2G8KA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 42
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8kA00
1BI4A 3OYIA 3OVNA 2G8KA 3RRHA 4B9LA 1LW2A 4H4OA 4RG8A 1JKHA 3D45A 5DMRA 4ZTFA 4PWDA 3K5LA 2KZZA 2A1SA 3SYZA 3ULDA 3LPUA 1TL3A 3QIPA 3KD1E 3L2RA 4HUEA 1TKTA 1I39A 3G0ZA 4J2BA 1VSJA 4FM1A 4RW6A 2HNYA 4CK2A 4B9UA 4FJLA 4ICLA 1FXXA 4YFUA 3T19A 4CHPA 5J1EA 3OYDA 3VQPA 4CEFA 1JLAA 1BHLA 2ZD1A 5JS2A 1JL1A 4DQIA 4E3SA 3AO4A 4J2DA 1GOCA 3HVTA 1D5AA 1QSSA 4AHTA 4CGFA 1WSEA 2YV0X 1C1AA 5I3UA 1YTAA 1CZBA 4CJRA 1S6QA 3OYGA 1S1VA 4FK2A 2OPRA 1RT1A 3HO1A 3AVCA 4CJSA 3SCXA 3SUQA 1NK4A 2F96A 4W5QA 2OZMA 4FXDA 1QQCA 3NF9A 1F21A 1K6YA 4JRPA 3TAPA 2D5RA 1QS4A 4C8KA 1TAQA 2IC3A 4CJVA 2RF2A 3LZIA 2DY4A 4QCLA 1VSFA 2RN2A 3NE6A 3AO2A 4MQ3A 4CGIA 3CFPA 1QSYA 4EZ9A 4R5PA 1RTIA 3AO3A 4EP5A 3VA3A 4Z4EA 4HVJA 2FBYA 4BDYA 2FC0A 1G15A 2I5JA 3U3YA 1SL1A 3PO4A 4FLUA 3KLIA 4Q0BA 4CJ5A 3M8QA 3DYAA 1L3UA 5D3GA 1NKEA 1JLGA 3DM2A 4AILC 3NBPA 2Z1IA 4KB1A 4J2EA 2G8WA 1S1TA 3KK1A 4BDPA 2E6LA 2XO7A 1XWLA 4RW8A 3HVRA 1CZ9A 3TAQA 3NCIA 3LP1A 2HHVA 4CHOA 3VQ5A 1KCFA 5HP1A 4FLVA 3NF7A 3SJJA 4CEAA 1RBTA 1RTHA 2OPPA 1HPZA 2DFHA 3DOLA 5J2PA 3QESA 3SQ2A 2GV9A 3CFOA 1BL3A 4IFYA 3U3GA 3NGIA 4CHNA 2PYLA 4FJ7A 4M3TA 1DLOA 1IG9A 3AO1A 3H08A 3LAKA 2WOMA 3CM5A 1XI1A 2HB5A 3DLGA 3ZT1A 2P1JA 1FK9A 2X78A 4BE1A 2G8VA 5KTQA 3L3UA 2IS3A 1ZBFA 1HJRA 4B9TA 1SV5A 3LWLA 3HK2A 2XRIA 3TAMA 1S9EA 2G8FA 4F8RA 2AJQA 1RDCA 1BCMA 3OYCA 5CY4A 3O4NA 4LY7A 3WNHA 4KFBA 4KRFA 2DTUA 4CGGA 3VA0A 1NK7A 2FBVA 3AVKA 3E01A 3SI6A 3QEXA 3HP9A 4C8MA 5T7BA 5KRTA 4KHUA 3RR8A 4FJ8A 2YNIA 3OJSA 3SUPA 4E7IA 2HHWA 3S9HA 5CZ1A 1RT4A 4E19A 4WE1A 2QKBA 1RDAA 3SQ0A 2KZMA 4KHSA 3QERA 3ZSWA 4NYFA 3HSTB 3VQ4A 4IBNA 3TAEA 4N5SA 3QNNA 4I2PA 1VSHA 5SWMA 2GUIA 2Q3SA 4DU1A 1NK0A 3SQ4A 4I2QA 4FW1A 5HLFA 2BE2A 4PY5A 4FCYA 2KQ2A 4DSKA 3TAGA 5C25A 3PO5A 3B6PA 1BIUA 1R0AA 5K14A 3QINA 3VQ9A 4ELVA 1S1XA 3LWMA 3QETA 3S3NA 4DTMA 4DQPA 2YKMA 1RTDA 1BQMA 4CJKA 4H8KA 4QOZB 3EYZA 4KB0A 3SZ2A 2XHBA 1QE1A 3MEDA 3I0SA 1ASWA 4N76A 2VWKA 2EX3A 2G8UA 1HMVA 4OKKA 4KHYA 1L3TA 3V9UA 1JLBA 3IS9A 1BQNA 4CIFA 4LD0A 4CJUA 3ITHA 3G10A 1EXQA 2KW4A 4M3YA 1MU2A 3A2FA 1WLJA 1VSEA 3OYNA 1SUQA 1WNSA 3DMJA 2P5OA 2B4JA 4DSFA 1ZBIA 2OPQA 4B9VA 3AVNA 5KGXA 3RTVA 1QSLA 4DQQA 4NCBA 1RT6A 3KLHA 3HJFA 4XIUA 1RBSA 5CZ2A 1N6QA 1B92A 3ZSRA 3QEWA 4BWJA 4DFPA 1KLMA 3F9KA 2Y1JA 4KKOA 1DTTA 3CG7A 4YNQA 2QXFA 1HYZA 1X1PA 1UOCA 3VN5A 4Q5VA 3ZSOA 1HNVA 4OKJA 3CFRA 3O3GA 2E4LA 3FFIA 3VQEA 3OS2A 3NH2A 1WSJA 1KTQA 1WAJA 3L2QA 1SL0A 1WSIA 4I7FA 1CXUA 3OS0A 1S1UA 3ZSYA 3NF8A 1XC9A 1NK9A 4B9NA 3P83D 1NJWA 3NGZA 1CLQA 4DSLA 1YT3A 1KLNA 4EZ6A 1BGXT 4DQSA 1LWCA 3C95A 1NK6A 1NOYA 4F3OA 1FKOA 4E7JA 1NK5A 4IFVA 4BACA 2IGIA 4I9LA 4E7KA 4DTRA 1LWEA 4CF0A 4E0DA 4LSLA 4NYNA 5HROA 4FJ9A 2KTQA 4KTZA 2YHAA 1VSIA 3L8BA 1Q9XA 1T05A 3PX6A 3V1QA 2HHQA 2PY5A 3U6FA 3S3OA 3HL8A 1WSFA 5KRSA 3SNNA 1TKZA 1JLFA 4M41A 3RMDA 5HRRA 4CF2A 1A5WA 1KSPA 4FYDA 2O4GA 4FVMA 4CHYA 3WNEA 1D9FA 4CJ4A 4DLEA 1NJXA 3KKRA 3JYTA 1NKBA 1S9GA 3C6TA 2G8HA 3K5MA 4N41A 4ID1A 4GW6A 1TKDA 1Q8IA 1TV6A 1TVRA 2VG6A 1ZYQA 4N56A 3AVHA 5J2NA 1W9HA 4M42A 1JL2A 2EHGA 3AVIA 4E7HA 1T7PA 3HM9A 4JRQA 3OY9A 2X6NA 1KFDA 3QEIA 1L3SA 5HRPA 2HNDA 2GBZA 4DSEA 1IH7A 4OGCA 1IO2A 4C8OA 1RBRA 5HRNA 4CEDA 3RMBA 4LSNA 5HBMA 3TR8A 1Q9YA 1J9AA 4N47A 2YKNA 4DFMA 1JXEA 3TARA 2IAJA 3AV9A 3DRSA 2RPIA 4QAGA 4CJWA 3AO5A 3PX4A 3KIOA 4M3ZA 2XY8A 5J2QA 4AHVA 1WN7A 2R7YA 4BE2A 1D9DA 1BISA 3ZSQA 3ZCMA 3ZT0A 3KJVA 3EZ5A 3LDSA 3AVAA 3CYMA 2ZE2A 4DG1A 1KVBA 1ITGA 3HP6A 1VSKA 2QKKA 4L8RB 1U4BA 1Z26A 1XHXA 1RT2A 2ATQA 4ZHRA 4DTUA 4B9MA 1RDBA 2YNGA 1NJZA 3SPYA 3OYJA 1T03A 1SL2A 4FM0A 4JS4A 4CEOA 1ZBHA 4RW7A 1UAXA 3HPGA 4OVLA 3ZSZA 3V9XA 4DSIA 4FJIA 3TANA 4PA1A 1A5XA 3KK2A 3SV3A 3DLBA 4G1QA 2YHBA 4E1NA 1LAVA 2E6MA 4FJXA 4AHUA 4M3XA 1U49A 1KFSA 3AA3A 3WNGA 5CYMA 3AA2A 3OYHA 3DLRA 5C24A 1RDDA 2HHXA 2KFZA 3ZT4A 3KTQA 4MFBA 3TABA 1S1WA 4KHNA 4CJTA 3DLHA 4CFBA 4J2AA 2X6SA 4IG0A 2XY7A 3NF6A 3HPOA 1RBUA 4UQGA 3V4IA 1UWBA 5I42A 1NJYA 2RKIA 3M8PA 3OYAA 1SKRA 4KHWA 4OKEA 4HTUA 4K8XA 3O3FA 3K57A 3AVLA 4CGJA 4ZTJA 1YVUA 4FJNA 3P1GA 1KRPA 1EKEA 3HXMA 4FW2A 4IKFA 3RMCA 3KD5E 1DTQA 2LSNA 5FROA 4EP4A 4KREA 2B6AA 3ZSXA 3HT3A 3NDKA 3OS1A 4KTQA 1L3VA 2ITGA 3OYBA 3LALA 4CJFA 3VQDA 4OPJA 3OYFA 1TAUA 4DTJA 2PZSA 3TI0A 1U48A 5C42A 4CF1A 4CIGA 4DWIA 3L2UA 5KI6A 3S3MA 3SUOA 2DFEA 3C6UA 4FLZA 2ZQBA 4O4GA 3NAEA 3I0RA 3V1OA 3K58A 3K59A 2PYJA 4FJKA 3RMAA 1C1CA 4Z4CA 4Z0UA 1RT7A 4B9SA 3O4QA 3AA4A 4FK0A 2FBXA 4CEEA 2YNFA 3CQ8A 1HQUA 3V9WA 3AA5X 3PV8A 2IOCA 3QIOA 3D0PA 4BWMA 4CEZA 2X74A 3LP0A 1EP4A 4B8CA 4O44A 4E7LA 4DS4A 4M3WA 4NCGA 5HRSA 3LZJA 2O4IA 4HUFA 3LANA 3KLGA 1ZBLA 3VQBA 1WSHA 3L3VA 3NFAA 3V6DA 4DMNA 3P5JA 4KI6A 3AVJA 4CJQA 5E41A 4DTOA 4DF8A 3K5NA 1RT5A 4DTPA 4FJJA 3PY8A 4C8NA 1QTMA 4HHTA 3ZT2A 1N5YA 1WSGA 4DU3A 1JLEA 2JLEA 1T8EA 1SKWA 1TK5A 1IKYA 4CCHA 4Z4IA 5SZTA 1J53A 4RW9A 2VWJA 1GOBA 1VRTA 4Z4GA 3QLHA 1JXBA 3DRRA 3NGYA 4HUGA 4Z4HA 1UA0A 4FJ5A 1VRUA 3SV4A 1W0HA 3TAFA 1B9FA 1LAWA 4F4KA 3M8RA 1A5VA 4HCCA 3C94A 1S5JA 3RWUA 2HVHA 1RILA 3NHGA 1JLQA 4F2SA 3OYKA 1RCHA 4FJGA 4CIEA 1X9SA 4OLBA 3V1RA 4ID5A 4M3RA 4F3TA 4IDKA 1NKCA 4NCAA 1ASVA 4FLTA 3JSMA 4GMJB 1HQEA 1TGOA 1QHTA 2G8IA 3KKSA 3L2WA 1C6VA 3RR7A 1HYVA 4AHRA 4ELTA 4W5OA 4Y1DA 1BIZA 2OA8A 2BGGA 5DK5A 4HCBA 1C1BA 4O5BA 3DRPA 3B6OA 4KAZA 1GOAA 2D0BA 4CFCA 4DTSA 4DTNA 4AH9A 4FLXA 3PUFA 4DF4A 3SPZA 1L5UA 4K8ZA 3VQQA 3WNFA 2XY6A 2HHTA 3LAMA 4JLHA 1X9WA 2P5GA 1TL1A 4DTXA 3EY1A 4B08A 4OLAA 3DLEA 3F73A 3AVBA 3DLKA 3QO9A 3BDPA 4PUOA 1I3AA 3MEGA 4CF8A 3T1AA 1EX4A 2YNHA 3AVGA 4CJPA 4DFJA 2Y1IA 4KPYA 5CYQA 3MEEA 1WAFA 4B3OA 4FZXC 2HVIA 3VQAA 3L2VA 3VQ7A 3QEVA 4I9QA 4FK4A 1D8YA 1REVA 3VQ8A 4O0JA 4DS5A 1SKSA 4KI4A 3OYMA 5FRMA 5JS1A 3I8DA 4CF9A 4CGDA 1CXQA 3V9SA 2IDOA 3MXIA 2VG5A 1XHZA 5EU7A 3V9ZA 3M8SA 1IKVA 1B9DA 3PX0A 2B5JA 4AHSA 4CERA 3DI6A 3KK3A 4CEBA 4DU4A 1O1WA 3T3FA 1J54A 3MECA 4PQUA 4FJHA 2NUBA 3LP2A 4JS5A 4FM2A 2OZSA 4FZZA 3VQCA 2BDPA 2ETJA 2DFFA 4CHZA 2QK9A 3HYFA 4LH5A 4FLYA 3QNOA 3K5OA 1U04A 4W5TA 3AVMA 3MXMA 2HNZA 1RTJA 4OPKA 3AVFA 3K2PA 4H4MA 4KHQA 4BE0A 1Y97A 4CEQA 2JGUA 1TK8A 3RRGA 4W5NA 1VSDA 4GVMA 3NH1A 2F8TA 3KLEA 4M3UA 3KLFA 4LH4A 1VSMA 3IG1A 4O55A 1U47A 2OYQA 1NK8A 2HMIA 4KTWA 1KVCA 2XY5A 1RBVA 1RT3A 2W42A 1U45A 2HHSA 4OGEA 3V81A 1IKWA 4OJRA 4CGHA 3BGRA 4FLWA 1TK0A 4CJ3A 1NOZA 3NH0A 4CK3A 3OYLA 5FRNA 3VQ6A 4CJEA 1C0TA 4M45A 3DOKA 4C8LA 1S6PA 3LPTA 1C0MA 3HPHA 1HNIA 2OPSA 5J2MA 2HHUA 4O0IA 4CECA 4Y1CA 2WONA 1LWFA 1RNHA 4BDZA 4DQRA 4ELUA 3UIQA 1LV5A 3ASMA 2P51A 1EETA 4F2RA 1UA1A 2Z1HA 2FBTA 4CFAA 3MAQA 3OYEA 3OJUA 3ISNC 4W5RA 4CHQA 3IRXA 4DLGA 3MXJA 2BANA 3CM6A 4CE9A 5KGWA 3SQ1A 3ALYA 4KO0A 4E1MA 2HW3A 3TWHA 3LP3A 4AHCA 3THVA 3QEPA 1ZBUA 4TSXA 3ZT3A 4CFDA 1VSLA 4E89A 4RW4A 4Z4FA 4B8AB 2KFNA 1HYSA 2D0CA 1TKXA 1YTUA 1ASUA 1VK0A 2A1RA 2Z1GA 3SUNA 4DSJA 1IKXA 1C0UA 1FKPA 4KV8A 4IG3A 4CJLA 5FDLA 1Z25A 2VG7A 1BCOA 3O3HA 1X9MA 4FJMA 2F8SA 4FZYA 1LW0A 4DFKA 1BI4B 3IAYA 1KVAA 3ZSVA 1JLCA 1HRHA 4CESA 2Z1JA 4CK1A 1J5OA 2D0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYIA 5CR4A 3OVNA 5AQVA 3LDQA 2UUCK 3RRHA 5C2FA 4RG8A 4JKHA 5I9EB 1RGIA 4Z94A 3ULEA 3LPUA 3QIPA 3G0ZA 4Y0WA 4B9UA 2HNYA 3NVKA 4WCEL 1I94K 2A40A 3OYDA 2YHWA 3CQXA 5BPMA 3EKUA 4DQIA 4E3SA 3AO4A 1GOCA 3HVTA 4AHTA 1WSEA 3GG4A 5I3UA 1CZBA 5AR0A 1HR0K 4DB3A 2OPRA 4CZFA 1Y64A 2F96A 2Q36A 3TAPA 2D5RA 3MCPA 2RF2A 3FZHA 2RN2A 4A5BA 3TSUA 4EZ9A 1Q82O 3AO3A 3VA3A 1RDWX 2FBYA 2YJEA 4BDYA 1SL1A 2HBJA 4CJ5A 3M8QA 2F9WA 3O8MA 3DM2A 3NBPA 2HF3A 2Z1IA 2G8WA 3CJ7A 3ZX2A 2WFBA 2E6LA 4BDPA 1XWLA 3SJHA 4BREA 3HVRA 3I56N 5JMVA 3KWIA 3LP1A 2HHVA 2GWKA 1RTHA 4QS8A 3VEWA 4IFYA 2PYLA 3G4SN 4M3TA 5AQUA 4M7XA 3LAKA 1BU6O 3C6AA 2P1JA 1FK9A 3ZT1A 3L3UA 2IS3A 1ZBFA 5GAEP 1J6ZA 3AAQA 2CGJA 3VF6A 4F8RA 3OYCA 4KH6A 3AVKA 3E01A 3Q7BA 5AQYA 3HP9A 4H5VA 4KHUA 4A59A 2A5XA 1N36K 1RT4A 1RDAA 3HZ6A 5AJ3K 4IBNA 1Z05A 1KAYA 4KHPK 1NK0A 3SQ4A 4FW1A 4UY8O 2KQ2A 3FGUA 3HTVA 2O8FB 2P9NA 4JI8K 4YHHK 3DXMB 4BR5A 1S1XA 3LWMA 3QETA 4DQPA 2YKMA 4CJKA 5M1QA 4JI6K 3SZ2A 3MEDA 1DT9A 1OH5A 1L3TA 3V9UA 4CIFA 1HKBA 1VQ5N 1VQ8N 2W6LA 4ILGB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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