2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
1UOCA 4Z4EA 4F2RA 4TSXA 3O3HA 2D0CA 3DM2A 5CZ1A 2YNHA 2YNGA 4FLYA 4CJTA 4CGDA 4CFAA 3SQ1A 3C94A 1HJRA 2A1RA 1LWEA 2FBTA 2D0AA 3OVNA 4H4MA 3VA3A 2HMIA 4DQQA 1WAJA 3QESA 3P83D 4RW7A 3ASMA 3KKRA 1SL2A 1RT2A 1S9GA 1SL0A 4FLTA 4OJRA 4H8KA 4HVJA 2VG6A 3PX0A 4DS5A 4DSKA 4ELVA 3TAFA 1HQUA 2QXFA 2PY5A 4FJGA 1VSJA 3V9SA 2YKMA 1S9EA 2IAJA 3DRPA 2O4GA 3ISNC 3ZT4A 2GBZA 2I5JA 3NH0A 5J2PA 1QSSA 2XRIA 4EZ9A 3HVTA 1W9HA 3HVRA 4HCBA 3V1QA 1BISA 2GUIA 4HHTA 4CJVA 3U6FA 4DLGA 3DI6A 4W5TA 3IG1A 4FK0A 4IDKA 4BWMA 1LWFA 3V1OA 4W5RA 4DFJA 3SUQA 4RW6A 4FZYA 1RBSA 3QLHA 5KI6A 1T8EA 1KFSA 4FW1A 3HP9A 4N5SA 4DMNA 4C8KA 1HYZA 3C6UA 4OPJA 1T03A 2FBYA 4KAZA 2HW3A 3LP0A 1T7PA 2HNZA 4KO0A 4E19A 1TKXA 1YVUA 2ITGA 1T05A 4N47A 3NHGA 1SKRA 3KD5E 1ASUA 2AJQA 4KTWA 3WNHA 5K14A 4PY5A 2EHGA 2NUBA 3P1GA 3NGZA 3DYAA 4JS5A 3B6PA 2PYLA 2PZSA 3DLEA 3AVMA 3S9HA 5HLFA 4FYDA 3DRRA 4KRFA 2XY8A 1G15A 4LSNA 3NGIA 3QEXA 4F2SA 2YNIA 4DFMA 3V1RA 3RMDA 2IS3A 1QSYA 4BWJA 4RW9A 2HHWA 4DQPA 4FCYA 4CEQA 3ZT0A 3V4IA 1HMVA 4KHWA 4HUFA 3ITHA 4CGJA 3QETA 5HROA 1X9WA 3RR7A 3ULDA 1WSGA 2YKNA 2F8SA 1IKVA 2ETJA 3O4QA 2Y1JA 1TKTA 3PX4A 3OYMA 3TAQA 4CEOA 2Y1IA 4DFKA 1TL1A 3HO1A 3DLGA 2G8VA 1NKCA 3AVIA 4FJMA 3DOKA 2HHXA 1S1TA 3SQ4A 3TR8A 3HM9A 3VQBA 4DU3A 4FK2A 4OGCA 4ELUA 4CFCA 1S1XA 4PQUA 1WSFA 1A5WA 3VQCA 4Q5VA 1RCHA 2HB5A 4DFPA 3OYBA 1XI1A 2IOCA 5HRPA 1JLBA 3LP1A 4FLXA 3SCXA 4K8XA 4CERA 2QK9A 4KHUA 2YNFA 1NJYA 4JLHA 4CCHA 1C1AA 4KFBA 2ZE2A 2GV9A 5EU7A 1YTAA 3WNGA 4DLEA 1NJWA 1UA1A 1Q9YA 4B9SA 5FROA 4KTQA 1VK0A 4FJNA 2G8IA 4PUOA 1IO2A 3DLKA 3KK2A 2WOMA 4LY7A 1FKOA 4CK1A 2EX3A 4CHNA 4M42A 4ID1A 4AILC 4DSLA 3IRXA 3NF9A 1Q9XA 1BQMA 3V81A 1NK7A 1BQNA 4OKEA 3K59A 1IKWA 2HHQA 4E7IA 1FK9A 3RRHA 1C1CA 1MU2A 2E6MA 4KKOA 4DTJA 1TAQA 1XC9A 1KLNA 4DTNA 1DTQA 4IG3A 3A2FA 3NF7A 1IG9A 2HHSA 4FJ5A 5DK5A 2P1JA 3AVAA 1NK4A 1N6QA 2DY4A 3LPUA 3P5JA 4C8NA 1X1PA 4OLAA 2RN2A 3AA5X 5HBMA 5KTQA 1SKSA 1NK8A 1CZ9A 1KSPA 1D5AA 1YT3A 3LANA 4XIUA 3T3FA 4M3TA 4CF0A 1KVBA 2DFFA 4RG8A 2P5OA 4CJFA 3LP2A 3VN5A 4DTRA 1J54A 4O0IA 3U3YA 3DLHA 4KI6A 3VQPA 4CF8A 4CEFA 3EY1A 3KK1A 3AVHA 4F4KA 2E6LA 4FM0A 3TWHA 4CIFA 3RRGA 3SUOA 1B92A 2G8KA 4CIGA 3ZSYA 3PUFA 4K8ZA 3L2RA 1L3TA 4O55A 1CLQA 4FM2A 3UIQA 4CJQA 3K57A 1ZBUA 3CFOA 3K58A 3NH2A 3SYZA 3NGYA 4CF1A 4FJJA 1HYVA 4E1MA 2OZMA 3AVNA 4QAGA 5FDLA 1QQCA 4CHZA 3TI0A 4B08A 1BCOA 1TKDA 3DLRA 2KFNA 2KFZA 1RBTA 4B3OA 3OJUA 1NJXA 2VWJA 1I39A 4BDYA 1JLCA 4FJ9A 5C25A 4FK4A 1VSHA 1KLMA 4OKJA 3NE6A 4FLUA 4Z4FA 1BI4A 4DF8A 3V9XA 1LV5A 2OPRA 1QHTA 3F9KA 5SZTA 2BDPA 1JLGA 1RDDA 1N5YA 4NYFA 4CJEA 4FLZA 1JLFA 1JL1A 1TGOA 3OYAA 4Z4CA 1ZBLA 5KGWA 3HPGA 1Q8IA 3CFPA 4YNQA 3TARA 4DQIA 4AH9A 1CXQA 1RT6A 1RT4A 1WSJA 1BCMA 4C8MA 3DLBA 2Z1HA 4DSIA 4KB1A 1L5UA 1UAXA 3TAPA 4MQ3A 1VSIA 3JYTA 4E7KA 1TK8A 1RT7A 3E01A 4YFUA 3LZIA 4FJIA 3B6OA 1KCFA 2HHVA 5HRSA 1WSIA 4I2PA 5HRNA 4EZ6A 3KLIA 4CGGA 4E7HA 1CZBA 4W5NA 1BL3A 1SKWA 1ASVA 2IC3A 1HNIA 3MECA 4Z0UA 1RTJA 4KHNA 3DMJA 1U45A 3NBPA 4CEDA 3NH1A 1JLAA 1BGXT 4LD0A 3VQ7A 4AHVA 4Z4IA 1RBRA 1EKEA 3LP3A 3PO4A 4NYNA 4CJWA 4KHSA 4QOZB 3WNFA 4H4OA 1LW0A 3T1AA 3QNOA 1ZYQA 3VQ9A 2OZSA 2HNYA 1D8YA 2B6AA 3SV4A 4FXDA 4AHTA 1VSFA 4CF9A 3SQ2A 1L3SA 3TABA 3M8PA 1WSEA 4IG0A 3K5MA 3V6DA 5JS2A 3HPOA 4ZTFA 1JLQA 3KTQA 5I42A 3AA3A 3CM5A 3SPYA 4B9UA 4DU1A 1SL1A 3AVJA 3ZSZA 3RR8A 4KREA 1WNSA 1VSMA 1TK0A 4DWIA 3AVFA 5FRMA 3TANA 3CFRA 1K6YA 2B4JA 4CJLA 3KD1E 4CK2A 4J2BA 3OYDA 2KZMA 1QTMA 3KLFA 4E1NA 5J2QA 3KJVA 1GOCA 3VQ5A 1Y97A 2P5GA 2Q3SA 5T7BA 4EP5A 3S3NA 4B9MA 3ZT2A 2JLEA 3K2PA 4W5OA 3QEVA 4CHQA 3MXMA 3RWUA 4J2DA 4E89A 2KZZA 5KRTA 4I2QA 3SQ0A 4EP4A 4FZZA 2G8UA 2F96A 4Q0BA 3QEWA 1NOYA 3CQ8A 2OPQA 1WSHA 1Z25A 4O5BA 4LH4A 1TV6A 5KRSA 3ALYA 1ZBFA 2B5JA 2LSNA 1RBVA 3HYFA 3NFAA 2Z1IA 3L2UA 4DTOA 3PY8A 2KQ2A 4HUGA 2DFHA 2YHAA 1RTIA 5CYQA 3HXMA 3KIOA 1VSEA 1VRUA 4DTMA 3F73A 4FM1A 1A5XA 2G8WA 1QS4A 2DTUA 4BDZA 1BIUA 1NK5A 1KFDA 2VWKA 1FXXA 4ICLA 1IKXA 5C24A 4ELTA 4DG1A 3RTVA 1NK6A 1SV5A 3EZ5A 2FBVA 3OS0A 1NJZA 2X6NA 1BI4B 1KVCA 4G1QA 4DTPA 3PO5A 1HNVA 4AHRA 1WAFA 4L8RB 1C0MA 1IKYA 2BANA 3LPTA 4CHPA 4KV8A 2G8HA 3KLEA 4Y1DA 3HJFA 4AHUA 3C6TA 3AVBA 3OJSA 4BE0A 5J2MA 4M45A 1RT1A 1J53A 4N76A 3QIOA 3O3FA 2VG5A 4FJXA 4DSFA 1REVA 3AO1A 1UWBA 1DTTA 3HL8A 3K5LA 4J2EA 5DMRA 3VQEA 1WLJA 4CEBA 4HUEA 4FZXC 3OYNA 1J5OA 4CJ5A 4OLBA 2YHBA 1JXBA 1JXEA 2XO7A 2KTQA 3H08A 4DTSA 3C95A 1XHZA 4OPKA 2HVIA 2X78A 3MXIA 1S1VA 2ZQBA 1O1WA 3OYGA 1S6PA 1X9MA 3HPHA 4DF4A 4Z4GA 2OPSA 2DFEA 1NKBA 4CGHA 2E4LA 3I0SA 4BDPA 3MEGA 2PYJA 3AVKA 2D0BA 3VQAA 3OYHA 4FJKA 4B8AB 4PA1A 1F21A 3OYIA 2XY5A 5J2NA 1YTUA 4E7JA 4PWDA 3FFIA 2X6SA 4CESA 4ZTJA 2Z1JA 3DRSA 4ID5A 4I7FA 4RW8A 5HRRA 3VQ6A 4CJ4A 4CFBA 4CFDA 3OYFA 3EYZA 4DSJA 4CJRA 1IH7A 3AO5A 4CEAA 3L3VA 4CE9A 5C42A 3RMBA 3ZT1A 4FJ8A 1LAVA 4DQRA 4FJ7A 3MAQA 4B8CA 1EX4A 1NKEA 1LWCA 4NCGA 3K5NA 2OA8A 4Y1CA 4IKFA 1NOZA 4M3YA 4OVLA 2P51A 2ATQA 3OYCA 1JLEA 3PV8A 1DLOA 4MFBA 4M3RA 3TAGA 3M8SA 1GOAA 1U47A 2G8FA 4N41A 2A1SA 4M3WA 4KB0A 3HK2A 1VSDA 1C0UA 3CM6A 4I9LA 2RKIA 3I0RA 3NF6A 3ZSQA 4N56A 4HTUA 5D3GA 1KRPA 1KTQA 3SZ2A 2HHUA 4DU4A 4I9QA 1RDBA 1WN7A 1D9FA 2FBXA 3LAKA 1TKZA 2BE2A 3SUPA 2VG7A 4M3UA 3QEIA 4FJLA 1ASWA 3L2QA 1U48A 4GVMA 3M8QA 1S1WA 1TAUA 1U04A 4OKKA 3VA0A 1C6VA 3CYMA 4NCAA 3L8BA 4FW2A 4BE2A 3MEEA 3AO4A 3O3GA 1W0HA 3KKSA 3O4NA 3AVGA 3NDKA 1TL3A 1BIZA 4IFYA 1RTHA 3HT3A 2IGIA 3DOLA 3LWMA 4DTUA 1UA0A 3ZCMA 1S6QA 1VSKA 1S1UA 4CECA 3AVCA 5CYMA 3LWLA 1EP4A 4CHOA 4BACA 4DQSA 4UQGA 3V9WA 4FLWA 2X74A 2HVHA 4OGEA 4F3TA 3AO2A 3ZSOA 4CEEA 4B9TA 2F8TA 1HPZA 3ZSWA 4JRQA 1ZBIA 3AA4A 4O4GA 1GOBA 4FVMA 2IDOA 2OPPA 3NAEA 3RMAA 1BHLA 2ZD1A 3MEDA 4CJSA 3U3GA 3PX6A 3THVA 2QKKA 4LSLA 2RPIA 3SPZA 1J9AA 3S3OA 4F3OA 2YV0X 3OS2A 3NCIA 4C8OA 3BGRA 4JS4A 3VQQA 3L2WA 3OYKA 4M3ZA 1RT5A 5J1EA 4CIEA 1LAWA 3T19A 2BGGA 1NK9A 1HQEA 1KVAA 3TAMA 5E41A 4B9LA 4KHQA 3OYLA 1A5VA 3LZJA 2R7YA 3WNEA 4R5PA 4B9VA 4DSEA 1VRTA 3D45A 3QO9A 4LH5A 3HP6A 3VQ4A 3D0PA 3AO3A 3OS1A 1U4BA 4CK3A 5CZ2A 4E3SA 4E7LA 3KK3A 1L3UA 1TVRA 1RT3A 3LALA 3AV9A 4AHCA 1C0TA 4CGIA 4AHSA 3SV3A 1FKPA 1LW2A 3NF8A 3QNNA 2QKBA 4WE1A 1RBUA 2WONA 4QCLA 2HHTA 2XY7A 3V9ZA 4M41A 3S3MA 2Z1GA 3G0ZA 3SNNA 1HYSA 3IAYA 3V9UA 2O4IA 1VSLA 2KW4A 4B9NA 4IFVA 5CY4A 3TAEA 4M3XA 2D5RA 1NK0A 1L3VA 4J2AA 1JKHA 4F8RA 4FJHA 4HCCA 2RF2A 4O44A 3JSMA 1Z26A 4W5QA 3L2VA 1I3AA 1S5JA 3KLHA 3QEPA 3I8DA 1U49A 1D9DA 2OYQA 3LAMA 1ITGA 1EETA 3AVLA 4CJPA 3MXJA 3M8RA 3QINA 3SJJA 3ZT3A 1ZBHA 4CEZA 3HSTB 3L3UA 5HP1A 1RTDA 5KGXA 1B9FA 4DS4A 3OY9A 1CXUA 3VQDA 1R0AA 3BDPA 4KI4A 4RW4A 1QSLA 4DTXA 4Z4HA 2XY6A 1XHXA 3ZSXA 1X9SA 4CHYA 3G10A 4O0JA 4KHYA 1B9DA 3OYJA 4ZHRA 3RMCA 4C8LA 1HRHA 2W42A 4NCBA 1RILA 5FRNA 1RDCA 1XWLA 4JRPA 3CG7A 4KTZA 3SUNA 3QERA 3IS9A 2FC0A 3ZSVA 4CF2A 2XHBA 5JS1A 3ZSRA 4GMJB 1RNHA 5I3UA 4FLVA 1C1BA 4BE1A 4KPYA 4E0DA 2HNDA 3K5OA 4GW6A 1JL2A 3OYEA 2JGUA 4CGFA 3AA2A 1RDAA 4CJKA 3KLGA 3QIPA 1TK5A 4CJ3A 4IBNA 3SI6A 1SUQA 1EXQA 3LDSA 3VQ8A 1QE1A 5SWMA 4CJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZJB 3E9OA 4YOWA 1S72N 1ESVA 2YNHA 2YNGA 1E4FT 4CFAA 3C94A 4K0KK 3S41A 3O5BA 1BDGA 2D0AA 3OVNA 3VA3A 2QTDA 3QESA 3P83D 1RT2A 2KLAA 4U67L 3PX0A 4ELVA 1HQUA 3V9SA 2YKMA 3OA9A 2QWOA 3ISNC 3ZT4A 5CHIA 3NH0A 1QSSA 4EHUA 1W9HA 3HVRA 3V1QA 1BISA 3OHRA 2QEXN 3U6FA 2A3ZA 3DI6A 4BWMA 4W5RA 3THXB 2AP1A 4JI0K 4X64K 4X62K 3CHWA 1X3NA 3HRGA 4OPJA 2FBYA 3TTFA 3LP0A 3LDQA 3KD5E 3MMVA 1NLVA 2EHGA 4UY8O 2W6LA 3P1GA 3NMUA 5AQIA 4JS5A 2DPNA 3S9HA 3CC4N 2V52B 2V7ZA 4WF9L 1G15A 3LM2A 4OPAA 2YNIA 3RMDA 2IS3A 4CEQA 2Q1NA 4BC2A 3JAMO 3ULDA 1WBDA 3CCEN 4ILGB 1IKVA 5HL7L 1TKTA 2O8FA 1LCUA 3PX4A 3OYMA 1TL1A 3DLGA 3SAFA 3AVIA 5GIPA 3DOKA 3SQ4A 3HBTA 3HM9A 4DU3A 1VHXA 2NRVA 2VYPA 4ELUA 1D4XA 4BQZA 4PQUA 1WSFA 3VQCA 1RCHA 4BQLA 3OYBA 3LP1A 4CERA 2QK9A 4KHUA 2YNFA 2ZE2A 4KTQA 2A40A 2P9LA 2G8IA 2GTDA 3R6MA 4M7YA 3KK2A 4LF9K 4DR4K 4LY7A 4JYAK 4DSLA 3IRXA 5C10A 1Q9XA 3FE1A 2CGKA 5ADXA 3AGRA 4CZIA 4OKEA 4JKEA 3K59A 1FK9A 3RRHA 1EWRA 1MU2A 4IG3A 1NNEA 3A2FA 1IG9A 4FJ5A 3VETA 4DR3K 5AQUA 2DY4A 4JKBA 2IIRA 4QS9A 5HBMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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