2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
5KRSA 2BE2A 4KTQA 1QSLA 3LZJA 2OYQA 3V9XA 4CGFA 3K5LA 3V9WA 3LWLA 1U45A 3OS2A 1Q8IA 4FZZA 1HYVA 5EU7A 1Z25A 4CFCA 1TKZA 4H8KA 4FJ5A 4NCAA 2YNHA 3AVAA 3O3HA 3I8DA 2G8FA 5K14A 1LWCA 1HRHA 4B8CA 4CE9A 1L5UA 2OPQA 2G8WA 2OA8A 3ZCMA 5J1EA 3PY8A 3K59A 3TAFA 3AVKA 5HBMA 4BDPA 2VG6A 4C8KA 4M3YA 2R7YA 2W42A 3HO1A 4HUGA 1HYZA 1D9DA 4JRPA 2Z1IA 1BCOA 1KFDA 1WSGA 1NK0A 1TGOA 1BIUA 4OLBA 5FRNA 4AHUA 4B8AB 3VQ7A 1EXQA 4CJ4A 2YHAA 4XIUA 2HVHA 3G10A 4M42A 4CJPA 3OYBA 1NOZA 4JRQA 3OYFA 4CJUA 3ZT3A 1WSJA 3U6FA 3M8RA 3NGZA 1NKCA 3AVCA 2DFHA 4CGDA 4GMJB 1MU2A 4DTOA 1XHXA 3NH2A 4KAZA 4IKFA 1VSDA 3AVFA 4HVJA 3H08A 3L2VA 2OZMA 3DM2A 3UIQA 3KK1A 3LPTA 1VSEA 3SJJA 1G15A 2P1JA 3QEWA 1FK9A 3BDPA 3B6OA 3LALA 4FCYA 3KIOA 4E7LA 5JS2A 1JLQA 1UA1A 4OKEA 3NF8A 2G8KA 4PWDA 3DLGA 1VSHA 5E41A 1O1WA 1X1PA 4I2PA 5KTQA 3OS0A 3SZ2A 3ZSYA 2XY7A 1ZBHA 2OPPA 2KZZA 2VWJA 4M41A 3WNFA 1C0TA 2VG7A 3QIPA 3SNNA 1U47A 1RCHA 1RBTA 2O4GA 3DLRA 4M45A 1SL1A 1RTDA 3BGRA 3AO2A 4B9UA 4MQ3A 4E89A 4EZ6A 1W0HA 3RWUA 1X9SA 1S1VA 1NJWA 3V6DA 3K58A 4KKOA 1FKPA 2D0CA 4FLVA 2OZSA 5C24A 2F8SA 4CEAA 1RTHA 1CXUA 2G8VA 2XO7A 1R0AA 3AVGA 4CFBA 3SV4A 4FLYA 2PZSA 4FK0A 3NGIA 1RDBA 5CZ2A 4O55A 3SPZA 4OPJA 3OJSA 4M3WA 2Z1HA 4OGEA 4Z0UA 3OYLA 2B5JA 4JLHA 1BI4A 3LDSA 3OY9A 3NDKA 2Z1JA 1DLOA 3O4QA 1TAUA 3DOKA 3DRRA 3AO5A 3NF7A 2GV9A 1HYSA 2A1SA 4DLGA 5HRSA 2HMIA 1U4BA 2QKKA 3DLHA 1B92A 1I3AA 4L8RB 4QOZB 3SUPA 4KHSA 4OVLA 4C8OA 5J2NA 1GOCA 2F96A 3ISNC 4CHNA 4DSJA 2DFEA 3DLBA 2IDOA 4CJEA 1QSYA 4QCLA 4IDKA 3QEXA 2HHTA 3K2PA 1VSLA 3V81A 2DFFA 1RDAA 2HHSA 1A5VA 4FJGA 2G8HA 3EZ5A 4CHOA 4NCBA 4CK2A 2G8UA 4N41A 1WAJA 3DI6A 4GW6A 4KB0A 2DY4A 4LSNA 4KREA 4FVMA 3KKSA 1Q9YA 2FC0A 4C8MA 3VQ9A 4M3RA 3KJVA 1NJXA 3ZSRA 3O3GA 3OJUA 4FJXA 1J9AA 2E6LA 2FBXA 1LW2A 4FJ7A 2HHWA 3LPUA 1F21A 4F3OA 1D8YA 1VSFA 2I5JA 1BCMA 3M8SA 3SI6A 3HM9A 3OYMA 1GOBA 4CESA 1JLEA 3AA4A 3CFOA 3S3MA 3JSMA 1QSSA 2X6SA 4W5TA 3D0PA 3NF9A 4CJTA 3HYFA 1KFSA 4E0DA 2KTQA 4KHWA 3DOLA 2KFZA 2GUIA 2ITGA 1JKHA 3ZT4A 1CZBA 3T1AA 4AH9A 4CEDA 3RRHA 3OYKA 1TL3A 4B9LA 3I0SA 1GOAA 1VSIA 3C95A 3OYHA 1BI4B 5FRMA 3V4IA 4IBNA 3NAEA 4AILC 1KLNA 3KLFA 4FJHA 4ZTFA 4E7KA 4I9QA 1VSMA 2WOMA 2KQ2A 4CGHA 4CJRA 4Q0BA 4DQPA 2HNYA 4W5NA 1RT5A 3AVLA 3AV9A 1NKEA 1EP4A 2D0AA 3OYCA 4FM0A 1A5XA 2E6MA 4M3UA 2Z1GA 2WONA 3DLEA 4IG0A 3AA2A 2GBZA 3OYDA 1IG9A 3ITHA 2HHQA 1LV5A 3TAQA 3NH1A 2B4JA 3NBPA 1BIZA 1XI1A 4AHVA 3HT3A 4CJKA 3DYAA 4OJRA 4DQQA 1YTAA 2JGUA 4LH4A 4KPYA 1LWFA 4DF8A 1SKRA 3ZSXA 3DLKA 1NK5A 4CJVA 1JL2A 3F9KA 3VQAA 3B6PA 2O4IA 1C1AA 1JLGA 1RBRA 2YHBA 3V1RA 3JYTA 3P5JA 4DS5A 4DWIA 4Z4EA 3V9SA 1RT6A 4FJLA 4CJ3A 3S9HA 5HRPA 4FJKA 1IKVA 4CK1A 4J2BA 3WNEA 3P83D 4KTWA 3QESA 3SPYA 2IS3A 1RT4A 2KZMA 1VSJA 3VQPA 2YNIA 1NJZA 4K8ZA 1WSHA 4IFVA 2Y1IA 2HHUA 3SCXA 2FBVA 4O5BA 4FLZA 4Z4HA 3IS9A 5HROA 3CM5A 1RT7A 3AVMA 4CHQA 1KVBA 1BHLA 1RT2A 2HNDA 3AVJA 3QEVA 5JS1A 5FROA 3QNOA 4FJNA 3TAMA 3EYZA 3OS1A 4BE2A 1BQMA 1WSIA 4HUFA 4BDZA 2P51A 5KGXA 4DFPA 1L3TA 3P1GA 3LANA 1TK5A 3VQEA 5I3UA 3KK3A 2XY6A 1S9EA 3QETA 3HK2A 3VQDA 2FBTA 3CQ8A 1VSKA 4DG1A 1KVAA 2ATQA 3CFPA 4CHPA 1TAQA 2YNFA 3T3FA 4EP4A 4DTJA 4FYDA 4O4GA 1XC9A 3WNHA 2IAJA 1HNIA 3L2RA 3RRGA 1B9DA 4RG8A 3QERA 4F2RA 1RDDA 1BISA 5HRNA 3NE6A 4DFKA 2PY5A 1ZBIA 1RT1A 1KTQA 2RN2A 2RKIA 5KRTA 4KHQA 5HRRA 3ZSQA 3VQ4A 4OPKA 3AO3A 4M3ZA 2JLEA 4YFUA 2VG5A 2A1RA 1HPZA 4OLAA 3G0ZA 4CIFA 1WLJA 3OYNA 1SKWA 1XWLA 4EP5A 1EKEA 3RMDA 3NCIA 1ASWA 1S1UA 3SQ4A 1VRUA 2HNZA 3DMJA 1C0UA 2XRIA 3ZT1A 3HP6A 3V9ZA 3MXIA 1HMVA 1XHZA 4FW2A 4CCHA 4HHTA 1IH7A 1VK0A 4CF0A 3MEDA 1TKDA 3NFAA 5SWMA 2F8TA 4HTUA 5CZ1A 3DRPA 3OYJA 1HNVA 2X78A 2ZE2A 1X9MA 4E1NA 3HPHA 1ZBUA 3KKRA 5DMRA 3V1QA 3L2QA 2X74A 2Y1JA 4FK2A 4Q5VA 4DF4A 4DTRA 1HJRA 4W5QA 4KHYA 4R5PA 1SL0A 4IG3A 4CK3A 4M3XA 1B9FA 3KLHA 4CJSA 3NHGA 3AVHA 2Q3SA 4KFBA 4LSLA 4Z4CA 1LAWA 1RNHA 1NOYA 2IOCA 3PX4A 1C0MA 4DS4A 1LW0A 1TKXA 4YNQA 3RMBA 3T19A 1IKWA 3WNGA 4AHCA 4FW1A 4DTXA 1RBUA 1JL1A 2HVIA 1HQUA 3LP3A 3HP9A 4N56A 3PX0A 2ZD1A 4DQSA 2ZQBA 3CYMA 1N5YA 1S1TA 4DSIA 4N76A 3PX6A 4RW7A 4Z4FA 3HPGA 3F73A 2FBYA 2KW4A 1NK9A 3ZSWA 1QE1A 3LP0A 4CJLA 1ZBFA 4W5OA 4ZHRA 2BANA 1W9HA 3ZSOA 3VQ5A 4J2DA 3E01A 4CECA 3QNNA 4F4KA 3HVTA 4CFAA 3PV8A 4FZYA 4FJ9A 4DU1A 2IC3A 2YKNA 3OVNA 4O0IA 4FLUA 4CEBA 1WNSA 4G1QA 4IFYA 1FKOA 4CERA 3SUOA 4Z4IA 2EX3A 1TKTA 4H4MA 4FJMA 3TABA 1EETA 3MAQA 4DU4A 5CY4A 1TV6A 1S6QA 4E19A 4DTPA 3MXMA 4Z4GA 4MFBA 3K5MA 3VQQA 1JXBA 1DTTA 1QQCA 5J2MA 4FJJA 1S6PA 4H4OA 3L2UA 1QHTA 4AHTA 1QTMA 3ZT0A 4KI4A 1NK7A 1CXQA 1BL3A 4CJQA 1RDCA 4CFDA 3QEPA 3SV3A 1TL1A 1TVRA 1T8EA 1NK4A 1IO2A 2QKBA 4KTZA 4Y1DA 2PYJA 1J5OA 3PO5A 3VA0A 1S5JA 1L3SA 4DSLA 3SQ0A 3QIOA 4FJIA 4FJ8A 4RW9A 1REVA 2D5RA 5I42A 3LAKA 4JS4A 5SZTA 3DRSA 2ETJA 3SQ2A 5C25A 4KO0A 1I39A 3MEEA 4BACA 4DSEA 1CLQA 2PYLA 5HP1A 1SV5A 3QINA 1WN7A 4E7HA 5CYMA 5CYQA 4DSFA 1UA0A 1U49A 1WAFA 1NK8A 1FXXA 4GVMA 1RBSA 2BDPA 3MECA 3C6TA 3CG7A 3QLHA 4CEQA 1X9WA 3A2FA 1T05A 2DTUA 4DQRA 4UQGA 1J53A 1ITGA 4CHZA 3RMCA 4CF9A 4E7JA 4F8RA 3AO1A 4DTSA 4CF8A 1DTQA 2IGIA 4DSKA 3PUFA 4B9VA 3TAGA 4CJ5A 1RT3A 1A5WA 1ZBLA 1Z26A 2XY5A 1KRPA 4HUEA 3S3NA 2X6NA 1UWBA 3ASMA 1U04A 4OKJA 2XHBA 4E7IA 1JLAA 1RTJA 1L3UA 3LP1A 4PA1A 3ZSVA 1SL2A 4N5SA 4KHNA 4FK4A 4ZTJA 1N6QA 1J54A 1UAXA 4FM2A 3KD1E 4DU3A 4DLEA 1SKSA 1NJYA 3V9UA 3LAMA 1LAVA 3VQBA 3HSTB 4B9NA 1D5AA 3RTVA 4J2AA 2HW3A 2LSNA 4CGGA 2BGGA 2B6AA 2G8IA 1UOCA 4CF2A 3U3YA 4NYNA 1ASVA 1RBVA 4DFMA 3KTQA 4F3TA 4CGIA 1CZ9A 4B08A 5HLFA 3MXJA 3O4NA 1S1WA 3SYZA 1YT3A 4DQIA 3C94A 1YVUA 4Y1CA 2VWKA 4KRFA 4KV8A 5D3GA 4CJWA 1EX4A 1WSFA 1KLMA 1ZYQA 4C8LA 3QO9A 1KCFA 3ALYA 3K5OA 5KGWA 4RW4A 5C42A 3NH0A 3O3FA 4JS5A 3TAEA 2QK9A 1VRTA 2AJQA 2YV0X 4FM1A 4I7FA 5J2PA 3OYEA 3S3OA 1YTUA 5T7BA 1QS4A 3THVA 3SUNA 3AVBA 4ID5A 3VQCA 4CHYA 3LWMA 5DK5A 3TR8A 3QEIA 4B9SA 1NKBA 4DTNA 3KLIA 4PQUA 1T7PA 2HHVA 3HXMA 4AHRA 1SUQA 2RF2A 4BDYA 3AVIA 4WE1A 4BWJA 1IKYA 1RILA 4CEEA 1L3VA 1WSEA 4KB1A 4B9TA 2P5OA 4LH5A 4KI6A 1BQNA 1JLBA 4EZ9A 1TK0A 3CM6A 3HVRA 4B9MA 4NYFA 4FZXC 3ULDA 3TI0A 4BE1A 4DFJA 3VA3A 1U48A 3KLEA 4ICLA 4CIGA 4CEZA 3TWHA 5J2QA 1K6YA 4B3OA 2QXFA 3NGYA 4CIEA 3KLGA 1NK6A 4PY5A 3AO4A 4ELVA 4ELUA 3L3UA 1HQEA 3HL8A 4TSXA 3IRXA 1C1CA 3LP2A 1Q9XA 3M8PA 4KHUA 4W5RA 4E3SA 2HHXA 3HJFA 3I0RA 4K8XA 4BE0A 1D9FA 2XY8A 3NF6A 3K57A 3ZT2A 3LZIA 3RR7A 4DMNA 3K5NA 1LWEA 1ASUA 4NCGA 3RMAA 3SUQA 3AA3A 3SQ1A 4LD0A 1JLCA 4FLWA 3IAYA 1S9GA 4E1MA 2E4LA 4FLTA 4PUOA 4FXDA 4CF1A 4OGCA 3L8BA 3AA5X 4FLXA 4ELTA 2D0BA 4QAGA 4AHSA 1KSPA 1RTIA 1S1XA 3FFIA 3ZSZA 1TK8A 4CEOA 3TAPA 4I9LA 2YNGA 3OYAA 4O44A 2YKMA 2OPRA 4RW6A 2P5GA 3AVNA 1Y97A 3U3GA 3D45A 3MEGA 4RW8A 3OYGA 3V1OA 1IKXA 1C6VA 4BWMA 4M3TA 4CJFA 1BGXT 2EHGA 3L3VA 5KI6A 3TANA 4N47A 3VQ6A 4LY7A 4CGJA 3EY1A 3M8QA 1T03A 4CEFA 4HCBA 2KFNA 3PO4A 3L2WA 3TARA 4OKKA 2HB5A 5FDLA 1KVCA 3KD5E 3C6UA 4HCCA 3OYIA 4DTUA 2NUBA 4ID1A 4O0JA 2RPIA 3KK2A 1C1BA 4I2QA 3VQ8A 3RR8A 3HPOA 4J2EA 4DTMA 4C8NA 1JLFA 3VN5A 3CFRA 4F2SA 3IG1A 1JXEA 2OPSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTQA 4YOTA 4FWMA 3ZEUA 2O8CA 3H46O 2P9LB 3LL3A 3O9RA 5C10A 3UKUB 1Q8IA 3VENA 1EO1A 1HYVA 1Z25A 1TKZA 4WF9L 2HSTA 2YNHA 5AFUA 2QXLA 4GV3A 3TAFA 3ZX0A 5HBMA 4JHDB 2R7YA 2W42A 3HO1A 5GIOA 4HUGA 1D9DA 1HR0K 2Z1IA 1KFDA 1WSGA 4M63C 4PKIA 4B8AB 1EXQA 2YHAA 4XIUA 3OYFA 1K8AO 1IV0A 3GDQA 1IG8A 4JI0K 4DV1K 2V7YA 1IBLK 2NRVA 1VSDA 3L2VA 2OZMA 3H08A 5AQHA 5BR9A 1G15A 1SS6A 3B6OA 1ZXOA 3RVCA 5AQPA 3Q7CA 5B8HA 5KTQA 3ZSYA 2OPPA 1MDUB 5I9EB 3HSCA 1U47A 1SL1A 1RCHA 4M45A 3AO2A 4E89A 1W0HA 1HLUA 1S1VA 1FKPA 2OZSA 4DQ8A 3CCJN 3O1BA 4K0KK 3T69A 2P9PA 3SV4A 4FLYA 3SAGA 3ENHA 4O55A 4Z0UA 3OY9A 3NDKA 2A5XA 3DJCA 3CCUN 2Z1JA 1GLFO 3DOKA 5LMNK 3AO5A 2A3ZA 2JWKA 1KD1O 1O13A 4LF6K 5TKYA 4C8OA 5J2NA 3SBGA 3EE9A 4BRGA 3DLBA 2IDOA 1GLBG 5AQQA 2D1KA 4Y0WA 2O8FA 1VSLA 3C6AA 2HHSA 1HNZK 3DAWA 4CHOA 4GW6A 4KB0A 4LSNA 4KREA 3VETA 1NJXA 2YHWA 3CXCM 3VERA 3OJUA 3BUZB 1J9AA 2E6LA 2FBXA 1YHQN 5CE3A 4F3OA 2I5JA 1BCMA 1S72N 1GOBA 3WXLA 3N4QA 3S3MA 3Q7BA 3LDQA 4YOXA 1QSSA 4FO0A 3MX2A 4FL9A 4KHWA 3JXUA 2ITGA 4AH9A 4CEDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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