2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
2EX3A 4CEOA 1SV5A 3SUPA 2RN2A 4DU3A 3DLKA 3QEXA 4FLYA 4DQIA 1C1BA 1LWEA 4GW6A 1JLGA 4KKOA 4DU1A 4QAGA 1SKWA 2DFFA 5FRMA 3U6FA 4Z4GA 3D45A 3V9UA 3K5MA 1BQMA 3DLGA 3DRRA 4M41A 2Z1GA 2FC0A 4CJ4A 3PV8A 3P83D 4C8LA 2F8TA 3F73A 1WAJA 1TKTA 4K8ZA 5C42A 1HYZA 4CEEA 2OPQA 3BGRA 1UA0A 1T8EA 3KIOA 1B92A 4E7KA 5I3UA 3HPHA 4ELVA 1FKOA 4LSNA 4DSIA 4FJIA 2DY4A 4CFCA 4M3UA 4CF1A 3ITHA 3IG1A 1NJZA 1RILA 2FBTA 2VWKA 4PUOA 4CESA 4NCAA 1XWLA 2P5GA 3SNNA 2F8SA 2KFZA 2FBVA 3L2WA 4KREA 5KTQA 4FCYA 4F4KA 3ZSXA 3LWLA 4CJVA 1L3TA 1SUQA 4FM2A 3V4IA 4ID5A 2ITGA 1SKSA 1GOBA 4CFBA 2ETJA 3HXMA 5CZ1A 1JL1A 4DFMA 1A5VA 1KFSA 1D5AA 3RMAA 4DTXA 2X6SA 3V1QA 1B9DA 3VQEA 1FXXA 4CEFA 4AH9A 1REVA 3TARA 4LD0A 3OYJA 1NKBA 4NYFA 3RMCA 1JLQA 4FJKA 2HVIA 4DQRA 5FROA 4DSEA 1IKWA 3LANA 1C0UA 2DTUA 1X9MA 4B9VA 1WSHA 3KK2A 1RBVA 3SCXA 2BANA 1J54A 2G8HA 4CHYA 2BE2A 2JGUA 3VQ5A 3RMBA 4CIFA 1JLAA 2D0AA 3QEWA 1A5WA 2QKBA 4CEQA 1BISA 1NKCA 1J53A 4ELUA 4M3TA 3LP3A 4CE9A 4ICLA 3PX0A 3KLFA 2G8FA 3DLRA 4HCCA 4FLUA 4FZYA 2ZE2A 3I0SA 4FLZA 3ZSVA 4JS4A 3TAEA 3VQ8A 1HYSA 3HK2A 1N6QA 3TABA 4Z4EA 1U4BA 3VQQA 4CEAA 3NH1A 2WONA 1QSYA 4DG1A 2D0BA 1IKXA 3NE6A 1KFDA 1TK5A 3S9HA 3QLHA 4KO0A 4L8RB 2G8UA 3SZ2A 2G8VA 4DSFA 4M3ZA 5HRRA 3LPUA 3T19A 3K5NA 1ZYQA 2IS3A 3NF9A 1NK9A 4DTUA 1RBUA 1Z26A 4FLWA 4Q5VA 2HVHA 3CG7A 2QK9A 3H08A 4OPJA 3HPGA 3OJUA 1ZBIA 3NF6A 3QNNA 2IGIA 1KVCA 4FLXA 3HYFA 1NJXA 3NGYA 1I3AA 1RT7A 4CJFA 3VQ6A 3V6DA 4DTOA 3JSMA 1RDBA 2A1SA 4H8KA 3V9XA 4DSLA 1S1VA 4NYNA 4CJEA 1BCMA 2IDOA 2YNFA 4O44A 1IG9A 5FDLA 4FJ9A 1ITGA 4CJ5A 1NK4A 3OYFA 1DTQA 2X78A 4BDPA 3TANA 3D0PA 4OKEA 4DQQA 3QNOA 4W5QA 3K57A 3I0RA 3ZSOA 4DS4A 3PO5A 3AO5A 4AHUA 4G1QA 3AVMA 4AHVA 4JS5A 4BWJA 5C24A 3UIQA 2HB5A 1WLJA 3SYZA 2BDPA 4Z0UA 4BE0A 4N56A 4B9UA 3OYEA 5CZ2A 4Y1CA 2XRIA 1L3UA 3DOKA 3SQ2A 4CJPA 1QQCA 3VN5A 2B5JA 1HNIA 4FJ8A 2E6MA 2YKNA 3MXIA 1JKHA 3C6UA 2XO7A 4B08A 2PYJA 1NOYA 3AVAA 3DOLA 4RW8A 4C8OA 1NK0A 4Z4HA 4IKFA 2HHQA 4PWDA 4LH4A 1D9DA 2KZMA 1JLBA 3IS9A 4R5PA 4FZXC 3QINA 1HNVA 2Y1IA 2VG5A 1W0HA 2Z1HA 4CJUA 4CGFA 1JLCA 3NCIA 1FKPA 4OGEA 3G10A 3G0ZA 1VSIA 4ELTA 2AJQA 3RTVA 3VQAA 3RWUA 2OPRA 4KHYA 1Z25A 4CFAA 3VQ9A 3DRSA 2IOCA 4DQPA 4JRPA 4BACA 1JLEA 4CERA 2HHVA 4E7LA 2HNYA 1UA1A 4E0DA 2YNGA 4FJHA 3KJVA 3LWMA 1CZBA 1KVAA 1KRPA 4FJJA 4LY7A 5HP1A 1NKEA 4F3TA 1UOCA 5FRNA 1ZBFA 4B9LA 1T05A 1EETA 1S1TA 3K5LA 4CF2A 4O0IA 1ZBUA 2OA8A 4GMJB 1YT3A 4B9SA 4DF8A 1XI1A 4FW2A 4B8CA 3AVGA 1HQUA 2HNDA 2X74A 3V9WA 3RR7A 1IO2A 2I5JA 4I7FA 2YHAA 3MXJA 4M42A 4CHPA 3SPZA 2E6LA 1WAFA 1J9AA 3QETA 2R7YA 1ZBHA 1EXQA 4KRFA 4DFPA 1U49A 4JRQA 4CJTA 4ID1A 5D3GA 4QOZB 3HL8A 4B9MA 2XY8A 3NFAA 4DTJA 5HBMA 4E1MA 4E19A 1U47A 1DTTA 1C1AA 4W5OA 3HT3A 1BI4B 3ZT2A 4FJLA 3IAYA 1WNSA 4UQGA 1HMVA 2XY7A 1L3VA 1JXBA 3L3VA 4CEZA 4CJ3A 3LPTA 5J2PA 1RDCA 3OYDA 3MXMA 1S6QA 4Z4IA 4O4GA 2F96A 3ULDA 3TAFA 3AA3A 3CM6A 3VQ7A 3KD1E 3OYAA 4FJXA 4AILC 4DF4A 3ZSWA 4B8AB 4DTMA 3JYTA 3O4NA 3AO3A 3MEDA 3T1AA 1QSSA 2VWJA 1BCOA 1U04A 3L2RA 5CYQA 4LH5A 1RCHA 1LV5A 1YTUA 1RNHA 4FVMA 2GUIA 4CF8A 3WNHA 3WNGA 4CFDA 3MEEA 4IFYA 4OKKA 4MFBA 4FM0A 5DMRA 1VSKA 3U3GA 1G15A 1GOCA 1VK0A 1SL1A 2IC3A 2YKMA 4OGCA 4BE2A 4DQSA 4F8RA 3NDKA 3TI0A 4QCLA 5CY4A 5HROA 4CK2A 3HO1A 2KW4A 4KAZA 3L2VA 3OYMA 4K8XA 4N41A 3LAMA 4CHQA 3CFPA 1KCFA 3O3FA 2HHUA 2YNHA 4FW1A 3DRPA 3ZT3A 3OVNA 1XHXA 1VSLA 1RDAA 4EP4A 1S1UA 1VSDA 4IBNA 1TVRA 4DWIA 4FK0A 2HHWA 1NJYA 3CFRA 2DFEA 3MEGA 4EP5A 3PY8A 4OVLA 3WNEA 1UAXA 4AHTA 3KK1A 3TWHA 3AVBA 4J2AA 1ASWA 4KFBA 3NGIA 2RPIA 1Q9XA 4NCBA 3SV4A 1JLFA 4DFKA 2G8KA 2QKKA 3HP9A 3FFIA 3NF7A 4I2QA 4KV8A 3V1OA 1VRUA 5J2MA 4M3RA 2G8WA 1TAQA 2D0CA 1QHTA 3ASMA 1CXQA 1VSMA 1S1XA 1F21A 1HJRA 2HNZA 5DK5A 3CM5A 2GV9A 4DTNA 5SWMA 4DFJA 1ZBLA 4Q0BA 1ASUA 1LWFA 4O5BA 1TK0A 1ASVA 3OS2A 1TAUA 3OS1A 1JXEA 1S6PA 3PX6A 4FJMA 4KI6A 4CIEA 3LZJA 2FBYA 3QEVA 4CJSA 4Z4CA 5K14A 4W5TA 4CF0A 1FK9A 1RT6A 5KGXA 3ZSZA 2EHGA 5HRNA 2PZSA 1RT5A 4KHNA 3V9SA 1TK8A 2KQ2A 3SUNA 1X9SA 4F3OA 3AVIA 1CXUA 5J1EA 4CCHA 4HUFA 1CZ9A 1T03A 4FLTA 3V81A 3U3YA 1X9WA 2ZQBA 2VG7A 4M45A 3DLHA 4FZZA 1WSEA 1L5UA 4W5NA 1D8YA 3E01A 1BIUA 3M8QA 3A2FA 1JL2A 2QXFA 3C6TA 1LWCA 4PY5A 3TAQA 4HCBA 3QIPA 3M8SA 4KPYA 1X1PA 3RR8A 5HLFA 1EP4A 4BDZA 3DYAA 4KB1A 4OLAA 3ZT0A 5I42A 1NOZA 4CJKA 4DTRA 2E4LA 4CJQA 1C0TA 3ZSYA 2FBXA 3LP0A 1TV6A 4IDKA 4DTPA 4CF9A 4FJGA 1UWBA 4W5RA 3BDPA 2HW3A 1QE1A 3KLEA 3EY1A 3PX4A 4KHQA 3CQ8A 4YNQA 1CLQA 3F9KA 3NH2A 3KLIA 4CEBA 3SQ0A 3KTQA 3B6PA 1BQNA 1BIZA 3MECA 3ZT1A 4E7JA 4DTSA 4DU4A 1GOAA 4KHWA 1LAVA 3DM2A 4AHCA 3AVLA 4FK4A 3SI6A 4PQUA 5JS2A 4EZ9A 1MU2A 3LAKA 4CECA 3NBPA 4CGHA 4FM1A 3AVHA 3AVNA 3TAMA 3OYHA 5J2QA 2XY5A 1RT2A 1Q8IA 1EX4A 1O1WA 3OYIA 4C8MA 4ZTJA 3K5OA 3WNFA 3OYGA 2Y1JA 3P1GA 3V9ZA 5HRPA 4OPKA 1EKEA 1RTJA 4M3YA 1N5YA 4I9LA 1KTQA 1Y97A 2JLEA 2WOMA 4KB0A 4CGDA 1WN7A 1NK5A 4B9NA 2G8IA 2P5OA 4CGGA 2BGGA 3NF8A 1VSFA 4H4OA 2P1JA 2YHBA 2O4GA 4CK3A 3HPOA 4KI4A 2RF2A 3QIOA 1HYVA 3SPYA 3HJFA 4JLHA 1NK6A 3KLGA 1LW0A 1TKZA 1YVUA 1R0AA 2KTQA 1YTAA 3VQ4A 1BHLA 3NAEA 3OS0A 2VG6A 4WE1A 4AHSA 4RW9A 3RRGA 1QTMA 4DLEA 1TKXA 4I9QA 3HVRA 3VA3A 1NK7A 3AO1A 3CYMA 4CHOA 4DSKA 4NCGA 3KKRA 5CYMA 4LSLA 4DLGA 1RBRA 1S1WA 1KLMA 1IKVA 1RT3A 1W9HA 3ZT4A 3SV3A 2OZSA 3C95A 4N47A 4J2EA 4CIGA 1RDDA 1LW2A 1I39A 3KLHA 3OY9A 3HM9A 4KTQA 1BI4A 4N5SA 3L2UA 3EYZA 3AO4A 1RTHA 2HMIA 3B6OA 3T3FA 3SJJA 5C25A 1XHZA 3L3UA 4CEDA 1HRHA 3NH0A 3NGZA 2XY6A 2YV0X 3EZ5A 1SKRA 2ZD1A 3RRHA 2XHBA 3AA5X 4MQ3A 4DS5A 4BDYA 1L3SA 3PO4A 4XIUA 2DFHA 1QS4A 3AVKA 2NUBA 3CFOA 2IAJA 3OYCA 3SUQA 1KSPA 4Y1DA 2PY5A 1RTIA 3QERA 4N76A 4Z4FA 4AHRA 1S9EA 4CJLA 2HHXA 1U45A 4M3WA 4HVJA 3QEIA 4CHZA 1WSGA 2OZMA 3K2PA 4FJ5A 4OKJA 1J5OA 4RG8A 3VQBA 4E3SA 4KHUA 3ALYA 1SL0A 4FXDA 3VQPA 4ZTFA 3KKSA 3LP1A 4HHTA 3ISNC 5KI6A 1VSJA 5HRSA 1D9FA 1BL3A 3O3GA 4CJWA 3L8BA 1XC9A 1RTDA 2P51A 2A1RA 4PA1A 3C94A 2OYQA 4HUGA 1SL2A 4FJ7A 4RW6A 3P5JA 4KTWA 1DLOA 1RBSA 2KZZA 1IKYA 3VA0A 3AA2A 1U48A 3ZSRA 3HSTB 5E41A 3LZIA 4F2RA 3ZCMA 2W42A 3AVCA 1WSIA 1NK8A 5JS1A 2GBZA 3QESA 3TAGA 4ZHRA 4DSJA 1TL1A 3KD5E 2RKIA 4H4MA 2HHTA 4YFUA 4FLVA 3S3OA 1VSHA 2D5RA 3DMJA 4HUEA 3M8PA 5KRSA 3THVA 1RT4A 1S9GA 3TR8A 1HPZA 3AVFA 1KVBA 1VSEA 4E7IA 1S5JA 1RBTA 4IG3A 3KK3A 3K58A 1QSLA 1T7PA 5J2NA 3LALA 4O55A 4E89A 5SZTA 4BE1A 3QEPA 4J2BA 4TSXA 3OJSA 3PUFA 4KHSA 3I8DA 4OLBA 4FK2A 2HHSA 4I2PA 1VRTA 3LP2A 2O4IA 4IFVA 3DLEA 3O4QA 4GVMA 3L2QA 2Z1JA 4FJNA 3AO2A 2PYLA 3SQ1A 3LDSA 1TKDA 3TAPA 4C8KA 1RT1A 4BWMA 1B9FA 3M8RA 2YNIA 3S3MA 4FYDA 1BGXT 1HQEA 2OPPA 3SUOA 3DI6A 1C1CA 1A5XA 1K6YA 2Z1IA 4E7HA 2OPSA 4CJRA 3RMDA 3VQCA 3O3HA 3DLBA 3AVJA 4C8NA 2ATQA 3AV9A 4KTZA 1LAWA 2KFNA 5EU7A 5T7BA 1NJWA 3IRXA 5KRTA 4F2SA 4CK1A 3S3NA 3OYLA 1C0MA 3QO9A 4CGJA 3OYKA 4CGIA 4CHNA 2X6NA 3HP6A 3SQ4A 3HVTA 4RW4A 1Q9YA 4EZ6A 4E1NA 4O0JA 3VQDA 3OYBA 1KLNA 4RW7A 4OJRA 1TGOA 1WSFA 2B6AA 2LSNA 3AA4A 2B4JA 3K59A 3OYNA 4DMNA 4HTUA 1C6VA 1IH7A 3NHGA 4M3XA 2Q3SA 3ZSQA 1WSJA 4IG0A 1TL3A 3V1RA 3MAQA 4B9TA 5KGWA 4J2DA 4B3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEOA 1SV5A 2YI1A 3VGKA 4WCEL 4FLYA 1C1BA 1LWEA 1JLGA 4QAGA 3T69A 3ENOA 2DFFA 1Q18A 3CCQN 3V9UA 1NLVA 4YORA 3DLGA 3P83D 3P39A 5C42A 1MWKA 3LDQA 1HYZA 1HUXA 4KH4A 3RSEB 3SAGA 1VQON 3THWB 3IUCA 1B92A 4E7KA 5I3UA 1E4GT 1FKOA 4LFBK 4JKEA 4M3UA 2F9WA 4PUOA 3S41A 4CESA 1XWLA 2Q97A 3QBXA 2F8SA 3VETA 2FBVA 5KTQA 1L3TA 4FWPA 2JWLA 2ETJA 1VQKN 4DFMA 1D5AA 1QQNA 4WQ5A 4DTXA 3RMAA 3K9KA 3V1QA 3VQEA 3TSPA 1REVA 3TARA 4LD0A 4JV5K 2F7TA 3RMCA 4CD1A 4X66K 4DQRA 4E1JA 3LANA 1WSHA 3LM9A 3ENHA 2JGUA 1JLAA 2D0AA 3QEWA 1K8KB 1VQ4N 3LP3A 4CE9A 3DLRA 2O8DB 4FLZA 3VQ8A 2Q36A 3HK2A 4Z4EA 4AF1A 2E1ZA 3GL1A 4FPBA 1KFDA 4KO0A 4CI6A 5HRRA 1NK9A 4DTUA 3DXKB 2P9LB 2O8FB 4FLWA 4IWVA 4OPJA 3FLCO 1KVCA 4H0TB 4B1YB 4FLXA 4B1WB 1RT7A 3JSMA 3DJCA 4NYNA 4CJEA 4O44A 2P9PA 2W6KA 1IG9A 1ITGA 4CJ5A 2CH6A 1NK4A 3D0PA 4OKEA 3QNOA 4DS4A 4DCHA 3GOIA 3UIQA 5BPMA 3SYZA 3CPEA 4Z0UA 3HOSA 4CZIA 4N56A 1XNQK 3K9JA 5CZ2A 1L3UA 1N34K 4CJPA 1MA9B 3VTHA 1VQPN 4FJ8A 2E6MA 1JKHA 2XO7A 4B08A 3DOLA 4RW8A 1NK0A 4DV1K 3VF2A 1D9DA 1JLBA 5FPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YJW N;  2GUP A;  2P51 A;  2A1R A;  4PA1 A;  4XH4 A;  4RW6 A;  3WXK A;  3PSI A;  2W42 A;  3AVC A;  1NK8 A;  3QDK A;  4GY2 B;  2GBZ A;  4LF5 K;  3U8X A;  1ZXO A;  3TAG A;  4ZHR A;  1TL1 A;  3QIC A;  4H4M A;  2E2O A;  3G4S N;  1VSH A;  4XH1 A;  4HUE A;  4MLH A;  3M8P A;  3JS6 A;  4B1Z A;  2ZF5 O;  1RBT A;  2VCP A;  3DWL A;  3LAL A;  4E89 A;  5BN9 A;  4BE1 A;  4J2B A;  3PUF A;  2HHS A;  4BRQ A;  1VRT A;  2O4I A;  3DLE A;  4FJN A;  3AO2 A;  2PYL A;  1XNR K;  4OX9 K;  3TAP A;  1B9F A;  3MCA B;  1NMN A;  3A5M C;  1BGX T;  1HQE A;  5ADX A;  3PLA A;  4I6M A;  1VQN N;  1X3N A;  3O3H A;  4IOC L;  4DR2 K;  3VGM A;  1NJW A;  1BU6 O;  4JHD B;  3BF3 A;  5EY4 A;  4CGJ A;  4CGI A;  2OTJ N;  5AZJ A;  3HRG A;  3LDN A;  4JN4 A;  3OYB A;  1HPM A;  3CCJ N;  2B6A A;  1WSF A;  2LSN A;  2B4J A;  2Q0R A;  3OYN A;  1IH7 A;  3NHG A;  1DEJ A;  2Q3S A;  3ZSQ A;  4YOT A;  3H6E A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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