1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
3CC4N 1OVYA 3CCQN 1YJWN 3J7ZO 1YIJN 1KQSM 3CD6N 1K73O 3CXCM 5JVGL 1YHQN 1Q7YO 2OTLN 5GADP 5HL7L 1VQ4N 5JVHL 3CF5L 4WCEL 1VQPN 3CCJN 3CCMN 3OW2M 4WF9L 5H1SQ 1YJNN 2ZJRL 1N8RO 2OTJN 5GAGP 4WFAL 4U67L 4IOCL 1VQ6N 1VQ8N 1ILYA 1K9MO 2ZJQL 3CC2N 3CCRN 1VQ9N 1VQ7N 1VQLN 1M1KO 5DM7L 1Q82O 1S72N 1KD1O 3G4SN 4IO9L 1VQNN 1Q86O 1VQKN 1K8AO 3I55N 3DLLL 3CCEN 3CCVN 5GAHP 3CCSN 5DM6L 1Q81O 4UY8O 1KC8O 1NJIO 4WFBL 1VQON 3CMAN 4IOAL 5GAEP 3CMEN 2ZJPL 1JJ2M 3CC7N 5MLCQ 3I56N 1YJ9N 1YI2N 1W2BM 3PIOL 2QEXN 1VQMN 3CPWM 1YITN 3G6EN 3CCLN 3G71N 1M90O 1VQ5N 1QVGM 1QVFM 4WFNL 2QA4N 3CCUN 3PIPL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2EA 1RTDA 1ZBHA 4I6MB 4FJIA 5FRNA 3AVAA 3QEXA 4CGFA 4AF1A 3S9HA 3QFPA 3CD6N 2P9SB 3WXLA 3KLFA 1KXPA 5CZ2A 4N47A 4XIUA 3WEEA 1NK6A 3CF5L 2IIRA 4NCGA 3FFKB 4H5RA 2WBNA 4QS7A 2KZZA 4L3QA 2D1KA 2VG6A 3C94A 3MK6A 5J2PA 1YUWA 4FJ9A 1NGEA 3EN9A 2QW9A 4DU3A 5KTQA 1Z05A 3OA9A 4BRHA 2UU9K 5BPNA 3CI5A 3OYJA 2HHVA 3HK2A 3GBTA 1RBSA 2AJQA 1U47A 3A8YA 2JWLA 1T6CA 2DFFA 1BUPA 2G8HA 2YKMA 2IVOA 1ZBSA 1YTAA 4BROA 1QE1A 4JKHA 4H5VA 2BUPA 3WT0A 1SKSA 3B6OA 3VEOA 3HRGA 4E0DA 5GAHP 2NRVA 4DR2K 4LF8K 2QXLA 3NF8A 4FJLA 3NGZA 2Q31A 1Q81O 4F4KA 3R6MA 2ZM6K 2YX6A 4QOZB 1V4SA 3DRRA 4JKFA 2O8BB 1HLUA 2HMIA 4EZ6A 4JI8K 3F2KA 4CZMA 1NJIO 4KI4A 3NCIA 3JSMA 3WNGA 4JHDB 2YNGA 2E2PA 3K5MA 4DSEA 1NK8A 4ID1A 3U3YA 2HHTA 2R7YA 1SKWA 3MN5A 4TSXA 3L4QA 1EQYA 3FR0A 3G6EN 3FZKA 4CJTA 1RBVA 4JRQA 3CCLN 3KK3A 1XHZA 5AZIA 4F8RA 4F9OA 3CJCA 3D2EB 5CE3A 3V9WA 3NVMA 4CFCA 3VGKA 4KAZA 3SV4A 4B8CA 4A62A 5CZ1A 1S1XA 1TK0A 3AA5X 3LAKA 1RDDA 3GE1A 4MQ3A 5HRRA 1VSJA 2G8VA 1WB9A 4QCLA 3WUHA 3B6PA 1UWBA 1NK4A 1NOYA 4K8ZA 4KH5A 3WNFA 4F2RA 4DU1A 2OPQA 4BR4A 2P5OA 2P5GA 3LDNA 3ZETB 4YOVA 5BR9A 1Q9XA 3CPEA 4CJKA 3KTQA 1KAYA 1JL1A 3L3VA 3OYIA 4DSKA 4CBUA 3RMBA 1RTJA 3SI6A 3HJFA 4NLBA 1TK8A 2A1RA 3O8MA 4B08A 3LWMA 4H4MA 1ZYQA 2WONA 1BG3A 3OYDA 4PHTX 3QICA 1YAGA 1IKWA 4IJAA 2ZWHA 4BR9A 2Y1IA 2HNYA 2PYLA 2RHKA 3W0LA 1TK5A 4Z4EA 4H03B 4EIAA 1CZBA 5AQVA 1FKPA 3QESA 3NGIA 1BO5O 3ZEUB 2E4LA 4ICLA 4CJ4A 3O9SA 3LDPA 4E19A 1OH6A 3AGRA 4B1UB 5ADXA 1DKGD 1IKYA 3V81A 3D7EO 4B1ZA 3U9DA 1VAZA 3J7YP 2RN2A 1NGGA 2D4WA 1JJ2M 3SQ1A 3ZSQA 3OTOK 3I56N 3BZKA 5TKWA 4IZ9A 3BF3A 3K2PA 4YORA 2E2OA 4DMNA 2JGUA 1LWFA 3L2WA 4GNIA 3K9KA 5AZJA 1KSPA 2W6KA 1VQ5N 5KRTA 4WFNL 1EO1A 4CF9A 4O4GA 4H0PA 4BRCA 1OVYA 1NNEA 4MLHA 4BG9A 3HPHA 4IFYA 3W3DA 1QTMA 4C8OA 4DB3A 2OPRA 3D45A 3TTDA 5KQ8A 1GLAG 3H6EA 1IV0A 3AVIA 5JVGL 3BUZB 2A41A 3EL2A 4H0OA 1A5XA 1U49A 1FW6A 3OJSA 4BQZA 1W0HA 2F8SA 4CK3A 4FO0A 1N36K 1U2VA 1TKXA 1T3VA 3UB5A 3VPZA 2F4VK 3QO9A 1VQ6N 3IS9A 4I6MA 3UKUA 3SQ0A 4FK0A 3CCRN 2DPNA 3NF6A 2QM1A 1VQ9N 4PL8A 3ENBA 4R79A 1VK0A 3NF9A 2QKKA 5M1OA 4CGHA 4JK9A 3CIPA 2QWMA 5DM7L 3HTVA 3S3MA 2HF3A 4ILGB 3KJVA 1CXQA 2P9PA 1B9DA 3MWPA 2PY5A 3THVA 1CZ9A 2XO7A 4GW6A 5LJVA 4PWDA 1LOTB 1S5JA 4CEOA 3HZ6A 5DM6L 1WOQA 4JLHA 3H45C 3THXA 2W42A 3ZT3A 4C1NK 4ELUA 5KQDA 1RDCA 2FF3B 3OJUA 2J4RA 4FWNA 3LM9A 4JV5K 4GVMA 4DV7K 4G9ZA 1S1TA 4OKKA 4FJKA 1VSHA 1JLEA 2BDPA 4JK7A 2YHYA 3MN7A 1SAZA 4KKOA 1HQEA 3LDLA 2HHQA 2XY5A 2V7ZA 5BR8K 1W9HA 2E2QA 2Z1JA 4BWJA 4CERA 2QA4N 4W5QA 4CEBA 1Z25A 2O4GA 5I3UA 3GG4A 4AM7A 4F3OA 3CC4N 2QWPA 3MEGA 4Q0BA 4ZTJA 3QETA 2RE2A 1HKCA 1YJWN 3VEWA 4CIEA 3MWTA 3RMAA 3DLRA 4M3WA 5FROA 1FKOA 3E1YA 4BGAA 4LY7A 4CHYA 1HQUA 1HNIA 3HSCA 3WEEB 2O8FA 4IG3A 1NU0A 1G15A 4X64K 5C12A 2CGJA 5BRHA 1RDWX 1SZ2A 3AO1A 4DTNA 4BRQA 2QWNA 1IG9A 3T69A 2G8FA 2O8CA 5H1SQ 5J2NA 5EOYA 3NVKA 4YDUA 3NMUA 3V9ZA 3NH0A 3ISNC 4V19S 3CETA 4FLYA 2KKZA 3M8RA 4M45A 4M3TA 3DLGA 5BN8A 1T03A 5BN9A 4CZLA 4AILC 3L8BA 2P51A 1Q86O 4H8KA 1QQOA 3IDHA 1NKBA 4CFBA 4BDYA 3CCVN 2ZQBA 2G8WA 3WQTA 2OZMA 1VSKA 1T8EA 3K58A 3FZFA 4FJXA 3ZT0A 4E7KA 4LF7K 1D8YA 4DS4A 5BRFA 1TUUA 4DR6K 4CEAA 1L3UA 1LWEA 1W97L 1WSHA 1GOCA 4EP4A 3L2VA 2DTUA 3DRPA 4CI6A 2ZJPL 5AQOA 2ZF5O 4DF8A 4JS5A 1TL1A 5FRMA 2V7YA 2FF6A 5BREA 3VQCA 2EX3A 2ZE2A 1U45A 1P8ZA 5AZIB 4NYNA 4KHNA 4HCBA 3NAEA 2D0OA 4C1NI 4BR0A 3ZEUA 3O4WA 5AR0A 1ASUA 1NGJA 4BRGA 3CJ1A 1RFQA 5AQSA 4A2BA 2YKNA 4FWKA 1SL0A 4KHQA 3DAWA 4PUOA 1NWKA 5FLXO 3H1QA 3I33A 3WNEA 1HX1A 3O1WA 1MU2A 3VQ7A 1K73O 1WSFA 1RTIA 4FLTA 4CEDA 1K8KA 1NGAA 1XMQK 4AHUA 3F5TA 4DV5K 4M3UA 1GLDG 2CH6A 3TI0A 3T19A 3E9OA 4BRIA 1WSEA 2F8TA 3O3HA 5JLFA 3IG1A 3HL8A 4JI5K 4A57A 1HKBA 1HNZK 1ILYA 1KVAA 2ZJQL 3Q7BA 3E9PA 3VQAA 2D0BA 4GV3A 1VSEA 2YHWA 3EZWA 3P38A 1NGIA 1YXQA 1KAZA 3J81O 3SPZA 2D0CA 1S72N 4CZJA 1J9AA 4BR2A 1KD1O 4IO9L 3P31A 3UKRA 4I2PA 4DR5K 3QINA 3L0QA 3Q7CA 4CJWA 2CGLA 3VQEA 3FGUA 3FZLA 4BQLA 2Z1HA 3QEPA 4WE1A 4GKJK 1TYQB 1YVNA 3ID6A 4B9QA 4KRFA 3OYAA 2B4JA 4CJ7A 1KVBA 4X66K 2G8IA 1OH8A 3A5MC 3O9QA 1XUPO 1WAFA 4DV4K 5GAEP 5BPMA 4DWIA 1YJ9N 4AHCA 4B9MA 3VEXA 4LH5A 3A5OC 1NK9A 3L2RA 3EE9A 1D5AA 5AZJB 1MWKA 1VSDA 2XHBA 2X74A 2RF2A 3LL3A 4LF9K 5D3GA 3LDQA 4WYBA 4FW1A 2HHXA 1JLBA 1QSLA 5SWMA 3PIPL 3EO3A 2W41A 1A5WA 4J2DA 2WOMA 3SJJA 4KV8A 3THYA 2X6NA 4OLAA 3RWUA 3OYNA 4KHUA 1YIJN 1GLCG 3U3GA 1X9SA 1ASVA 4CJQA 4FK4A 4HUFA 3V1RA 3DJCA 4DTJA 1T44A 2ITMA 5AQUA 3U4LA 5EX5A 3LDSA 4OO1J 1U2VB 2DFEA 1B9FA 3LAMA 3IMXA 3OW2M 5J2QA 4FM2A 4B9NA 2PFUA 3VA3A 4YNQA 4JNEA 4BDPA 3UKUB 4NO7A 1RT5A 2YNIA 1Z6RA 3VQQA 5F2RA 3KVGA 4DTRA 4DUZK 4CGIA 3ENOA 1XNQK 3KWIA 3C0BA 4DSJA 1UA1A 3O4QA 2P9PB 4JS4A 1ZC6A 4DQQA 3SAGA 1RT4A 1VQNN 3OBYA 4C8KA 4JRPA 3I55N 3TPQA 3TAQA 1IBLK 4CK1A 5AQMA 2RPIA 4IJNA 2OANA 4B9SA 3TSQA 5FPEA 4IKFA 4J8FA 1NGFA 5AQFA 2IS3A 3VMFB 2GEMA 3DI6A 3C65A 4OLBA 4B9TA 4OX9K 3OYFA 4OVLA 4CEFA 1OH5A 4EP5A 5EXWA 4B3SK 4LF5K 5C42A 3THXB 3HOSA 4YOXA 1L3VA 1OH7A 2NRWA 4DTSA 3H1VX 4M42A 3D6RA 3C6UA 2ASOA 1HJRA 3CJAA 1O13A 5CYMA 2KTQA 5K14A 1EP4A 2YJEA 3EKSA 3G25A 1SL2A 1JLCA 1TGOA 2NZTA 1RT2A 4DCHA 3D0PA 4DFJA 1BL3A 2VYPA 5KGWA 4DR7K 1J53A 4FWPA 2Q0UA 4JD2A 3IUCA 4FWQA 3BDPA 4Z4GA 3KK2A 3QBXA 4MFBA 4IBNA 3RSEA 1ITGA 3K5NA 3UE5A 3KLIA 1HKGA 1ASWA 4JKGA 4DTXA 2FBYA 3AAPA 1LW0A 3S3OA 4A59A 5AQGA 3J7ZO 1QHAA 2ITGA 1IKVA 4FYDA 3VN5A 4CVNE 4DFPA 3RMDA 2O8FB 1S1VA 3O3GA 3A5NC 4EHUA 3KIOA 2OTLN 2YI1A 2HHUA 3DLEA 4OJRA 2E88A 1XHXA 5BRDA 2B6AA 4DKWA 4A5AA 4M3YA 4WCEL 2NRXA 2O8CB 3ZT1A 3HP6A 4YY3K 2YNFA 3DOLA 5F1XA 3CFRA 1VSLA 5FPNA 2WC9A 1UAXA 1U4BA 3ZX3A 5AQNA 4CW7B 3KD1E 4E1JA 3L3UA 4IWVA 4FOEA 4DV3K 3RR8A 2P9LA 5AQWA 4ZTFA 5KRSA 1TV6A 3ZSRA 2ZGYA 2E1ZA 4NCAA 3E66A 1L5UA 1VQKN 5C15A 1NGCA 2P9UA 2FBXA 3J7AP 2UXDK 4IFVA 3DLLL 2XRIA 5HROA 4O55A 4BGBA 3KLGA 3G10A 3RMCA 3VQPA 4FLVA 4DV1K 4KHWA 4O0JA 2IDOA 1LWCA 5A2QO 2I5JA 3EZ5A 4BRNA 2HVHA 1C1CA 5M1QA 1X1PA 1NM1A 4CBWA 4CFDA 1CXUA 3PX0A 3IRXA 3WXJA 3LP1A 1BQNA 5C24A 4CZEA 1SUQA 3MCAB 4KHSA 3VQ5A 4ELVA 2Q36A 3P5JA 3FZMA 4O8UA 4JYAK 4X62K 4CGGA 4NCBA 1IH7A 2G8UA 2A3ZA 2ETJA 1TYQA 5GINA 1YT3A 1QVGM 5I42A 5AQXA 1G99A 5IWAK 2GUIA 5SZTA 3R3LA 4BWMA 4WQ4C 2P9KA 4M3ZA 2E20A 3ALYA 5E41A 3ATVA 1JLQA 1S9EA 3TANA 4I2QA 5AQPA 2IVPA 4B8AB 1K8KB 4ISEA 5M1KA 3PSFA 5GADP 4H0YB 3JS6A 1WNSA 1KFDA 2D0AA 1VHXA 2FSNA 3QMLA 1TAQA 3C95A 4H5NA 1Y97A 1RT7A 4CEZA 3HVRA 1BOTO 2HOEA 4E1NA 3N4QA 1QQMA 1C6VA 4IO8A 2QI2A 2NRRA 1XC3A 4DHYA 3AO3A 2G8KA 3VGMA 4DV2K 3BZCA 3OS2A 1SS6A 1ATSA 1E4GT 1FK9A 4OGCA 4WQ5A 1ZBUA 3SK3A 2PBDA 4ISGA 3OYLA 5LL6Z 3WXKA 4Z4HA 3UKRB 3TTFA 3IAYA 4HUGA 4BC4A 1KCFA 2PZSA 1CLQA 4BRMA 1LAVA 4YOYA 2HB5A 4JEPA 3JAMO 1WUAA 1GLJO 4B1XB 3GDQA 1FXXA 2QKBA 3BY5A 4Z4CA 4FJ8A 1EETA 3L4IA 3RVCA 1E4FT 4RW7A 4CIGA 2Y1JA 4FM0A 1SQKA 2GX9A 4YHHK 5JICA 1KTQA 4CGJA 1TAUA 3P4IA 2YHBA 1S1WA 3CJBA 2DFHA 2OPPA 4KTWA 4KBOA 3TWHA 4GVEA 1VSIA 2F9WA 2BANA 2ZGZA 5CR4A 1NG9A 4ILHA 1RCHA 2BGGA 4O8KA 4CD1A 4XH1A 2E1YA 3KWGA 4YOTA 3CPWM 1T05A 4DS5A 4DSIA 1BCOA 4CEEA 3DYAA 2KQ2A 4KPYA 3H3OB 4H5WA 3QDKA 3G71N 1UOCA 1Y64A 4BRPA 2HHHK 3AVLA 4YOWA 1N5YA 4BE1A 1QZ6A 3O08A 2FLOA 3OY9A 4C8LA 2YNHA 3H3NO 3ZLJA 4DG1A 3THYB 3PSIA 3ZCMA 5BPLA 3A0IX 3VEVA 1KFSA 4LC9B 3CERA 4H0XB 1HNXK 2HF4A 2HW3A 1JCFA 4BVPA 2NRTA 4B9UA 5LMNK 4ZHRA 2P9IA 4PY5A 3HSTB 4AHVA 3CCJN 4FLUA 3K57A 3TAEA 4H0VB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J2E A;  1RTD A;  1ZBH A;  4I6M B;  4FJI A;  5FRN A;  3AVA A;  3QEX A;  4CGF A;  4AF1 A;  3S9H A;  3QFP A;  3CD6 N;  2P9S B;  3WXL A;  3KLF A;  1KXP A;  5CZ2 A;  4N47 A;  4XIU A;  3WEE A;  1NK6 A;  3CF5 L;  2IIR A;  4NCG A;  3FFK B;  4H5R A;  2WBN A;  4QS7 A;  2KZZ A;  4L3Q A;  2D1K A;  2VG6 A;  3C94 A;  3MK6 A;  5J2P A;  1YUW A;  4FJ9 A;  1NGE A;  3EN9 A;  2QW9 A;  4DU3 A;  5KTQ A;  1Z05 A;  3OA9 A;  4BRH A;  2UU9 K;  5BPN A;  3CI5 A;  3OYJ A;  2HHV A;  3HK2 A;  3GBT A;  1RBS A;  2AJQ A;  1U47 A;  3A8Y A;  2JWL A;  1T6C A;  2DFF A;  1BUP A;  2G8H A;  2YKM A;  2IVO A;  1ZBS A;  1YTA A;  4BRO A;  1QE1 A;  4JKH A;  4H5V A;  2BUP A;  3WT0 A;  1SKS A;  3B6O A;  3VEO A;  3HRG A;  4E0D A;  5GAH P;  2NRV A;  4DR2 K;  4LF8 K;  2QXL A;  3NF8 A;  4FJL A;  3NGZ A;  2Q31 A;  1Q81 O;  4F4K A;  3R6M A;  2ZM6 K;  2YX6 A;  4QOZ B;  1V4S A;  3DRR A;  4JKF A;  2O8B B;  1HLU A;  2HMI A;  4EZ6 A;  4JI8 K;  3F2K A;  4CZM A;  1NJI O;  4KI4 A;  3NCI A;  3JSM A;  3WNG A;  4JHD B;  2YNG A;  2E2P A;  3K5M A;  4DSE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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