2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
4W5QA 4BDYA 5KRTA 4CHPA 2KZZA 1B92A 3SCXA 1TKZA 4PQUA 1LW2A 1TL3A 2A1SA 4OGCA 3OYJA 4AHTA 1QSSA 3KK3A 4DU3A 3L2VA 4HVJA 3LWMA 1N6QA 3KLIA 1NK7A 3HT3A 1U48A 4Q5VA 2WOMA 4E7LA 4E89A 4Z4IA 4O0JA 4DLEA 3DMJA 1WNSA 3CFRA 4DFPA 2G8UA 3OS2A 1U4BA 1SL1A 3D0PA 4DQRA 1RDBA 5FROA 1L5UA 1IG9A 4NCBA 1C1AA 4CEBA 1IKXA 3NF7A 3OY9A 2DTUA 5FRNA 5KRSA 1QHTA 1QSLA 1MU2A 3RRHA 3SPYA 4JS5A 4CJLA 2OPSA 1CZBA 2YKMA 1SKRA 3M8SA 3AA3A 3V4IA 3SQ2A 3DLHA 4F3OA 4NYNA 1C6VA 4DU1A 2DY4A 1BQMA 4GMJB 3MEGA 5C42A 3F9KA 1TKDA 3ULDA 4AHSA 4DSLA 3O4QA 3LANA 1J9AA 4GW6A 1GOBA 4Y1CA 4CFBA 3AVGA 1XHXA 5CYQA 3AO5A 3LPTA 4FM2A 1HPZA 4LY7A 1XI1A 3HPOA 4KHWA 3SYZA 3ALYA 3L3VA 4DWIA 3VQ5A 2VWJA 2E6MA 3V6DA 2OZMA 4CF0A 3KTQA 1WSHA 3CM6A 3TABA 4M45A 3G0ZA 4CJEA 1UOCA 1TL1A 3AO1A 3DRPA 3QLHA 4FM0A 4CEZA 4FK4A 1DTQA 1S1WA 3RWUA 3ZSQA 4DTUA 3TANA 1HYZA 4L8RB 2JGUA 3H08A 3BGRA 4CK3A 1NJZA 3LALA 4M3TA 2PZSA 2QKBA 2HHUA 4HUFA 2HNZA 4KHUA 4FLXA 4AHVA 2OPQA 1QS4A 4IFVA 1NKCA 4LSLA 1HMVA 2B6AA 4LH4A 1VSMA 4OKKA 3VQAA 1GOCA 1ITGA 1WN7A 4CJRA 3MAQA 1TK0A 4BDPA 4J2BA 3QEVA 2IC3A 5J2QA 4F4KA 1XWLA 4ELTA 4HUEA 4CEOA 3OVNA 2OPPA 4DTJA 2ETJA 5K14A 2HHSA 4XIUA 1HJRA 5HRRA 3KKSA 4M3WA 4OLBA 4M3RA 3OYBA 2G8WA 4BE0A 4RW9A 2OYQA 3VQDA 4FJMA 4PA1A 1RDDA 5C25A 4OVLA 3IS9A 3VN5A 3OYAA 3PX6A 3C6TA 4F2RA 3SUNA 4KHNA 4KI4A 4CEQA 3CM5A 3NAEA 4FZZA 3SQ4A 1CZ9A 1RILA 3HM9A 3DLGA 4WE1A 4CECA 4FLYA 4ELUA 3LP2A 3OJSA 4FCYA 4HCBA 3DLRA 5HROA 4J2DA 4FJ9A 1D5AA 3ZSOA 3DOKA 2XHBA 5DMRA 3OYLA 2RPIA 4DTPA 3S3NA 2ZD1A 4Z4GA 1RTJA 4DMNA 1KRPA 3RR8A 2OPRA 4FK0A 3VQBA 3P1GA 4FK2A 1BISA 4BACA 3S3MA 4JRPA 1U49A 4QAGA 4DTNA 3WNHA 3K2PA 4O44A 1KTQA 4CK2A 3M8RA 3ITHA 3SI6A 5SWMA 1ZBHA 3RMBA 4LSNA 4CJ3A 1JLEA 3AA2A 3THVA 3HO1A 4AHUA 3OYMA 4DF8A 3AVFA 4Z4CA 4UQGA 1Q9XA 1W0HA 1D8YA 3KJVA 1NK4A 4FW2A 3HK2A 4B9LA 1JLCA 2YNIA 3CYMA 5KI6A 1HRHA 1RNHA 1TK8A 3C95A 3L2RA 1RBVA 4O4GA 4RW4A 3SUQA 4CJ4A 2R7YA 3LPUA 2B4JA 2F96A 1NOYA 3SQ1A 3PY8A 4K8XA 2ITGA 3V9SA 1O1WA 4CGDA 4FVMA 1EETA 1I3AA 3D45A 3KLEA 3I8DA 3EY1A 4AHRA 4ID1A 3L8BA 2RN2A 3KKRA 3OYGA 4DQQA 1BGXT 3K57A 1WLJA 3DRRA 3NBPA 4H4MA 2IDOA 4M42A 4M3ZA 1RBTA 1EP4A 2G8FA 3IG1A 1S5JA 1RBUA 4I7FA 1JXBA 4IG0A 3O3FA 4CHYA 5FRMA 3QERA 1W9HA 1CLQA 3L2QA 3PUFA 4RW8A 2P51A 1Z25A 4KV8A 3ZT2A 1UA1A 1X9SA 1NK0A 4KREA 4FLVA 4DS4A 1KFSA 4CHNA 2FBVA 3SV3A 2EX3A 3AVIA 3NF8A 2XO7A 3KLHA 1U47A 2BGGA 2HB5A 3V9WA 4MQ3A 4CGIA 2X6NA 3NGZA 2HNYA 2GV9A 3FFIA 4NCAA 1EXQA 4NCGA 2VWKA 3RMAA 1KVBA 2IS3A 4HUGA 1NJYA 1TV6A 3OYKA 1A5VA 3LZJA 4FXDA 3MEDA 3OYHA 5SZTA 2GBZA 3KLFA 1NK5A 3V9ZA 4H4OA 2D5RA 5JS2A 3EZ5A 3K5OA 5HLFA 1S9GA 4IDKA 4CEFA 3JSMA 1IKYA 1WSIA 2BANA 3P5JA 3MXMA 2HVIA 4BDZA 1FKPA 3ZSWA 3PX4A 4B9UA 1I39A 1VSDA 2YNHA 3M8QA 1UAXA 3ZT1A 2P5OA 2A1RA 4DQPA 1HNIA 1HYVA 1Q9YA 1RTDA 3TAQA 4KHSA 1BCOA 1C0TA 1A5XA 1VSFA 1D9DA 1A5WA 2LSNA 3DRSA 4OJRA 3T3FA 4B9NA 4CEDA 4DFKA 1D9FA 1F21A 3HXMA 3K59A 2HVHA 2I5JA 3VQPA 3LP1A 4E7IA 2PYLA 3S9HA 3SNNA 3JYTA 3B6PA 3AVMA 3MXIA 4F8RA 1RT7A 4B9VA 4NYFA 3K5MA 2Q3SA 4CF2A 1JLGA 1Z26A 5J2PA 4DSKA 2ATQA 3QESA 2G8HA 3MECA 3C94A 3SPZA 3HL8A 3OYNA 3SUPA 4CK1A 1VK0A 3DLBA 3KD1E 1YTUA 1BI4B 3LAKA 4AHCA 1ZBLA 1S6PA 3V81A 3OYIA 1RBSA 1TVRA 4DF4A 2VG5A 4E0DA 2KFZA 1SUQA 4OGEA 1CXUA 3BDPA 4DQIA 1LW0A 3E01A 3AVKA 3HPHA 2KW4A 4CIFA 4W5NA 1ZYQA 3RMDA 1WAJA 2Y1JA 4KTWA 3NGYA 3F73A 1WSEA 1ASWA 3VA0A 4CFDA 4CGHA 4CCHA 5DK5A 2HMIA 3DLKA 1L3UA 1RCHA 4M3UA 3DI6A 4O55A 3O4NA 2ZE2A 3AO3A 4OKEA 1SV5A 3QINA 3QNOA 4Z0UA 3WNGA 3K58A 1EX4A 2D0AA 2P5GA 4IKFA 4FW1A 3SV4A 4QCLA 1VSKA 3VQ9A 5HRNA 4KB0A 4E1MA 4M3XA 2F8SA 2KQ2A 3V1OA 2XRIA 2X74A 2Z1GA 4DSFA 2KTQA 4FJHA 3V9XA 2YHBA 4B8AB 3U3GA 5J2NA 4FJKA 3RR7A 1N5YA 1ASVA 2WONA 3S3OA 5J2MA 2YKNA 3QIOA 3LZIA 3ASMA 4Z4HA 3TR8A 4CF8A 3TAGA 3CFPA 4EZ9A 1REVA 2DFEA 3T19A 2BDPA 4W5RA 4AILC 1TAUA 4C8KA 1FKOA 4CGGA 4BE1A 4QOZB 4DFMA 2Y1IA 3AVCA 1T8EA 3VQ8A 1SL2A 1ASUA 1RT1A 3HVTA 3NF6A 4FLZA 4KTQA 5JS1A 4O5BA 1RT2A 3HP6A 1UWBA 1JLFA 1Y97A 4CEAA 2XY6A 4B3OA 1L3SA 4EZ6A 3O3GA 2NUBA 1GOAA 1TGOA 4DU4A 3ZSYA 3PV8A 4FJGA 3DM2A 1SL0A 4N76A 2YHAA 4CJPA 3V9UA 4OLAA 4Q0BA 1NOZA 5HRPA 2E6LA 4ZTJA 4KHYA 1C0MA 1BIUA 1BI4A 4C8LA 3NF9A 2D0CA 4MFBA 3NDKA 2G8VA 3MEEA 4CGJA 4R5PA 2PY5A 2XY7A 4B9SA 2DFFA 2GUIA 1SKWA 4HHTA 2KZMA 4ICLA 1S1TA 4DQSA 3DYAA 1J54A 2D0BA 1C1BA 4BWMA 3WNFA 1RTIA 2X6SA 3B6OA 1VSEA 4IFYA 3ZSZA 1BCMA 2B5JA 2E4LA 3HVRA 4F2SA 3NE6A 4DSIA 1B9FA 1JL2A 4B08A 3ZT3A 2XY5A 1S6QA 3QEIA 4FJ5A 4CFCA 5J1EA 3P83D 4K8ZA 4CHOA 3LWLA 4DTOA 3CFOA 3KLGA 2HNDA 2W42A 1SKSA 4CHZA 3ZT4A 1R0AA 4I2QA 1HYSA 5HP1A 3IAYA 4DLGA 5HBMA 1WSFA 3QEWA 5CZ2A 4JLHA 3PX0A 4EP5A 3QEPA 1NKEA 3U6FA 4FM1A 4KPYA 4F3TA 2BE2A 5KGWA 3ZT0A 1KSPA 5HRSA 4FJ8A 3HP9A 4FJLA 5CZ1A 4KB1A 3AA4A 3NH2A 4EP4A 4IG3A 4CHQA 5D3GA 3C6UA 4CJVA 5KTQA 3TAEA 3L3UA 3OYDA 1K6YA 4JS4A 1YTAA 4KKOA 2Z1HA 1L3VA 3AV9A 1C0UA 4RG8A 1NJXA 2RF2A 3AVJA 3QO9A 4Y1DA 1B9DA 4PUOA 1JLBA 4I9QA 3WNEA 4E19A 1BQNA 1RBRA 2RKIA 3HPGA 2O4IA 4FJIA 1KVAA 1XHZA 4J2EA 4FJXA 4DSEA 4J2AA 1WSJA 3DLEA 4DTSA 4Z4EA 2KFNA 4RW6A 1DTTA 3LDSA 1S1VA 1BHLA 2HW3A 1VSLA 3MXJA 4E3SA 3NFAA 1VSHA 4O0IA 4LD0A 1EKEA 4PY5A 4Z4FA 3U3YA 4E7HA 1T7PA 1DLOA 4FJ7A 4W5TA 4AH9A 4FLUA 4FZYA 4DTRA 2VG7A 3NHGA 3G10A 2YNFA 4B9TA 1BIZA 3I0SA 3SZ2A 1JL1A 4KRFA 1T03A 4JRQA 1BL3A 1KLMA 3K5NA 4FLWA 2FBXA 4CIGA 1LV5A 4CJTA 3ZCMA 2ZQBA 3QETA 3TAMA 4N5SA 4N47A 3T1AA 3TARA 3CG7A 4CESA 4FJJA 1S9EA 2G8KA 4FYDA 1X9WA 3PO5A 3AVLA 4E1NA 2YV0X 2IOCA 3LP0A 4OKJA 4CJQA 4DG1A 1TKXA 3DOLA 4CJ5A 3QNNA 1Q8IA 4KFBA 3AO4A 5C24A 3EYZA 3HSTB 3O3HA 1HNVA 1LAWA 3AA5X 1NJWA 1JXEA 3A2FA 4C8MA 2G8IA 1XC9A 2JLEA 1HQEA 1LWEA 4B8CA 3L2UA 3TWHA 4KHQA 4ZTFA 2FBYA 2Z1JA 1TK5A 4DFJA 4KO0A 1T05A 3HYFA 1WSGA 3AVAA 3RMCA 4B9MA 1JLQA 4G1QA 2XY8A 4C8NA 4DSJA 1S1XA 1RT3A 1JLAA 5E41A 4W5OA 5KGXA 3KK2A 3NH1A 3I0RA 1VRTA 4CJFA 3OS1A 3SJJA 4HCCA 1QE1A 3VA3A 4E7KA 5I3UA 4KTZA 4IBNA 4N56A 3AVNA 3VQ4A 3AO2A 3SQ0A 2OA8A 3AVBA 1IO2A 1J53A 5T7BA 1VRUA 3K5LA 2EHGA 2YNGA 4CGFA 4OPKA 3OYFA 3OYCA 1NK6A 2HHTA 1IH7A 1LWFA 4CJSA 4E7JA 4M3YA 2O4GA 4CFAA 1LWCA 1S1UA 1YVUA 4BE2A 1ZBFA 1UA0A 2DFHA 2QKKA 1TKTA 2X78A 3VQQA 4CF1A 4KAZA 1YT3A 3V1QA 3PO4A 1HQUA 3NGIA 2IAJA 3KD5E 1FXXA 3ZSRA 2HHQA 3VQEA 4CJUA 4FZXC 4I2PA 4I9LA 4CERA 3LP3A 2OZSA 2F8TA 3SUOA 1RTHA 3VQ7A 4C8OA 3HJFA 5CY4A 1RDAA 4FLTA 1L3TA 2FC0A 1ZBIA 3ISNC 2FBTA 3IRXA 1RDCA 3L2WA 2QK9A 1C1CA 2AJQA 1JKHA 3RTVA 3KK1A 3NH0A 1IKVA 2QXFA 1KVCA 3UIQA 5EU7A 4DTMA 3VQ6A 3CQ8A 5I42A 4CE9A 1U45A 4GVMA 1NKBA 4CJWA 3LAMA 1RT6A 4CF9A 1NK9A 4CJKA 4HTUA 3TAFA 3AVHA 5CYMA 4DTXA 1CXQA 1QSYA 4ID5A 4ELVA 1KLNA 3ZSXA 4RW7A 3OYEA 3KIOA 4CIEA 3TAPA 1J5OA 2P1JA 4YNQA 1VSIA 4DS5A 2PYJA 3RRGA 1G15A 3TI0A 4TSXA 1RT5A 3V1RA 1LAVA 3VQCA 1IKWA 1WAFA 3OS0A 4OPJA 2IGIA 1KFDA 2HHVA 1U04A 1NK8A 2Z1IA 5FDLA 1RT4A 3ZSVA 1VSJA 1X9MA 1QTMA 2HHXA 4FJNA 3M8PA 1TAQA 4PWDA 4BWJA 4CEEA 4YFUA 1ZBUA 1KCFA 3OJUA 3QEXA 3QIPA 4ZHRA 4KI6A 1X1PA 3NCIA 4N41A 2HHWA 4H8KA 1FK9A 4LH5A 4M41A 2VG6A 1QQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F9TA 5KRTA 1B92A 1TKZA 1LW2A 2A1SA 4OGCA 3KK3A 1GLFO 1N6QA 4HVJA 4LF8K 1NGBA 5IT9O 1U48A 4E7LA 2WOMA 4FWSA 4Z4IA 1IBMK 2GWJA 3OS2A 1W97L 4NCBA 1VQ4N 3HZ6A 5AQGA 3D6RA 3NF7A 2DTUA 1Z6RA 1QHTA 3RRHA 3SPYA 2YKMA 5JLFA 3M8SA 1C6VA 4GMJB 2QTDA 1NGAA 1VQON 4MDBA 4BR5A 3O4QA 3LANA 3KWGA 4QS8A 4CFBA 5CYQA 1NGJA 4FM2A 4JK8A 3HPOA 1FJGK 3SYZA 5C0YA 5F0XA 1BUPA 1KC8O 2OZMA 4PKHA 2FSNA 4BG9A 4M45A 3G0ZA 4CJEA 3EZWA 3QB0A 3TTDA 4CEZA 1K8KA 5LL6Z 3RWUA 3VOVA 4L8RB 1H1VA 3BGRA 3LALA 3OBWA 4XH5A 2HHUA 4HUFA 4FLXA 1NKCA 2ITMA 2G8VA 4OKKA 1ITGA 4J2BA 4HUEA 3OVNA 1BOTO 1QVGM 1XNQK 1Q81O 2HHSA 1HJRA 3MX5A 2G8WA 4FJMA 5ELZA 3RSEA 3SJHA 1IJJA 3PX6A 5EVZA 4BC2A 4CZFA 4KHNA 4ISFA 2E8AA 1VQ7N 2P9SB 3DLGA 2QM1A 5FPEA 4FJ9A 4DUYK 4QS7A 2XHBA 3OYLA 3S3NA 2RPIA 4DMNA 2BUPA 1VQPN 1JCFA 2ZWHA 3P1GA 4FK2A 1BISA 4H5TA 4YOWA 3WNHA 1D4XA 4WQ4A 4Z4CA 1Q9XA 4Y0WA 3KJVA 4B9LA 3R1XA 3TSQA 4DV5K 3PY8A 2R7YA 3LPUA 2F96A 5EOYA 5M1PA 1C0FA 3BUZB 4CVNE 1I3AA 3KLEA 3I8DA 3E66A 3L8BA 4ID1A 3IDHA 5BRHA 3TTCA 5CR4A 4H0PA 4YHHK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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