The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI3 K; 3J7Y P; 4DR1 K; 1XNQ K; 4NXN K; 4K0K K; 2UUB K; 4DR7 K; 5BR8 K; 4B3R K; 4JI4 K; 1HNX K; 5AJ3 K; 5A2Q O; 4X66 K; 4LF6 K; 4DR6 K; 5LMN K; 1N33 K; 4DV7 K; 4KHP K; 3J7A P; 1XMO K; 1N32 K; 4DV2 K; 4X62 K; 4OX9 K; 1I94 K; 4JI2 K; 5IWA K; 4LF4 K; 4DV4 K; 1XNR K; 5FLX O; 4DV0 K; 2UXB K; 4LF8 K; 4JI1 K; 4DV5 K; 3J81 O; 1IBK K; 2F4V K; 2VQF K; 2UUA K; 4LFC K; 4X64 K; 4CW7 B; 1IBL K; 4GKK K; 4DUZ K; 3JAM O; 4B3M K; 4LF9 K; 4JI6 K; 2E5L K; 1FJG K; 4V19 S; 1N34 K; 4JI8 K; 4DV3 K; 3T1H K; 4NXM K; 1HR0 K; 4AQY K; 5LL6 Z; 3T1Y K; 4B3S K; 4JI7 K; 4GKJ K; 4LFB K; 1IBM K; 4JV5 K; 4YY3 K; 2UXC K; 5LMU K; 4DR2 K; 2HHH K; 4JI0 K; 1HNW K; 1HNZ K; 3J80 O; 4X65 K; 4DR4 K; 4DV6 K; 2VQE K; 2UU9 K; 4DV1 K; 5IT9 O; 4DR3 K; 4YHH K; 4LFA K; 3OTO K; 4JYA K; 4LF5 K; 4LF7 K; 4DR5 K; 4JI5 K; 4DUY K; 1N36 K; 4CVN E; 2UXD K; 1J5E K; 2ZM6 K; 1XMQ K; 2UUC K; 4B3T K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HBM A; 4CGH A; 4BRM A; 4BR5 A; 2Q31 A; 2HHS A; 4CE9 A; 4K0K K; 1RT6 A; 4K8X A; 4DR7 K; 4IWV A; 4OO1 J; 1FXX A; 1HYS A; 1NLV A; 1WB9 A; 3I56 N; 2Q1N A; 1TKT A; 3S3O A; 3VN5 A; 1JLA A; 1W7A A; 3AGK A; 4KI6 A; 3KD1 E; 1RDW X; 1NNE A; 4J2A A; 5AZI B; 3SMS A; 1R0A A; 3UIQ A; 5FPM A; 3OHR A; 3QIP A; 4CHZ A; 4CHP A; 5AQT A; 3K9K A; 1HUX A; 2ZE2 A; 4E1N A; 4B9T A; 1TUY A; 1TAU A; 4U67 L; 1XNR K; 3M3Z A; 1EQY A; 2W6L A; 3VQD A; 4IFE A; 4DV5 K; 4CJ3 A; 2VQF K; 4E1M A; 4FLU A; 3CCS N; 4C8M A; 1BG3 A; 3OJU A; 1VQ5 N; 1NGH A; 2EWS A; 2YV0 X; 1LV5 A; 4LF9 K; 1FKO A; 1VK0 A; 3LDL A; 4B9U A; 4IJA A; 4BRL A; 1VQ8 N; 1XWL A; 5AZI A; 3B6O A; 3IFR A; 4HUG A; 1JKH A; 1NGG A; 1XC3 A; 2XY8 A; 4BGA A; 3CCJ N; 1RDA A; 3HOS A; 4CJR A; 1C1C A; 5ADX H; 1KLM A; 4DU1 A; 2ASM A; 1WLJ A; 4JI7 K; 4CJF A; 3VQB A; 4I2P A; 4JV5 K; 3OYM A; 3AVH A; 1YF5 L; 4PKI A; 4ELT A; 2F8S A; 3CPW M; 1VQO N; 4OPJ A; 1NWK A; 2W41 A; 3CJ9 A; 4EHT A; 1YHQ N; 3MXJ A; 3C6U A; 1RT5 A; 2HHW A; 2W40 A; 4CEQ A; 5KQ8 A; 3QML A; 5EY4 A; 2RKI A; 3VGK A; 2CGJ A; 1YVN A; 4H5T A; 2D0B A; 5DK5 A; 1A5X A; 1NGJ A; 3GDQ A; 3A5M C; 2HF4 A; 4E7K A; 3OYB A; 1Q9X A; 1RDB A; 3QIC A; 1RIL A; 4FM0 A; 1ZBU A; 2KW4 A; 2Q3S A; 4DQI A; 3THX B; 1BOT O; 3VET A; 1WSH A; 3A5O C; 3DYA A; 2QWM A; 4IZ9 A; 3SAH A; 1XHZ A; 1YUW A; 3E01 A; 1DEJ A; 4C1N I; 2G8U A; 3SMP A; 1HNX K; 3V1O A; 4KHW A; 3FZK A; 5CY4 A; 3CG7 A; 5A2Q O; 2ZGZ A; 4JKH A; 3VER A; 5B8H A; 5KPT A; 4IEE A; 2X74 A; 1WSJ A; 1QHA A; 3QNO A; 3TAP A; 4EZ9 A; 3MCA B; 4KAZ A; 1HQE A; 4GW6 A; 3QEP A; 1P90 A; 1C0T A; 1TL3 A; 3KHY A; 4FW1 A; 4ILJ A; 4FWL A; 4FM1 A; 2GV9 A; 3OYF A; 2ZWH A; 2O8D B; 1L5U A; 4YOR A; 4FOI A; 1N6Q A; 2F9T A; 3RVC A; 2KLA A; 5AQI A; 5F1X A; 3WQU A; 4MLH A; 4JNE A; 4FJN A; 1KFS A; 1SQK A; 5KGX A; 5CZ2 A; 5E84 A; 4YFU A; 3HT3 A; 3S3N A; 1LOT B; 2Q0U A; 3DJC A; 1K8K B; 5GAD P; 1W0H A; 3O5B A; 3CHW A; 4JEP A; 4Q5V A; 3CC4 N; 4H0V B; 1LW2 A; 3DLL L; 4JS5 A; 2O8D A; 1HMV A; 2P9I B; 3EKU A; 5M1N A; 3S3M A; 3V81 A; 5AQN A; 2IOC A; 3IUC A; 1CZ9 A; 3CMA N; 4CJK A; 4CJ4 A; 4JKE A; 1VRT A; 2YKM A; 2UYT A; 3K5N A; 3RTV A; 1K8K A; 4BWJ A; 1NK8 A; 2XRI A; 3ZET B; 4B1V A; 4M7Y A; 3VF4 A; 1ZBI A; 2P9I A; 4DSL A; 1Q86 O; 4FJ9 A; 3I0S A; 4IBN A; 3B8A X; 4CF8 A; 4DFM A; 4O4G A; 2JLE A; 3LP1 A; 1BDG A; 2DPN A; 5FPN A; 3MN9 A; 1GLD G; 3AY9 A; 3HM9 A; 1C0M A; 3O9T A; 4G1Q A; 3AVN A; 1VSK A; 1O13 A; 1U45 A; 2KHO A; 4NXN K; 3CQ8 A; 3O1B A; 4ISE A; 3ZET A; 4KH6 A; 3KK2 A; 5BPL A; 4F2S A; 4KTQ A; 3GG4 A; 3VEW A; 3T19 A; 5FRO A; 3EL2 A; 3HI0 A; 3J7A P; 3IRX A; 4C8O A; 3AA4 A; 4OPK A; 4CIE A; 3WXL A; 3KVG A; 5CE3 A; 2XY7 A; 4BRA A; 3UB5 A; 3VQ6 A; 3CIP A; 4JKA A; 2AJQ A; 1REV A; 3GL1 A; 4KTW A; 3M8Q A; 3RR7 A; 1S5J A; 4A59 A; 2LSN A; 3QES A; 1X9S A; 1KFD A; 5HRR A; 4AH9 A; 3CF5 L; 4PL7 A; 4GMJ B; 2BE2 A; 1KSP A; 3ENH A; 4W5R A; 2ETJ A; 3I55 N; 2GX9 A; 5C12 A; 1NGB A; 3O4Q A; 4M3Z A; 4DFP A; 4QOZ B; 4K42 A; 3H45 C; 3HK2 A; 1FJG K; 3NF8 A; 2A41 A; 3QLH A; 1O1W A; 1UAX A; 2V7Z A; 3DI6 A; 3NH1 A; 1IG9 A; 3VA0 A; 3LWL A; 3WXJ A; 4B1Z A; 4FJI A; 5FPD A; 3HVR A; 3H46 O; 4C8K A; 3SQ0 A; 3EZW A; 1IG8 A; 1Z26 A; 4WFN L; 3J8A A; 1ZBH A; 3AO1 A; 1BL3 A; 1S1U A; 3NGI A; 4BAC A; 4W5T A; 4DR2 K; 1NKC A; 1U49 A; 2KTQ A; 2A42 A; 4OKK A; 3CCM N; 2HHT A; 5HRN A; 1VSI A; 3SQ4 A; 4H5W A; 3T1A A; 1NGI A; 2NRH A; 3NCI A; 2KQ2 A; 2J4R A; 3VQ7 A; 4CJE A; 4JK7 A; 3NAE A; 1XQS C; 4BRO A; 2NRX A; 4OPH A; 3FR0 A; 3HZ6 A; 1HRH A; 4EZ6 A; 3C6T A; 4F9O A; 3SZ2 A; 1TV6 A; 4DQP A; 3U3G A; 4O55 A; 3AVG A; 1T03 A; 5JMV A; 5AZJ B; 4KB0 A; 2BTF A; 3CC7 N; 3V9Z A; 3MN7 A; 4KFB A; 3O1W A; 3R1X A; 1DKG D; 5BRF A; 1HX1 A; 2O8B B; 2V51 B; 3ZEU B; 2VGM A; 5AQR A; 3RMB A; 1BIU A; 2HBK A; 1OKJ A; 3DOK A; 3NGY A; 1NKB A; 3T3F A; 3P5J A; 3QEX A; 2YX6 A; 1ZBF A; 3JXU A; 2WUS A; 1QSY A; 4NYN A; 1JLG A; 3ZT3 A; 2OA8 A; 4DF4 A; 3NVM A; 5AZJ A; 1T3V A; 1WBB A; 4WQ5 A; 3CJ7 A; 1HKC A; 3OYD A; 4FWO A; 4CFC A; 3OA9 A; 1SV5 A; 2O8B A; 4B08 A; 3SQ1 A; 3V1Q A; 3ZEU A; 1IBK K; 1RT3 A; 2G8F A; 1RDU A; 4RW8 A; 3TTC A; 2E88 A; 4M42 A; 1SL2 A; 4BRP A; 3RWU A; 1QZ5 A; 2D4W A; 2FSN A; 2D0A A; 2YHA A; 4H5R A; 3SBT A; 3HJF A; 3VTH A; 3ID8 A; 1CLQ A; 3QBX A; 4FSV A; 2RE2 A; 4IFY A; 1SS6 A; 4JN4 A; 3QBW A; 3K5L A; 3C6A A; 1RTD A; 1KTQ A; 4FCY A; 4YOT A; 4CHQ A; 3UKR B; 4DG1 A; 5J1E A; 3F73 A; 1IBM K; 4FVU A; 4L3Q A; 3W3D A; 4YNQ A; 3AAR A; 3D2E B; 3HST B; 2HBL A; 3K57 A; 3ULD A; 4B9V A; 4CCH A; 4HCB A; 3JS6 A; 2P9U B; 1HNW K; 3AGR A; 3P1G A; 3ZLJ A; 4BGB A; 1NGF A; 1RT4 A; 2HF3 A; 2X6N A; 1EXQ A; 2UU9 K; 1YTU A; 1IKX A; 3QER A; 5EU7 A; 3O9U A; 2HNY A; 2D0C A; 4FWK A; 3KIO A; 1ZBL A; 3LP2 A; 3BUZ B; 4M3W A; 2QWR A; 4Z0U A; 1DLO A; 2WBN A; 3UKR A; 4DTO A; 4B9M A; 3L3V A; 3D2E A; 4CIG A; 4CZL A; 3T7Z A; 4W5Q A; 3CCR N; 4BE0 A; 2Q2R A; 2FBT A; 3VQA A; 2P9U A; 2QI2 A; 3L3U A; 4OGC A; 1QE1 A; 2KFZ A; 1Y64 A; 4BC4 A; 2W42 A; 5GAE P; 1GOA A; 3ZSZ A; 3RMD A; 1EKE A; 4CIF A; 3EO3 A; 1HQU A; 1D4X A; 2E1Z A; 3LM2 A; 2E8A A; 5BRE A; 3VMF B; 1KD1 O; 4DR6 K; 1T44 A; 3WXM B; 1N33 K; 1NMD A; 5C42 A; 1SL1 A; 4HVJ A; 3ZSO A; 1D9F A; 2X78 A; 2IVN A; 3D6R A; 1DGK N; 3OYJ A; 4IFV A; 3CCU N; 1HJR A; 4FZX C; 3VEV A; 5AQP A; 3VF6 A; 4DF8 A; 5GIP A; 2ASP A; 3F5T A; 5C10 A; 3D7E O; 3KKS A; 4JI1 K; 4NCA A; 4ZTJ A; 3VQ9 A; 4XH1 A; 5AQY A; 2WC9 A; 3SUQ A; 2VCP A; 3ZSX A; 4X64 K; 3OYI A; 2B6A A; 5KGW A; 2PBD A; 2KZM A; 3AO4 A; 3LPT A; 3MEG A; 1KXP A; 3G0Z A; 2GEM A; 1QS4 A; 2QWN A; 4BRC A; 1L3T A; 5AQG A; 1SL0 A; 2HHQ A; 2E6L A; 4WE1 A; 4KRF A; 5ADX A; 3EEQ A; 3M8P A; 3T1H K; 2HST A; 5J2Q A; 3T1Y K; 4FZY A; 4TSX A; 1JCE A; 2FXU A; 5BN9 A; 4BR4 A; 2OPR A; 1RBR A; 4E19 A; 3F2K A; 4CJQ A; 5FDL A; 1NMN A; 4FPB A; 3OYC A; 3L4Q A; 4Y0W A; 3VEX A; 3CC2 N; 4B3O A; 4KPY A; 4BRF A; 1WOQ A; 3ZSQ A; 3L0Q A; 1VSD A; 3DM2 A; 5EX5 A; 2HVH A; 4DV1 K; 2FLO A; 3EZ5 A; 1JCG A; 3MK6 A; 2FC0 A; 3VEZ A; 4MDB A; 5KPZ A; 4CZM A; 3VGL A; 2WFB A; 1YI2 N; 4JI5 K; 1J6Z A; 1HJO A; 3KWG A; 3WNG A; 5JVG L; 3CJA A; 1HNV A; 3MDQ A; 4K43 A; 5CHI A; 2G8V A; 3J7Y P; 3MX5 A; 1HPZ A; 2VWK A; 1K9M O; 3ZSR A; 4A5B A; 2NRR A; 5E41 A; 4N47 A; 3EE9 A; 3DLE A; 5AJ3 K; 4PKH A; 2ITG A; 2QXF A; 1E4F T; 2HMP A; 3HVT A; 4CK1 A; 3CFR A; 2YNF A; 3BY5 A; 3H6E A; 1TK8 A; 4BVP A; 3TTF A; 3OYG A; 4DB3 A; 4WYB A; 3KLH A; 1LWC A; 4BG8 A; 3NHG A; 4DSE A; 1QQM A; 4BE2 A; 1NK0 A; 1BCM A; 3TAR A; 1I94 K; 4KKO A; 4M3X A; 4Z4H A; 5AQH A; 3M5R A; 1BI4 B; 3K59 A; 2BGG A; 4WQ4 C; 4BRH A; 4LF8 K; 4OPA A; 3GE1 A; 4DQS A; 2FSK A; 4DHY A; 4FW2 A; 4HTU A; 3V4I A; 3NVK A; 3K2P A; 4CJV A; 4W5O A; 4CZK A; 1IKV A; 2IC3 A; 4IO8 A; 4EFH A; 1XC9 A; 4H0X B; 4H5V A; 2Y1I A; 1OH8 A; 3SK3 A; 3LDN A; 3O4W A; 4Y1C A; 5C2D A; 2HBM A; 4YDU A; 2HMI A; 4V19 S; 1RNH A; 4YOX A; 3PV8 A; 4DV3 K; 3ZSW A; 3HP6 A; 3O4N A; 5DM6 L; 3SPY A; 1BI4 A; 1E3M A; 3BF3 A; 1OVY A; 1VSJ A; 2I7N A; 3O6W A; 1S3X A; 2OZS A; 1BQM A; 3SNN A; 2ITM A; 4KHN A; 4C8N A; 2A1S A; 1C0G A; 2D1K A; 1KC8 O; 5HLF A; 1BWF O; 1YIJ N; 1BO5 O; 4JK9 A; 3RSE B; 3TU5 A; 4NCB A; 4FK2 A; 1S9G A; 4O5B A; 1FKP A; 3GOI A; 3LDQ A; 3ZX3 A; 1HYZ A; 2E20 A; 3VGM A; 4FO0 A; 2AP1 A; 1NJY A; 2JWL A; 4DQR A; 5CR4 A; 4GVM A; 3HPG A; 2O8E B; 4IDK A; 5TKW A; 3NMU A; 2I5J A; 4ELU A; 2VYP A; 4BR0 A; 2A40 A; 1QQN A; 2QKB A; 4CZI A; 1GLB G; 5JLH A; 4FZZ A; 3RSE A; 1X9J A; 1TKX A; 1VHX A; 4DTR A; 1RDC A; 2DTU A; 4DLE A; 1JLF A; 1J54 A; 3SJJ A; 1NK7 A; 2YHB A; 1QZ6 A; 2Z1G A; 3ALY A; 3D2F B; 3MEE A; 4IG0 A; 2OAN A; 3QEV A; 4OVL A; 3VQQ A; 2PY5 A; 3O3F A; 4FLT A; 4L8R B; 2O8E A; 3L6Q A; 5BN8 A; 4LF6 K; 1V4T A; 4FK0 A; 3KK3 A; 1BA0 A; 1BCO A; 2NRV A; 4B1W B; 1NGE A; 1KVB A; 1NOZ A; 4FLV A; 4MO4 A; 4DV2 K; 3E66 A; 4AHS A; 1ZBS A; 2E4L A; 1UA0 A; 1RBT A; 3ASM A; 1VRU A; 1HYV A; 1BU6 O; 3C6H A; 5F0X A; 1IV0 A; 3SUN A; 4DSI A; 4I6M B; 3D2F A; 1RGI A; 3AVL A; 1QSL A; 3EE8 A; 3J81 O; 1K8A O; 3CCE N; 3CJC A; 3ATV A; 3CET A; 2IAJ A; 1QVF M; 3NBP A; 2WON A; 5I3U A; 4MFB A; 3V9X A; 3VQ5 A; 4H4O A; 5AQV A; 4DUZ K; 2Q36 A; 4BDP A; 5D3G A; 2VWJ A; 1KAZ A; 2YKN A; 3HSC A; 4Z94 A; 2OZM A; 4I6M A; 3V9S A; 1XI1 A; 2B4J A; 5JS2 A; 3MWP A; 4J8F A; 3RMC A; 3A5L C; 3AO5 A; 3AO3 A; 3TAQ A; 3HXM A; 3OS1 A; 4RWT A; 2HHH K; 4B9S A; 2G8W A; 2P9S B; 2ATQ A; 3Q7B A; 4DV6 K; 4CBW A; 3WXI A; 5AQO A; 2VG7 A; 3G10 A; 3DXK B; 5TKY A; 4JAX A; 4LFA K; 2GUI A; 3TAG A; 1UA1 A; 4FLW A; 3B6P A; 3LP0 A; 4EP5 A; 3ISN C; 2D5R A; 4DFK A; 3AVA A; 1J5E K; 3CCL N; 3W0L A; 1H1V A; 3VF2 A; 3AA5 X; 4QS7 A; 2P9S A; 2O4G A; 1KCF A; 3LL3 A; 3AVJ A; 4AHU A; 1MA9 B; 4AHT A; 2RF2 A; 3DXK A; 5BR8 K; 1JLC A; 1DTT A; 1R59 O; 1B9D A; 5T7B A; 3CJB A; 4AM6 A; 4EP4 A; 4CF0 A; 4DSF A; 4ELV A; 3MN6 A; 5CZ1 A; 3MAQ A; 3L2Q A; 4E7H A; 1Q81 O; 4BRG A; 4CZH A; 2JGU A; 1YJ9 N; 4IXC A; 1N32 K; 1GOC A; 4QCL A; 4MO5 A; 4R79 A; 4FJM A; 5IWA K; 1RDD A; 3AVF A; 1QVG M; 4PA1 A; 1RT7 A; 1D8Y A; 5BPN A; 3A5N C; 3VES A; 4WF9 L; 1VSF A; 3KLE A; 3TPQ A; 3VQ4 A; 3SLC A; 4LC9 B; 4OLA A; 3SPZ A; 4JI6 K; 3LM9 A; 2KKZ A; 1A5V A; 4DS5 A; 4CK3 A; 4K25 A; 1OVQ A; 4E1J A; 3H1Q A; 3O3G A; 3DLB A; 4RW9 A; 3A0I X; 2FBV A; 3FE1 A; 3KKR A; 1JJ2 M; 3ZT4 A; 4I9Q A; 1UWB A; 4F3O A; 2HHU A; 4LFB K; 1I39 A; 1T6C A; 4BC2 A; 3WUH A; 1MDU B; 4LD0 A; 2UXC K; 3SAF A; 3AVC A; 2KFN A; 5J2N A; 1ZXO A; 5GIO A; 3P38 A; 3TI0 A; 1JCF A; 4GVE A; 4ILG B; 4PL8 A; 4LSN A; 4B1U B; 1SKR A; 4CGG A; 2HVI A; 4Z4G A; 3WNE A; 3QNN A; 3EY1 A; 1WNS A; 3SBG A; 4CI6 A; 1VQL N; 4H0O A; 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