The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
|
structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
18
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| structure length |
98
|
| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PSF A; 1IV0 A; 1VHX A; 1NU0 A; 3BZC A; 3PSI A; 1NMN A; 1OVQ A; 3BZK A; 2OCE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NK9 A; 4B1U B; 4NO7 A; 3VGM A; 3K59 A; 3WEE B; 2CGJ A; 3HPH A; 1U48 A; 3THX B; 5AR0 A; 3SZ2 A; 3HST B; 1BQM A; 1S1X A; 1ASW A; 2VWK A; 4OKE A; 2BH1 A; 4I9Q A; 1Z05 A; 1BIU A; 4LF4 K; 4GVE A; 2YX6 A; 3O9Q A; 4CEA A; 4B9U A; 3LP0 A; 4WQ5 C; 2HVH A; 3QO9 A; 4PHT X; 4MO5 A; 2UUC K; 3DRS A; 4CJ7 A; 3LDO A; 4FVM A; 1Q81 O; 3ZSO A; 1O13 A; 2FBY A; 4A62 A; 3NH0 A; 3OYI A; 2UXB K; 4DQI A; 3H6E A; 4B8A B; 1BHL A; 1RTJ A; 1I94 K; 4OJR A; 5SZT A; 4BE0 A; 2Q2R A; 5ADX H; 1VQ6 N; 1NKB A; 3UIQ A; 3AVF A; 1K73 O; 4OVL A; 2RPI A; 3K2P A; 3VQE A; 4DF4 A; 1NGF A; 4B1Y B; 2O8E A; 3CME N; 4M3Y A; 2P5G A; 4BR9 A; 3NH1 A; 4AHR A; 4CEF A; 3IAY A; 3CCV N; 4BRM A; 3AY9 A; 2OPR A; 3PLA A; 1SL2 A; 3SPZ A; 4UY8 O; 4AM7 A; 3HOT A; 3KLE A; 3VF2 A; 1RIL A; 2I7P A; 4CZF A; 3MEG A; 5TKW A; 3L2W A; 3ZSR A; 4J2D A; 1NGJ A; 4AIL C; 2P51 A; 3RR7 A; 1RT7 A; 3R1X A; 4E7H A; 2YHY A; 3SK3 A; 1QZ5 A; 4CZJ A; 3VQ5 A; 4FJK A; 3OBW A; 3QIO A; 1S5J A; 4IBN A; 3HP6 A; 3T1H K; 1S1T A; 2NRH A; 2NRV A; 1CXU A; 5FPM A; 2HF4 A; 3KLG A; 4OKK A; 3VER A; 2VGN A; 1VK0 A; 4KB1 A; 3VET A; 3FFI A; 3SQ2 A; 4JI3 K; 3IFR A; 4BG8 A; 4JK7 A; 5DM7 L; 4JKC A; 3G0Z A; 2ASP A; 1DEJ A; 3DM2 A; 3RR8 A; 4CF8 A; 1IH7 A; 3DJC A; 1VSJ A; 3CCU N; 3HT3 A; 3BY5 A; 5HP1 A; 5HL7 L; 1VRT A; 3O3F A; 2Q0R A; 3HOS A; 3I0R A; 2W40 A; 2OZM A; 4C1N K; 3WNG A; 5C2F A; 3AO3 A; 3OYH A; 3K9K A; 3OS0 A; 2X6N A; 4A57 A; 4GY2 B; 5KQD A; 3AVG A; 4WE1 A; 4YDU A; 1N5Y A; 3FZL A; 1K8A O; 4PY5 A; 3Q7B A; 5AQO A; 4CJT A; 4KPY A; 2PAV A; 3LAM A; 4FLT A; 4FWM A; 3CCE N; 5CE3 A; 2Z1H A; 2XY6 A; 4FJM A; 3MXI A; 4A61 A; 4IG3 A; 1TL3 A; 4DQR A; 1IKW A; 2G8I A; 3PIP L; 1VQK N; 1BWF O; 2O8C B; 5GAD P; 1C0M A; 3D2F A; 2P9N A; 3ZSZ A; 3IKM A; 3CJB A; 3D6R A; 4OPJ A; 5JS1 A; 4O0I A; 1OH5 A; 1NK8 A; 1KVA A; 4BQZ A; 4M3Z A; 2ZF5 O; 1XNQ K; 1X9M A; 3N4P A; 2FSJ A; 4JKE A; 4DWI A; 1RTI A; 3QEI A; 3P38 A; 3CJA A; 3TPQ A; 1A5V A; 2NUB A; 4CZM A; 1SAZ A; 3VMF B; 3P83 D; 5GAG P; 1J5E K; 2HHS A; 3NF9 A; 4FJG A; 3UB5 A; 3BF3 A; 1VSF A; 2QWN A; 1ZBH A; 3LWM A; 1HYS A; 4RW7 A; 4YY3 K; 1T44 A; 3C6H A; 2F8T A; 2P5O A; 4CD1 A; 4W5R A; 3TAR A; 2FXU A; 1DT9 A; 3NF8 A; 3OYK A; 4K25 A; 2YCH A; 4O8K A; 1HKG A; 1YJW N; 5KGW A; 4E1M A; 4DV6 K; 2A1R A; 2DPN A; 4JI1 K; 2BE2 A; 5AJ3 K; 1EX4 A; 2O8B B; 3PV8 A; 3RVC A; 4JN4 A; 3S9H A; 3DOL A; 1MDU B; 2KQ2 A; 5CZ2 A; 3GL1 A; 5KTQ A; 2QWO A; 2KHO A; 5KPT A; 4N56 A; 2YKM A; 4FK0 A; 4M3W A; 2QXF A; 3K5M A; 3IUC A; 4B1X B; 5DK5 A; 3B6P A; 3DAW A; 4JI7 K; 3OA9 A; 5JVG L; 1U45 A; 1KCF A; 3EKS A; 3BDP A; 4YOX A; 3QB0 A; 1BIS A; 5KPR A; 5AQM A; 3QIC A; 4B08 A; 1U04 A; 3VEW A; 4BDP A; 1G15 A; 4JNE A; 2E5L K; 4G1Q A; 2ASM A; 3NH2 A; 2P9U A; 1XHZ A; 1L5U A; 3MN9 A; 4E1J A; 4HTL A; 2QK9 A; 3U9Z A; 2UUA K; 1G99 A; 1K6Y A; 4C8O A; 1HRH A; 2B5J A; 1N34 K; 2ETJ A; 5FRN A; 4XH1 A; 4FCY A; 1UA0 A; 3EO3 A; 3CFO A; 1LW0 A; 3V6D A; 4BC5 A; 3ID6 A; 4BR4 A; 5AFU H; 4M42 A; 2GX9 A; 2O8E B; 5SWM A; 1S3X A; 3VQ7 A; 4CES A; 4JLH A; 5ELZ A; 3LAK A; 1NKC A; 1S9G A; 4OLA A; 4KFB A; 4PWD A; 4BDZ A; 4M63 C; 4FJ5 A; 4MLH A; 3OYC A; 3RTV A; 4B9M A; 4B9N A; 1VQM N; 4CEQ A; 4QOZ B; 3F73 A; 3O1W A; 4JKD A; 2GEL A; 3I8B A; 4CF1 A; 4Z4C A; 3U4L A; 1KQS M; 4MQ3 A; 3AVI A; 1GOC A; 2O8F A; 2I5J A; 1VHX A; 4CEO A; 4CK1 A; 5C24 A; 5D3G A; 4JAX A; 3C7N A; 4BR7 A; 3TAQ A; 5C42 A; 2KFZ A; 1YVU A; 3BGR A; 2YJF A; 3QBX A; 4KI4 A; 5CYQ A; 2E2N A; 3HSC A; 4IDH A; 1FKO A; 2D1K A; 4BRP A; 1RT6 A; 4KAZ A; 1TAQ A; 3V9W A; 4NLB A; 3EKU A; 1KVC A; 5HRS A; 4CEC A; 4IWV A; 3KLF A; 3CHW A; 2IIR A; 1KFS A; 3LDN A; 1TKX A; 4CHZ A; 3M8P A; 2HBL A; 5BPL A; 2AA4 A; 5GIO A; 1C1B A; 3PX6 A; 1NM1 A; 3DLK A; 4JRQ A; 4BE1 A; 4DSF A; 5AQP A; 4DQP A; 3ZSW A; 2FBT A; 4YOW A; 4CK2 A; 1A5X A; 3KK1 A; 1S6P A; 3PO5 A; 3BP8 A; 3MX2 A; 4PUO A; 1D8Y A; 3L2Q A; 1TK8 A; 4DFJ A; 3O08 A; 1ZBI A; 1WNS A; 2DTU A; 4GVM A; 4DV5 K; 1GLA G; 3SBT A; 5LL6 Z; 4C1N I; 1RDA A; 4YFU A; 4I2P A; 3QES A; 4AM6 A; 3BEX A; 4AF1 A; 5HLF A; 2NLX A; 4XH4 A; 1F21 A; 4CHY A; 2P9N B; 4BGA A; 1JXB A; 3G25 A; 1XC9 A; 3B6O A; 1JCF A; 2NZT A; 4CVN E; 1YIJ N; 2EHG A; 4LSL A; 2GUP A; 4H5T A; 3L3V A; 1T6D A; 4DU4 A; 5FLX O; 4BR2 A; 5C12 A; 2WBN A; 3V9S A; 5BRD A; 1JLG A; 1RDC A; 1KC8 O; 4OX9 K; 3EZW A; 4IJN A; 1RDU A; 3BUZ B; 5J1E A; 4ISF A; 4KHQ A; 2PYL A; 1CZ9 A; 4JKG B; 5E84 A; 2F7T A; 3K9J A; 4CFD A; 4XIU A; 3ZSX A; 2G8K A; 1EWQ A; 3C95 A; 3DRP A; 1W97 L; 3NDK A; 5AQR A; 4JS4 A; 4KRE A; 3RSE A; 3K57 A; 4FJN A; 4CFB A; 3VEX A; 3HXM A; 1JLF A; 3CCR N; 2ASO A; 2D0P A; 4LF9 K; 3QIP A; 1KTQ A; 3HL8 A; 3HO1 A; 1ZBL A; 3LP2 A; 5LMN K; 1S9E A; 3DLE A; 1IBK K; 4NCG A; 2IC3 A; 5EXW A; 1EWR A; 4E3S A; 3O80 A; 4YOU A; 4CHO A; 4FWQ A; 3THV A; 4LFC K; 1GOA A; 4HCB A; 3AV9 A; 1RBU A; 4Y1D A; 3CJ9 A; 3KJV A; 1EXQ A; 4H0P A; 2HVI A; 1BGX T; 3NGZ A; 4ILH A; 1XWL A; 3DOK A; 3ENH A; 4BQL A; 2IVN A; 2Q0U A; 3CQY A; 2QM1 A; 5FRM A; 2YNG A; 1B9D A; 2A41 A; 1ZC6 A; 3HPG A; 5AQL A; 4U67 L; 3ZEU B; 1NKE A; 4CZG A; 1U4B A; 3R8E A; 3VQ6 A; 5I42 A; 5DM6 L; 4FLX A; 4C8M A; 2P9U B; 5HRR A; 4EIA A; 4CEE A; 3OHR A; 3ULE A; 1NOY A; 4BC2 A; 5AQN A; 1L3T A; 4MO4 A; 3QLH A; 4K8X A; 1BOT O; 4DFK A; 4IFE A; 4DV3 K; 3I8D A; 2P9I B; 5E26 A; 2WTU A; 4IFV A; 1WLJ A; 4X64 K; 1HJO A; 4B1Z A; 4E7L A; 2D5R A; 5EX5 A; 3LPT A; 4JKA A; 1NJX A; 3OJS A; 4FOI A; 2HST A; 3CCL N; 3HYF A; 4CHQ A; 5ADX A; 2OYQ A; 3DXM B; 3QBW A; 1QVG M; 1D5A A; 2RN2 A; 4AH9 A; 5C25 A; 3T1Y K; 3K5O A; 3A2F A; 4DCH A; 1BA0 A; 3KHY A; 3QML A; 4BGB A; 4ISG A; 3TI0 A; 3W0L A; 4BRL A; 4CEB A; 5JIC A; 4V19 S; 1Y97 A; 5FPD A; 2GV9 A; 3CXC M; 1P8Z A; 3S3M A; 2FF6 A; 2Q97 A; 3M5R A; 1X9W A; 5GAH P; 3CET A; 1VQL N; 3M1F A; 1BCM A; 1WAJ A; 3THY B; 4CJL A; 4B1W B; 3I33 A; 5AZJ B; 3ZLJ A; 1ASU A; 3TAB A; 3IDH A; 3ZSV A; 3C7N B; 4JEP A; 3RMB A; 3J7Y P; 3LM9 A; 3WXM B; 4CGJ A; 3CYM A; 1I39 A; 4AHC A; 3MXM A; 3S41 A; 3K5L A; 4FLY A; 1OH7 A; 3GE1 A; 1YT3 A; 3SJH A; 2GWK A; 4ZHR A; 2BAN A; 4NYN A; 4C8L A; 1BIZ A; 3AVN A; 4KH4 A; 3FZM A; 2QA4 N; 4CJE A; 3HM8 A; 1ZBU A; 4ID1 A; 2ATQ A; 3OY9 A; 2IOC A; 3VGK A; 4IZ9 A; 3VF4 A; 1S1W A; 5I9E B; 3ALY A; 4Q0B A; 2O8B A; 5HRP A; 1RDD A; 1VRU A; 3A8Y A; 1OVQ A; 3P31 A; 4IO8 A; 1WN7 A; 4DR1 K; 4K43 A; 4X66 K; 1C1A A; 4DTU A; 3MED A; 5AQW A; 4HTU A; 4BRC A; 3SNN A; 4KTQ A; 2QWP A; 4ID5 A; 4X65 K; 3SUO A; 4GV6 A; 3WQU A; 5AQI A; 4Z4H A; 3O9T A; 4OO1 J; 1NG9 A; 4R5P A; 1NWK A; 2D0B A; 4BVP A; 2E20 A; 1RNH A; 4WCE L; 3WXJ A; 2VWJ A; 1KLN A; 4LF5 K; 5EY4 A; 3CC4 N; 1HR0 K; 3WUH A; 1KXP A; 5C10 A; 1ATN A; 1VQO N; 2HNY A; 4BR0 A; 1MU2 A; 1HUX A; 4EHT A; 3L0Q A; 1NJY A; 3GDQ A; 3HVT A; 1YTA A; 3PUF A; 1JCG A; 1XNR K; 3F2K A; 2DFF A; 4H8K A; 1FKP A; 4QCL A; 1K8K A; 4DB3 A; 5IWA K; 2PBD A; 2HBK A; 3BF1 A; 1XMQ K; 1GLF O; 1NK6 A; 3CIP A; 2OPQ A; 4FWS A; 4PKG A; 3AA2 A; 3E9P A; 3L2R A; 1YI2 N; 1QQC A; 3H08 A; 3O4W A; 3TAM A; 1VQ8 N; 2UXC K; 3SUQ A; 2F4V K; 4YHH K; 4XEI A; 3LL3 A; 1DTT A; 5DMR A; 3CFP A; 3VEZ A; 4FJI A; 3CQ8 A; 3SPY A; 3QEW A; 3RSE B; 2VQF K; 2P9S B; 1WSE A; 3DLG A; 4EZ6 A; 2E4L A; 4OLB A; 4NCB A; 3HK2 A; 2A40 A; 1OH6 A; 2G8W A; 1CXQ A; 4M3U A; 5TKY A; 3ZSQ A; 1C1C A; 3SV3 A; 3R3L A; 1BO5 O; 3HJF A; 1WUA A; 4LSN A; 3TSQ A; 3G71 N; 3SQ0 A; 2OPP A; 1OH8 A; 4DSI A; 2E8A A; 3CPE A; 2Z1G A; 1P90 A; 1OVY A; 4B9Q A; 3C6U A; 1TAU A; 4YOV A; 2UXD K; 1VSE A; 1U47 A; 1S1U A; 1NGG A; 3JXU A; 5FPE A; 3VEY A; 1WOQ A; 4J2B A; 1XMO K; 4LF7 K; 4H5N A; 4CBW A; 4A5A A; 1IG9 A; 2WC9 A; 4B3R K; 1T6C A; 4BWM A; 1VQ7 N; 4A2B A; 3KLH A; 3QIN A; 3ZX0 A; 5I3U A; 1VSL A; 4HWI A; 4WFA L; 1RBR A; 1RCH A; 4FPB A; 3MXJ A; 4JYA K; 1T8E A; 1TK5 A; 2HHU A; 3ULE B; 4DQS A; 1JXE A; 4EAH D; 4CJU A; 3ZT0 A; 1W2B M; 1WSI A; 3RMA A; 4CIE A; 1VSM A; 3DMJ A; 4CZL A; 2G8F A; 3OBY A; 1NGI A; 5BR9 A; 3NF6 A; 3SMP A; 3ZT3 A; 4CJW A; 3AVH A; 4BC4 A; 3E9O A; 2IDO A; 1XC3 A; 5AFU A; 3IG1 A; 4IEI A; 4RW9 A; 4JRP A; 2OZS A; 2GUI A; 1NOZ A; 4FJJ A; 3MDQ A; 4WYB A; 3O9R A; 4OGC A; 4LF8 K; 1T3V A; 1BUP A; 4AHV A; 3HBT A; 2CH5 A; 5T7B A; 1NJZ A; 1U2V A; 2ITM A; 4QS7 A; 1S1V A; 1SQK A; 1JLB A; 4CJ5 A; 1N33 K; 2V52 B; 4DV2 K; 3NE6 A; 5KGX A; 4UQG A; 4JKG A; 4KB0 A; 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1HNV A; 1QHA A; 4DR2 K; 1N36 K; 4JHD A; 1NMD A; 4BVO A; 3VF6 A; 2E6L A; 2PFU A; 5F1X A; 3THY A; 1HLU A; 1EP4 A; 4HUE A; 1GOB A; 5A2Q O; 3J80 O; 1VSH A; 3KWG A; 2EWS A; 1VAZ A; 2X6S A; 5AZJ A; 3VQQ A; 5IT9 O; 4O4G A; 1X9S A; 1SL1 A; 3D45 A; 4E7I A; 3AO4 A; 4PKH A; 3MK6 A; 4IOA L; 1JLA A; 4JKH A; 2XY5 A; 3QFU A; 3I0S A; 2XY7 A; 3KTQ A; 4JI8 K; 1X9J A; 3OS2 A; 2NRX A; 3DXK B; 5EOY A; 4YOT A; 1L3U A; 1S6Q A; 5M1Q A; 2WOM A; 4DV4 K; 5FRO A; 4FSV A; 3S3O A; 1IBL K; 4ELU A; 4CGD A; 4DV0 K; 2KFN A; 3IS9 A; 4BRF A; 3RMC A; 3TSU A; 4F3O A; 1RT1 A; 3DWL A; 4KRF A; 1GLJ O; 4A5B A; 3OYE A; 3LP3 A; 3EN9 A; 1MWM A; 5E41 A; 1RFQ A; 1DGK N; 5AQV A; 2GTD A; 5BRE A; 4F2S A; 3AVJ A; 4RW4 A; 3IRX A; 2XHB A; 4Z4I A; 4DG1 A; 1TKZ A; 4CD3 A; 3C0B A; 1HPZ A; 5JLF A; 2Z1I A; 2AP1 A; 4FZX C; 1IG8 A; 1U49 A; 4H0T B; 1RDB A; 2EX3 A; 1WSG A; 4JI2 K; 4IDK A; 4DR4 K; 4B9T A; 1RDW X; 5JS2 A; 3DRR A; 1N32 K; 3A0I X; 1HNW K; 3G6E N; 2D0A A; 4CJK A; 3AVL A; 1SKS A; 1XHX A; 3L8B A; 4CGH A; 4K8Z A; 2UYT A; 1DTQ A; 2HHH K; 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