1ZBIA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbiA00
5SZTA 1CXQA 4B9LA 5KRSA 4DS4A 3RTVA 4Z4CA 1FXXA 4AHUA 3TAFA 1B92A 1RT2A 5J2NA 4NCAA 3ISNC 1NK8A 3P83D 2B6AA 3SQ1A 4DSLA 1WSEA 3LDSA 3TWHA 2NUBA 4E7HA 3O4QA 1C6VA 1QTMA 4CJKA 1QHTA 3DLEA 2KW4A 3OJSA 4B08A 4CCHA 4M3WA 3PO5A 3CFRA 4O55A 4CECA 3OYLA 3CFPA 3G10A 4DTJA 2ETJA 1TL3A 3B6OA 1HJRA 3LP0A 4AHCA 4FLZA 2E4LA 3ZCMA 3OYNA 4HUGA 3AO4A 4OKKA 3C6UA 1SL0A 4E0DA 5T7BA 4CHZA 4CEDA 2EHGA 1RTHA 3OJUA 3NH2A 3DM2A 2B4JA 3KK1A 2Z1IA 2QKKA 1JLQA 1WSIA 1C0TA 3AVCA 3U3YA 1T05A 2RF2A 2D0AA 4DTSA 3OS0A 1SKWA 3AO5A 2I5JA 4N5SA 3K59A 4NCGA 3AVJA 4YNQA 3QIOA 4Y1CA 3S3NA 2HHTA 1VSHA 3HXMA 3PX4A 1U04A 3M8QA 1IG9A 1VSMA 2A1SA 2XRIA 2OZMA 3B6PA 4DSKA 4FK0A 3OVNA 3KKRA 3SQ0A 1WSGA 3L2UA 1S1XA 3NF6A 3VQ6A 4H4OA 3VQ9A 3RRHA 3U6FA 3CM6A 1BIZA 2VG5A 4I2PA 4I9LA 1D8YA 4FJKA 4FJHA 4BWMA 2QXFA 3ZT4A 1RT7A 4KO0A 1CZBA 2Z1HA 4FW1A 3NF7A 3OYIA 4KAZA 3NGIA 2IOCA 2OPRA 3NFAA 4BE1A 4IKFA 3MEDA 1KCFA 2G8FA 1X9WA 4KHSA 3ZT2A 3KLIA 3SUOA 1HYVA 3QLHA 5J2QA 2HB5A 4ELTA 1EETA 1JXBA 4B8CA 1VK0A 5JS1A 3QO9A 1D5AA 4WE1A 3NF9A 3S9HA 1A5WA 4JS5A 3S3OA 1TKDA 1A5XA 1VRTA 2DFHA 3AVMA 3AO2A 4KHNA 2G8VA 1ITGA 3PUFA 4IFVA 4FZYA 4BE0A 3MXMA 1C0UA 3AV9A 4OGCA 4W5QA 2DFEA 5HP1A 4DTMA 1I39A 2GBZA 1RT4A 3VQ4A 3AVHA 1NOZA 3BGRA 3P5JA 3LZIA 2KQ2A 4IFYA 3WNGA 1RDCA 4M3TA 3AA3A 4CEAA 4CHPA 1X1PA 1YT3A 2KFZA 4BDYA 4AHSA 4CGJA 3HO1A 3T1AA 3OYJA 4DS5A 3NH1A 3PV8A 2DTUA 3F73A 4G1QA 1TK8A 3IS9A 3K57A 3SJJA 4CE9A 4M3RA 1KSPA 1G15A 4KKOA 2OPQA 4CJPA 1HPZA 3ITHA 4ID5A 3O3FA 4FLUA 2IS3A 1HQUA 1IKWA 1XWLA 3NGZA 2GUIA 4I7FA 3NCIA 4GW6A 2OPSA 3HP9A 2XY7A 2VG7A 2G8HA 1TAUA 3TABA 4FJIA 1BHLA 3E01A 2PYJA 4H8KA 3AO3A 4OJRA 3OY9A 1U4BA 1NK5A 2EX3A 4FXDA 5KRTA 3NF8A 1R0AA 3ZSYA 4ELUA 4CJUA 4I9QA 1GOAA 4BDPA 1XHZA 2HNDA 3OS1A 1Q8IA 2X6SA 4KV8A 1VSLA 2PYLA 4O0IA 3QEPA 4ZHRA 1NK4A 3LP3A 1L3TA 4K8XA 4CEFA 1ZYQA 3V1OA 1ZBHA 3QNNA 5HRRA 4JLHA 1Z26A 1RNHA 3WNHA 1TK0A 1C1AA 3THVA 3QEIA 3PY8A 4CGIA 3V1QA 1HYSA 4AHTA 1C1BA 2G8KA 5DMRA 2G8UA 3TAEA 4ELVA 4Q0BA 2WONA 1WNSA 4IG3A 3HT3A 3K5LA 4JRPA 1KFSA 1KVCA 4CEOA 4DMNA 4HHTA 2RPIA 1LWFA 5E41A 5KI6A 1B9FA 1NK9A 4M45A 3NHGA 1RTIA 3ULDA 1S9GA 4KI6A 4DLGA 1ZBFA 4F4KA 3TANA 3K2PA 3DMJA 2ATQA 1YTAA 1VSIA 2YKNA 4KHWA 2KFNA 4DFKA 3RMBA 2D0CA 3LAMA 4FJLA 2QK9A 4CJ4A 4EZ6A 1RDAA 1ZBLA 5K14A 1I3AA 3DOKA 1QE1A 3MECA 4QCLA 2VWJA 2OYQA 3AVNA 4FZZA 1L3VA 3LAKA 2BDPA 4MFBA 4OPJA 3TI0A 3TAPA 4BACA 1SKSA 1WAJA 1NKEA 3D0PA 1TGOA 4O5BA 1XI1A 4LD0A 1VSEA 4E1NA 1VSFA 1RDBA 4EP5A 5C42A 4N56A 4CIEA 2IDOA 3LPTA 5C25A 5SWMA 4FLXA 5CZ2A 1S1VA 3IRXA 3AA4A 2HNZA 4FW2A 1TV6A 1TVRA 4B8AB 4DQIA 4O4GA 1YVUA 2HW3A 3LWMA 1CZ9A 1FK9A 2W42A 1NK6A 4RW9A 4W5NA 4E1MA 4CEZA 4R5PA 3UIQA 4DU1A 4CHOA 4PA1A 1HNIA 4CJSA 1QSYA 4CJFA 2PY5A 1JXEA 1S5JA 3VQAA 3T19A 1BCOA 4DTXA 4E7KA 3LANA 5FRMA 4GVMA 1RBTA 4IBNA 5J2PA 3QNOA 3LALA 3MAQA 1NJXA 3DLHA 1HRHA 4LSNA 4CGDA 2P5OA 5HBMA 4CEBA 1K6YA 4JRQA 1XC9A 3V9WA 1U47A 4DQSA 2XY5A 2RKIA 1W9HA 1X9MA 5C24A 4FLWA 4CGGA 4H4MA 4DF4A 1UA1A 4K8ZA 4NCBA 4Z4IA 3AVGA 3HJFA 1VSJA 2IAJA 5KGWA 2P51A 2X78A 3I0RA 3ZT0A 1RTJA 1DLOA 4DQQA 3KLFA 3KD5E 3VQQA 4OPKA 4M3XA 3NBPA 2Y1JA 3ASMA 4CESA 4DTOA 1T03A 4J2DA 4RW8A 1UWBA 2YHAA 3HPGA 4DG1A 2E6LA 4HUFA 1BL3A 3HPOA 1BI4A 4CJVA 1EXQA 1FKPA 4B9VA 2YNGA 2FC0A 4CHYA 3RWUA 4KRFA 1LV5A 4FZXC 3K58A 4CFCA 1S1TA 3L2WA 1IO2A 2HHSA 4FLTA 2E6MA 2Z1GA 4IDKA 3D45A 2IC3A 4FJMA 4B3OA 1U45A 2O4GA 4NYNA 1TKXA 3NGYA 1LWEA 2ZE2A 3QEVA 3TARA 5FROA 4CJTA 4OLBA 3M8RA 1T8EA 4KPYA 2FBXA 3H08A 4DSJA 4AILC 4BWJA 3TAGA 1NJWA 2YV0X 2ZQBA 4KFBA 3VA0A 4DTRA 3K5OA 4FJNA 1SL1A 1KRPA 4CJLA 3TAQA 4B9MA 2AJQA 4CF1A 3AVBA 1VSDA 2F8SA 4CFDA 2VWKA 3EY1A 1QSSA 2OPPA 3VQEA 3DOLA 3CQ8A 1LW0A 3DLGA 1RT5A 3L3UA 4CK1A 4CHQA 3V6DA 3SUPA 3LP2A 1L3SA 1TAQA 3V9SA 4KTQA 1KVBA 5CZ1A 2HHUA 3OYHA 1RBSA 4HCBA 3V4IA 3AVAA 1Y97A 1WSHA 4XIUA 2XO7A 3KK2A 3OYDA 2R7YA 1ZBIA 1HNVA 3DLKA 1TKZA 3DRPA 1ASUA 4AH9A 3HL8A 1MU2A 1QQCA 1O1WA 1GOBA 2Q3SA 4O0JA 5CY4A 1BQMA 1ZBUA 5CYQA 1JKHA 3VN5A 1LAVA 5I42A 1JLBA 4Q5VA 4LH5A 4OKJA 5FRNA 4CIGA 1BGXT 2IGIA 4NYFA 4CHNA 2D0BA 3ZSZA 3JSMA 2YNFA 3NAEA 3SV3A 1JLFA 3SQ2A 3MEGA 1QS4A 3HP6A 3SUQA 5I3UA 3ZSRA 2X6NA 3AVFA 1NKCA 1BQNA 4BE2A 3IAYA 3KD1E 3HK2A 2RN2A 2DFFA 2Y1IA 1SKRA 3IG1A 3VQ8A 3HVRA 3L2RA 4RW6A 3SI6A 3RR8A 3MXIA 4M42A 3K5NA 1IH7A 4DTPA 4Z0UA 1ASVA 1J54A 2GV9A 3C6TA 4QOZB 4W5OA 1S1WA 1UA0A 4KB1A 3AO1A 1WSJA 4DFJA 4EZ9A 3AA2A 3V81A 1W0HA 2B5JA 2XY8A 1RBVA 2YHBA 3VQCA 3SV4A 2ITGA 4DU3A 3QEXA 1X9SA 1YTUA 3C94A 4B9NA 2KZMA 3LWLA 4FM2A 3QIPA 1C0MA 4FYDA 3O3GA 3KIOA 2P1JA 4E19A 1BISA 4CF9A 3TR8A 5HRPA 4BDZA 3K5MA 4DFMA 4B9TA 4F8RA 3A2FA 3VQ7A 3L2VA 4M41A 1NK7A 1J53A 4DSEA 4OKEA 4F2SA 4C8KA 1N6QA 4CF0A 4DWIA 4Z4FA 1LW2A 4F3OA 3HM9A 4JS4A 4M3UA 4CJWA 3EZ5A 3PX0A 1Q9XA 1Z25A 3DRSA 1S6QA 1JL2A 4Y1DA 1D9DA 4C8LA 4MQ3A 2XHBA 1JLEA 4LY7A 3HSTB 2G8WA 2HHVA 1NOYA 4OLAA 1WLJA 1DTTA 1L3UA 2Z1JA 1TL1A 2YNIA 3CM5A 4RW4A 4CF8A 4CJQA 3OYAA 3TAMA 3V9ZA 3ZSXA 4ZTFA 2OA8A 1KTQA 3L3VA 3V9XA 1QSLA 5HROA 4N41A 4E7LA 4OGEA 1RTDA 4FJGA 4I2QA 2XY6A 4RG8A 1HYZA 4TSXA 1IKVA 3NDKA 4FLYA 4PQUA 2WOMA 3PX6A 4CERA 3KLGA 5HRSA 4N76A 4CJ3A 2YKMA 1GOCA 3ZSWA 1UAXA 4E7IA 1J5OA 4FJ8A 2KZZA 1UOCA 4W5TA 5D3GA 2KTQA 3DI6A 2HVHA 4J2BA 4FM1A 3AVLA 4CF2A 3BDPA 1L5UA 4FJ9A 3HPHA 3EYZA 3G0ZA 4LH4A 1F21A 1WAFA 3JYTA 3QEWA 2P5GA 3QERA 1J9AA 3KK3A 1HQEA 3OS2A 2FBYA 4ICLA 3CYMA 2BANA 4C8MA 4DFPA 2FBVA 5EU7A 1C1CA 3AA5X 3M8PA 4DU4A 1HMVA 4ID1A 4E3SA 3FFIA 3OYEA 2HHXA 3VQBA 3WNFA 3ZT3A 3QESA 4YFUA 4CFBA 3DLRA 4Z4GA 3SYZA 4PUOA 1CLQA 3CFOA 3ZSQA 1IKYA 4Z4HA 4B9UA 4DSIA 4KHUA 4KHYA 4CIFA 4RW7A 2QKBA 4QAGA 4DSFA 3AVIA 4UQGA 3KLHA 3SNNA 4C8OA 3VQ5A 3M8SA 4AHRA 2JGUA 1RBUA 3SQ4A 3SPZA 5DK5A 3OYCA 1KLNA 3HYFA 3SCXA 1S9EA 1BI4B 4F2RA 2HMIA 1KFDA 2O4IA 1N5YA 1KVAA 1JLGA 2VG6A 5J2MA 3DLBA 4J2AA 4M3YA 4PY5A 1LWCA 5HLFA 4KTWA 1B9DA 1LAWA 1S1UA 5FDLA 3V1RA 4W5RA 2D5RA 3WNEA 4KB0A 1JL1A 4CGFA 3U3GA 4DLEA 4FM0A 3ZT1A 1WN7A 3T3FA 4KI4A 1VSKA 1D9FA 4ZTJA 1NJYA 2HNYA 1NK0A 4HCCA 2BGGA 2HHQA 1BIUA 3RMAA 3P1GA 3OYMA 2PZSA 4CJRA 1ASWA 1EKEA 4C8NA 5J1EA 2YNHA 4FJ7A 2DY4A 1WSFA 1EX4A 5JS2A 4OVLA 1U48A 4HVJA 4DQPA 3I0SA 4IG0A 4B9SA 4FJJA 1FKOA 3OYFA 3LP1A 2FBTA 2BE2A 5KGXA 3RMDA 4FK4A 3KTQA 1RDDA 3KKSA 1EP4A 3KJVA 3KLEA 4GMJB 4CEEA 3SUNA 1A5VA 4N47A 3ALYA 4FK2A 4DF8A 4DTUA 3RMCA 1RBRA 3SPYA 4O44A 4CFAA 4Z4EA 3O3HA 3L8BA 4KHQA 4EP4A 3C95A 3L2QA 4LSLA 1REVA 3NE6A 1VRUA 4KTZA 3VA3A 3RRGA 1RT1A 3CG7A 3QINA 3NH0A 4FCYA 4KREA 3S3MA 1JLAA 4L8RB 3SZ2A 4DTNA 1NJZA 1RT3A 3DRRA 5KTQA 1IKXA 3VQDA 2X74A 1S6PA 3VQPA 3QETA 1U49A 4FVMA 3PO4A 4F3TA 1SUQA 3F9KA 4HUEA 3V9UA 4E7JA 1RT6A 3AVKA 3O4NA 2G8IA 1JLCA 3DYAA 3RR7A 1DTQA 3OYBA 1TKTA 3LZJA 1Q9YA 2JLEA 4CK2A 4CEQA 3OYGA 4FLVA 2HHWA 2ZD1A 5CYMA 1RCHA 4E89A 1BCMA 1TK5A 1XHXA 2OZSA 3ZSOA 4J2EA 3OYKA 3ZSVA 4CJEA 1CXUA 4PWDA 4HTUA 2HVIA 1RILA 2LSNA 2F8TA 1SV5A 2A1RA 3MEEA 4FJXA 1KLMA 1SL2A 3MXJA 1T7PA 4CJ5A 4FJ5A 4CK3A 2F96A 3LPUA 4DQRA 3I8DA 4CGHA 3HVTA 5HRNA 4AHVA 4M3ZA 1NKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A0IX 1TUYA 5SZTA 4B9LA 5KRSA 4DS4A 3RTVA 4BRHA 5J2NA 4EAHD 3J81O 3DXKB 3SQ1A 4GKKK 4CJKA 3DLEA 5HL7L 2KW4A 3OJSA 4GV3A 1E3MA 3PO5A 3CFPA 3OYLA 3G10A 2GTDA 4NLCA 3J7ZO 2ETJA 4KH6A 3ZCMA 4OKKA 1YJ9N 4E0DA 2GWKA 1RTHA 3VEVA 3CMEN 2QKKA 2NRXA 3U3YA 2RF2A 4DTSA 1K8KB 3P4IA 3BZKA 5AQHA 2I5JA 4N5SA 1GLFO 4NCGA 4CZFA 3E1YA 4G9ZA 2I7PA 1IG9A 2VWBA 4DSKA 3OVNA 3KKRA 1WSGA 3L2UA 1YUWA 4M7YA 3RRHA 2VG5A 1N33K 1BG3A 3SAFA 3ZT4A 2IOCA 4BE1A 4I6MB 3KLIA 1HYVA 5BN9A 3CPEA 4WCEL 3VMFB 3NVMA 3ZEUA 2Q0RA 3NF9A 4JS5A 1TKDA 2D0OA 4EHUA 4BE0A 3MXMA 4W5QA 2DFEA 1R59O 4DTMA 5KPRA 2RHKA 3P5JA 1NOZA 1QZ6A 2VYPA 1JCFA 3AA3A 4CEAA 1X1PA 1YT3A 3WXMB 3F73A 4BQZA 3K57A 1G15A 1NWKA 5GAGP 3ITHA 4PL7A 4FLUA 4JKDA 5C10A 2XY7A 2W41A 2E20A 3E01A 1U4BA 1NK5A 1FW6A 4YOUA 4FXDA 2QWMA 4FWSA 4CJUA 3WT0A 3QMLA 4KV8A 2OTLN 3CCMN 4K8XA 3P39A 1ZYQA 1ZBHA 5HRRA 1RNHA 5BPLA 4CZIA 1NG9A 1HYSA 3LM2A 5MLCQ 2WONA 1KVCA 5AQMA 4BRNA 5E41A 3GOIA 5CHIA 3VEYA 1NK9A 4B3TK 1S9GA 2ZJPL 4R79A 4H5TA 3Q7BA 3K2PA 3DMJA 2AP1A 1YTAA 3HOTA 3CPWM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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