2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
3K58A 3SUNA 3BDPA 4DTNA 3L2UA 4I9QA 2KTQA 3OYLA 1RBSA 4CF2A 4W5QA 3I8DA 1TGOA 3HVRA 3CFPA 1U45A 1SKWA 3KD1E 3HSTB 4J2AA 4LH4A 3C6TA 4DLEA 1RDAA 4HVJA 4FJKA 3HL8A 1BIUA 3BGRA 2ZD1A 3VQ8A 4CJWA 4CHQA 4MQ3A 3L2VA 1WSGA 3L3UA 3NHGA 2Q3SA 4R5PA 1D8YA 4LSLA 2GV9A 1RT1A 2IGIA 4WE1A 5C24A 3K5NA 4DSIA 4PWDA 2RF2A 4KO0A 3LAKA 3VQ6A 3TAEA 2D0BA 3HPHA 1TKTA 3U3YA 5FRMA 1WN7A 3PX0A 3O4NA 4B08A 4W5RA 2XY8A 4HTUA 3AVJA 1J54A 3LP1A 5E41A 2VG6A 4B9NA 4N56A 1C0UA 2Z1GA 2ETJA 1VSMA 2BE2A 4UQGA 1SKSA 2PYLA 1C1AA 3ZSOA 2WOMA 3VQCA 4CJUA 4FK2A 2D0CA 4IFVA 1NK9A 3OY9A 3HYFA 3OVNA 1ZYQA 3AVMA 2Z1JA 4M3YA 4FJ7A 4B9VA 3MEDA 3KK3A 5CZ2A 1S1UA 2B4JA 4EZ6A 1RILA 4F2RA 3OYGA 1CZ9A 1RBVA 2E6LA 4I7FA 4KTWA 4O44A 4CHYA 4DTMA 1LW2A 4CJ3A 3L2WA 4BE2A 3QNOA 2RN2A 4DWIA 4F3OA 1U4BA 3TAMA 1JLGA 1RTHA 2DFHA 4Z4CA 5C42A 2VWJA 1S6QA 4EP5A 4E0DA 2HHVA 4FJ8A 3M8QA 3T19A 3ASMA 1IKVA 1FKOA 5CY4A 3LANA 1XHZA 2F96A 3OYCA 4CEFA 4HUGA 4CCHA 2KQ2A 3RWUA 2XHBA 4JRPA 1UA1A 2BDPA 4Z4IA 4FLYA 4Z0UA 3G10A 4DG1A 3SQ4A 4B9SA 3OYKA 3OJUA 3CM6A 4FZZA 4B8CA 4CFBA 3MXJA 3V9WA 4B9LA 4CJPA 3JSMA 1S1XA 1RTDA 3KK2A 1DLOA 1TKXA 3DLGA 1I39A 5HRPA 1LV5A 1TK5A 4M3WA 1NJYA 3AVGA 5J2NA 2G8HA 1KRPA 2YNHA 3QEXA 1BI4B 3VQDA 2OZSA 4CFAA 3SI6A 1U49A 1RBTA 3DMJA 3LZIA 3TAQA 2WONA 4ZTJA 3OYFA 3AO4A 1ZBFA 2QKKA 3DLRA 3HXMA 3AVKA 1IO2A 1HQUA 1RT4A 4M45A 5KTQA 3KLGA 3RRHA 1QQCA 1D9FA 2YV0X 4E7IA 2HNZA 3LZJA 4DMNA 4JRQA 5J2MA 1N6QA 2G8KA 1CXUA 4NCBA 5HRRA 1VSEA 2XY5A 4KHSA 3NF6A 4O0JA 3NGYA 5CZ1A 2HNYA 1QSYA 1MU2A 4OGEA 3QINA 3AVLA 1O1WA 1JLEA 2A1RA 2ITGA 3LP0A 3RR8A 1S1VA 1BQMA 1IKXA 4OKKA 1XHXA 2JLEA 3NF7A 3QIOA 4RW4A 4AHUA 4RW6A 4CEZA 3O3HA 4JS4A 3TAGA 4FJNA 4B9UA 4CGFA 3SV3A 3SJJA 2JGUA 3O4QA 1HRHA 3DOLA 2DFEA 3U6FA 1D5AA 4CK1A 1WSHA 4DQQA 4YNQA 3PO5A 3HK2A 3KLFA 4F4KA 4N76A 3VN5A 4CE9A 2VG7A 1X9SA 4KREA 3AA4A 3AO3A 4JS5A 4DQSA 4W5OA 4FJIA 4KTZA 4Z4HA 1JKHA 1IKYA 1B9DA 2VWKA 3AVNA 4OKEA 4AHVA 1QSLA 1TVRA 1UOCA 5D3GA 1BISA 3MXIA 2XO7A 4E7KA 3QEIA 4CHPA 2VG5A 3DM2A 1JL2A 3ZSWA 4OPKA 4W5NA 4KHWA 1KFDA 4BDPA 2IOCA 2X78A 1T8EA 3C6UA 3SQ2A 1TL3A 2XY6A 3RR7A 3QEPA 3I0SA 3KKSA 3VA0A 1UAXA 5FDLA 3ZT2A 4FJ9A 3OS2A 3ZSZA 3AVBA 3K5LA 4CF8A 4DTOA 4M3XA 3V81A 3M8PA 3QLHA 4CJRA 2YHAA 4CFDA 3L8BA 4FM1A 3ALYA 4FK4A 3SUPA 3K5MA 1WAFA 4FZYA 2KZMA 5JS2A 1D9DA 4DQRA 4FJXA 4Q0BA 4CJLA 3AV9A 3CM5A 2OPRA 3SQ1A 1C0MA 4ID5A 2X6NA 5SZTA 4KI6A 3IRXA 4FJLA 4KRFA 3KLHA 4CHZA 3ZT1A 1ZBLA 1NJWA 4K8ZA 4OLAA 3P83D 3B6PA 1KSPA 3L2RA 1ASVA 1RTIA 4E3SA 3THVA 4DSFA 1U48A 2HB5A 1CXQA 3I0RA 3LPTA 4NCGA 4TSXA 3V9SA 1EETA 3AO2A 4I9LA 1C1CA 4FVMA 1NJXA 4G1QA 3SQ0A 5DMRA 1RBUA 2FBXA 3PV8A 2P5GA 4HCBA 1WAJA 3ZT3A 4N47A 1RT3A 3KIOA 3ZT0A 3AVIA 4EZ9A 1T7PA 1S9EA 3DLKA 3CFOA 1WSEA 2IC3A 3OYEA 4I2QA 4IG3A 3AVFA 4M42A 3DLHA 1YVUA 2P51A 2I5JA 4RW9A 3PX6A 1JLAA 1WLJA 2G8WA 1RDCA 1ASWA 1KCFA 1Q8IA 4CF9A 4DFMA 2PY5A 4DU4A 4ZTFA 3LPUA 3QIPA 3KLEA 4CECA 5CYMA 3VQBA 1X9MA 4FJMA 4MFBA 4BACA 3V4IA 4H8KA 1VK0A 3AA2A 2OPPA 3AA5X 1NKCA 3TABA 2ZE2A 3CYMA 4CIGA 3SPYA 4C8OA 3S3MA 4H4MA 4GMJB 1RT7A 4KPYA 1JXBA 1JXEA 3H08A 3OYBA 3HP6A 4DLGA 3KLIA 3QNNA 2DTUA 3C94A 4DFPA 3K2PA 3VQPA 1VSJA 3SV4A 3EYZA 1T03A 4DSKA 3TANA 2D0AA 3PUFA 1Q9XA 4CFCA 2O4GA 4FCYA 5SWMA 1VSDA 1TL1A 1VRUA 2NUBA 4ZHRA 1K6YA 2QXFA 3LWLA 2LSNA 4CEDA 4DTSA 2AJQA 4J2EA 4KFBA 3RTVA 1BIZA 1Q9YA 4DS4A 2IAJA 1TKDA 4CEEA 1VSFA 4BDZA 1KTQA 2IDOA 1QE1A 2FC0A 4AHSA 1S5JA 4Y1CA 3G0ZA 2IS3A 4KB1A 3M8RA 1FK9A 3D0PA 1SL0A 3SUQA 1X1PA 5HRNA 3ITHA 1TAUA 4ELTA 2G8VA 1UWBA 2FBVA 3V9UA 4OLBA 4PY5A 4YFUA 1NJZA 3QESA 3PY8A 1J53A 5EU7A 3S3OA 1SV5A 4E7HA 3WNGA 4LY7A 4CJSA 3OYIA 4KV8A 3OYAA 5HLFA 1JLCA 4IBNA 4E1MA 5KGWA 4GW6A 2EX3A 2HVHA 1LWFA 3S9HA 4KB0A 4KHNA 4CIFA 4C8MA 1LW0A 4CK3A 1WSIA 3LALA 4CGHA 1XI1A 3M8SA 4FLXA 3NH2A 1W9HA 4M3ZA 3VQEA 4DF8A 3ZSVA 1RBRA 4FLUA 2Y1JA 3ZSYA 2HHUA 1BL3A 3NFAA 4CEAA 2HNDA 4BE1A 1RT2A 3CQ8A 5I3UA 1C1BA 1JLFA 3F73A 4N5SA 4RG8A 1U04A 2G8IA 4Y1DA 2FBTA 2F8TA 1SL2A 5I42A 3TARA 1KVBA 1WSJA 3ISNC 4CF0A 4PUOA 2HW3A 4CJ5A 2B6AA 3MEGA 3L3VA 4BWMA 4IDKA 3MAQA 2B5JA 3SYZA 1YT3A 2GUIA 5T7BA 3QETA 1VSIA 4CGIA 3V6DA 4FM0A 1NKEA 1L3UA 3PX4A 3LDSA 4B3OA 4KI4A 1EX4A 2YHBA 3B6OA 3NF8A 4M41A 3WNEA 3ULDA 4BE0A 1VSKA 3DRRA 2PZSA 4QAGA 4FJ5A 3OYHA 2E4LA 4QCLA 4B9MA 3ZSRA 4DTRA 1Z26A 4CJVA 1ITGA 3HPGA 2EHGA 1R0AA 1W0HA 3LP2A 4F2SA 5KI6A 5J1EA 1RDBA 1ASUA 1LAWA 3DI6A 4OPJA 2O4IA 3NF9A 3HP9A 2A1SA 3OYNA 3AVCA 3L2QA 3RMCA 4KAZA 3QO9A 2YNFA 1HYZA 4CERA 1GOAA 1YTAA 3WNFA 2XRIA 4E7JA 1HNVA 5J2PA 1FXXA 4FLTA 3SNNA 4DTXA 4ELUA 4DF4A 5FRNA 2YKNA 3OYDA 1KFSA 1VRTA 2FBYA 3RMAA 4E1NA 2HHXA 3MXMA 4B9TA 4L8RB 4I2PA 3RMBA 2GBZA 3V1QA 1KLNA 4C8LA 4PQUA 1NK6A 2YNIA 4OJRA 3OS0A 1CLQA 1CZBA 3P5JA 2F8SA 1I3AA 4QOZB 4DTPA 4CJTA 3S3NA 4CJFA 4O55A 1U47A 3VQ4A 1LWEA 4LSNA 5HBMA 3CFRA 4HUFA 1JLBA 4B8AB 3VQ7A 1QHTA 2W42A 2BANA 3VQAA 1F21A 3ZCMA 4M3RA 4KHYA 4DSEA 4OKJA 2HVIA 4J2BA 1BCOA 1B9FA 4FLZA 3OJSA 1S9GA 4CIEA 4O4GA 3CG7A 1KVCA 1SKRA 3T3FA 2RPIA 3DRSA 5HP1A 1ZBUA 3LP3A 4CEOA 1NK8A 1ZBHA 2DY4A 3LAMA 1HMVA 1TKZA 1UA0A 1T05A 1RTJA 4Z4FA 4AHTA 4CGDA 3WNHA 3TAFA 3DLBA 3HPOA 4FJGA 1RDDA 3UIQA 2BGGA 5KRTA 4DQPA 3ZSXA 1GOBA 3V1OA 3OYJA 2HHSA 3TI0A 5KRSA 1BI4A 3QERA 4N41A 1IG9A 1N5YA 4Z4EA 1NOZA 3ZSQA 1VSLA 1J9AA 1EP4A 4CGJA 2HHQA 4NYNA 5DK5A 4JLHA 4KKOA 4GVMA 4DSLA 1BHLA 3NDKA 2YNGA 4AHRA 3HO1A 2XY7A 1C6VA 1RCHA 5HROA 1HPZA 4DU3A 4CESA 4LD0A 1IKWA 3VQ5A 3VQQA 4DFKA 4FJHA 3K59A 3LWMA 1JLQA 3F9KA 2KW4A 3MECA 4F8RA 2QKBA 5C25A 4O0IA 2KFZA 4AILC 3K57A 4M3UA 4XIUA 4HHTA 1L5UA 4DU1A 4F3TA 1NOYA 5JS1A 4CF1A 4IFYA 1WNSA 1REVA 4CJEA 3PO4A 3IS9A 1L3TA 1QSSA 2QK9A 4OVLA 1X9WA 1NK0A 3EY1A 2DFFA 3SCXA 4ID1A 4IKFA 1NK7A 3E01A 4BWJA 4M3TA 4E89A 1Y97A 1S1WA 1QTMA 3HJFA 1YTUA 4FW1A 4KHUA 5KGXA 1SL1A 4RW8A 3NBPA 2OPSA 3MEEA 3DLEA 3NE6A 1RNHA 1G15A 4CEBA 1FKPA 3NGIA 3V9XA 4HCCA 3P1GA 4CHOA 4DSJA 3KJVA 2ATQA 3TR8A 1HJRA 1L3VA 4DTUA 2X6SA 4OGCA 3QEWA 3IAYA 3DYAA 3KKRA 1KLMA 3AVAA 4CEQA 3OS1A 5K14A 3RRGA 4Z4GA 4FYDA 3FFIA 2X74A 5J2QA 3A2FA 1HNIA 1BCMA 3D45A 1DTQA 1NK4A 4HUEA 4FW2A 2KZZA 1VSHA 1HQEA 3AA3A 1L3SA 3SUOA 1TK8A 2Y1IA 4ICLA 4CHNA 4AHCA 4KHQA 3KK1A 1TK0A 2HHTA 3SPZA 3O3FA 3TWHA 2OA8A 2P5OA 4FLVA 4J2DA 4KTQA 1EXQA 1IH7A 4PA1A 3V9ZA 2ZQBA 4FZXC 2RKIA 1SUQA 4CGGA 3EZ5A 1S1TA 2R7YA 2G8UA 1S6PA 2G8FA 4FK0A 3OYMA 4CJ4A 4DQIA 1KVAA 4CK2A 4E7LA 3U3GA 3O3GA 4DTJA 3KTQA 2OZMA 1JL1A 1C0TA 1LAVA 1J5OA 2PYJA 3NGZA 1DTTA 1A5WA 3K5OA 4DFJA 5FROA 3V1RA 4FLWA 4AH9A 3NCIA 1ZBIA 4DS5A 2D5RA 3HVTA 4RW7A 2HMIA 1HYSA 2HHWA 4O5BA 3SZ2A 3VA3A 4EP4A 2OPQA 1EKEA 3T1AA 1NK5A 2Z1IA 3AO1A 1QS4A 4W5TA 2Z1HA 1BGXT 1TV6A 4CJQA 2YKMA 3AVHA 3NH0A 3HM9A 4FJJA 1WSFA 2OYQA 3AO5A 3HT3A 4E19A 4K8XA 1RT5A 3DOKA 4FXDA 4IG0A 3QEVA 1RT6A 4BDYA 4CJKA 3KD5E 1HYVA 1GOCA 1A5VA 3DRPA 3ZT4A 1NKBA 4NYFA 1XWLA 3VQ9A 4H4OA 1BQNA 1XC9A 5CYQA 4FM2A 5HRSA 3JYTA 2P1JA 3IG1A 3TAPA 3RMDA 3NH1A 1LWCA 2KFNA 1Z25A 2E6MA 4C8KA 3C95A 4NCAA 1TAQA 3NAEA 4LH5A 4Q5VA 4C8NA 4ELVA 1A5XA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEOA 3NMUA 5LMNK 2KTQA 5GAHP 4CF2A 4W5QA 2P9SB 2Q0UA 3KD1E 4FJKA 3BGRA 3VQ8A 4MQ3A 3L2VA 2Q3SA 4JI0K 4WE1A 4DSIA 3K5NA 2RF2A 2GWJA 3VQ6A 3HPHA 2EWSA 5LJWA 1J54A 3LP1A 4N56A 4QS9A 4JI6K 5GINA 4UQGA 2BE2A 2PYLA 2O8FB 5AQZA 1E4GT 3HYFA 3TTFA 1VHXA 4FJ7A 3KK3A 3ULEB 4B3TK 1BO5O 4QS8A 1LW2A 3N4QA 1TYQB 3TAMA 2VWJA 4JI5K 1S6QA 4H0OA 1QZ6A 3ASMA 3LANA 2F96A 4CEFA 1XMQK 4FWPA 2XHBA 4JRPA 4Z4IA 4B9QA 3LDQA 3OYKA 3OJUA 4B9LA 2E20A 3WEEB 5HRPA 1LV5A 1TK5A 5C15A 3P38A 3P31A 3VETA 2P9IB 1DGKN 3SK3A 3QICA 3A5NC 3TAQA 3DMJA 2WONA 3SJHA 3AO4A 3U4LA 2QKKA 2FSJA 3AVKA 4DR2K 1RT4A 3KLGA 4G9ZA 4E7IA 1EO1A 4KHSA 2XY5A 3NF6A 3ZEUB 1QSYA 3ID6A 1MU2A 4OGEA 3QINA 1O1WA 2ITGA 3NVMA 4AHUA 3NF7A 3KZBA 2NRHA 2JGUA 3O4QA 3S41A 1BDGA 4PKGA 1WSHA 3PO5A 4CE9A 4KREA 1ZXOA 4JS5A 1SAZA 1YITN 2CH6A 1TUYA 1QSLA 4DV5K 1BISA 2XO7A 4E7KA 3VEXA 4OPKA 2HF4A 2IVPA 4KHWA 2IOCA 1T8EA 3C6UA 3SQ2A 3RSEA 2XY6A 2ZJRL 3I0SA 4JKGB 1NWKA 3SAFA 3LM2A 3J7AP 3ZSZA 4JYAK 4CF8A 3H3OB 2QWLA 3L8BA 3ALYA 4BGBA 4FZYA 3TU5A 1D9DA 4EFHA 1WUAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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