2QKBA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 20-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 152
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkbA00
4BE1A 3DLKA 2HNYA 4O4GA 3AVMA 1X9MA 4JRQA 2XY8A 4KV8A 3SQ2A 5HRRA 3MECA 3KK1A 3AA4A 4KAZA 4CFDA 3SUNA 4B3OA 4I9LA 3TANA 3TAQA 4CFCA 4GW6A 4N76A 4FK4A 3AVCA 4C8LA 4F2RA 1A5WA 5KGWA 1T05A 4DTUA 1TL3A 2BANA 3L3UA 3I0RA 4M42A 4PY5A 4ZTJA 4DLEA 1SL1A 4CF0A 2XHBA 1RDBA 4E1NA 4DF4A 4FM1A 3M8QA 5FRMA 3OY9A 2OPPA 1NKEA 2AJQA 3QERA 3JYTA 4PQUA 3T1AA 4CJTA 4DSLA 1ZBLA 4C8KA 4M3TA 4Z4EA 3V9UA 2Y1JA 2IGIA 3RRHA 3SUQA 3HYFA 1U48A 4LD0A 4DTJA 1L3TA 1RBTA 3AO1A 3VQ8A 3V9SA 3O3HA 1DLOA 2O4IA 1QQCA 4I2QA 1UAXA 2HMIA 1G15A 4FK2A 2RPIA 1Q8IA 3CM6A 4O0JA 2YNHA 3LPTA 4CGHA 3AVJA 1ZBHA 4B9VA 3C6TA 5EU7A 1FXXA 3KJVA 3TAMA 3K57A 4RW7A 2PZSA 4RW9A 1BQNA 3B6PA 4DTPA 3KK2A 2OZSA 4KHSA 3HP9A 4M41A 4DFPA 1S1XA 3DLEA 3NF9A 3HP6A 5CYMA 4CGGA 3QEVA 1NK5A 3G0ZA 1VK0A 1D5AA 3K5OA 4FK0A 3HL8A 1SL0A 3T19A 2BGGA 1QS4A 1KTQA 4DU1A 1LW2A 2HHWA 4Z4CA 2G8UA 4CF9A 4BWJA 1VRUA 1U49A 1EKEA 4JLHA 4N47A 1RBVA 4E7JA 3TI0A 1NJWA 2KFNA 1HQEA 3WNEA 3LDSA 1A5VA 1RT5A 1BI4B 4AH9A 4E3SA 3NF8A 1TKTA 4JS4A 3CYMA 3TARA 4GVMA 4CJ4A 4CFAA 4CJPA 3P1GA 2RKIA 1NK0A 3P83D 4E7KA 3HVRA 1EXQA 1XHZA 3ZSOA 5D3GA 2PYLA 1JLQA 1Y97A 3VQ6A 4FJ8A 2G8IA 3QNNA 1Q9XA 1RT4A 3AVHA 4FLTA 3U3YA 1TKDA 3VQ9A 3SQ0A 1QSSA 3M8RA 3BDPA 4K8ZA 4ICLA 4Z4IA 1C1AA 3M8PA 4CEDA 1EETA 3MEDA 2D0BA 1RT6A 3NGZA 3ALYA 1RTJA 3QEWA 1GOBA 1U4BA 1XI1A 4ELUA 5SZTA 4I9QA 2HHSA 3L3VA 4NCAA 3MXIA 2I5JA 3ZSQA 5FRNA 4W5QA 1WN7A 2F8TA 4FJXA 1REVA 3VA3A 3LAMA 1UA0A 1LWEA 2ZE2A 3DM2A 5FDLA 2X6SA 3LWMA 4KTQA 4CIGA 4CJUA 3NGIA 4KRFA 4FW1A 2QK9A 3ZSVA 2HHQA 3NBPA 3ZSRA 4QCLA 4FM0A 1WSJA 5I3UA 4FJIA 4IKFA 4KFBA 3IG1A 3HK2A 1U04A 1N5YA 1D9DA 3VQCA 4AHCA 4CGIA 4FJJA 2OPQA 1VSEA 3DLBA 3B6OA 4OKKA 3F73A 1VSHA 4CEBA 2XO7A 3TAFA 3M8SA 2ZQBA 4CERA 3I0SA 1NK7A 3O3FA 1WSFA 1VSLA 3CG7A 5C42A 4CJ5A 4E89A 4AHUA 4C8OA 4W5TA 3T3FA 3OYFA 1VSJA 5I42A 1X9SA 4F2SA 1NJYA 4BE0A 4IG3A 4M3YA 2VG5A 3IS9A 4DU4A 4OKJA 1Q9YA 2IAJA 3L2QA 4B9UA 4F8RA 4UQGA 3OYNA 4TSXA 1T03A 3SV4A 4R5PA 1LAVA 3HM9A 4FJMA 1JXBA 3AVLA 3AVNA 1HNVA 3PO4A 1YTAA 2FC0A 1A5XA 5CZ2A 4I7FA 1KLMA 3TR8A 4FLYA 4JRPA 3V1QA 3WNGA 3NH1A 3CQ8A 1IKXA 2HNDA 2E6LA 4E7IA 1NJXA 3PO5A 4FLXA 4FJNA 4FZZA 4FYDA 4CHQA 4ZHRA 3OYHA 3PX6A 1QSLA 3CM5A 5C25A 1KLNA 4B9TA 4Z4FA 3L2WA 2QKBA 2KZMA 4OKEA 2WOMA 4DLGA 3TAPA 1JLCA 1ZBFA 5CY4A 3L2VA 2Y1IA 3TAEA 2HHVA 3RTVA 2D0AA 2F96A 3AA2A 1XHXA 3E01A 4RG8A 4W5RA 4J2AA 3HSTB 4G1QA 1RDCA 4DSKA 1BHLA 4H4OA 2YNGA 3OS2A 3K5NA 2W42A 2WONA 1NK4A 4BWMA 1RBRA 3OS1A 4Y1CA 1S1UA 3QNOA 1F21A 1KVBA 5DK5A 3LAKA 4B9LA 4KB1A 3ZSXA 3V81A 4CHZA 2DTUA 5JS2A 2RF2A 1S9EA 4OGCA 4N41A 4M3UA 1RTIA 4E7HA 3KD1E 4K8XA 2JGUA 1JL1A 3QIPA 4HUFA 1DTTA 4W5NA 4CHOA 3OVNA 3SI6A 1L3UA 4CHNA 1JKHA 2P1JA 4CESA 4JS5A 4FZXC 4KHNA 2HHTA 4B08A 1TAUA 1IO2A 3FFIA 1NK8A 2BE2A 3VN5A 4RW6A 1J54A 3OYBA 3QLHA 1RILA 2FBYA 4M3WA 4PWDA 1SV5A 4Z4HA 2OZMA 1JL2A 4FJGA 4LH5A 4B9MA 4LSNA 4CJRA 3OYLA 4Q5VA 1MU2A 3VA0A 1UWBA 1VSIA 4CGJA 5HP1A 4NYFA 1LV5A 5C24A 1I39A 4NYNA 3ZSZA 1JLBA 3NAEA 3SQ1A 3SNNA 3MXMA 2ZD1A 1LWCA 1WSIA 2X78A 5CYQA 2B6AA 2R7YA 3KKSA 1NK6A 1EX4A 4DQRA 3THVA 4EP4A 2YNFA 3KLIA 2HB5A 5HRSA 1ASVA 1HNIA 3ZT4A 4PA1A 4CGFA 4KI4A 3ISNC 1C0UA 4W5OA 4FZYA 4Z0UA 3KK3A 4EZ6A 3V4IA 4MFBA 3F9KA 4Q0BA 1KRPA 1VRTA 1ZYQA 4N5SA 2LSNA 4H4MA 2EX3A 3V9ZA 1TK8A 1B92A 3DLRA 3LP1A 4CJWA 4CJFA 3OYDA 3ASMA 4FLVA 3V9WA 1W9HA 1C1BA 3SQ4A 4KHQA 3HPOA 1KVAA 3NF7A 4GMJB 2Z1JA 4IBNA 1CXQA 4BDPA 3VQQA 2DY4A 1L3VA 1K6YA 4CEOA 4FM2A 2P51A 2G8FA 1DTQA 2E4LA 5E41A 4HVJA 1WAFA 3DYAA 4CEEA 3ZSWA 3OYMA 1HYVA 2VG6A 4DQIA 1T8EA 1S9GA 2X6NA 3V1RA 3O3GA 3RMCA 1RTDA 4KB0A 3VQ5A 1NKBA 2DFHA 3DI6A 2E6MA 3OYCA 4CHPA 4CJEA 2HNZA 4O55A 2KZZA 4KPYA 4KKOA 2D5RA 4DTXA 4M45A 3DLGA 3K2PA 1RDDA 3OYAA 3LP0A 2OPSA 1TAQA 3HVTA 4CEZA 3VQDA 3AO5A 3KLEA 4CK1A 1UA1A 2OPRA 4M3ZA 4J2DA 5SWMA 5KTQA 3AVBA 4O44A 3S9HA 3SUOA 4OPJA 4KO0A 3RMAA 1IG9A 1ZBUA 5J2MA 3HT3A 3JSMA 1TK5A 1RDAA 2HVIA 3PX0A 4DQQA 1BQMA 3LZIA 3MEGA 4ID5A 2XY6A 3OYEA 2DFFA 1BIZA 1TK0A 1J5OA 2P5OA 3KTQA 1L3SA 4FJLA 1LAWA 3BGRA 4H8KA 4AHTA 1FKPA 4HUGA 3SJJA 1Z26A 3OJSA 3VQAA 4CJQA 1HMVA 2XY7A 4DSIA 3U3GA 4CFBA 1HPZA 4BACA 3AO2A 1SKRA 4NCBA 3SPYA 1JLFA 3WNHA 4XIUA 1C1CA 3QETA 4KI6A 3HJFA 3KLGA 4AHRA 1CXUA 1RT7A 4CIFA 1QE1A 4DTMA 4CF8A 3QESA 4OJRA 4ELTA 4CEAA 2P5GA 3KD5E 2X74A 1RNHA 3NE6A 4FLUA 1WNSA 2OYQA 4KTZA 2YKNA 3V1OA 4HHTA 4O0IA 4FXDA 5KRSA 4DSEA 3CFOA 3VQ7A 1S6QA 4F3TA 1D9FA 1QHTA 2Q3SA 1YT3A 4AHVA 3DOLA 3NHGA 1TV6A 4N56A 2OA8A 4DU3A 1XC9A 1CZBA 4IFVA 4E0DA 3SV3A 3QEXA 1N6QA 2B5JA 1W0HA 3C6UA 3AVAA 3EY1A 2KW4A 2IDOA 3ZCMA 3HO1A 2KFZA 4DFJA 5CZ1A 4CCHA 3QIOA 4DSJA 3HPGA 3DMJA 1BIUA 1ITGA 4EP5A 3OYGA 3ULDA 1U47A 3SCXA 3SPZA 2Z1IA 1RT2A 1S5JA 4F3OA 4BDYA 1NJZA 1C0MA 2XY5A 4L8RB 1RBSA 1BCMA 2YHAA 1X1PA 3AVIA 3K59A 3PX4A 2PYJA 4HCCA 1GOAA 4NCGA 4DFMA 1C0TA 1UOCA 3MEEA 3K5MA 4C8MA 4DMNA 3TAGA 4B9NA 4HTUA 1O1WA 1WLJA 5J2QA 5J2PA 2EHGA 1J53A 2FBTA 1RT1A 1SUQA 3OS0A 2DFEA 2IOCA 2Z1GA 1S1WA 1KFSA 4CJVA 4CF1A 5HRNA 4M3XA 3VQPA 1BCOA 1HYSA 3LANA 3S3OA 4BDZA 2Z1HA 3DOKA 3L2UA 3V6DA 3S3NA 4RW8A 1NK9A 4CEQA 4AILC 3AVGA 4HUEA 4YFUA 3K58A 4BE2A 3NH2A 4B9SA 5KGXA 1IH7A 3RR8A 1BI4A 2PY5A 2KQ2A 1JLAA 4OLBA 1BISA 3AVKA 4DSFA 4KREA 2QKKA 4FJ5A 1WAJA 4DF8A 5JS1A 4CGDA 3AA3A 4CK2A 3EYZA 2IS3A 3L8BA 3RR7A 1X9WA 4IFYA 4FJKA 1B9DA 1KVCA 1QTMA 4WE1A 3SYZA 1RT3A 4EZ9A 2D0CA 3DRRA 3SUPA 1YTUA 1KFDA 2JLEA 4KHUA 5J2NA 4E19A 1HYZA 2ETJA 3RRGA 2VWKA 2YHBA 3H08A 3VQEA 1S1TA 3TWHA 4E7LA 4DFKA 3RMBA 4OLAA 4CJKA 4CIEA 3LWLA 1WSGA 1S1VA 3RMDA 4DQPA 2VG7A 4E1MA 2HVHA 3U6FA 4OGEA 1JXEA 3K5LA 2FBVA 1SKWA 1VSFA 3OYKA 1SL2A 2B4JA 4YNQA 2A1RA 4LSLA 1VSMA 4F4KA 3AA5X 3AV9A 4LH4A 3ITHA 4FJ9A 4CHYA 4M3RA 3MAQA 2O4GA 3G10A 2QXFA 1ASUA 3VQBA 5HRPA 4DS4A 2HW3A 1L5UA 1HJRA 1FK9A 3LP2A 1JLGA 1FKOA 3ZSYA 3OYJA 3DLHA 4MQ3A 3RWUA 4DTRA 1QSYA 3PY8A 1C6VA 1LW0A 3KLFA 1VSDA 1GOCA 3NCIA 1TVRA 4LY7A 4ZTFA 4Y1DA 5HBMA 1EP4A 3AO4A 3S3MA 1NOYA 4DG1A 2XRIA 4B8AB 2G8KA 3QO9A 4DWIA 3D45A 3D0PA 4DQSA 3QEIA 1HQUA 1IKWA 1Z25A 3ZT0A 4AHSA 3KKRA 5HROA 5HLFA 3I8DA 1KSPA 2G8HA 4FJ7A 4KHYA 4Z4GA 1IKYA 4FCYA 1XWLA 4CEFA 2BDPA 1JLEA 1RTHA 3AVFA 1WSEA 4ID1A 4KTWA 3ZT2A 4B8CA 4CJSA 3L2RA 3LPUA 2GUIA 3A2FA 1TKZA 4OVLA 3O4NA 4IDKA 2NUBA 3NH0A 3CFRA 2G8VA 3NF6A 1KCFA 4RW4A 3WNFA 5K14A 2YNIA 3NDKA 4O5BA 1U45A 1NOZA 1D8YA 3PV8A 1R0AA 1YVUA 4FJHA 3IAYA 4PUOA 2GV9A 3ZT3A 4CJLA 3EZ5A 2YV0X 1TL1A 3C94A 3HPHA 4J2BA 3OJUA 3QINA 4CECA 1RBUA 2IC3A 1ZBIA 4CK3A 1ASWA 1BL3A 4DTSA 1IKVA 4I2PA 3KLHA 4DTNA 1T7PA 3LP3A 3IRXA 1BGXT 1RCHA 4OPKA 3LZJA 4J2EA 4KHWA 1CZ9A 5DMRA 4IG0A 2A1SA 4FW2A 4CE9A 4QOZB 3OYIA 3KIOA 1VSKA 2FBXA 3NGYA 3PUFA 3UIQA 3V9XA 5T7BA 1S6PA 2GBZA 1J9AA 3HXMA 1I3AA 2VWJA 1TKXA 5KI6A 1NKCA 1LWFA 2F8SA 3DRPA 2ITGA 2YKMA 3NFAA 4ELVA 4HCBA 1HRHA 4DS5A 2HHUA 3ZT1A 4C8NA 1WSHA 3MXJA 1TGOA 4QAGA 5FROA 4CJ3A 4CF2A 3CFPA 4FLWA 1B9FA 3QEPA 3P5JA 2RN2A 3LALA 4FLZA 3SZ2A 4FVMA 3TABA 2KTQA 4DTOA 3DRSA 2ATQA 3AO3A 5J1EA 3VQ4A 2G8WA 1CLQA 3C95A 5KRTA 1SKSA 2HHXA 3O4QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQEK 2HNYA 4H0TB 4O4GA 4BC3A 2XY8A 4KV8A 3KK1A 3MECA 4CFCA 3AVCA 2YHXA 4JKAA 2UUAK 4JV5K 2BANA 3I0RA 4DLEA 4CF0A 1QQOA 4E1NA 4DF4A 3M8QA 3HSCA 3O9TA 3T1AA 2Y1JA 3BF1A 2IGIA 3RRHA 3SUQA 4FPBA 1ATRA 1DLOA 1YUWA 2P9UA 1UAXA 4YORA 3IDHA 1ZBHA 1ZBSA 3AVJA 1FJGK 1C0FA 4O8UA 4RW7A 2PZSA 5GAHP 3CJ9A 3KK2A 2D4WA 3SLCA 4U67L 5CHIA 4CZLA 3W0LA 2OZSA 4M41A 3O9UA 3OW2M 3HP6A 1NK5A 4CGGA 1VK0A 1D5AA 3K5OA 5AR0A 4JLHA 4E7JA 2KFNA 5F0XA 1HQEA 4YDUA 4LF9K 2F4VK 3AGKA 3NF8A 1NLVA 4KH4A 1NK0A 3TARA 4ISEA 2RKIA 1N32K 3VGKA 3MN6A 3VESA 3VQ6A 4KH6A 4M7XA 3ID8A 4FLTA 3U3YA 4CVNE 4ICLA 3NGZA 3MEDA 2D0BA 1RT6A 2O8BA 2A5XA 3D2FA 5C2FA 4M63C 3VA3A 3LAMA 1UA0A 3DM2A 2ZE2A 2Q31A 1SQKA 4FW1A 5AQFA 2QK9A 3NBPA 3ZSRA 3J81O 1D9DA 1N5YA 1P8ZA 2OPQA 1VSEA 4NLBA 3B6OA 3DLBA 3CC4N 3P4IA 2XO7A 4JKDA 3M8SA 3D6RA 2ZQBA 5AQRA 2UUBK 5GIOA 1X3NA 4CJ5A 4E89A 1VQKN 3OYFA 4JD2A 4LFAK 3Q7CA 4F2SA 4BE0A 4YOXA 4FWOA 4Y0WA 4OKJA 1Q9YA 4BG8A 4B9UA 3DLLL 4UQGA 1VQ4N 2O8CA 3SV4A 3UKUB 3WT0A 1LAVA 4XH5A 4FJMA 4FWPA 4R79A 4WQ5A 4FWLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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