2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
3C6TA 4DF4A 4FXDA 3A2FA 2JLEA 2QXFA 3L2VA 2F96A 1RT3A 1LAWA 5C42A 1S1UA 3AO2A 1S6QA 3PY8A 2A1RA 1HPZA 3SQ1A 2FBTA 1BHLA 4N41A 3LWLA 3HPGA 3IRXA 4BDYA 3DLGA 1TGOA 4Q0BA 2FBYA 4FW1A 3NGIA 1SL0A 3K5LA 2HHWA 2ETJA 3AVCA 3U3GA 3T3FA 4FK4A 2HNDA 4ELUA 5FRMA 2FBVA 4CGIA 4CHPA 4LH4A 1TKZA 4J2DA 4W5RA 3OYLA 3VA0A 4DTOA 1U48A 4KPYA 1NJWA 3HP6A 4N76A 4M42A 1VRUA 3BDPA 3K2PA 3KTQA 5CY4A 3CG7A 5J2QA 4F8RA 3OYKA 4C8KA 1WSEA 2BANA 3QEWA 2HHTA 3CFOA 3SV4A 4BWMA 3AVLA 3V9WA 3EY1A 3K58A 4KI6A 1O1WA 4DQIA 1GOBA 1NJXA 3OYGA 1VRTA 1NK5A 1Q9YA 4M3WA 3O4NA 2NUBA 3WNHA 3SI6A 4DWIA 1U4BA 1LW2A 1QSSA 4CE9A 4FJHA 3IG1A 1KLNA 3S3NA 1A5XA 3RR7A 4FJMA 4CJLA 3AVMA 5KRSA 3QIOA 1HMVA 4CEZA 3L2UA 4ZTJA 5KGXA 4CJSA 4FLUA 1IG9A 3LP3A 4FJNA 4Z4FA 3HO1A 1ASVA 2E6MA 1ITGA 1X9WA 2HHQA 3VQ6A 3VQPA 4YNQA 3TAEA 1HNIA 3AVNA 2IOCA 3CFPA 4B8AB 4CK3A 3LAKA 1A5WA 4FJLA 2HHVA 1WNSA 3OYHA 3KLEA 4ICLA 4IG3A 3QESA 3KJVA 4KHWA 4OPKA 4OLBA 3BGRA 3LAMA 1R0AA 3OYFA 3L3UA 3VQQA 2OZSA 1X1PA 1RBVA 4JLHA 2BGGA 4OKJA 2VG7A 2A1SA 1SUQA 3AVIA 1UOCA 3JYTA 4FJGA 4MFBA 5JS1A 3B6OA 4CJVA 4J2AA 1JL1A 2X78A 3V9UA 1KSPA 1BQMA 3C6UA 1VSDA 1QE1A 4EP4A 4BE0A 3SV3A 2Y1IA 3TARA 4CEFA 2ZQBA 4BE2A 4CEQA 4Z4GA 4F3OA 4CHQA 1IKYA 4IFYA 3VQ9A 4Z4HA 2OA8A 1QHTA 2GUIA 2WOMA 1FXXA 4IBNA 4CJFA 1IKWA 1JLCA 3LPUA 4CJQA 3V1QA 3H08A 4FYDA 2HVHA 5FRNA 2O4IA 1RTHA 2IGIA 3QLHA 1D5AA 2Q3SA 4G1QA 3CQ8A 4M3RA 4I9QA 2O4GA 4NCGA 1B9FA 2RPIA 1ZBHA 3SCXA 4E0DA 2EHGA 4O44A 4HTUA 4DLEA 2HB5A 4E89A 3DLBA 1WSJA 4Z4IA 3QINA 1RTIA 3DYAA 1KLMA 3OS2A 4CIGA 4GMJB 3SPYA 3SUOA 3WNGA 4DQQA 3KD1E 3D45A 1IO2A 5I3UA 2D0BA 3HYFA 1EP4A 3QERA 1SKSA 1FKOA 3UIQA 1HYSA 4IG0A 1JLGA 4KV8A 3MECA 2RN2A 3OYCA 1LW0A 2KW4A 4DSFA 3AO1A 4E3SA 1C0TA 4KRFA 4FJXA 3KK3A 4CFCA 3VQ5A 5FDLA 3ZCMA 1KFSA 2Z1IA 2IC3A 1C1AA 4QCLA 1JXEA 5D3GA 4Z4EA 3V9SA 2FBXA 1RBRA 1S9EA 1N5YA 4H8KA 4E7IA 4DSEA 1EKEA 3TAGA 4DSLA 1Z26A 3U3YA 1TK8A 4B9TA 2F8SA 3VQDA 1RDDA 4CK1A 4FZZA 2OPRA 3HM9A 3MAQA 4CJRA 1XC9A 1QSLA 3O3FA 4HUGA 2DFEA 3OJSA 2G8FA 2AJQA 1RTDA 3AVFA 3DMJA 4DU4A 1TKTA 2XHBA 3O4QA 4CF0A 1RT5A 3JSMA 1SKWA 4ELVA 4M3XA 4C8OA 3T19A 2PY5A 4ID1A 4CCHA 1DTQA 3VQCA 4FZXC 1RBSA 5KGWA 3OYEA 4OKKA 4F3TA 3NFAA 5CYQA 2I5JA 3LDSA 3QEXA 1CZ9A 3LPTA 3LZJA 4PWDA 1HRHA 1TL1A 1BGXT 1L3UA 2HHUA 1VSMA 2R7YA 3THVA 1JL2A 1TAQA 4I2PA 4CF2A 5J2PA 4FLVA 4GVMA 2VG5A 1XHZA 3PO4A 2HW3A 1WSIA 4ZTFA 1BI4A 1SL2A 1ZBIA 3TR8A 5J2NA 2YNFA 2PZSA 1KVCA 5I42A 4OPJA 3MXJA 3NF6A 2BE2A 3VQ4A 4CFBA 3V9ZA 4PA1A 1J53A 3ZSVA 2W42A 5J2MA 1YTUA 1BIZA 3AO3A 4L8RB 4IDKA 3LANA 4KTZA 4E7LA 1IH7A 2P51A 3EZ5A 3ZSWA 1L3VA 2DFHA 3FFIA 5HRSA 4E7HA 3AVBA 4CERA 4CF8A 3IAYA 3SZ2A 4CJUA 4CFAA 4CJ5A 3S9HA 4RG8A 4FM0A 4Z0UA 4KREA 3RMDA 4PUOA 4DS4A 3ISNC 4NCAA 3MXMA 3NDKA 3SUQA 3L2RA 1Z25A 3SYZA 2EX3A 4E19A 3DM2A 3NGZA 3OVNA 3DLHA 4KHUA 3DLRA 1WAFA 4CGDA 4R5PA 1L3SA 4J2EA 3NGYA 1S1VA 4M41A 1YT3A 1W9HA 2WONA 5CZ1A 3VQ8A 2RF2A 1RT1A 4ZHRA 3NF7A 1RT6A 2YNGA 3HVRA 4OGEA 4HHTA 2KZZA 4LSLA 2P1JA 1NOZA 1RTJA 4CEEA 3AA4A 5DK5A 3RMCA 1JKHA 1NKCA 4ELTA 1FKPA 4OKEA 3TI0A 3OY9A 4CF9A 4BWJA 1VSLA 3O3GA 1RILA 1CXQA 1XHXA 2IS3A 2OPQA 3M8RA 2GBZA 2D0AA 4KFBA 4DFJA 1JLEA 5KRTA 2QKBA 2IAJA 4CK2A 4KB0A 1EX4A 4J2BA 4FK2A 1TKXA 1RT2A 4KKOA 4HUFA 2YNHA 1WLJA 3PV8A 1S1TA 4BDZA 4DTNA 1U49A 2X6SA 2ITGA 1MU2A 4CESA 4DQSA 1IKXA 3CM6A 3SQ4A 1NK8A 3OS1A 4LH5A 4C8NA 2GV9A 1JLBA 3RWUA 4FJ9A 3VN5A 3B6PA 2YNIA 1L5UA 2KFZA 2VG6A 1BCOA 3DOLA 1RBTA 4RW4A 5J1EA 2D5RA 2XO7A 4BDPA 3SQ0A 3VQEA 1DTTA 3CM5A 1BISA 3HVTA 4O5BA 1D9DA 2ATQA 2YV0X 3ZSOA 3HPOA 2LSNA 4KAZA 1HQUA 1VSKA 3DRPA 3LP1A 4I2QA 4KI4A 1EETA 1I3AA 4QOZB 1KFDA 4CJ3A 3SNNA 2YHAA 3TWHA 4BE1A 1RDAA 1HYZA 1B92A 2HHXA 1C1CA 1S1WA 3RTVA 3DOKA 1RT4A 3K5MA 3TAFA 2B6AA 4EZ9A 2G8IA 1ZBFA 1BIUA 1SV5A 4DSJA 3V6DA 3NH0A 4DU1A 1TAUA 3TAQA 5DMRA 1CZBA 3V1OA 4B9UA 4CHZA 4DG1A 5HRRA 3RMAA 2YKMA 4HVJA 4KHNA 1VSIA 2P5GA 4MQ3A 5HRPA 4W5QA 3HP9A 1T05A 1D8YA 1S6PA 1KTQA 4DTUA 1XI1A 5FROA 4I9LA 1C0UA 3C95A 3DLKA 3I0RA 4W5TA 4F2RA 3E01A 3OYMA 3HXMA 2QK9A 4W5NA 3ZT0A 4B9NA 5CYMA 4C8MA 4DTRA 3AA2A 3IS9A 3SUPA 3RRHA 4DTMA 3RMBA 4AHUA 4O4GA 4KO0A 4DSIA 4M3UA 1VSJA 2KQ2A 4FLTA 1JLAA 4RW7A 4DMNA 3MEEA 5JS2A 4CJKA 4FM1A 4E7KA 4CEBA 1JLQA 3L2WA 2HVIA 1UWBA 4O0JA 4BACA 5C24A 3KK2A 3AVHA 2XY7A 1ASUA 2E6LA 4CJPA 3EYZA 3QEVA 3KLGA 4QAGA 5SWMA 4AHRA 5C25A 2XY8A 2HMIA 4CGJA 1K6YA 1X9SA 4CIEA 1T8EA 1NK0A 4B3OA 3PX0A 2YHBA 1KCFA 1WSGA 3M8SA 1KRPA 1Q8IA 4K8ZA 4FJKA 1CLQA 1DLOA 4AH9A 4FM2A 1SKRA 2ZE2A 3AVAA 3AVJA 3L3VA 3VQBA 4KHQA 3K57A 3NHGA 3LP2A 4H4OA 3OYJA 3MXIA 3OYIA 2E4LA 1RNHA 4KB1A 4AHCA 2YKNA 3U6FA 4DTSA 1NK9A 5KTQA 4FLYA 4CF1A 4Y1DA 4RW6A 2G8WA 1I39A 3KLIA 4IKFA 1LV5A 1NOYA 1A5VA 2X74A 3TABA 1U47A 4B08A 4O0IA 2DTUA 1TK5A 4M3YA 3HJFA 1HQEA 1REVA 3V1RA 1W0HA 3WNEA 4KHSA 4ID5A 2F8TA 1RT7A 4CEOA 3TANA 1BCMA 4N47A 4DTPA 3ZT2A 3WNFA 3ZT3A 3G10A 2PYLA 3AVGA 3P83D 4DSKA 4CIFA 1VSHA 3RRGA 1F21A 2VWJA 4F2SA 1BL3A 3CFRA 4OGCA 3NE6A 1ZBUA 3T1AA 4B9SA 3ITHA 4CJWA 2PYJA 1S1XA 4AHVA 4HCCA 4FVMA 3K5OA 3AA3A 1QSYA 4CGGA 4GW6A 4M45A 2FC0A 1VK0A 2G8VA 4M3ZA 4PY5A 2KZMA 3ZT4A 3P5JA 4FLWA 1UAXA 4CEAA 1LWEA 3SJJA 2OPPA 1S9GA 1NKBA 3NAEA 1WN7A 3LZIA 4JS5A 3CYMA 3KKSA 4LY7A 5EU7A 4CJEA 5E41A 3LWMA 4FZYA 1ZYQA 4FW2A 3V9XA 3VQAA 1NK7A 1WSHA 3QNOA 3P1GA 4EP5A 4NCBA 2DFFA 2XY5A 4FLXA 1WSFA 3NBPA 3NF9A 4Y1CA 4AILC 3L2QA 2Y1JA 3ASMA 1TKDA 4OLAA 2P5OA 1TK0A 2OZMA 4RW9A 1WAJA 3QEPA 1VSEA 1RDBA 1GOCA 4N5SA 4E7JA 4FJJA 5T7BA 2X6NA 3KLHA 1C0MA 4DFKA 3KIOA 3LALA 1YTAA 1LWCA 1FK9A 4JRPA 4M3TA 1RDCA 4LSNA 2JGUA 4JS4A 1U04A 3TAPA 4B9LA 3QETA 1HYVA 4CJ4A 4N56A 4DQRA 3HK2A 1KVBA 4DF8A 4WE1A 1IKVA 1SL1A 2DY4A 1UA0A 3HL8A 4CECA 4CGHA 3S3MA 4JRQA 5CZ2A 2D0CA 1NKEA 4FJ5A 3VQ7A 3PUFA 1GOAA 1NJYA 5HROA 1U45A 1X9MA 4W5OA 4DQPA 1C6VA 4DS5A 1EXQA 4KHYA 2KFNA 1TL3A 1ASWA 4E1NA 4HUEA 4OVLA 4PQUA 4KTWA 1Q9XA 3RR8A 3HT3A 2G8HA 3ZSYA 1B9DA 3HPHA 3LP0A 4E1MA 3F73A 3ALYA 4B8CA 3PX6A 2KTQA 1QQCA 3L8BA 3AO4A 4DTXA 3V81A 3AV9A 5SZTA 1RCHA 2G8UA 1HJRA 3TAMA 1QS4A 4OJRA 4DFMA 2IDOA 5KI6A 4LD0A 2B4JA 4CJTA 3AVKA 4DTJA 3S3OA 1UA1A 3I0SA 1T03A 1VSFA 2Z1GA 4I7FA 2BDPA 3KLFA 3NF8A 1LAVA 3HSTB 3ZSRA 4YFUA 2ZD1A 1JXBA 4CGFA 4CHOA 4CEDA 2HHSA 3DRSA 1CXUA 1L3TA 1HNVA 4CFDA 3PO5A 4B9MA 3ULDA 1TV6A 3NCIA 1D9FA 4B9VA 4RW8A 4TSXA 3DI6A 4AHTA 1NK4A 3KD5E 1TVRA 3QO9A 3VA3A 3QEIA 3MEDA 3OYBA 4FJ8A 2XY6A 3C94A 3PX4A 3OYDA 4NYFA 3F9KA 4Z4CA 3DRRA 4DLGA 4FJIA 5HBMA 3NH2A 1NJZA 3DLEA 4NYNA 2B5JA 3OS0A 4Q5VA 1JLFA 3AO5A 4UQGA 1J54A 4C8LA 4CHNA 4CHYA 2OYQA 4EZ6A 2Z1HA 3KKRA 4HCBA 1S5JA 2Z1JA 3QIPA 1BQNA 3OYAA 4FLZA 3SUNA 4DFPA 1KVAA 3MEGA 1Y97A 3AA5X 4DU3A 4XIUA 1NK6A 4IFVA 3ZSZA 5HRNA 2HNZA 3NH1A 3I8DA 1BI4B 3QNNA 3OYNA 2G8KA 2VWKA 1J5OA 2QKKA 3ZT1A 4AHSA 3SQ2A 1LWFA 3KK1A 3O3HA 1N6QA 1ZBLA 1J9AA 5K14A 3ZSQA 1T7PA 3SPZA 3M8PA 4O55A 3ZSXA 2OPSA 3D0PA 4F4KA 2HNYA 4FK0A 3K5NA 3OJUA 5HLFA 3G0ZA 1YVUA 1XWLA 4H4MA 3M8QA 1RBUA 3K59A 2XRIA 4KTQA 2RKIA 1QTMA 4K8XA 4FJ7A 1G15A 1C1BA 3V4IA 4FCYA 5HP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3TK 5F1XA 3NVMA 2Q2RA 1LAWA 1T6CA 1S1UA 3AO2A 2A1RA 1XMOK 2FBTA 2ZGYA 1BHLA 3LWLA 4BDYA 2FBYA 1LOTB 2ASMA 3W3DA 3K5LA 3AVCA 2HNDA 4KPYA 1NJWA 3HP6A 5AQFA 3K2PA 1ILYA 5CY4A 4F8RA 1WSEA 3WXKA 3QEWA 2W6LA 3CFOA 3SV4A 3C7NB 3TTCA 3VEZA 3EY1A 3K58A 4DQIA 4YOXA 1NJXA 1HX1A 1VRTA 4BRCA 1X3MA 3TSUA 1U4BA 4FJHA 4IXCA 4CBWA 4LF7K 4QS7A 4MO5A 1HMVA 4CEZA 4ZTJA 2QW9A 1IG9A 4CJSA 2E6MA 3VQ6A 3VQPA 3TAEA 4DCHA 5AQOA 3MWPA 3VEOA 1A5WA 2HHVA 3OYHA 2W41A 4ICLA 3QESA 4OLBA 4OPKA 2E20A 1K9MO 5AZIB 4FVUA 3VQQA 4E1JA 4JLHA 4B3RK 5GAHP 2VG7A 4FJGA 3B6OA 2X78A 3SV3A 2A3ZA 5DM6L 4F3OA 1IKYA 5CE3A 2GUIA 4DR7K 3CCEN 2Q97A 1IKWA 3EL2A 1KAXA 3MN9A 3H08A 4FYDA 5BRFA 3O9UA 2UXCK 4DR5K 2IGIA 3QLHA 3OBWA 4M3RA 3CCVN 2F9TA 1ZBHA 4O8UA 4A5BA 3KK7A 4E89A 3AAPA 4BRLA 1KLMA 2QXLA 4GMJB 3WNGA 4DQQA 4IO8A 3KD1E 3R6MA 3HYFA 4G9ZA 2RE2A 1JLGA 4CBUA 1X9JA 5JVGL 5AQIA 4E3SA 3LM9A 1DGKN 4CFCA 2CGLA 3VQ5A 4LFAK 4CD3A 3VGMA 4JI1K 1KFSA 2IC3A 4QCLA 2FBXA 4MLHA 4R79A 2V52B 4DSLA 1P8ZA 4B9TA 5KPRA 3THWA 4BR2A 4CK1A 3MAQA 4AF1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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