2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
3M8RA 1Q8IA 3TAGA 3MEGA 1HQUA 3MXJA 3SUPA 3K2PA 3OYIA 4EP5A 3NGIA 1JLCA 3NE6A 4DF8A 3QLHA 4HVJA 4KTZA 3ZCMA 1ZBLA 1S9EA 5HLFA 1RT4A 2D5RA 2PY5A 1XC9A 4OLBA 4N76A 1G15A 3OYGA 4FJ5A 2G8KA 4YNQA 1CZ9A 1C6VA 3AVHA 1EX4A 3OYDA 2OPPA 1WSIA 3V1OA 2XHBA 4CE9A 4Z0UA 3TANA 2OA8A 4N41A 3PO4A 1WSEA 1HMVA 3PV8A 1WAJA 4C8KA 4KTQA 2PYLA 4Q0BA 5DMRA 3LZIA 1KSPA 1UOCA 4O4GA 4CCHA 1VRTA 2FBVA 4CJQA 1XWLA 4DMNA 3SPYA 4M42A 3KK1A 2IGIA 4Z4FA 1BL3A 4FLVA 3NH1A 3KLFA 1BQNA 4CF9A 1R0AA 2ZD1A 4OGEA 1XI1A 1RBUA 2X6SA 4TSXA 3AVFA 2VG5A 2P1JA 1QSSA 3L8BA 3NCIA 4KI4A 3DLEA 4CF0A 4M3TA 4O0IA 2XO7A 2YKMA 4DTUA 4DFPA 1N5YA 3L2RA 3DRRA 4CGDA 4AH9A 4DFJA 4RG8A 4I2QA 4B8CA 1ZYQA 1TAUA 1S1UA 4ELVA 3HK2A 3RRGA 2AJQA 1REVA 3RMDA 1C0UA 4XIUA 4KFBA 4KO0A 4OLAA 4CIFA 1T8EA 4WE1A 5HRSA 4DSEA 2HMIA 1WLJA 1C1BA 3OS1A 1LW2A 3PX0A 2FC0A 2B4JA 3B6PA 4CFCA 3NGZA 4HTUA 1EP4A 5KTQA 1ZBHA 1IO2A 1VK0A 4MFBA 3TR8A 2HHVA 3QERA 3HVTA 2A1RA 3V9XA 1IKWA 3SUOA 4QCLA 4M3WA 3KKSA 5C24A 1NK5A 1NJYA 1RT7A 4CJVA 4NYFA 3K58A 3EZ5A 5FRNA 3KLGA 1SL2A 1HJRA 2QK9A 4CK3A 2HHSA 2EHGA 3TAQA 1JL1A 2Z1HA 3MXMA 1RBVA 1LWEA 3CFPA 1YTAA 2RN2A 4LD0A 3SV4A 2F8TA 2O4IA 4CGFA 4JRQA 2DFHA 1L3SA 4J2EA 1LAWA 4AHVA 4EZ9A 4OGCA 3QETA 3VA0A 1LWCA 4DQIA 2FBTA 3DYAA 2YV0X 3C6TA 3KD1E 3KD5E 3HPHA 3NF7A 5CY4A 3AVBA 3BDPA 3LPUA 3M8PA 3AA4A 3I0SA 4GVMA 3OYLA 4CESA 1JXEA 3DM2A 4CGHA 1MU2A 2VWKA 4CECA 4UQGA 1HYZA 3HM9A 1C1AA 2DFEA 3HP9A 3K5OA 4BACA 1Z26A 4CJFA 4ZHRA 4PUOA 2E4LA 4ID5A 2D0BA 4M3RA 1FXXA 4B9TA 2Q3SA 1TKXA 4NCGA 4CJRA 1U48A 2F8SA 2KTQA 2HNYA 4B08A 4R5PA 3QEVA 3LP0A 4EZ6A 1YTUA 3HVRA 1BI4B 4PA1A 3TWHA 1IKYA 3V9UA 2QKBA 4FJXA 1CLQA 4LSLA 3BGRA 3DRSA 2DY4A 3LP2A 4CHPA 3L2UA 1VSHA 4I9LA 3B6OA 3G10A 3ZSOA 3HXMA 1ASVA 1TK5A 5E41A 2LSNA 1UWBA 2GV9A 1RT1A 3OYMA 1TKDA 4OKEA 1BIUA 3VQDA 1L5UA 2HHXA 5FDLA 3OYAA 5J2NA 1GOCA 5D3GA 4GW6A 1NKBA 4I7FA 1WSFA 4M3UA 3DI6A 4CIEA 3SJJA 3E01A 3D0PA 4IFVA 4LH4A 1U47A 3HSTB 3THVA 5JS1A 5SZTA 3NDKA 4DQRA 3AA3A 3AO3A 1JL2A 1X1PA 3SYZA 2G8IA 2YNFA 1VSLA 4E7IA 4CJPA 3AVJA 1C1CA 1W9HA 1JLAA 4RW9A 3DLHA 4HCCA 1RDAA 4FJHA 1RCHA 4KHQA 1J9AA 4FW2A 4CGJA 3U3GA 3QINA 4BDZA 3AVIA 2OPSA 4DTPA 4FJMA 3ZSWA 5KRSA 1S5JA 4KTWA 3VQ7A 4E7KA 1RT5A 2YHBA 3C94A 3NGYA 3WNEA 4HCBA 3HL8A 4CHOA 4AHUA 2IAJA 1KFDA 1WN7A 3LDSA 4GMJB 1GOAA 4Z4GA 5C42A 1BI4A 1RNHA 5KGWA 1L3VA 1HNVA 2I5JA 2F96A 3TARA 3OYNA 1QSLA 5C25A 2HHTA 3DRPA 4CJ3A 1U45A 4FJNA 4W5NA 4M41A 2HHUA 4CFDA 1BCMA 5KI6A 1WSGA 1WSJA 2Z1GA 4HUGA 1NJXA 4DSKA 2KFNA 1HYVA 4M3ZA 1NOZA 2WOMA 5FROA 1N6QA 3I8DA 3O3HA 2ITGA 3U3YA 4FVMA 1WAFA 3O4NA 4KHUA 4G1QA 1J54A 2D0CA 1RBTA 3OS0A 4O55A 1RBSA 1KFSA 4C8LA 1ZBFA 3OYEA 3LZJA 4FLUA 3PUFA 4AHRA 4J2AA 3NF8A 3VQQA 4C8OA 3HPGA 5CZ2A 5HRRA 4JS5A 1XHXA 1VRUA 3A2FA 3VQBA 1D5AA 1TK8A 3OVNA 1ITGA 4N47A 4ZTJA 4HUEA 1HQEA 1ASUA 1BISA 2ATQA 3AO5A 3AVAA 5KRTA 4B9NA 1RTIA 3RR7A 1HYSA 2Y1IA 2PZSA 3CFOA 3P83D 2JLEA 3IS9A 1KTQA 5HROA 1BCOA 3CYMA 3L2WA 1D8YA 4CEBA 4DU4A 2P5OA 3OYJA 3T1AA 3JSMA 3AVCA 4E3SA 1GOBA 4F8RA 4IFYA 4PY5A 4FM1A 4E7LA 1Q9XA 4W5OA 3SZ2A 3PY8A 4B3OA 3C6UA 2D0AA 3OJUA 1C0MA 3KKRA 5SWMA 1O1WA 5FRMA 4FYDA 4I2PA 3QEPA 4W5TA 4BE0A 1WNSA 4CFAA 4DTNA 5KGXA 2IS3A 4DU1A 4O44A 4F4KA 1RBRA 3IG1A 5K14A 3L2VA 3QNOA 3RMBA 3L3VA 3RMAA 1X9SA 1NK0A 4FJ8A 2JGUA 2ETJA 4OPKA 1DTQA 1TKZA 3VQ6A 1NOYA 4ELTA 1RTJA 1A5XA 3NF6A 3HJFA 2KQ2A 1S1VA 4W5RA 1NJWA 3TAMA 3M8SA 1NJZA 1B9FA 2X6NA 3DLGA 1EETA 3VA3A 4BE2A 4FXDA 5EU7A 1X9MA 2P51A 4IBNA 1HRHA 1TVRA 4FJJA 3QIOA 4DSIA 4FLZA 2G8VA 1CZBA 3ITHA 3OJSA 4DF4A 5HRNA 1L3UA 3SUQA 1NK7A 4IG3A 4KHSA 1NKCA 3HT3A 2YKNA 3S9HA 4AHCA 1JLQA 2A1SA 4KREA 2VG7A 1U4BA 1TV6A 1Z25A 1NKEA 2QXFA 4DQQA 2OZSA 4OKKA 3LPTA 1BGXT 3CM5A 4RW4A 3I0RA 5JS2A 1SV5A 3V1RA 3OYHA 3IAYA 4DLEA 4L8RB 1RDBA 4CK2A 4LSNA 4CHNA 1VSEA 3LWMA 4DTJA 3CQ8A 4AHSA 2OYQA 3ZT3A 3AO2A 3KLHA 3DOLA 3ZSQA 1FK9A 3FFIA 3IRXA 3VQ4A 3LWLA 4DS5A 3KK3A 3DOKA 3OYKA 3CM6A 3VQPA 3VQEA 4BDYA 1UA0A 1X9WA 4FK4A 3NH0A 3VQ9A 4KAZA 1BIZA 1KVBA 2GBZA 3O4QA 3K57A 3K5LA 1TGOA 2X74A 4KRFA 1SUQA 4FCYA 4CEAA 3U6FA 4IDKA 1YVUA 3HYFA 4CHQA 5J2PA 1JLFA 2G8HA 3CFRA 1JLEA 4FJKA 1S1XA 4Y1DA 4C8NA 1NK4A 1L3TA 4IKFA 1UAXA 1S1TA 4CJEA 2G8FA 2YNGA 3DLKA 4RW6A 4FK2A 3C95A 3AVMA 4CK1A 3V9WA 4AILC 3SQ0A 4FZYA 3MEDA 3AA5X 4CEDA 1RTDA 4IG0A 3LAMA 3VN5A 3SQ2A 2W42A 2IDOA 2BDPA 4CEQA 1HPZA 4CEEA 1S6PA 3PX4A 4KB1A 1IKVA 3T3FA 4NCAA 2E6MA 3MECA 4OJRA 4RW8A 1U04A 2XY6A 5J1EA 4KB0A 3V6DA 4EP4A 3ULDA 2YHAA 3G0ZA 3S3MA 3ISNC 2G8UA 4CHYA 3AO4A 1EKEA 2G8WA 1ASWA 3RRHA 3P5JA 4CF2A 5CYMA 1JLGA 4K8XA 3RMCA 4RW7A 3OYCA 1RTHA 1RDDA 3LP3A 3QEIA 4E1NA 4M3YA 1VSKA 3VQAA 1TAQA 1A5VA 3V1QA 1S1WA 4OVLA 4CF8A 3O3GA 3KTQA 2ZQBA 4OPJA 1FKPA 3AO1A 3KIOA 2O4GA 5T7BA 3K5NA 3K59A 4DTMA 3K5MA 1BHLA 3QEXA 1NK6A 1C0TA 2Z1JA 3SPZA 1RT6A 4FJIA 5HBMA 1J53A 3ZT0A 4KHYA 3AVKA 4JS4A 3SUNA 1SL0A 1TKTA 1VSIA 1EXQA 4FJGA 2XY8A 2HHQA 2NUBA 1J5OA 4FJLA 4BWJA 2VWJA 4BDPA 4CJTA 4DTSA 3ZT1A 3F73A 4CGGA 4C8MA 4J2BA 3VQ5A 3V81A 4DSFA 4AHTA 1WSHA 1BQMA 4JRPA 1A5WA 4H4MA 1KLMA 1KLNA 4YFUA 1T05A 1VSJA 3DLRA 3ZT4A 4CEOA 1T03A 4CJWA 4KI6A 1B9DA 1KVCA 4FJ9A 3TABA 4BE1A 2HVIA 4DSJA 2X78A 3NH2A 4CJSA 2Z1IA 1NK9A 3ASMA 4DSLA 4JLHA 1JKHA 5HP1A 4FZZA 3S3NA 1QE1A 4KKOA 4E19A 3SQ4A 3AVGA 4DQSA 4CJ5A 4FK0A 3QEWA 3AV9A 3MEEA 1I3AA 3NHGA 3P1GA 3LP1A 4DTXA 5J2QA 3H08A 4H4OA 3SNNA 1ZBIA 3L3UA 3L2QA 3TAEA 1YT3A 3RR8A 4FLXA 4DU3A 3KK2A 3WNFA 3ZSZA 1RT2A 2E6LA 4E7HA 4Z4HA 3KLEA 2XY7A 5I3UA 3PO5A 3AVLA 4B8AB 4B9LA 4F2SA 1Q9YA 3AA2A 3V9ZA 2HHWA 1VSMA 4CFBA 3RTVA 3RWUA 2ZE2A 2BANA 3NF9A 4N5SA 1LAVA 4HUFA 4FLWA 4B9MA 4ICLA 4OKJA 4BWMA 4DTOA 3D45A 5CYQA 1D9DA 4DS4A 1CXQA 4H8KA 4E0DA 3LAKA 3VQCA 2R7YA 1LWFA 1VSDA 4M45A 3HP6A 4DFKA 2HNZA 3TI0A 1Y97A 4F3OA 5CZ1A 1TL1A 1RT3A 4FW1A 4E7JA 1F21A 2GUIA 2YNHA 4B9UA 4B9SA 3V9SA 4HHTA 1U49A 3SV3A 1SKSA 4DFMA 4F3TA 1TL3A 3SI6A 2P5GA 4CGIA 1B92A 3ZT2A 1QS4A 4CHZA 3SQ1A 1FKOA 1NK8A 1TK0A 1KRPA 2HW3A 3KJVA 4FM0A 4O0JA 3TAFA 1RILA 2XY5A 4KPYA 1UA1A 3HO1A 1LW0A 2BE2A 3UIQA 4M3XA 2IOCA 2DTUA 4Y1CA 2HB5A 3EYZA 5DK5A 4E1MA 4N56A 1IG9A 4FLYA 4K8ZA 2HVHA 3QIPA 4PWDA 4Z4IA 2FBXA 4ID1A 1HNIA 1QSYA 4Z4CA 1DTTA 3EY1A 1QTMA 4QOZB 2Y1JA 4CEZA 4CF1A 1ZBUA 4QAGA 1QHTA 4CERA 2RKIA 4W5QA 3SCXA 4F2RA 1JLBA 3CG7A 3AVNA 2BGGA 1IH7A 1D9FA 1LV5A 3O3FA 1W0HA 5HRPA 3JYTA 1T7PA 4LY7A 2OZMA 3T19A 4CJKA 4PQUA 4FM2A 2DFFA 4LH5A 3LALA 4FZXC 1SKRA 1RDCA 2B5JA 5J2MA 3ZSXA 3OYFA 4FLTA 2FBYA 2XRIA 4DTRA 4DWIA 1S6QA 1XHZA 4KV8A 2OPQA 1I39A 2VG6A 4O5BA 1VSFA 4Q5VA 3NAEA 5I42A 3F9KA 2PYJA 4KHNA 1S9GA 4CIGA 3ZSRA 2KFZA 4CJUA 4B9VA 4FJ7A 2OPRA 3ALYA 3NFAA 4J2DA 3OYBA 3DLBA 2KZMA 2KZZA 3MXIA 2IC3A 3PX6A 2WONA 1DLOA 4CEFA 2KW4A 3WNGA 4DG1A 1K6YA 4CJ4A 2EX3A 2RF2A 3WNHA 3ZSVA 4E89A 3MAQA 4ELUA 3M8QA 4NCBA 1QQCA 2YNIA 3OY9A 4ZTFA 4DQPA 1SL1A 1KVAA 3V4IA 1SKWA 4I9QA 2RPIA 3QESA 4Z4EA 1KCFA 3QNNA 3QO9A 3DMJA 3S3OA 3KLIA 4DLGA 1IKXA 3VQ8A 3ZSYA 4CJLA 2HNDA 2QKKA 3LANA 4KHWA 3NBPA 3TAPA 2B6AA 4MQ3A 1JXBA 3OS2A 1CXUA 3HPOA 4NYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOXA 3OYIA 5KQ8A 4JK9A 3NE6A 5E84A 3A5OC 3ZCMA 1YHQN 1G15A 2G8KA 2XHBA 3CCUN 4UY8O 3C6HA 4MDAA 4N41A 2Q1NA 5AQHA 1HMVA 3PV8A 4KTQA 4Q0BA 2PYLA 3UE5A 3VEZA 3O4WA 4CCHA 5BN8A 4WQ5A 4C1NK 3ZX3A 3KZBA 5LMUK 3DLEA 4M3TA 2E20A 3VMFB 3D2EA 3L2RA 2FSJA 3RRGA 1REVA 3P4IA 4FPBA 2P9SB 5HRSA 2W41A 1IG9A 3OS1A 3PX0A 1LW2A 3FFKB 3TR8A 3R8EA 1QHAA 5C24A 3K58A 3KLGA 2YX6A 4CK3A 5M1FA 3VENA 1JL1A 4K42A 3ZETB 3MXMA 3CFPA 2RN2A 2F8TA 2O4IA 4U67L 1L3SA 3QETA 4DQIA 4FVUA 3W0LA 4WCEL 4WF9L 4DR4K 4DR1K 3HPHA 5CY4A 3SK3A 2RHKA 4YDUA 3D2FB 1TUYA 5GAHP 4CGHA 3DM2A 1HPMA 2A3ZA 2DFEA 3CJBA 4CJFA 4PUOA 1HKBA 2E88A 4ID5A 4CZIA 4NCGA 3ZYYX 3ZEUB 4B08A 3LP0A 3HVRA 1BI4B 4PA1A 4OPHA 5F1XA 2P9SA 3BGRA 3DRSA 4CHPA 3L2UA 3B6OA 1OVQA 1WB9A 5E41A 2UXDK 3TSUA 2GV9A 1RT1A 1TKDA 3PSFA 4FWSA 4XH5A 1L5UA 1X3NA 3GOIA 3J7AP 5J2NA 5D3GA 1WSFA 3SJJA 4ILJA 2HF4A 4RWTA 3MX5A 3NDKA 1JL2A 4CJPA 1C1CA 4HCCA 1JLAA 4RW9A 4B3TK 1RCHA 3D2FA 4FPAA 4QS8A 3RSEB 3R3LA 1RT5A 2IVPA 4BROA 3ENOA 4CHOA 3H6EA 5GAEP 1KFDA 4GMJB 3ZEUA 1BI4A 1WOQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3CHW A;  4IG0 A;  3TU5 A;  3VN5 A;  4CEE A;  1T44 A;  3PX4 A;  4KB1 A;  3MEC A;  4A61 A;  3CC4 N;  4KB0 A;  4DUY K;  5M1Q A;  2NRW A;  3AO4 A;  4GVE A;  4DR5 K;  2ZJR L;  3M3Z A;  3RRH A;  2QA4 N;  2NRV A;  4B1U B;  1RTH A;  4X65 K;  1A5V A;  1S1W A;  4OVL A;  4I6M B;  5C15 A;  3K59 A;  3K5M A;  1BHL A;  4JYA K;  4BRP A;  1GLJ O;  1M90 O;  1TKT A;  2AP1 A;  3U9D A;  1EXQ A;  3M6G A;  5BRD A;  4BWJ A;  4H03 B;  3MN7 A;  4YDU C;  4CGG A;  4J2B A;  4DSF A;  5AQU A;  3CCJ N;  2HMP A;  4CEO A;  4CJW A;  1B9D A;  3TAB A;  4MLH A;  5IWA K;  4FOE A;  4DSL A;  2NRR A;  4WFA L;  4E19 A;  3SQ4 A;  4LF8 K;  1NGF A;  4C1N I;  4H0Y B;  3PIP L;  3AV9 A;  1I3A A;  2F9T A;  4JI8 K;  5AQL A;  4JV5 K;  3H08 A;  4H4O A;  4JAX A;  4FWQ A;  3L3U A;  4NB4 A;  4BQL A;  1VQ5 N;  2QWN A;  2E6L A;  4BRG A;  3PO5 A;  3C0B A;  5FPM A;  4F2S A;  3SAH A;  3AA2 A;  1VSM A;  4FWO A;  4FLW A;  1LAV A;  1NGI A;  4BC3 A;  4ICL A;  2O8F B;  1ESV A;  4BVO A;  1VHX A;  4NLC A;  5AQZ A;  1CXQ A;  4JKE A;  5CZ1 A;  4FW1 A;  2HF3 A;  4CZF A;  2GUP A;  2V7Z A;  3ENB A;  2GUI A;  3F5T A;  5AR0 A;  1V4S A;  1Z05 A;  2P9N A;  4DFM A;  4F3T A;  2P5G A;  4FO0 A;  1NMN A;  1QS4 A;  1NK8 A;  3T1H K;  1MDU B;  4H5W A;  4FM0 A;  4O0J A;  1K8K B;  4KPY A;  1LW0 A;  2HB5 A;  4OO1 J;  2HVH A;  4K8Z A;  3QIP A;  4Z4I A;  4ID1 A;  2QWL A;  4Z4C A;  2P9K A;  2Y1J A;  4K43 A;  3WXL A;  1ZBU A;  4F2R A;  1D4X A;  3CG7 A;  2E1Y A;  3O3F A;  1W0H A;  2CH6 A;  5AQV A;  5HRP A;  3A5M C;  2NRZ A;  3KWG A;  4CJK A;  4PQU A;  2F7T A;  1SKR A;  5J2M A;  1NGA A;  2XRI A;  4DTR A;  4CZL A;  1I39 A;  1N8R O;  1VSF A;  3CER A;  3VEV A;  4DR7 K;  3ZSR A;  3ALY A;  1Y64 A;  1RFQ A;  2KHO A;  2IC3 A;  3M5R A;  2KW4 A;  1K6Y A;  4H0T B;  2HBK A;  2VQF K;  1KCF A;  3S3O A;  3O5B A;  4DLG A;  3ZSY A;  3CC2 N;  2HND A;  1NMD A;  4BRC A;  3NBP A;  2E8A A;  4MQ3 A;  2WFB A;  4OPA A;  3HPO A;  4NYN A;  3E9O A;  5AQN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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