4CERA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cerA00
4CEDA 4L8RB 4DS5A 1N5YA 4ID1A 3G0ZA 1HNIA 1KLMA 4IDKA 1JLCA 3QIOA 4Z0UA 1VSJA 3TANA 4F3TA 4FXDA 1N6QA 4M3UA 3OY9A 4M3WA 4BWMA 4OGEA 4CJQA 4DLEA 5EU7A 2E4LA 3NH2A 3DRRA 4C8KA 1JLEA 3K5OA 3VQQA 3KLHA 4FJ8A 3DLHA 3SUNA 3LZJA 1S6QA 3DM2A 4CHYA 4DWIA 4DSIA 2HHUA 4BACA 5CYQA 1WSHA 3CM5A 3FFIA 1ASVA 3QETA 4Z4CA 1RT5A 2XY7A 1L5UA 4ELTA 2G8IA 1UOCA 4FJ9A 3H08A 5DK5A 3QEXA 4C8LA 4B3OA 4CGIA 3M8SA 4FJ7A 2PZSA 4B9VA 1VSKA 4CJKA 5I42A 3HT3A 1WSIA 3QESA 1QHTA 1U4BA 3PX6A 2YNHA 4CHZA 2OA8A 3RMCA 1HQUA 3P1GA 3KLGA 1IKXA 4MFBA 1BISA 3V9UA 4E19A 4E3SA 3NF9A 4JS4A 2HHQA 3DLGA 3HP6A 3MXMA 3NDKA 3AVBA 3HVTA 3HYFA 3JYTA 1RT1A 3L3UA 4FW1A 4Z4HA 3O3GA 4IKFA 1HMVA 1SL2A 3NGZA 3SNNA 1UWBA 3SQ4A 3MXJA 1EETA 4HCBA 2B5JA 2B6AA 3MEDA 4CHPA 5T7BA 3K5MA 4CJUA 4BE0A 3AO2A 1S5JA 4JRPA 4Z4IA 3HPGA 3KTQA 1Q9XA 3TAFA 4CJPA 4KRFA 4KB0A 2BANA 3DYAA 1ZYQA 4AHTA 4FLXA 1KCFA 4NYNA 2XY6A 2HB5A 4AHRA 4CEOA 1BQNA 3NH1A 1XI1A 1L3SA 1WSGA 4CGDA 3AVNA 4CIEA 3BDPA 3OYBA 1TKZA 4AHSA 3P5JA 3ZCMA 1NJYA 4M3XA 3RR8A 4HUGA 2WOMA 4FJ5A 1VRTA 3ZT2A 3U3YA 3IS9A 4CF1A 1C1BA 4PWDA 1NJXA 1D9FA 2FC0A 4E89A 4F3OA 3CFRA 1VK0A 3WNFA 2KFNA 1JXEA 4FJHA 3G10A 3E01A 1S9GA 1XC9A 4LH5A 4F4KA 3IRXA 2HMIA 1KVAA 3NAEA 4DSFA 1YVUA 5C25A 4E7HA 4EP5A 4KFBA 5K14A 4CFDA 3HXMA 2PYJA 2RPIA 3TI0A 3QO9A 1X9MA 3ALYA 3PY8A 1REVA 3LZIA 5KRTA 1T05A 1C0MA 1BCOA 3OYMA 1D9DA 1ZBFA 3CFOA 1W0HA 2XRIA 4IFYA 3TAQA 4EZ6A 4F2RA 1NK5A 4DSJA 2HVIA 3AVKA 1J9AA 2KZZA 5CY4A 4EZ9A 4O55A 4DTUA 4C8NA 4Y1DA 3PV8A 2Z1IA 1FKPA 2YNIA 1JL2A 4E1NA 4AHVA 3NH0A 4CJVA 1L3VA 4Z4EA 4DQPA 1ZBIA 2D0AA 3OYKA 3QNOA 4ZTJA 1YTAA 3AO4A 4B9LA 1Q9YA 1BI4B 2ETJA 1KVBA 2G8FA 3RRGA 3OS1A 3LP3A 3RMDA 1VSFA 1O1WA 2P1JA 2KFZA 4ZHRA 5DMRA 3EYZA 4JLHA 2HVHA 4CIFA 5JS2A 2HHSA 1KLNA 5HROA 1ASUA 4Y1CA 3OYJA 1QE1A 3TAGA 4IG3A 1SV5A 2PY5A 4RW9A 1T7PA 1RTHA 4LD0A 3LPTA 5SWMA 4CF9A 3K58A 1U04A 4KV8A 4M3TA 4FYDA 4NCAA 4CF8A 2E6MA 4DS4A 1NK7A 2DFHA 4M45A 2IOCA 1VSHA 1HPZA 1NOZA 4NCGA 1HNVA 3VQ4A 4KTQA 3AVGA 3AVHA 1CZ9A 1HJRA 2RN2A 4DFMA 2HNZA 3SJJA 4PUOA 2F8TA 2IGIA 1RT3A 3SYZA 4YFUA 2OZMA 2F96A 3HSTB 3SUPA 3HO1A 4HUFA 3KD1E 1LWFA 3HJFA 2FBXA 1C0UA 3ZT1A 4BE1A 2Y1JA 3QIPA 4O0JA 2GUIA 2KTQA 1CLQA 2YHAA 3QEPA 4CK2A 2A1RA 2LSNA 4CF2A 1TAQA 3DOKA 4OJRA 4DQQA 4CEBA 3ISNC 4OPKA 1CXUA 4CGHA 3AVIA 4CHOA 3OYLA 3K59A 4J2AA 2BE2A 3AVAA 4B9NA 1DTQA 1T03A 4NCBA 1GOAA 1DLOA 1X9WA 4DFJA 3NBPA 3ZT0A 4W5NA 1IG9A 5HP1A 4B8CA 4W5OA 3K5LA 4CEQA 4DU3A 4JRQA 3OYIA 4FK0A 4QOZB 3LWMA 1A5WA 3QERA 1HQEA 1ASWA 4OKKA 1GOCA 3DMJA 3LANA 4G1QA 3VQDA 3O4QA 4CJWA 3OYDA 4DTSA 1NKBA 1QSYA 1C1CA 3SQ2A 2E6LA 3SPYA 4M42A 4JS5A 1TVRA 5HRSA 2HHVA 3VQBA 1KRPA 1S9EA 4B9TA 1RDBA 1FK9A 2EX3A 4ID5A 4RW8A 5FDLA 1QSLA 4C8OA 3HP9A 2RKIA 4Z4FA 2YV0X 3ZSZA 5KRSA 1T8EA 3DLEA 4I9LA 4B8AB 4DLGA 3KIOA 4I7FA 3T1AA 4FZYA 1QTMA 4DTXA 4RG8A 4GMJB 1KFDA 1WAJA 3AVFA 3ZSOA 3OYFA 1A5XA 4CFBA 4B9MA 1XWLA 3L3VA 1U47A 2OPQA 3OJUA 4TSXA 4QAGA 3WNGA 2G8HA 2VWJA 1B9FA 3T3FA 4CJLA 2DY4A 2X78A 3SZ2A 1K6YA 1IKYA 3WNHA 1S1TA 2G8KA 3F9KA 4N56A 4CEFA 3QINA 1VSDA 4BDZA 1RBTA 1J54A 1FXXA 1TK5A 3AO5A 3V1RA 3VQPA 4KREA 4BE2A 2HHXA 1B9DA 1EX4A 2JGUA 1VRUA 3DLKA 3K2PA 4OKJA 1NK4A 2KZMA 4DFKA 1WLJA 3SCXA 4KTWA 3NFAA 5C24A 2YKMA 3V1OA 2XHBA 1WSJA 2GBZA 3DRSA 4KI4A 3HPOA 5FRMA 1RDAA 4PY5A 3P83D 3TABA 1JLAA 2VWKA 1D5AA 1X1PA 4ELUA 2P5OA 3M8RA 2Z1JA 3C94A 2XY8A 2IC3A 4W5TA 1ZBLA 3RR7A 3BGRA 4LY7A 1L3UA 1TL3A 1XHXA 5J2NA 1LAVA 4HTUA 3L2WA 4NYFA 4E7JA 1NJZA 3DOLA 1EKEA 3VQEA 1QS4A 4CJEA 1QQCA 2WONA 3S3NA 1QSSA 3MXIA 4CECA 1RNHA 1IH7A 1VSIA 3VQ9A 4F2SA 1YTUA 3LP0A 4DG1A 3KKRA 4DF4A 4CGFA 3B6OA 3SV4A 3SI6A 1SKSA 3V6DA 4FLVA 3OS0A 4J2EA 3HK2A 4KO0A 4RW7A 4IFVA 4AH9A 4FJXA 4OVLA 1SL1A 2HNDA 1WSFA 3V9SA 1I3AA 3PUFA 1BIUA 1TKDA 5D3GA 5SZTA 1BHLA 4AHUA 3F73A 3KLEA 1NK9A 1LW0A 3AA3A 2Y1IA 4CGJA 1CZBA 2R7YA 1J53A 4CJ5A 1JXBA 5FROA 4FJKA 1YT3A 4CJTA 2VG6A 1X9SA 3HVRA 4E7LA 3T19A 4FJMA 3ZSYA 3ZSRA 4FCYA 1NK6A 1NKCA 1TAUA 1HYZA 3VN5A 3TAEA 4H4MA 2XY5A 3V81A 3SQ0A 1WAFA 1WSEA 5I3UA 1TK0A 3PO5A 3UIQA 1S1VA 2HW3A 4CK3A 4DSKA 4EP4A 1JLFA 1L3TA 5KTQA 3VA0A 2O4IA 1GOBA 4ICLA 4DQRA 3V9XA 1ITGA 5J2PA 4K8XA 3OYAA 2Q3SA 3V9ZA 2BDPA 2X74A 3V4IA 2VG5A 1BGXT 1KVCA 1JKHA 4CHQA 2YNGA 4FVMA 1F21A 3NHGA 5J2QA 1TKTA 4FJJA 4FLUA 4FJGA 4FZXC 2F8SA 2OPPA 2KQ2A 2YNFA 3L2QA 3OYCA 4IG0A 4OKEA 3SV3A 3DLRA 3LAMA 4KHWA 3ZSXA 1R0AA 1ZBHA 5E41A 3M8PA 3MEEA 1RDCA 4QCLA 1W9HA 3L2RA 2DTUA 4HHTA 2DFFA 3OVNA 3JSMA 1NK8A 4Z4GA 4H4OA 1VSLA 4CEEA 4LSNA 3O4NA 2I5JA 1JLGA 4BDYA 3NE6A 1CXQA 1SKWA 1RBRA 3A2FA 1IKVA 3NGYA 4AILC 2ATQA 5C42A 4DTJA 1RDDA 4Q0BA 3K5NA 1RT7A 4CJSA 1LAWA 3CG7A 4E0DA 3I0SA 4CFCA 3C95A 1RILA 2P5GA 4CJ4A 5HRPA 4GW6A 1RT6A 2EHGA 4FLTA 4MQ3A 4KHSA 4YNQA 2D0CA 2G8UA 4O44A 1Q8IA 3ZSVA 4DMNA 3EZ5A 1SL0A 1A5VA 4M3RA 3AVLA 2A1SA 4DTPA 1RTIA 3KK1A 1EP4A 4J2BA 3DRPA 4FK4A 4FM2A 1RT4A 1G15A 4BWJA 3NF6A 4CEAA 3QEWA 3LAKA 3S9HA 5KGWA 3C6TA 3TR8A 1BCMA 5KI6A 1TGOA 3U3GA 1RBSA 2D5RA 3I8DA 2HHWA 4R5PA 3ZSQA 4B9UA 4PA1A 3LP2A 1UA0A 4H8KA 4FK2A 4FM0A 4FM1A 4B9SA 3QEVA 3SUOA 4HCCA 4CHNA 4O5BA 4J2DA 2OPSA 2VG7A 2NUBA 1HRHA 3LDSA 4KHNA 2DFEA 1JLBA 1LWCA 1UA1A 2OYQA 3KK2A 2ZE2A 4KPYA 4FZZA 4B08A 3RMAA 3LWLA 3TARA 1KSPA 1WN7A 1LV5A 3EY1A 3S3MA 1TL1A 1RCHA 5HRNA 4E1MA 3VA3A 4FJIA 1NKEA 4AHCA 4CERA 1RTJA 3KK3A 3S3OA 4DTNA 3IAYA 3ZT4A 3NGIA 4DSLA 5KGXA 3SUQA 1LW2A 1KTQA 3C6UA 5CYMA 3LPUA 2QKKA 4M41A 2IS3A 4KTZA 3QEIA 3HPHA 4FW2A 3TWHA 2B4JA 4M3ZA 4DTMA 1S1XA 3MEGA 1B92A 5J1EA 4K8ZA 1RBUA 1MU2A 2IDOA 3WNEA 2FBVA 3DLBA 4I2PA 1RTDA 2W42A 3CFPA 4FLZA 2OPRA 1S1UA 3NF8A 4KB1A 2YKNA 4OLAA 3VQ6A 1BI4A 4DSEA 3VQ5A 3KD5E 1Z26A 3NCIA 3IG1A 4CJFA 3HL8A 2GV9A 3I0RA 4CF0A 4XIUA 3HM9A 1C6VA 1JLQA 1S1WA 4DU4A 4RW6A 3VQCA 4I9QA 1BL3A 2RF2A 4FLYA 1XHZA 4KHUA 4OLBA 1UAXA 4DTRA 4KHQA 1BIZA 1C1AA 4CE9A 3OS2A 1DTTA 2QXFA 2HHTA 3OYGA 3CM6A 2QK9A 4ZTFA 3L2UA 1J5OA 4W5RA 1TK8A 1BQMA 4HUEA 2OZSA 3OYHA 1C0TA 3ZSWA 1HYVA 3SQ1A 1KFSA 2Z1HA 1VSMA 4DQSA 4CK1A 3TAPA 4KHYA 3OYEA 4PQUA 5JS1A 1Z25A 4CCHA 3AA4A 2P51A 4GVMA 1TV6A 4LSLA 3AVMA 4RW4A 4WE1A 1SUQA 1FKOA 2X6SA 3B6PA 3M8QA 4CESA 1NOYA 4ELVA 4DFPA 3ULDA 3O3FA 2AJQA 3VQ8A 3D45A 3KLIA 2D0BA 1IO2A 1I39A 3KKSA 2BGGA 4DQIA 3U6FA 3LALA 3ASMA 1WNSA 3VQAA 2XO7A 4IBNA 3MAQA 1Y97A 3QNNA 3PX4A 4DU1A 1ZBUA 5HRRA 4KAZA 4N47A 4Q5VA 1U49A 2IAJA 2PYLA 3CYMA 4OPJA 4C8MA 3PO4A 2ZD1A 4UQGA 3L8BA 1U45A 3AVCA 3VQ7A 5FRNA 3ITHA 3KLFA 4CJ3A 3QLHA 2ZQBA 3AO1A 3AA2A 5J2MA 1NJWA 4LH4A 3OJSA 4O4GA 1LWEA 4O0IA 4N5SA 2KW4A 4E7KA 3THVA 2O4GA 3TAMA 2X6NA 3PX0A 4FJNA 3L2VA 3V9WA 1SKRA 3AVJA 3NF7A 4CFAA 1EXQA 5HLFA 3SPZA 4FJLA 4KI6A 2Z1GA 3AO3A 3DI6A 3OYNA 4F8RA 3V1QA 3CQ8A 2QKBA 1TKXA 3KJVA 2HNYA 2YHBA 3AA5X 3AV9A 5CZ1A 2G8WA 3ZT3A 4CIGA 1U48A 1JL1A 1VSEA 1IKWA 3RMBA 4DF8A 4M3YA 2FBTA 3K57A 3O3HA 4E7IA 2JLEA 5CZ2A 1NK0A 4DTOA 1HYSA 1D8YA 1S6PA 3LP1A 4W5QA 3RTVA 1RBVA 4BDPA 3D0PA 5HBMA 1RT2A 4CJRA 4N76A 4N41A 4CGGA 4OGCA 3RRHA 4I2QA 4CEZA 2ITGA 2G8VA 2FBYA 4FLWA 3RWUA 4HVJA 3MECA 4KKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF7K 2O8FA 1JCGA 4Z0UA 1KLMA 1KAZA 3QIOA 4CZEA 3L0QA 4DB3A 3NH2A 4C8KA 4FJ8A 3VETA 3LZJA 3CCRN 4CHYA 4BACA 5CYQA 1WSHA 4WF9L 1ASVA 4Z4CA 4JKCA 5FPDA 4H5WA 4FJ9A 3RSEA 3H08A 4CGIA 4GY2B 3M8SA 4FJ7A 2PZSA 4B9VA 1VSKA 3ZYYX 5I42A 3HT3A 3HOSA 3CJ9A 3FZMA 4KHPK 4X65K 4XH4A 2HHQA 4E19A 3NF9A 2ASPA 3DLGA 3AVBA 3JYTA 3N4PA 4Z4HA 1UWBA 1VAZA 2B6AA 4CHPA 1VQPN 3SBTA 3AO2A 4BQZA 4Z4IA 5AJ3K 3BP8A 4JN4A 1IBLK 4B3MK 2BANA 3E66A 4PL7A 4L3QA 1WSGA 4CGDA 3AVNA 3BDPA 1N34K 1TKZA 1NGAA 3SAGA 4H5VA 2CH6A 1NJYA 2FF6A 4HUGA 4FJ5A 3ZT2A 4XH1A 2V7YA 3D6RA 1E3MA 2FXUA 4F3OA 3CFRA 1WOQA 3E01A 2E2QA 1S9GA 2BUPA 3VERA 3IRXA 3PIOL 3N4QA 4EP5A 2FSNA 3HXMA 1KAXA 3A0IX 3ALYA 3LZIA 1VHXA 2P9IA 1BCOA 3OYMA 1ZBFA 3CFOA 3TAQA 5I9EB 3WQTA 5KPRA 2HVIA 5CY4A 4FWNA 4C8NA 3PV8A 2FSJA 1JL2A 3M3ZA 4Z4EA 5M1KA 1ZBIA 4JK7A 1XMOK 2D0AA 2IVPA 4B9LA 2ETJA 1KVBA 2G8FA 3OS1A 3LP3A 1Q18A 3W0LA 3CCMN 4ZHRA 3EYZA 3I55N 5HROA 4JI4K 1GLLO 1ASUA 4FWQA 1HNZK 2VGMA 4IG3A 3EN9A 4O8UA 2FLOA 4LD0A 3K58A 3EE9A 4WQ5A 2DFHA 2IOCA 1ATSA 1HNVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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