1ZBLA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d192n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zblA00
3TAEA 1KFDA 3QIPA 2OPQA 3ZT3A 1NJYA 1VSMA 2P51A 1KCFA 3PX0A 3H08A 4CEBA 3SJJA 4CEFA 1T8EA 4DU4A 3LPUA 2OA8A 3AO2A 4E7HA 1QSYA 1BQNA 3OVNA 3OY9A 4O0IA 4CJLA 4KB1A 3KKRA 2XY5A 2FC0A 4IFYA 1A5WA 4EP4A 2OPPA 2XO7A 2YNIA 3P1GA 4CJFA 3NAEA 1WSFA 5CZ2A 4DQQA 3RMDA 1TK8A 2B4JA 3ZT0A 1DLOA 3L3UA 3ZSYA 1VSKA 1VSIA 3OYFA 1B92A 3QETA 3ALYA 4CIEA 3TAFA 4OLBA 3M8RA 4CJKA 3IAYA 1W9HA 3HYFA 3I0RA 1IO2A 2D0CA 2HNDA 3ASMA 1QSSA 2RN2A 2RF2A 2ZQBA 4I9LA 5E41A 2F96A 3HK2A 2B6AA 2HB5A 1EXQA 2YNFA 4RW7A 3CYMA 4MQ3A 3O4NA 3ZSWA 4YFUA 2O4IA 4CGGA 3PV8A 3AVNA 4R5PA 4K8XA 2G8VA 4IKFA 1TKXA 5KRTA 4BE0A 1C0TA 1RT7A 1NKEA 3RRGA 3HP6A 4KHYA 3LP1A 1TV6A 3AVKA 2FBXA 4H8KA 4DMNA 3KK1A 3SZ2A 2XY8A 1EX4A 4LH4A 2HHVA 1S6QA 3DYAA 4RW4A 4CHQA 3TWHA 5KRSA 4N56A 4FM1A 3KD5E 3S9HA 3HPOA 2BANA 3RWUA 1BGXT 2JLEA 3VA3A 1RBSA 1XC9A 1S1TA 4O0JA 4DTSA 4N41A 1LWCA 1X9WA 1L3VA 3V1QA 1HPZA 3HO1A 1W0HA 4DS5A 4M45A 2HHWA 1VSDA 1GOAA 4CECA 3CG7A 3NH0A 2XHBA 3ULDA 4OPJA 2QKBA 1BISA 4BE1A 1D8YA 4HCCA 1FXXA 3RRHA 4M3XA 3LDSA 4CJPA 4BDPA 2HHXA 4JLHA 4KHUA 3MECA 4BE2A 1SL1A 2RKIA 1LW2A 3SUOA 1NK7A 4FLWA 4DTJA 1RTJA 3AV9A 3JYTA 1QE1A 1HYZA 4KTQA 1TL1A 4DFJA 1Q8IA 2HNYA 5HRRA 5CY4A 3WNEA 2G8FA 2Z1IA 3S3MA 2ZD1A 2PYJA 1K6YA 5K14A 4KB0A 3D0PA 4FJ8A 4NCGA 4BDYA 2RPIA 4I2PA 3KK2A 1SUQA 4FM2A 3ZSVA 1J9AA 3KKSA 4HHTA 4EZ6A 4B9MA 2OPRA 2G8WA 5KGWA 3QLHA 3V9ZA 4PY5A 4DF4A 1BIZA 3PX4A 2HMIA 3VQ8A 5HRPA 4OPKA 1B9FA 3L2RA 3VQAA 5T7BA 1KTQA 2ZE2A 3EY1A 2W42A 3QESA 3SV3A 1ASVA 4CF0A 2HHTA 3AO4A 4I2QA 5CZ1A 3NGYA 3VQ4A 1BI4A 1XWLA 4NCBA 3G0ZA 3PUFA 1C0MA 2VG6A 3HVTA 3QINA 4KFBA 4GW6A 1TKZA 1RBRA 4KKOA 4CGFA 3AA5X 3NH2A 3RMCA 1SL0A 3DRRA 4CK1A 3F9KA 3DRSA 4BDZA 1S6PA 3O3GA 3TANA 4KAZA 4C8NA 1TKTA 5SZTA 3AVCA 3OYMA 2DFFA 3AVBA 4DFKA 4F3OA 1S5JA 1NK6A 4B9SA 4F2RA 4CHPA 3NGZA 4KV8A 4Z4HA 1A5VA 3ZT2A 4CERA 3KLEA 4FLXA 4DSIA 4JRQA 1TAUA 4JS5A 3V81A 1RTIA 2IAJA 3VQBA 3AVLA 1VSFA 4CEQA 3OYCA 4F2SA 4FJKA 3TABA 5J1EA 2HNZA 4KO0A 3OS1A 2YHBA 1WAJA 1RDDA 4O44A 4I9QA 2G8IA 4B9TA 2HVHA 2KFNA 1Z26A 3V9XA 1RT2A 2DFEA 1IKVA 4LSNA 1LWEA 4N47A 3OYHA 2KFZA 4CJRA 1ZBUA 3HP9A 4H4OA 1QHTA 4CF2A 3KLGA 2VWJA 4M42A 4LSLA 1S1WA 5FDLA 3C6UA 4PQUA 2E6LA 3TR8A 4FVMA 4FJIA 1RT4A 4FW1A 3QNOA 1IH7A 4Y1DA 3DLRA 4E7KA 4CFCA 4AHCA 4OLAA 5JS1A 3HM9A 4DSFA 4HUFA 2JGUA 1BI4B 4FJNA 1JXEA 2KZZA 1C1CA 5FRMA 3THVA 3T19A 4B08A 1IG9A 1JLEA 3CM5A 2OYQA 3RTVA 3K5NA 3O3FA 1KVAA 5J2MA 1RDBA 4W5NA 4DU1A 4E7IA 2E6MA 1S1VA 5EU7A 3ZSQA 3K57A 5HLFA 1U45A 4CFDA 3DMJA 4M41A 1WLJA 3DLEA 3V9SA 4FJLA 2AJQA 3T3FA 2O4GA 1U04A 4DFPA 4CCHA 4CK3A 5J2NA 4FLTA 4E3SA 4N76A 2YNGA 1FKOA 2EHGA 1EKEA 3ISNC 1U47A 4DSJA 3K2PA 2XRIA 1T7PA 2X78A 4CJEA 4M3ZA 1ASWA 3ITHA 3BDPA 3LP3A 3RR7A 3V6DA 3KIOA 3VQ9A 3VQDA 4CJSA 2KQ2A 3NH1A 1N6QA 2OPSA 1KRPA 3LZJA 4PA1A 3MEDA 4C8OA 4CEDA 4FJJA 3EZ5A 1WNSA 4ZTJA 5DK5A 3LP2A 3RMBA 3A2FA 1LW0A 4GVMA 1D9FA 3L2WA 5KI6A 4CHNA 4W5OA 1RNHA 2YKNA 4E89A 4M3TA 3OYDA 2ITGA 3KLIA 4FZZA 1HRHA 4AILC 3OYIA 1JLCA 4LH5A 4Z4EA 4GMJB 4DTXA 5C24A 1JL2A 4UQGA 1RBUA 1FK9A 3M8PA 4Z0UA 2G8UA 1VRUA 3MXMA 2WOMA 1U48A 4CJWA 4FM0A 3ZCMA 3P83D 2BE2A 2NUBA 3K5OA 4O55A 3LP0A 4RW8A 3K59A 2HHUA 1WN7A 4C8KA 1TVRA 1CXQA 1T03A 4FJ7A 4Z4FA 4FJ5A 4K8ZA 3PY8A 3HJFA 3DI6A 2YNHA 4RW9A 4OJRA 3NDKA 4FK4A 1DTQA 5HROA 1JLGA 2VG5A 4BWJA 1NJXA 2G8HA 4DF8A 1RILA 2XY7A 3U3YA 3P5JA 4OGEA 4CF1A 3F73A 4JS4A 1IKWA 4BACA 3V4IA 5HP1A 2E4LA 4CGIA 3AO1A 4DLEA 4M3UA 3DLGA 3LZIA 4QCLA 5CYMA 4O5BA 3ZSXA 3O3HA 1SKRA 4DQPA 2QK9A 1C1AA 1VK0A 4DLGA 1Q9XA 3KLHA 3CFPA 4CFAA 1RT1A 3MAQA 4ELTA 3AVMA 3UIQA 4DU3A 4J2BA 1N5YA 3WNHA 3C6TA 3SYZA 4KHWA 1G15A 5DMRA 2YHAA 2KTQA 5J2QA 4Y1CA 4AHVA 1HQEA 4ZHRA 3V1OA 1J5OA 4J2DA 4FJ9A 4XIUA 2FBVA 2I5JA 4DQIA 4HVJA 3K58A 4B9UA 4ELVA 1LAWA 3TAGA 4HUGA 1RBVA 3LPTA 4OVLA 1WSHA 2WONA 4C8MA 4ELUA 1QQCA 2DY4A 1HQUA 1VSLA 4B9LA 1ZYQA 1L3TA 3VN5A 1UAXA 3D45A 3TAQA 4F8RA 1TAQA 3AVAA 3S3OA 1JLFA 1RBTA 3IRXA 3OJSA 3SUNA 1KFSA 2HHQA 1HYVA 4B9VA 1RT5A 1CZBA 3NGIA 3WNGA 4HCBA 1DTTA 1WSEA 3VQQA 4CJVA 4DTNA 3O4QA 4AHSA 2Z1JA 1KSPA 4LY7A 4KPYA 5SWMA 1WSJA 3L3VA 3L2QA 2IS3A 1CZ9A 1KLNA 3KD1E 2OZMA 4OKEA 3DLHA 4DTUA 3ZT4A 4CF8A 3IG1A 1NK5A 4N5SA 3NE6A 2Y1IA 4IG0A 1KVCA 3SQ4A 3OYNA 5J2PA 3EYZA 1TK0A 4L8RB 3JSMA 3RR8A 4E7JA 3M8SA 4FZYA 1U49A 3LALA 3M8QA 3SPYA 3LANA 4DTRA 1UA1A 1WSGA 4CJQA 2Z1HA 1HNVA 3SI6A 4AH9A 3QEPA 1XI1A 4DFMA 4PWDA 3OYEA 1VRTA 4G1QA 1L3SA 1UWBA 4KREA 3HSTB 4HUEA 2D0BA 3KTQA 3CM6A 1SKSA 4RG8A 4C8LA 3QEIA 3CQ8A 2XY6A 3OYLA 1TGOA 3FFIA 2GBZA 3AVHA 4W5RA 2HW3A 1C1BA 4I7FA 2ATQA 4FYDA 3QEVA 4CEZA 4B8CA 2P5OA 1SKWA 4LD0A 3SNNA 3MXJA 1EETA 4FW2A 1U4BA 1LV5A 5FROA 4DSLA 1HYSA 4FXDA 4FLZA 4DSEA 5FRNA 1REVA 1B9DA 1FKPA 5KTQA 4OGCA 1JLBA 2EX3A 3QNNA 1JKHA 1NOYA 3NFAA 4E1MA 4AHTA 2P5GA 4CJUA 4OKJA 3HXMA 3LWLA 3SUQA 2OZSA 1LAVA 2PY5A 4KI6A 1RCHA 3NF7A 4CGJA 3OJUA 3KK3A 1NJWA 4DTMA 3SQ1A 3HL8A 2HVIA 3AVJA 2QKKA 1NK9A 1IKYA 1C6VA 4CJ5A 3SCXA 3OYAA 2PYLA 1IKXA 1ASUA 4KRFA 4ID1A 3SQ2A 4CHOA 5JS2A 3DM2A 2BDPA 1BCOA 3ZSZA 3LWMA 1GOCA 2LSNA 3U6FA 4IBNA 4BWMA 4B8AB 4FK2A 3OS0A 1BL3A 1NK4A 4CESA 5C42A 4YNQA 2B5JA 3K5MA 3VA0A 1RT6A 5CYQA 1R0AA 4DTPA 3C95A 3MXIA 4FJMA 2Z1GA 3ZSOA 2P1JA 5HRNA 4FCYA 3AA3A 4F3TA 2A1RA 4CF9A 1I3AA 3S3NA 4CIFA 4IFVA 3VQPA 4E7LA 1CXUA 3HVRA 4CJ4A 1ZBIA 3AVIA 1Z25A 1D5AA 4DG1A 1ZBFA 4FLYA 1L5UA 3RMAA 2BGGA 3OS2A 2D0AA 2QXFA 4CJTA 1X9MA 3L2UA 3L8BA 4Z4IA 4AHUA 1HNIA 2X6SA 4NYFA 2KW4A 1RTDA 1X1PA 4B9NA 4KHNA 3E01A 4HTUA 1CLQA 4CGHA 1RDCA 5D3GA 1UA0A 4DQRA 1RTHA 1XHXA 3T1AA 1QTMA 4CHYA 3V9WA 4FJXA 1SV5A 1KLMA 5HRSA 3OYGA 4FLUA 2A1SA 4IDKA 4ICLA 1GOBA 1I39A 1L3UA 4JRPA 3NBPA 5C25A 4E0DA 3NF8A 1NK8A 3V9UA 3PX6A 3SPZA 3QERA 1XHZA 2X74A 3QIOA 3HPHA 4DWIA 3TARA 1YTUA 2DTUA 2F8SA 1YT3A 1KVBA 2GUIA 4W5QA 2IDOA 3VQ6A 3VQ5A 4CHZA 4NYNA 2G8KA 4OKKA 4FK0A 3MEEA 1EP4A 4KHQA 4CE9A 1VSHA 2D5RA 2GV9A 3AA4A 1NKBA 2F8TA 4CGDA 3QO9A 1NK0A 3OYJA 5HBMA 3TI0A 3ZT1A 2R7YA 4FZXC 4Q0BA 4CEEA 4Z4CA 4Z4GA 3NF9A 3NF6A 3G10A 3OYBA 1TKDA 4CEAA 1ITGA 2VWKA 3AVFA 3VQ7A 1JLQA 1TL3A 2DFHA 2FBYA 4RW6A 3KLFA 4DSKA 4QAGA 3AVGA 4CIGA 2YKMA 3WNFA 4E1NA 4QOZB 4J2EA 4KTWA 1S1XA 3B6OA 3PO4A 2IGIA 1JLAA 3TAPA 1LWFA 1VSEA 2YV0X 3IS9A 4CFBA 1HMVA 1QSLA 1J53A 4ZTFA 1WAFA 3L2VA 3QEXA 1HJRA 1S1UA 3C94A 1NOZA 3QEWA 1JL1A 3I0SA 4E19A 4FJHA 3DRPA 3BGRA 4ID5A 4DQSA 2X6NA 1QS4A 4J2AA 2ETJA 3PO5A 3SV4A 3HPGA 1BHLA 2FBTA 3ZSRA 3DOKA 4CK2A 1X9SA 4EZ9A 2IC3A 4AHRA 5I3UA 1A5XA 5I42A 1ZBHA 1BCMA 3DLKA 2VG7A 1SL2A 1YTAA 1BIUA 4DTOA 3DOLA 1MU2A 4FLVA 1ZBLA 1S9GA 3OYKA 2HHSA 3LAMA 3NCIA 4KTZA 1BQMA 4W5TA 1D9DA 1T05A 1F21A 1O1WA 1Y97A 3SUPA 4TSXA 4DS4A 5KGXA 4FJGA 2IOCA 3MEGA 3VQCA 4CJ3A 3I8DA 1YVUA 3KJVA 1Q9YA 4CEOA 1RDAA 4H4MA 1C0UA 1JXBA 4IG3A 3DLBA 4EP5A 4M3WA 1NKCA 4B3OA 4F4KA 3LAKA 1J54A 3V1RA 2Q3SA 2Y1JA 3SQ0A 3VQEA 4PUOA 3K5LA 1RT3A 4NCAA 4O4GA 2KZMA 1UOCA 1VSJA 4KHSA 1TK5A 4MFBA 4KI4A 4M3YA 3AA2A 3TAMA 3AO3A 3AO5A 1S9EA 3B6PA 3U3GA 3CFRA 1WSIA 3CFOA 4WE1A 3HT3A 4M3RA 1NJZA 3NHGA 2PZSA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAEA 2ZWHA 3QIPA 3PX0A 1KCFA 4BRGA 4CEBA 1QHAA 2YX6A 3OY9A 1M90O 2FF6A 4KB1A 4CW7B 4JEPA 4EP4A 2OPPA 3L4QA 2XO7A 3ZYYX 1HLUA 4DQQA 3RMDA 3M5RA 3VGKA 3ZT0A 3G25A 3OYFA 3O08A 1B92A 3QETA 3TAFA 3M8RA 5AQXA 4CJKA 3IAYA 1IO2A 3MWTA 1QSSA 2ZQBA 2P9UA 4I9LA 5E41A 1XNQK 3EN9A 2YI1A 3ZSWA 3PV8A 3HOTA 4K8XA 5KRTA 1VQNN 3J81O 5AQRA 1RT7A 3HP6A 3MCPA 1TV6A 2QWRA 1BDGA 3VF4A 3ENBA 3SZ2A 1VQKN 3DYAA 3UKRA 5KRSA 3S9HA 1NMDA 2JLEA 1S1TA 4N41A 1HPZA 4M7XA 1W0HA 4M7YA 3ENHA 3EO3A 3CG7A 1BISA 4BE1A 5AQNA 4JLHA 1SL1A 2RKIA 1LW2A 3VF6A 3AV9A 2Q2RA 4KTQA 1TL1A 3CJ1A 1Q8IA 2HNYA 4DFJA 4FWMA 4BQZA 2Z1IA 5M1OA 2ZD1A 4KB0A 4BDYA 1MA9B 4O8UA 4FM2A 4V19S 4YDUC 3KKSA 4BY9C 2OPRA 4C1NI 2G8WA 5KGWA 5GIPA 1OVQA 4IEEA 3VQ8A 5HRPA 3THWB 3EY1A 4PKIA 5T7BA 1VQ6N 4IJNA 4CF0A 2A42A 4IOXA 2ZF5O 3U9ZA 4DR6K 4NCBA 4KHQA 3HVTA 4KFBA 4CGFA 4GW6A 2OTLN 4KH4A 2IVOA 4BG9A 1LCUA 3O3GA 3LDLA 3TANA 4JI3K 4YOTA 3AVBA 4DFKA 2GUPA 3VEOA 4F2RA 5FPMA 4Z4HA 3JS6A 5AQTA 4DSIA 4FLXA 4FWOA 3SMPA 1HUXA 1DGKN 4JS5A 3V81A 1RTIA 2IAJA 4H0VB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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