1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
4U67L 2QA4N 1Q7YO 3CCJN 1YITN 3CCMN 1VQ9N 5JVHL 4UY8O 3CC7N 2ZJQL 4IOCL 3G71N 3CMAN 3CCEN 4WF9L 4WCEL 5GAGP 5DM7L 3CCRN 1ILYA 3CC2N 3I55N 1KD1O 1VQ4N 3CCUN 3CCSN 2OTLN 4WFBL 3CC4N 3CD6N 3PIOL 3J7ZO 1YJWN 1QVGM 5DM6L 1VQKN 1N8RO 3CCVN 3I56N 1Q86O 1JJ2M 1M1KO 1KC8O 5GAHP 1S72N 5HL7L 1YJNN 4IOAL 1YJ9N 1VQ8N 1YHQN 5JVGL 4WFAL 1QVFM 5H1SQ 1YIJN 4WFNL 3G4SN 1K73O 3CPWM 3CF5L 2ZJRL 1M90O 2OTJN 1VQ6N 5GADP 1Q82O 1NJIO 1K9MO 1VQMN 1VQLN 5MLCQ 1W2BM 2QEXN 1KQSM 5GAEP 1VQ7N 1VQ5N 1YI2N 1OVYA 3CXCM 3CCLN 3CCQN 3DLLL 2ZJPL 1K8AO 4IO9L 1VQON 3OW2M 1VQPN 3PIPL 1Q81O 3G6EN 3CMEN 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQYA 3FR0A 3ASMA 1QQNA 2JWLA 4BVPA 5C2DA 2X6NA 5KRTA 1VQ9N 1KFSA 3T19A 3BF1A 4N41A 4FJKA 4IOCL 3NGYA 4A2BA 1TUYA 2Q0RA 5M1KA 3J81O 3CCEN 3IAYA 2GTDA 4H5VA 3VF2A 4CJRA 4OLBA 3QBXA 4NYFA 3VA0A 3H1QA 3ZT0A 5FPEA 1C0UA 3E9LA 3CQ8A 1OH6A 2A5XA 1LW0A 1GOCA 1D9DA 3VMFB 1NK4A 1YJWN 3AA3A 4H4MA 3C94A 4WE1A 3ZX0A 3KLHA 1DGKN 4JD2B 4FCYA 2W6KA 1N8RO 3D45A 3AO4A 3WXKA 1JL2A 4DG1A 1C1AA 4CEBA 3D7EO 3QIOA 3TANA 3VGKA 1J9AA 3GBTA 4MO4A 4FVUA 2IVNA 1T6DA 2NRHA 4FZZA 4H5WA 1YJNN 4BR2A 1NU0A 4BE2A 4DR7K 1UWBA 2E20A 4MO5A 4MFBA 5I42A 3J8AA 5JVGL 3LPUA 3ZSWA 4C1NI 2P9UB 5D3GA 4BRPA 3QNNA 3AO1A 1GLAG 3OVNA 2WONA 4F9OA 4GKKK 4CJUA 1VQ6N 5GADP 1VQMN 1Z26A 3ATVA 3V1OA 3V9ZA 2HSTA 1TKXA 2HNZA 4Z0UA 1DT9A 2FF6A 5FPNA 4KPYA 1JXEA 1MWKA 3T1AA 2P9SA 1L3UA 3KTQA 5LMNK 5C10A 5HLFA 4FK2A 2FBVA 4DTUA 3MN9A 2NRZA 3HM9A 2P9LA 4B1XB 2ITMA 4GY2B 1VQON 4H03B 4W5TA 3PIPL 2IIRA 1HKBA 3G6EN 4FLTA 3B6PA 3VETA 3VQPA 4K25A 1RGIA 4BRLA 1XMOK 4UQGA 3M8SA 4J2BA 1KFDA 3UIQA 4NLCA 1C1BA 4JKBA 4JKGB 1UAXA 3GL1A 3O4WA 3N4QA 1VSHA 1C0TA 1GLCG 3QMLA 1BHLA 1RFQA 2HF4A 4HUFA 3TSUA 3QEWA 5JS1A 4DFJA 5ADXH 3ID6A 1NJXA 5GINA 3MECA 2G8HA 4YY3K 4M63C 5DM7L 1VSMA 4YDUA 2EHGA 4AF1A 4DR2K 4BRGA 5BPNA 4B1VA 5CE3A 4JS4A 4WQ5A 4O4GA 3AO2A 4FJ7A 2FBTA 1YT3A 2D5RA 1BUPA 1JXBA 2YCHA 2AJQA 4ELTA 1RDBA 3HT3A 2Q1NA 3O1BA 5AQNA 1Q9XA 3NF8A 2JLEA 4BGAA 3V6DA 5AQWA 2X78A 1T03A 4KI4A 4GMJB 4CJQA 5C25A 3MWPA 3NF6A 5LY3A 4CZFA 1NK0A 3SZ2A 3BEXA 4YOXA 2DFFA 2VG6A 4PQUA 3L2RA 4K42A 3FZMA 4FM2A 3OYCA 3A5NC 5TKYA 1KXPA 4CEZA 1Q82O 2VCPA 4IWVA 4O5FA 4JK9A 5AQFA 5HRSA 2P9PA 4FJNA 4IDHA 4CD3A 3AY9A 3KK1A 4DV4K 3MAQA 1HNVA 4JD2A 2O8EA 4R5PA 4DV7K 4CEEA 3EEQA 2YNIA 3FE1A 3OW2M 3QICA 3MXMA 1Q81O 4DUYK 4Y1DA 3KD1E 4JRQA 1JLBA 1RBTA 4B8CA 4N47A 2KLAA 3HSCA 3VOVA 2P9UA 4H5NA 4FPAA 4BE1A 1P90A 1TUUA 4Z4FA 2YHBA 4H0YB 3OBWA 3WNEA 2D0CA 4B8AB 1ITGA 4KB1A 1JLCA 1JLQA 4FLXA 4BRDA 2IAJA 3V9XA 3TSPA 4YOVA 2X74A 1UA0A 4FJXA 4ID1A 2IDOA 4PL7A 2WUSA 4FJ8A 1IJJA 1RILA 3VEVA 2QXLA 2HHUA 1HJOA 2E2QA 4DV5K 1ASVA 4CHNA 2QW9A 1NK7A 3HM8A 2HW3A 2A3ZA 3DWLA 3S3OA 1T05A 3LL3A 4GV3A 5CHIA 4JI5K 3K59A 4LD0A 5DM6L 2NRRA 3QDKA 2HVHA 3HK2A 3PX4A 4XH1A 3RVCA 4JKGA 1S1UA 3AVKA 4A61A 3C6UA 3F5TA 4JYAK 1BWFO 3ZX2A 3TTFA 4YFUA 4CEOA 1U47A 5GAHP 5BR8K 4M3UA 3NCIA 4BQZA 3HPGA 4MDAA 4HTLA 4AHCA 4DTRA 3TPQA 1SV5A 2ASPA 3HSTB 3A5MC 1SQKA 3AARA 4JK7A 3ID8A 5HRRA 3VQ5A 2V7ZA 2VGNA 5AQUA 5BN8A 1XQSC 1IV0A 4PY5A 4O5BA 4FK4A 3ZT2A 2OZMA 3ULEA 1QE1A 3TTCA 4O8KA 3BGRA 1NGHA 4JI2K 1VQ7N 4RWTA 4ICLA 2Q3SA 4JHDB 1XHZA 4NB4A 3CCQN 2XY6A 4BDYA 2QM1A 4CHZA 5FPMA 3VPZA 4E7KA 1TV6A 3OYFA 3VQ4A 1J54A 1SZ2A 4DU1A 4FJIA 2P9IA 1D5AA 2VWJA 4BC5A 5KRSA 4JLHA 4FZXC 1WLJA 3ZSZA 4CERA 1QQCA 2E2PA 1BI4B 5E26A 4DV6K 2D0OA 3B8AX 4FWRA 4W5NA 1EXQA 1WSEA 2HHHK 4DU3A 2ZWHA 4OO1J 4J8FA 4CJPA 3L8BA 1WB9A 3V9UA 4DWIA 2ASMA 4O0IA 4CJSA 3CC2N 1S1TA 4DSEA 4LH5A 3M6GA 4O8UA 3A5LC 3H6EA 4JKFA 4MQ3A 4KHWA 3BZCA 5CY4A 2VQFK 4BE0A 3NH0A 4DFKA 4FZYA 4E0DA 3O4NA 5BRFA 4KHYA 2WBNA 4DV2K 4FOIA 2DTUA 2Z1HA 5DK5A 1ZBHA 1GOAA 3GOIA 3DLKA 4CZKA 1BISA 4M45A 1JJ2M 1GLDG 1NK9A 4QS7A 3RMBA 1S9EA 1VSJA 4Y0WA 3ALYA 5J2MA 4CK1A 2ITGA 3SAGA 2WTUA 2OPRA 1VSEA 4JI1K 4BACA 5H1SQ 4B9QA 4E89A 4OX9K 1LAWA 3CPWM 5CZ1A 2D0PA 1REVA 1HQEA 1CZBA 4I9LA 1HYVA 3OYLA 3SQ0A 1GLEG 2WOMA 4WQ4A 2ZQBA 1B9FA 1VQ5N 1WUAA 3HOTA 3CETA 3E01A 1LAVA 4OPJA 4B1UB 1NKBA 3ZT4A 4IEIA 3SJJA 3I0RA 3LP3A 4PWDA 4FM0A 4FJHA 1A5VA 3SLCA 1NJWA 3EKUA 3ENOA 3VEXA 4K8XA 1S22A 5HRNA 1KAZA 1RBVA 4NLBA 3ZSQA 1EO1A 4J2DA 2O4IA 2HBLA 1NK5A 2B6AA 5KQ8A 3FZKA 2CGLA 3SPZA 3JXUA 3L0QA 4DV1K 4LF9K 3ENBA 2KHOA 3FFIA 3JYTA 3G71N 2J4RA 2QWPA 3NBPA 1RDAA 3R8EA 4CEDA 4HCCA 4DB3A 1NGDA 1WBBA 3AVJA 4JHDA 4M3RA 3AGRA 4NCGA 1RT2A 5E41A 4PKIA 1MDUB 1CXUA 3THWA 1NMNA 4CIFA 2RF2A 3F9MA 4FPBA 1U49A 3QLHA 4O55A 1O1WA 1BO5O 5BPLA 4CE9A 5AQHA 1TAQA 4CFCA 3TABA 3TWHA 4DF8A 3CFOA 3AO5A 4FW1A 4H4OA 2HNDA 2VG5A 1BI4A 4B3SK 2ZF5O 1KC8O 2P9KA 1LV5A 1BA0A 1U45A 4CF2A 2HHTA 1J5EK 4CJ4A 3PLAA 1LCUA 3C95A 3ITHA 3SUQA 4QAGA 1NGEA 1K73O 1Q9YA 2QKBA 2BH1A 3V81A 1KLMA 1RCHA 4CW7B 3KK2A 3M5RA 3O5BA 4CZMA 4OKEA 3FZFA 4BR7A 1EWRA 3RRHA 2GUPA 1C0FA 4KH5A 2VYPA 1Z6RA 5EOYA 3D2FB 3ATUA 4B9MA 1RTHA 3MCPA 3WXIA 3OTOK 1ATSA 4TSXA 2HVIA 4FO0A 2F9TA 4WQ4C 2PYLA 4C23A 2YHXA 4OGEA 3MX2A 4B9TA 5HBMA 4KRFA 1KAXA 3SQ1A 1FXXA 3K5MA 3MMVA 3LM9A 4DLGA 4EFHA 4U67L 4ILJA 2P9NA 4H5RA 3LPTA 1NJYA 1C0GA 1YUWA 4DUZK 1T8EA 2NRXA 3M3ZA 5F0XA 3R6MA 3N4PA 5C42A 2XRIA 3SBGA 3OYEA 3OS1A 2PZSA 5LJWA 3QERA 4CGFA 1BQNA 3NGIA 3AVMA 4DSJA 4GW6A 1RT7A 4HHTA 3L2QA 5AFUA 4OPAA 3CM5A 3CCSN 2KFNA 1C0MA 4H8KA 1IBKK 2DFHA 4KV8A 4GVEA 4EAHD 4CFAA 3NF7A 4IDKA 2RE2A 3AVFA 4ILHA 4X64K 4W5RA 4I2QA 1UA1A 3LDOA 4OLAA 1Y97A 2VWKA 3MDQA 2HHWA 5EY4A 1OH7A 2P1JA 4JKAA 2HMIA 1D4XA 1G15A 4CHPA 1S6PA 2DFEA 3ZETB 5AQKA 3EZ5A 1B92A 4K43A 4CD1A 4B9UA 2UXDK 4BQLA 3VQ8A 5AR0A 4BGBA 1SKWA 1BCMA 1J53A 1JCEA 4B1YB 1KAYA 2A42A 3VEOA 1N34K 4LSNA 3LZJA 2ZD1A 2KZMA 4CIEA 4IFEA 4ISEA 4RG8A 1E3MA 1TYQB 4HTUA 4ZTJA 1M90O 2YNHA 4DV3K 2HOEA 2FBYA 3T7ZA 4EHTA 2BE2A 4CJEA 2E2NA 2XY5A 1RDWX 3DXMB 4RW7A 4M41A 2R7YA 1HYZA 1EKEA 3OYDA 2W6LA 2PBDA 3L2UA 3AA5X 3M1FA 3DJCA 5AQQA 4DTOA 1N5YA 4M7XA 1QZ5A 3JAMO 4EZ6A 1W97L 5AQJA 4YHHK 4OPHA 1VQPN 3VF4A 5KGXA 3U9ZA 4CEFA 4AILC 4LFAK 4KHNA 3CMEN 2YV0X 1WN7A 3G0ZA 4ELUA 4C8OA 1Q7YO 1HLUA 3K2PA 3S9HA 4JAXA 5CYMA 1RNHA 3OYJA 4JK8A 2KW4A 1RBSA 3SUPA 3K5NA 2OZSA 4NYNA 3CMAN 4J2AA 2GUIA 2Y1JA 1X9MA 4C8KA 5LL6Z 2P51A 5A2QO 1TKDA 2F8TA 4CIGA 2UUCK 2O8CA 4AHTA 1VSDA 3D2FA 4NCAA 3SQ2A 2FSNA 3AA2A 3SNNA 3NF9A 1QTMA 4M42A 5JMVA 3QBWA 2D1KA 2NZTA 4IKFA 5BR9A 2LSNA 5JICA 4FOEA 4CCHA 5HP1A 2F96A 4NO7A 4CJ3A 3PV8A 4DV0K 4PKHA 3LP1A 3SBTA 1Q18A 1R59O 1HRHA 4IEEA 4EZ9A 2VG7A 3CIPA 1S72N 1CLQA 5BRDA 1D8YA 1NK8A 3SPYA 1ZBFA 3NH1A 2BUPA 3L4IA 1YHQN 4FJJA 2F4VK 4IO8A 4CHYA 1NWKA 3D2EB 3U4LA 1DTTA 1NNEA 4BRFA 3SAFA 4AHRA 3P38A 4YOYA 3HVTA 2HBMA 3CXCM 4C8NA 2O8FB 3WEEB 3ZETA 4B1ZA 3MX5A 3R1XA 4CZHA 1I94K 3IRXA 4JI7K 1RT4A 1U2VB 1GLFO 3LDNA 3LDSA 1L3SA 3U9DA 1V4TA 1QSYA 4FJ5A 4KTWA 1HUXA 3LDLA 4RW8A 3KLFA 1VSKA 3ZSXA 1WNSA 3VQBA 1IKYA 3Q7BA 3I8DA 1N33K 3UB5A 4CJKA 3I0SA 1QSSA 1L5UA 1TYQA 3CCMN 3ULDA 4YOTA 4M3XA 4B9LA 1RT1A 4ISGA 1NKEA 3MN7A 1XI1A 3WQTA 3DXMA 1NLVA 2DPNA 1HJRA 1ILYA 3AVAA 3QEPA 2IGIA 3P31A 4CK3A 5GIPA 2FLOA 1WSIA 1S5JA 3IDHA 4CZIA 4Z4EA 2NLXA 4DSFA 3CD6N 1SL2A 5JS2A 4X66K 3K0SA 4Z94A 4ZHRA 3HJFA 2Z1IA 4JN4A 1JL1A 4MDBA 4CHOA 4FWNA 4BDPA 4BG8A 1VQKN 3U3YA 1ZBIA 3BDPA 2IVPA 1CXQA 3LDPA 4LF5K 3HYFA 4BROA 5C15A 1ZBLA 4DR4K 4LF6K 3NVKA 3F2KA 4JKEA 4KH4A 5FLXO 4PHTX 2QWMA 3M8PA 4FLVA 2FF3B 4YDUC 3DLGA 1N6QA 3AO3A 1RT3A 4RW4A 1NJIO 4WQ5C 3I8BA 1JLEA 4H5TA 4H0TB 1FKOA 3DRRA 4FW2A 1BU6O 1NGAA 5M1NA 1D9FA 5AQZA 4DS4A 3MN5A 4FWOA 3TTDA 3QFPA 1Z05A 5KPZA 2FBXA 1NG9A 4I2PA 5JLFA 5LMUK 3CG7A 1XC9A 4OJRA 5FRMA 3SUOA 4EIAA 5EU7A 4QOZB 5GIOA 3CJ1A 4Z4CA 4BRNA 4M7YA 5I9EB 4CJWA 2YNGA 5C0YA 4DR5K 3S3NA 2E6LA 4BWJA 5EVZA 3O3FA 3K9KA 1ESVA 4ZTFA 2CH6A 3E66A 5J2NA 1WAJA 4MLHA 4DQQA 3THYB 3D2EA 1HKCA 1RTDA 4IJNA 5AQVA 2ZJQL 5M1PA 2VWBA 3TARA 5AQOA 3ZSOA 1TK0A 3MN6A 1JLGA 3VQCA 3LANA 2Z1GA 3CQYA 4JKDA 4C8LA 3O9TA 4NXNK 3KJVA 1LWEA 3DLRA 3LZIA 5AQGA 2O8FA 3ZYYX 3WEEA 1HNXK 3LP0A 2Z1JA 3T69A 3KK7A 1U2VA 2F7TA 3TAGA 3ZSVA 4JI3K 4RW9A 4E1NA 4BR0A 3SI6A 2GV9A 4DQ8A 1KCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U67 L;  2QA4 N;  1Q7Y O;  3CCJ N;  1YIT N;  3CCM N;  1VQ9 N;  5JVH L;  4UY8 O;  3CC7 N;  2ZJQ L;  4IOC L;  3G71 N;  3CMA N;  3CCE N;  4WF9 L;  4WCE L;  5GAG P;  5DM7 L;  3CCR N;  1ILY A;  3CC2 N;  3I55 N;  1KD1 O;  1VQ4 N;  3CCU N;  3CCS N;  2OTL N;  4WFB L;  3CC4 N;  3CD6 N;  3PIO L;  3J7Z O;  1YJW N;  1QVG M;  5DM6 L;  1VQK N;  1N8R O;  3CCV N;  3I56 N;  1Q86 O;  1JJ2 M;  1M1K O;  1KC8 O;  5GAH P;  1S72 N;  5HL7 L;  1YJN N;  4IOA L;  1YJ9 N;  1VQ8 N;  1YHQ N;  5JVG L;  4WFA L;  1QVF M;  5H1S Q;  1YIJ N;  4WFN L;  3G4S N;  1K73 O;  3CPW M;  3CF5 L;  2ZJR L;  1M90 O;  2OTJ N;  1VQ6 N;  5GAD P;  1Q82 O;  1NJI O;  1K9M O;  1VQM N;  1VQL N;  5MLC Q;  1W2B M;  2QEX N;  1KQS M;  5GAE P;  1VQ7 N;  1VQ5 N;  1YI2 N;  1OVY A;  3CXC M;  3CCL N;  3CCQ N;  3DLL L;  2ZJP L;  1K8A O;  4IO9 L;  1VQO N;  3OW2 M;  1VQP N;  3PIP L;  1Q81 O;  3G6E N;  3CME N;  1VQN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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