2G8WA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8wA00
4WE1A 3LP2A 4E1NA 1NKCA 3MXMA 1JLCA 3CFOA 2P5GA 4CF1A 3QINA 1LWEA 2QKBA 3ZT2A 4NYFA 4B8AB 3RMAA 2KZMA 1JXEA 1RBRA 4LSLA 1BQMA 4W5TA 1T8EA 1S9GA 1HYSA 1ASWA 3C95A 4Z4HA 1W9HA 3NF9A 3RTVA 3TI0A 2PYJA 1WSFA 2P51A 3V9ZA 3THVA 4DQIA 1YTUA 4KTZA 3E01A 4CGDA 3SPYA 4BE1A 1VSKA 1C0MA 4J2BA 1Z25A 4FVMA 3SUPA 4AHRA 2DY4A 1BGXT 4EZ9A 4HVJA 4AHVA 3DYAA 1RT6A 2OPRA 3S3OA 4KHWA 4FZXC 4RW7A 3HXMA 3VA3A 4IKFA 4BACA 3QLHA 5CYQA 1RDAA 4CEEA 4CJWA 3B6OA 1RBVA 3K5OA 3LZJA 3OS1A 1NKBA 3KD1E 3DM2A 1LW2A 4HUGA 3ZT1A 2HHQA 3DLKA 4OPKA 4QOZB 1WLJA 1FKOA 4DU4A 1CXQA 1JLAA 1FXXA 2ZD1A 3G10A 3QIOA 3ULDA 5EU7A 1C1CA 2XY7A 2PYLA 3ZCMA 3HPGA 4FLWA 1F21A 1O1WA 3ZSOA 4IDKA 4CK1A 4FK4A 4ID1A 1T03A 1RNHA 5JS2A 1NJXA 1QQCA 2JLEA 4ELTA 4DLEA 3IS9A 2OZMA 5FRMA 1VSEA 1SKWA 4CJUA 3AVHA 3TWHA 1IKVA 4CEFA 1SL0A 1HQEA 3LP3A 4DQPA 1BL3A 1EP4A 3K5LA 3HVTA 3HP6A 4FJMA 2IAJA 1T05A 1WN7A 3KK1A 1QSSA 4DTJA 4FK0A 1EKEA 4FJKA 1RT5A 5HLFA 4B9MA 2FBTA 1KVCA 1LWCA 5J1EA 1RTJA 3AA5X 5KRSA 1RTIA 1LWFA 1HPZA 3O3FA 3OYIA 2RPIA 4CGFA 4BDYA 1QHTA 2IC3A 4BE0A 1KVBA 1QTMA 3L2VA 4JS5A 4F2SA 4CIEA 1UOCA 4FK2A 4O44A 3D45A 1B9DA 4W5OA 5HRRA 4Q0BA 4ZHRA 3NBPA 2OYQA 4H8KA 4CIGA 1C1AA 3TAQA 3ZT0A 3VQAA 4CF2A 4DU1A 1D9DA 1KSPA 2IDOA 3P5JA 4I2PA 4O55A 3B6PA 2QXFA 3PX4A 4B9VA 4E1MA 5HRNA 3I0SA 4E7LA 4M3TA 1X1PA 3OS2A 1ITGA 3AO1A 3V1OA 1L5UA 4NYNA 4CGJA 1JLBA 4J2DA 3HYFA 3AVJA 4BDZA 3T3FA 1TGOA 4MFBA 1KRPA 4CFDA 4CECA 2P1JA 4LD0A 4ICLA 1WAJA 4IG0A 3LAMA 4H4OA 5K14A 3VQ7A 3VQ8A 4CE9A 1L3SA 3DMJA 4FLTA 3TR8A 4N41A 3QERA 3LALA 3ALYA 5HRSA 3NE6A 2X78A 4FLVA 4DTOA 1GOAA 1IH7A 2A1SA 4CJ3A 1ZYQA 2KFNA 1BQNA 4O0IA 2G8VA 1TAQA 4IG3A 3VA0A 3OYDA 1ASVA 4KKOA 4Y1CA 3VQEA 2IOCA 3LPUA 3HM9A 2XY8A 1HJRA 4CJVA 3AVKA 3NF8A 2VG7A 4CESA 1U45A 4F2RA 1N6QA 1HRHA 1KLNA 1WAFA 3OYLA 4FLZA 2HHWA 2YHAA 1LAWA 2LSNA 4DFPA 3SJJA 4FLUA 4KAZA 4DU3A 3CFRA 5D3GA 4N56A 3KD5E 4JRPA 4OVLA 3SQ2A 3HP9A 2ETJA 3SUOA 4QCLA 4CJRA 3AA2A 4W5NA 5KRTA 4B9SA 1RTDA 3NDKA 1BCMA 3C94A 4CJTA 2P5OA 4CJPA 1BHLA 4CJFA 1REVA 2IS3A 1RT1A 1KTQA 1MU2A 3K5NA 3K59A 3VQ5A 4CIFA 1HNVA 4FYDA 3MXJA 1NOZA 4RW4A 2YNGA 3TAEA 3HSTB 2IGIA 2WOMA 4M3XA 3C6UA 3AVIA 3ZSRA 3NFAA 3V81A 1YVUA 3D0PA 3QNNA 4DTUA 4OKJA 4M3RA 4CJLA 3U6FA 3S3MA 1C1BA 4DFKA 1NK0A 4J2AA 4M3ZA 4AH9A 2KTQA 2I5JA 1CZ9A 3KK2A 3L3UA 3OYEA 4FLYA 3RRGA 4I9LA 2Y1IA 1B9FA 1RT3A 4CGIA 3OYCA 3RMCA 3WNFA 1NK8A 3O3GA 3TAMA 3AVGA 4B9NA 4FLXA 4DTRA 3MEDA 2BGGA 3DLBA 2G8WA 4EP5A 3L3VA 5KI6A 3VQ6A 4CF9A 3CG7A 4GMJB 4E89A 2HVHA 1IKXA 4NCGA 3AO5A 2QKKA 4Y1DA 2AJQA 2B5JA 3TARA 4KPYA 1IO2A 2VG6A 4DTNA 1CXUA 3LP0A 4FCYA 1RCHA 3NF7A 4CF0A 4FZZA 4PQUA 4Z4CA 5FRNA 2Q3SA 4GVMA 3BGRA 4E7IA 2GUIA 3HL8A 3OYAA 3OYJA 3I0RA 1S5JA 1BISA 2BDPA 4KHSA 4R5PA 3RR8A 3AA3A 4AHSA 4B08A 3KTQA 4KHQA 3LP1A 4FJGA 1NJWA 4E7HA 4CJ5A 2KW4A 3TABA 3SUNA 4PA1A 4ZTFA 4OGCA 4ELUA 3ZSYA 1TK5A 3DOLA 3HVRA 1RBSA 1WSIA 4DSFA 5FROA 3QEIA 3VN5A 1TK0A 1WSHA 1GOBA 3AVFA 3DLGA 4ID5A 4KFBA 3DLRA 3VQDA 3WNHA 4DS5A 2WONA 2B4JA 4OPJA 3AVAA 3DLHA 1VSLA 2B6AA 1GOCA 3OYNA 3NAEA 2XRIA 3KJVA 4HUFA 1LAVA 3V4IA 2X6SA 4H4MA 3L8BA 4EP4A 3O3HA 4DFMA 4CGGA 1TVRA 4FM2A 1WSJA 4CK2A 1TKDA 2HHSA 4KV8A 2KQ2A 3V9XA 4F3OA 1LV5A 1S1TA 2DFEA 1TAUA 1KLMA 1TL1A 4GW6A 3VQ9A 3KLEA 4I2QA 2HNZA 3ZSZA 3ITHA 4JS4A 1TK8A 1L3UA 4FJ8A 3UIQA 1JL1A 4W5RA 1TKXA 1Y97A 2X74A 3AO2A 1TL3A 2OPPA 1U47A 3CQ8A 3TAFA 1CLQA 1XHZA 4CHQA 1L3TA 4DF8A 1D8YA 1NOYA 4CGHA 3K57A 3DLEA 4DFJA 3L2WA 4CHZA 2FC0A 1HMVA 1KVAA 1S1XA 1VSMA 4MQ3A 5CYMA 4CEDA 3OYHA 4DQSA 3M8PA 4DQQA 3K5MA 4LSNA 3QESA 1SUQA 1XHXA 5CZ1A 5HRPA 3OJSA 4BDPA 1NK6A 3DRPA 3AO3A 3F73A 2PZSA 1JL2A 4N47A 2XY5A 4KHYA 1KFDA 1NK7A 5I42A 4FZYA 4CJEA 4NCBA 1TKZA 4LY7A 3PY8A 1Q9YA 1U48A 5SWMA 1RDDA 4C8KA 3AO4A 5CZ2A 5E41A 3QO9A 1IKYA 4FW1A 4DSEA 4FJ9A 1LW0A 1I39A 4DTXA 3QNOA 4DSKA 2ZE2A 4KTWA 3RMBA 3OYFA 4XIUA 3NH2A 1A5XA 1XWLA 3T1AA 2OA8A 3ZSVA 3TAGA 2E6MA 4HCCA 2QK9A 3SCXA 3P1GA 1JLEA 1IKWA 3OYKA 5DMRA 2D0CA 1QE1A 5CY4A 4DLGA 1WNSA 4B8CA 4F4KA 4OJRA 2G8KA 3DOKA 1VSFA 3M8RA 4KO0A 1VSJA 3LAKA 3V6DA 3NF6A 4FJ5A 3NGYA 2KZZA 4DWIA 3DRRA 4E0DA 2KFZA 4ZTJA 3MEEA 4RW6A 4CK3A 4CJSA 1A5VA 4LH5A 1Q8IA 4DSLA 4BWMA 4O4GA 5C25A 3ISNC 3V1RA 5DK5A 4B9TA 1DTTA 1WSEA 4CFAA 3RMDA 2G8UA 4B9LA 1WSGA 4FJ7A 3HJFA 2YKNA 1VSHA 3O4NA 3SQ4A 3OYMA 4FJJA 2YNIA 3SPZA 1SL2A 4AHTA 2VG5A 1EETA 4OGEA 4DQRA 4KI4A 2HHTA 3KLGA 4C8OA 2A1RA 1I3AA 4JLHA 3OS0A 3VQCA 4OKEA 4FW2A 4DSJA 4CHPA 2E4LA 1KCFA 3WNEA 5J2QA 4G1QA 4IFVA 1RBUA 4CFCA 3NHGA 3SQ0A 3DI6A 2G8HA 2HW3A 2O4GA 4TSXA 3ZSQA 1SKRA 1RBTA 4I9QA 1RTHA 1K6YA 4E19A 4CJKA 3M8QA 2HHXA 4O5BA 1W0HA 4CCHA 1UA0A 4Z4EA 3LPTA 4CEAA 3MAQA 1BI4A 2DFHA 3IAYA 1ZBLA 4BWJA 3KLIA 3VQPA 4HTUA 1ZBFA 3M8SA 1J5OA 4DMNA 1S6QA 3KKRA 3LWLA 3JYTA 2Z1GA 2HNYA 2EX3A 1C0TA 5HBMA 3VQ4A 3NGZA 3L2UA 3CYMA 1T7PA 2HHUA 3G0ZA 1S1VA 1ASUA 3KK3A 3ASMA 3MXIA 1C0UA 3PX0A 1U4BA 1J53A 4K8ZA 3V9SA 4Z4FA 2DFFA 3K2PA 1BCOA 3L2RA 2Y1JA 1S1WA 2O4IA 3LANA 4BE2A 4HHTA 1CZBA 1VSIA 2EHGA 1JKHA 4IFYA 2VWKA 4N76A 4Z4IA 4PY5A 3HO1A 1G15A 2HVIA 4QAGA 1J54A 3NGIA 3LZIA 4HUEA 2R7YA 4RW9A 4FJIA 4FM0A 4E7JA 1SL1A 1B92A 4JRQA 3PV8A 4C8LA 3LWMA 4CEZA 4E7KA 3QEVA 3CM6A 4CJ4A 1D9FA 5HROA 3AA4A 3ZSWA 1HYVA 2OZSA 1ZBIA 3OYBA 4CFBA 2F8SA 4KREA 2ZQBA 4LH4A 4YFUA 4KRFA 2W42A 4CHYA 3H08A 4RG8A 1TKTA 4YNQA 4DS4A 1JLFA 3A2FA 1QSLA 1SKSA 4J2EA 1HQUA 1Q9XA 4M3WA 4Z4GA 3AVMA 3O4QA 2GBZA 5KTQA 3HK2A 3QETA 4L8RB 3AVLA 2FBYA 3U3GA 4DTMA 3PUFA 4PWDA 1BI4B 3ZT4A 4CEBA 5C42A 1YTAA 4DTSA 4CERA 1NK5A 1NJYA 3V9WA 3QEXA 3SQ1A 1S1UA 4CEQA 4M3YA 1JLGA 4PUOA 4O0JA 1L3VA 3RR7A 1RDBA 3T19A 2YV0X 2BE2A 1RDCA 3ZT3A 1X9MA 1RILA 1ZBHA 3AVNA 3QIPA 1BIZA 4DTPA 1Z26A 4CHOA 4AILC 5J2PA 5I3UA 2G8FA 3S9HA 4KB0A 4OLAA 1SV5A 3NH1A 1JXBA 4C8NA 2RF2A 1U04A 3AVCA 4ELVA 2RN2A 4DSIA 1J9AA 3RRHA 5C24A 1NK9A 3KIOA 3SNNA 3S3NA 3C6TA 1R0AA 1X9SA 4B3OA 1QS4A 3L2QA 4M45A 4N5SA 4W5QA 3BDPA 4HCBA 1VRUA 2Z1IA 3OVNA 2RKIA 5J2MA 3SI6A 3CM5A 2E6LA 2Z1JA 5J2NA 4M3UA 2XHBA 2OPQA 2OPSA 4FXDA 5SZTA 3OJUA 3K58A 4B9UA 4F3TA 3U3YA 4E3SA 3PX6A 4KHUA 4FJHA 4CJQA 3SV4A 1BIUA 1KFSA 2X6NA 1EX4A 3CFPA 4F8RA 4CEOA 2Z1HA 2YHBA 4CF8A 1HYZA 3V9UA 4FJXA 1DLOA 2HHVA 4CHNA 1VK0A 1VRTA 2JGUA 3FFIA 2GV9A 1A5WA 5T7BA 3IRXA 4FM1A 1ZBUA 1EXQA 4I7FA 2YKMA 1QSYA 1S6PA 3KLFA 5KGXA 3KKSA 4KB1A 4DG1A 2DTUA 2YNFA 3EY1A 3JSMA 1N5YA 3PO4A 1FKPA 3NH0A 5FDLA 3EYZA 3TANA 5JS1A 1RT4A 1RT2A 1TV6A 5KGWA 4M41A 3EZ5A 1UAXA 3LDSA 2VWJA 4K8XA 2F8TA 4UQGA 1U49A 3TAPA 3AV9A 3WNGA 2D5RA 3AVBA 1NK4A 1NKEA 3OY9A 1NJZA 4AHCA 4KHNA 1XC9A 4DF4A 4OKKA 3QEWA 2PY5A 1YT3A 4KTQA 1VSDA 2FBVA 4AHUA 3I8DA 4FJNA 4C8MA 2XO7A 3P83D 1HNIA 4RW8A 1JLQA 1XI1A 2D0BA 4KI6A 2YNHA 3MECA 1RT7A 1S9EA 3VQQA 3NCIA 4OLBA 3KLHA 2BANA 3SUQA 4IBNA 4EZ6A 4FJLA 2ITGA 1FK9A 4Z0UA 3ZSXA 3SYZA 2F96A 2HB5A 4NCAA 1C6VA 1UWBA 2NUBA 3IG1A 2HMIA 2G8IA 3DRSA 1UA1A 1X9WA 3RWUA 3HPOA 2XY6A 3SZ2A 3HPHA 3VQBA 2D0AA 2HNDA 3MEGA 4Q5VA 3SV3A 1D5AA 5HP1A 1IG9A 3V1QA 1DTQA 3QEPA 2FBXA 2ATQA 4M42A 3PO5A 3HT3A 3F9KA 3OYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3RK 4H0VB 5JICA 3AAPA 3PSFA 3CFOA 4MO5A 1Q81O 2UXCK 3BEXA 3T7ZA 4B8AB 3RMAA 4X66K 4FVUA 3FZKA 4V19S 1BQMA 1HYSA 4BVPA 2HOEA 2PYJA 4DV4K 3THVA 3ENOA 2O8BB 1VQ5N 2NRZA 4NXMK 4OO1J 4DV0K 3OA9A 4HVJA 1RT6A 2OPRA 4FZXC 4RW7A 3HXMA 3VA3A 3E1YA 5CYQA 3SAFA 4CEEA 4IO8A 2ASOA 3DM2A 5F1XA 3DLKA 4F9OA 1GLCG 1FKOA 2A3ZA 3ULDA 4DR1K 4JI5K 3LM2A 2QWQA 3R6MA 3HPGA 3M3ZA 3TU5A 3ZSOA 1NJXA 3CJ1A 4ELTA 1KXPA 2P9KA 2VGNA 3TWHA 5GINA 3BP8A 3Q7CA 5EXWA 3K5LA 1JCFA 1WN7A 3KK1A 2D0PA 3RSEA 4FJKA 1RT5A 4B9MA 1BU6O 3OYIA 2WBNA 2IC3A 2NRXA 4F2SA 2BUPA 4DR7K 4JS5A 3NVKA 2GTDA 1QVGM 4Q0BA 1LOTB 3DXKA 4H8KA 5JVGL 3VQAA 4CF2A 1D9DA 1KSPA 2F9WA 4B9VA 2QXFA 5HRNA 4E7LA 4IJNA 3V1OA 2ZF5O 1JLBA 2A41A 3HYFA 4BDZA 3O1WA 4HTLA 3MX5A 2D0OA 3CCMN 3HZ6A 3VQ7A 1WAJA 3VQ8A 4H4OA 2PAVA 3TR8A 3UKRA 1GOAA 1IH7A 1ZYQA 2AA4A 3ATUA 2O8BA 3MMVA 3VQEA 2IOCA 3LPUA 2XY8A 1HJRA 1GLLO 3AVKA 1U45A 2JWLA 4FLZA 3CCQN 1LAWA 4X62K 3SJJA 2EWSA 4FLUA 4DU3A 4N56A 4XH4A 3SBTA 2WUSA 4DUZK 1GLJO 4H0PA 3R3LA 2Q2RA 4JHDB 4DUYK 3C94A 4BGAA 2J4RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B3R K;  4H0V B;  5JIC A;  3AAP A;  3PSF A;  3CFO A;  4MO5 A;  1Q81 O;  2UXC K;  3BEX A;  3T7Z A;  4B8A B;  3RMA A;  4X66 K;  4FVU A;  3FZK A;  4V19 S;  1BQM A;  1HYS A;  4BVP A;  2HOE A;  2PYJ A;  4DV4 K;  3THV A;  3ENO A;  2O8B B;  1VQ5 N;  2NRZ A;  4NXM K;  4OO1 J;  4DV0 K;  3OA9 A;  4HVJ A;  1RT6 A;  2OPR A;  4FZX C;  4RW7 A;  3HXM A;  3VA3 A;  3E1Y A;  5CYQ A;  3SAF A;  4CEE A;  4IO8 A;  2ASO A;  3DM2 A;  5F1X A;  3DLK A;  4F9O A;  1GLC G;  1FKO A;  2A3Z A;  3ULD A;  4DR1 K;  4JI5 K;  3LM2 A;  2QWQ A;  3R6M A;  3HPG A;  3M3Z A;  3TU5 A;  3ZSO A;  1NJX A;  3CJ1 A;  4ELT A;  1KXP A;  2P9K A;  2VGN A;  3TWH A;  5GIN A;  3BP8 A;  3Q7C A;  5EXW A;  3K5L A;  1JCF A;  1WN7 A;  3KK1 A;  2D0P A;  3RSE A;  4FJK A;  1RT5 A;  4B9M A;  1BU6 O;  3OYI A;  2WBN A;  2IC3 A;  2NRX A;  4F2S A;  2BUP A;  4DR7 K;  4JS5 A;  3NVK A;  2GTD A;  1QVG M;  4Q0B A;  1LOT B;  3DXK A;  4H8K A;  5JVG L;  3VQA A;  4CF2 A;  1D9D A;  1KSP A;  2F9W A;  4B9V A;  2QXF A;  5HRN A;  4E7L A;  4IJN A;  3V1O A;  2ZF5 O;  1JLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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