2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
2BANA 1J54A 1SUQA 4B3OA 4E89A 3PUFA 3V9ZA 1QTMA 4RG8A 4E7IA 2KZZA 4ELUA 1RBVA 3PX4A 4IG3A 3IG1A 1WSEA 1YTAA 4KHYA 2G8WA 3ZT0A 2XY7A 3DLEA 3LPUA 2XO7A 3HPOA 4OKKA 1VK0A 1WN7A 2E4LA 1WSHA 2Y1JA 3KLFA 1NJZA 1S1UA 4B9NA 1JKHA 1RT5A 2RKIA 4O4GA 3RMDA 2D0AA 3T19A 3LAKA 3VN5A 1ZBHA 4NYNA 1VSLA 1RCHA 2DFHA 4FZYA 3QEWA 2FBYA 1G15A 3AO2A 4K8ZA 2D0BA 4ID5A 4N56A 3TWHA 1DLOA 4E7KA 1JXBA 5HRRA 3RWUA 1TKTA 1HJRA 3OYNA 1DTQA 4FJLA 1NJXA 3HYFA 4RW7A 3BDPA 3AVHA 3ZSWA 4CGIA 1NKCA 5CY4A 3ZT1A 3SUPA 3NGZA 1RDCA 4CGFA 1QSYA 1UAXA 4Z4GA 4DTSA 4IG0A 1EETA 1VSIA 4QCLA 1RBSA 4OPJA 4H4OA 2HMIA 4FW2A 2ZD1A 4G1QA 1ITGA 3KIOA 4FLUA 2RN2A 3LWMA 4NCAA 4Y1CA 1C1AA 2B5JA 3TAMA 4CF9A 2OPQA 1C6VA 1VRTA 4DG1A 4Z4HA 1NK4A 4M45A 4BE2A 3S3OA 3HVTA 1RILA 5T7BA 4Z4EA 4Z4FA 2HNZA 2YHBA 4DFMA 3PX0A 3QNNA 3O4QA 4O0JA 3AVLA 3WNHA 1W0HA 5JS1A 4OGCA 1TL1A 1L3VA 1I39A 5J1EA 2PYJA 3K57A 2R7YA 4C8NA 4CECA 5C24A 2OZMA 3CM6A 4HVJA 1L3UA 3U3YA 1KLMA 4I2QA 1IKXA 3QEPA 4OLBA 4E1MA 4DMNA 1SL2A 1SKRA 2O4IA 4DTMA 1RTJA 2ITGA 4JRPA 2ZE2A 1ZBFA 3S3MA 4FLWA 1RT1A 1VSHA 2PY5A 5J2QA 3AVNA 3ALYA 4AHUA 3SJJA 1UA0A 3DRSA 2HVIA 2KQ2A 4FLVA 4DQRA 1NJWA 1C1BA 3RR7A 2HNYA 4UQGA 4H4MA 3OYMA 1TKXA 1TL3A 4MFBA 5FROA 1TKDA 4OGEA 4YNQA 4DTXA 3ZSXA 1WSIA 1NK6A 1NKEA 3C95A 3DLBA 1IKYA 5D3GA 2IAJA 2PZSA 1T7PA 5SZTA 4C8OA 2DFFA 3DLKA 5EU7A 4JLHA 1XHZA 1LAWA 3MXJA 3MEDA 4W5TA 4DSLA 3UIQA 3O3FA 1VSMA 3M8PA 3T1AA 3VQ9A 4CJ3A 3CFOA 1ASUA 1MU2A 2EX3A 2YV0X 3LZJA 4DSIA 4K8XA 5HROA 3DYAA 1GOBA 4PA1A 3NHGA 1BCMA 4B9UA 2KZMA 3OYEA 3G10A 1KRPA 1HNVA 3AO4A 2HHXA 1RBRA 4ICLA 4C8MA 1HPZA 2X6SA 3AVFA 3ULDA 4CF0A 4OPKA 1TGOA 3TAFA 1J9AA 2WOMA 5CYMA 5HRSA 4B9LA 3LALA 4EP5A 3SPZA 2HHVA 3LDSA 3VQ5A 1C0UA 4KB1A 4FJ5A 2GUIA 4FK4A 3TABA 3D0PA 3DMJA 1SKWA 4FK0A 4M3WA 4HHTA 2HVHA 4CEEA 3HP6A 3L2VA 1IKVA 3HXMA 2DTUA 1RT3A 3FFIA 3KJVA 3V6DA 5HRNA 3SQ2A 3TI0A 3RTVA 3TAEA 4O55A 1FKOA 3OYGA 3V1OA 1RTIA 4CJUA 4CHZA 3QLHA 3KKSA 3L3VA 3PY8A 3P83D 3V9WA 1JL2A 4M3XA 3OY9A 3L2WA 1IG9A 4ELTA 1S9GA 5I3UA 1IH7A 3SUOA 3PV8A 2HW3A 3ZT4A 2F8SA 4DSFA 4E7HA 2NUBA 3AA5X 3DI6A 2P5OA 1BQNA 4IFVA 1HMVA 4DF8A 1CLQA 1JLAA 3CG7A 4CF2A 2G8HA 4CJVA 2HHSA 3LP0A 4JS4A 2X74A 2YNIA 1WSJA 5DK5A 3SYZA 2YNHA 2Z1JA 4LH4A 2IOCA 3HPGA 4C8LA 4NYFA 2E6MA 3V1RA 1KVCA 3E01A 4DTRA 1T05A 4KI4A 4CGGA 4N5SA 4FJMA 1L3SA 2Y1IA 2XY5A 5HP1A 4CJTA 4KKOA 3DRPA 4DU3A 4LH5A 1LV5A 1QHTA 3VQBA 4O5BA 4CCHA 1RNHA 2ATQA 3AA2A 2YNGA 4KHWA 1S5JA 2XY8A 3S3NA 4KRFA 3EZ5A 1T8EA 1JXEA 3SQ0A 4DS4A 4BWJA 3LANA 3KLIA 3RR8A 4DQPA 4FJNA 3OS1A 3ZSQA 4CIGA 5I42A 1TK0A 1XI1A 4KREA 2HHTA 1U4BA 3OYAA 3DOKA 3VQ7A 4FM2A 3LP1A 1BIUA 3VQEA 4AH9A 4RW6A 4F3TA 4CJ5A 3RRHA 3QNOA 3AVIA 5KGWA 1EXQA 4KFBA 5J2NA 1TK8A 1SV5A 1LWFA 4AILC 4DSKA 4E7JA 4KO0A 4BACA 4DQIA 3NE6A 3MEGA 2P1JA 1RDBA 2Z1IA 4CFDA 1WSGA 3AVAA 4CK2A 3MAQA 1KSPA 4CK1A 2OPSA 2RPIA 4F2RA 3CQ8A 1C0MA 2EHGA 3O3GA 1VSEA 4I2PA 1QSSA 3K58A 4E1NA 4JS5A 1CZBA 4IKFA 2JGUA 2VG5A 1CZ9A 4DF4A 4ZTFA 3HPHA 1WLJA 1Z26A 3O3HA 3MECA 3NF6A 1HYZA 4FZXC 4CFCA 3CFRA 4W5OA 4CJRA 4IDKA 5KRTA 4CHYA 1TAQA 4DWIA 4ID1A 1NK8A 3VQ4A 5SWMA 3TAPA 5KGXA 4FJHA 1IO2A 1RTHA 4LY7A 4KHNA 1U47A 3ZSZA 4M41A 2IS3A 2F96A 4DSJA 3NF9A 3KK3A 4FXDA 4DFPA 1HNIA 2OA8A 1WNSA 1A5WA 4CGHA 3SUNA 1D9FA 4FJIA 2D5RA 4YFUA 1XHXA 3NFAA 4KTWA 4DTJA 4OKJA 1YTUA 4KPYA 2GV9A 3IS9A 5DMRA 1NK0A 3DOLA 2O4GA 3LP3A 4NCGA 4O44A 2ZQBA 3NAEA 3KD1E 4FJGA 2QKBA 1HRHA 2QXFA 3OYBA 1BCOA 1RDDA 2E6LA 1ASVA 5CZ1A 3TAQA 1NK9A 2VG7A 3AVGA 1ZBIA 4FVMA 5J2MA 1KFDA 2XRIA 3ZSVA 4CJKA 3OJSA 3L2QA 4BDYA 1U45A 3HO1A 2HHQA 2FBVA 3H08A 3HT3A 1IKWA 2OPRA 4JRQA 3RMCA 5HBMA 4EP4A 4HTUA 1T03A 4FZZA 1SL1A 4Q0BA 2B6AA 3QEIA 2VG6A 1QSLA 1JLQA 1RT2A 3F9KA 1JLGA 5JS2A 2X6NA 1ZBLA 4ELVA 3ZT3A 1NJYA 1J5OA 1S6PA 1KTQA 1U04A 3QO9A 1A5VA 4M3RA 3OS0A 3JYTA 2AJQA 4HUGA 3EY1A 3RMBA 3WNGA 1HQUA 4DSEA 3V4IA 2Q3SA 3F73A 1F21A 1ASWA 3V9SA 1Q8IA 2G8IA 4B9TA 4OVLA 3OYFA 3KLEA 4OKEA 3CM5A 3LP2A 1B92A 1HYVA 3KK1A 1UOCA 1U49A 4TSXA 4FLZA 3OYLA 3THVA 1D9DA 3QEXA 1RBUA 4I7FA 2QKKA 4BE0A 4OJRA 2YKMA 2KTQA 3V9XA 1FK9A 3NH1A 1WAJA 4DFKA 1NK7A 2KW4A 3I0RA 3M8SA 4AHRA 5FRMA 1TKZA 4CEFA 2IC3A 3C6UA 1BL3A 3K5OA 4I9QA 3A2FA 4Y1DA 3I0SA 4C8KA 2Z1HA 4CEDA 4J2AA 4DS5A 1X9MA 4I9LA 3NH2A 1N6QA 1C1CA 2I5JA 3IAYA 4EZ9A 3JSMA 4FLTA 2HNDA 3QETA 3WNEA 4DLGA 3NCIA 1EKEA 3NBPA 4AHTA 2OZSA 4RW4A 4N76A 4AHCA 2G8FA 4CESA 3SPYA 4ZHRA 1RTDA 1L3TA 3U3GA 3DLHA 4B08A 3LWLA 4KHQA 3KLHA 2HHWA 4PUOA 3ZT2A 3HK2A 1W9HA 3AO1A 3G0ZA 1C0TA 1B9DA 4FM1A 4B9MA 1LW2A 4DTNA 1TK5A 2DFEA 1I3AA 3AA3A 3I8DA 4KI6A 3ISNC 1RT6A 3AVBA 4LSNA 4RW9A 4CIFA 1BI4B 1QS4A 3AVMA 4CJPA 1S1XA 1WSFA 2X78A 4W5QA 4E3SA 1Q9XA 2G8VA 1HQEA 4R5PA 3K5NA 3QESA 3KK2A 3SUQA 2G8UA 4DFJA 4CEBA 4DLEA 3D45A 4M42A 1YVUA 1S1WA 3ZSRA 1EP4A 5HRPA 2A1SA 3QINA 3PO4A 1LAVA 4AHSA 2VWKA 3VQQA 4E19A 4FJJA 1B9FA 2P51A 4M3UA 1KVAA 3LPTA 3NGIA 1R0AA 4M3TA 1FXXA 3AA4A 5FDLA 1BHLA 2OPPA 2YNFA 5KTQA 3U6FA 2XY6A 3QIOA 1SKSA 1LWEA 2IGIA 4GW6A 4WE1A 1LW0A 3OYCA 3MXMA 4KTZA 1N5YA 3IRXA 1TVRA 3SV4A 3O4NA 3S9HA 2BGGA 4CEAA 3NH0A 3AVJA 3VQDA 4FYDA 2BDPA 1KFSA 2YHAA 4HCBA 4Z4CA 3KTQA 3SNNA 2XHBA 4CHQA 4IFYA 2A1RA 3MEEA 3OYDA 3RRGA 3DLGA 1GOCA 4LD0A 5FRNA 2JLEA 5E41A 3VA0A 4CJLA 3C94A 4XIUA 1KCFA 1UWBA 3OYHA 4FJ7A 2KFNA 3K5MA 3K2PA 4CFAA 3LZIA 3ASMA 4O0IA 1S1VA 2B4JA 2Z1GA 4CHNA 4DU1A 1KLNA 2D0CA 4F2SA 1SL0A 4W5RA 4HUFA 3OYIA 1JLFA 1NOZA 3AVCA 3LAMA 4DTPA 4B9VA 3B6PA 1NOYA 5CZ2A 4CK3A 3NGYA 4CERA 1D5AA 4CIEA 3VQCA 4B8CA 4AHVA 3V1QA 2QK9A 4IBNA 1EX4A 4Q5VA 3HM9A 3V81A 3SQ4A 4PWDA 1TAUA 2OYQA 1RT4A 4NCBA 1RBTA 3TR8A 1GOAA 2HB5A 1QQCA 3K5LA 3SCXA 3AO3A 3OVNA 3SQ1A 3HVRA 1NK5A 3L2UA 4B8AB 4CJQA 1L5UA 4L8RB 3EYZA 3HSTB 3NDKA 3DRRA 3K59A 3MXIA 2G8KA 3PO5A 1ZBUA 1REVA 1S6QA 4FM0A 5CYQA 1VSDA 1KVBA 2F8TA 3DLRA 4CFBA 4FW1A 3TARA 1U48A 3VQ8A 4CEZA 2WONA 3DM2A 4BE1A 4CF1A 3OYJA 4J2BA 4E0DA 2RF2A 4F8RA 2FC0A 4F3OA 4MQ3A 3VQ6A 1S9EA 3KKRA 4CHPA 4BWMA 3VQAA 2W42A 3V9UA 4DTOA 4CGDA 3QERA 3QIPA 4PQUA 2GBZA 1CXUA 1QE1A 1YT3A 1RT7A 3ZSOA 4HCCA 3L3UA 1A5XA 3QEVA 1RDAA 1JLEA 1XC9A 4PY5A 1J53A 4DTUA 4CF8A 4KHSA 4Z0UA 4M3YA 4GMJB 4CJSA 4KHUA 1BIZA 1FKPA 3OJUA 4J2EA 4B9SA 4DQSA 4CHOA 1BISA 4OLAA 1X9WA 4CJ4A 2FBXA 4CJEA 4DU4A 3CFPA 3NF7A 4BDPA 4Z4IA 4KB0A 2DY4A 4N47A 4FLXA 2YKNA 4N41A 3P1GA 3L2RA 3PX6A 3RMAA 1VRUA 2LSNA 4FLYA 3ZCMA 3M8QA 3TAGA 3C6TA 2FBTA 1BGXT 4QAGA 2IDOA 4H8KA 3SZ2A 1VSKA 3BGRA 2BE2A 3M8RA 1XWLA 4ZTJA 4FJ8A 4RW8A 4KAZA 1O1WA 3VA3A 1JLCA 3P5JA 1UA1A 4W5NA 2ETJA 2KFZA 5KI6A 1X9SA 1LWCA 1JLBA 1JL1A 3AV9A 3SI6A 3KD5E 1HYSA 3VQPA 1Y97A 2VWJA 4M3ZA 1VSJA 4FJXA 1CXQA 1TV6A 5K14A 4F4KA 4FJ9A 3WNFA 3OYKA 1Q9YA 1NKBA 3L8BA 1BQMA 1BI4A 3T3FA 5KRSA 3HJFA 2P5GA 3ITHA 4LSLA 4CEOA 3TANA 3ZSYA 4KV8A 4FJKA 5HLFA 3CYMA 4CE9A 5J2PA 4CEQA 1DTTA 1D8YA 1WAFA 3AO5A 4DQQA 4GVMA 3B6OA 4CJWA 1ZYQA 4J2DA 3OS2A 2HHUA 4QOZB 1S1TA 3AVKA 1VSFA 1X1PA 1Z25A 4CGJA 4BDZA 4CJFA 3KLGA 4E7LA 2PYLA 4FK2A 3HP9A 3SV3A 3HL8A 4FCYA 5C42A 4EZ6A 1K6YA 4KTQA 4HUEA 3NF8A 5C25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J54A 3CCVN 4GKJK 2O8EA 4E89A 3V9ZA 4NXNK 4ELUA 2E8AA 3IG1A 1ZBSA 3ZT0A 3WEEB 2XO7A 4BVPA 3H3NO 4MLHA 3HPOA 1WN7A 2E4LA 1NJZA 1JKHA 4O4GA 2RKIA 1X9JA 3F2KA 1VSLA 3QEWA 3AO2A 5ELZA 3HTVA 4X62K 4H5VA 3CPWM 1N36K 4E7KA 4X65K 1IV0A 4YOWA 3RWUA 1TKTA 5KPZA 4JHDB 4BGAA 4ISEA 5KQDA 3NGZA 1HR0K 3N4QA 4QCLA 4JKEA 4M7XA 5IT9O 4Y1CA 2B5JA 3HRGA 4CD3A 1VRTA 2VGMA 1BA0A 1ZC6A 4Z4HA 3EE8A 3EZWA 3HVTA 2P9LA 4ILGB 1FJGK 5T7BA 4Z4EA 4BQZA 4Z4FA 3H45C 3QNNA 4YDUA 1NG9A 3CPEA 2P9IA 1NGJA 4OGCA 1KAXA 1TL1A 5J1EA 2PYJA 1T6DA 5C24A 1KLMA 4I2QA 1IKXA 3T1HK 2GWKA 2ITGA 3S3MA 1RT1A 3A0IX 4FOEA 4BRPA 3SJJA 2Q31A 4FLVA 3RR7A 1HKCA 4F9OA 5FROA 4OGEA 4DTXA 3ZSXA 4DR3K 1NGAA 3O4WA 3RVCA 1NKEA 1YITN 1TUYA 1VQ7N 2PZSA 1T7PA 5SZTA 4C8OA 4NLCA 1XHZA 3MXJA 3HZ6A 1VSMA 1NKBA 1ASUA 4PA1A 1J6ZA 1BCMA 4JKBA 1YJ9N 2KZMA 3FFKB 1RBRA 4DV0K 1HPZA 2X6SA 3VOVA 5C15A 1W7AA 3HOSA 1HNWK 1J9AA 3SAFA 4LFBK 4FPAA 1Q86O 3EKSA 3SPZA 2HHVA 2VQEK 3VQ5A 1C0UA 3VF4A 4FJ5A 3VF6A 4M3WA 4J8FA 4HHTA 4CEEA 3THXA 3MCPA 3HXMA 1RT3A 3V6DA 3GL1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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