The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CW7 B; 4B3S K; 1N33 K; 4KHP K; 1XNQ K; 3J81 O; 4JI2 K; 5IT9 O; 4K0K K; 4AQY K; 1IBK K; 1N32 K; 3JAM O; 4JYA K; 4DR4 K; 4DV5 K; 4DR6 K; 4JI8 K; 2UUA K; 1HR0 K; 4DR1 K; 4DV0 K; 4DUY K; 3T1H K; 1FJG K; 1XMQ K; 4X62 K; 5FLX O; 2E5L K; 1I94 K; 1XNR K; 3J80 O; 2ZM6 K; 1HNW K; 4LF4 K; 3J7A P; 4LF9 K; 2UUC K; 4LFB K; 4DV6 K; 4JI4 K; 4DV2 K; 4X64 K; 4DV3 K; 1J5E K; 4JI5 K; 4B3R K; 1IBM K; 4X65 K; 4CVN E; 4JI6 K; 2UXB K; 4LFC K; 4OX9 K; 5LMN K; 3J7Y P; 4DV4 K; 5IWA K; 4GKJ K; 4V19 S; 2UXD K; 4JI0 K; 4JI3 K; 2HHH K; 4JI1 K; 1HNZ K; 4DR5 K; 2F4V K; 4X66 K; 4YY3 K; 4B3M K; 1N34 K; 5BR8 K; 1HNX K; 3T1Y K; 4JV5 K; 5AJ3 K; 4NXM K; 4LF7 K; 1IBL K; 4B3T K; 4LF6 K; 4GKK K; 4DR7 K; 2UU9 K; 2UUB K; 5A2Q O; 4LF5 K; 4JI7 K; 4DV7 K; 2UXC K; 5LL6 Z; 2VQF K; 5LMU K; 4YHH K; 1N36 K; 4LF8 K; 2VQE K; 3OTO K; 4DV1 K; 1XMO K; 4DR3 K; 4LFA K; 4NXN K; 4DR2 K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B8H A; 1XNQ K; 4H5V A; 4OKE A; 4Z4G A; 1FKO A; 5AQI A; 4BRG A; 4KI4 A; 3FR0 A; 4JI2 K; 3Q7C A; 3OYE A; 1TKT A; 4AQY K; 4CJR A; 1NGF A; 3PX6 A; 1NNE A; 2G8K A; 4B1X B; 3QER A; 3KHY A; 3AGK A; 2HHW A; 3PX0 A; 4DR6 K; 3QEW A; 3J7Z O; 3NHG A; 5AQR A; 3CJB A; 1RIL A; 3M6G A; 1SQK A; 4RW9 A; 4FJX A; 4AHU A; 3SV4 A; 3WT0 A; 4B9N A; 5HL7 L; 1C0U A; 3MN6 A; 3QBW A; 4UQG A; 3LWL A; 1U45 A; 1I39 A; 3TTD A; 2VGM A; 3FZL A; 5BRE A; 4CJK A; 2HHV A; 1IJJ A; 4DV2 K; 2V7Y A; 4NYF A; 4X64 K; 4DF8 A; 3BF3 A; 1ATN A; 5JIC A; 2I7P A; 1KLM A; 4GV9 A; 3SV3 A; 4JHD B; 3MEC A; 4JI3 K; 4Z4E A; 4JI1 K; 4O55 A; 3ID8 A; 3ZCM A; 1NKE A; 1LAW A; 3QEX A; 3U4L A; 4FJH A; 5BPM A; 2FBY A; 4B9L A; 2KLA A; 4E7H A; 5M1Q A; 3SMS A; 2HMI A; 3VQ4 A; 1Z05 A; 2QEX N; 4ICL A; 4CIG A; 2HNZ A; 3H08 A; 5KPT A; 4ZTF A; 1BWF O; 3HJF A; 2QWP A; 5LMU K; 4DV1 K; 5F1X A; 4FM2 A; 2J4R A; 1BCO A; 4FZX C; 1Q81 O; 3HSC A; 3ZX0 A; 3KLE A; 2O8C A; 2RKI A; 4A5B A; 5BR9 A; 5C10 A; 4OPK A; 4YOW A; 3O3G A; 1U49 A; 4CK1 A; 4FCY A; 1U48 A; 4KHP K; 2FBX A; 4GW6 A; 3KD5 E; 4FJN A; 2HBM A; 2XY6 A; 2ITM A; 2FXU A; 2DTU A; 4K0K K; 4YOX A; 4B8C A; 4BR5 A; 2H3G X; 3LAK A; 2XY7 A; 3KWI A; 1T3V A; 3NMU A; 2XHB A; 2IVN A; 3SPY A; 3PIO L; 4OJR A; 2OZM A; 2RPI A; 3NF7 A; 4BY9 C; 3D2F B; 3NGY A; 1L3V A; 1S1U A; 2V52 B; 2ZWH A; 3AA2 A; 4DU3 A; 1BCM A; 3HPG A; 3VEX A; 3KK2 A; 3RTV A; 1YXQ A; 3J7A P; 2BH1 A; 4FWO A; 3D7E O; 4B9T A; 4WE1 A; 2XO7 A; 3G4S N; 3QIN A; 3CET A; 4FVM A; 4H0T B; 1WSG A; 3QIO A; 4F2R A; 4A2A A; 4CHZ A; 3P4I A; 5MLC Q; 4FJ9 A; 1YAG A; 3LP1 A; 3ITH A; 3VET A; 3VQ6 A; 4DV4 K; 1NK8 A; 3ZSW A; 4DTR A; 4FO0 A; 4YOU A; 4BVO A; 3C6A A; 3NF8 A; 3NFA A; 1UWB A; 4O0J A; 1HPZ A; 4CEO A; 4KHW A; 1WSH A; 3BP8 A; 3A5N C; 3RMC A; 5AQK A; 4DB3 A; 3K59 A; 4MDA A; 1JLF A; 3LP3 A; 3MXM A; 2IS3 A; 4FJG A; 3AO5 A; 4BGB A; 3M3Z A; 2HBJ A; 1NGC A; 5M1O A; 4BRO A; 3EL2 A; 3NF6 A; 3RRH A; 4BDP A; 1VRT A; 4JI7 K; 3T19 A; 4WQ4 A; 1CZB A; 3OTO K; 3JSM A; 2QA4 N; 4AH9 A; 3U8X A; 1E4G T; 3M5R A; 2ETJ A; 3QEP A; 4OLB A; 2E8A A; 2F8T A; 2Q0R A; 3C95 A; 4FLU A; 4BRF A; 4CGF A; 4CZE A; 3S9H A; 2G8I A; 5ELZ A; 1Y97 A; 5LY3 A; 4BR0 A; 4KI6 A; 2QXL A; 4PKH A; 3ATV A; 4WYB A; 2PFU A; 4DFM A; 4LSL A; 3TAG A; 2GWJ A; 3OYL A; 1VQL N; 4W5N A; 2B6A A; 2A6A A; 4DR1 K; 1S1V A; 3EYZ A; 3V81 A; 4CEE A; 4JKA A; 4MQ3 A; 3E66 A; 2PBD A; 1BQN A; 3OW2 M; 1XHZ A; 4O5F A; 1ZC6 A; 5KRT A; 2DFF A; 3LP2 A; 3P1G A; 4IG3 A; 1EWQ A; 1JKH A; 4Y1C A; 2YNG A; 4RTF D; 1V4S A; 4LD0 A; 4CEQ A; 1TK0 A; 3ENO A; 3R8E A; 3LM9 A; 3OYM A; 1CXQ A; 2ZGY A; 3NF9 A; 2Q2R A; 1NGI A; 3QNN A; 1SZ2 A; 4L3Q A; 3L4Q A; 5LMN K; 4BWM A; 2OPQ A; 5KPR A; 4RG8 A; 3C0B A; 3K57 A; 2LSN A; 3HPO A; 3L8B A; 3WEE A; 3VQC A; 1U04 A; 3EO3 A; 3FZM A; 2YJF A; 4BR7 A; 4DQ8 A; 4BRL A; 3I0S A; 4Q5V A; 3CQX A; 4E7K A; 4QS8 A; 3VER A; 1XQS C; 4PHT X; 4BR2 A; 3OYD A; 3VQ7 A; 3O3H A; 4LF7 K; 3TI0 A; 1BG3 A; 3P83 D; 4PKI A; 4OPH A; 1KAZ A; 2V51 B; 4TSX A; 3DXK B; 3QML A; 1EP4 A; 3AVH A; 4BRC A; 3QO9 A; 5FPE A; 2E6M A; 2OPP A; 3QIC A; 2YNH A; 3HPH A; 1VSE A; 1XMO K; 3DM2 A; 4F4K A; 3SQ2 A; 4M3U A; 2NUB A; 4FK2 A; 3IS9 A; 2Z1I A; 1TYQ A; 1SKW A; 1KSP A; 3CI5 A; 4IFV A; 1W7A A; 1NK0 A; 1E3M A; 2EHG A; 3FFK B; 3ZT2 A; 4RW8 A; 4KB0 A; 2A1S A; 2P9K A; 1IBK K; 1J5O A; 2RN2 A; 4CF0 A; 4CJV A; 1VQM N; 2ITG A; 5AR0 A; 4OO1 J; 3O1W A; 4F9O A; 1CZA N; 4KKO A; 5HRN A; 4CZI A; 1Q86 O; 4ELU A; 3GDQ A; 1TK5 A; 2QWM A; 2GUI A; 3LPT A; 3HRG A; 1IKY A; 4E7J A; 3KK1 A; 4JLH A; 2ZJQ L; 3NVK A; 4AHR A; 3R3L A; 4FLX A; 1XMQ K; 4X62 K; 3P39 A; 3AVM A; 3VEO A; 3EKU A; 4DSL A; 4CFC A; 5GAG P; 1NGG A; 3IDH A; 4EP5 A; 5HOO A; 4LFB K; 3WXJ A; 3LAM A; 3OY9 A; 3TTC A; 2IDO A; 1QVG M; 1UAX A; 3DXK A; 1IH7 A; 3QEV A; 2YHY A; 4DV3 K; 1J5E K; 3H45 C; 4B3R K; 1LWE A; 1IBM K; 3ZSZ A; 4CBX A; 3DLG A; 4JI6 K; 3W0L A; 3GBT A; 2B5J A; 2WFB A; 2OYQ A; 3BF1 A; 1REV A; 5FPN A; 2HBK A; 2DFH A; 4CEB A; 5KQD A; 1Q18 A; 1GLB G; 4KB1 A; 1JLG A; 4Y0W A; 5CZ1 A; 4KV8 A; 3UKU A; 4KO0 A; 4F8R A; 4R79 A; 2X6N A; 3HI0 A; 1NOY A; 2VWK A; 4IXC A; 4CF2 A; 5BR8 K; 1GLJ O; 4BC2 A; 1IKV A; 3U3G A; 4M42 A; 4NO7 A; 4FLT A; 1R59 O; 3H1V X; 4JD2 B; 4BR9 A; 1XC3 A; 3VMF B; 3I56 N; 1TKZ A; 5DM7 L; 3IMX A; 1MA9 B; 1MWK A; 1UOC A; 5EVZ A; 1RT3 A; 1VSI A; 3ZSQ A; 3L2V A; 3CD6 N; 1S1X A; 5AQU A; 1RDD A; 1BL3 A; 4DG1 A; 5HRR A; 2O4I A; 1H1V A; 4IOC L; 1IG9 A; 2D0A A; 2GTD A; 3SAF A; 3AY9 A; 4PA1 A; 1JLB A; 1GOB A; 3HM8 A; 4NXN K; 4I2Q A; 1N33 K; 2IVP A; 1O13 A; 3ID6 A; 3SBT A; 1WAJ A; 1Q8I A; 1NJZ A; 4Q0B A; 3CCV N; 3CJ7 A; 2QI2 A; 5C12 A; 1EQY A; 4DQS A; 3LM2 A; 1SAZ A; 5J2P A; 4A5A A; 4HUE A; 4ELT A; 2O8F A; 3K5O A; 1WUA A; 1ILY A; 4CJ5 A; 3SAH A; 3ZT3 A; 3EZ5 A; 1TVR A; 5C0Y A; 2ZQB A; 5BRH A; 3DRS A; 4GMJ B; 3TR8 A; 2E5L K; 4BRM A; 3DAW A; 2OZS A; 5GIN A; 2QTD A; 4H5R A; 3O1B A; 3NDK A; 4DLE A; 1R0A A; 3LZI A; 5SWM A; 3WNE A; 1DT9 A; 5FRM A; 3S3M A; 5SZT A; 3VF2 A; 3NCI A; 3ZSY A; 3AAQ A; 1VSK A; 1Z25 A; 3ZT0 A; 4C8O A; 3NGI A; 3PSI A; 2OAN A; 4BG9 A; 3OJS A; 5H1S Q; 3F2K A; 1GLE G; 2X6S A; 3RR7 A; 4H0O A; 1DTT A; 2HHS A; 4KHN A; 4JEP A; 2KFN A; 3R9P A; 4AHV A; 3THX B; 3AVG A; 3LZJ A; 1S72 N; 4AHC A; 1FKP A; 3K5N A; 1T6C A; 1VSF A; 3MK6 A; 4CD1 A; 2O8B B; 3NBP A; 4MLH A; 3OS0 A; 4YOY A; 2P9L B; 1YVN A; 4M41 A; 3SYZ A; 1JLA A; 4F2S A; 1GLF O; 3V9W A; 3ZX2 A; 1DGK N; 1Q82 O; 4FZZ A; 2F96 A; 4DQR A; 3MN9 A; 3WXM B; 4HCC A; 4HCB A; 5AZJ A; 1RFQ A; 1YTA A; 4HUF A; 4H0P A; 4E19 A; 3SUP A; 1C6V A; 3CC4 N; 3HST B; 4ILH A; 1D8Y A; 3C7N B; 2DFE A; 1GLL O; 1HRH A; 3OYG A; 1KQS M; 2I5J A; 3VEW A; 3HOT A; 1C0G A; 4CGG A; 1TAQ A; 2YNF A; 4PL7 A; 3HXM A; 3Q7B A; 4CJE A; 3V9X A; 2QKB A; 3MWT A; 1IKX A; 3SLC A; 2W41 A; 3N4Q A; 1S6P A; 1C0F A; 4DCH A; 4HWI A; 3SQ0 A; 1JL2 A; 4CBU A; 4FPB A; 1X9W A; 4JK7 A; 3JAM O; 1EX4 A; 4CHQ A; 1RDW X; 3NAE A; 2Z1G A; 3CCR N; 3HP6 A; 2YI1 A; 3AAP A; 1U6Z A; 3CFP A; 3WQT A; 4LSN A; 3KK3 A; 3K0S A; 1D9F A; 3KIO A; 4FJJ A; 1HR0 K; 2O8B A; 4E1M A; 3C65 A; 4FJ8 A; 1RDB A; 4IO8 A; 5DK5 A; 4BRP A; 1XNR K; 4FW2 A; 1BU6 O; 5I9E B; 1QHA A; 2QXF A; 3VEY A; 1W9H A; 2GWK A; 3CFO A; 2ASO A; 1KAY A; 5FPD A; 5AQX A; 1QQC A; 3SJJ A; 4JI4 K; 4EZ6 A; 4H4M A; 2VWJ A; 3RMB A; 3K9J A; 4E3S A; 3QFU A; 4X65 K; 3O9U A; 2XY8 A; 4QS7 A; 3W3D A; 3BGR A; 2P5G A; 1X9J A; 1RCH A; 5E26 A; 4GV6 A; 4B8A B; 4JK9 A; 1WSF A; 1BQM A; 1HNZ K; 3KKS A; 5KI6 A; 1HMV A; 3GOI A; 4CEC A; 1ZBF A; 4YY3 K; 3OYN A; 1VQ8 N; 1RDC A; 1N8R O; 3THV A; 4FVU A; 3CC7 N; 4IOX A; 1T05 A; 1JJ2 M; 4M3X A; 3TTF A; 3DLK A; 1YIJ N; 1LCU A; 1L3U A; 3C6T A; 3ALY A; 5K14 A; 2O4G A; 3E9P A; 1W0H A; 1NKC A; 2X78 A; 4B1U B; 3SQ4 A; 3TU5 A; 2VQF K; 1GLC G; 1D9D A; 3KTQ A; 4I6M B; 1CXU A; 3B6O A; 3O9S A; 3C6U A; 4JRP A; 3KLI A; 3ZSV A; 3WNH A; 4B3S K; 4RW7 A; 3CCS N; 1BGX T; 5KRS A; 2HW3 A; 4FZY A; 5KPZ A; 5LJW A; 2PYJ A; 5HRS A; 3TAB A; 1V4T A; 1KVB A; 3C94 A; 4C1N K; 5HLF A; 1HX1 A; 4AF1 A; 4Z4C A; 4C1N I; 2QM1 A; 1EWR A; 2GBZ A; 4IG0 A; 1SL0 A; 5CE3 A; 3J8A A; 5LJV A; 3QFP A; 1QS4 A; 4EIA A; 4DLG A; 1Q9X A; 4OGE A; 3T3F A; 4B9U A; 3AO1 A; 3KVG A; 2HOE A; 2OPR A; 4O8K A; 1RT2 A; 2ZJR L; 4C8K A; 3CCQ N; 2FC0 A; 3D2E B; 4JHD A; 4AHT A; 4DS5 A; 3ASM A; 3D6R A; 5TKY A; 3MCA B; 5FRO A; 3FFI A; 3LDS A; 1ITG A; 3TAP A; 1J53 A; 3CF5 L; 3RRG A; 3VQD A; 4CJT A; 3DXM B; 1ZBI A; 3GE1 A; 5BRF A; 4OVL A; 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1NK5 A; 4G1Q A; 1JXE A; 3AVK A; 2FLO A; 4DTX A; 3M8R A; 3V4I A; 3E9L A; 3EE9 A; 3H46 O; 2O8D A; 4GKJ K; 3DRP A; 3AVF A; 5KGX A; 1LV5 A; 3ENH A; 4CJU A; 2G8U A; 2HVH A; 2ATQ A; 4X66 K; 1A5W A; 1QZ6 A; 4J2D A; 4FJ5 A; 5D3G A; 2FBV A; 1UA1 A; 2F8S A; 3FZF A; 3M8Q A; 2P5O A; 3AGR A; 3VA0 A; 4IJA A; 4DSJ A; 3MAQ A; 4IWV A; 3PLA A; 1BIS A; 4CF8 A; 1ZYQ A; 4CZG A; 4LF6 K; 4KH6 A; 3V9S A; 4N56 A; 4MFB A; 5J2Q A; 3F5T A; 2HBL A; 1U47 A; 3AVB A; 4N47 A; 3UIQ A; 2FBT A; 2VGN A; 3ULE B; 1OH8 A; 1QTM A; 1HNI A; 2UXC K; 1VSM A; 2P51 A; 4HVJ A; 4O0I A; 5M1F A; 3CM5 A; 4IEE A; 4U7B A; 4DHY A; 4BE1 A; 2P9N B; 2P9U B; 4EP4 A; 4WF9 L; 2Q0U A; 4JK8 A; 4DR3 K; 5AQG A; 3O8M A; 5AZI B; 1VSH A; 1ASW A; 2Z1H A; 4BRQ A; 4CZH A; 4CHN A; 4FM1 A; 3THW B; 3MX5 A; 4CEA A; 2WBN A; 1HNV A; 2E2N A; 4YDU C; 5IT9 O; 1XWL A; 1BI4 B; 3VQB A; 2Y1I A; 3CPE A; 4C23 A; 1N32 K; 5J1E A; 4B08 A; 1TKD A; 1VQK N; 3TSQ A; 3K9K A; 3O3F A; 3RVC A; 1EET A; 3CJ9 A; 4I7F A; 4KH4 A; 3ZSO A; 3IRX A; 2WUS A; 3CPW M; 2W42 A; 4QAG A; 2CH6 A; 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