BE2A 3BDPA 1KVCA 4CERA 1RT5A 3F73A 3V1RA 4AHUA 1S6PA 4BWJA 4CJRA 4JRQA 4OKJA 5J2NA 1SKWA 4CEBA 1RT4A 4DTXA 1L3SA 4B9LA 2DTUA 3VQ5A 1NJXA 3LPUA 1X9WA 4CHPA 4DQPA 1WSGA 5HP1A 3MEEA 4FYDA 3SNNA 1SL2A 3LZIA 4Z4IA 1EP4A 1NK9A 4KB1A 2IS3A 3AO3A 4BE1A 1UOCA 5HLFA 3OS0A 1T03A 3V9SA 3THVA 2BANA 3HPOA 4ZTJA 1S1UA 3L2RA 1Z26A 4CGDA 2HB5A 3PO5A 1ZBIA 3V4IA 3NGIA 2D0BA 4O0IA 1TK0A 1NK4A 1ASVA 2P5OA 3HJFA 4K8XA 1S9EA 2F96A 4ID5A 5J1EA 1N6QA 3VQDA 1VSDA 2XY5A 1U45A 1N5YA 4OKEA 4B9MA 1L3TA 1Q8IA 4CFCA 4BE0A 4M3XA 2YNGA 4CF8A 5KRTA 5EU7A 2OPPA 1KRPA 4KHNA 4FJGA 4DU3A 2IOCA 2WONA 1ASUA 1R0AA 5HRPA 3HVTA 2ITGA 4CJTA 4KFBA 1IO2A 4FJJA 3C94A 1FK9A 2YKNA 4DG1A 3WNHA 4KPYA 2YHAA 3V9WA 3DRSA 1J9AA 2HNDA 2QK9A 1U49A 4AHSA 3ISNC 4O0JA 1VSEA 3ZT0A 5C24A 3NF7A 4YFUA 3OS1A 4BACA 1SL0A 4M3YA 1RCHA 1J53A 4KTQA 1UAXA 1RDBA 1VSIA 5E41A 3KK1A 3M8SA 5I3UA 4LSNA 4FLZA 4EP5A 1T05A 1NK5A 2P5GA 3V81A 2Y1IA 1XI1A 1JLCA 3CM5A 4OLAA 4FK0A 3C6TA 2RF2A 3TI0A 1QSLA 3V9XA 3S3OA 1A5WA 3LAMA 3SPYA 1ZBHA 1YT3A 4ZHRA 1NKEA 3U6FA 2OPSA 4F8RA 4Z4FA 2LSNA 1C1CA 1BI4A 3OYBA 1IKVA 2G8FA 3AO1A 2B4JA 3AVLA 1TV6A 1U04A 1HMVA 3ZCMA 3SUPA 5HRSA 1RT1A 5CYMA 4FJXA 5CY4A 1W0HA 3NH2A 4LY7A 4WE1A 3SI6A 1ZBLA 4EZ9A 2ZD1A 3QO9A 3G0ZA 4DFPA 2Z1GA 4M3TA 5HBMA 4B9VA 1NK0A 4CJPA 4Q0BA 4AHTA 4KI4A 2ETJA 4OGEA 3RRGA 1VK0A 1JLBA 3T3FA 1ZBUA 1NOYA 4N5SA 4W5QA 4PY5A 4NYFA 1RT6A 3VQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGLA 1VSJA 3VQ4A 3CM6A 1TYQA 2EHGA 4H0PA 2PYLA 5KGWA 5BRHA 3DLRA 2FBYA 3EN9A 4O5BA 2OANA 2QXFA 3O1WA 5AQPA 2VCPA 1I39A 3HP9A 4FJLA 5AQNA 1TK5A 3ZT2A 3CYMA 1YJ9N 2P9SB 3O3HA 3IUCA 3QERA 3OYLA 1VSLA 5EX5A 3M8PA 3K9JA 2P51A 3RMAA 1XC3A 4RW7A 4CIEA 3VTHA 4CZFA 3AGRA 3KKSA 4CGJA 3D6RA 3SQ2A 1IBLK 4W5TA 5BRDA 3EKUA 4DTNA 3ZYYX 5FPMA 4K8ZA 4WFNL 3L8BA 3T69A 4AH9A 1GOBA 4WFBL 1N33K 4KHPK 3R9PA 3LAKA 1BISA 3CJ9A 4B3RK 5HOOA 2GV9A 4MFBA 1E3MA 4CK1A 4QOZB 1P8ZA 5KQDA 1W97L 3U3YA 4J2BA 3IKMA 1NKCA 3THWB 2P9PB 5DMRA 4JD2A 1D5AA 3ULEB 3PIPL 1S6QA 1N36K 2BTFA 1S1VA 1HYVA 1BIUA 4NCBA 2KZMA 4GMJB 3CCRN 2I7PA 4FPBA 5AQKA 3TAMA 2GWJA 4M7XA 3CF5L 2P9NA 3SV3A 3QICA 3FZMA 3CIPA 4A5BA 1WAFA 2YKMA 2XY7A 2UXBK 3AV9A 4LFBK 1YF5L 4I2QA 1EQYA 1GLBG 2AP1A 1NGBA 1OH6A 2HSTA 3QDKA 4K0KK 3MAQA 3H6EA 2HNYA 3AAQA 1XQSC 3OYNA 4DUYK 2E20A 1DT9A 3SYZA 3NFAA 1IKYA 3CCLN 3OY9A 4DB3A 1RDUA 5AQJA 4KHUA 3AO5A 5JICA 5M1OA 1WSHA 1SL1A 2HMPA 3TU5A 1F21A 3KKRA 1YTAA 3RR8A 3VMFB 1HNZK 3SUNA 4KTWA 4CHNA 1SZ2A 2FBXA 2IAJA 3UB5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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