The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AJ3 K; 4LFA K; 2UUA K; 4X64 K; 1FJG K; 4NXN K; 4DR4 K; 1IBK K; 3J7Y P; 4DUZ K; 4DV3 K; 4JYA K; 4X66 K; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4LFC K; 3JAM O; 1HNW K; 2F4V K; 2UXB K; 2VQF K; 1XMO K; 2VQE K; 4CW7 B; 4JV5 K; 4B3T K; 1HNX K; 4OX9 K; 4B3S K; 5LMU K; 2HHH K; 4AQY K; 4LF5 K; 4CVN E; 4JI8 K; 4DR2 K; 4DR5 K; 4DR3 K; 4K0K K; 2UXC K; 2E5L K; 5BR8 K; 5LMN K; 4DV1 K; 1I94 K; 2UU9 K; 3J81 O; 4DV7 K; 1XMQ K; 5A2Q O; 4KHP K; 1IBL K; 4JI0 K; 4JI7 K; 4JI5 K; 4YY3 K; 3J7A P; 1J5E K; 4LF8 K; 4DUY K; 4LFB K; 4LF6 K; 4X62 K; 2UUC K; 3T1H K; 1IBM K; 5FLX O; 4JI3 K; 5LL6 Z; 4LF4 K; 4NXM K; 1N36 K; 5IWA K; 4DV5 K; 1N34 K; 2UXD K; 3T1Y K; 4DV0 K; 4B3R K; 1XNR K; 2UUB K; 1N32 K; 4LF7 K; 4JI2 K; 5IT9 O; 4GKK K; 1HR0 K; 4YHH K; 4JI4 K; 4B3M K; 4JI1 K; 4V19 S; 4DV2 K; 4DR7 K; 4GKJ K; 4JI6 K; 1N33 K; 1HNZ K; 3OTO K; 4DV6 K; 1XNQ K; 4DR1 K; 4X65 K; 4DR6 K; 3J80 O; 4LF9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AJ3 K; 4FWM A; 3BP8 A; 3ISN C; 4CEQ A; 1S1U A; 1VSM A; 1QQM A; 4NXN K; 3KWI A; 4JKD A; 4YNQ A; 1LAV A; 3WNH A; 3OY9 A; 2ITG A; 4KRE A; 4AIL C; 3D2F B; 4FLT A; 4CJV A; 1W97 L; 4OPA A; 4OX9 K; 1VQM N; 1MU2 A; 1QTM A; 4DR2 K; 4GW6 A; 2Y1J A; 3TAB A; 2E5L K; 2ZE2 A; 4FM0 A; 1T05 A; 3V9Z A; 4ICL A; 1K8K A; 4CGF A; 1NJW A; 1XMQ K; 1FW6 A; 3LZJ A; 4BQZ A; 4E7I A; 3E9O A; 4LF8 K; 1CZB A; 1GLF O; 3H3N O; 4FOI A; 4IEI A; 2QKB A; 4H5N A; 4BE1 A; 4IO9 L; 2P9I B; 2GX9 A; 3IAY A; 2GBZ A; 4IJA A; 1VSE A; 1HYV A; 3O9Q A; 3MED A; 4JK7 A; 1NK9 A; 3CPW M; 1KC8 O; 2D0P A; 4CJF A; 1CXU A; 5IWA K; 3QER A; 1R0A A; 1XHX A; 3CJ7 A; 1JJ2 M; 1WOQ A; 4DV0 K; 3MXJ A; 4FJM A; 4KH4 A; 3I8B A; 2YJF A; 3EY1 A; 4B8A B; 4JAX A; 1OVQ A; 5AQO A; 3T69 A; 4IDH A; 1VHX A; 1LW2 A; 4DQI A; 4ZTJ A; 4LSL A; 3KKS A; 1WSE A; 2A42 A; 2AA4 A; 1B9F A; 3CJ1 A; 3HI0 A; 1LCU A; 4KI4 A; 3V81 A; 2ZF5 O; 1WB9 A; 5J2Q A; 2E4L A; 2VWB A; 3DM2 A; 3ZSQ A; 1BOT O; 1HNZ K; 1NGJ A; 4DR1 K; 5HL7 L; 3PX4 A; 3L3U A; 1P8Z A; 3RSE B; 1HQE A; 2D1K A; 5AFU H; 3THX A; 4LH5 A; 3OYK A; 2Y1I A; 2IIR A; 3RRG A; 3SMS A; 3H08 A; 5KPR A; 4BR7 A; 3CCL N; 3AVJ A; 3C6T A; 3QEP A; 2QK9 A; 4X66 K; 3WUH A; 4B3O A; 3F9K A; 3JS6 A; 1HNW K; 1RDA A; 2HF4 A; 1JLE A; 1XMO K; 1GLD G; 1TYQ B; 1SQK A; 4EAH D; 2O8B A; 5GIN A; 1HKC A; 3KLE A; 4KHS A; 3IG1 A; 4AQY K; 3KLI A; 4RW4 A; 1ATS A; 3I0S A; 4M3U A; 2UXC K; 4M7X A; 4H0V B; 1O1W A; 2KFZ A; 1K9M O; 1Y64 A; 2HBJ A; 4BQL A; 4YY3 K; 4PL8 A; 4PKG A; 2YHY A; 1S1X A; 5CHI A; 1HPM A; 4KRF A; 3CJ9 A; 4PA1 A; 3HK2 A; 1SL1 A; 3HPG A; 3O4W A; 4J8F A; 3O4N A; 2G8V A; 1HYZ A; 4GNI A; 4FZX C; 2OTJ N; 2F96 A; 1JL2 A; 4CZL A; 5KPT A; 3SPZ A; 4NLB A; 1RBR A; 1N34 K; 1NU0 A; 3AVK A; 3DLE A; 1UAX A; 3R3L A; 1NM1 A; 1N8R O; 1CXQ A; 3ALY A; 3MN6 A; 2EX3 A; 1GLE G; 5FPD A; 3DXK A; 3U9Z A; 4DCH A; 2WFB A; 3FE1 A; 4CJE A; 2F8T A; 2A40 A; 3PIP L; 1SL2 A; 3H1Q A; 5AQN A; 4FLU A; 2OPR A; 1S3X A; 2P9N B; 1Q9X A; 5AQJ A; 3OYD A; 4WE1 A; 1KVA A; 1MWK A; 2OTL N; 4CHN A; 2I5J A; 3OS0 A; 4PL7 A; 2IS3 A; 3AV9 A; 3SCX A; 1YAG A; 3FFK B; 3W0L A; 3MWT A; 1HX1 A; 4MO4 A; 3ZET B; 3PIO L; 1DTQ A; 4CZK A; 1W0H A; 3B6P A; 3CCV N; 5AQS A; 4H0T B; 4CK3 A; 3R6M A; 1TUU A; 2IC3 A; 2V7Y A; 4FOE A; 4DR4 K; 1BGX T; 4DV3 K; 3JSM A; 4Z4E A; 3OVN A; 1U48 A; 1RT1 A; 2A3Z A; 3PLA A; 3AAP A; 3M1F A; 2UXB K; 2VQF K; 4JKA A; 1YTA A; 3C6H A; 3U6F A; 2YCH A; 1XC9 A; 2BH1 A; 2W42 A; 4FL9 A; 3AVG A; 3AO5 A; 2O8C B; 4H5W A; 1L3S A; 5F0X A; 1HYS A; 3WEE A; 5KGX A; 2A1S A; 1LWE A; 3HP9 A; 4M3T A; 4JKB A; 4CFD A; 1WBB A; 2NUB A; 2W40 A; 1VSH A; 3WNE A; 1S5J A; 3P1G A; 3VER A; 3SI6 A; 1BCM A; 4CF8 A; 4B1Y B; 1NG9 A; 3LZI A; 3CI5 A; 1J6Z A; 3LDO A; 3L2Q A; 2QWO A; 3BF1 A; 2RPI A; 4FCY A; 1RFQ A; 5AZJ B; 3B8A X; 2QWN A; 4H0Y B; 3G4S N; 4QS9 A; 1KRP A; 3SPY A; 2FSJ A; 5ELZ A; 2HNZ A; 4XH4 A; 4KH5 A; 3CF5 L; 2HMP A; 4UQG A; 4BDZ A; 3QO9 A; 4YOX A; 3MMV A; 4OPK A; 4B9V A; 4FLZ A; 2AJQ A; 3CPE A; 1XNR K; 1OKJ A; 2QXL A; 4JS4 A; 3ENO A; 4JD2 A; 2Q3S A; 5C2F A; 4E1N A; 2X6S A; 5HLF A; 4AHS A; 5FRM A; 3ZLJ A; 2XY7 A; 4OKE A; 3NMU A; 1G15 A; 2I7P A; 2F9T A; 5M1F A; 1BIU A; 2P9S B; 4FM2 A; 3P5J A; 2PZS A; 3E01 A; 3OBY A; 4DS4 A; 4PHT X; 2LSN A; 1Z25 A; 5AQW A; 3TWH A; 2ZD1 A; 1VQK N; 1NJY A; 1RDB A; 3NDK A; 1HKG A; 3AVF A; 1JLQ A; 1JLF A; 2ITM A; 5AQX A; 4B1U B; 4M42 A; 3OBW A; 3VF4 A; 4YOW A; 2FLO A; 1FJG K; 3M8Q A; 2Z1G A; 3LP0 A; 2P9P A; 3LAL A; 1IKW A; 4CK2 A; 3OA9 A; 4O5B A; 3TAQ A; 3AA3 A; 4CF2 A; 3R8E A; 4EIA A; 4BC4 A; 1HKB A; 3LP3 A; 1D8Y A; 4W5T A; 1BA1 A; 4CF9 A; 1RDC A; 4QOZ B; 2GWJ A; 4FK4 A; 4CW7 B; 1RCH A; 3OYC A; 1SZ2 A; 1IJJ A; 1YI2 N; 1S1T A; 3MAQ A; 1BU6 O; 3PSF A; 3LWL A; 3D2E A; 1D9F A; 3KK7 A; 2P9L A; 3OS2 A; 2FBV A; 4XIU A; 1BCO A; 2CH6 A; 4JI0 K; 3SJJ A; 4FWL A; 5BPM A; 4DTS A; 3VN5 A; 3HPH A; 1LOT B; 3O6W A; 4OKK A; 3E66 A; 3ULE B; 3I56 N; 4Q5V A; 5J2P A; 4IOX A; 3RVC A; 1DLO A; 4H03 B; 3N4P A; 1BQM A; 3SAH A; 1KFD A; 1T03 A; 2PYL A; 4K25 A; 3WXL A; 1X9W A; 4FJX A; 3NF9 A; 1LWF A; 2ZGZ A; 4EZ9 A; 3VGL A; 3L3V A; 3VES A; 4BR2 A; 3MDQ A; 1EKE A; 4IOA L; 2YNG A; 4CJU A; 4B3M K; 4CEZ A; 1NBW A; 1NGE A; 1RTH A; 3WQT A; 3VQ9 A; 2B5J A; 4MDA A; 3VQD A; 1C0F A; 1HNI A; 4ZTF A; 3ZEU A; 2YNH A; 3L2U A; 4OGC A; 4F3T A; 4JKG A; 1W2B M; 5JIC A; 3QNO A; 1Q18 A; 2PAV A; 1RTJ A; 1ZBF A; 3QEV A; 2JGU A; 3P31 A; 5EX5 A; 1XI1 A; 4CEB A; 4WYB A; 2OZM A; 4CIG A; 2V7Z A; 1XWL A; 4Y1C A; 5JS2 A; 4BR9 A; 4IWV A; 4JHD A; 4DLG A; 4F2S A; 3GBT A; 3VEO A; 3OYI A; 1VRU A; 4DMN A; 2ZM6 K; 3DI6 A; 4CJ7 A; 3LP1 A; 3MXI A; 1VQ5 N; 4CF1 A; 5CR4 A; 2F4V K; 2Z1I A; 4GV6 A; 1D4X A; 2IDO A; 4CHP A; 4EP4 A; 3KK2 A; 3AGR A; 4DG1 A; 3MCP A; 4CHZ A; 1TAQ A; 4JV5 K; 3OYF A; 2HHU A; 2O4G A; 4FJL A; 3HO1 A; 3F5T A; 3M6G A; 3GOI A; 3THV A; 4B9S A; 4K0K K; 1HNV A; 3CME N; 3QIP A; 4K42 A; 1S6P A; 1O13 A; 2E6M A; 1K8A O; 2BDP A; 3DWL A; 3A5O C; 3M8R A; 3MXM A; 1NMN A; 1U2V B; 4CJT A; 4L8R B; 3SYZ A; 3RMC A; 4I7F A; 3GE1 A; 4CFC A; 5AZI B; 2UUC K; 2PY5 A; 1UA1 A; 4H4M A; 3DRP A; 1ZBS A; 1GLC G; 5KRT A; 5GIP A; 4CEE A; 5M1P A; 3FZH A; 3CCR N; 3KLF A; 1U04 A; 1ZBI A; 4KHN A; 4W5R A; 4OKJ A; 1M1K O; 4KTZ A; 3PV8 A; 1KVB A; 3AA4 A; 4H5V A; 3H1V X; 5FPE A; 4KI6 A; 1C0G A; 3AAR A; 3QML A; 3TAF A; 4YHH K; 3E1Y A; 1YUW A; 5DM6 L; 3BEX A; 4DFK A; 3MN9 A; 1YJW N; 1KCF A; 1K73 O; 2O8E B; 4IFE A; 1VQ7 N; 1XHZ A; 2IGI A; 3HL8 A; 4BGB A; 2QXF A; 1GLB G; 3C6A A; 1WSJ A; 4FWN A; 1S1V A; 4JKC A; 3U9D A; 3NH0 A; 4FLV A; 4PUO A; 4YFU A; 2HF3 A; 3QIC A; 3FGU A; 1JLA A; 5LJV A; 5GAG P; 1SV5 A; 3JYT A; 4FLY A; 3ZSO A; 3Q7B A; 1W9H A; 3WXI A; 4AHT A; 3U3G A; 3HT3 A; 3CER A; 3KJV A; 4C8O A; 1MA9 B; 3P38 A; 2D5R A; 4HTL A; 4CZG A; 4F2R A; 4DU1 A; 4WF9 L; 1P90 A; 5HP1 A; 5AQK A; 1Q8I A; 2NRT A; 2Q0R A; 3EYZ A; 1TKD A; 5H1S Q; 3CJC A; 2OA8 A; 5C2D A; 3AGK A; 5TKY A; 4DR3 K; 3RMB A; 4CZM A; 4M63 C; 2Q97 A; 5FPN A; 2QEX N; 1NGA A; 4ID5 A; 1KVC A; 1B92 A; 1EWR A; 5TKW A; 3TAE A; 3FZL A; 3SQ1 A; 1VSD A; 1ZBH A; 1QQC A; 2Q31 A; 5AQM A; 3PO5 A; 4KHQ A; 4H0O A; 4FJN A; 2HHW A; 2PFU A; 1KXP A; 2D4W A; 1L5U A; 1C0M A; 4J2A A; 4WFN L; 2NRZ A; 3SV4 A; 1JXE A; 5EXW A; 3ID8 A; 4BRE A; 3ZSY A; 1NK6 A; 2P9K B; 2BTF A; 3HOS A; 3KIO A; 3AVA A; 3A5M C; 3SJH A; 2O8B B; 4MO5 A; 3I0R A; 2O8D B; 2V52 B; 4Z4I A; 4DV5 K; 5GIO A; 1RIL A; 2YKN A; 4WQ4 C; 3OYE A; 2E2Q A; 1U49 A; 3DYA A; 1JLB A; 3GG4 A; 3K5N A; 2GEM A; 4I9Q A; 4NO7 A; 4JI4 K; 3T19 A; 5M1K A; 4KO0 A; 5AQR A; 4G9Z A; 5AQI A; 1E3M A; 4Y1D A; 5T7B A; 4EP5 A; 4B1V A; 3K5M A; 5AQP A; 3NVK A; 3AVN A; 3WXM B; 4ZHR A; 1FK9 A; 4B1Z A; 3FZM A; 2RKI A; 4CEA A; 1QHA A; 4BG8 A; 3ZCM A; 1YXQ A; 2HND A; 1IG8 A; 3KK1 A; 3UKR B; 2G8W A; 3WQU A; 1VQ8 N; 1A5X A; 3LM2 A; 2Z1H A; 4IDK A; 4JKE A; 4FK2 A; 1SUQ A; 4UY8 O; 3C7N B; 3DXK B; 4FLX A; 3HOT A; 2YJE A; 3OYM A; 5ADX A; 4ILH A; 4HCC A; 2ZJR L; 1RNH A; 2X78 A; 4CEC A; 4BWM A; 3ZYY X; 4XH1 A; 1HNX K; 2HW3 A; 1WSG A; 2KFN A; 4DTU A; 3SV3 A; 3DLK A; 4B3S K; 1IKX A; 3L8B A; 2H3G X; 3CFO A; 3O8M A; 4JI8 K; 2W6L A; 3SQ4 A; 3T7Z A; 1NK0 A; 3ZT3 A; 1YJ9 N; 3CCM N; 4KPY A; 3HXM A; 3O1B A; 3RR7 A; 3ZSX A; 1CLQ A; 2WC9 A; 5BN8 A; 4XH5 A; 4F3O A; 4KTW A; 4KHP K; 2B4J A; 3ZX3 A; 4CFB A; 4RW9 A; 1YTU A; 2HNY A; 5JVG L; 3CJA A; 3CJB A; 3CIP A; 4CER A; 4BRF A; 4R79 A; 1BIS A; 1S1W A; 5DMR A; 3D2F A; 4DS5 A; 5BRE A; 3VQ6 A; 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3SAF A; 3KD5 E; 2UYT A; 3CG7 A; 2A1R A; 5C42 A; 4F9O A; 1VRT A; 2IOC A; 4ISE A; 4LFB K; 3CFP A; 2QW9 A; 4RCH A; 3PX0 A; 3UE5 A; 3AVM A; 4YDU C; 2JWK A; 5E41 A; 3VF2 A; 3L0Q A; 4CIE A; 4JI3 K; 1UOC A; 1TYQ A; 4WQ4 A; 4NXM K; 3CHW A; 3DMJ A; 3NH2 A; 1OH5 A; 1TKX A; 3DAW A; 3UKU B; 3BY5 A; 3C65 A; 1KAY A; 1YIJ N; 5M1Q A; 1L3U A; 3QBX A; 4K43 A; 1A5V A; 5AQQ A; 5E26 A; 4IFV A; 1TL3 A; 3FZF A; 3I33 A; 1WAF A; 4CCH A; 2FBY A; 4U67 L; 2WON A; 3V9W A; 3DOK A; 2E1Z A; 1K6Y A; 5C24 A; 4LH4 A; 4FZY A; 1BHL A; 4F8R A; 1SKR A; 4E7K A; 1TUY A; 1S9E A; 5FRO A; 4AM6 A; 4NCG A; 4WFA L; 3CC7 N; 4BRL A; 1YF5 L; 2DTU A; 4A2B A; 3H46 O; 3A5N C; 1GOC A; 4JN4 A; 2J4R A; 2QWR A; 2OZS A; 2IAJ A; 3TAR A; 2E88 A; 1BUP A; 4AM7 A; 5KRS A; 1KQS M; 1VQO N; 4AF1 A; 4U7B A; 4DSI A; 5BR9 A; 3IMX A; 3VQA A; 4Y0W A; 3OJU A; 3QES A; 4HUE A; 2P9N A; 3EN9 A; 2O8F B; 1DGK N; 1KTQ A; 4BR0 A; 4CBX A; 2FSN A; 5HRN A; 2P1J A; 4WQ5 C; 5M1O A; 2D0A A; 4I2P A; 3OS1 A; 3ZEU B; 4FWR A; 1RT4 A; 1QSS A; 1N6Q A; 3VEV A; 3KD1 E; 3VQQ A; 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